Result of FASTA (omim) for
pFN21AB8113
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8113, 380 aa
1>>>pF1KB8113 380 - 380 aa - 380 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.5571+/-0.000394; mu= 21.5303+/- 0.025
mean_var=76.1230+/-15.568, 0's: 0 Z-trim(111.9): 69 B-trim: 12 in 1/52
Lambda= 0.147000
statistics sampled from 20595 (20684) to 20595 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.598), E-opt: 0.2 (0.243), width: 16
Scan time: 5.560
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_011507754 (OMIM: 606920) PREDICTED: ceramide sy ( 380) 2573 555.4 8e-158
NP_859530 (OMIM: 606920) ceramide synthase 2 [Homo ( 380) 2573 555.4 8e-158
NP_071358 (OMIM: 606920) ceramide synthase 2 [Homo ( 380) 2573 555.4 8e-158
XP_011507753 (OMIM: 606920) PREDICTED: ceramide sy ( 400) 2573 555.4 8.3e-158
NP_001277272 (OMIM: 615023,615276) ceramide syntha ( 383) 1438 314.7 2.3e-85
NP_001277271 (OMIM: 615023,615276) ceramide syntha ( 383) 1438 314.7 2.3e-85
XP_016877493 (OMIM: 615023,615276) PREDICTED: cera ( 383) 1438 314.7 2.3e-85
XP_016877492 (OMIM: 615023,615276) PREDICTED: cera ( 383) 1438 314.7 2.3e-85
NP_849164 (OMIM: 615023,615276) ceramide synthase ( 383) 1438 314.7 2.3e-85
XP_011519660 (OMIM: 615023,615276) PREDICTED: cera ( 394) 1438 314.7 2.4e-85
XP_016877491 (OMIM: 615023,615276) PREDICTED: cera ( 394) 1438 314.7 2.4e-85
NP_001277270 (OMIM: 615023,615276) ceramide syntha ( 394) 1438 314.7 2.4e-85
XP_011519659 (OMIM: 615023,615276) PREDICTED: cera ( 394) 1438 314.7 2.4e-85
XP_011519657 (OMIM: 615023,615276) PREDICTED: cera ( 394) 1438 314.7 2.4e-85
XP_011526596 (OMIM: 615334) PREDICTED: ceramide sy ( 394) 1296 284.6 2.8e-76
XP_016882792 (OMIM: 615334) PREDICTED: ceramide sy ( 394) 1296 284.6 2.8e-76
XP_011526593 (OMIM: 615334) PREDICTED: ceramide sy ( 394) 1296 284.6 2.8e-76
XP_011526592 (OMIM: 615334) PREDICTED: ceramide sy ( 394) 1296 284.6 2.8e-76
XP_011526594 (OMIM: 615334) PREDICTED: ceramide sy ( 394) 1296 284.6 2.8e-76
XP_011526597 (OMIM: 615334) PREDICTED: ceramide sy ( 394) 1296 284.6 2.8e-76
NP_078828 (OMIM: 615334) ceramide synthase 4 [Homo ( 394) 1296 284.6 2.8e-76
XP_011526595 (OMIM: 615334) PREDICTED: ceramide sy ( 394) 1296 284.6 2.8e-76
XP_016882794 (OMIM: 615334) PREDICTED: ceramide sy ( 394) 1296 284.6 2.8e-76
XP_016882793 (OMIM: 615334) PREDICTED: ceramide sy ( 394) 1296 284.6 2.8e-76
NP_671723 (OMIM: 615335) ceramide synthase 5 isofo ( 392) 1095 241.9 1.9e-63
NP_982288 (OMIM: 615336) ceramide synthase 6 isofo ( 384) 1088 240.5 5.1e-63
NP_001243055 (OMIM: 615336) ceramide synthase 6 is ( 392) 1063 235.2 2.1e-61
NP_001317999 (OMIM: 615335) ceramide synthase 5 is ( 392) 1059 234.3 3.7e-61
NP_001318000 (OMIM: 615335) ceramide synthase 5 is ( 381) 1057 233.9 4.9e-61
XP_005269277 (OMIM: 615335) PREDICTED: ceramide sy ( 409) 1057 233.9 5.1e-61
NP_001268660 (OMIM: 615335) ceramide synthase 5 is ( 334) 940 209.0 1.3e-53
XP_016875693 (OMIM: 615335) PREDICTED: ceramide sy ( 290) 915 203.6 4.7e-52
XP_016875691 (OMIM: 615335) PREDICTED: ceramide sy ( 334) 904 201.4 2.6e-51
NP_001317998 (OMIM: 615335) ceramide synthase 5 is ( 323) 902 200.9 3.4e-51
NP_001318001 (OMIM: 615335) ceramide synthase 5 is ( 248) 742 166.9 4.7e-41
NP_001318002 (OMIM: 615335) ceramide synthase 5 is ( 237) 704 158.8 1.2e-38
XP_016875694 (OMIM: 615335) PREDICTED: ceramide sy ( 237) 704 158.8 1.2e-38
XP_016859238 (OMIM: 615336) PREDICTED: ceramide sy ( 251) 604 137.6 3.1e-32
XP_005246497 (OMIM: 615336) PREDICTED: ceramide sy ( 200) 461 107.2 3.5e-23
NP_067090 (OMIM: 606919,616230) ceramide synthase ( 350) 237 59.9 1e-08
NP_937850 (OMIM: 606919,616230) ceramide synthase ( 337) 225 57.4 5.9e-08
NP_001277194 (OMIM: 606919,616230) ceramide syntha ( 239) 212 54.4 3.2e-07
XP_011513307 (OMIM: 608485) PREDICTED: translocati ( 333) 211 54.4 4.6e-07
NP_036420 (OMIM: 608485) translocating chain-assoc ( 370) 211 54.4 4.9e-07
XP_016868756 (OMIM: 605190) PREDICTED: translocati ( 278) 189 49.6 1e-05
XP_016868755 (OMIM: 605190) PREDICTED: translocati ( 278) 189 49.6 1e-05
NP_001304734 (OMIM: 605190) translocating chain-as ( 288) 189 49.7 1e-05
NP_001304733 (OMIM: 605190) translocating chain-as ( 343) 189 49.7 1.2e-05
NP_055109 (OMIM: 605190) translocating chain-assoc ( 374) 189 49.8 1.3e-05
>>XP_011507754 (OMIM: 606920) PREDICTED: ceramide syntha (380 aa)
initn: 2573 init1: 2573 opt: 2573 Z-score: 2954.4 bits: 555.4 E(85289): 8e-158
Smith-Waterman score: 2573; 100.0% identity (100.0% similar) in 380 aa overlap (1-380:1-380)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MLQTLYDYFWWERLWLPVNLTWADLEDRDGRVYAKASDLYITLPLALLFLIVRYFFELYV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MLQTLYDYFWWERLWLPVNLTWADLEDRDGRVYAKASDLYITLPLALLFLIVRYFFELYV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 ATPLAALLNIKEKTRLRAPPNATLEHFYLTSGKQPKQVEVELLSRQSGLSGRQVERWFRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ATPLAALLNIKEKTRLRAPPNATLEHFYLTSGKQPKQVEVELLSRQSGLSGRQVERWFRR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 RRNQDRPSLLKKFREASWRFTFYLIAFIAGMAVIVDKPWFYDMKKVWEGYPIQSTIPSQY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 RRNQDRPSLLKKFREASWRFTFYLIAFIAGMAVIVDKPWFYDMKKVWEGYPIQSTIPSQY
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 WYYMIELSFYWSLLFSIASDVKRKDFKEQIIHHVATIILISFSWFANYIRAGTLIMALHD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 WYYMIELSFYWSLLFSIASDVKRKDFKEQIIHHVATIILISFSWFANYIRAGTLIMALHD
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 SSDYLLESAKMFNYAGWKNTCNNIFIVFAIVFIITRLVILPFWILHCTLVYPLELYPAFF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SSDYLLESAKMFNYAGWKNTCNNIFIVFAIVFIITRLVILPFWILHCTLVYPLELYPAFF
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 GYYFFNSMMGVLQLLHIFWAYLILRMAHKFITGKLVEDERSDREETESSEGEEAAAGGGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GYYFFNSMMGVLQLLHIFWAYLILRMAHKFITGKLVEDERSDREETESSEGEEAAAGGGA
310 320 330 340 350 360
370 380
pF1KB8 KSRPLANGHPILNNNHRKND
::::::::::::::::::::
XP_011 KSRPLANGHPILNNNHRKND
370 380
>>NP_859530 (OMIM: 606920) ceramide synthase 2 [Homo sap (380 aa)
initn: 2573 init1: 2573 opt: 2573 Z-score: 2954.4 bits: 555.4 E(85289): 8e-158
Smith-Waterman score: 2573; 100.0% identity (100.0% similar) in 380 aa overlap (1-380:1-380)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MLQTLYDYFWWERLWLPVNLTWADLEDRDGRVYAKASDLYITLPLALLFLIVRYFFELYV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_859 MLQTLYDYFWWERLWLPVNLTWADLEDRDGRVYAKASDLYITLPLALLFLIVRYFFELYV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 ATPLAALLNIKEKTRLRAPPNATLEHFYLTSGKQPKQVEVELLSRQSGLSGRQVERWFRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_859 ATPLAALLNIKEKTRLRAPPNATLEHFYLTSGKQPKQVEVELLSRQSGLSGRQVERWFRR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 RRNQDRPSLLKKFREASWRFTFYLIAFIAGMAVIVDKPWFYDMKKVWEGYPIQSTIPSQY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_859 RRNQDRPSLLKKFREASWRFTFYLIAFIAGMAVIVDKPWFYDMKKVWEGYPIQSTIPSQY
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 WYYMIELSFYWSLLFSIASDVKRKDFKEQIIHHVATIILISFSWFANYIRAGTLIMALHD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_859 WYYMIELSFYWSLLFSIASDVKRKDFKEQIIHHVATIILISFSWFANYIRAGTLIMALHD
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 SSDYLLESAKMFNYAGWKNTCNNIFIVFAIVFIITRLVILPFWILHCTLVYPLELYPAFF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_859 SSDYLLESAKMFNYAGWKNTCNNIFIVFAIVFIITRLVILPFWILHCTLVYPLELYPAFF
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 GYYFFNSMMGVLQLLHIFWAYLILRMAHKFITGKLVEDERSDREETESSEGEEAAAGGGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_859 GYYFFNSMMGVLQLLHIFWAYLILRMAHKFITGKLVEDERSDREETESSEGEEAAAGGGA
310 320 330 340 350 360
370 380
pF1KB8 KSRPLANGHPILNNNHRKND
::::::::::::::::::::
NP_859 KSRPLANGHPILNNNHRKND
370 380
>>NP_071358 (OMIM: 606920) ceramide synthase 2 [Homo sap (380 aa)
initn: 2573 init1: 2573 opt: 2573 Z-score: 2954.4 bits: 555.4 E(85289): 8e-158
Smith-Waterman score: 2573; 100.0% identity (100.0% similar) in 380 aa overlap (1-380:1-380)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MLQTLYDYFWWERLWLPVNLTWADLEDRDGRVYAKASDLYITLPLALLFLIVRYFFELYV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 MLQTLYDYFWWERLWLPVNLTWADLEDRDGRVYAKASDLYITLPLALLFLIVRYFFELYV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 ATPLAALLNIKEKTRLRAPPNATLEHFYLTSGKQPKQVEVELLSRQSGLSGRQVERWFRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 ATPLAALLNIKEKTRLRAPPNATLEHFYLTSGKQPKQVEVELLSRQSGLSGRQVERWFRR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 RRNQDRPSLLKKFREASWRFTFYLIAFIAGMAVIVDKPWFYDMKKVWEGYPIQSTIPSQY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 RRNQDRPSLLKKFREASWRFTFYLIAFIAGMAVIVDKPWFYDMKKVWEGYPIQSTIPSQY
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 WYYMIELSFYWSLLFSIASDVKRKDFKEQIIHHVATIILISFSWFANYIRAGTLIMALHD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 WYYMIELSFYWSLLFSIASDVKRKDFKEQIIHHVATIILISFSWFANYIRAGTLIMALHD
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 SSDYLLESAKMFNYAGWKNTCNNIFIVFAIVFIITRLVILPFWILHCTLVYPLELYPAFF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 SSDYLLESAKMFNYAGWKNTCNNIFIVFAIVFIITRLVILPFWILHCTLVYPLELYPAFF
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 GYYFFNSMMGVLQLLHIFWAYLILRMAHKFITGKLVEDERSDREETESSEGEEAAAGGGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 GYYFFNSMMGVLQLLHIFWAYLILRMAHKFITGKLVEDERSDREETESSEGEEAAAGGGA
310 320 330 340 350 360
370 380
pF1KB8 KSRPLANGHPILNNNHRKND
::::::::::::::::::::
NP_071 KSRPLANGHPILNNNHRKND
370 380
>>XP_011507753 (OMIM: 606920) PREDICTED: ceramide syntha (400 aa)
initn: 2573 init1: 2573 opt: 2573 Z-score: 2954.1 bits: 555.4 E(85289): 8.3e-158
Smith-Waterman score: 2573; 100.0% identity (100.0% similar) in 380 aa overlap (1-380:21-400)
10 20 30 40
pF1KB8 MLQTLYDYFWWERLWLPVNLTWADLEDRDGRVYAKASDLY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MVPLALHFPGEVGLQETAVRMLQTLYDYFWWERLWLPVNLTWADLEDRDGRVYAKASDLY
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB8 ITLPLALLFLIVRYFFELYVATPLAALLNIKEKTRLRAPPNATLEHFYLTSGKQPKQVEV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ITLPLALLFLIVRYFFELYVATPLAALLNIKEKTRLRAPPNATLEHFYLTSGKQPKQVEV
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KB8 ELLSRQSGLSGRQVERWFRRRRNQDRPSLLKKFREASWRFTFYLIAFIAGMAVIVDKPWF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ELLSRQSGLSGRQVERWFRRRRNQDRPSLLKKFREASWRFTFYLIAFIAGMAVIVDKPWF
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KB8 YDMKKVWEGYPIQSTIPSQYWYYMIELSFYWSLLFSIASDVKRKDFKEQIIHHVATIILI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 YDMKKVWEGYPIQSTIPSQYWYYMIELSFYWSLLFSIASDVKRKDFKEQIIHHVATIILI
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KB8 SFSWFANYIRAGTLIMALHDSSDYLLESAKMFNYAGWKNTCNNIFIVFAIVFIITRLVIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SFSWFANYIRAGTLIMALHDSSDYLLESAKMFNYAGWKNTCNNIFIVFAIVFIITRLVIL
250 260 270 280 290 300
290 300 310 320 330 340
pF1KB8 PFWILHCTLVYPLELYPAFFGYYFFNSMMGVLQLLHIFWAYLILRMAHKFITGKLVEDER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PFWILHCTLVYPLELYPAFFGYYFFNSMMGVLQLLHIFWAYLILRMAHKFITGKLVEDER
310 320 330 340 350 360
350 360 370 380
pF1KB8 SDREETESSEGEEAAAGGGAKSRPLANGHPILNNNHRKND
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SDREETESSEGEEAAAGGGAKSRPLANGHPILNNNHRKND
370 380 390 400
>>NP_001277272 (OMIM: 615023,615276) ceramide synthase 3 (383 aa)
initn: 1198 init1: 1156 opt: 1438 Z-score: 1653.5 bits: 314.7 E(85289): 2.3e-85
Smith-Waterman score: 1438; 52.6% identity (77.5% similar) in 382 aa overlap (1-376:1-381)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MLQTLYDYFWWERLWLPVNLTWADLEDRDGRVYAKASDLYITLPLALLFLIVRYFFELYV
:. :. ..:: ::.::: .. :.::::.:: :..: : ::.:.: :.:.::.: :: .:
NP_001 MFWTFKEWFWLERFWLPPTIKWSDLEDHDGLVFVKPSHLYVTIPYAFLLLIIRRVFEKFV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 ATPLAALLNIKEKTRLRAPPNATLEHFYLTSGKQPKQVEVELLSRQSGLSGRQVERWFRR
:.::: ..::: .: .. ::..::.:. : .:: :... :... .:. ::::::::
NP_001 ASPLAKSFGIKETVR-KVTPNTVLENFFKHSTRQPLQTDIYGLAKKCNLTERQVERWFRS
70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 RRNQDRPSLLKKFREASWRFTFYLIAFIAGMAVIVDKPWFYDMKKVWEGYPIQSTIPSQY
::::.::: ::::.:: :::.:::. .::.: . ::::.::. .::.::: : .::::
NP_001 RRNQERPSRLKKFQEACWRFAFYLMITVAGIAFLYDKPWLYDLWEVWNGYPKQPLLPSQY
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 WYYMIELSFYWSLLFSIASDVKRKDFKEQIIHHVATIILISFSWFANYIRAGTLIMALHD
:::..:.:::::::: .. ::::::: .::::.:.: :.:::: :::::.:::.: .::
NP_001 WYYILEMSFYWSLLFRLGFDVKRKDFLAHIIHHLAAISLMSFSWCANYIRSGTLVMIVHD
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 SSDYLLESAKMFNYAGWKNTCNNIFIVFAIVFIITRLVILPFWILHCTLVYPLELYPAFF
.: :::::::.:::: .:::..:..:. .:.:.::...:::::.:::. :. ::
NP_001 VADIWLESAKMFSYAGWTQTCNTLFFIFSTIFFISRLIVFPFWILYCTLILPMYHLEPFF
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350
pF1KB8 GYYFFNSMMGVLQLLHIFWAYLILRMAHKFITGKLVEDERSDREE-TESSEGEEAAAGGG
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XP_016 KEMDCLKNGLRAERHLIPNGQHGH
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>>NP_849164 (OMIM: 615023,615276) ceramide synthase 3 is (383 aa)
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NP_849 KEMDCLKNGLRAERHLIPNGQHGH
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380 residues in 1 query sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]