Result of FASTA (ccds) for pFN21AB9743
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB9743, 524 aa
  1>>>pF1KB9743 524 - 524 aa - 524 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.2460+/-0.000923; mu= -1.9081+/- 0.055
 mean_var=387.8791+/-81.893, 0's: 0 Z-trim(117.4): 746  B-trim: 0 in 0/53
 Lambda= 0.065122
 statistics sampled from 17277 (18158) to 17277 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.83), E-opt: 0.2 (0.558), width:  16
 Scan time:  3.890

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS10511.1 GLIS2 gene_id:84662|Hs108|chr16        ( 524) 3697 361.2 1.6e-99
CCDS582.1 GLIS1 gene_id:148979|Hs108|chr1          ( 620)  750 84.4   4e-16
CCDS6451.1 GLIS3 gene_id:169792|Hs108|chr9         ( 775)  747 84.3 5.7e-16
CCDS43784.1 GLIS3 gene_id:169792|Hs108|chr9        ( 930)  747 84.4 6.4e-16
CCDS53806.1 GLI1 gene_id:2735|Hs108|chr12          (1065)  696 79.6   2e-14
CCDS8940.1 GLI1 gene_id:2735|Hs108|chr12           (1106)  696 79.6   2e-14
CCDS5465.1 GLI3 gene_id:2737|Hs108|chr7            (1580)  696 79.8 2.5e-14
CCDS53807.1 GLI1 gene_id:2735|Hs108|chr12          ( 978)  691 79.1 2.6e-14
CCDS33283.1 GLI2 gene_id:2736|Hs108|chr2           (1586)  695 79.7 2.7e-14
CCDS9495.1 ZIC2 gene_id:7546|Hs108|chr13           ( 532)  660 75.9 1.3e-13
CCDS3136.1 ZIC1 gene_id:7545|Hs108|chr3            ( 447)  624 72.4 1.2e-12
CCDS54653.1 ZIC4 gene_id:84107|Hs108|chr3          ( 372)  621 72.1 1.3e-12
CCDS9494.2 ZIC5 gene_id:85416|Hs108|chr13          ( 663)  623 72.5 1.6e-12
CCDS54652.1 ZIC4 gene_id:84107|Hs108|chr3          ( 384)  617 71.7 1.7e-12
CCDS43160.1 ZIC4 gene_id:84107|Hs108|chr3          ( 334)  615 71.5 1.8e-12


>>CCDS10511.1 GLIS2 gene_id:84662|Hs108|chr16             (524 aa)
 initn: 3697 init1: 3697 opt: 3697  Z-score: 1900.1  bits: 361.2 E(32554): 1.6e-99
Smith-Waterman score: 3697; 100.0% identity (100.0% similar) in 524 aa overlap (1-524:1-524)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB9 MHSLDEPLDLKLSITKLRAAREKRERTLGVVRPRALHRELGLVDDSPTPGSPGSPPSGFL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 MHSLDEPLDLKLSITKLRAAREKRERTLGVVRPRALHRELGLVDDSPTPGSPGSPPSGFL
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB9 LNSKFPEKVEGRFSAAPLVDLSLSPPSGLDSPNGSSSLSPERQGNGDLPPVPSASDFQPL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 LNSKFPEKVEGRFSAAPLVDLSLSPPSGLDSPNGSSSLSPERQGNGDLPPVPSASDFQPL
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB9 RYLDGVPSSFQFFLPLGSGGALHLPASSFLTPPKDKCLSPDLPLPKQLVCRWAKCNQLFE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 RYLDGVPSSFQFFLPLGSGGALHLPASSFLTPPKDKCLSPDLPLPKQLVCRWAKCNQLFE
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB9 LLQDLVDHVNDYHVKPEKDAGYCCHWEGCARHGRGFNARYKMLIHIRTHTNEKPHRCPTC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 LLQDLVDHVNDYHVKPEKDAGYCCHWEGCARHGRGFNARYKMLIHIRTHTNEKPHRCPTC
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB9 SKSFSRLENLKIHNRSHTGEKPYVCPYEGCNKRYSNSSDRFKHTRTHYVDKPYYCKMPGC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 SKSFSRLENLKIHNRSHTGEKPYVCPYEGCNKRYSNSSDRFKHTRTHYVDKPYYCKMPGC
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB9 HKRYTDPSSLRKHIKAHGHFVSHEQQELLQLRPPPKPPLPAPDGGPYVSGAQIIIPNPAA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 HKRYTDPSSLRKHIKAHGHFVSHEQQELLQLRPPPKPPLPAPDGGPYVSGAQIIIPNPAA
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB9 LFGGPGLPGLPLPLAPGPLDLSALACGNGGGSGGGGGMGPGLPGPVLPLNLAKNPLLPSP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 LFGGPGLPGLPLPLAPGPLDLSALACGNGGGSGGGGGMGPGLPGPVLPLNLAKNPLLPSP
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB9 FGAGGLGLPVVSLLAGAAGGKAEGEKGRGSVPTRALGMEGHKTPLERTESSCSRPSPDGL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 FGAGGLGLPVVSLLAGAAGGKAEGEKGRGSVPTRALGMEGHKTPLERTESSCSRPSPDGL
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520    
pF1KB9 PLLPGTVLDLSTGVNSAASSPEALAPGWVVIPPGSVLLKPAVVN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 PLLPGTVLDLSTGVNSAASSPEALAPGWVVIPPGSVLLKPAVVN
              490       500       510       520    

>>CCDS582.1 GLIS1 gene_id:148979|Hs108|chr1               (620 aa)
 initn: 841 init1: 434 opt: 750  Z-score: 402.9  bits: 84.4 E(32554): 4e-16
Smith-Waterman score: 764; 36.7% identity (58.1% similar) in 439 aa overlap (40-431:68-491)

      10        20        30        40        50          60       
pF1KB9 LKLSITKLRAAREKRERTLGVVRPRALHRELGLVDDSPTPGSP--GSPPSGFLLNSK--F
                                     :::   ::. .::  .:  .... .:.  .
CCDS58 CYLLGSEPSSGLGLQPETHLPEGSLKRCCVLGLPPTSPASSSPCASSDVTSIIRSSQTSL
        40        50        60        70        80        90       

          70        80        90       100       110       120     
pF1KB9 PEKVEGRFSAAPLVDLSLSPPSGLDSPNGSSSLSPERQGNGDLPPVPSASDFQPLRYLDG
          :.: . . ::.  .:. ::    :. .:. : :  :. .:    .::      .:  
CCDS58 VTCVNG-LRSPPLTG-DLGGPSKRARPGPASTDSHE--GSLQLEACRKAS------FLKQ
       100        110        120       130         140             

          130        140       150       160            170        
pF1KB9 VPSS-F-QFFLPLGSGGALHLPASSFLTPPKDKCLSPDLPLPKQLV-----CRWAKCNQL
        :.. : ..: :  .:     : :..  ::  .  .  : :  ..:     :::. :   
CCDS58 EPADEFSELFGPHQQGLPPPYPLSQL--PPGPSLGGLGLGLAGRVVAGRQACRWVDCCAA
       150       160       170         180       190       200     

      180       190       200       210       220       230        
pF1KB9 FELLQDLVDHVNDYHVKPEKDAGYCCHWEGCARHGRGFNARYKMLIHIRTHTNEKPHRC-
       .:  ..:: :..  :.  .:   . : : ::.:. . ::::::.:::.:.:..:::..: 
CCDS58 YEQQEELVRHIEKSHIDQRKGEDFTCFWAGCVRRYKPFNARYKLLIHMRVHSGEKPNKCM
         210       220       230       240       250       260     

        240       250       260       270       280       290      
pF1KB9 -PTCSKSFSRLENLKIHNRSHTGEKPYVCPYEGCNKRYSNSSDRFKHTRTHYVDKPYYCK
          :::.:::::::::: :::::::::.: . ::.: .:::::: :: :::   ::: :.
CCDS58 FEGCSKAFSRLENLKIHLRSHTGEKPYLCQHPGCQKAFSNSSDRAKHQRTHLDTKPYACQ
         270       280       290       300       310       320     

        300       310       320       330                          
pF1KB9 MPGCHKRYTDPSSLRKHIKAHGHFVSHEQQELLQLRPPP------------------KPP
       .::: ::::::::::::.:::.   ..:::   .:.  :                  .  
CCDS58 IPGCSKRYTDPSSLRKHVKAHS---AKEQQVRKKLHAGPDTEADVLTECLVLQQLHTSTQ
         330       340          350       360       370       380  

      340       350         360             370       380       390
pF1KB9 LPAPDGGPYVSGAQIIIPN--PAALFGGPGL------PGLPLPLAPGPLDLSALACGNGG
       : : ::    . .: ..:.  :...    ::      :.  .:    ::: .. .  . .
CCDS58 LAASDGKGGCGLGQELLPGVYPGSITPHNGLASGLLPPAHDVPSRHHPLDATTSSHHHLS
            390       400       410       420       430       440  

                  400        410        420         430       440  
pF1KB9 ----GSGGGGGMGPGLPGPVL-PLN-LAKNPLLPSP--FGAGGLGLPVVSLLAGAAGGKA
           . .   :.:::: .:.. ::. :.  :: ::    . ::  .:..           
CCDS58 PLPMAESTRDGLGPGLLSPIVSPLKGLGPPPLPPSSQSHSPGGQPFPTLPSKPSYPPFQS
            450       460       470       480       490       500  

            450       460       470       480       490       500  
pF1KB9 EGEKGRGSVPTRALGMEGHKTPLERTESSCSRPSPDGLPLLPGTVLDLSTGVNSAASSPE
                                                                   
CCDS58 PPPPPLPSPQGYQGSFHSIQSCFPYGDCYRMAEPAAGGDGLVGETHGFNPLRPNGYHSLS
            510       520       530       540       550       560  

>>CCDS6451.1 GLIS3 gene_id:169792|Hs108|chr9              (775 aa)
 initn: 684 init1: 428 opt: 747  Z-score: 400.2  bits: 84.3 E(32554): 5.7e-16
Smith-Waterman score: 750; 37.2% identity (56.0% similar) in 414 aa overlap (88-479:261-647)

        60        70        80        90         100            110
pF1KB9 GFLLNSKFPEKVEGRFSAAPLVDLSLSPPSGLDSPNGSSS--LSPER----QGNG-DLPP
                                     :: .:...:.  .. ::     :.  ::::
CCDS64 EDGALEHERMQQLEHGGLQPGLVNHMVVQHGLPGPDSQSAGLFKTERLEEFPGSTVDLPP
              240       250       260       270       280       290

              120       130       140       150       160          
pF1KB9 VPSASDFQPLRYLDGVPSSFQFFLPLGSGGALHLPASSFLTPPKDKCLSPDLPLPK----
       .:    . ::    : :       :  . . :: :    : :  ..   :.  :      
CCDS64 APP---LPPLPPPPGPPP------PYHAHAHLHHPE---LGPHAQQLALPQATLDDDGEM
                 300             310          320       330        

             170       180       190       200       210       220 
pF1KB9 -----QLVCRWAKCNQLFELLQDLVDHVNDYHVKPEKDAGYCCHWEGCARHGRGFNARYK
            .  :::  :. :..  ..:: :..  :.  .:   . : : :: :. . ::::::
CCDS64 DGIGGKHCCRWIDCSALYDQQEELVRHIEKVHIDQRKGEDFTCFWAGCPRRYKPFNARYK
      340       350       360       370       380       390        

             230         240       250       260       270         
pF1KB9 MLIHIRTHTNEKPHRCPT--CSKSFSRLENLKIHNRSHTGEKPYVCPYEGCNKRYSNSSD
       .:::.:.:..:::..:    : :.:::::::::: :::::::::.: . ::.: .:::::
CCDS64 LLIHMRVHSGEKPNKCTFEGCEKAFSRLENLKIHLRSHTGEKPYLCQHPGCQKAFSNSSD
      400       410       420       430       440       450        

     280       290       300       310       320       330         
pF1KB9 RFKHTRTHYVDKPYYCKMPGCHKRYTDPSSLRKHIKAHGHFVSHEQQELLQLRPPPK-PP
       : :: :::   ::: :..::: ::::::::::::.:::.   :.:::   .::   .  :
CCDS64 RAKHQRTHLDTKPYACQIPGCTKRYTDPSSLRKHVKAHS---SKEQQARKKLRSSTELHP
      460       470       480       490          500       510     

      340       350       360        370       380         390     
pF1KB9 LPAPDGGPYVSGAQIIIPNPAALFGGPGL-PGLPLPLAPGPLDLSA--LACGNGGGSGGG
           :     :      :  ::  :  :  ::      :::   ::  .. . .. :: .
CCDS64 DLLTDCLTVQSLQPATSPRDAAAEGTVGRSPG------PGPDLYSAPIFSSNYSSRSGTA
         520       530       540             550       560         

         400       410       420       430       440       450     
pF1KB9 GGMGPGLPGPVLPLNLAKNPLLPSPFGAGGLGLPVVSLLAGAAGGKAEGEKGRGSVPTRA
       .:  :  : ::   . ..: .  :: . ..   :.... :::      . . .   : : 
CCDS64 AGAVPP-PHPVSHPSPGHN-VQGSPHNPSSQLPPLTAVDAGAERFAPSAPSPHHISPRR-
     570        580        590       600       610       620       

         460       470       480       490       500       510     
pF1KB9 LGMEGHKTPLERTESSCSRPSPDGLPLLPGTVLDLSTGVNSAASSPEALAPGWVVIPPGS
         . . .. :.::.   .. .:.:                                    
CCDS64 --VPAPSSILQRTQPPYTQ-QPSGSHLKSYQPETNSSFQPNGIHVHGFYGQLQKFCPPHY
          630       640        650       660       670       680   

>>CCDS43784.1 GLIS3 gene_id:169792|Hs108|chr9             (930 aa)
 initn: 684 init1: 428 opt: 747  Z-score: 399.3  bits: 84.4 E(32554): 6.4e-16
Smith-Waterman score: 750; 37.2% identity (56.0% similar) in 414 aa overlap (88-479:416-802)

        60        70        80        90         100            110
pF1KB9 GFLLNSKFPEKVEGRFSAAPLVDLSLSPPSGLDSPNGSSS--LSPER----QGNG-DLPP
                                     :: .:...:.  .. ::     :.  ::::
CCDS43 EDGALEHERMQQLEHGGLQPGLVNHMVVQHGLPGPDSQSAGLFKTERLEEFPGSTVDLPP
         390       400       410       420       430       440     

              120       130       140       150       160          
pF1KB9 VPSASDFQPLRYLDGVPSSFQFFLPLGSGGALHLPASSFLTPPKDKCLSPDLPLPK----
       .:    . ::    : :       :  . . :: :    : :  ..   :.  :      
CCDS43 APP---LPPLPPPPGPPP------PYHAHAHLHHPE---LGPHAQQLALPQATLDDDGEM
            450       460             470          480       490   

             170       180       190       200       210       220 
pF1KB9 -----QLVCRWAKCNQLFELLQDLVDHVNDYHVKPEKDAGYCCHWEGCARHGRGFNARYK
            .  :::  :. :..  ..:: :..  :.  .:   . : : :: :. . ::::::
CCDS43 DGIGGKHCCRWIDCSALYDQQEELVRHIEKVHIDQRKGEDFTCFWAGCPRRYKPFNARYK
           500       510       520       530       540       550   

             230         240       250       260       270         
pF1KB9 MLIHIRTHTNEKPHRCPT--CSKSFSRLENLKIHNRSHTGEKPYVCPYEGCNKRYSNSSD
       .:::.:.:..:::..:    : :.:::::::::: :::::::::.: . ::.: .:::::
CCDS43 LLIHMRVHSGEKPNKCTFEGCEKAFSRLENLKIHLRSHTGEKPYLCQHPGCQKAFSNSSD
           560       570       580       590       600       610   

     280       290       300       310       320       330         
pF1KB9 RFKHTRTHYVDKPYYCKMPGCHKRYTDPSSLRKHIKAHGHFVSHEQQELLQLRPPPK-PP
       : :: :::   ::: :..::: ::::::::::::.:::.   :.:::   .::   .  :
CCDS43 RAKHQRTHLDTKPYACQIPGCTKRYTDPSSLRKHVKAHS---SKEQQARKKLRSSTELHP
           620       630       640       650          660       670

      340       350       360        370       380         390     
pF1KB9 LPAPDGGPYVSGAQIIIPNPAALFGGPGL-PGLPLPLAPGPLDLSA--LACGNGGGSGGG
           :     :      :  ::  :  :  ::      :::   ::  .. . .. :: .
CCDS43 DLLTDCLTVQSLQPATSPRDAAAEGTVGRSPG------PGPDLYSAPIFSSNYSSRSGTA
              680       690       700             710       720    

         400       410       420       430       440       450     
pF1KB9 GGMGPGLPGPVLPLNLAKNPLLPSPFGAGGLGLPVVSLLAGAAGGKAEGEKGRGSVPTRA
       .:  :  : ::   . ..: .  :: . ..   :.... :::      . . .   : : 
CCDS43 AGAVPP-PHPVSHPSPGHN-VQGSPHNPSSQLPPLTAVDAGAERFAPSAPSPHHISPRR-
          730        740        750       760       770       780  

         460       470       480       490       500       510     
pF1KB9 LGMEGHKTPLERTESSCSRPSPDGLPLLPGTVLDLSTGVNSAASSPEALAPGWVVIPPGS
         . . .. :.::.   .. .:.:                                    
CCDS43 --VPAPSSILQRTQPPYTQ-QPSGSHLKSYQPETNSSFQPNGIHVHGFYGQLQKFCPPHY
               790        800       810       820       830        

>>CCDS53806.1 GLI1 gene_id:2735|Hs108|chr12               (1065 aa)
 initn: 486 init1: 237 opt: 696  Z-score: 372.7  bits: 79.6 E(32554): 2e-14
Smith-Waterman score: 720; 34.1% identity (55.7% similar) in 499 aa overlap (46-506:75-542)

          20        30        40        50        60         70    
pF1KB9 KLRAAREKRERTLGVVRPRALHRELGLVDDSPTPGSPGSPPSGFLLNS-KFPEKVEGRFS
                                     ::  :: :    : .  :  :: ... . .
CCDS53 SPLSDASLDLQTVIRTSPSSLVAFINSRCTSPG-GSYGHLSIGTMSPSLGFPAQMNHQKG
           50        60        70         80        90       100   

           80        90       100       110       120              
pF1KB9 AAPLVDLSLSPPSGLDSPNGSSSLSPERQGNGDLPPVPSASDFQPL------RYLDGVPS
        .:  .....: .  ::  :  .. :. :. : .:     :... :      . :.:  :
CCDS53 PSP--SFGVQPCGPHDSARG--GMIPHPQSRGPFPTCQLKSELDMLVGKCREEPLEGDMS
             110       120         130       140       150         

      130       140       150       160          170       180     
pF1KB9 SFQFFLPLGSGGALHLPASSFLTPPKDKCLSPDLPLPKQLV---CRWAKCNQLFELLQDL
       :     : ..:  .. :  ..:   .:     .   :...    :::  :.: :.  ..:
CCDS53 S-----PNSTG--IQDPLLGMLDGRED-LEREEKREPESVYETDCRWDGCSQEFDSQEQL
     160              170        180       190       200       210 

         190       200       210       220       230         240   
pF1KB9 VDHVNDYHVKPEKDAGYCCHWEGCARHGRGFNARYKMLIHIRTHTNEKPHRCPT--CSKS
       : :.:. :.. :.   . ::: ::.:. : :.:.: ...:.: ::.::::.:    : ::
CCDS53 VHHINSEHIHGERKE-FVCHWGGCSRELRPFKAQYMLVVHMRRHTGEKPHKCTFEGCRKS
             220        230       240       250       260       270

           250       260       270       280        290       300  
pF1KB9 FSRLENLKIHNRSHTGEKPYVCPYEGCNKRYSNSSDRFKH-TRTHYVDKPYYCKMPGCHK
       .::::::: : :::::::::.: .:::.: .::.::: :: .:::  .::: ::.::: :
CCDS53 YSRLENLKTHLRSHTGEKPYMCEHEGCSKAFSNASDRAKHQNRTHSNEKPYVCKLPGCTK
              280       290       300       310       320       330

            310        320       330       340              350    
pF1KB9 RYTDPSSLRKHIKA-HGHFVSHEQQELLQLRPPPKPPLPA---P----DGGPYVSGAQII
       :::::::::::.:. ::   .:  ..     : :. :  .   :    .:::    ... 
CCDS53 RYTDPSSLRKHVKTVHGP-DAHVTKRHRGDGPLPRAPSISTVEPKREREGGPIREESRLT
              340        350       360       370       380         

          360       370               380       390          400   
pF1KB9 IPNPAALFGGPGLPGLPLPLAP--GP------LDLSALACGNGGGSG---GGGGMGPGLP
       .:. .:.   :. ::     .   .:       : ..   ::.:::    ..   :: . 
CCDS53 VPE-GAMKPQPS-PGAQSSCSSDHSPAGSAANTDSGVEMTGNAGGSTEDLSSLDEGPCIA
     390        400        410       420       430       440       

                410        420       430       440       450       
pF1KB9 GPVLPL-----NLAKNPLLP-SPFGAGGLGLPVVSLLAGAAGGKAEGEKGRGSVPTRALG
       :  :       ::  . :    :.:. :: :: .:  .:.. ..  :       :  .: 
CCDS53 GTGLSTLRRLENLRLDQLHQLRPIGTRGLKLPSLSH-TGTTVSRRVG-------PPVSLE
       450       460       470       480        490                

       460       470       480       490       500       510       
pF1KB9 MEGHKTPLERTESSCSRPSPDGLPLLPGTVLDLSTGVNSAASSPEALAPGWVVIPPGSVL
        .. ..    .  . :: :  . :. ::     :   :.:.: : .: :           
CCDS53 RRSSSSSSISSAYTVSRRSSLASPFPPG-----SPPENGASSLP-GLMPAQHYLLRARYA
     500       510       520            530        540       550   

       520                                                         
pF1KB9 LKPAVVN                                                     
                                                                   
CCDS53 SARGGGTSPTAASSLDRIGGLPMPPWRSRAEYPGYNPNAGVTRRASDPAQAADRPAPARV
           560       570       580       590       600       610   

>>CCDS8940.1 GLI1 gene_id:2735|Hs108|chr12                (1106 aa)
 initn: 486 init1: 237 opt: 696  Z-score: 372.5  bits: 79.6 E(32554): 2e-14
Smith-Waterman score: 720; 34.1% identity (55.7% similar) in 499 aa overlap (46-506:116-583)

          20        30        40        50        60         70    
pF1KB9 KLRAAREKRERTLGVVRPRALHRELGLVDDSPTPGSPGSPPSGFLLNS-KFPEKVEGRFS
                                     ::  :: :    : .  :  :: ... . .
CCDS89 SPLSDASLDLQTVIRTSPSSLVAFINSRCTSPG-GSYGHLSIGTMSPSLGFPAQMNHQKG
          90       100       110        120       130       140    

           80        90       100       110       120              
pF1KB9 AAPLVDLSLSPPSGLDSPNGSSSLSPERQGNGDLPPVPSASDFQPL------RYLDGVPS
        .:  .....: .  ::  :  .. :. :. : .:     :... :      . :.:  :
CCDS89 PSP--SFGVQPCGPHDSARG--GMIPHPQSRGPFPTCQLKSELDMLVGKCREEPLEGDMS
            150       160         170       180       190       200

      130       140       150       160          170       180     
pF1KB9 SFQFFLPLGSGGALHLPASSFLTPPKDKCLSPDLPLPKQLV---CRWAKCNQLFELLQDL
       :     : ..:  .. :  ..:   .:     .   :...    :::  :.: :.  ..:
CCDS89 S-----PNSTG--IQDPLLGMLDGRED-LEREEKREPESVYETDCRWDGCSQEFDSQEQL
                     210       220        230       240       250  

         190       200       210       220       230         240   
pF1KB9 VDHVNDYHVKPEKDAGYCCHWEGCARHGRGFNARYKMLIHIRTHTNEKPHRCPT--CSKS
       : :.:. :.. :.   . ::: ::.:. : :.:.: ...:.: ::.::::.:    : ::
CCDS89 VHHINSEHIHGERKE-FVCHWGGCSRELRPFKAQYMLVVHMRRHTGEKPHKCTFEGCRKS
            260        270       280       290       300       310 

           250       260       270       280        290       300  
pF1KB9 FSRLENLKIHNRSHTGEKPYVCPYEGCNKRYSNSSDRFKH-TRTHYVDKPYYCKMPGCHK
       .::::::: : :::::::::.: .:::.: .::.::: :: .:::  .::: ::.::: :
CCDS89 YSRLENLKTHLRSHTGEKPYMCEHEGCSKAFSNASDRAKHQNRTHSNEKPYVCKLPGCTK
             320       330       340       350       360       370 

            310        320       330       340              350    
pF1KB9 RYTDPSSLRKHIKA-HGHFVSHEQQELLQLRPPPKPPLPA---P----DGGPYVSGAQII
       :::::::::::.:. ::   .:  ..     : :. :  .   :    .:::    ... 
CCDS89 RYTDPSSLRKHVKTVHGP-DAHVTKRHRGDGPLPRAPSISTVEPKREREGGPIREESRLT
             380        390       400       410       420       430

          360       370               380       390          400   
pF1KB9 IPNPAALFGGPGLPGLPLPLAP--GP------LDLSALACGNGGGSG---GGGGMGPGLP
       .:. .:.   :. ::     .   .:       : ..   ::.:::    ..   :: . 
CCDS89 VPE-GAMKPQPS-PGAQSSCSSDHSPAGSAANTDSGVEMTGNAGGSTEDLSSLDEGPCIA
               440        450       460       470       480        

                410        420       430       440       450       
pF1KB9 GPVLPL-----NLAKNPLLP-SPFGAGGLGLPVVSLLAGAAGGKAEGEKGRGSVPTRALG
       :  :       ::  . :    :.:. :: :: .:  .:.. ..  :       :  .: 
CCDS89 GTGLSTLRRLENLRLDQLHQLRPIGTRGLKLPSLSH-TGTTVSRRVG-------PPVSLE
      490       500       510       520        530              540

       460       470       480       490       500       510       
pF1KB9 MEGHKTPLERTESSCSRPSPDGLPLLPGTVLDLSTGVNSAASSPEALAPGWVVIPPGSVL
        .. ..    .  . :: :  . :. ::     :   :.:.: : .: :           
CCDS89 RRSSSSSSISSAYTVSRRSSLASPFPPG-----SPPENGASSLP-GLMPAQHYLLRARYA
              550       560            570        580       590    

       520                                                         
pF1KB9 LKPAVVN                                                     
                                                                   
CCDS89 SARGGGTSPTAASSLDRIGGLPMPPWRSRAEYPGYNPNAGVTRRASDPAQAADRPAPARV
          600       610       620       630       640       650    

>>CCDS5465.1 GLI3 gene_id:2737|Hs108|chr7                 (1580 aa)
 initn: 359 init1: 246 opt: 696  Z-score: 370.6  bits: 79.8 E(32554): 2.5e-14
Smith-Waterman score: 708; 38.5% identity (62.2% similar) in 312 aa overlap (33-335:354-652)

             10        20        30        40        50         60 
pF1KB9 SLDEPLDLKLSITKLRAAREKRERTLGVVRPRALHRELGLVDDSPTPGSP-GSPPSGFLL
                                     : .:: .  ... . . ::  :  :  .  
CCDS54 SRSSSSASGSYGHLSASAISPALSFTYSSAPVSLHMHQQILSRQQSLGSAFGHSPPLIHP
           330       340       350       360       370       380   

              70        80        90       100       110       120 
pF1KB9 NSKFPEKVEGRFSAAPLVDLSLSPPSGLDSPNGSSSLSPERQGNGDLPPVPSASDFQPLR
          :: .        : .   :.: .  ..:. ::. .:  ..  .    :  .  . ..
CCDS54 APTFPTQ-----RPIPGIPTVLNPVQVSSGPSESSQNKPTSESAVSSTGDPMHNKRSKIK
           390            400       410       420       430        

             130       140       150        160        170         
pF1KB9 YLDGVPSSFQFFLPLGSGGALHLPASSFLTPPK-DKCLSPDLP-LPKQLVCRWAKCNQLF
         . .::      : :. :  . : .. :.  . ::  : . : .  .  :.:  : . :
CCDS54 PDEDLPS------P-GARGQQEQPEGTTLVKEEGDKDESKQEPEVIYETNCHWEGCAREF
      440              450       460       470       480       490 

     180       190       200       210       220       230         
pF1KB9 ELLQDLVDHVNDYHVKPEKDAGYCCHWEGCARHGRGFNARYKMLIHIRTHTNEKPHRCPT
       .  ..:: :.:. :.. ::   . :.:  :.:. . :.:.: ...:.: ::.::::.:  
CCDS54 DTQEQLVHHINNDHIHGEKKE-FVCRWLDCSREQKPFKAQYMLVVHMRRHTGEKPHKCTF
             500       510        520       530       540       550

       240       250       260       270       280        290      
pF1KB9 --CSKSFSRLENLKIHNRSHTGEKPYVCPYEGCNKRYSNSSDRFKH-TRTHYVDKPYYCK
         :.:..::::::: : ::::::::::: .::::: .::.::: :: .:::  .::: ::
CCDS54 EGCTKAYSRLENLKTHLRSHTGEKPYVCEHEGCNKAFSNASDRAKHQNRTHSNEKPYVCK
              560       570       580       590       600       610

        300       310          320       330       340       350   
pF1KB9 MPGCHKRYTDPSSLRKHIKA-HGH--FVSHEQQELLQLRPPPKPPLPAPDGGPYVSGAQI
       .::: ::::::::::::.:. ::    :...:.  .. ::::                  
CCDS54 IPGCTKRYTDPSSLRKHVKTVHGPEAHVTKKQRGDIHPRPPPPRDSGSHSQSRSPGRPTQ
              620       630       640       650       660       670

           360       370       380       390       400       410   
pF1KB9 IIPNPAALFGGPGLPGLPLPLAPGPLDLSALACGNGGGSGGGGGMGPGLPGPVLPLNLAK
                                                                   
CCDS54 GALGEQQDLSNTTSKREECLQVKTVKAEKPMTSQPSPGGQSSCSSQQSPISNYSNSGLEL
              680       690       700       710       720       730

>>CCDS53807.1 GLI1 gene_id:2735|Hs108|chr12               (978 aa)
 initn: 486 init1: 237 opt: 691  Z-score: 370.6  bits: 79.1 E(32554): 2.6e-14
Smith-Waterman score: 715; 34.0% identity (56.4% similar) in 479 aa overlap (65-506:7-455)

           40        50        60        70        80        90    
pF1KB9 ALHRELGLVDDSPTPGSPGSPPSGFLLNSKFPEKVEGRFSAAPLVDLSLSPPSGLDSPNG
                                     :: ... . . .:  .....: .  ::  :
CCDS53                         MSPSLGFPAQMNHQKGPSP--SFGVQPCGPHDSARG
                                       10          20        30    

          100       110       120             130       140        
pF1KB9 SSSLSPERQGNGDLPPVPSASDFQPL------RYLDGVPSSFQFFLPLGSGGALHLPASS
         .. :. :. : .:     :... :      . :.:  ::     : ..:  .. :  .
CCDS53 --GMIPHPQSRGPFPTCQLKSELDMLVGKCREEPLEGDMSS-----PNSTG--IQDPLLG
             40        50        60        70               80     

      150       160          170       180       190       200     
pF1KB9 FLTPPKDKCLSPDLPLPKQLV---CRWAKCNQLFELLQDLVDHVNDYHVKPEKDAGYCCH
       .:   .:     .   :...    :::  :.: :.  ..:: :.:. :.. :.   . ::
CCDS53 MLDGRED-LEREEKREPESVYETDCRWDGCSQEFDSQEQLVHHINSEHIHGERKE-FVCH
          90        100       110       120       130        140   

         210       220       230         240       250       260   
pF1KB9 WEGCARHGRGFNARYKMLIHIRTHTNEKPHRCPT--CSKSFSRLENLKIHNRSHTGEKPY
       : ::.:. : :.:.: ...:.: ::.::::.:    : ::.::::::: : :::::::::
CCDS53 WGGCSRELRPFKAQYMLVVHMRRHTGEKPHKCTFEGCRKSYSRLENLKTHLRSHTGEKPY
           150       160       170       180       190       200   

           270       280        290       300       310        320 
pF1KB9 VCPYEGCNKRYSNSSDRFKH-TRTHYVDKPYYCKMPGCHKRYTDPSSLRKHIKA-HGHFV
       .: .:::.: .::.::: :: .:::  .::: ::.::: ::::::::::::.:. ::   
CCDS53 MCEHEGCSKAFSNASDRAKHQNRTHSNEKPYVCKLPGCTKRYTDPSSLRKHVKTVHGP-D
           210       220       230       240       250       260   

             330       340              350       360       370    
pF1KB9 SHEQQELLQLRPPPKPPLPA---P----DGGPYVSGAQIIIPNPAALFGGPGLPGLPLPL
       .:  ..     : :. :  .   :    .:::    ... .:. .:.   :. ::     
CCDS53 AHVTKRHRGDGPLPRAPSISTVEPKREREGGPIREESRLTVPE-GAMKPQPS-PGAQSSC
            270       280       290       300        310        320

                  380       390          400            410        
pF1KB9 AP--GP------LDLSALACGNGGGSG---GGGGMGPGLPGPVLPL-----NLAKNPLLP
       .   .:       : ..   ::.:::    ..   :: . :  :       ::  . :  
CCDS53 SSDHSPAGSAANTDSGVEMTGNAGGSTEDLSSLDEGPCIAGTGLSTLRRLENLRLDQLHQ
              330       340       350       360       370       380

       420       430       440       450       460       470       
pF1KB9 -SPFGAGGLGLPVVSLLAGAAGGKAEGEKGRGSVPTRALGMEGHKTPLERTESSCSRPSP
         :.:. :: :: .:  .:.. ..  :       :  .:  .. ..    .  . :: : 
CCDS53 LRPIGTRGLKLPSLSH-TGTTVSRRVG-------PPVSLERRSSSSSSISSAYTVSRRSS
              390        400              410       420       430  

       480       490       500       510       520                 
pF1KB9 DGLPLLPGTVLDLSTGVNSAASSPEALAPGWVVIPPGSVLLKPAVVN             
        . :. ::     :   :.:.: : .: :                               
CCDS53 LASPFPPG-----SPPENGASSLP-GLMPAQHYLLRARYASARGGGTSPTAASSLDRIGG
            440            450        460       470       480      

>>CCDS33283.1 GLI2 gene_id:2736|Hs108|chr2                (1586 aa)
 initn: 464 init1: 249 opt: 695  Z-score: 370.1  bits: 79.7 E(32554): 2.7e-14
Smith-Waterman score: 709; 36.5% identity (57.7% similar) in 381 aa overlap (154-506:423-784)

           130       140       150       160       170       180   
pF1KB9 DGVPSSFQFFLPLGSGGALHLPASSFLTPPKDKCLSPDLPLPKQLVCRWAKCNQLFELLQ
                                     .: : .    .  .  :.:  :.. ..  .
CCDS33 TQGQVSGHGSCGCALPLSQEQLADLKEDLDRDDCKQEAEVVIYETNCHWEDCTKEYDTQE
            400       410       420       430       440       450  

           190       200       210       220       230         240 
pF1KB9 DLVDHVNDYHVKPEKDAGYCCHWEGCARHGRGFNARYKMLIHIRTHTNEKPHRCPT--CS
       .:: :.:. :.. ::   . :.:..:.:. . :.:.: ...:.: ::.::::.:    ::
CCDS33 QLVHHINNEHIHGEKKE-FVCRWQACTREQKPFKAQYMLVVHMRRHTGEKPHKCTFEGCS
            460        470       480       490       500       510 

             250       260       270       280        290       300
pF1KB9 KSFSRLENLKIHNRSHTGEKPYVCPYEGCNKRYSNSSDRFKH-TRTHYVDKPYYCKMPGC
       :..::::::: : ::::::::::: .::::: .::.::: :: .:::  .::: ::.:::
CCDS33 KAYSRLENLKTHLRSHTGEKPYVCEHEGCNKAFSNASDRAKHQNRTHSNEKPYICKIPGC
             520       530       540       550       560       570 

              310          320       330            340       350  
pF1KB9 HKRYTDPSSLRKHIKA-HGH--FVSHEQQELLQLRPP-----PKPPLPAPDGGPYVSGA-
        ::::::::::::.:. ::    :...:.. ..:: :           .  :::  . : 
CCDS33 TKRYTDPSSLRKHVKTVHGPDAHVTKKQRNDVHLRTPLLKENGDSEAGTEPGGPESTEAS
             580       590       600       610       620       630 

                   360           370       380       390       400 
pF1KB9 ---QII---IPNPAALFGGPGL----PGLPLPLAPGPLDLSALACGNGGGSGGGGGMGPG
          : .   .   :    . ::    ::     .  :  :..   ...:    :   :::
CCDS33 STSQAVEDCLHVRAIKTESSGLCQSSPGAQSSCSSEPSPLGSAPNNDSGVEMPG--TGPG
             640       650       660       670       680           

             410       420       430       440       450       460 
pF1KB9 LPGPVLPLNLAKNPLLPSPFGAGGLGLPVVSLLAGAAGGKAEGEKGRGSVPTRALGMEGH
         : .  :.        .: ::       .: ::. ..:   : . :  . :     . .
CCDS33 SLGDLTALD-------DTPPGAD------TSALAAPSAG---GLQLRKHMTTMHRFEQLK
     690              700             710          720       730   

             470             480       490       500       510     
pF1KB9 KTPLERTESSCSR--PSPDG----LPLLPGTVLDLSTGVNSAASSPEALAPGWVVIPPGS
       :  :.  ..:::   :.:      :: :::.   : .  .:....: .: :         
CCDS33 KEKLKSLKDSCSWAGPTPHTRNTKLPPLPGSGSILENFSGSGGGGPAGLLPNPRLSELSA
           740       750       760       770       780       790   

         520                                                       
pF1KB9 VLLKPAVVN                                                   
                                                                   
CCDS33 SEVTMLSQLQERRDSSTSTVSSAYTVSRRSSGISPYFSSRRSSEASPLGAGRPHNASSAD
           800       810       820       830       840       850   

>>CCDS9495.1 ZIC2 gene_id:7546|Hs108|chr13                (532 aa)
 initn: 408 init1: 298 opt: 660  Z-score: 358.0  bits: 75.9 E(32554): 1.3e-13
Smith-Waterman score: 660; 40.5% identity (61.7% similar) in 274 aa overlap (143-404:238-506)

            120       130       140       150       160            
pF1KB9 SASDFQPLRYLDGVPSSFQFFLPLGSGGALHLPASSFLTPPKDKCLSPDLPL----PKQL
                                     : :.. :.   ...:.. .:      :.::
CCDS94 AQLHNQYGPMNMNMGMNMAAAAAHHHHHHHHHPGA-FFRYMRQQCIKQELICKWIDPEQL
       210       220       230       240        250       260      

      170       180       190       200       210       220        
pF1KB9 VCRWAKCNQLFELLQDLVDHVNDYHVKPEKDAGYCCHWEGCARHGRGFNARYKMLIHIRT
            .::. :  ...:: ::.  ::   ..... : :: : :.:. :.:.::.. :::.
CCDS94 SNPKKSCNKTFSTMHELVTHVSVEHVGGPEQSNHVCFWEECPREGKPFKAKYKLVNHIRV
        270       280       290       300       310       320      

      230         240       250       260       270       280      
pF1KB9 HTNEKPHRCPT--CSKSFSRLENLKIHNRSHTGEKPYVCPYEGCNKRYSNSSDRFKHTRT
       ::.:::  ::   :.: :.: ::::::.:.::::::. : .:::..:..::::: :: ..
CCDS94 HTGEKPFPCPFPGCGKVFARSENLKIHKRTHTGEKPFQCEFEGCDRRFANSSDRKKHMHV
        330       340       350       360       370       380      

        290       300       310            320       330       340 
pF1KB9 HYVDKPYYCKMPGCHKRYTDPSSLRKHIKAH-----GHFVSHEQQELLQLRPPPKPPLPA
       :  :::: :::  : : :: :::::::.:.:     :   :   .   .   ::   : .
CCDS94 HTSDKPYLCKM--CDKSYTHPSSLRKHMKVHESSPQGSESSPAASSGYESSTPPG--LVS
        390         400       410       420       430         440  

             350       360       370       380       390        400
pF1KB9 PDGGPYVSGAQIIIPNPAALFGGPGLPGLPLPLAPGPLDLSALACGNGGGSG-GGGGMGP
       :.. :  :.        ::  .. .  ..      :    .. . :.::::: :::: : 
CCDS94 PSAEPQSSSNLSPAAAAAAAAAAAAAAAVSAVHRGGGSGSGGAGGGSGGGSGSGGGGGGA
            450       460       470       480       490       500  

              410       420       430       440       450       460
pF1KB9 GLPGPVLPLNLAKNPLLPSPFGAGGLGLPVVSLLAGAAGGKAEGEKGRGSVPTRALGMEG
       :  :                                                        
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