Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB9549
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB9549, 468 aa
1>>>pF1KB9549 468 - 468 aa - 468 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0788+/-0.00088; mu= 14.4573+/- 0.053
mean_var=84.4880+/-17.153, 0's: 0 Z-trim(108.0): 120 B-trim: 483 in 1/51
Lambda= 0.139533
statistics sampled from 9795 (9921) to 9795 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.675), E-opt: 0.2 (0.305), width: 16
Scan time: 3.200
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS33669.1 PPARA gene_id:5465|Hs108|chr22 ( 468) 3135 640.9 8.1e-184
CCDS4803.1 PPARD gene_id:5467|Hs108|chr6 ( 441) 1865 385.3 7.1e-107
CCDS54994.1 PPARD gene_id:5467|Hs108|chr6 ( 402) 1862 384.6 9.9e-107
CCDS2610.2 PPARG gene_id:5468|Hs108|chr3 ( 477) 1714 354.9 1.1e-97
CCDS2609.1 PPARG gene_id:5468|Hs108|chr3 ( 505) 1714 354.9 1.1e-97
CCDS4804.1 PPARD gene_id:5467|Hs108|chr6 ( 361) 1466 304.9 9e-83
CCDS54995.1 PPARD gene_id:5467|Hs108|chr6 ( 343) 1346 280.7 1.6e-75
CCDS73750.1 NR2E3 gene_id:10002|Hs108|chr15 ( 410) 445 99.4 7.4e-21
CCDS33718.1 NR1D2 gene_id:9975|Hs108|chr3 ( 579) 447 99.9 7.5e-21
CCDS11361.1 NR1D1 gene_id:9572|Hs108|chr17 ( 614) 446 99.7 9.1e-21
CCDS69165.1 NR2E1 gene_id:7101|Hs108|chr6 ( 422) 441 98.6 1.3e-20
CCDS5063.1 NR2E1 gene_id:7101|Hs108|chr6 ( 385) 425 95.4 1.1e-19
CCDS6646.1 RORB gene_id:6096|Hs108|chr9 ( 459) 397 89.8 6.6e-18
CCDS35172.1 RXRA gene_id:6256|Hs108|chr9 ( 462) 392 88.8 1.3e-17
CCDS73751.1 NR2E3 gene_id:10002|Hs108|chr15 ( 367) 389 88.1 1.7e-17
CCDS1248.1 RXRG gene_id:6258|Hs108|chr1 ( 463) 388 88.0 2.3e-17
CCDS10179.1 RORA gene_id:6095|Hs108|chr15 ( 556) 389 88.2 2.4e-17
CCDS2642.1 RARB gene_id:5915|Hs108|chr3 ( 448) 385 87.3 3.5e-17
CCDS11366.1 RARA gene_id:5914|Hs108|chr17 ( 462) 385 87.4 3.6e-17
CCDS30856.1 RORC gene_id:6097|Hs108|chr1 ( 497) 384 87.2 4.4e-17
CCDS1004.1 RORC gene_id:6097|Hs108|chr1 ( 518) 384 87.2 4.5e-17
CCDS12352.1 NR2F6 gene_id:2063|Hs108|chr19 ( 404) 380 86.3 6.4e-17
CCDS41790.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12 ( 443) 379 86.1 7.9e-17
CCDS4068.1 NR2F1 gene_id:7025|Hs108|chr5 ( 423) 377 85.7 1e-16
CCDS45271.1 RORA gene_id:6095|Hs108|chr15 ( 468) 377 85.7 1.1e-16
CCDS10375.1 NR2F2 gene_id:7026|Hs108|chr15 ( 414) 376 85.5 1.1e-16
CCDS10177.1 RORA gene_id:6095|Hs108|chr15 ( 523) 377 85.8 1.2e-16
CCDS42317.1 RARA gene_id:5914|Hs108|chr17 ( 457) 376 85.5 1.2e-16
CCDS10178.1 RORA gene_id:6095|Hs108|chr15 ( 548) 377 85.8 1.3e-16
CCDS8850.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12 ( 454) 374 85.1 1.6e-16
CCDS72970.1 RXRG gene_id:6258|Hs108|chr1 ( 340) 372 84.7 1.7e-16
CCDS58236.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12 ( 382) 369 84.1 2.8e-16
CCDS4768.1 RXRB gene_id:6257|Hs108|chr6 ( 533) 363 83.0 8.7e-16
CCDS59007.1 RXRB gene_id:6257|Hs108|chr6 ( 537) 363 83.0 8.7e-16
CCDS35137.1 NR6A1 gene_id:2649|Hs108|chr9 ( 480) 361 82.5 1e-15
CCDS6744.1 NR4A3 gene_id:8013|Hs108|chr9 ( 443) 351 80.5 4e-15
CCDS6743.1 NR4A3 gene_id:8013|Hs108|chr9 ( 626) 351 80.6 5.3e-15
CCDS6742.1 NR4A3 gene_id:8013|Hs108|chr9 ( 637) 351 80.6 5.4e-15
CCDS55340.1 NR6A1 gene_id:2649|Hs108|chr9 ( 475) 346 79.5 8.4e-15
CCDS65127.1 NR6A1 gene_id:2649|Hs108|chr9 ( 476) 346 79.5 8.4e-15
CCDS41821.1 NR2C1 gene_id:7181|Hs108|chr12 ( 467) 343 78.9 1.3e-14
CCDS44585.1 NR1H3 gene_id:10062|Hs108|chr11 ( 402) 342 78.7 1.3e-14
CCDS44953.1 NR2C1 gene_id:7181|Hs108|chr12 ( 483) 343 78.9 1.3e-14
CCDS7929.1 NR1H3 gene_id:10062|Hs108|chr11 ( 447) 342 78.7 1.4e-14
CCDS73285.1 NR1H3 gene_id:10062|Hs108|chr11 ( 453) 342 78.7 1.4e-14
CCDS9051.1 NR2C1 gene_id:7181|Hs108|chr12 ( 603) 343 79.0 1.6e-14
CCDS1400.1 NR5A2 gene_id:2494|Hs108|chr1 ( 495) 339 78.1 2.3e-14
CCDS42593.1 NR1H2 gene_id:7376|Hs108|chr19 ( 460) 337 77.7 2.9e-14
CCDS46775.1 RARB gene_id:5915|Hs108|chr3 ( 336) 325 75.2 1.2e-13
CCDS1517.1 ESRRG gene_id:2104|Hs108|chr1 ( 435) 323 74.9 1.9e-13
>>CCDS33669.1 PPARA gene_id:5465|Hs108|chr22 (468 aa)
initn: 3135 init1: 3135 opt: 3135 Z-score: 3413.5 bits: 640.9 E(32554): 8.1e-184
Smith-Waterman score: 3135; 100.0% identity (100.0% similar) in 468 aa overlap (1-468:1-468)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MVDTESPLCPLSPLEAGDLESPLSEEFLQEMGNIQEISQSIGEDSSGSFGFTEYQYLGSC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 MVDTESPLCPLSPLEAGDLESPLSEEFLQEMGNIQEISQSIGEDSSGSFGFTEYQYLGSC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 PGSDGSVITDTLSPASSPSSVTYPVVPGSVDESPSGALNIECRICGDKASGYHYGVHACE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 PGSDGSVITDTLSPASSPSSVTYPVVPGSVDESPSGALNIECRICGDKASGYHYGVHACE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 GCKGFFRRTIRLKLVYDKCDRSCKIQKKNRNKCQYCRFHKCLSVGMSHNAIRFGRMPRSE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 GCKGFFRRTIRLKLVYDKCDRSCKIQKKNRNKCQYCRFHKCLSVGMSHNAIRFGRMPRSE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 KAKLKAEILTCEHDIEDSETADLKSLAKRIYEAYLKNFNMNKVKARVILSGKASNNPPFV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 KAKLKAEILTCEHDIEDSETADLKSLAKRIYEAYLKNFNMNKVKARVILSGKASNNPPFV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 IHDMETLCMAEKTLVAKLVANGIQNKEAEVRIFHCCQCTSVETVTELTEFAKAIPGFANL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 IHDMETLCMAEKTLVAKLVANGIQNKEAEVRIFHCCQCTSVETVTELTEFAKAIPGFANL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 DLNDQVTLLKYGVYEAIFAMLSSVMNKDGMLVAYGNGFITREFLKSLRKPFCDIMEPKFD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 DLNDQVTLLKYGVYEAIFAMLSSVMNKDGMLVAYGNGFITREFLKSLRKPFCDIMEPKFD
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB9 FAMKFNALELDDSDISLFVAAIICCGDRPGLLNVGHIEKMQEGIVHVLRLHLQSNHPDDI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 FAMKFNALELDDSDISLFVAAIICCGDRPGLLNVGHIEKMQEGIVHVLRLHLQSNHPDDI
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460
pF1KB9 FLFPKLLQKMADLRQLVTEHAQLVQIIKKTESDAALHPLLQEIYRDMY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 FLFPKLLQKMADLRQLVTEHAQLVQIIKKTESDAALHPLLQEIYRDMY
430 440 450 460
>>CCDS4803.1 PPARD gene_id:5467|Hs108|chr6 (441 aa)
initn: 1845 init1: 1018 opt: 1865 Z-score: 2032.3 bits: 385.3 E(32554): 7.1e-107
Smith-Waterman score: 1865; 68.8% identity (87.9% similar) in 404 aa overlap (66-468:40-441)
40 50 60 70 80 90
pF1KB9 EISQSIGEDSSGSFGFTEYQYLGSCPGSDGSVITDTLSPASSPSSVTYPVVPGSVDESPS
: :: :: .::: :. . : : .
CCDS48 EVREEEEKEEVAEAEGAPELNGGPQHALPSSSYTD-LSRSSSPPSLLDQLQMGC-DGASC
10 20 30 40 50 60
100 110 120 130 140 150
pF1KB9 GALNIECRICGDKASGYHYGVHACEGCKGFFRRTIRLKLVYDKCDRSCKIQKKNRNKCQY
:.::.:::.:::::::.:::::::::::::::::::.:: :.::.:::::::::::::::
CCDS48 GSLNMECRVCGDKASGFHYGVHACEGCKGFFRRTIRMKLEYEKCERSCKIQKKNRNKCQY
70 80 90 100 110 120
160 170 180 190 200 210
pF1KB9 CRFHKCLSVGMSHNAIRFGRMPRSEKAKLKAEILTCEHDIEDSETADLKSLAKRIYEAYL
:::.:::..:::::::::::::..:: :: : . . : . . ..::::...:.::.:::
CCDS48 CRFQKCLALGMSHNAIRFGRMPEAEKRKLVAGLTANEGSQYNPQVADLKAFSKHIYNAYL
130 140 150 160 170 180
220 230 240 250 260 270
pF1KB9 KNFNMNKVKARVILSGKASNNPPFVIHDMETLCMAEKTLVAKLVANGIQN-KEAEVRIFH
:::::.: ::: ::.::::.. ::::::.::: .::: :: : ..::. :: :..:.
CCDS48 KNFNMTKKKARSILTGKASHTAPFVIHDIETLWQAEKGLVWKQLVNGLPPYKEISVHVFY
190 200 210 220 230 240
280 290 300 310 320 330
pF1KB9 CCQCTSVETVTELTEFAKAIPGFANLDLNDQVTLLKYGVYEAIFAMLSSVMNKDGMLVAY
::::.:::: :::::::.::.:..: ::::::::::::.:::::::.:..::::.:::
CCDS48 RCQCTTVETVRELTEFAKSIPSFSSLFLNDQVTLLKYGVHEAIFAMLASIVNKDGLLVAN
250 260 270 280 290 300
340 350 360 370 380 390
pF1KB9 GNGFITREFLKSLRKPFCDIMEPKFDFAMKFNALELDDSDISLFVAAIICCGDRPGLLNV
:.::.:::::.:::::: ::.::::.::.:::::::::::..::.:::: :::::::.::
CCDS48 GSGFVTREFLRSLRKPFSDIIEPKFEFAVKFNALELDDSDLALFIAAIILCGDRPGLMNV
310 320 330 340 350 360
400 410 420 430 440 450
pF1KB9 GHIEKMQEGIVHVLRLHLQSNHPDDIFLFPKLLQKMADLRQLVTEHAQLVQIIKKTESDA
..: .:. :...:..:::.:::: .:::::::::::::::::::::..: :::::...
CCDS48 PRVEAIQDTILRALEFHLQANHPDAQYLFPKLLQKMADLRQLVTEHAQMMQRIKKTETET
370 380 390 400 410 420
460
pF1KB9 ALHPLLQEIYRDMY
.:::::::::.:::
CCDS48 SLHPLLQEIYKDMY
430 440
>>CCDS54994.1 PPARD gene_id:5467|Hs108|chr6 (402 aa)
initn: 1845 init1: 1018 opt: 1862 Z-score: 2029.6 bits: 384.6 E(32554): 9.9e-107
Smith-Waterman score: 1862; 69.1% identity (88.4% similar) in 398 aa overlap (72-468:6-402)
50 60 70 80 90 100
pF1KB9 GEDSSGSFGFTEYQYLGSCPGSDGSVITDTLSPASSPSSVTYPVVPGSVDESPSGALNIE
:: .::: :. . : : . :.::.:
CCDS54 MHQRDLSRSSSPPSLLDQLQMGC-DGASCGSLNME
10 20 30
110 120 130 140 150 160
pF1KB9 CRICGDKASGYHYGVHACEGCKGFFRRTIRLKLVYDKCDRSCKIQKKNRNKCQYCRFHKC
::.:::::::.:::::::::::::::::::.:: :.::.::::::::::::::::::.::
CCDS54 CRVCGDKASGFHYGVHACEGCKGFFRRTIRMKLEYEKCERSCKIQKKNRNKCQYCRFQKC
40 50 60 70 80 90
170 180 190 200 210 220
pF1KB9 LSVGMSHNAIRFGRMPRSEKAKLKAEILTCEHDIEDSETADLKSLAKRIYEAYLKNFNMN
:..:::::::::::::..:: :: : . . : . . ..::::...:.::.::::::::.
CCDS54 LALGMSHNAIRFGRMPEAEKRKLVAGLTANEGSQYNPQVADLKAFSKHIYNAYLKNFNMT
100 110 120 130 140 150
230 240 250 260 270 280
pF1KB9 KVKARVILSGKASNNPPFVIHDMETLCMAEKTLVAKLVANGIQN-KEAEVRIFHCCQCTS
: ::: ::.::::.. ::::::.::: .::: :: : ..::. :: :..:. ::::.
CCDS54 KKKARSILTGKASHTAPFVIHDIETLWQAEKGLVWKQLVNGLPPYKEISVHVFYRCQCTT
160 170 180 190 200 210
290 300 310 320 330 340
pF1KB9 VETVTELTEFAKAIPGFANLDLNDQVTLLKYGVYEAIFAMLSSVMNKDGMLVAYGNGFIT
:::: :::::::.::.:..: ::::::::::::.:::::::.:..::::.::: :.::.:
CCDS54 VETVRELTEFAKSIPSFSSLFLNDQVTLLKYGVHEAIFAMLASIVNKDGLLVANGSGFVT
220 230 240 250 260 270
350 360 370 380 390 400
pF1KB9 REFLKSLRKPFCDIMEPKFDFAMKFNALELDDSDISLFVAAIICCGDRPGLLNVGHIEKM
::::.:::::: ::.::::.::.:::::::::::..::.:::: :::::::.:: ..: .
CCDS54 REFLRSLRKPFSDIIEPKFEFAVKFNALELDDSDLALFIAAIILCGDRPGLMNVPRVEAI
280 290 300 310 320 330
410 420 430 440 450 460
pF1KB9 QEGIVHVLRLHLQSNHPDDIFLFPKLLQKMADLRQLVTEHAQLVQIIKKTESDAALHPLL
:. :...:..:::.:::: .:::::::::::::::::::::..: :::::....:::::
CCDS54 QDTILRALEFHLQANHPDAQYLFPKLLQKMADLRQLVTEHAQMMQRIKKTETETSLHPLL
340 350 360 370 380 390
pF1KB9 QEIYRDMY
::::.:::
CCDS54 QEIYKDMY
400
>>CCDS2610.2 PPARG gene_id:5468|Hs108|chr3 (477 aa)
initn: 1653 init1: 1448 opt: 1714 Z-score: 1867.5 bits: 354.9 E(32554): 1.1e-97
Smith-Waterman score: 1714; 63.2% identity (86.6% similar) in 397 aa overlap (74-468:82-477)
50 60 70 80 90 100
pF1KB9 DSSGSFGFTEYQYLGSCPGSDGSVITDTLSPASSPSSVTYPVVPGSVDESPSGAL-NIEC
::: : . .. : ::..: :::
CCDS26 DIPFTRTDPVVADYKYDLKLQEYQSAIKVEPASPPYYSEKTQLYNKPHEEPSNSLMAIEC
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB9 RICGDKASGYHYGVHACEGCKGFFRRTIRLKLVYDKCDRSCKIQKKNRNKCQYCRFHKCL
:.:::::::.::::::::::::::::::::::.::.:: .:.:.::.:::::::::.:::
CCDS26 RVCGDKASGFHYGVHACEGCKGFFRRTIRLKLIYDRCDLNCRIHKKSRNKCQYCRFQKCL
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB9 SVGMSHNAIRFGRMPRSEKAKLKAEILTCEHDIEDSETADLKSLAKRIYEAYLKNFNMNK
.::::::::::::::..:: :: ::: . . : . :.:::..:::..:..:.:.: ..:
CCDS26 AVGMSHNAIRFGRMPQAEKEKLLAEI-SSDIDQLNPESADLRALAKHLYDSYIKSFPLTK
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB9 VKARVILSGKASNNPPFVIHDMETLCMAEKTLVAKLVAN-GIQNKEAEVRIFHCCQCTSV
.:::.::.::.... ::::.::..: :.: . : .. :.::. .:::. :: ::
CCDS26 AKARAILTGKTTDKSPFVIYDMNSLMMGEDKIKFKHITPLQEQSKEVAIRIFQGCQFRSV
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB9 ETVTELTEFAKAIPGFANLDLNDQVTLLKYGVYEAIFAMLSSVMNKDGMLVAYGNGFITR
:.: :.::.::.::::.:::::::::::::::.: :..::.:.:::::.:.. :.::.::
CCDS26 EAVQEITEYAKSIPGFVNLDLNDQVTLLKYGVHEIIYTMLASLMNKDGVLISEGQGFMTR
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KB9 EFLKSLRKPFCDIMEPKFDFAMKFNALELDDSDISLFVAAIICCGDRPGLLNVGHIEKMQ
:::::::::: :.:::::.::.:::::::::::...:.:.:: ::::::::: :: .:
CCDS26 EFLKSLRKPFGDFMEPKFEFAVKFNALELDDSDLAIFIAVIILSGDRPGLLNVKPIEDIQ
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450 460
pF1KB9 EGIVHVLRLHLQSNHPDDIFLFPKLLQKMADLRQLVTEHAQLVQIIKKTESDAALHPLLQ
......:.:.:. :::.. :: ::::::.::::.::::.::.:.:::::.: .::::::
CCDS26 DNLLQALELQLKLNHPESSQLFAKLLQKMTDLRQIVTEHVQLLQVIKKTETDMSLHPLLQ
420 430 440 450 460 470
pF1KB9 EIYRDMY
:::.:.:
CCDS26 EIYKDLY
>>CCDS2609.1 PPARG gene_id:5468|Hs108|chr3 (505 aa)
initn: 1653 init1: 1448 opt: 1714 Z-score: 1867.1 bits: 354.9 E(32554): 1.1e-97
Smith-Waterman score: 1714; 63.2% identity (86.6% similar) in 397 aa overlap (74-468:110-505)
50 60 70 80 90 100
pF1KB9 DSSGSFGFTEYQYLGSCPGSDGSVITDTLSPASSPSSVTYPVVPGSVDESPSGAL-NIEC
::: : . .. : ::..: :::
CCDS26 DIPFTRTDPVVADYKYDLKLQEYQSAIKVEPASPPYYSEKTQLYNKPHEEPSNSLMAIEC
80 90 100 110 120 130
110 120 130 140 150 160
pF1KB9 RICGDKASGYHYGVHACEGCKGFFRRTIRLKLVYDKCDRSCKIQKKNRNKCQYCRFHKCL
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CCDS26 RVCGDKASGFHYGVHACEGCKGFFRRTIRLKLIYDRCDLNCRIHKKSRNKCQYCRFQKCL
140 150 160 170 180 190
170 180 190 200 210 220
pF1KB9 SVGMSHNAIRFGRMPRSEKAKLKAEILTCEHDIEDSETADLKSLAKRIYEAYLKNFNMNK
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CCDS26 AVGMSHNAIRFGRMPQAEKEKLLAEI-SSDIDQLNPESADLRALAKHLYDSYIKSFPLTK
200 210 220 230 240 250
230 240 250 260 270 280
pF1KB9 VKARVILSGKASNNPPFVIHDMETLCMAEKTLVAKLVAN-GIQNKEAEVRIFHCCQCTSV
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CCDS26 AKARAILTGKTTDKSPFVIYDMNSLMMGEDKIKFKHITPLQEQSKEVAIRIFQGCQFRSV
260 270 280 290 300 310
290 300 310 320 330 340
pF1KB9 ETVTELTEFAKAIPGFANLDLNDQVTLLKYGVYEAIFAMLSSVMNKDGMLVAYGNGFITR
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CCDS26 EAVQEITEYAKSIPGFVNLDLNDQVTLLKYGVHEIIYTMLASLMNKDGVLISEGQGFMTR
320 330 340 350 360 370
350 360 370 380 390 400
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CCDS26 EFLKSLRKPFGDFMEPKFEFAVKFNALELDDSDLAIFIAVIILSGDRPGLLNVKPIEDIQ
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410 420 430 440 450 460
pF1KB9 EGIVHVLRLHLQSNHPDDIFLFPKLLQKMADLRQLVTEHAQLVQIIKKTESDAALHPLLQ
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CCDS26 DNLLQALELQLKLNHPESSQLFAKLLQKMTDLRQIVTEHVQLLQVIKKTETDMSLHPLLQ
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pF1KB9 EIYRDMY
:::.:.:
CCDS26 EIYKDLY
500
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CCDS48 EVREEEEKEEVAEAEGAPELNGGPQHALPSSSYTD-LSRSSSPPSLLDQLQMGC-DGASC
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pF1KB9 GALNIECRICGDKASGYHYGVHACEGCKGFFRRTIRLKLVYDKCDRSCKIQKKNRNKCQY
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CCDS48 GSLNMECRVCGDKASGFHYGVHACEGCKGFFRRTIRMKLEYEKCERSCKIQKKNRNKCQY
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pF1KB9 CRFHKCLSVGMSHNAIRFGRMPRSEKAKLKAEILTCEHDIEDSETADLKSLAKRIYEAYL
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CCDS48 CRFQKCLALGMSHNAIRFGRMPEAEKRKLVAGLTANEGSQYNPQVADLKAFSKHIYNAYL
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pF1KB9 KNFNMNKVKARVILSGKASNNPPFVIHDMETLCMAEKTLVAKLVANGIQN-KEAEVRIFH
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CCDS48 KNFNMTKKKARSILTGKASHTAPFVIHDIETLWQAEKGLVWKQLVNGLPPYKEISVHVFY
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pF1KB9 CCQCTSVETVTELTEFAKAIPGFANLDLNDQVTLLKYGVYEAIFAMLSSVMNKDGMLVAY
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CCDS48 RCQCTTVETVRELTEFAKSIPSFSSLFLNDQVTLLKYGVHEAIFAMLASIVNKDGLLVAN
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CCDS48 GSGFVTREFLRSLRKPFSDIIEPKFEFAVKFNALELDDSDLALFIAAIILCGGE
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pF1KB9 GHIEKMQEGIVHVLRLHLQSNHPDDIFLFPKLLQKMADLRQLVTEHAQLVQIIKKTESDA
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pF1KB9 DKCDRSCKIQKKNRNKCQYCRFHKCLSVGMSHNAIRFGRMPRSEKAKLKAEILTCEHDIE
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CCDS54 VREEEEKEEVAEAEGAPELNGGPQHALPSSSYTAIRFGRMPEAEKRKLVAGLTANEGSQY
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pF1KB9 DSETADLKSLAKRIYEAYLKNFNMNKVKARVILSGKASNNPPFVIHDMETLCMAEKTLVA
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CCDS54 NPQVADLKAFSKHIYNAYLKNFNMTKKKARSILTGKASHTAPFVIHDIETLWQAEKGLVW
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pF1KB9 KLVANGIQN-KEAEVRIFHCCQCTSVETVTELTEFAKAIPGFANLDLNDQVTLLKYGVYE
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CCDS54 KQLVNGLPPYKEISVHVFYRCQCTTVETVRELTEFAKSIPSFSSLFLNDQVTLLKYGVHE
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pF1KB9 AIFAMLSSVMNKDGMLVAYGNGFITREFLKSLRKPFCDIMEPKFDFAMKFNALELDDSDI
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CCDS54 AIFAMLASIVNKDGLLVANGSGFVTREFLRSLRKPFSDIIEPKFEFAVKFNALELDDSDL
200 210 220 230 240 250
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pF1KB9 SLFVAAIICCGDRPGLLNVGHIEKMQEGIVHVLRLHLQSNHPDDIFLFPKLLQKMADLRQ
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CCDS54 ALFIAAIILCGDRPGLMNVPRVEAIQDTILRALEFHLQANHPDAQYLFPKLLQKMADLRQ
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pF1KB9 LVTEHAQLVQIIKKTESDAALHPLLQEIYRDMY
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CCDS54 LVTEHAQMMQRIKKTETETSLHPLLQEIYKDMY
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CCDS73 METRPTALMSSTVAAAAPAAGAASRKESPGRWGLGE
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100 110 120 130 140
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CCDS73 DPTGVSPSLQCRVCGDSSSGKHYGIYACNGCSGFFKRSVRRRLIY-RCQVGAGMCPVDKA
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pF1KB9 NRNKCQYCRFHKCLSVGMSHNAIRFGRMPRSEKAKLKAEILTCEHDIEDSETADLKSLAK
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CCDS73 HRNQCQACRLKKCLQAGMNQDAVQNERQPRST-AQVHLD------SMESNTESRPESLVA
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pF1KB9 RIYEAYLKNFNMNKVKARVILSGKASNNPPFVIHDMETLCMAEKTLVAKLVANGIQNKEA
: . . . ..: : :. .. . : . ...: . .
CCDS73 PPAPAGRSPRGPTPMSAARAL-GHHFMASLITAETCAKLEPEDADENIDVTSNDPEFPSS
150 160 170 180 190 200
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pF1KB9 EVRIFHCCQCTSV-ETVTEL----TEFAKAIPGFANLDLNDQVTLLKYGVYEAIF--AML
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CCDS73 PYSSSSPCGLDSIHETSARLLFMAVKWAKNLPVFSSLPFRDQVILLEEAWSELFLLGAIQ
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CCDS73 WSLPLDSCPLLAPPEASAAGGAQGRLTLASMET---RVLQETIS---RFRALAVDPTEFA
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pF1KB9 LFVAAIICCGDRPGLLNVGHIEKMQEGIVHVLRLHLQSNHPDDIFLFPKLLQKMADLRQL
. : .. . :: . :.: .:. .: : ...::.. : ::: . .:: .
CCDS73 CMKALVLFKPETRGLKDPEHVEALQDQSQVMLSQHSKAHHPSQPVRFGKLLLLLPSLRFI
330 340 350 360 370 380
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pF1KB9 VTEHAQLVQIIKKTESDAALHPLLQEIYRDMY
..:. .:. ...:: ... .. :: .....
CCDS73 TAERIELL-FFRKTIGNTPMEKLLCDMFKN
390 400 410
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pF1KB9 LGSCPGSDGSVITDTLSPASSPSSVTYPVVPGSVDESPSGA-----LNIECRICGDKASG
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CCDS33 NPKNGDLANIEGILKNDRIDCSMKTSKSSAPG-MTKSHSGVTKFSGMVLLCKVCGDVASG
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pF1KB9 YHYGVHACEGCKGFFRRTIRLKLVYDKC--DRSCKIQKKNRNKCQYCRFHKCLSVGMSHN
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CCDS33 FHYGVHACEGCKGFFRRSIQQNIQYKKCLKNENCSIMRMNRNRCQQCRFKKCLSVGMSRD
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pF1KB9 AIRFGRMPRSEKAKLKAEILTCEHDIEDSE-TADLK--SLAKRIYEAYLKNFNMNKVKAR
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CCDS33 AVRFGRIPKREKQRMLIEMQSAMKTMMNSQFSGHLQNDTLVEHHEQTALPAQEQLRPKPQ
180 190 200 210 220 230
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. . :..::
CCDS33 LEQENIKSSSPPSSDFAKEEVIGMVTRAHKDTFMYNQEQQENSAESMQPQRGERIPKNME
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>--
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CCDS33 VCPMSKSPYVDPHKSGHEIWEEFSMSFTPAVKEVVEFAKRIPGFRDLSQHDQVNLLKAGT
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pF1KB9 YEAIFAMLSSVMNKDGMLVAYGNGF-ITREFLKSLRKPFCDIMEPKFDFAMKFNALELDD
.:.... ..:... :.. .: . . :.:. :... :.:. :.:::.:.:
CCDS33 FEVLMVRFASLFDAKERTVTFLSGKKYSVDDLHSMGAG--DLLNSMFEFSEKLNALQLSD
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pF1KB9 SDISLFVAAIICCGDRPGLLNVGHIEKMQEGIVHVLRLHLQSNHPDDIFLFPKLLQKMAD
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CCDS33 EEMSLFTAVVLVSADRSGIENVNSVEALQETLIRALRTLIMKNHPNEASIFTKLLLKLPD
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pF1KB9 LRQLVTEHAQLVQIIKKTESDAALHPLLQEIYRDMY
::.: . :.. . .:
CCDS33 LRSLNNMHSEELLAFKVHP
570
>>CCDS11361.1 NR1D1 gene_id:9572|Hs108|chr17 (614 aa)
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10 20 30
pF1KB9 MVDTESPLCP--LSPLEAGDLESPLSEEFLQEMGNIQE
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CCDS11 GSSGSSPSRTSPESLYSDNSNGSFQSLTQGCPTYFPPSPTGSLTQDPARSF----GSIPP
20 30 40 50 60 70
40 50 60 70 80 90
pF1KB9 ISQSIGEDSSGSFGFTEYQ--YLGSCPGSDGSVITDT--LSPASSPSSVTYPVVPGSVDE
.. : ::.: . . . : :: ::: .. :. .::..: :..: . : :
CCDS11 SLSDDGSPSSSSSSSSSSSSFYNGSPPGSLQVAMEDSSRVSPSKSTSNITK--LNGMV--
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pF1KB9 SPSGALNIECRICGDKASGYHYGVHACEGCKGFFRRTIRLKLVYDKC--DRSCKIQKKNR
. :..::: :::.::::::::::::::::.:. .. : .: ...:.: . ::
CCDS11 -------LLCKVCGDVASGFHYGVHACEGCKGFFRRSIQQNIQYKRCLKNENCSIVRINR
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pF1KB9 NKCQYCRFHKCLSVGMSHNAIRFGRMPRSEKAKLKAEILTCEHDIEDSETADLKSLAKRI
:.:: :::.::::::::..:.::::.:. :: .. ::.
CCDS11 NRCQQCRFKKCLSVGMSRDAVRFGRIPKREKQRMLAEMQSAMNLANNQLSSQCPLETSPT
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pF1KB9 YEAYLKNFNMNKVKARVILSGKASNNPPFVIHDMETLCMAEKTLVAKLVANGIQNKEAEV
CCDS11 QHPTPGPMGPSPPPAPVPSPLVGFSQFPQQLTPPRSPSPEPTVEDVISQVARAHREIFTY
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>--
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CCDS11 ACPMNMYPHGRSGRTVQEIWEDFSMSFTPAVREVVEFAKHIPGFRDLSQHDQVTLLKAGT
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pF1KB9 YEAIFAMLSSVMN-KDGMLVAYGNGFITREFLKSLRKPFCDIMEPKFDFAMKFNALELDD
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CCDS11 FEVLMVRFASLFNVKDQTVMFLSRTTYSLQELGAM--GMGDLLSAMFDFSEKLNSLALTE
480 490 500 510 520 530
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pF1KB9 SDISLFVAAIICCGDRPGLLNVGHIEKMQEGIVHVLRLHLQSNHPDDIFLFPKLLQKMAD
...::.:... .:: :. : . .:..:: ....:: . .:.: . : ::: :. :
CCDS11 EELGLFTAVVLVSADRSGMENSASVEQLQETLLRALRALVLKNRPLETSRFTKLLLKLPD
540 550 560 570 580 590
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pF1KB9 LRQLVTEHAQLVQIIKKTESDAALHPLLQEIYRDMY
:: : . :..
CCDS11 LRTLNNMHSEKLLSFRVDAQ
600 610
468 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Fri Nov 4 17:10:45 2016 done: Fri Nov 4 17:10:46 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]