Result of FASTA (ccds) for pFN21AB9842
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB9842, 360 aa
  1>>>pF1KB9842 360 - 360 aa - 360 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4823+/-0.00114; mu= 15.3725+/- 0.068
 mean_var=119.4942+/-35.367, 0's: 0 Z-trim(104.4): 284  B-trim: 1081 in 2/45
 Lambda= 0.117328
 statistics sampled from 7376 (7875) to 7376 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.591), E-opt: 0.2 (0.242), width:  16
 Scan time:  2.260

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS2408.1 CXCR2 gene_id:3579|Hs108|chr2           ( 360) 2357 410.8 9.4e-115
CCDS2409.1 CXCR1 gene_id:3577|Hs108|chr2           ( 350) 1767 310.9 1.1e-84
CCDS5298.1 CCR6 gene_id:1235|Hs108|chr6            ( 374)  853 156.2 4.2e-38
CCDS14416.1 CXCR3 gene_id:2833|Hs108|chrX          ( 368)  827 151.8 8.7e-37
CCDS48135.1 CXCR3 gene_id:2833|Hs108|chrX          ( 415)  827 151.9 9.4e-37
CCDS2656.1 CCR4 gene_id:1233|Hs108|chr3            ( 360)  811 149.1 5.6e-36
CCDS8402.1 CXCR5 gene_id:643|Hs108|chr11           ( 372)  804 147.9 1.3e-35
CCDS77026.1 CCR7 gene_id:1236|Hs108|chr17          ( 372)  758 140.1 2.9e-33
CCDS11369.1 CCR7 gene_id:1236|Hs108|chr17          ( 378)  758 140.1 2.9e-33
CCDS2732.1 CCR9 gene_id:10803|Hs108|chr3           ( 369)  746 138.1 1.2e-32
CCDS2733.1 CCR9 gene_id:10803|Hs108|chr3           ( 357)  745 137.9 1.3e-32
CCDS2684.1 CCR8 gene_id:1237|Hs108|chr3            ( 355)  739 136.9 2.6e-32
CCDS46420.1 CXCR4 gene_id:7852|Hs108|chr2          ( 352)  738 136.7 2.9e-32
CCDS33295.1 CXCR4 gene_id:7852|Hs108|chr2          ( 356)  738 136.7 2.9e-32
CCDS2706.1 ACKR2 gene_id:1238|Hs108|chr3           ( 384)  734 136.1 4.9e-32
CCDS46813.1 CCR2 gene_id:729230|Hs108|chr3         ( 360)  717 133.2 3.5e-31
CCDS43078.1 CCR2 gene_id:729230|Hs108|chr3         ( 374)  709 131.8 9.1e-31
CCDS3075.1 ACKR4 gene_id:51554|Hs108|chr3          ( 350)  708 131.6 9.8e-31
CCDS2739.1 CCR5 gene_id:1234|Hs108|chr3            ( 352)  701 130.4 2.2e-30
CCDS2737.1 CCR1 gene_id:1230|Hs108|chr3            ( 355)  686 127.9 1.3e-29
CCDS2738.1 CCR3 gene_id:1232|Hs108|chr3            ( 355)  677 126.4 3.7e-29
CCDS54574.1 CCR3 gene_id:1232|Hs108|chr3           ( 376)  677 126.4 3.9e-29
CCDS54571.1 CX3CR1 gene_id:1524|Hs108|chr3         ( 387)  627 118.0 1.4e-26
CCDS43069.1 CX3CR1 gene_id:1524|Hs108|chr3         ( 355)  622 117.1 2.4e-26
CCDS2516.1 ACKR3 gene_id:57007|Hs108|chr2          ( 362)  618 116.4 3.8e-26
CCDS3137.1 AGTR1 gene_id:185|Hs108|chr3            ( 359)  572 108.6 8.4e-24
CCDS82855.1 AGTR1 gene_id:185|Hs108|chr3           ( 388)  572 108.7 8.9e-24
CCDS82854.1 AGTR1 gene_id:185|Hs108|chr3           ( 394)  572 108.7   9e-24
CCDS11435.1 CCR10 gene_id:2826|Hs108|chr17         ( 362)  562 106.9 2.7e-23
CCDS14569.1 AGTR2 gene_id:186|Hs108|chrX           ( 363)  560 106.6 3.5e-23
CCDS2735.1 CXCR6 gene_id:10663|Hs108|chr3          ( 342)  556 105.9 5.3e-23
CCDS9942.1 BDKRB2 gene_id:624|Hs108|chr14          ( 391)  551 105.1   1e-22
CCDS9666.1 SSTR1 gene_id:6751|Hs108|chr14          ( 391)  548 104.6 1.5e-22
CCDS55069.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6          ( 389)  520 99.9   4e-21
CCDS47508.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6          ( 392)  520 99.9   4e-21
CCDS47505.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6          ( 397)  520 99.9   4e-21
CCDS55070.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6          ( 400)  520 99.9   4e-21
CCDS47506.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6          ( 403)  520 99.9 4.1e-21
CCDS47504.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6          ( 406)  520 99.9 4.1e-21
CCDS43517.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6          ( 418)  520 99.9 4.2e-21
CCDS47507.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6          ( 420)  520 99.9 4.2e-21
CCDS43518.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6          ( 446)  520 99.9 4.3e-21
CCDS47503.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6          ( 493)  520 100.0 4.6e-21
CCDS14441.1 LPAR4 gene_id:2846|Hs108|chrX          ( 370)  515 99.0 6.9e-21
CCDS2931.1 GPR15 gene_id:2838|Hs108|chr3           ( 360)  504 97.1 2.5e-20
CCDS9410.1 LPAR6 gene_id:10161|Hs108|chr13         ( 344)  503 96.9 2.7e-20
CCDS1405.1 GPR25 gene_id:2848|Hs108|chr1           ( 361)  498 96.1   5e-20
CCDS10429.1 SSTR5 gene_id:6755|Hs108|chr16         ( 364)  497 95.9 5.6e-20
CCDS11739.1 GALR2 gene_id:8811|Hs108|chr17         ( 387)  492 95.1 1.1e-19
CCDS33063.1 C5AR1 gene_id:728|Hs108|chr19          ( 350)  487 94.2 1.8e-19


>>CCDS2408.1 CXCR2 gene_id:3579|Hs108|chr2                (360 aa)
 initn: 2357 init1: 2357 opt: 2357  Z-score: 2173.7  bits: 410.8 E(32554): 9.4e-115
Smith-Waterman score: 2357; 100.0% identity (100.0% similar) in 360 aa overlap (1-360:1-360)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB9 MEDFNMESDSFEDFWKGEDLSNYSYSSTLPPFLLDAAPCEPESLEINKYFVVIIYALVFL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS24 MEDFNMESDSFEDFWKGEDLSNYSYSSTLPPFLLDAAPCEPESLEINKYFVVIIYALVFL
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB9 LSLLGNSLVMLVILYSRVGRSVTDVYLLNLALADLLFALTLPIWAASKVNGWIFGTFLCK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS24 LSLLGNSLVMLVILYSRVGRSVTDVYLLNLALADLLFALTLPIWAASKVNGWIFGTFLCK
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB9 VVSLLKEVNFYSGILLLACISVDRYLAIVHATRTLTQKRYLVKFICLSIWGLSLLLALPV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS24 VVSLLKEVNFYSGILLLACISVDRYLAIVHATRTLTQKRYLVKFICLSIWGLSLLLALPV
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB9 LLFRRTVYSSNVSPACYEDMGNNTANWRMLLRILPQSFGFIVPLLIMLFCYGFTLRTLFK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS24 LLFRRTVYSSNVSPACYEDMGNNTANWRMLLRILPQSFGFIVPLLIMLFCYGFTLRTLFK
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB9 AHMGQKHRAMRVIFAVVLIFLLCWLPYNLVLLADTLMRTQVIQETCERRNHIDRALDATE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS24 AHMGQKHRAMRVIFAVVLIFLLCWLPYNLVLLADTLMRTQVIQETCERRNHIDRALDATE
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB9 ILGILHSCLNPLIYAFIGQKFRHGLLKILAIHGLISKDSLPKDSRPSFVGSSSGHTSTTL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS24 ILGILHSCLNPLIYAFIGQKFRHGLLKILAIHGLISKDSLPKDSRPSFVGSSSGHTSTTL
              310       320       330       340       350       360

>>CCDS2409.1 CXCR1 gene_id:3577|Hs108|chr2                (350 aa)
 initn: 1757 init1: 1757 opt: 1767  Z-score: 1634.1  bits: 310.9 E(32554): 1.1e-84
Smith-Waterman score: 1767; 78.0% identity (90.5% similar) in 346 aa overlap (15-360:10-350)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB9 MEDFNMESDSFEDFWKGEDLSNYSYSSTLPPFLLDAAPCEPESLEINKYFVVIIYALVFL
                     :  .:: :..    .::   : .::  :.  .::: :.: ::::::
CCDS24      MSNITDPQMWDFDDL-NFT---GMPPADEDYSPCMLETETLNKYVVIIAYALVFL
                    10            20        30        40        50 

               70        80        90       100       110       120
pF1KB9 LSLLGNSLVMLVILYSRVGRSVTDVYLLNLALADLLFALTLPIWAASKVNGWIFGTFLCK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS24 LSLLGNSLVMLVILYSRVGRSVTDVYLLNLALADLLFALTLPIWAASKVNGWIFGTFLCK
              60        70        80        90       100       110 

              130       140       150       160       170       180
pF1KB9 VVSLLKEVNFYSGILLLACISVDRYLAIVHATRTLTQKRYLVKFICLSIWGLSLLLALPV
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::.::. ::::. :.:: 
CCDS24 VVSLLKEVNFYSGILLLACISVDRYLAIVHATRTLTQKRHLVKFVCLGCWGLSMNLSLPF
             120       130       140       150       160       170 

              190       200       210       220       230       240
pF1KB9 LLFRRTVYSSNVSPACYEDMGNNTANWRMLLRILPQSFGFIVPLLIMLFCYGFTLRTLFK
       .:::.. . .: ::.::: .::.::.:::.:::::..:::::::..::::::::::::::
CCDS24 FLFRQAYHPNNSSPVCYEVLGNDTAKWRMVLRILPHTFGFIVPLFVMLFCYGFTLRTLFK
             180       190       200       210       220       230 

              250       260       270       280       290       300
pF1KB9 AHMGQKHRAMRVIFAVVLIFLLCWLPYNLVLLADTLMRTQVIQETCERRNHIDRALDATE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::.: :::::::
CCDS24 AHMGQKHRAMRVIFAVVLIFLLCWLPYNLVLLADTLMRTQVIQESCERRNNIGRALDATE
             240       250       260       270       280       290 

              310       320       330       340       350       360
pF1KB9 ILGILHSCLNPLIYAFIGQKFRHGLLKILAIHGLISKDSLPKDSRPSFVGSSSGHTSTTL
       :::.:::::::.:::::::.::::.:::::.:::.::. : .    :.. ::: ..:..:
CCDS24 ILGFLHSCLNPIIYAFIGQNFRHGFLKILAMHGLVSKEFLARHRVTSYT-SSSVNVSSNL
             300       310       320       330       340        350

>>CCDS5298.1 CCR6 gene_id:1235|Hs108|chr6                 (374 aa)
 initn: 602 init1: 236 opt: 853  Z-score: 797.6  bits: 156.2 E(32554): 4.2e-38
Smith-Waterman score: 853; 41.2% identity (73.7% similar) in 335 aa overlap (3-329:7-331)

                   10        20        30        40         50     
pF1KB9     MEDFNMESDSFEDFWKGEDLSNYSYSSTLPPFLLDAAPCE-PESLEINKYFVVIIY
             .:.   :: ::.. . . : :: .: .   ::    :   :  .... :: : :
CCDS52 MSGESMNFSDVFDSSEDYFVSVNTSYYSVDSEM---LL----CSLQEVRQFSRLFVPIAY
               10        20        30               40        50   

          60        70        80        90       100       110     
pF1KB9 ALVFLLSLLGNSLVMLVILYSRVGRSVTDVYLLNLALADLLFALTLPIWAASKVNG-WIF
       .:. ...:::: ::.... . . .::.:::::::.:.::.::.::::.::.:...: :.:
CCDS52 SLICVFGLLGNILVVITFAFYKKARSMTDVYLLNMAIADILFVLTLPFWAVSHATGAWVF
            60        70        80        90       100       110   

          120       130       140       150       160          170 
pF1KB9 GTFLCKVVSLLKEVNFYSGILLLACISVDRYLAIVHATRTLTQKRYLV---KFICLSIWG
       ..  ::... .  .::  :.:::.:::.:::.:::.::...  .   .   :.::: .::
CCDS52 SNATCKLLKGIYAINFNCGMLLLTCISMDRYIAIVQATKSFRLRSRTLPRSKIICLVVWG
           120       130       140       150       160       170   

             180       190          200       210       220        
pF1KB9 LSLLLALPVLLFRRTVYSSNVSPAC---YEDMGNNTANWRMLLRILPQSFGFIVPLLIML
       ::....  ...: .  :... : .:   :. . ..   :..:.  :   :::..::..:.
CCDS52 LSVIISSSTFVFNQK-YNTQGSDVCEPKYQTV-SEPIRWKLLMLGLELLFGFFIPLMFMI
           180        190       200        210       220       230 

      230       240       250       260       270       280        
pF1KB9 FCYGFTLRTLFKAHMGQKHRAMRVIFAVVLIFLLCWLPYNLVLLADTLMRTQVIQETCER
       ::: : ..:: .:. ...:.:.:::.::::.:: : .:.:.:::. :      ....:. 
CCDS52 FCYTFIVKTLVQAQNSKRHKAIRVIIAVVLVFLACQIPHNMVLLV-TAANLGKMNRSCQS
             240       250       260       270        280       290

      290       300       310       320       330       340        
pF1KB9 RNHIDRALDATEILGILHSCLNPLIYAFIGQKFRHGLLKILAIHGLISKDSLPKDSRPSF
       .. :  .  .::.:..:: ::::..:::::::::. .::::                   
CCDS52 EKLIGYTKTVTEVLAFLHCCLNPVLYAFIGQKFRNYFLKILKDLWCVRRKYKSSGFSCAG
              300       310       320       330       340       350

      350       360            
pF1KB9 VGSSSGHTSTTL            
                               
CCDS52 RYSENISRQTSETADNDNASSFTM
              360       370    

>>CCDS14416.1 CXCR3 gene_id:2833|Hs108|chrX               (368 aa)
 initn: 829 init1: 388 opt: 827  Z-score: 773.9  bits: 151.8 E(32554): 8.7e-37
Smith-Waterman score: 827; 40.9% identity (67.9% similar) in 340 aa overlap (21-357:25-361)

                   10        20        30        40         50     
pF1KB9     MEDFNMESDSFEDFWKGEDLSNYSYSSTLPPFLLDAAPCEPE-SLEINKYFVVIIY
                               :.:.:. .       . ::  . ::.... :.  .:
CCDS14 MVLEVSDHQVLNDAEVAALLENFSSSYDYGENESDSCCTSPPCPQDFSLNFDRAFLPALY
               10        20        30        40        50        60

          60        70        80        90       100       110     
pF1KB9 ALVFLLSLLGNSLVMLVILYSRVGRSVTDVYLLNLALADLLFALTLPIWAASKVNGWIFG
       .:.:::.::::. :  :.:  :.. : ::..::.::.:: :..::::.::.. .  :.::
CCDS14 SLLFLLGLLGNGAVAAVLLSRRTALSSTDTFLLHLAVADTLLVLTLPLWAVDAAVQWVFG
               70        80        90       100       110       120

         120       130       140       150        160       170    
pF1KB9 TFLCKVVSLLKEVNFYSGILLLACISVDRYLAIVHATRTLTQ-KRYLVKFICLSIWGLSL
       . ::::.. : ..:::.: ::::::: :::: :::::.   .     : . ::..::: :
CCDS14 SGLCKVAGALFNINFYAGALLLACISFDRYLNIVHATQLYRRGPPARVTLTCLAVWGLCL
              130       140       150       160       170       180

          180       190        200       210       220       230   
pF1KB9 LLALPVLLFRRTVYSSNVSPA-CYEDMGNNTANWRMLLRILPQSFGFIVPLLIMLFCYGF
       :.::: ..:  . ..  .. . :     :     :  ::.:    ::..:::.: .::. 
CCDS14 LFALPDFIFLSAHHDERLNATHCQY---NFPQVGRTALRVLQLVAGFLLPLLVMAYCYAH
              190       200          210       220       230       

           240       250       260       270       280       290   
pF1KB9 TLRTLFKAHMGQKHRAMRVIFAVVLIFLLCWLPYNLVLLADTLMRTQVIQETCERRNHID
        : .:. ..  .. ::::.. .::. : ::: ::.::.:.: ::   .. ..: :....:
CCDS14 ILAVLLVSRGQRRLRAMRLVVVVVVAFALCWTPYHLVVLVDILMDLGALARNCGRESRVD
       240       250       260       270       280       290       

           300       310       320       330       340       350   
pF1KB9 RALDATEILGILHSCLNPLIYAFIGQKFRHGLLKILAIHGLISKDSLPKDSRPSFVGSSS
        : ..:  :: .: :::::.:::.: :::. .  .:   :  .. .: ..   :   :: 
CCDS14 VAKSVTSGLGYMHCCLNPLLYAFVGVKFRERMWMLLLRLGCPNQRGLQRQPSSSRRDSSW
       300       310       320       330       340       350       

           360    
pF1KB9 GHTSTTL    
       ..::       
CCDS14 SETSEASYSGL
       360        

>>CCDS48135.1 CXCR3 gene_id:2833|Hs108|chrX               (415 aa)
 initn: 829 init1: 388 opt: 827  Z-score: 773.3  bits: 151.9 E(32554): 9.4e-37
Smith-Waterman score: 827; 40.9% identity (67.9% similar) in 340 aa overlap (21-357:72-408)

                         10        20        30        40          
pF1KB9           MEDFNMESDSFEDFWKGEDLSNYSYSSTLPPFLLDAAPCEPE-SLEINKY
                                     :.:.:. .       . ::  . ::.... 
CCDS48 APSSPFPPSQVSDHQVLNDAEVAALLENFSSSYDYGENESDSCCTSPPCPQDFSLNFDRA
              50        60        70        80        90       100 

      50        60        70        80        90       100         
pF1KB9 FVVIIYALVFLLSLLGNSLVMLVILYSRVGRSVTDVYLLNLALADLLFALTLPIWAASKV
       :.  .:.:.:::.::::. :  :.:  :.. : ::..::.::.:: :..::::.::.. .
CCDS48 FLPALYSLLFLLGLLGNGAVAAVLLSRRTALSSTDTFLLHLAVADTLLVLTLPLWAVDAA
             110       120       130       140       150       160 

     110       120       130       140       150        160        
pF1KB9 NGWIFGTFLCKVVSLLKEVNFYSGILLLACISVDRYLAIVHATRTLTQ-KRYLVKFICLS
         :.::. ::::.. : ..:::.: ::::::: :::: :::::.   .     : . ::.
CCDS48 VQWVFGSGLCKVAGALFNINFYAGALLLACISFDRYLNIVHATQLYRRGPPARVTLTCLA
             170       180       190       200       210       220 

      170       180       190        200       210       220       
pF1KB9 IWGLSLLLALPVLLFRRTVYSSNVSPA-CYEDMGNNTANWRMLLRILPQSFGFIVPLLIM
       .::: ::.::: ..:  . ..  .. . :     :     :  ::.:    ::..:::.:
CCDS48 VWGLCLLFALPDFIFLSAHHDERLNATHCQY---NFPQVGRTALRVLQLVAGFLLPLLVM
             230       240       250          260       270        

       230       240       250       260       270       280       
pF1KB9 LFCYGFTLRTLFKAHMGQKHRAMRVIFAVVLIFLLCWLPYNLVLLADTLMRTQVIQETCE
        .::.  : .:. ..  .. ::::.. .::. : ::: ::.::.:.: ::   .. ..: 
CCDS48 AYCYAHILAVLLVSRGQRRLRAMRLVVVVVVAFALCWTPYHLVVLVDILMDLGALARNCG
      280       290       300       310       320       330        

       290       300       310       320       330       340       
pF1KB9 RRNHIDRALDATEILGILHSCLNPLIYAFIGQKFRHGLLKILAIHGLISKDSLPKDSRPS
       :....: : ..:  :: .: :::::.:::.: :::. .  .:   :  .. .: ..   :
CCDS48 RESRVDVAKSVTSGLGYMHCCLNPLLYAFVGVKFRERMWMLLLRLGCPNQRGLQRQPSSS
      340       350       360       370       380       390        

       350       360    
pF1KB9 FVGSSSGHTSTTL    
          :: ..::       
CCDS48 RRDSSWSETSEASYSGL
      400       410     

>>CCDS2656.1 CCR4 gene_id:1233|Hs108|chr3                 (360 aa)
 initn: 707 init1: 594 opt: 811  Z-score: 759.4  bits: 149.1 E(32554): 5.6e-36
Smith-Waterman score: 811; 40.5% identity (73.0% similar) in 311 aa overlap (21-329:17-319)

               10        20        30        40         50         
pF1KB9 MEDFNMESDSFEDFWKGEDLSNYSYSSTLPPFLLDAAPCEPESLE-INKYFVVIIYALVF
                           :::    ..:       ::  :... ... :.  .:.:::
CCDS26     MNPTDIADTTLDESIYSNYYLYESIPK------PCTKEGIKAFGELFLPPLYSLVF
                   10        20              30        40        50

      60        70        80        90       100       110         
pF1KB9 LLSLLGNSLVMLVILYSRVGRSVTDVYLLNLALADLLFALTLPIWAASKVNGWIFGTFLC
       ...:::::.:.::..  .  ::.:::::::::..::::...::.:.   .. :.::  ::
CCDS26 VFGLLGNSVVVLVLFKYKRLRSMTDVYLLNLAISDLLFVFSLPFWGYYAADQWVFGLGLC
               60        70        80        90       100       110

     120       130       140       150       160        170        
pF1KB9 KVVSLLKEVNFYSGILLLACISVDRYLAIVHATRTLTQKRYLVKFIC-LSIWGLSLLLAL
       :..: .  :.:::::...  .:.:::::::::. .:  .      :  :. :..... .:
CCDS26 KMISWMYLVGFYSGIFFVMLMSIDRYLAIVHAVFSLRARTLTYGVITSLATWSVAVFASL
              120       130       140       150       160       170

      180       190       200       210       220       230        
pF1KB9 PVLLFRRTVYSSNVSPACYEDMGNNTANWRMLLRILPQSFGFIVPLLIMLFCYGFTLRTL
       : .::  : :.      :   .. :...:..:  .  . .:...:: ::::::.. .:::
CCDS26 PGFLFS-TCYTERNHTYCKTKYSLNSTTWKVLSSLEINILGLVIPLGIMLFCYSMIIRTL
               180       190       200       210       220         

      240       250       260       270       280       290        
pF1KB9 FKAHMGQKHRAMRVIFAVVLIFLLCWLPYNLVLLADTLMRTQVIQETCERRNHIDRALDA
        . .  .:..:...:::::..::  : :::.::. .::.. .:.:. :  . ..: :..:
CCDS26 QHCKNEKKNKAVKMIFAVVVLFLGFWTPYNIVLFLETLVELEVLQD-CTFERYLDYAIQA
     230       240       250       260       270        280        

      300       310       320       330       340       350        
pF1KB9 TEILGILHSCLNPLIYAFIGQKFRHGLLKILAIHGLISKDSLPKDSRPSFVGSSSGHTST
       :: :...: ::::.:: :.:.:::. .:...                             
CCDS26 TETLAFVHCCLNPIIYFFLGEKFRKYILQLFKTCRGLFVLCQYCGLLQIYSADTPSSSYT
      290       300       310       320       330       340        

      360          
pF1KB9 TL          
                   
CCDS26 QSTMDHDLHDAL
      350       360

>>CCDS8402.1 CXCR5 gene_id:643|Hs108|chr11                (372 aa)
 initn: 777 init1: 372 opt: 804  Z-score: 752.8  bits: 147.9 E(32554): 1.3e-35
Smith-Waterman score: 810; 38.3% identity (68.5% similar) in 368 aa overlap (4-360:7-372)

                  10         20        30        40        50      
pF1KB9    MEDFNMESDSFED-FWKGEDLSNYSYSSTLPPFLLDAAPCEPESLEINKYFVVIIYA
             ..:. ...:: ::. . :.::. .: .   :  :.   :    ..  :: . :.
CCDS84 MNYPLTLEMDLENLEDLFWELDRLDNYNDTSLVENHLCPATEG-PLMASFKAVFVPVAYS
               10        20        30        40         50         

         60        70        80        90       100       110      
pF1KB9 LVFLLSLLGNSLVMLVILYSRVGRSVTDVYLLNLALADLLFALTLPIWAASKVNGWIFGT
       :.:::...:: ::....   :  :: :...:..::.::::... ::. .:    ::..::
CCDS84 LIFLLGVIGNVLVLVILERHRQTRSSTETFLFHLAVADLLLVFILPFAVAEGSVGWVLGT
      60        70        80        90       100       110         

        120       130       140       150       160        170     
pF1KB9 FLCKVVSLLKEVNFYSGILLLACISVDRYLAIVHATRTLTQKRYL-VKFICLSIWGLSLL
       ::::.:  :..:::: . ::::::.::::::::::...  ..: : ... : .:: ...:
CCDS84 FLCKTVIALHKVNFYCSSLLLACIAVDRYLAIVHAVHAYRHRRLLSIHITCGTIWLVGFL
     120       130       140       150       160       170         

         180         190       200         210       220       230 
pF1KB9 LALPVLLFRRTV--YSSNVSPACYEDMGNN--TANWRMLLRILPQSFGFIVPLLIMLFCY
       :::: .:: ..   . .:  : :  .. :.  :  : .  :.: .  ::..:.:.: .::
CCDS84 LALPEILFAKVSQGHHNNSLPRCTFSQENQAETHAW-FTSRFLYHVAGFLLPMLVMGWCY
     180       190       200       210        220       230        

             240        250       260       270       280       290
pF1KB9 GFTLRTLFKAHM-GQKHRAMRVIFAVVLIFLLCWLPYNLVLLADTLMRTQVIQETCERRN
         ... : .:.   :...:.:: . :. ::.::: ::..:.. ::: : .....::.  .
CCDS84 VGVVHRLRQAQRRPQRQKAVRVAILVTSIFFLCWSPYHIVIFLDTLARLKAVDNTCKLNG
      240       250       260       270       280       290        

              300       310       320       330       340          
pF1KB9 HIDRALDATEILGILHSCLNPLIYAFIGQKFRHGLLKILAIHGLISKDSL----PKDSRP
        .  :.   :.::. : ::::..:.: : :::  : ..:.  :  .  ::    :.  : 
CCDS84 SLPVAITMCEFLGLAHCCLNPMLYTFAGVKFRSDLSRLLTKLGCTGPASLCQLFPSWRRS
      300       310       320       330       340       350        

        350       360
pF1KB9 SFVGSSSGHTSTTL
       :.  : .. . ::.
CCDS84 SLSESENATSLTTF
      360       370  

>>CCDS77026.1 CCR7 gene_id:1236|Hs108|chr17               (372 aa)
 initn: 742 init1: 370 opt: 758  Z-score: 710.7  bits: 140.1 E(32554): 2.9e-33
Smith-Waterman score: 758; 36.8% identity (71.3% similar) in 342 aa overlap (16-353:19-359)

                  10        20        30        40         50      
pF1KB9    MEDFNMESDSFEDFWKGEDLSNYSYSSTLPPFLLDAAPCEPESLEINK-YFVVIIYA
                         . :  ..:  ..:   . :  . :  ....  : .:. :.:.
CCDS77 MKSVLVVALLVIFQVCLCQDEVTDDYIGDNTTVDYTLFESLCSKKDVRNFKAWFLPIMYS
               10        20        30        40        50        60

         60        70        80        90       100       110      
pF1KB9 LVFLLSLLGNSLVMLVILYSRVGRSVTDVYLLNLALADLLFALTLPIWAASKVNGWIFGT
       .. ...::::.::.:. .: .  ...::.::::::.::.:: ::::.:: : ...:.::.
CCDS77 IICFVGLLGNGLVVLTYIYFKRLKTMTDTYLLNLAVADILFLLTLPFWAYSAAKSWVFGV
               70        80        90       100       110       120

        120       130       140       150        160         170   
pF1KB9 FLCKVVSLLKEVNFYSGILLLACISVDRYLAIVHATRTLTQK-RYLV--KFICLSIWGLS
        .::..  . ...:.::.::: :::.:::.:::.:. .  .. : :.  :. :..:: :.
CCDS77 HFCKLIFAIYKMSFFSGMLLLLCISIDRYVAIVQAVSAHRHRARVLLISKLSCVGIWILA
              130       140       150       160       170       180

           180       190       200       210       220       230   
pF1KB9 LLLALPVLLFRRTVYSSNVSPACYEDMGNNTANWRMLLRILPQSFGFIVPLLIMLFCYGF
        .:..: ::.     ::.   :   .. .. ..  . ...  . .::.:::: : :::  
CCDS77 TVLSIPELLYSDLQRSSS-EQAMRCSLITEHVEAFITIQVAQMVIGFLVPLLAMSFCYLV
              190        200       210       220       230         

           240       250       260       270       280       290   
pF1KB9 TLRTLFKAHMGQKHRAMRVIFAVVLIFLLCWLPYNLVLLADTLMRTQVIQETCERRNHID
        .:::..:.  ....:..::.:::..:..  :::: :.::.:.   .. . :::  ....
CCDS77 IIRTLLQARNFERNKAIKVIIAVVVVFIVFQLPYNGVVLAQTVANFNITSSTCELSKQLN
     240       250       260       270       280       290         

           300       310       320       330       340       350   
pF1KB9 RALDATEILGILHSCLNPLIYAFIGQKFRHGLLKILAIHGLISKDSLPKDSRPSFVGSSS
        : :.:  :. .. :.::..::::: :::. :.:..   : .:...: . :    .  ::
CCDS77 IAYDVTYSLACVRCCVNPFLYAFIGVKFRNDLFKLFKDLGCLSQEQLRQWSSCRHIRRSS
     300       310       320       330       340       350         

           360      
pF1KB9 GHTSTTL      
                    
CCDS77 MSVEAETTTTFSP
     360       370  

>>CCDS11369.1 CCR7 gene_id:1236|Hs108|chr17               (378 aa)
 initn: 742 init1: 370 opt: 758  Z-score: 710.7  bits: 140.1 E(32554): 2.9e-33
Smith-Waterman score: 758; 36.8% identity (71.3% similar) in 342 aa overlap (16-353:25-365)

                        10        20        30        40         50
pF1KB9          MEDFNMESDSFEDFWKGEDLSNYSYSSTLPPFLLDAAPCEPESLEINK-YF
                               . :  ..:  ..:   . :  . :  ....  : .:
CCDS11 MDLGKPMKSVLVVALLVIFQVCLCQDEVTDDYIGDNTTVDYTLFESLCSKKDVRNFKAWF
               10        20        30        40        50        60

               60        70        80        90       100       110
pF1KB9 VVIIYALVFLLSLLGNSLVMLVILYSRVGRSVTDVYLLNLALADLLFALTLPIWAASKVN
       . :.:... ...::::.::.:. .: .  ...::.::::::.::.:: ::::.:: : ..
CCDS11 LPIMYSIICFVGLLGNGLVVLTYIYFKRLKTMTDTYLLNLAVADILFLLTLPFWAYSAAK
               70        80        90       100       110       120

              120       130       140       150        160         
pF1KB9 GWIFGTFLCKVVSLLKEVNFYSGILLLACISVDRYLAIVHATRTLTQK-RYLV--KFICL
       .:.::. .::..  . ...:.::.::: :::.:::.:::.:. .  .. : :.  :. :.
CCDS11 SWVFGVHFCKLIFAIYKMSFFSGMLLLLCISIDRYVAIVQAVSAHRHRARVLLISKLSCV
              130       140       150       160       170       180

       170       180       190       200       210       220       
pF1KB9 SIWGLSLLLALPVLLFRRTVYSSNVSPACYEDMGNNTANWRMLLRILPQSFGFIVPLLIM
       .:: :. .:..: ::.     ::.   :   .. .. ..  . ...  . .::.:::: :
CCDS11 GIWILATVLSIPELLYSDLQRSSS-EQAMRCSLITEHVEAFITIQVAQMVIGFLVPLLAM
              190       200        210       220       230         

       230       240       250       260       270       280       
pF1KB9 LFCYGFTLRTLFKAHMGQKHRAMRVIFAVVLIFLLCWLPYNLVLLADTLMRTQVIQETCE
        :::   .:::..:.  ....:..::.:::..:..  :::: :.::.:.   .. . :::
CCDS11 SFCYLVIIRTLLQARNFERNKAIKVIIAVVVVFIVFQLPYNGVVLAQTVANFNITSSTCE
     240       250       260       270       280       290         

       290       300       310       320       330       340       
pF1KB9 RRNHIDRALDATEILGILHSCLNPLIYAFIGQKFRHGLLKILAIHGLISKDSLPKDSRPS
         .... : :.:  :. .. :.::..::::: :::. :.:..   : .:...: . :   
CCDS11 LSKQLNIAYDVTYSLACVRCCVNPFLYAFIGVKFRNDLFKLFKDLGCLSQEQLRQWSSCR
     300       310       320       330       340       350         

       350       360      
pF1KB9 FVGSSSGHTSTTL      
        .  ::             
CCDS11 HIRRSSMSVEAETTTTFSP
     360       370        

>>CCDS2732.1 CCR9 gene_id:10803|Hs108|chr3                (369 aa)
 initn: 666 init1: 367 opt: 746  Z-score: 699.8  bits: 138.1 E(32554): 1.2e-32
Smith-Waterman score: 747; 36.2% identity (70.0% similar) in 340 aa overlap (2-337:15-340)

                            10        20        30        40       
pF1KB9              MEDFNMESDSFEDFWKGEDLSNYSYSSTLPPFLLDAAPCEPESL-EI
                     .:.. :: :     . ::  :.....    :      :: ... ..
CCDS27 MTPTDFTSPIPNMADDYGSESTS-----SMEDYVNFNFTD----FY-----CEKNNVRQF
               10        20             30                 40      

         50        60        70        80        90       100      
pF1KB9 NKYFVVIIYALVFLLSLLGNSLVMLVILYSRVGRSVTDVYLLNLALADLLFALTLPIWAA
        ..:.  .: :::... ::::::.::  :    ...::..:::::.::::: .:::.:: 
CCDS27 ASHFLPPLYWLVFIVGALGNSLVILVYWYCTRVKTMTDMFLLNLAIADLLFLVTLPFWAI
         50        60        70        80        90       100      

        110       120       130       140       150         160    
pF1KB9 SKVNGWIFGTFLCKVVSLLKEVNFYSGILLLACISVDRYLAIVHATRTLT--QKRYLV-K
       . .. : : ::.::::. . ..:::: .::. :::::::.::..: :. :  .:: :  :
CCDS27 AAADQWKFQTFMCKVVNSMYKMNFYSCVLLIMCISVDRYIAIAQAMRAHTWREKRLLYSK
        110       120       130       140       150       160      

           170       180       190       200       210       220   
pF1KB9 FICLSIWGLSLLLALPVLLFRRTVYSSNVSPACYEDMGNNTANWRMLLRILPQSFGFIVP
       ..:..:: :.  : .: .:. .    :...   .   ...... .  .  :   .::..:
CCDS27 MVCFTIWVLAAALCIPEILYSQIKEESGIAICTMVYPSDESTKLKSAVLTLKVILGFFLP
        170       180       190       200       210       220      

           230       240       250       260       270       280   
pF1KB9 LLIMLFCYGFTLRTLFKAHMGQKHRAMRVIFAVVLIFLLCWLPYNLVLLADTLMRTQVIQ
       ...:  :: . ..::..:. ..::.:..: ..:. .:.:  .::: .::..:.    .. 
CCDS27 FVVMACCYTIIIHTLIQAKKSSKHKALKVTITVLTVFVLSQFPYNCILLVQTIDAYAMFI
        230       240       250       260       270       280      

           290       300       310       320       330       340   
pF1KB9 ETCERRNHIDRALDATEILGILHSCLNPLIYAFIGQKFRHGLLKILAIHGLISKDSLPKD
        .:   ..::  ...:. ....::::::..:.:.:..::. :.: :   : ::.      
CCDS27 SNCAVSTNIDICFQVTQTIAFFHSCLNPVLYVFVGERFRRDLVKTLKNLGCISQAQWVSF
        290       300       310       320       330       340      

           350       360      
pF1KB9 SRPSFVGSSSGHTSTTL      
                              
CCDS27 TRREGSLKLSSMLLETTSGALSL
        350       360         




360 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Fri Nov  4 19:40:14 2016 done: Fri Nov  4 19:40:15 2016
 Total Scan time:  2.260 Total Display time:  0.020

Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
Inquiries or Suggestions ?
Send a message to flexiclone AT kazusagt.com