Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB8999
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8999, 357 aa
1>>>pF1KB8999 357 - 357 aa - 357 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.0421+/-0.000998; mu= 18.1950+/- 0.059
mean_var=119.1978+/-37.871, 0's: 0 Z-trim(105.0): 219 B-trim: 510 in 1/48
Lambda= 0.117474
statistics sampled from 7917 (8203) to 7917 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.61), E-opt: 0.2 (0.252), width: 16
Scan time: 2.520
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS5936.1 HTR5A gene_id:3361|Hs108|chr7 ( 357) 2392 417.1 1.2e-116
CCDS7410.1 HTR7 gene_id:3363|Hs108|chr10 ( 432) 709 131.9 9.6e-31
CCDS7409.1 HTR7 gene_id:3363|Hs108|chr10 ( 445) 709 132.0 9.7e-31
CCDS7408.1 HTR7 gene_id:3363|Hs108|chr10 ( 479) 709 132.0 1e-30
CCDS6052.1 ADRA1A gene_id:148|Hs108|chr8 ( 429) 675 126.2 5.2e-29
CCDS6053.1 ADRA1A gene_id:148|Hs108|chr8 ( 455) 675 126.2 5.4e-29
CCDS6054.1 ADRA1A gene_id:148|Hs108|chr8 ( 466) 675 126.2 5.4e-29
CCDS34869.1 ADRA1A gene_id:148|Hs108|chr8 ( 475) 675 126.2 5.5e-29
CCDS4347.1 ADRA1B gene_id:147|Hs108|chr5 ( 520) 652 122.4 8.6e-28
CCDS83269.1 ADRA1A gene_id:148|Hs108|chr8 ( 342) 585 110.8 1.8e-24
CCDS197.1 HTR6 gene_id:3362|Hs108|chr1 ( 440) 565 107.6 2.1e-23
CCDS13079.1 ADRA1D gene_id:146|Hs108|chr20 ( 572) 544 104.1 3e-22
CCDS4986.1 HTR1B gene_id:3351|Hs108|chr6 ( 390) 527 101.0 1.7e-21
CCDS9405.1 HTR2A gene_id:3356|Hs108|chr13 ( 471) 523 100.5 3.1e-21
CCDS34168.1 HTR1A gene_id:3350|Hs108|chr5 ( 422) 520 99.9 4.1e-21
CCDS231.1 HTR1D gene_id:3352|Hs108|chr1 ( 377) 502 96.8 3.2e-20
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CCDS5006.1 HTR1E gene_id:3354|Hs108|chr6 ( 365) 474 92.0 8.4e-19
CCDS47004.1 ADRA2C gene_id:152|Hs108|chr4 ( 462) 456 89.1 8e-18
CCDS56129.1 ADRA2B gene_id:151|Hs108|chr2 ( 450) 450 88.1 1.6e-17
CCDS34273.2 HTR4 gene_id:3360|Hs108|chr5 ( 360) 446 87.3 2.2e-17
CCDS34271.1 HTR4 gene_id:3360|Hs108|chr5 ( 378) 446 87.3 2.3e-17
CCDS34270.1 HTR4 gene_id:3360|Hs108|chr5 ( 387) 446 87.3 2.3e-17
CCDS4291.1 HTR4 gene_id:3360|Hs108|chr5 ( 388) 446 87.3 2.3e-17
CCDS75353.1 HTR4 gene_id:3360|Hs108|chr5 ( 411) 446 87.3 2.4e-17
CCDS34272.1 HTR4 gene_id:3360|Hs108|chr5 ( 428) 446 87.4 2.5e-17
CCDS4393.1 DRD1 gene_id:1812|Hs108|chr5 ( 446) 446 87.4 2.6e-17
CCDS7569.2 ADRA2A gene_id:150|Hs108|chr10 ( 465) 443 86.9 3.7e-17
CCDS53867.1 HTR2A gene_id:3356|Hs108|chr13 ( 387) 423 83.4 3.5e-16
CCDS4292.1 ADRB2 gene_id:154|Hs108|chr5 ( 413) 410 81.2 1.7e-15
CCDS33829.1 DRD3 gene_id:1814|Hs108|chr3 ( 367) 382 76.4 4.2e-14
CCDS7586.1 ADRB1 gene_id:153|Hs108|chr10 ( 477) 383 76.8 4.3e-14
CCDS2978.1 DRD3 gene_id:1814|Hs108|chr3 ( 400) 382 76.5 4.4e-14
CCDS6099.1 ADRB3 gene_id:155|Hs108|chr8 ( 408) 377 75.6 8e-14
CCDS5843.1 CHRM2 gene_id:1129|Hs108|chr7 ( 466) 369 74.4 2.2e-13
CCDS7710.1 DRD4 gene_id:1815|Hs108|chr11 ( 419) 368 74.1 2.3e-13
CCDS4395.1 HRH2 gene_id:3274|Hs108|chr5 ( 359) 356 72.0 8.8e-13
CCDS3405.1 DRD5 gene_id:1816|Hs108|chr4 ( 477) 357 72.3 9.2e-13
CCDS47344.1 HRH2 gene_id:3274|Hs108|chr5 ( 397) 356 72.1 9.3e-13
CCDS1616.1 CHRM3 gene_id:1131|Hs108|chr1 ( 590) 355 72.1 1.3e-12
CCDS44581.1 CHRM4 gene_id:1132|Hs108|chr11 ( 479) 353 71.7 1.5e-12
CCDS1268.1 GPR161 gene_id:23432|Hs108|chr1 ( 529) 332 68.2 1.8e-11
CCDS72978.1 GPR161 gene_id:23432|Hs108|chr1 ( 546) 332 68.2 1.9e-11
CCDS58043.1 GPR161 gene_id:23432|Hs108|chr1 ( 549) 332 68.2 1.9e-11
CCDS8040.1 CHRM1 gene_id:1128|Hs108|chr11 ( 460) 331 67.9 1.9e-11
CCDS14564.1 HTR2C gene_id:3358|Hs108|chrX ( 458) 324 66.7 4.3e-11
CCDS10031.1 CHRM5 gene_id:1133|Hs108|chr15 ( 532) 324 66.8 4.7e-11
CCDS5155.1 TAAR6 gene_id:319100|Hs108|chr6 ( 345) 319 65.7 6.6e-11
>>CCDS5936.1 HTR5A gene_id:3361|Hs108|chr7 (357 aa)
initn: 2392 init1: 2392 opt: 2392 Z-score: 2207.9 bits: 417.1 E(32554): 1.2e-116
Smith-Waterman score: 2392; 100.0% identity (100.0% similar) in 357 aa overlap (1-357:1-357)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MDLPVNLTSFSLSTPSPLETNHSLGKDDLRPSSPLLSVFGVLILTLLGFLVAATFAWNLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 MDLPVNLTSFSLSTPSPLETNHSLGKDDLRPSSPLLSVFGVLILTLLGFLVAATFAWNLL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 VLATILRVRTFHRVPHNLVASMAVSDVLVAALVMPLSLVHELSGRRWQLGRRLCQLWIAC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 VLATILRVRTFHRVPHNLVASMAVSDVLVAALVMPLSLVHELSGRRWQLGRRLCQLWIAC
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 DVLCCTASIWNVTAIALDRYWSITRHMEYTLRTRKCVSNVMIALTWALSAVISLAPLLFG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 DVLCCTASIWNVTAIALDRYWSITRHMEYTLRTRKCVSNVMIALTWALSAVISLAPLLFG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 WGETYSEGSEECQVSREPSYAVFSTVGAFYLPLCVVLFVYWKIYKAAKFRVGSRKTNSVS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 WGETYSEGSEECQVSREPSYAVFSTVGAFYLPLCVVLFVYWKIYKAAKFRVGSRKTNSVS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 PISEAVEVKDSAKQPQMVFTVRHATVTFQPEGDTWREQKEQRAALMVGILIGVFVLCWIP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 PISEAVEVKDSAKQPQMVFTVRHATVTFQPEGDTWREQKEQRAALMVGILIGVFVLCWIP
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350
pF1KB8 FFLTELISPLCSCDIPAIWKSIFLWLGYSNSFFNPLIYTAFNKNYNSAFKNFFSRQH
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 FFLTELISPLCSCDIPAIWKSIFLWLGYSNSFFNPLIYTAFNKNYNSAFKNFFSRQH
310 320 330 340 350
>>CCDS7410.1 HTR7 gene_id:3363|Hs108|chr10 (432 aa)
initn: 641 init1: 251 opt: 709 Z-score: 665.5 bits: 131.9 E(32554): 9.6e-31
Smith-Waterman score: 709; 37.1% identity (70.2% similar) in 329 aa overlap (41-357:82-403)
20 30 40 50 60 70
pF1KB8 SLSTPSPLETNHSLGKDDLRPSSPLLSVFGVLILTLLGFLVAATFAWNLLVLATILRVRT
:.: ..: ... :.: : ::. .. :.
CCDS74 VTASPAPTWDAPPDNASGCGEQINYGRVEKVVIGSILTLITLLTIAGNCLVVISVCFVKK
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80 90 100 110 120
pF1KB8 FHRVPHN-LVASMAVSDVLVAALVMPLSLVHELSGRRWQLGRRLCQLWIACDVLCCTASI
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CCDS74 L-RQPSNYLIVSLALADLSVAVAVMPFVSVTDLIGGKWIFGHFFCNVFIAMDVMCCTASI
120 130 140 150 160 170
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 WNVTAIALDRYWSITRHMEYTLRTR-KCVSNVMIALTWALSAVISLAPLLFGWGETYSEG
.. .:..::: .::: . : .: ::... :: .: ::: :.: :: :::... ..
CCDS74 MTLCVISIDRYLGITRPLTYPVRQNGKCMAK-MILSVWLLSASITLPPL-FGWAQNVND-
180 190 200 210 220
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 SEECQVSREPSYAVFSTVGAFYLPLCVVLFVYWKIYKAAKFRVGSRKTNS---VSPISEA
.. : .:.. .:...::. :::.:. :.::.:..:::::. ....: . : : : .
CCDS74 DKVCLISQDFGYTIYSTAVAFYIPMSVMLFMYYQIYKAARKSAAKHKFPGFPRVEPDS-V
230 240 250 260 270 280
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 VEVKDSAKQPQMVFTVRHATVTFQPEGDTWR-EQKEQRAALMVGILIGVFVLCWIPFFLT
. .. .: . : . . .. : . ..::.:: .::..:.:..::.::::
CCDS74 IALNGIVKLQKEVEECANLSRLLKHERKNISIFKREQKAATTLGIIVGAFTVCWLPFFLL
290 300 310 320 330 340
310 320 330 340 350
pF1KB8 ELISPL-----CSCDIPAIW-KSIFLWLGYSNSFFNPLIYTAFNKNYNSAFKNFFSRQH
:. ::: :: .: . ::::::.::..::.::. ::.. ........ :.
CCDS74 STARPFICGTSCSC-IP-LWVERTFLWLGYANSLINPFIYAFFNRDLRTTYRSLLQCQYR
350 360 370 380 390 400
CCDS74 NINRKLSAAGMHEALKLAERPERPEFVL
410 420 430
>>CCDS7409.1 HTR7 gene_id:3363|Hs108|chr10 (445 aa)
initn: 641 init1: 251 opt: 709 Z-score: 665.3 bits: 132.0 E(32554): 9.7e-31
Smith-Waterman score: 709; 37.1% identity (70.2% similar) in 329 aa overlap (41-357:82-403)
20 30 40 50 60 70
pF1KB8 SLSTPSPLETNHSLGKDDLRPSSPLLSVFGVLILTLLGFLVAATFAWNLLVLATILRVRT
:.: ..: ... :.: : ::. .. :.
CCDS74 VTASPAPTWDAPPDNASGCGEQINYGRVEKVVIGSILTLITLLTIAGNCLVVISVCFVKK
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80 90 100 110 120
pF1KB8 FHRVPHN-LVASMAVSDVLVAALVMPLSLVHELSGRRWQLGRRLCQLWIACDVLCCTASI
. : : : :..:.:..:. ::. :::. : .: : .: .:. .:...:: ::.::::::
CCDS74 L-RQPSNYLIVSLALADLSVAVAVMPFVSVTDLIGGKWIFGHFFCNVFIAMDVMCCTASI
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130 140 150 160 170 180
pF1KB8 WNVTAIALDRYWSITRHMEYTLRTR-KCVSNVMIALTWALSAVISLAPLLFGWGETYSEG
.. .:..::: .::: . : .: ::... :: .: ::: :.: :: :::... ..
CCDS74 MTLCVISIDRYLGITRPLTYPVRQNGKCMAK-MILSVWLLSASITLPPL-FGWAQNVND-
180 190 200 210 220
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 SEECQVSREPSYAVFSTVGAFYLPLCVVLFVYWKIYKAAKFRVGSRKTNS---VSPISEA
.. : .:.. .:...::. :::.:. :.::.:..:::::. ....: . : : : .
CCDS74 DKVCLISQDFGYTIYSTAVAFYIPMSVMLFMYYQIYKAARKSAAKHKFPGFPRVEPDS-V
230 240 250 260 270 280
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 VEVKDSAKQPQMVFTVRHATVTFQPEGDTWR-EQKEQRAALMVGILIGVFVLCWIPFFLT
. .. .: . : . . .. : . ..::.:: .::..:.:..::.::::
CCDS74 IALNGIVKLQKEVEECANLSRLLKHERKNISIFKREQKAATTLGIIVGAFTVCWLPFFLL
290 300 310 320 330 340
310 320 330 340 350
pF1KB8 ELISPL-----CSCDIPAIW-KSIFLWLGYSNSFFNPLIYTAFNKNYNSAFKNFFSRQH
:. ::: :: .: . ::::::.::..::.::. ::.. ........ :.
CCDS74 STARPFICGTSCSC-IP-LWVERTFLWLGYANSLINPFIYAFFNRDLRTTYRSLLQCQYR
350 360 370 380 390 400
CCDS74 NINRKLSAAGMHEALKLAERPERPEFVLQNADYCRKKGHDS
410 420 430 440
>>CCDS7408.1 HTR7 gene_id:3363|Hs108|chr10 (479 aa)
initn: 641 init1: 251 opt: 709 Z-score: 665.0 bits: 132.0 E(32554): 1e-30
Smith-Waterman score: 709; 37.1% identity (70.2% similar) in 329 aa overlap (41-357:82-403)
20 30 40 50 60 70
pF1KB8 SLSTPSPLETNHSLGKDDLRPSSPLLSVFGVLILTLLGFLVAATFAWNLLVLATILRVRT
:.: ..: ... :.: : ::. .. :.
CCDS74 VTASPAPTWDAPPDNASGCGEQINYGRVEKVVIGSILTLITLLTIAGNCLVVISVCFVKK
60 70 80 90 100 110
80 90 100 110 120
pF1KB8 FHRVPHN-LVASMAVSDVLVAALVMPLSLVHELSGRRWQLGRRLCQLWIACDVLCCTASI
. : : : :..:.:..:. ::. :::. : .: : .: .:. .:...:: ::.::::::
CCDS74 L-RQPSNYLIVSLALADLSVAVAVMPFVSVTDLIGGKWIFGHFFCNVFIAMDVMCCTASI
120 130 140 150 160 170
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 WNVTAIALDRYWSITRHMEYTLRTR-KCVSNVMIALTWALSAVISLAPLLFGWGETYSEG
.. .:..::: .::: . : .: ::... :: .: ::: :.: :: :::... ..
CCDS74 MTLCVISIDRYLGITRPLTYPVRQNGKCMAK-MILSVWLLSASITLPPL-FGWAQNVND-
180 190 200 210 220
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 SEECQVSREPSYAVFSTVGAFYLPLCVVLFVYWKIYKAAKFRVGSRKTNS---VSPISEA
.. : .:.. .:...::. :::.:. :.::.:..:::::. ....: . : : : .
CCDS74 DKVCLISQDFGYTIYSTAVAFYIPMSVMLFMYYQIYKAARKSAAKHKFPGFPRVEPDS-V
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250 260 270 280 290 300
pF1KB8 VEVKDSAKQPQMVFTVRHATVTFQPEGDTWR-EQKEQRAALMVGILIGVFVLCWIPFFLT
. .. .: . : . . .. : . ..::.:: .::..:.:..::.::::
CCDS74 IALNGIVKLQKEVEECANLSRLLKHERKNISIFKREQKAATTLGIIVGAFTVCWLPFFLL
290 300 310 320 330 340
310 320 330 340 350
pF1KB8 ELISPL-----CSCDIPAIW-KSIFLWLGYSNSFFNPLIYTAFNKNYNSAFKNFFSRQH
:. ::: :: .: . ::::::.::..::.::. ::.. ........ :.
CCDS74 STARPFICGTSCSC-IP-LWVERTFLWLGYANSLINPFIYAFFNRDLRTTYRSLLQCQYR
350 360 370 380 390 400
CCDS74 NINRKLSAAGMHEALKLAERPERPEFVLRACTRRVLLRPEKRPPVSVWVLQSPDHHNWLA
410 420 430 440 450 460
>>CCDS6052.1 ADRA1A gene_id:148|Hs108|chr8 (429 aa)
initn: 389 init1: 193 opt: 675 Z-score: 634.3 bits: 126.2 E(32554): 5.2e-29
Smith-Waterman score: 675; 34.7% identity (65.0% similar) in 346 aa overlap (18-356:4-344)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MDLPVNLTSFSLSTPSPLETNHSLGKDDLRPSSPLLSVFGVLILTLLGFLVAATFAWNLL
: : : ... .: .:. ..:. ..:: :. :.:
CCDS60 MVFLSGNASDSSNCTQPPAPVNISKAILLGVILGGLILFGVLGNIL
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 VLATILRVRTFHRVPHNLVASMAVSDVLVAALVMPLSLVHELSGRRWQLGRRLCQLWIAC
:. .. : .: : : ....::.:.:... :.:.: . :. : : .:: .:..: :
CCDS60 VILSVACHRHLHSVTHYYIVNLAVADLLLTSTVLPFSAIFEVLGY-WAFGRVFCNIWAAV
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170
pF1KB8 DVLCCTASIWNVTAIALDRYWSITRHMEY-TLRTRKCVSNVMIAL-TWALSAVISLAPLL
::::::::: .. :..::: ... ..: :. :.. ..: : .:::: :::..::
CCDS60 DVLCCTASIMGLCIISIDRYIGVSYPLRYPTIVTQR--RGLMALLCVWALSLVISIGPL-
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 FGWGETYSEGSEECQVSREPSYAVFSTVGAFYLPLCVVLFVYWKIYKAAKFRVGSRKTN-
::: . : ::...::.:..::..:.::::: ..: .: ..: .:: . . :..
CCDS60 FGWRQPAPEDETICQINEEPGYVLFSALGSFYLPLAIILVMYCRVYVVAKRESRGLKSGL
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 -SVSPISEAVEVKDSAKQ-PQMVFTVRHATVTFQPEGDTWREQKEQRAALMVGILIGVFV
. . :: : .. :. : . : . . . ..:..:: .::..: ::
CCDS60 KTDKSDSEQVTLRIHRKNAPAGGSGMASAKTKTHFSVRLLKFSREKKAAKTLGIVVGCFV
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KB8 LCWIPFFLTELISPLCSCDIPA--IWKSIFLWLGYSNSFFNPLIYTAFNKNYNSAFKNFF
:::.::::. :. . :. ..: .: :::: :: .::.:: ......::.: .
CCDS60 LCWLPFFLVMPIGSFFPDFKPSETVFKIVF-WLGYLNSCINPIIYPCSSQEFKKAFQNVL
290 300 310 320 330 340
pF1KB8 SRQH
:
CCDS60 RIQCLCRKQSSKHALGYTLHPPSQAVEGQHKDMVRIPVGSRETFYRISKTDGVCEWKFFS
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>>CCDS6053.1 ADRA1A gene_id:148|Hs108|chr8 (455 aa)
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CCDS60 RIQCLCRKQSSKHALGYTLHPPSQAVEGQHKDMVRIPVGSRETFYRISKTDGVCEWKFFS
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10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MDLPVNLTSFSLSTPSPLETNHSLGKDDLRPSSPLLSVFGVLILTLLGFLVAATFAWNLL
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CCDS34 VILSVACHRHLHSVTHYYIVNLAVADLLLTSTVLPFSAIFEVLGY-WAFGRVFCNIWAAV
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CCDS34 LCWLPFFLVMPIGSFFPDFKPSETVFKIVF-WLGYLNSCINPIIYPCSSQEFKKAFQNVL
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CCDS34 RIQCLCRKQSSKHALGYTLHPPSQAVEGQHKDMVRIPVGSRETFYRISKTDGVCEWKFFS
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CCDS83 MVFLSGNASDSSNCTQPPAPVNISKAILLGVILGGLILFGVLGNIL
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CCDS83 DVLCCTASIMGLCIISIDRYIGVSYPLRYPTIVTQR--RGLMALLCVWALSLVISIGPL-
110 120 130 140 150 160
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CCDS83 FGWRQPAPEDETICQINEEPGYVLFSALGSFYLPLAIILVMYCRVYVVAKRESRGLKSGL
170 180 190 200 210 220
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pF1KB8 -SVSPISEAVEVKDSAKQ-PQMVFTVRHATVTFQPEGDTWREQKEQRAALMVGILIGVFV
. . :: : .. :. : . : . . . ..:..:: .::..: ::
CCDS83 KTDKSDSEQVTLRIHRKNAPAGGSGMASAKTKTHFSVRLLKFSREKKAAKTLGIVVGCFV
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]