Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB7745
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7745, 437 aa
1>>>pF1KB7745 437 - 437 aa - 437 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.5926+/-0.000907; mu= -4.4952+/- 0.055
mean_var=290.4599+/-58.010, 0's: 0 Z-trim(116.2): 16 B-trim: 0 in 0/53
Lambda= 0.075254
statistics sampled from 16743 (16757) to 16743 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.808), E-opt: 0.2 (0.515), width: 16
Scan time: 3.440
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS236.1 E2F2 gene_id:1870|Hs108|chr1 ( 437) 2954 333.5 2.4e-91
CCDS4545.1 E2F3 gene_id:1871|Hs108|chr6 ( 465) 961 117.2 3.5e-26
CCDS58999.1 E2F3 gene_id:1871|Hs108|chr6 ( 334) 914 112.0 9.3e-25
CCDS13224.1 E2F1 gene_id:1869|Hs108|chr20 ( 437) 908 111.4 1.8e-24
CCDS62859.1 E2F6 gene_id:1876|Hs108|chr2 ( 249) 619 79.9 3.2e-15
CCDS1680.2 E2F6 gene_id:1876|Hs108|chr2 ( 281) 619 79.9 3.5e-15
CCDS62858.1 E2F6 gene_id:1876|Hs108|chr2 ( 206) 566 74.1 1.5e-13
CCDS32464.1 E2F4 gene_id:1874|Hs108|chr16 ( 413) 563 73.9 3.2e-13
CCDS47885.1 E2F5 gene_id:1875|Hs108|chr8 ( 346) 518 69.0 8.3e-12
CCDS47886.1 E2F5 gene_id:1875|Hs108|chr8 ( 345) 517 68.9 9e-12
>>CCDS236.1 E2F2 gene_id:1870|Hs108|chr1 (437 aa)
initn: 2954 init1: 2954 opt: 2954 Z-score: 1753.3 bits: 333.5 E(32554): 2.4e-91
Smith-Waterman score: 2954; 100.0% identity (100.0% similar) in 437 aa overlap (1-437:1-437)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MLQGPRALASAAGQTPKVVPAMSPTELWPSGLSSPQLCPATATYYTPLYPQTAPPAAAPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 MLQGPRALASAAGQTPKVVPAMSPTELWPSGLSSPQLCPATATYYTPLYPQTAPPAAAPG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 TCLDATPHGPEGQVVRCLPAGRLPAKRKLDLEGIGRPVVPEFPTPKGKCIRVDGLPSPKT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 TCLDATPHGPEGQVVRCLPAGRLPAKRKLDLEGIGRPVVPEFPTPKGKCIRVDGLPSPKT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 PKSPGEKTRYDTSLGLLTKKFIYLLSESEDGVLDLNWAAEVLDVQKRRIYDITNVLEGIQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 PKSPGEKTRYDTSLGLLTKKFIYLLSESEDGVLDLNWAAEVLDVQKRRIYDITNVLEGIQ
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 LIRKKAKNNIQWVGRGMFEDPTRPGKQQQLGQELKELMNTEQALDQLIQSCSLSFKHLTE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 LIRKKAKNNIQWVGRGMFEDPTRPGKQQQLGQELKELMNTEQALDQLIQSCSLSFKHLTE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 DKANKRLAYVTYQDIRAVGNFKEQTVIAVKAPPQTRLEVPDRTEDNLQIYLKSTQGPIEV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 DKANKRLAYVTYQDIRAVGNFKEQTVIAVKAPPQTRLEVPDRTEDNLQIYLKSTQGPIEV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 YLCPEEVQEPDSPSEEPLPSTSTLCPSPDSAQPSSSTDPSIMEPTASSVPAPAPTPQQAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 YLCPEEVQEPDSPSEEPLPSTSTLCPSPDSAQPSSSTDPSIMEPTASSVPAPAPTPQQAP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 PPPSLVPLEATDSLLELPHPLLQQTEDQFLSPTLACSSPLISFSPSLDQDDYLWGLEAGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 PPPSLVPLEATDSLLELPHPLLQQTEDQFLSPTLACSSPLISFSPSLDQDDYLWGLEAGE
370 380 390 400 410 420
430
pF1KB7 GISDLFDSYDLGDLLIN
:::::::::::::::::
CCDS23 GISDLFDSYDLGDLLIN
430
>>CCDS4545.1 E2F3 gene_id:1871|Hs108|chr6 (465 aa)
initn: 994 init1: 746 opt: 961 Z-score: 583.5 bits: 117.2 E(32554): 3.5e-26
Smith-Waterman score: 1084; 49.0% identity (67.3% similar) in 449 aa overlap (1-434:38-456)
10 20
pF1KB7 MLQGPR-ALASAAGQTPKVVPAMSPTELWP
.: .: : :.::. .: . . :.
CCDS45 ALEQYLVTAGGGEGAAVVAAAAAASMDKRALLASPGFAAAAAAAAAPGAYIQILTTNTST
10 20 30 40 50 60
30 40 50 60 70 80
pF1KB7 SGLSSPQLCPATATYYTPLYPQTAPPAA-APGTCLDATPHGPEGQ--VVRCLPA-GRL--
.. :: :.:. :: : .:: : . :. : .::::: .. ... :: ::
CCDS45 TSCSSSLQSGAVAA--GPLLP-SAPGAEQTAGSLLYTTPHGPSSRAGLLQQPPALGRGGS
70 80 90 100 110 120
90 100 110 120 130
pF1KB7 ------PAKRKLDLEGIGRPVVPE-FPTPKGKCIRVDGLP-SPKTPKSPGEKTRYDTSLG
::::.:.: :. . . . ::::: . : ::::::::.::::::::::
CCDS45 GGGGGPPAKRRLELGESGHQYLSDGLKTPKGKGRAALRSPDSPKTPKSPSEKTRYDTSLG
130 140 150 160 170 180
140 150 160 170 180 190
pF1KB7 LLTKKFIYLLSESEDGVLDLNWAAEVLDVQKRRIYDITNVLEGIQLIRKKAKNNIQWVGR
::::::: :::.: ::::::: ::::: ::::::::::::::::.::.::.:::.::.:
CCDS45 LLTKKFIQLLSQSPDGVLDLNKAAEVLKVQKRRIYDITNVLEGIHLIKKKSKNNVQWMGC
190 200 210 220 230 240
200 210 220 230 240 250
pF1KB7 GMFEDPTRPGKQQQLGQELKELMNTEQALDQLIQSCSLSFKHLTEDKANKRLAYVTYQDI
.. :: .. : :..:. :: . :. ::.:::::.:..: ::::. :.::::::::::
CCDS45 SLSEDGGMLAQCQGLSKEVTELSQEEKKLDELIQSCTLDLKLLTEDSENQRLAYVTYQDI
250 260 270 280 290 300
260 270 280 290 300 310
pF1KB7 RAVGNFKEQTVIAVKAPPQTRLEVPDRTEDNLQIYLKSTQGPIEVYLCPEEVQEPDSPSE
: ....:.::::.:::::.::::::: : .:::.: ::::::::::::::. : :: .
CCDS45 RKISGLKDQTVIVVKAPPETRLEVPDSIE-SLQIHLASTQGPIEVYLCPEET-ETHSPMK
310 320 330 340 350 360
320 330 340 350 360 370
pF1KB7 EPLPSTSTLCPSPDSAQPSSSTDPSIMEPTASSVPAPAPTPQQAPPPPSLVPLEATDSLL
. . :.: : . .:... . :: .: :: .
CCDS45 TNNQDHNGNIPKPASKDLASTNSGH----SDCSVSMG-----------NLSPLAS-----
370 380 390 400
380 390 400 410 420 430
pF1KB7 ELPHPLLQQTEDQFLSPTLACSSPLISFSPSLDQDDYLWGLEAGEGISDLFDSYDLGDLL
: ::::::::. :. .:.... : : :.::: .: ::::::::.::: :
CCDS45 --PANLLQQTEDQI--PS-NLEGPFVNLLPPLLQEDYLLSLGEEEGISDLFDAYDLEKLP
410 420 430 440 450
pF1KB7 IN
CCDS45 LVEDFMCS
460
>>CCDS58999.1 E2F3 gene_id:1871|Hs108|chr6 (334 aa)
initn: 903 init1: 711 opt: 914 Z-score: 558.0 bits: 112.0 E(32554): 9.3e-25
Smith-Waterman score: 984; 52.4% identity (70.4% similar) in 351 aa overlap (85-434:7-325)
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 PAAAPGTCLDATPHGPEGQVVRCLPAGRLPAKRKLDLEGIGRPVVPE-FPTPKGKCIRVD
:::.:.: :. . . . :::::
CCDS58 MPLQQQAKRRLELGESGHQYLSDGLKTPKGK-----
10 20 30
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 GLPSPKTPKSPGEKTRYDTSLGLLTKKFIYLLSESEDGVLDLNWAAEVLDVQKRRIYDIT
: . ..: :: .:::::::::::::::: :::.: ::::::: ::::: ::::::::::
CCDS58 GRAALRSPDSPKKKTRYDTSLGLLTKKFIQLLSQSPDGVLDLNKAAEVLKVQKRRIYDIT
40 50 60 70 80 90
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 NVLEGIQLIRKKAKNNIQWVGRGMFEDPTRPGKQQQLGQELKELMNTEQALDQLIQSCSL
::::::.::.::.:::.::.: .. :: .. : :..:. :: . :. ::.:::::.:
CCDS58 NVLEGIHLIKKKSKNNVQWMGCSLSEDGGMLAQCQGLSKEVTELSQEEKKLDELIQSCTL
100 110 120 130 140 150
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 SFKHLTEDKANKRLAYVTYQDIRAVGNFKEQTVIAVKAPPQTRLEVPDRTEDNLQIYLKS
..: ::::. :.::::::::::: ....:.::::.:::::.::::::: : .:::.: :
CCDS58 DLKLLTEDSENQRLAYVTYQDIRKISGLKDQTVIVVKAPPETRLEVPDSIE-SLQIHLAS
160 170 180 190 200 210
300 310 320 330 340 350
pF1KB7 TQGPIEVYLCPEEVQEPDSPSEEPLPSTSTLCPSPDSAQPSSSTDPSIMEPTASSVPAPA
:::::::::::::. : :: . . . :.: : . .:... . ::
CCDS58 TQGPIEVYLCPEET-ETHSPMKTNNQDHNGNIPKPASKDLASTNSGH----SDCSVSMG-
220 230 240 250 260
360 370 380 390 400 410
pF1KB7 PTPQQAPPPPSLVPLEATDSLLELPHPLLQQTEDQFLSPTLACSSPLISFSPSLDQDDYL
.: :: . : ::::::::. :. .:.... : : :.:::
CCDS58 ----------NLSPLAS-------PANLLQQTEDQI--PS-NLEGPFVNLLPPLLQEDYL
270 280 290 300
420 430
pF1KB7 WGLEAGEGISDLFDSYDLGDLLIN
.: ::::::::.::: :
CCDS58 LSLGEEEGISDLFDAYDLEKLPLVEDFMCS
310 320 330
>>CCDS13224.1 E2F1 gene_id:1869|Hs108|chr20 (437 aa)
initn: 819 init1: 379 opt: 908 Z-score: 552.8 bits: 111.4 E(32554): 1.8e-24
Smith-Waterman score: 936; 44.1% identity (62.4% similar) in 458 aa overlap (7-434:2-432)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MLQGPRALASAAGQTPKVVPAMSPTELWPSG----LSSPQLCPATATYYTPLYPQ-TAPP
:::.: . : .::. : .: :.: :. .:. . : :.:
CCDS13 MALAGAPAGGP-CAPALE--ALLGAGALRLLDSSQIVIISAAQDASAPPAPTGPA
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100
pF1KB7 AAAPGTC-----LDATPHGPEGQVVRCLPA-GRLPAKRKLDLEGIGRPVVPEFPTPKGKC
: : : : : :::..:. :: :: :.::.:::: . . : :
CCDS13 APAAGPCDPDLLLFATPQAPRPTPSAPRPALGRPPVKRRLDLE-TDHQYLAESSGPA---
60 70 80 90 100
110 120 130 140 150 160
pF1KB7 IRVDGLPSPKTPKSPGEKTRYDTSLGLLTKKFIYLLSESEDGVLDLNWAAEVLDVQKRRI
: : : ::::::.::.:::.: ::.:. :::.: :::.::::::::: ::::::
CCDS13 -RGRGRHPGKGVKSPGEKSRYETSLNLTTKRFLELLSHSADGVVDLNWAAEVLKVQKRRI
110 120 130 140 150 160
170 180 190 200 210 220
pF1KB7 YDITNVLEGIQLIRKKAKNNIQWVGRGMFEDPTRPGKQQQLGQELKELMNTEQALDQLIQ
::::::::::::: ::.::.:::.: :. . : :.:..:...:: ::.:..
CCDS13 YDITNVLEGIQLIAKKSKNHIQWLGS--HTTVGVGGRLEGLTQDLRQLQESEQQLDHLMN
170 180 190 200 210 220
230 240 250 260 270 280
pF1KB7 SCSLSFKHLTEDKANKRLAYVTYQDIRAVGNFKEQTVIAVKAPPQTRLEVPDRTEDNLQI
:. ... :.:: ..:::::: ::.:.... :: :...::::.:.:.. : .: :.::
CCDS13 ICTTQLRLLSEDTDSQRLAYVTCQDLRSIADPAEQMVMVIKAPPETQLQAVDSSE-NFQI
230 240 250 260 270 280
290 300 310 320 330
pF1KB7 YLKSTQGPIEVYLCPEEV-----------QEPDSPSEEPLPSTSTLCPSPDSAQPSS-ST
::: ::::.:.:::::. :: : :. ...:. : :. ::: .:
CCDS13 SLKSKQGPIDVFLCPEETVGGISPGKTPSQEVTSEEENRATDSATIVSPPPSSPPSSLTT
290 300 310 320 330 340
340 350 360 370 380 390
pF1KB7 DPSI------MEPTASSVPA-PAPTPQQAPPPPSLVPLEATDSLLELPHPLLQQTEDQFL
::: .:: : . . ::. .. : :: :.::::: . :: .
CCDS13 DPSQSLLSLEQEPLLSRMGSLRAPVDED-----RLSPLVAADSLLE------HVRED--F
350 360 370 380 390
400 410 420 430
pF1KB7 SPTLACSSPLISFSPSLDQDDYLWGLEAGEGISDLFDSYDLGDLLIN
: : .::.:: . :: .::: :::: :::: :.:::
CCDS13 SGLLP--EEFISLSPPHEALDYHFGLEEGEGIRDLFDC-DFGDLTPLDF
400 410 420 430
>>CCDS62859.1 E2F6 gene_id:1876|Hs108|chr2 (249 aa)
initn: 584 init1: 344 opt: 619 Z-score: 386.7 bits: 79.9 E(32554): 3.2e-15
Smith-Waterman score: 619; 45.0% identity (74.3% similar) in 218 aa overlap (126-343:28-242)
100 110 120 130 140 150
pF1KB7 RPVVPEFPTPKGKCIRVDGLPSPKTPKSPGEKTRYDTSLGLLTKKFIYLLSESEDGVLDL
.. :.:.:: ::.::. :. . :.:::
CCDS62 MNPSPSKIRINLEDNVQYVSMRKALKVKRPRFDVSLVYLTRKFMDLVRSAPGGILDL
10 20 30 40 50
160 170 180 190 200 210
pF1KB7 NWAAEVLDVQKRRIYDITNVLEGIQLIRKKAKNNIQWVGRGMFEDPTRPGKQQQLGQELK
: .: : :.:::.:::::::.::.:..::.::.:.:.: . . . : .:..: .::.
CCDS62 NKVATKLGVRKRRVYDITNVLDGIDLVEKKSKNHIRWIGSDLSNFGAVP-QQKKLQEELS
60 70 80 90 100 110
220 230 240 250 260 270
pF1KB7 ELMNTEQALDQLIQSCSLSFKHLTEDKANKRLAYVTYQDIRAVGNFKEQTVIAVKAPPQT
.: :.:::.::..:. .. .::.:: :.::::::::::... :.:: ::::::: .:
CCDS62 DLSAMEDALDELIKDCAQQLFELTDDKENERLAYVTYQDIHSIQAFHEQIVIAVKAPAET
120 130 140 150 160 170
280 290 300 310 320 330
pF1KB7 RLEVPDRTEDNLQIYLKSTQGPIEVYLCPEEVQEPDSPSEEPLPSTSTLCPSPDSAQPSS
::.:: ::.. ....::.:::.:::: : . .. : . ..:. :.. :
CCDS62 RLDVPAPREDSITVHIRSTNGPIDVYLCEVEQGQTSNKRSEGVGTSSSESTHPEG--PEE
180 190 200 210 220 230
340 350 360 370 380 390
pF1KB7 STDPSIMEPTASSVPAPAPTPQQAPPPPSLVPLEATDSLLELPHPLLQQTEDQFLSPTLA
.:. :
CCDS62 EENPQQSEELLEVSN
240
>>CCDS1680.2 E2F6 gene_id:1876|Hs108|chr2 (281 aa)
initn: 584 init1: 344 opt: 619 Z-score: 386.0 bits: 79.9 E(32554): 3.5e-15
Smith-Waterman score: 619; 45.0% identity (74.3% similar) in 218 aa overlap (126-343:60-274)
100 110 120 130 140 150
pF1KB7 RPVVPEFPTPKGKCIRVDGLPSPKTPKSPGEKTRYDTSLGLLTKKFIYLLSESEDGVLDL
.. :.:.:: ::.::. :. . :.:::
CCDS16 INVEGLLPSKIRINLEDNVQYVSMRKALKVKRPRFDVSLVYLTRKFMDLVRSAPGGILDL
30 40 50 60 70 80
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pF1KB7 NWAAEVLDVQKRRIYDITNVLEGIQLIRKKAKNNIQWVGRGMFEDPTRPGKQQQLGQELK
: .: : :.:::.:::::::.::.:..::.::.:.:.: . . . : .:..: .::.
CCDS16 NKVATKLGVRKRRVYDITNVLDGIDLVEKKSKNHIRWIGSDLSNFGAVP-QQKKLQEELS
90 100 110 120 130 140
220 230 240 250 260 270
pF1KB7 ELMNTEQALDQLIQSCSLSFKHLTEDKANKRLAYVTYQDIRAVGNFKEQTVIAVKAPPQT
.: :.:::.::..:. .. .::.:: :.::::::::::... :.:: ::::::: .:
CCDS16 DLSAMEDALDELIKDCAQQLFELTDDKENERLAYVTYQDIHSIQAFHEQIVIAVKAPAET
150 160 170 180 190 200
280 290 300 310 320 330
pF1KB7 RLEVPDRTEDNLQIYLKSTQGPIEVYLCPEEVQEPDSPSEEPLPSTSTLCPSPDSAQPSS
::.:: ::.. ....::.:::.:::: : . .. : . ..:. :.. :
CCDS16 RLDVPAPREDSITVHIRSTNGPIDVYLCEVEQGQTSNKRSEGVGTSSSESTHPEG--PEE
210 220 230 240 250 260
340 350 360 370 380 390
pF1KB7 STDPSIMEPTASSVPAPAPTPQQAPPPPSLVPLEATDSLLELPHPLLQQTEDQFLSPTLA
.:. :
CCDS16 EENPQQSEELLEVSN
270 280
>>CCDS62858.1 E2F6 gene_id:1876|Hs108|chr2 (206 aa)
initn: 531 init1: 344 opt: 566 Z-score: 356.8 bits: 74.1 E(32554): 1.5e-13
Smith-Waterman score: 566; 45.0% identity (74.0% similar) in 200 aa overlap (144-343:3-199)
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 GLPSPKTPKSPGEKTRYDTSLGLLTKKFIYLLSESEDGVLDLNWAAEVLDVQKRRIYDIT
:. . :.:::: .: : :.:::.::::
CCDS62 MDLVRSAPGGILDLNKVATKLGVRKRRVYDIT
10 20 30
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 NVLEGIQLIRKKAKNNIQWVGRGMFEDPTRPGKQQQLGQELKELMNTEQALDQLIQSCSL
:::.::.:..::.::.:.:.: . . . : .:..: .::..: :.:::.::..:.
CCDS62 NVLDGIDLVEKKSKNHIRWIGSDLSNFGAVP-QQKKLQEELSDLSAMEDALDELIKDCAQ
40 50 60 70 80 90
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pF1KB7 SFKHLTEDKANKRLAYVTYQDIRAVGNFKEQTVIAVKAPPQTRLEVPDRTEDNLQIYLKS
.. .::.:: :.::::::::::... :.:: ::::::: .:::.:: ::.. ....:
CCDS62 QLFELTDDKENERLAYVTYQDIHSIQAFHEQIVIAVKAPAETRLDVPAPREDSITVHIRS
100 110 120 130 140 150
300 310 320 330 340 350
pF1KB7 TQGPIEVYLCPEEVQEPDSPSEEPLPSTSTLCPSPDSAQPSSSTDPSIMEPTASSVPAPA
:.:::.:::: : . .. : . ..:. :.. : .:. :
CCDS62 TNGPIDVYLCEVEQGQTSNKRSEGVGTSSSESTHPEG--PEEEENPQQSEELLEVSN
160 170 180 190 200
360 370 380 390 400 410
pF1KB7 PTPQQAPPPPSLVPLEATDSLLELPHPLLQQTEDQFLSPTLACSSPLISFSPSLDQDDYL
>>CCDS32464.1 E2F4 gene_id:1874|Hs108|chr16 (413 aa)
initn: 460 init1: 184 opt: 563 Z-score: 350.7 bits: 73.9 E(32554): 3.2e-13
Smith-Waterman score: 563; 44.4% identity (65.5% similar) in 252 aa overlap (118-360:6-253)
90 100 110 120 130 140
pF1KB7 KLDLEGIGRPVVPEFPTPKGKCIRVDGLPSPKTPKSPGEKTRYDTSLGLLTKKFIYLLSE
:..: :: .:.. :::::: ::. ::.:
CCDS32 MAEAGPQAPPPPGTPSRHEKSLGLLTTKFVSLLQE
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]