Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB5909
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5909, 504 aa
1>>>pF1KB5909 504 - 504 aa - 504 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.3372+/-0.00109; mu= 8.0634+/- 0.064
mean_var=139.8003+/-29.651, 0's: 0 Z-trim(107.2): 201 B-trim: 267 in 2/48
Lambda= 0.108473
statistics sampled from 9186 (9426) to 9186 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.65), E-opt: 0.2 (0.29), width: 16
Scan time: 3.330
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS7995.1 PRPF19 gene_id:27339|Hs108|chr11 ( 504) 3297 528.1 8.6e-150
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CCDS6791.1 PRPF4 gene_id:9128|Hs108|chr9 ( 522) 405 75.6 1.5e-13
CCDS7547.1 TAF5 gene_id:6877|Hs108|chr10 ( 800) 397 74.4 5.1e-13
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CCDS55859.1 POC1B gene_id:282809|Hs108|chr12 ( 436) 368 69.7 7.4e-12
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CCDS3012.1 WDR5B gene_id:54554|Hs108|chr3 ( 330) 348 66.5 5.2e-11
>>CCDS7995.1 PRPF19 gene_id:27339|Hs108|chr11 (504 aa)
initn: 3297 init1: 3297 opt: 3297 Z-score: 2802.7 bits: 528.1 E(32554): 8.6e-150
Smith-Waterman score: 3297; 100.0% identity (100.0% similar) in 504 aa overlap (1-504:1-504)
10 20 30 40 50 60
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CCDS79 MSLICSISNEVPEHPCVSPVSNHVYERRLIEKYIAENGTDPINNQPLSEEQLIDIKVAHP
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 IRPKPPSATSIPAILKALQDEWDAVMLHSFTLRQQLQTTRQELSHALYQHDAACRVIARL
70 80 90 100 110 120
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 TKEVTAAREALATLKPQAGLIVPQAVPSSQPSVVGAGEPMDLGELVGMTPEIIQKLQDKA
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190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 TVLTTERKKRGKTVPEELVKPEELSKYRQVASHVGLHSASIPGILALDLCPSDTNKILTG
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 GADKNVVVFDKSSEQILATLKGHTKKVTSVVFHPSQDLVFSASPDATIRIWSVPNASCVQ
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310 320 330 340 350 360
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 VVRAHESAVTGLSLHATGDYLLSSSDDQYWAFSDIQTGRVLTKVTDETSGCSLTCAQFHP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 DGLIFGTGTMDSQIKIWDLKERTNVANFPGHSGPITSIAFSENGYYLATAADDSSVKLWD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 DGLIFGTGTMDSQIKIWDLKERTNVANFPGHSGPITSIAFSENGYYLATAADDSSVKLWD
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 LRKLKNFKTLQLDNNFEVKSLIFDQSGTYLALGGTDVQIYICKQWTEILHFTEHSGLTTG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 LRKLKNFKTLQLDNNFEVKSLIFDQSGTYLALGGTDVQIYICKQWTEILHFTEHSGLTTG
430 440 450 460 470 480
490 500
pF1KB5 VAFGHHAKFIASTGMDRSLKFYSL
::::::::::::::::::::::::
CCDS79 VAFGHHAKFIASTGMDRSLKFYSL
490 500
>>CCDS59142.1 PRPF4 gene_id:9128|Hs108|chr9 (521 aa)
initn: 410 init1: 204 opt: 405 Z-score: 356.6 bits: 75.6 E(32554): 1.5e-13
Smith-Waterman score: 405; 27.1% identity (60.5% similar) in 258 aa overlap (256-502:264-518)
230 240 250 260 270 280
pF1KB5 ALDLCPSDTNKILTGGADKNVVVFDKSSEQILATLKGHTKKVTSVVFHPSQDLVF-----
.: ::.::. .: ..::::.. . .
CCDS59 SYCHFSPNSKMLATACWSGLCKLWSVPDCNLLHTLRGHNTNVGAIVFHPKSTVSLDPKDV
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330
pF1KB5 ---SASPDATIRIWSVPNASCVQVVRAHESAVTGLSLHATGDYLLSSSDDQYWAFSDIQT
: . :.....::. . : ...: :. . : .: .: .. :. : . :...
CCDS59 NLASCAADGSVKLWSLDSDEPVADIEGHTVRVARVMWHPSGRFLGTTCYDRSWRLWDLEA
300 310 320 330 340 350
340 350 360 370 380 390
pF1KB5 GRVLTKVTDETSGCSLTCAQFHPDGLIFGTGTMDSQIKIWDLKERTNVANFPGHSGPITS
. . . .. : . :: :: . ::: .:. ..:::. . . :: : .
CCDS59 QEEILHQEGHSMG--VYDIAFHQDGSLAGTGGLDAFGRVWDLRTGRCIMFLEGHLKEIYG
360 370 380 390 400 410
400 410 420 430 440 450
pF1KB5 IAFSENGYYLATAADDSSVKLWDLRKLKNFKTLQLDNNFEVKSLIFDQ-SGTYLALGGTD
: :: :::..::.. :.. :.::::. . :. .:. : .. :. :..: :. :
CCDS59 INFSPNGYHIATGSGDNTCKVWDLRQRRCVYTIPAHQNL-VTGVKFEPIHGNFLLTGAYD
420 430 440 450 460 470
460 470 480 490 500
pF1KB5 --VQIYICKQWTEILHFTEHSGLTTGVAFGHHAKFIASTGMDRSLKFYSL
..:. :. . .. : : . :. .. ...::. ..::..:..
CCDS59 NTAKIWTHPGWSPLKTLAGHEGKVMGLDISSDGQLIATCSYDRTFKLWMAE
480 490 500 510 520
>>CCDS6791.1 PRPF4 gene_id:9128|Hs108|chr9 (522 aa)
initn: 410 init1: 204 opt: 405 Z-score: 356.5 bits: 75.6 E(32554): 1.5e-13
Smith-Waterman score: 405; 27.1% identity (60.5% similar) in 258 aa overlap (256-502:265-519)
230 240 250 260 270 280
pF1KB5 ALDLCPSDTNKILTGGADKNVVVFDKSSEQILATLKGHTKKVTSVVFHPSQDLVF-----
.: ::.::. .: ..::::.. . .
CCDS67 SYCHFSPNSKMLATACWSGLCKLWSVPDCNLLHTLRGHNTNVGAIVFHPKSTVSLDPKDV
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330
pF1KB5 ---SASPDATIRIWSVPNASCVQVVRAHESAVTGLSLHATGDYLLSSSDDQYWAFSDIQT
: . :.....::. . : ...: :. . : .: .: .. :. : . :...
CCDS67 NLASCAADGSVKLWSLDSDEPVADIEGHTVRVARVMWHPSGRFLGTTCYDRSWRLWDLEA
300 310 320 330 340 350
340 350 360 370 380 390
pF1KB5 GRVLTKVTDETSGCSLTCAQFHPDGLIFGTGTMDSQIKIWDLKERTNVANFPGHSGPITS
. . . .. : . :: :: . ::: .:. ..:::. . . :: : .
CCDS67 QEEILHQEGHSMG--VYDIAFHQDGSLAGTGGLDAFGRVWDLRTGRCIMFLEGHLKEIYG
360 370 380 390 400 410
400 410 420 430 440 450
pF1KB5 IAFSENGYYLATAADDSSVKLWDLRKLKNFKTLQLDNNFEVKSLIFDQ-SGTYLALGGTD
: :: :::..::.. :.. :.::::. . :. .:. : .. :. :..: :. :
CCDS67 INFSPNGYHIATGSGDNTCKVWDLRQRRCVYTIPAHQNL-VTGVKFEPIHGNFLLTGAYD
420 430 440 450 460 470
460 470 480 490 500
pF1KB5 --VQIYICKQWTEILHFTEHSGLTTGVAFGHHAKFIASTGMDRSLKFYSL
..:. :. . .. : : . :. .. ...::. ..::..:..
CCDS67 NTAKIWTHPGWSPLKTLAGHEGKVMGLDISSDGQLIATCSYDRTFKLWMAE
480 490 500 510 520
>>CCDS7547.1 TAF5 gene_id:6877|Hs108|chr10 (800 aa)
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Smith-Waterman score: 397; 30.2% identity (59.9% similar) in 242 aa overlap (248-485:527-758)
220 230 240 250 260 270
pF1KB5 SASIPGILALDLCPSDTNKILTGGADKNVVVFDKSSEQILATLKGHTKKVTSVVFHPSQD
..:... . : : ::. : .. : :...
CCDS75 WSVTPKKLRSVKQASDLSLIDKESDDVLERIMDEKTASELKILYGHSGPVYGASFSPDRN
500 510 520 530 540 550
280 290 300 310 320 330
pF1KB5 LVFSASPDATIRIWSVPNASCVQVVRAHESAVTGLSLHATGDYLLSSSDDQY---WAFSD
..:.: :.:.:.::. . .:. ..:. : .. : :..:.. :. :: .
CCDS75 YLLSSSEDGTVRLWSLQTFTCLVGYKGHNYPVWDTQFSPYGYYFVSGGHDRVARLWATDH
560 570 580 590 600 610
340 350 360 370 380 390
pF1KB5 IQTGRVLT-KVTDETSGCSLTCAQFHPDGLIFGTGTMDSQIKIWDLKERTNVANFPGHSG
: :... ...: ..:..:::.. .::. : ...::. . . : : ::.:
CCDS75 YQPLRIFAGHLAD------VNCTRFHPNSNYVATGSADRTVRLWDVLNGNCVRIFTGHKG
620 630 640 650 660 670
400 410 420 430 440 450
pF1KB5 PITSIAFSENGYYLATAADDSSVKLWDLRKLKNFKTLQLDNNFEVKSLIFDQSGTYLALG
:: :..:: :: .:::.: :. : :::. . :. .. : :: :...: :: :
CCDS75 PIHSLTFSPNGRFLATGATDGRVLLWDIGHGLMVGELKGHTD-TVCSLRFSRDGEILASG
680 690 700 710 720
460 470 480 490 500
pF1KB5 GTDVQIYICKQWTEILHFTEHSGLTTGVAFGHHAKFIASTGMDRSLKFYSL
. : . . : : : . .: ::
CCDS75 SMDNTV---RLWDAIKAFEDLETDDFTTATGHINLPENSQELLLGTYMTKSTPVVHLHFT
730 740 750 760 770 780
CCDS75 RRNLVLAAGAYSPQ
790 800
>>CCDS31869.1 POC1B gene_id:282809|Hs108|chr12 (478 aa)
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Smith-Waterman score: 382; 29.3% identity (59.1% similar) in 276 aa overlap (224-496:21-291)
200 210 220 230 240 250
pF1KB5 VPEELVKPEELSKYRQVASHVGLHSASIPGILALDLCPSDTNKILTGGADKNVVVFDKSS
: .::: :. ... :.. : ..... .
CCDS31 MASATEDPVLERYFKGHKAAITSLDLSPNG-KQLATASWDTFLMLWNFKP
10 20 30 40
260 270 280 290 300 310
pF1KB5 EQILATLKGHTKKVTSVVFHPSQDLVFSASPDATIRIWSVPNA-SCVQVVRAHESAVTGL
. :: :::: : : .:. ::: : :.:.: .:. . . .:: . : ..
CCDS31 HARAYRYVGHKDVVTSVQFSPHGNLLASASRDRTVRLW-IPDKRGKFSEFKAHTAPVRSV
50 60 70 80 90 100
320 330 340 350 360 370
pF1KB5 SLHATGDYLLSSSDDQYWAFSDIQTGRVLTKVTDETSGCSLTCAQFHPDGLIFGTGTMDS
.. : :..: ..:.:. .. : : .. .: . ::.: ::: .. . . :.
CCDS31 DFSADGQFLATASEDKSIKVWSMYRQRFLYSLYRHTHW--VRCAKFSPDGRLIVSCSEDK
110 120 130 140 150 160
380 390 400 410 420 430
pF1KB5 QIKIWDLKERTNVANFPGHSGPITSIAFSENGYYLATAADDSSVKLWDLRKLKNFKTLQL
::::: .. : :: : . . :. .: .:.:..:..::.::.: : .. :.
CCDS31 TIKIWDTTNKQCVNNFSDSVGFANFVDFNPSGTCIASAGSDQTVKVWDVRVNKLLQHYQV
170 180 190 200 210 220
440 450 460 470 480 490
pF1KB5 DNNFEVKSLIFDQSGTYLALGGTDVQIYICKQWTEILHFTE--HSGLTTGVAFGHHAKFI
.. :. . : ::.:: ...: . : : .: :.: . :.:.. ....
CCDS31 HSG-GVNCISFHPSGNYLITASSDGTLKILDLLEGRLIYTLQGHTGPVFTVSFSKGGELF
230 240 250 260 270 280
500
pF1KB5 ASTGMDRSLKFYSL
:: : :
CCDS31 ASGGADTQVLLWRTNFDELHCKGLTKRNLKRLHFDSPPHLLDIYPRTPHPHEEKVETVEI
290 300 310 320 330 340
>>CCDS55859.1 POC1B gene_id:282809|Hs108|chr12 (436 aa)
initn: 322 init1: 186 opt: 368 Z-score: 326.4 bits: 69.7 E(32554): 7.4e-12
Smith-Waterman score: 368; 31.1% identity (59.7% similar) in 238 aa overlap (262-496:16-249)
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pF1KB5 SDTNKILTGGADKNVVVFDKSSEQILATLKGHTKKVTSVVFHPSQDLVFSASPDATIRIW
:: :::: : : .:. ::: : :.:.:
CCDS55 MLWNFKPHARAYRYVGHKDVVTSVQFSPHGNLLASASRDRTVRLW
10 20 30 40
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 SVPNA-SCVQVVRAHESAVTGLSLHATGDYLLSSSDDQYWAFSDIQTGRVLTKVTDETSG
.:. . . .:: . : .... : :..: ..:.:. .. : : .. .:
CCDS55 -IPDKRGKFSEFKAHTAPVRSVDFSADGQFLATASEDKSIKVWSMYRQRFLYSLYRHTHW
50 60 70 80 90 100
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pF1KB5 CSLTCAQFHPDGLIFGTGTMDSQIKIWDLKERTNVANFPGHSGPITSIAFSENGYYLATA
. ::.: ::: .. . . :. ::::: .. : :: : . . :. .: .:.:
CCDS55 --VRCAKFSPDGRLIVSCSEDKTIKIWDTTNKQCVNNFSDSVGFANFVDFNPSGTCIASA
110 120 130 140 150 160
420 430 440 450 460 470
pF1KB5 ADDSSVKLWDLRKLKNFKTLQLDNNFEVKSLIFDQSGTYLALGGTDVQIYICKQWTEILH
..:..::.::.: : .. :. .. :. . : ::.:: ...: . : :
CCDS55 GSDQTVKVWDVRVNKLLQHYQVHSG-GVNCISFHPSGNYLITASSDGTLKILDLLEGRLI
170 180 190 200 210 220
480 490 500
pF1KB5 FTE--HSGLTTGVAFGHHAKFIASTGMDRSLKFYSL
.: :.: . :.:.. ....:: : :
CCDS55 YTLQGHTGPVFTVSFSKGGELFASGGADTQVLLWRTNFDELHCKGLTKRNLKRLHFDSPP
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>>CCDS6981.1 WDR5 gene_id:11091|Hs108|chr9 (334 aa)
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Smith-Waterman score: 375; 27.1% identity (65.7% similar) in 207 aa overlap (259-465:40-241)
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pF1KB5 LCPSDTNKILTGGADKNVVVFDKSSEQILATLKGHTKKVTSVVFHPSQDLVFSASPDATI
:: :::: :.:: : :. . . :.: : :
CCDS69 TEAARAQPTPSSSATQSKPTPVKPNYALKFTLAGHTKAVSSVKFSPNGEWLASSSADKLI
10 20 30 40 50 60
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pF1KB5 RIWSVPNASCVQVVRAHESAVTGLSLHATGDYLLSSSDDQYWAFSDIQTGRVLTKVTDET
.::.. ... ... .:. ... .. . .. :.:.:::. . :...:. : . ..
CCDS69 KIWGAYDGKFEKTISGHKLGISDVAWSSDSNLLVSASDDKTLKIWDVSSGKCLKTLKGHS
70 80 90 100 110 120
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pF1KB5 SGCSLTCAQFHPDGLIFGTGTMDSQIKIWDLKERTNVANFPGHSGPITSIAFSENGYYLA
. . : .:.:.. .. .:..: ...:::.: . ..:.:: :.... :...: ..
CCDS69 N--YVFCCNFNPQSNLIVSGSFDESVRIWDVKTGKCLKTLPAHSDPVSAVHFNRDGSLIV
130 140 150 160 170 180
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pF1KB5 TAADDSSVKLWDLRKLKNFKTLQLDNNFEVKSLIFDQSGTYLALGGTDVQIYICKQWTEI
... :. ..:: . . .::: :.: :. . :. .: :. . : . : :
CCDS69 SSSYDGLCRIWDTASGQCLKTLIDDDNPPVSFVKFSPNGKYILAATLDNTL---KLWDYS
190 200 210 220 230 240
470 480 490 500
pF1KB5 LHFTEHSGLTTGVAFGHHAKFIASTGMDRSLKFYSL
CCDS69 KGKCLKTYTGHKNEKYCIFANFSVTGGKWIVSGSEDNLVYIWNLQTKEIVQKLQGHTDVV
250 260 270 280 290 300
>>CCDS3012.1 WDR5B gene_id:54554|Hs108|chr3 (330 aa)
initn: 432 init1: 219 opt: 348 Z-score: 311.2 bits: 66.5 E(32554): 5.2e-11
Smith-Waterman score: 348; 27.6% identity (67.0% similar) in 203 aa overlap (232-431:93-294)
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pF1KB5 EELSKYRQVASHVGLHSASIPGILALDLCPSDTNKILTGGADKNVVVFDKSSEQILATLK
::........ ::.. ..: : . : :::
CCDS30 RLIIIWGAYDGKYEKTLYGHNLEISDVAWSSDSSRLVSASDDKTLKLWDVRSGKCLKTLK
70 80 90 100 110 120
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pF1KB5 GHTKKVTSVVFHPSQDLVFSASPDATIRIWSVPNASCVQVVRAHESAVTGLSLHATGDYL
::.. : :.: ..:..:.: : :..:: : ...:.... :: . :... .. .:. .
CCDS30 GHSNYVFCCNFNPPSNLIISGSFDETVKIWEVKTGKCLKTLSAHSDPVSAVHFNCSGSLI
130 140 150 160 170 180
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pF1KB5 LSSSDDQYWAFSDIQTGRVLTKVTDETSGCSLTCAQFHPDGLIFGTGTMDSQIKIWDLKE
.:.: : . : .:. : ..:. . .. ..: :.: . :.:.:. .:.:: ..
CCDS30 VSGSYDGLCRIWDAASGQCLKTLVDDDNP-PVSFVKFSPNGKYILTATLDNTLKLWDYSR
190 200 210 220 230 240
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pF1KB5 RTNVANFPGHSGPITSI--AFS-ENGYYLATAADDSSVKLWDLRKLKNFKTLQLDNNFEV
. .. ::.. : :: .: .......:. : .:.:. . . ::
CCDS30 GRCLKTYTGHKNEKYCIFANFSVTGGKWIVSGSEDNLVYIWNLQTKEIVQKLQGHTDVVI
250 260 270 280 290 300
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pF1KB5 KSLIFDQSGTYLALGGTDVQIYICKQWTEILHFTEHSGLTTGVAFGHHAKFIASTGMDRS
CCDS30 SAACHPTENLIASAALENDKTIKLWMSNH
310 320 330
504 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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