Result of FASTA (omim) for pFN21AB7006
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB7006, 1066 aa
  1>>>pF1KB7006 1066 - 1066 aa - 1066 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.2952+/-0.000446; mu= -0.0095+/- 0.028
 mean_var=276.2288+/-56.747, 0's: 0 Z-trim(119.3): 67  B-trim: 294 in 1/58
 Lambda= 0.077168
 statistics sampled from 33185 (33252) to 33185 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.684), E-opt: 0.2 (0.39), width:  16
 Scan time: 14.020

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_003364 (OMIM: 193065,611407,613255) vinculin is (1066) 6820 773.6       0
NP_054706 (OMIM: 193065,611407,613255) vinculin is (1134) 5878 668.7 5.1e-191
XP_016858892 (OMIM: 114025) PREDICTED: catenin alp ( 905)  638 85.3 1.7e-15
NP_004380 (OMIM: 114025) catenin alpha-2 isoform 1 ( 905)  638 85.3 1.7e-15
NP_001269527 (OMIM: 114025) catenin alpha-2 isofor ( 939)  638 85.3 1.8e-15
NP_037398 (OMIM: 607667,615616) catenin alpha-3 is ( 895)  621 83.4 6.4e-15
NP_001120856 (OMIM: 607667,615616) catenin alpha-3 ( 895)  621 83.4 6.4e-15
XP_016871642 (OMIM: 607667,615616) PREDICTED: cate ( 907)  621 83.4 6.4e-15
NP_001277239 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 783)  615 82.7 9.1e-15
NP_001277238 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 803)  615 82.7 9.3e-15
XP_016871640 (OMIM: 607667,615616) PREDICTED: cate ( 918)  615 82.7   1e-14
NP_001269528 (OMIM: 114025) catenin alpha-2 isofor ( 584)  610 82.1 1.1e-14
XP_016871644 (OMIM: 607667,615616) PREDICTED: cate ( 634)  607 81.7 1.4e-14
XP_016871643 (OMIM: 607667,615616) PREDICTED: cate ( 634)  607 81.7 1.4e-14
XP_016871645 (OMIM: 607667,615616) PREDICTED: cate ( 634)  607 81.7 1.4e-14
NP_001269529 (OMIM: 114025) catenin alpha-2 isofor ( 537)  602 81.1 1.8e-14
XP_016858894 (OMIM: 114025) PREDICTED: catenin alp ( 876)  601 81.2 2.9e-14
XP_016858893 (OMIM: 114025) PREDICTED: catenin alp ( 891)  601 81.2   3e-14
XP_011530858 (OMIM: 114025) PREDICTED: catenin alp ( 953)  601 81.2 3.1e-14
NP_001269526 (OMIM: 114025) catenin alpha-2 isofor ( 953)  601 81.2 3.1e-14
XP_011530857 (OMIM: 114025) PREDICTED: catenin alp ( 953)  601 81.2 3.1e-14
NP_001310924 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 536)  580 78.7   1e-13
NP_001310917 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 536)  580 78.7   1e-13
NP_001310922 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 536)  580 78.7   1e-13
NP_001310926 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 536)  580 78.7   1e-13
NP_001310927 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 536)  580 78.7   1e-13
NP_001310923 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 536)  580 78.7   1e-13
NP_001310918 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 536)  580 78.7   1e-13
NP_001310921 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 536)  580 78.7   1e-13
NP_001310920 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 536)  580 78.7   1e-13
NP_001310928 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 536)  580 78.7   1e-13
NP_001277241 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 536)  580 78.7   1e-13
NP_001310916 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 536)  580 78.7   1e-13
NP_001310929 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 536)  580 78.7   1e-13
NP_001310919 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 536)  580 78.7   1e-13
NP_001310925 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 536)  580 78.7   1e-13
XP_016871646 (OMIM: 607667,615616) PREDICTED: cate ( 530)  576 78.2 1.4e-13
XP_016871641 (OMIM: 607667,615616) PREDICTED: cate ( 970)  576 78.4 2.2e-13
NP_001307739 (OMIM: 114025) catenin alpha-2 isofor ( 585)  565 77.0 3.4e-13
NP_001158355 (OMIM: 114025) catenin alpha-2 isofor ( 860)  540 74.4 3.2e-12
NP_001310933 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 471)  533 73.4 3.4e-12
NP_001310934 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 471)  533 73.4 3.4e-12
NP_001310932 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 471)  533 73.4 3.4e-12
NP_001310931 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 471)  533 73.4 3.4e-12
XP_016858895 (OMIM: 114025) PREDICTED: catenin alp ( 492)  504 70.2 3.3e-11
NP_001310940 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 505)  495 69.2 6.7e-11
NP_001310942 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 455)  477 67.2 2.5e-10
NP_001310941 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 455)  477 67.2 2.5e-10
NP_001310930 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 491)  471 66.5 4.2e-10
XP_011530859 (OMIM: 114025) PREDICTED: catenin alp ( 504)  466 66.0 6.3e-10


>>NP_003364 (OMIM: 193065,611407,613255) vinculin isofor  (1066 aa)
 initn: 6820 init1: 6820 opt: 6820  Z-score: 4117.6  bits: 773.6 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 6820; 100.0% identity (100.0% similar) in 1066 aa overlap (1-1066:1-1066)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB7 MPVFHTRTIESILEPVAQQISHLVIMHEEGEVDGKAIPDLTAPVAAVQAAVSNLVRVGKE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 MPVFHTRTIESILEPVAQQISHLVIMHEEGEVDGKAIPDLTAPVAAVQAAVSNLVRVGKE
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB7 TVQTTEDQILKRDMPPAFIKVENACTKLVQAAQMLQSDPYSVPARDYLIDGSRGILSGTS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 TVQTTEDQILKRDMPPAFIKVENACTKLVQAAQMLQSDPYSVPARDYLIDGSRGILSGTS
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB7 DLLLTFDEAEVRKIIRVCKGILEYLTVAEVVETMEDLVTYTKNLGPGMTKMAKMIDERQQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 DLLLTFDEAEVRKIIRVCKGILEYLTVAEVVETMEDLVTYTKNLGPGMTKMAKMIDERQQ
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB7 ELTHQEHRVMLVNSMNTVKELLPVLISAMKIFVTTKNSKNQGIEEALKNRNFTVEKMSAE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 ELTHQEHRVMLVNSMNTVKELLPVLISAMKIFVTTKNSKNQGIEEALKNRNFTVEKMSAE
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB7 INEIIRVLQLTSWDEDAWASKDTEAMKRALASIDSKLNQAKGWLRDPSASPGDAGEQAIR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 INEIIRVLQLTSWDEDAWASKDTEAMKRALASIDSKLNQAKGWLRDPSASPGDAGEQAIR
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB7 QILDEAGKVGELCAGKERREILGTCKMLGQMTDQVADLRARGQGSSPVAMQKAQQVSQGL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 QILDEAGKVGELCAGKERREILGTCKMLGQMTDQVADLRARGQGSSPVAMQKAQQVSQGL
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB7 DVLTAKVENAARKLEAMTNSKQSIAKKIDAAQNWLADPNGGPEGEEQIRGALAEARKIAE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 DVLTAKVENAARKLEAMTNSKQSIAKKIDAAQNWLADPNGGPEGEEQIRGALAEARKIAE
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB7 LCDDPKERDDILRSLGEISALTSKLADLRRQGKGDSPEARALAKQVATALQNLQTKTNRA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 LCDDPKERDDILRSLGEISALTSKLADLRRQGKGDSPEARALAKQVATALQNLQTKTNRA
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB7 VANSRPAKAAVHLEGKIEQAQRWIDNPTVDDRGVGQAAIRGLVAEGHRLANVMMGPYRQD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 VANSRPAKAAVHLEGKIEQAQRWIDNPTVDDRGVGQAAIRGLVAEGHRLANVMMGPYRQD
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB7 LLAKCDRVDQLTAQLADLAARGEGESPQARALASQLQDSLKDLKARMQEAMTQEVSDVFS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 LLAKCDRVDQLTAQLADLAARGEGESPQARALASQLQDSLKDLKARMQEAMTQEVSDVFS
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB7 DTTTPIKLLAVAATAPPDAPNREEVFDERAANFENHSGKLGATAEKAAAVGTANKSTVEG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 DTTTPIKLLAVAATAPPDAPNREEVFDERAANFENHSGKLGATAEKAAAVGTANKSTVEG
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KB7 IQASVKTARELTPQVVSAARILLRNPGNQAAYEHFETMKNQWIDNVEKMTGLVDEAIDTK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 IQASVKTARELTPQVVSAARILLRNPGNQAAYEHFETMKNQWIDNVEKMTGLVDEAIDTK
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KB7 SLLDASEEAIKKDLDKCKVAMANIQPQMLVAGATSIARRANRILLVAKREVENSEDPKFR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 SLLDASEEAIKKDLDKCKVAMANIQPQMLVAGATSIARRANRILLVAKREVENSEDPKFR
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KB7 EAVKAASDELSKTISPMVMDAKAVAGNISDPGLQKSFLDSGYRILGAVAKVREAFQPQEP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 EAVKAASDELSKTISPMVMDAKAVAGNISDPGLQKSFLDSGYRILGAVAKVREAFQPQEP
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KB7 DFPPPPPDLEQLRLTDELAPPKPPLPEGEVPPPRPPPPEEKDEEFPEQKAGEVINQPMMM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 DFPPPPPDLEQLRLTDELAPPKPPLPEGEVPPPRPPPPEEKDEEFPEQKAGEVINQPMMM
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KB7 AARQLHDEARKWSSKGNDIIAAAKRMALLMAEMSRLVRGGSGTKRALIQCAKDIAKASDE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 AARQLHDEARKWSSKGNDIIAAAKRMALLMAEMSRLVRGGSGTKRALIQCAKDIAKASDE
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990      1000      1010      1020
pF1KB7 VTRLAKEVAKQCTDKRIRTNLLQVCERIPTISTQLKILSTVKATMLGRTNISDEESEQAT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 VTRLAKEVAKQCTDKRIRTNLLQVCERIPTISTQLKILSTVKATMLGRTNISDEESEQAT
              970       980       990      1000      1010      1020

             1030      1040      1050      1060      
pF1KB7 EMLVHNAQNLMQSVKETVREAEAASIKIRTDAGFTLRWVRKTPWYQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 EMLVHNAQNLMQSVKETVREAEAASIKIRTDAGFTLRWVRKTPWYQ
             1030      1040      1050      1060      

>>NP_054706 (OMIM: 193065,611407,613255) vinculin isofor  (1134 aa)
 initn: 5877 init1: 5877 opt: 5878  Z-score: 3550.5  bits: 668.7 E(85289): 5.1e-191
Smith-Waterman score: 6437; 93.8% identity (93.8% similar) in 1098 aa overlap (1-1030:1-1098)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB7 MPVFHTRTIESILEPVAQQISHLVIMHEEGEVDGKAIPDLTAPVAAVQAAVSNLVRVGKE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 MPVFHTRTIESILEPVAQQISHLVIMHEEGEVDGKAIPDLTAPVAAVQAAVSNLVRVGKE
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB7 TVQTTEDQILKRDMPPAFIKVENACTKLVQAAQMLQSDPYSVPARDYLIDGSRGILSGTS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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         :.:...   . ::.  ::  ::. ::..  . : ..       :.. : ::.   . .
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pF1KB7 LAARGEGESPQARALASQLQDSLKDLKARMQEAMTQEVSDVFSDTTTPIKLLAVAATAPP
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          :..::  : :  :..:..::  .:. : .. . :.  :. .. ..     : :::..
XP_016 ---NEKEV-KEYAQVFREHANKLVEVANLACSI-SNNEEGVKLVRMAATQIDSLCPQVIN
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pF1KB7 AARILLRNPGNQAAYEHFETMKNQWIDNVEKMTGLVDEAIDTKSLLDASEEAIKKDLDKC
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pF1KB7 KVAMANIQPQMLVAGATSIARRANRILLVAKREVENSEDPKFREAVKAASDELSKTISPM
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XP_016 VIALQEGDVDTLDRTAGAIRGRAARVIHIINAEMENYEAGVYTEKVLEATKLLSETVMPR
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pF1KB7 VMDA-----KAVAGNISDPGLQKSFLDSGYRILGAVAKVREA-FQPQEPDFPPPPPDLEQ
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XP_016 FAEQVEVAIEALSANVPQPFEENEFIDASRLVYDGVRDIRKAVLMIRTPEELEDDSDFEQ
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pF1KB7 ----LRLTDELAPPKPPLPEGEVPPP-RPPPPEEKDEEFPEQKAGEVINQPMMMAARQLH
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pF1KB7 DEARKWSSKGNDIIAAAKRMALLMAEMSRLVRGGSGTKRA--LIQCAKDIAKASDEVTRL
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XP_016 AEVAKWDDSGNDIIVLAKQMCMIMMEMTDFTRGKGPLKNTSDVINAAKKIAEAGSRMDKL
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pF1KB7 AKEVAKQCTDKRIRTNLLQVCERIPTISTQLKILSTVKA---TMLGRTNISDEESEQATE
       :. :: :: :.  . .::   .::     ::.: : :::   .. :.  .:  .:  .  
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        :.. :.:::..:  ::. . .:: : .   : .      . :  :.:            
XP_016 -LIQAAKNLMNAVVLTVKASYVASTKYQKVYGTAAVNSPVVSWKMKAPEKKPLVKREKPE
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NP_001 ---QNLGGELIMSALDSVTSLIQAAKNLMNAVVQTVKMSYIASTKIIRIQSPAGPRHPVV
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