Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB9171
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB9171, 669 aa
1>>>pF1KB9171 669 - 669 aa - 669 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.7523+/-0.000911; mu= 9.3257+/- 0.055
mean_var=152.4921+/-30.471, 0's: 0 Z-trim(112.1): 26 B-trim: 7 in 1/50
Lambda= 0.103861
statistics sampled from 12889 (12911) to 12889 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.742), E-opt: 0.2 (0.397), width: 16
Scan time: 4.510
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS14088.1 HDAC10 gene_id:83933|Hs108|chr22 ( 669) 4519 689.1 5.3e-198
CCDS54545.1 HDAC10 gene_id:83933|Hs108|chr22 ( 649) 2665 411.3 2.2e-114
CCDS14306.1 HDAC6 gene_id:10013|Hs108|chrX (1215) 1378 218.6 4.1e-56
CCDS2529.1 HDAC4 gene_id:9759|Hs108|chr2 (1084) 744 123.6 1.5e-27
CCDS83163.1 HDAC9 gene_id:9734|Hs108|chr7 (1025) 726 120.9 9.1e-27
CCDS47554.1 HDAC9 gene_id:9734|Hs108|chr7 (1066) 726 120.9 9.4e-27
CCDS47553.1 HDAC9 gene_id:9734|Hs108|chr7 (1069) 726 120.9 9.4e-27
CCDS45696.1 HDAC5 gene_id:10014|Hs108|chr17 (1122) 722 120.3 1.5e-26
CCDS32663.1 HDAC5 gene_id:10014|Hs108|chr17 (1123) 722 120.3 1.5e-26
CCDS41776.1 HDAC7 gene_id:51564|Hs108|chr12 ( 954) 717 119.5 2.2e-26
CCDS81685.1 HDAC7 gene_id:51564|Hs108|chr12 ( 974) 717 119.5 2.2e-26
CCDS8756.2 HDAC7 gene_id:51564|Hs108|chr12 ( 991) 717 119.5 2.3e-26
CCDS47555.1 HDAC9 gene_id:9734|Hs108|chr7 (1011) 692 115.8 3.1e-25
>>CCDS14088.1 HDAC10 gene_id:83933|Hs108|chr22 (669 aa)
initn: 4519 init1: 4519 opt: 4519 Z-score: 3668.3 bits: 689.1 E(32554): 5.3e-198
Smith-Waterman score: 4519; 100.0% identity (100.0% similar) in 669 aa overlap (1-669:1-669)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MGTALVYHEDMTATRLLWDDPECEIERPERLTAALDRLRQRGLEQRCLRLSAREASEEEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 MGTALVYHEDMTATRLLWDDPECEIERPERLTAALDRLRQRGLEQRCLRLSAREASEEEL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 GLVHSPEYVSLVRETQVLGKEELQALSGQFDAIYFHPSTFHCARLAAGAGLQLVDAVLTG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 AVQNGLALVRPPGHHGQRAAANGFCVFNNVAIAAAHAKQKHGLHRILVVDWDVHHGQGIQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 AVQNGLALVRPPGHHGQRAAANGFCVFNNVAIAAAHAKQKHGLHRILVVDWDVHHGQGIQ
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 YLFEDDPSVLYFSWHRYEHGRFWPFLRESDADAVGRGQGLGFTVNLPWNQVGMGNADYVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 YLFEDDPSVLYFSWHRYEHGRFWPFLRESDADAVGRGQGLGFTVNLPWNQVGMGNADYVA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 AFLHLLLPLAFEFDPELVLVSAGFDSAIGDPEGQMQATPECFAHLTQLLQVLAGGRVCAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 AFLHLLLPLAFEFDPELVLVSAGFDSAIGDPEGQMQATPECFAHLTQLLQVLAGGRVCAV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 LEGGYHLESLAESVCMTVQTLLGDPAPPLSGPMAPCQSALESIQSARAAQAPHWKSLQQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 LEGGYHLESLAESVCMTVQTLLGDPAPPLSGPMAPCQSALESIQSARAAQAPHWKSLQQQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB9 DVTAVPMSPSSHSPEGRPPPLLPGGPVCKAAASAPSSLLDQPCLCPAPSVRTAVALTTPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 DVTAVPMSPSSHSPEGRPPPLLPGGPVCKAAASAPSSLLDQPCLCPAPSVRTAVALTTPD
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB9 ITLVLPPDVIQQEASALREETEAWARPHESLAREEALTALGKLLYLLDGMLDGQVNSGIA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 ITLVLPPDVIQQEASALREETEAWARPHESLAREEALTALGKLLYLLDGMLDGQVNSGIA
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB9 ATPASAAAATLDVAVRRGLSHGAQRLLCVALGQLDRPPDLAHDGRSLWLNIRGKEAAALS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 ATPASAAAATLDVAVRRGLSHGAQRLLCVALGQLDRPPDLAHDGRSLWLNIRGKEAAALS
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB9 MFHVSTPLPVMTGGFLSCILGLVLPLAYGFQPDLVLVALGPGHGLQGPHAALLAAMLRGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 MFHVSTPLPVMTGGFLSCILGLVLPLAYGFQPDLVLVALGPGHGLQGPHAALLAAMLRGL
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB9 AGGRVLALLEENSTPQLAGILARVLNGEAPPSLGPSSVASPEDVQALMYLRGQLEPQWKM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 AGGRVLALLEENSTPQLAGILARVLNGEAPPSLGPSSVASPEDVQALMYLRGQLEPQWKM
610 620 630 640 650 660
pF1KB9 LQCHPHLVA
:::::::::
CCDS14 LQCHPHLVA
>>CCDS54545.1 HDAC10 gene_id:83933|Hs108|chr22 (649 aa)
initn: 2665 init1: 2665 opt: 2665 Z-score: 2167.1 bits: 411.3 E(32554): 2.2e-114
Smith-Waterman score: 4336; 97.0% identity (97.0% similar) in 669 aa overlap (1-669:1-649)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MGTALVYHEDMTATRLLWDDPECEIERPERLTAALDRLRQRGLEQRCLRLSAREASEEEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 MGTALVYHEDMTATRLLWDDPECEIERPERLTAALDRLRQRGLEQRCLRLSAREASEEEL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 GLVHSPEYVSLVRETQVLGKEELQALSGQFDAIYFHPSTFHCARLAAGAGLQLVDAVLTG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 GLVHSPEYVSLVRETQVLGKEELQALSGQFDAIYFHPSTFHCARLAAGAGLQLVDAVLTG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 AVQNGLALVRPPGHHGQRAAANGFCVFNNVAIAAAHAKQKHGLHRILVVDWDVHHGQGIQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 AVQNGLALVRPPGHHGQRAAANGFCVFNNVAIAAAHAKQKHGLHRILVVDWDVHHGQGIQ
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 YLFEDDPSVLYFSWHRYEHGRFWPFLRESDADAVGRGQGLGFTVNLPWNQVGMGNADYVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 YLFEDDPSVLYFSWHRYEHGRFWPFLRESDADAVGRGQGLGFTVNLPWNQVGMGNADYVA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 AFLHLLLPLAFEFDPELVLVSAGFDSAIGDPEGQMQATPECFAHLTQLLQVLAGGRVCAV
::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 AFLHLLLPLAF--------------------EGQMQATPECFAHLTQLLQVLAGGRVCAV
250 260 270 280
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 LEGGYHLESLAESVCMTVQTLLGDPAPPLSGPMAPCQSALESIQSARAAQAPHWKSLQQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 LEGGYHLESLAESVCMTVQTLLGDPAPPLSGPMAPCQSALESIQSARAAQAPHWKSLQQQ
290 300 310 320 330 340
370 380 390 400 410 420
pF1KB9 DVTAVPMSPSSHSPEGRPPPLLPGGPVCKAAASAPSSLLDQPCLCPAPSVRTAVALTTPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 DVTAVPMSPSSHSPEGRPPPLLPGGPVCKAAASAPSSLLDQPCLCPAPSVRTAVALTTPD
350 360 370 380 390 400
430 440 450 460 470 480
pF1KB9 ITLVLPPDVIQQEASALREETEAWARPHESLAREEALTALGKLLYLLDGMLDGQVNSGIA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 ITLVLPPDVIQQEASALREETEAWARPHESLAREEALTALGKLLYLLDGMLDGQVNSGIA
410 420 430 440 450 460
490 500 510 520 530 540
pF1KB9 ATPASAAAATLDVAVRRGLSHGAQRLLCVALGQLDRPPDLAHDGRSLWLNIRGKEAAALS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 ATPASAAAATLDVAVRRGLSHGAQRLLCVALGQLDRPPDLAHDGRSLWLNIRGKEAAALS
470 480 490 500 510 520
550 560 570 580 590 600
pF1KB9 MFHVSTPLPVMTGGFLSCILGLVLPLAYGFQPDLVLVALGPGHGLQGPHAALLAAMLRGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 MFHVSTPLPVMTGGFLSCILGLVLPLAYGFQPDLVLVALGPGHGLQGPHAALLAAMLRGL
530 540 550 560 570 580
610 620 630 640 650 660
pF1KB9 AGGRVLALLEENSTPQLAGILARVLNGEAPPSLGPSSVASPEDVQALMYLRGQLEPQWKM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 AGGRVLALLEENSTPQLAGILARVLNGEAPPSLGPSSVASPEDVQALMYLRGQLEPQWKM
590 600 610 620 630 640
pF1KB9 LQCHPHLVA
:::::::::
CCDS54 LQCHPHLVA
>>CCDS14306.1 HDAC6 gene_id:10013|Hs108|chrX (1215 aa)
initn: 1445 init1: 1328 opt: 1378 Z-score: 1121.0 bits: 218.6 E(32554): 4.1e-56
Smith-Waterman score: 1400; 39.9% identity (63.3% similar) in 701 aa overlap (2-610:85-779)
10 20 30
pF1KB9 MGTALVYHEDMTATRLLWDDPECEIERPERL
::.:: :... . :::: : ::::
CCDS14 KMKKLGQAMEEDLIVGLQGMDLNLEAEALAGTGLVLDEQLNEFHCLWDDSF--PEGPERL
60 70 80 90 100 110
40 50 60 70 80 90
pF1KB9 TAALDRLRQRGLEQRCLRLSAREASEEELGLVHSPEYVSLVRETQVLGKEELQALSGQFD
: ..: :.:: .::. ..:: : .::: :::: ::..:.. :: ... ::..:. .:
CCDS14 HAIKEQLIQEGLLDRCVSFQARFAEKEELMLVHSLEYIDLMETTQYMNEGELRVLADTYD
120 130 140 150 160 170
100 110 120 130 140 150
pF1KB9 AIYFHPSTFHCARLAAGAGLQLVDAVLTGAVQNGLALVRPPGHHGQRAAANGFCVFNNVA
..:.::... :: ::.:. :.:::::: . ..::.:..::::::.:.. .:.:.::.::
CCDS14 SVYLHPNSYSCACLASGSVLRLVDAVLGAEIRNGMAIIRPPGHHAQHSLMDGYCMFNHVA
180 190 200 210 220 230
160 170 180 190 200 210
pF1KB9 IAAAHAKQKHGLHRILVVDWDVHHGQGIQYLFEDDPSVLYFSWHRYEHGRFWPFLRESDA
.:: .:.::: ..:.:.:::::::::: :. :..:::::::: ::::.::::: :. :.
CCDS14 VAARYAQQKHRIRRVLIVDWDVHHGQGTQFTFDQDPSVLYFSIHRYEQGRFWPHLKASNW
240 250 260 270 280 290
220 230 240 250 260 270
pF1KB9 DAVGRGQGLGFTVNLPWNQVGMGNADYVAAFLHLLLPLAFEFDPELVLVSAGFDSAIGDP
...: ::: :.:.:.::::::: .:::.:::::.:::.:.::.:.::::.::::. :::
CCDS14 STTGFGQGQGYTINVPWNQVGMRDADYIAAFLHVLLPVALEFQPQLVLVAAGFDALQGDP
300 310 320 330 340 350
280 290 300 310 320 330
pF1KB9 EGQMQATPECFAHLTQLLQVLAGGRVCAVLEGGYHLESLAESVCMTVQTLLGDPAPPLSG
.:.: ::: ::.::.::. ::::.. :::::.:..:::.: ...:::::: : : .
CCDS14 KGEMAATPAGFAQLTHLLMGLAGGKLILSLEGGYNLRALAEGVSASLHTLLGDPCPMLES
360 370 380 390 400 410
340 350 360 370 380
pF1KB9 PMAPCQSALESIQSARAAQAPHWKSLQQQDVTA----VPMSPSSHSPEGRP--PPLLP--
: :::.:: :.. : : : :. : .. :. . . .: : : ::.::
CCDS14 PGAPCRSAQASVSCALEALEPFWEVLVRSTETVERDNMEEDNVEESEEEGPWEPPVLPIL
420 430 440 450 460 470
390 400 410 420
pF1KB9 GGPVCKAAASAPSSLLDQPCL--C----------PAPSVRTAVALTTPDIT---LVLPPD
:: . : . . :: . : : .: : .. :.: :
CCDS14 TWPVLQ---SRTGLVYDQNMMNHCNLWDSHHPEVPQRILRIMCRLEELGLAGRCLTLTPR
480 490 500 510 520
430 440 450 460
pF1KB9 VIQQEASALREETEAWA---RPHESLAREE--------------------ALTALGKLLY
:: : .. .. : :.. .: : : :
CCDS14 PAT-EAELLTCHSAEYVGHLRATEKMKTRELHRESSNFDSIYICPSTFACAQLATGAACR
530 540 550 560 570 580
470 480 490 500 510
pF1KB9 LLDGMLDGQVNSGIAAT--PASAA---AA-------TLDVAVRRG--LSHGAQRLLCVA-
:....:.:.: .: :.. :. : :: .. ::.:.. .: : :.: :
CCDS14 LVEAVLSGEVLNGAAVVRPPGHHAEQDAACGFCFFNSVAVAARHAQTISGHALRILIVDW
590 600 610 620 630 640
520 530 540
pF1KB9 -LGQLDRPPDLAHDGRS-LWLNIR----------GKEAAALSM-------FHVSTPL--P
. . . . .: : :..... : :.:. .. : :.. :
CCDS14 DVHHGNGTQHMFEDDPSVLYVSLHRYDHGTFFPMGDEGASSQIGRAAGTGFTVNVAWNGP
650 660 670 680 690 700
550 560 570 580 590
pF1KB9 VM-TGGFLSCILGLVLPLAYGFQPDLVLVALG-------PGHGLQ-GPHA-ALLAAMLRG
: . .:. ::::.:: :.:.::::. : : : : .:.. : :. .: :
CCDS14 RMGDADYLAAWHRLVLPIAYEFNPELVLVSAGFDAARGDPLGGCQVSPEGYAHLTHLLMG
710 720 730 740 750 760
600 610 620 630 640 650
pF1KB9 LAGGRVLALLEENSTPQLAGILARVLNGEAPPSLGPSSVASPEDVQALMYLRGQLEPQWK
::.::.. .::
CCDS14 LASGRIILILEGGYNLTSISESMAACTRSLLGDPPPLLTLPRPPLSGALASITETIQVHR
770 780 790 800 810 820
>>CCDS2529.1 HDAC4 gene_id:9759|Hs108|chr2 (1084 aa)
initn: 757 init1: 412 opt: 744 Z-score: 608.3 bits: 123.6 E(32554): 1.5e-27
Smith-Waterman score: 806; 37.6% identity (64.9% similar) in 388 aa overlap (3-364:654-1038)
10 20 30
pF1KB9 MGTALVYHEDMTATRLLWDDPECEIERPERLT
:.::: : . . . :. :.
CCDS25 HRPLSRAQSSPASATFPVSVQEPPTKPRFTTGLVYDTLMLKHQCTCGSSSSHPEHAGRIQ
630 640 650 660 670 680
40 50 60 70 80 90
pF1KB9 AALDRLRQRGLEQRCLRLSAREASEEELGLVHSPEYVSLVRETQVLGKEELQA--LSGQF
. .::.. ::. .: . .:.:. ::: ::: : .:. :. :....:.. : :..
CCDS25 SIWSRLQETGLRGKCECIRGRKATLEELQTVHS-EAHTLLYGTNPLNRQKLDSKKLLGSL
690 700 710 720 730 740
100 110 120 130
pF1KB9 DAIYFH-P------------STFHCA---RLAAGAGLQLVDAVLTGAVQNGLALVRPPGH
... . : . : : :::.: ..:: : :: ..::.:.::::::
CCDS25 ASVFVRLPCGGVGVDSDTIWNEVHSAGAARLAVGCVVELVFKVATGELKNGFAVVRPPGH
750 760 770 780 790 800
140 150 160 170 180 190
pF1KB9 HGQRAAANGFCVFNNVAIAAAHAKQKHGLHRILVVDWDVHHGQGIQYLFEDDPSVLYFSW
:..... ::: ::.::.:: .:. .. .::.::::::::.: : : .::::::.:
CCDS25 HAEESTPMGFCYFNSVAVAAKLLQQRLSVSKILIVDWDVHHGNGTQQAFYSDPSVLYMSL
810 820 830 840 850 860
200 210 220 230 240 250
pF1KB9 HRYEHGRFWPFLRESDADAVGRGQGLGFTVNLPWN---QVGMGNADYVAAFLHLLLPLAF
:::. : :.: . : :: : :.::.::. .. . ::.:.:.::: ...:.:
CCDS25 HRYDDGNFFP--GSGAPDEVGTGPGVGFNVNMAFTGGLDPPMGDAEYLAAFRTVVMPIAS
870 880 890 900 910 920
260 270 280 290 300
pF1KB9 EFDPELVLVSAGFDSAIGDPE--GQMQATPECFAHLTQLLQVLAGGRVCAVLEGGYHLES
:: :..::::.:::.. : : : .. . .::..::. :. :::::. .::::. : .
CCDS25 EFAPDVVLVSSGFDAVEGHPTPLGGYNLSARCFGYLTKQLMGLAGGRIVLALEGGHDLTA
930 940 950 960 970 980
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 LAESVCMTVQTLLG---DPAPPLSGPMAPCQSALESIQSARAAQAPHWKSLQQQDVTAVP
. .. :..::: :: : . : .:..:.... .. .:. ::. ::
CCDS25 ICDASEACVSALLGNELDPLPEKVLQQRPNANAVRSMEKVMEIHSKYWRCLQRTTSTAGR
990 1000 1010 1020 1030 1040
370 380 390 400 410 420
pF1KB9 MSPSSHSPEGRPPPLLPGGPVCKAAASAPSSLLDQPCLCPAPSVRTAVALTTPDITLVLP
CCDS25 SLIEAQTCENEEAETVTAMASLSVGVKPAEKRPDEEPMEEEPPL
1050 1060 1070 1080
>>CCDS83163.1 HDAC9 gene_id:9734|Hs108|chr7 (1025 aa)
initn: 748 init1: 380 opt: 726 Z-score: 594.1 bits: 120.9 E(32554): 9.1e-27
Smith-Waterman score: 799; 36.9% identity (65.4% similar) in 393 aa overlap (3-366:592-976)
10 20 30
pF1KB9 MGTALVYHEDMTATRLLWDDPECEIERPERLT
:...: : . . . . :. :.
CCDS83 HRLVSRTHSSPAASVLPHPAMDRPLQPGSATGIAYDPLMLKHQCVCGNSTTHPEHAGRIQ
570 580 590 600 610 620
40 50 60 70 80 90
pF1KB9 AALDRLRQRGLEQRCLRLSAREASEEELGLVHSPEYVSLVRETQVLGKEEL--QALSGQF
. .::.. :: ..: :...:.:: ::. :::: :. ::. :. : ..: . : :.
CCDS83 SIWSRLQETGLLNKCERIQGRKASLEEIQLVHS-EHHSLLYGTNPLDGQKLDPRILLGDD
630 640 650 660 670 680
100 110 120 130
pF1KB9 DAIYFHPSTFHC-------------------ARLAAGAGLQLVDAVLTGAVQNGLALVRP
. .: :.. : ::.:.: ..:.. : .: ..::.:.:::
CCDS83 SQKFF--SSLPCGGLGVDSDTIWNELHSSGAARMAVGCVIELASKVASGELKNGFAVVRP
690 700 710 720 730
140 150 160 170 180 190
pF1KB9 PGHHGQRAAANGFCVFNNVAIAAAHAKQKHGLHRILVVDWDVHHGQGIQYLFEDDPSVLY
::::.....: ::: ::.:::.: . ... .. .::.:: :::::.: : : :::.::
CCDS83 PGHHAEESTAMGFCFFNSVAITAKYLRDQLNISKILIVDLDVHHGNGTQQAFYADPSILY
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]