Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB3424
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3424, 440 aa
1>>>pF1KB3424 440 - 440 aa - 440 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1678+/-0.000796; mu= 14.7114+/- 0.048
mean_var=96.2161+/-18.888, 0's: 0 Z-trim(110.1): 56 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.130753
statistics sampled from 11286 (11342) to 11286 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.701), E-opt: 0.2 (0.348), width: 16
Scan time: 2.410
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS32139.1 PSMC1 gene_id:5700|Hs108|chr14 ( 440) 2863 550.1 1.6e-156
CCDS81837.1 PSMC1 gene_id:5700|Hs108|chr14 ( 367) 2364 455.9 2.9e-128
CCDS12547.1 PSMC4 gene_id:5704|Hs108|chr19 ( 418) 1311 257.3 2e-68
CCDS46076.1 PSMC4 gene_id:5704|Hs108|chr19 ( 387) 1284 252.2 6.5e-67
CCDS11645.1 PSMC5 gene_id:5705|Hs108|chr17 ( 406) 1161 229.0 6.5e-60
CCDS56043.1 PSMC5 gene_id:5705|Hs108|chr17 ( 398) 1158 228.5 9.5e-60
CCDS7935.1 PSMC3 gene_id:5702|Hs108|chr11 ( 439) 1120 221.3 1.5e-57
CCDS5731.1 PSMC2 gene_id:5701|Hs108|chr7 ( 433) 1050 208.1 1.4e-53
CCDS9710.2 PSMC6 gene_id:5706|Hs108|chr14 ( 403) 1021 202.6 5.8e-52
CCDS6573.1 VCP gene_id:7415|Hs108|chr9 ( 806) 681 138.7 2.1e-32
CCDS11859.1 AFG3L2 gene_id:10939|Hs108|chr18 ( 797) 662 135.1 2.4e-31
CCDS46227.1 ATAD2B gene_id:54454|Hs108|chr2 (1458) 656 134.1 8.7e-31
CCDS6343.1 ATAD2 gene_id:29028|Hs108|chr8 (1390) 642 131.5 5.2e-30
CCDS10977.1 SPG7 gene_id:6687|Hs108|chr16 ( 795) 598 123.0 1e-27
CCDS3730.1 SPATA5 gene_id:166378|Hs108|chr4 ( 893) 590 121.6 3.3e-27
CCDS58062.1 NVL gene_id:4931|Hs108|chr1 ( 667) 578 119.2 1.2e-26
CCDS4877.1 PEX6 gene_id:5190|Hs108|chr6 ( 980) 576 118.9 2.2e-26
CCDS1542.1 NVL gene_id:4931|Hs108|chr1 ( 750) 572 118.1 3e-26
CCDS58063.1 NVL gene_id:4931|Hs108|chr1 ( 765) 572 118.1 3e-26
CCDS1541.1 NVL gene_id:4931|Hs108|chr1 ( 856) 572 118.1 3.3e-26
CCDS5217.1 KATNA1 gene_id:11104|Hs108|chr6 ( 491) 560 115.7 1e-25
CCDS64710.1 PEX1 gene_id:5189|Hs108|chr7 (1226) 563 116.5 1.4e-25
CCDS5627.1 PEX1 gene_id:5189|Hs108|chr7 (1283) 563 116.6 1.5e-25
CCDS31956.1 KATNAL1 gene_id:84056|Hs108|chr13 ( 490) 552 114.2 2.9e-25
CCDS58072.1 YME1L1 gene_id:10730|Hs108|chr10 ( 683) 551 114.1 4.3e-25
CCDS7151.1 YME1L1 gene_id:10730|Hs108|chr10 ( 716) 551 114.1 4.5e-25
CCDS7152.1 YME1L1 gene_id:10730|Hs108|chr10 ( 773) 551 114.2 4.8e-25
CCDS5510.1 FIGNL1 gene_id:63979|Hs108|chr7 ( 674) 518 107.9 3.2e-23
CCDS32828.1 KATNAL2 gene_id:83473|Hs108|chr18 ( 466) 510 106.3 6.8e-23
CCDS1779.1 SPAST gene_id:6683|Hs108|chr2 ( 584) 492 102.9 8.6e-22
CCDS45517.1 VPS4A gene_id:27183|Hs108|chr16 ( 437) 490 102.5 8.8e-22
CCDS1778.1 SPAST gene_id:6683|Hs108|chr2 ( 616) 492 103.0 8.9e-22
CCDS11983.1 VPS4B gene_id:9525|Hs108|chr18 ( 444) 485 101.6 1.7e-21
CCDS7386.1 ATAD1 gene_id:84896|Hs108|chr10 ( 361) 466 97.9 1.7e-20
CCDS42354.1 NSF gene_id:4905|Hs108|chr17 ( 744) 463 97.5 4.6e-20
CCDS2221.2 FIGN gene_id:55137|Hs108|chr2 ( 759) 410 87.6 4.8e-17
CCDS10978.1 SPG7 gene_id:6687|Hs108|chr16 ( 489) 370 79.9 6.3e-15
CCDS81877.1 SPATA5L1 gene_id:79029|Hs108|chr15 ( 620) 366 79.2 1.3e-14
CCDS10123.1 SPATA5L1 gene_id:79029|Hs108|chr15 ( 753) 366 79.3 1.5e-14
CCDS56456.1 KATNA1 gene_id:11104|Hs108|chr6 ( 311) 349 75.8 6.8e-14
>>CCDS32139.1 PSMC1 gene_id:5700|Hs108|chr14 (440 aa)
initn: 2863 init1: 2863 opt: 2863 Z-score: 2923.7 bits: 550.1 E(32554): 1.6e-156
Smith-Waterman score: 2863; 100.0% identity (100.0% similar) in 440 aa overlap (1-440:1-440)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MGQSQSGGHGPGGGKKDDKDKKKKYEPPVPTRVGKKKKKTKGPDAASKLPLVTPHTQCRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 MGQSQSGGHGPGGGKKDDKDKKKKYEPPVPTRVGKKKKKTKGPDAASKLPLVTPHTQCRL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 KLLKLERIKDYLLMEEEFIRNQEQMKPLEEKQEEERSKVDDLRGTPMSVGTLEEIIDDNH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 KLLKLERIKDYLLMEEEFIRNQEQMKPLEEKQEEERSKVDDLRGTPMSVGTLEEIIDDNH
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 AIVSTSVGSEHYVSILSFVDKDLLEPGCSVLLNHKVHAVIGVLMDDTDPLVTVMKVEKAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 AIVSTSVGSEHYVSILSFVDKDLLEPGCSVLLNHKVHAVIGVLMDDTDPLVTVMKVEKAP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 QETYADIGGLDNQIQEIKESVELPLTHPEYYEEMGIKPPKGVILYGPPGTGKTLLAKAVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 QETYADIGGLDNQIQEIKESVELPLTHPEYYEEMGIKPPKGVILYGPPGTGKTLLAKAVA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 NQTSATFLRVVGSELIQKYLGDGPKLVRELFRVAEEHAPSIVFIDEIDAIGTKRYDSNSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 NQTSATFLRVVGSELIQKYLGDGPKLVRELFRVAEEHAPSIVFIDEIDAIGTKRYDSNSG
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 GEREIQRTMLELLNQLDGFDSRGDVKVIMATNRIETLDPALIRPGRIDRKIEFPLPDEKT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 GEREIQRTMLELLNQLDGFDSRGDVKVIMATNRIETLDPALIRPGRIDRKIEFPLPDEKT
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 KKRIFQIHTSRMTLADDVTLDDLIMAKDDLSGADIKAICTEAGLMALRERRMKVTNEDFK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 KKRIFQIHTSRMTLADDVTLDDLIMAKDDLSGADIKAICTEAGLMALRERRMKVTNEDFK
370 380 390 400 410 420
430 440
pF1KB3 KSKENVLYKKQEGTPEGLYL
::::::::::::::::::::
CCDS32 KSKENVLYKKQEGTPEGLYL
430 440
>>CCDS81837.1 PSMC1 gene_id:5700|Hs108|chr14 (367 aa)
initn: 2364 init1: 2364 opt: 2364 Z-score: 2416.1 bits: 455.9 E(32554): 2.9e-128
Smith-Waterman score: 2364; 100.0% identity (100.0% similar) in 367 aa overlap (74-440:1-367)
50 60 70 80 90 100
pF1KB3 DAASKLPLVTPHTQCRLKLLKLERIKDYLLMEEEFIRNQEQMKPLEEKQEEERSKVDDLR
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 MEEEFIRNQEQMKPLEEKQEEERSKVDDLR
10 20 30
110 120 130 140 150 160
pF1KB3 GTPMSVGTLEEIIDDNHAIVSTSVGSEHYVSILSFVDKDLLEPGCSVLLNHKVHAVIGVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 GTPMSVGTLEEIIDDNHAIVSTSVGSEHYVSILSFVDKDLLEPGCSVLLNHKVHAVIGVL
40 50 60 70 80 90
170 180 190 200 210 220
pF1KB3 MDDTDPLVTVMKVEKAPQETYADIGGLDNQIQEIKESVELPLTHPEYYEEMGIKPPKGVI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 MDDTDPLVTVMKVEKAPQETYADIGGLDNQIQEIKESVELPLTHPEYYEEMGIKPPKGVI
100 110 120 130 140 150
230 240 250 260 270 280
pF1KB3 LYGPPGTGKTLLAKAVANQTSATFLRVVGSELIQKYLGDGPKLVRELFRVAEEHAPSIVF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 LYGPPGTGKTLLAKAVANQTSATFLRVVGSELIQKYLGDGPKLVRELFRVAEEHAPSIVF
160 170 180 190 200 210
290 300 310 320 330 340
pF1KB3 IDEIDAIGTKRYDSNSGGEREIQRTMLELLNQLDGFDSRGDVKVIMATNRIETLDPALIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 IDEIDAIGTKRYDSNSGGEREIQRTMLELLNQLDGFDSRGDVKVIMATNRIETLDPALIR
220 230 240 250 260 270
350 360 370 380 390 400
pF1KB3 PGRIDRKIEFPLPDEKTKKRIFQIHTSRMTLADDVTLDDLIMAKDDLSGADIKAICTEAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 PGRIDRKIEFPLPDEKTKKRIFQIHTSRMTLADDVTLDDLIMAKDDLSGADIKAICTEAG
280 290 300 310 320 330
410 420 430 440
pF1KB3 LMALRERRMKVTNEDFKKSKENVLYKKQEGTPEGLYL
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 LMALRERRMKVTNEDFKKSKENVLYKKQEGTPEGLYL
340 350 360
>>CCDS12547.1 PSMC4 gene_id:5704|Hs108|chr19 (418 aa)
initn: 1255 init1: 1226 opt: 1311 Z-score: 1341.8 bits: 257.3 E(32554): 2e-68
Smith-Waterman score: 1311; 50.7% identity (83.2% similar) in 369 aa overlap (64-432:46-412)
40 50 60 70 80 90
pF1KB3 GKKKKKTKGPDAASKLPLVTPHTQCRLKLLKLERIKDYLLMEEEFIRNQEQMKPLEEKQE
::.. ..: ..::.:.... : :...
CCDS12 PALSVSRPQTGLSFLGPEPEDLEDLYSRYKKLQQELEFLEVQEEYIKDEQ--KNLKKEFL
20 30 40 50 60 70
100 110 120 130 140 150
pF1KB3 EERSKVDDLRGTPMSVGTLEEIIDDNHAIVSTSVGSEHYVSILSFVDKDLLEPGCSVLLN
. . .: ... :. .: . : .:.: :::....::..:: ::: .:..::.:. :: :.
CCDS12 HAQEEVKRIQSIPLVIGQFLEAVDQNTAIVGSTTGSNYYVRILSTIDRELLKPNASVALH
80 90 100 110 120 130
160 170 180 190 200 210
pF1KB3 HKVHAVIGVLMDDTDPLVTVMKVEKAPQETYADIGGLDNQIQEIKESVELPLTHPEYYEE
.. .:.. :: ..: . .. .. :. ::::::.: : ::..:.::::::: : :..
CCDS12 KHSNALVDVLPPEADSSIMMLTSDQKPDVMYADIGGMDIQKQEVREAVELPLTHFELYKQ
140 150 160 170 180 190
220 230 240 250 260 270
pF1KB3 MGIKPPKGVILYGPPGTGKTLLAKAVANQTSATFLRVVGSELIQKYLGDGPKLVRELFRV
.:: ::.::..::::: :::.::::::..:.:.:.::::::..:::::.::..::..::.
CCDS12 IGIDPPRGVLMYGPPGCGKTMLAKAVAHHTTAAFIRVVGSEFVQKYLGEGPRMVRDVFRL
200 210 220 230 240 250
280 290 300 310 320 330
pF1KB3 AEEHAPSIVFIDEIDAIGTKRYDSNSGGEREIQRTMLELLNQLDGFDSRGDVKVIMATNR
:.:.::.:.::::::::.:::.:...:..::.:: .::::::.::::. .:::::::::
CCDS12 AKENAPAIIFIDEIDAIATKRFDAQTGADREVQRILLELLNQMDGFDQNVNVKVIMATNR
260 270 280 290 300 310
340 350 360 370 380 390
pF1KB3 IETLDPALIRPGRIDRKIEFPLPDEKTKKRIFQIHTSRMTLADDVTLDDLIMAKDDLSGA
.::::::.::::.::::::::::.. :. ::. ::.:.:...: :.: . : .:::
CCDS12 ADTLDPALLRPGRLDRKIEFPLPDRRQKRLIFSTITSKMNLSEEVDLEDYVARPDKISGA
320 330 340 350 360 370
400 410 420 430 440
pF1KB3 DIKAICTEAGLMALRERRMKVTNEDFKKSKENVLYKKQEGTPEGLYL
::..:: :.:..:.:: :. : .::.:. ..:. : ..
CCDS12 DINSICQESGMLAVRENRYIVLAKDFEKAYKTVIKKDEQEHEFYK
380 390 400 410
>>CCDS46076.1 PSMC4 gene_id:5704|Hs108|chr19 (387 aa)
initn: 1226 init1: 1226 opt: 1284 Z-score: 1314.8 bits: 252.2 E(32554): 6.5e-67
Smith-Waterman score: 1284; 52.0% identity (83.7% similar) in 350 aa overlap (83-432:35-381)
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 TPHTQCRLKLLKLERIKDYLLMEEEFIRNQEQMKPLEEKQEEERSKVDDLRGTPMSVGTL
:... : . .:: ...... :. .: .
CCDS46 GILVEKAQDEIPALSVSRPQTGLSFLGPEPEDLEDLYSRYKEEVKRIQSI---PLVIGQF
10 20 30 40 50 60
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 EEIIDDNHAIVSTSVGSEHYVSILSFVDKDLLEPGCSVLLNHKVHAVIGVLMDDTDPLVT
: .:.: :::....::..:: ::: .:..::.:. :: :... .:.. :: ..: .
CCDS46 LEAVDQNTAIVGSTTGSNYYVRILSTIDRELLKPNASVALHKHSNALVDVLPPEADSSIM
70 80 90 100 110 120
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 VMKVEKAPQETYADIGGLDNQIQEIKESVELPLTHPEYYEEMGIKPPKGVILYGPPGTGK
.. .. :. ::::::.: : ::..:.::::::: : :...:: ::.::..::::: ::
CCDS46 MLTSDQKPDVMYADIGGMDIQKQEVREAVELPLTHFELYKQIGIDPPRGVLMYGPPGCGK
130 140 150 160 170 180
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 TLLAKAVANQTSATFLRVVGSELIQKYLGDGPKLVRELFRVAEEHAPSIVFIDEIDAIGT
:.::::::..:.:.:.::::::..:::::.::..::..::.:.:.::.:.::::::::.:
CCDS46 TMLAKAVAHHTTAAFIRVVGSEFVQKYLGEGPRMVRDVFRLAKENAPAIIFIDEIDAIAT
190 200 210 220 230 240
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 KRYDSNSGGEREIQRTMLELLNQLDGFDSRGDVKVIMATNRIETLDPALIRPGRIDRKIE
::.:...:..::.:: .::::::.::::. .::::::::: .::::::.::::.:::::
CCDS46 KRFDAQTGADREVQRILLELLNQMDGFDQNVNVKVIMATNRADTLDPALLRPGRLDRKIE
250 260 270 280 290 300
360 370 380 390 400 410
pF1KB3 FPLPDEKTKKRIFQIHTSRMTLADDVTLDDLIMAKDDLSGADIKAICTEAGLMALRERRM
:::::.. :. ::. ::.:.:...: :.: . : .:::::..:: :.:..:.:: :.
CCDS46 FPLPDRRQKRLIFSTITSKMNLSEEVDLEDYVARPDKISGADINSICQESGMLAVRENRY
310 320 330 340 350 360
420 430 440
pF1KB3 KVTNEDFKKSKENVLYKKQEGTPEGLYL
: .::.:. ..:. : ..
CCDS46 IVLAKDFEKAYKTVIKKDEQEHEFYK
370 380
>>CCDS11645.1 PSMC5 gene_id:5705|Hs108|chr17 (406 aa)
initn: 1096 init1: 1073 opt: 1161 Z-score: 1189.1 bits: 229.0 E(32554): 6.5e-60
Smith-Waterman score: 1161; 46.3% identity (74.8% similar) in 393 aa overlap (44-432:4-396)
20 30 40 50 60 70
pF1KB3 GKKDDKDKKKKYEPPVPTRVGKKKKKTKGPDAASKLPLVTPHTQCRLKLLKLERIKDYLL
:. .. : .. :. : .:.. :
CCDS11 MALDGPEQMELEEGKAGSGLRQYYLSKIEELQL
10 20 30
80 90 100 110 120
pF1KB3 M----EEEFIRNQEQMKPLEEKQEEERSKVDDLRGTPMSVGTLEEIIDDNHAIVSTSVGS
. ... : : : . :. : . : ... :. :: . . .: ....:.. .
CCDS11 IVNDKSQNLRRLQAQRNELNAKVRLLREELQLLQEQGSYVGEVVRAMDKKKVLVKVHPEG
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 EHYVSILSFVDKDLLEPGCSVLLNHKVHAVIGVLMDDTDPLVTVMKVEKAPQETYADIGG
. :.. . .: . . :.: : : . ... .: . .::::..: :::.:. :: :::
CCDS11 KFVVDVDKNIDINDVTPNCRVALRNDSYTLHKILPNKVDPLVSLMMVEKVPDSTYEMIGG
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 LDNQIQEIKESVELPLTHPEYYEEMGIKPPKGVILYGPPGTGKTLLAKAVANQTSATFLR
::.::.:::: .:::. ::: .: .:: ::::.:::::::::::::.:::..:. ::.:
CCDS11 LDKQIKEIKEVIELPVKHPELFEALGIAQPKGVLLYGPPGTGKTLLARAVAHHTDCTFIR
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 VVGSELIQKYLGDGPKLVRELFRVAEEHAPSIVFIDEIDAIGTKRYDSNSGGEREIQRTM
: ::::.::..:.: ..::::: .:.::::::.:.::::.::..: ...:::. :.::::
CCDS11 VSGSELVQKFIGEGARMVRELFVMAREHAPSIIFMDEIDSIGSSRLEGGSGGDSEVQRTM
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 LELLNQLDGFDSRGDVKVIMATNRIETLDPALIRPGRIDRKIEFPLPDEKTKKRIFQIHT
::::::::::.. ..:::::::::. :: ::.:::::::::::: :.:... :..::.
CCDS11 LELLNQLDGFEATKNIKVIMATNRIDILDSALLRPGRIDRKIEFPPPNEEARLDILKIHS
280 290 300 310 320 330
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 SRMTLADDVTLDDLIMAKDDLSGADIKAICTEAGLMALRERRMKVTNEDFKKSKENVLYK
.:.:. ..: . :::..:..:::::..::::::..::.:::. . .:. :
CCDS11 RKMNLTRGINLRKIAELMPGASGAEVKGVCTEAGMYALRERRVHVTQEDFEMAVAKVMQK
340 350 360 370 380 390
430 440
pF1KB3 KQEGTPEGLYL
.:
CCDS11 DSEKNMSIKKLWK
400
>>CCDS56043.1 PSMC5 gene_id:5705|Hs108|chr17 (398 aa)
initn: 1096 init1: 1073 opt: 1158 Z-score: 1186.1 bits: 228.5 E(32554): 9.5e-60
Smith-Waterman score: 1158; 47.7% identity (76.1% similar) in 377 aa overlap (60-432:12-388)
30 40 50 60 70 80
pF1KB3 PTRVGKKKKKTKGPDAASKLPLVTPHTQCRLKLLKLERIKDYLLM----EEEFIRNQEQM
:. : .:.. :. ... : : :
CCDS56 MELEEGKAGSGLRQYYLSKIEELQLIVNDKSQNLRRLQAQR
10 20 30 40
90 100 110 120 130 140
pF1KB3 KPLEEKQEEERSKVDDLRGTPMSVGTLEEIIDDNHAIVSTSVGSEHYVSILSFVDKDLLE
. :. : . : ... :. :: . . .: ....:.. .. :.. . .: . .
CCDS56 NELNAKVRLLREELQLLQEQGSYVGEVVRAMDKKKVLVKVHPEGKFVVDVDKNIDINDVT
50 60 70 80 90 100
150 160 170 180 190 200
pF1KB3 PGCSVLLNHKVHAVIGVLMDDTDPLVTVMKVEKAPQETYADIGGLDNQIQEIKESVELPL
:.: : : . ... .: . .::::..: :::.:. :: :::::.::.:::: .:::.
CCDS56 PNCRVALRNDSYTLHKILPNKVDPLVSLMMVEKVPDSTYEMIGGLDKQIKEIKEVIELPV
110 120 130 140 150 160
210 220 230 240 250 260
pF1KB3 THPEYYEEMGIKPPKGVILYGPPGTGKTLLAKAVANQTSATFLRVVGSELIQKYLGDGPK
::: .: .:: ::::.:::::::::::::.:::..:. ::.:: ::::.::..:.: .
CCDS56 KHPELFEALGIAQPKGVLLYGPPGTGKTLLARAVAHHTDCTFIRVSGSELVQKFIGEGAR
170 180 190 200 210 220
270 280 290 300 310 320
pF1KB3 LVRELFRVAEEHAPSIVFIDEIDAIGTKRYDSNSGGEREIQRTMLELLNQLDGFDSRGDV
.::::: .:.::::::.:.::::.::..: ...:::. :.::::::::::::::.. ..
CCDS56 MVRELFVMAREHAPSIIFMDEIDSIGSSRLEGGSGGDSEVQRTMLELLNQLDGFEATKNI
230 240 250 260 270 280
330 340 350 360 370 380
pF1KB3 KVIMATNRIETLDPALIRPGRIDRKIEFPLPDEKTKKRIFQIHTSRMTLADDVTLDDLIM
:::::::::. :: ::.:::::::::::: :.:... :..::. .:.:. ..: .
CCDS56 KVIMATNRIDILDSALLRPGRIDRKIEFPPPNEEARLDILKIHSRKMNLTRGINLRKIAE
290 300 310 320 330 340
390 400 410 420 430 440
pF1KB3 AKDDLSGADIKAICTEAGLMALRERRMKVTNEDFKKSKENVLYKKQEGTPEGLYL
:::..:..:::::..::::::..::.:::. . .:. : .:
CCDS56 LMPGASGAEVKGVCTEAGMYALRERRVHVTQEDFEMAVAKVMQKDSEKNMSIKKLWK
350 360 370 380 390
>>CCDS7935.1 PSMC3 gene_id:5702|Hs108|chr11 (439 aa)
initn: 1107 init1: 1107 opt: 1120 Z-score: 1146.8 bits: 221.3 E(32554): 1.5e-57
Smith-Waterman score: 1146; 42.8% identity (72.2% similar) in 432 aa overlap (27-431:5-432)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MGQSQSGGHGPGGGKKDDKDKKKKYEPPVPTRVGKKKKKTKGPDAASK-------LPLVT
: . . : ...: . : : . : . :
CCDS79 MNLLPNIESPVTRQEKMATVWDEAEQDGIGEEVLKMST
10 20 30
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 PHTQCRLKLLKLERIKDYLLMEEEFIRNQEQMKPLEEKQEEERSKVDDLRGTPMSVGTLE
. : .:: : :: .:. : .: .... ...: .:. :. . :. :...
CCDS79 EEIIQRTRLLDSE-IK---IMKSEVLRVTHELQAMKDKIKENSEKIKVNKTLPYLVSNVI
40 50 60 70 80 90
120 130 140 150
pF1KB3 EIID---------------DNH-----AIVSTSVGSEHYVSILSFVDKDLLEPGCSVLLN
:..: :.. :...::. . ... ....:: . :.:: : .:
CCDS79 ELLDVDPNDQEEDGANIDLDSQRKGKCAVIKTSTRQTYFLPVIGLVDAEKLKPGDLVGVN
100 110 120 130 140 150
160 170 180 190 200 210
pF1KB3 HKVHAVIGVLMDDTDPLVTVMKVEKAPQETYADIGGLDNQIQEIKESVELPLTHPEYYEE
. . .. .: . : : .:.:.. : : :.::::::.::::. :.. ::..: : .:.
CCDS79 KDSYLILETLPTEYDSRVKAMEVDERPTEQYSDIGGLDKQIQELVEAIVLPMNHKEKFEN
160 170 180 190 200 210
220 230 240 250 260 270
pF1KB3 MGIKPPKGVILYGPPGTGKTLLAKAVANQTSATFLRVVGSELIQKYLGDGPKLVRELFRV
.::.:::::..::::::::::::.: : ::.::::...: .:.: ..::: ::::. : .
CCDS79 LGIQPPKGVLMYGPPGTGKTLLARACAAQTKATFLKLAGPQLVQMFIGDGAKLVRDAFAL
220 230 240 250 260 270
280 290 300 310 320 330
pF1KB3 AEEHAPSIVFIDEIDAIGTKRYDSNSGGEREIQRTMLELLNQLDGFDSRGDVKVIMATNR
:.:.::::.::::.:::::::.::...:.::.::::::::::::::. .:::: ::::
CCDS79 AKEKAPSIIFIDELDAIGTKRFDSEKAGDREVQRTMLELLNQLDGFQPNTQVKVIAATNR
280 290 300 310 320 330
340 350 360 370 380 390
pF1KB3 IETLDPALIRPGRIDRKIEFPLPDEKTKKRIFQIHTSRMTLADDVTLDDLIMAKDDLSGA
.. :::::.: ::.:::::::.:.:... ::.:::. .:... ::. ..: ::..::
CCDS79 VDILDPALLRSGRLDRKIEFPMPNEEARARIMQIHSRKMNVSPDVNYEELARCTDDFNGA
340 350 360 370 380 390
400 410 420 430 440
pF1KB3 DIKAICTEAGLMALRERRMKVTNEDFKKSKENVLYKKQEGTPEGLYL
. ::.:.:::..:::. ..:.::. .. .: ::.
CCDS79 QCKAVCVEAGMIALRRGATELTHEDYMEGILEVQAKKKANLQYYA
400 410 420 430
>>CCDS5731.1 PSMC2 gene_id:5701|Hs108|chr7 (433 aa)
initn: 1022 init1: 1022 opt: 1050 Z-score: 1075.5 bits: 208.1 E(32554): 1.4e-53
Smith-Waterman score: 1050; 47.3% identity (76.2% similar) in 336 aa overlap (106-435:92-427)
80 90 100 110 120 130
pF1KB3 EEFIRNQEQMKPLEEKQEEERSKVDDLRGTPMSVGTLEEIID----DNHAIVSTSVGSEH
:..:. .::. : . :.... ..
CCDS57 LTGIKESDTGLAPPALWDLAADKQTLQSEQPLQVARCTKIINADSEDPKYIINVKQFAKF
70 80 90 100 110 120
140 150 160 170 180 190
pF1KB3 YVSILSFVDKDLLEPGCSVLLNHKVHAVIGVLMDDTDPLVTVMKVEKAPQETYADIGGLD
:.. . : .: : : .... . . : :: ::.:.::. :. ::.:.::
CCDS57 VVDLSDQVAPTDIEEGMRVGVDRNKYQIHIPLPPKIDPTVTMMQVEEKPDVTYSDVGGCK
130 140 150 160 170 180
200 210 220 230 240 250
pF1KB3 NQIQEIKESVELPLTHPEYYEEMGIKPPKGVILYGPPGTGKTLLAKAVANQTSATFLRVV
.::....: :: :: ::: . ..::.:::::.:.::::::::: :.::::.:.: :.::.
CCDS57 EQIEKLREVVETPLLHPERFVNLGIEPPKGVLLFGPPGTGKTLCARAVANRTDACFIRVI
190 200 210 220 230 240
260 270 280 290 300 310
pF1KB3 GSELIQKYLGDGPKLVRELFRVAEEHAPSIVFIDEIDAIGTKRYDSNSGGEREIQRTMLE
::::.:::.:.: ..:::::..:. . ..:.::::::: :.:...::. :.::::::
CCDS57 GSELVQKYVGEGARMVRELFEMARTKKACLIFFDEIDAIGGARFDDGAGGDNEVQRTMLE
250 260 270 280 290 300
320 330 340 350 360 370
pF1KB3 LLNQLDGFDSRGDVKVIMATNRIETLDPALIRPGRIDRKIEFPLPDEKTKKRIFQIHTSR
:.::::::: ::..::.::::: .::::::.::::.:::::: ::: . . .::.::.
CCDS57 LINQLDGFDPRGNIKVLMATNRPDTLDPALMRPGRLDRKIEFSLPDLEGRTHIFKIHARS
310 320 330 340 350 360
380 390 400 410 420
pF1KB3 MTLADDVTLDDLIMAKDDLSGADIKAICTEAGLMALRERRMKVTNEDFKKSKENVL--YK
:.. :. .. : . .::.:...:::::..:.: :: .:..:: .. ..:. :
CCDS57 MSVERDIRFELLARLCPNSTGAEIRSVCTEAGMFAIRARRKIATEKDFLEAVNKVIKSYA
370 380 390 400 410 420
430 440
pF1KB3 KQEGTPEGLYL
: .::
CCDS57 KFSATPRYMTYN
430
>>CCDS9710.2 PSMC6 gene_id:5706|Hs108|chr14 (403 aa)
initn: 1015 init1: 1015 opt: 1021 Z-score: 1046.4 bits: 202.6 E(32554): 5.8e-52
Smith-Waterman score: 1021; 42.6% identity (75.9% similar) in 373 aa overlap (59-431:27-393)
30 40 50 60 70 80
pF1KB3 VPTRVGKKKKKTKGPDAASKLPLVTPHTQCRLKLLKLERIKDYLLMEEEFIRNQEQMKPL
: :::. ..: : .:. .::.: :
CCDS97 MAIPGIPYERRLLIMADPRDKALQDYRKKLLEHKEIDGRL---KEL---REQLKEL
10 20 30 40 50
90 100 110 120 130 140
pF1KB3 EEKQEEERSKVDDLRGTPMSVGTLEEIIDDNHAIVSTSVGSEHYVSILSFVDKDLLEPGC
.. :. .. . :... . :: . . . ... ::... : .. :. .::. :.::
CCDS97 TKQYEKSENDLKALQSVGQIVGEVLKQLTEEKFIVKATNGPRYVVGCRRQLDKSKLKPGT
60 70 80 90 100 110
150 160 170 180 190 200
pF1KB3 SVLLNHKVHAVIGVLMDDTDPLVTVMKVEKAPQETYADIGGLDNQIQEIKESVELPLTHP
: :. . ... : ..:::: :. : . .:..::::..::.:..: .:::::.:
CCDS97 RVALDMTTLTIMRYLPREVDPLVYNMSHEDPGNVSYSEIGGLSEQIRELREVIELPLTNP
120 130 140 150 160 170
210 220 230 240 250 260
pF1KB3 EYYEEMGIKPPKGVILYGPPGTGKTLLAKAVANQTSATFLRVVGSELIQKYLGDGPKLVR
: ....:: :::: .:::::::::::::.:::.: . .::.::.: ...::.:.. .:.:
CCDS97 ELFQRVGIIPPKGCLLYGPPGTGKTLLARAVASQLDCNFLKVVSSSIVDKYIGESARLIR
180 190 200 210 220 230
270 280 290 300 310 320
pF1KB3 ELFRVAEEHAPSIVFIDEIDAIGTKRYDSNSGGEREIQRTMLELLNQLDGFDSRGDVKVI
:.: :..: : :.:.::::::: .:.. .....::::::..:::::.::::. ::.:
CCDS97 EMFNYARDHQPCIIFMDEIDAIGGRRFSEGTSADREIQRTLMELLNQMDGFDTLHRVKMI
240 250 260 270 280 290
330 340 350 360 370 380
pF1KB3 MATNRIETLDPALIRPGRIDRKIEFPLPDEKTKKRIFQIHTSRMTLADDVTLDDLIMAKD
::::: .::::::.::::.::::.. ::.:... :..::.. .: .. . .. .:
CCDS97 MATNRPDTLDPALLRPGRLDRKIHIDLPNEQARLDILKIHAGPITKHGEIDYEAIVKLSD
300 310 320 330 340 350
390 400 410 420 430 440
pF1KB3 DLSGADIKAICTEAGLMALRERRMKVTNEDFKKSKENVLYKKQEGTPEGLYL
..:::.. .:::::..:.: . :..::: :. ..: .:.
CCDS97 GFNGADLRNVCTEAGMFAIRADHDFVVQEDFMKAVRKVADSKKLESKLDYKPV
360 370 380 390 400
>>CCDS6573.1 VCP gene_id:7415|Hs108|chr9 (806 aa)
initn: 684 init1: 652 opt: 681 Z-score: 695.4 bits: 138.7 E(32554): 2.1e-32
Smith-Waterman score: 681; 33.6% identity (67.9% similar) in 336 aa overlap (112-436:396-730)
90 100 110 120 130 140
pF1KB3 QEQMKPLEEKQEEERSKVDDLRGTPMSVGTLEEIIDDNHAIVSTSVGSEHYVSILSFVDK
::.. ...:. :...... . :. . :
CCDS65 EVDIGIPDATGRLEILQIHTKNMKLADDVDLEQVANETHGHVGADLAALCSEAALQAIRK
370 380 390 400 410 420
150 160 170 180 190
pF1KB3 --DLLEPGCSVLLNHKVHAVIGVLMDD-------TDPLVTVMKVEKAPQETYADIGGLDN
::.. . .. .: ..: ::: ..: . : ..:: :. :::::..
CCDS65 KMDLIDLE-DETIDAEVMNSLAVTMDDFRWALSQSNPSALRETVVEVPQVTWEDIGGLED
430 440 450 460 470 480
200 210 220 230 240 250
pF1KB3 QIQEIKESVELPLTHPEYYEEMGIKPPKGVILYGPPGTGKTLLAKAVANQTSATFLRVVG
.:..: :. :. ::. . ..:. : :::..::::: ::::::::.::. .:.:. . :
CCDS65 VKRELQELVQYPVEHPDKFLKFGMTPSKGVLFYGPPGCGKTLLAKAIANECQANFISIKG
490 500 510 520 530 540
260 270 280 290 300 310
pF1KB3 SELIQKYLGDGPKLVRELFRVAEEHAPSIVFIDEIDAIGTKRYDSNSGGEREIQRTMLEL
::. ..:.. :::.: :.. :: ..:.::.:.:. : . . : .:.. ..
CCDS65 PELLTMWFGESEANVREIFDKARQAAPCVLFFDELDSIAKARGGNIGDGGGAADRVINQI
550 560 570 580 590 600
320 330 340 350 360 370
pF1KB3 LNQLDGFDSRGDVKVIMATNRIETLDPALIRPGRIDRKIEFPLPDEKTKKRIFQIHTSRM
:...::.... .: .: :::: . .:::..::::.:. : .::::::.. :.. . .
CCDS65 LTEMDGMSTKKNVFIIGATNRPDIIDPAILRPGRLDQLIYIPLPDEKSRVAILKANLRKS
610 620 630 640 650 660
380 390 400 410 420 430
pF1KB3 TLADDVTLDDLIMAKDDLSGADIKAICTEAGLMALRER-RMKVTNEDFKKSKENVL-YKK
.: :: :. : . .::::. :: .: .:.:: . .. : .... ... ..
CCDS65 PVAKDVDLEFLAKMTNGFSGADLTEICQRACKLAIRESIESEIRRERERQTNPSAMEVEE
670 680 690 700 710 720
440
pF1KB3 QEGTPEGLYL
.. .::
CCDS65 DDPVPEIRRDHFEEAMRFARRSVSDNDIRKYEMFAQTLQQSRGFGSFRFPSGNQGGAGPS
730 740 750 760 770 780
>--
initn: 491 init1: 431 opt: 639 Z-score: 652.6 bits: 130.8 E(32554): 5e-30
Smith-Waterman score: 639; 46.1% identity (74.7% similar) in 217 aa overlap (162-378:181-394)
140 150 160 170 180 190
pF1KB3 YVSILSFVDKDLLEPGCSVLLNHKVHAVIGVLMDDTDPLVTVMKVEKAPQETYADIGGLD
:. . .:. . :. . : ::::
CCDS65 IFLVRGGMRAVEFKVVETDPSPYCIVAPDTVIHCEGEPIKREDEEESLNEVGYDDIGGCR
160 170 180 190 200 210
200 210 220 230 240 250
pF1KB3 NQIQEIKESVELPLTHPEYYEEMGIKPPKGVILYGPPGTGKTLLAKAVANQTSATFLRVV
.:. .::: ::::: :: .. .:.:::.:..:::::::::::.:.::::.:.: :. .
CCDS65 KQLAQIKEMVELPLRHPALFKAIGVKPPRGILLYGPPGTGKTLIARAVANETGAFFFLIN
220 230 240 250 260 270
260 270 280 290 300 310
pF1KB3 GSELIQKYLGDGPKLVRELFRVAEEHAPSIVFIDEIDAIGTKRYDSNSGGEREIQRTMLE
: :...: :.. . .:. :. ::..::.:.::::.:::. :: .. :: : .: . .
CCDS65 GPEIMSKLAGESESNLRKAFEEAEKNAPAIIFIDELDAIAPKREKTH--GEVE-RRIVSQ
280 290 300 310 320
320 330 340 350 360 370
pF1KB3 LLNQLDGFDSRGDVKVIMATNRIETLDPALIRPGRIDRKIEFPLPDEKTKKRIFQIHTSR
::. .::. .:. : :. :::: ...:::: : ::.::.... .:: . .:.::::.
CCDS65 LLTLMDGLKQRAHVIVMAATNRPNSIDPALRRFGRFDREVDIGIPDATGRLEILQIHTKN
330 340 350 360 370 380
380 390 400 410 420 430
pF1KB3 MTLADDVTLDDLIMAKDDLSGADIKAICTEAGLMALRERRMKVTNEDFKKSKENVLYKKQ
: :::::
CCDS65 MKLADDVDLEQVANETHGHVGADLAALCSEAALQAIRKKMDLIDLEDETIDAEVMNSLAV
390 400 410 420 430 440
440 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Fri Nov 4 02:22:47 2016 done: Fri Nov 4 02:22:47 2016
Total Scan time: 2.410 Total Display time: 0.070
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]