Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB5645
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5645, 1170 aa
1>>>pF1KB5645 1170 - 1170 aa - 1170 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.5360+/-0.00136; mu= 18.2411+/- 0.081
mean_var=209.1887+/-39.679, 0's: 0 Z-trim(108.2): 193 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.088676
statistics sampled from 9842 (10052) to 9842 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.651), E-opt: 0.2 (0.309), width: 16
Scan time: 5.010
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS32194.1 THBS1 gene_id:7057|Hs108|chr15 (1170) 8531 1106.1 0
CCDS34574.1 THBS2 gene_id:7058|Hs108|chr6 (1172) 5578 728.3 2.6e-209
CCDS12385.1 COMP gene_id:1311|Hs108|chr19 ( 757) 2502 334.5 5.9e-91
CCDS58034.1 THBS3 gene_id:7059|Hs108|chr1 ( 836) 2422 324.3 7.5e-88
CCDS72937.1 THBS3 gene_id:7059|Hs108|chr1 ( 947) 2422 324.4 8e-88
CCDS1099.1 THBS3 gene_id:7059|Hs108|chr1 ( 956) 2422 324.4 8.1e-88
CCDS78027.1 THBS4 gene_id:7060|Hs108|chr5 ( 870) 2364 316.9 1.3e-85
CCDS4049.1 THBS4 gene_id:7060|Hs108|chr5 ( 961) 2364 317.0 1.4e-85
CCDS30956.1 HMCN1 gene_id:83872|Hs108|chr1 (5635) 705 105.8 3e-21
CCDS64985.1 ADGRB1 gene_id:575|Hs108|chr8 (1584) 601 91.7 1.5e-17
CCDS4968.1 ADGRB3 gene_id:577|Hs108|chr6 (1522) 568 87.5 2.7e-16
CCDS14282.1 CFP gene_id:5199|Hs108|chrX ( 469) 543 83.6 1.2e-15
CCDS72746.1 ADGRB2 gene_id:576|Hs108|chr1 (1551) 540 83.9 3.2e-15
CCDS72747.1 ADGRB2 gene_id:576|Hs108|chr1 (1584) 540 83.9 3.3e-15
CCDS3875.1 SEMA5A gene_id:9037|Hs108|chr5 (1074) 474 75.3 9e-13
CCDS74995.1 SEMA5B gene_id:54437|Hs108|chr3 (1057) 460 73.5 3.1e-12
CCDS35491.1 SEMA5B gene_id:54437|Hs108|chr3 (1151) 459 73.4 3.6e-12
CCDS58848.1 SEMA5B gene_id:54437|Hs108|chr3 (1205) 459 73.4 3.7e-12
>>CCDS32194.1 THBS1 gene_id:7057|Hs108|chr15 (1170 aa)
initn: 8531 init1: 8531 opt: 8531 Z-score: 5913.0 bits: 1106.1 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 8531; 99.9% identity (100.0% similar) in 1170 aa overlap (1-1170:1-1170)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MGLAWGLGVLFLMHVCGTNRIPESGGDNSVFDIFELTGAARKGSGRRLVKGPDPSSPAFR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 MGLAWGLGVLFLMHVCGTNRIPESGGDNSVFDIFELTGAARKGSGRRLVKGPDPSSPAFR
10 20 30 40 50 60
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pF1KB5 IEDANLIPPVPDDKFQDLVDAVRAEKGFLLLASLRQMKKTRGTLLALERKDHSGQVFSVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 IEDANLIPPVPDDKFQDLVDAVRAEKGFLLLASLRQMKKTRGTLLALERKDHSGQVFSVV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 SNGKAGTLDLSLTVQGKQHVVSVEEALLATGQWKSITLFVQEDRAQLYIDCEKMENAELD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 SNGKAGTLDLSLTVQGKQHVVSVEEALLATGQWKSITLFVQEDRAQLYIDCEKMENAELD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 VPIQSVFTRDLASIARLRIAKGGVNDNFQGVLQNVRFVFGTTPEDILRNKGCSSSTSVLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 VPIQSVFTRDLASIARLRIAKGGVNDNFQGVLQNVRFVFGTTPEDILRNKGCSSSTSVLL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 TLDNNVVNGSSPAIRTNYIGHKTKDLQAICGISCDELSSMVLELRGLRTIVTTLQDSIRK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 TLDNNVVNGSSPAIRTNYIGHKTKDLQAICGISCDELSSMVLELRGLRTIVTTLQDSIRK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 VTEENKELANELRRPPLCYHNGVQYRNNEEWTVDSCTECHCQNSVTICKKVSCPIMPCSN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 VTEENKELANELRRPPLCYHNGVQYRNNEEWTVDSCTECHCQNSVTICKKVSCPIMPCSN
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 ATVPDGECCPRCWPSDSADDGWSPWSEWTSCSTSCGNGIQQRGRSCDSLNNRCEGSSVQT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 ATVPDGECCPRCWPSDSADDGWSPWSEWTSCSTSCGNGIQQRGRSCDSLNNRCEGSSVQT
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 RTCHIQECDKRFKQDGGWSHWSPWSSCSVTCGDGVITRIRLCNSPSPQMNGKPCEGEARE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 RTCHIQECDKRFKQDGGWSHWSPWSSCSVTCGDGVITRIRLCNSPSPQMNGKPCEGEARE
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 TKACKKDACPINGGWGPWSPWDICSVTCGGGVQKRSRLCNNPTPQFGGKDCVGDVTENQI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 TKACKKDACPINGGWGPWSPWDICSVTCGGGVQKRSRLCNNPTPQFGGKDCVGDVTENQI
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB5 CNKQDCPIDGCLSNPCFAGVKCTSYPDGSWKCGACPPGYSGNGIQCTDVDECKEVPDACF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 CNKQDCPIDGCLSNPCFAGVKCTSYPDGSWKCGACPPGYSGNGIQCTDVDECKEVPDACF
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB5 NHNGEHRCENTDPGYNCLPCPPRFTGSQPFGQGVEHATANKQVCKPRNPCTDGTHDCNKN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 NHNGEHRCENTDPGYNCLPCPPRFTGSQPFGQGVEHATANKQVCKPRNPCTDGTHDCNKN
610 620 630 640 650 660
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pF1KB5 AKCNYLGHYSDPMYRCECKPGYAGNGIICGEDTDLDGWPSENLVCVANATYHCKKDNCPN
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::
CCDS32 AKCNYLGHYSDPMYRCECKPGYAGNGIICGEDTDLDGWPNENLVCVANATYHCKKDNCPN
670 680 690 700 710 720
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pF1KB5 LPNSGQEDYDKDGIGDACDDDDDNDKIPDDRDNCPFHYNPAQYDYDRDDVGDRCDNCPYN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 LPNSGQEDYDKDGIGDACDDDDDNDKIPDDRDNCPFHYNPAQYDYDRDDVGDRCDNCPYN
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB5 HNPDQADTDNNGEGDACAADIDGDGILNERDNCQYVYNVDQRDTDMDGVGDQCDNCPLEH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 HNPDQADTDNNGEGDACAADIDGDGILNERDNCQYVYNVDQRDTDMDGVGDQCDNCPLEH
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB5 NPDQLDSDSDRIGDTCDNNQDIDEDGHQNNLDNCPYVPNANQADHDKDGKGDACDHDDDN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 NPDQLDSDSDRIGDTCDNNQDIDEDGHQNNLDNCPYVPNANQADHDKDGKGDACDHDDDN
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pF1KB5 DGIPDDKDNCRLVPNPDQKDSDGDGRGDACKDDFDHDSVPDIDDICPENVDISETDFRRF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 DGIPDDKDNCRLVPNPDQKDSDGDGRGDACKDDFDHDSVPDIDDICPENVDISETDFRRF
910 920 930 940 950 960
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pF1KB5 QMIPLDPKGTSQNDPNWVVRHQGKELVQTVNCDPGLAVGYDEFNAVDFSGTFFINTERDD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 QMIPLDPKGTSQNDPNWVVRHQGKELVQTVNCDPGLAVGYDEFNAVDFSGTFFINTERDD
970 980 990 1000 1010 1020
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pF1KB5 DYAGFVFGYQSSSRFYVVMWKQVTQSYWDTNPTRAQGYSGLSVKVVNSTTGPGEHLRNAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 DYAGFVFGYQSSSRFYVVMWKQVTQSYWDTNPTRAQGYSGLSVKVVNSTTGPGEHLRNAL
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KB5 WHTGNTPGQVRTLWHDPRHIGWKDFTAYRWRLSHRPKTGFIRVVMYEGKKIMADSGPIYD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 WHTGNTPGQVRTLWHDPRHIGWKDFTAYRWRLSHRPKTGFIRVVMYEGKKIMADSGPIYD
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170
pF1KB5 KTYAGGRLGLFVFSQEMVFFSDLKYECRDP
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 KTYAGGRLGLFVFSQEMVFFSDLKYECRDP
1150 1160 1170
>>CCDS34574.1 THBS2 gene_id:7058|Hs108|chr6 (1172 aa)
initn: 5432 init1: 4955 opt: 5578 Z-score: 3871.3 bits: 728.3 E(32554): 2.6e-209
Smith-Waterman score: 5612; 61.6% identity (83.0% similar) in 1176 aa overlap (3-1169:1-1171)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MGLAWGLGVLFLMHVCGTNRIPESGGDNSVFDIFELTGAARKGSGRRLVKGPDPSSPAFR
..: : ::. . : ... .. :.. ::.: ... :: : . .::::. ::.:
CCDS34 MVWRL-VLLALWVWPSTQAGHQDKDTT-FDLFSISNINRKTIGAKQFRGPDPGVPAYR
10 20 30 40 50
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pF1KB5 IEDANLIPPVPDDKFQDLVDAVRAEKGFLLLASLRQMKKTRGTLLALERKDHSGQVFSVV
. . :::: : .. .. .: ..::.: :.:.: :.:::::::: : . : .:
CCDS34 FVRFDYIPPVNADDLSKITKIMRQKEGFFLTAQLKQDGKSRGTLLALEGPGLSQRQFEIV
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 SNGKAGTLDLSLTVQGKQHVVSVEEALLATGQWKSITLFVQEDRAQLYIDCEKMENAELD
::: : ::::. ..: .::::.:.. :: .:::..:. : . .:.. :. ... ::
CCDS34 SNGPADTLDLTYWIDGTRHVVSLEDVGLADSQWKNVTVQVAGETYSLHVGCDLIDSFALD
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230
pF1KB5 VPIQSVFTRDLASIARLRIAKGGVNDN-FQGVLQNVRFVFGTTPEDILRNKGCSSSTSVL
:. . . : .:. .:::.. .. :.:.::::..:: .. :::: .:::... ..
CCDS34 EPF---YEHLQAEKSRMYVAKGSARESHFRGLLQNVHLVFENSVEDILSKKGCQQGQGAE
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 LTL--DNNVVNGSSPAIRTNYIGHKTKDLQAICGISCDELSSMVLELRGLRTIVTTLQDS
.. .:. . .: . :.:.: ... .: ::.::..:: :: ::...:. :...
CCDS34 INAISENTETLRLGPHVTTEYVGPSSERRPEVCERSCEELGNMVQELSGLHVLVNQLSEN
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 IRKVTEENKELANELRRPP------LCYHNGVQYRNNEEWTVDSCTECHCQNSVTICKKV
...:...:. : . . :: :...: . .:: :.::::: : :.. :::...
CCDS34 LKRVSNDNQFLWELIGGPPKTRNMSACWQDGRFFAENETWVVDSCTTCTCKKFKTICHQI
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 SCPIMPCSNATVPDGECCPRCWPSDSADDGWSPWSEWTSCSTSCGNGIQQRGRSCDSLNN
.:: :.. . .::::: : : ....:::::.:::.::..::.: :::::::: .:
CCDS34 TCPPATCASPSFVEGECCPSCLHSVDGEEGWSPWAEWTQCSVTCGSGTQQRGRSCDVTSN
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB5 RCEGSSVQTRTCHIQECDKRFKQDGGWSHWSPWSSCSVTCGDGVITRIRLCNSPSPQMNG
: : :.:::.: ...:: :..::::::::::::::::::: : :::::::::: :::.:
CCDS34 TCLGPSIQTRACSLSKCDTRIRQDGGWSHWSPWSSCSVTCGVGNITRIRLCNSPVPQMGG
420 430 440 450 460 470
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pF1KB5 KPCEGEARETKACKKDACPINGGWGPWSPWDICSVTCGGGVQKRSRLCNNPTPQFGGKDC
: :.: .::::::. :::.: :.:::::. :.:::.::...:.:.::.: ::.::: :
CCDS34 KNCKGSGRETKACQGAPCPIDGRWSPWSPWSACTVTCAGGIRERTRVCNSPEPQYGGKAC
480 490 500 510 520 530
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pF1KB5 VGDVTENQICNKQDCPIDGCLSNPCFAGVKCTSYPDGSWKCGACPPGYSGNGIQCTDVDE
:::: : :.:::..::.::::::::: :..:.:.:::::.::.:: :. ::: .: :.::
CCDS34 VGDVQERQMCNKRSCPVDGCLSNPCFPGAQCSSFPDGSWSCGSCPVGFLGNGTHCEDLDE
540 550 560 570 580 590
600 610 620 630 640 650
pF1KB5 CKEVPDACFNHNGEHRCENTDPGYNCLPCPPRFTGSQPFGQGVEHATANKQVCKPRNPCT
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CCDS34 CALVPDICFSTSKVPRCVNTQPGFHCLPCPPRYRGNQPVGVGLEAAKTEKQVCEPENPCK
600 610 620 630 640 650
660 670 680 690 700 710
pF1KB5 DGTHDCNKNAKCNYLGHYSDPMYRCECKPGYAGNGIICGEDTDLDGWPSENLVCVANATY
: ::.:.:.:.: ::::.:::::.:::. ::::.:.:::::.::::::. ::::..::::
CCDS34 DKTHNCHKHAECIYLGHFSDPMYKCECQTGYAGDGLICGEDSDLDGWPNLNLVCATNATY
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pF1KB5 HCKKDNCPNLPNSGQEDYDKDGIGDACDDDDDNDKIPDDRDNCPFHYNPAQYDYDRDDVG
:: :::::.::::::::.:::::::::::::::: . :..::: . .:: : :::.:.::
CCDS34 HCIKDNCPHLPNSGQEDFDKDGIGDACDDDDDNDGVTDEKDNCQLLFNPRQADYDKDEVG
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pF1KB5 DRCDNCPYNHNPDQADTDNNGEGDACAADIDGDGILNERDNCQYVYNVDQRDTDMDGVGD
:::::::: ::: : :::::::::::..::::: ..:::::: ::::.:::::: :::::
CCDS34 DRCDNCPYVHNPAQIDTDNNGEGDACSVDIDGDDVFNERDNCPYVYNTDQRDTDGDGVGD
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pF1KB5 QCDNCPLEHNPDQLDSDSDRIGDTCDNNQDIDEDGHQNNLDNCPYVPNANQADHDKDGKG
.:::::: ::::: : :.: .:: ::::.:::.:::::: :::::. ::::::::.::.:
CCDS34 HCDNCPLVHNPDQTDVDNDLVGDQCDNNEDIDDDGHQNNQDNCPYISNANQADHDRDGQG
840 850 860 870 880 890
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pF1KB5 DACDHDDDNDGIPDDKDNCRLVPNPDQKDSDGDGRGDACKDDFDHDSVPDIDDICPENVD
:::: ::::::.:::.:::::: ::::.: ::::::: ::::::.:..:::::.::::
CCDS34 DACDPDDDNDGVPDDRDNCRLVFNPDQEDLDGDGRGDICKDDFDNDNIPDIDDVCPENNA
900 910 920 930 940 950
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pF1KB5 ISETDFRRFQMIPLDPKGTSQNDPNWVVRHQGKELVQTVNCDPGLAVGYDEFNAVDFSGT
::::::: :::.:::::::.: :::::.::::::::::.: :::.:::.:::..::::::
CCDS34 ISETDFRNFQMVPLDPKGTTQIDPNWVIRHQGKELVQTANSDPGIAVGFDEFGSVDFSGT
960 970 980 990 1000 1010
1020 1030 1040 1050 1060 1070
pF1KB5 FFINTERDDDYAGFVFGYQSSSRFYVVMWKQVTQSYWDTNPTRAQGYSGLSVKVVNSTTG
:..::.::::::::::::::::::::::::::::.::. .:::: ::::.:.::::::::
CCDS34 FYVNTDRDDDYAGFVFGYQSSSRFYVVMWKQVTQTYWEDQPTRAYGYSGVSLKVVNSTTG
1020 1030 1040 1050 1060 1070
1080 1090 1100 1110 1120 1130
pF1KB5 PGEHLRNALWHTGNTPGQVRTLWHDPRHIGWKDFTAYRWRLSHRPKTGFIRVVMYEGKKI
::::::::::::::::::::::::::.:::::.:::::.:.::::::.:::...:::..
CCDS34 TGEHLRNALWHTGNTPGQVRTLWHDPRNIGWKDYTAYRWHLTHRPKTGYIRVLVHEGKQV
1080 1090 1100 1110 1120 1130
1140 1150 1160 1170
pF1KB5 MADSGPIYDKTYAGGRLGLFVFSQEMVFFSDLKYECRDP
:::::::::.:::::::::::::::::.::::::::::
CCDS34 MADSGPIYDQTYAGGRLGLFVFSQEMVYFSDLKYECRDI
1140 1150 1160 1170
>>CCDS12385.1 COMP gene_id:1311|Hs108|chr19 (757 aa)
initn: 2573 init1: 2171 opt: 2502 Z-score: 1746.5 bits: 334.5 E(32554): 5.9e-91
Smith-Waterman score: 2620; 53.6% identity (71.6% similar) in 666 aa overlap (547-1169:87-743)
520 530 540 550 560 570
pF1KB5 RLCNNPTPQFGGKDCVGDVTENQICNKQDCPIDGCLSNPCFAGVKCTSYPDGSWKCGACP
:. : . :: :: : . .:. .:: ::
CCDS12 REITFLKNTVMECDACGMQQSVRTGLPSVRPLLHCAPGFCFPGVACIQTESGA-RCGPCP
60 70 80 90 100 110
580 590 600 610 620 630
pF1KB5 PGYSGNGIQCTDVDECKEVPDACFNHNGEHRCENTDPGYNCLPCPPRFTGSQPFGQGVEH
:..::: .::::.::. : :: . :: ::.::. : ::: ..: : :.
CCDS12 AGFTGNGSHCTDVNECNAHP--CFPRV---RCINTSPGFRCEACPPGYSGPTHQGVGLAF
120 130 140 150 160 170
640 650 660 670
pF1KB5 ATANKQVCKPRNPCTDGTHDCNKNAKC-NYLGHYS-------------------------
: :::::: : : : :.: :. : : : ..
CCDS12 AKANKQVCTDINECETGQHNCVPNSVCINTRGSFQCGPCQPGFVGDQASGCQRRAQRFCP
180 190 200 210 220 230
680 690 700 710
pF1KB5 -----------------DPMYRCECKPGYAGNGIICGEDTDLDGWPSENLVCVANATYHC
: : : :.:::::.::.::::::.:.:.: : .:
CCDS12 DGSPSECHEHADCVLERDGSRSCVCAVGWAGNGILCGRDTDLDGFPDEKLRC---PERQC
240 250 260 270 280
720 730 740 750 760 770
pF1KB5 KKDNCPNLPNSGQEDYDKDGIGDACDDDDDNDKIPDDRDNCPFHYNPAQYDYDRDDVGDR
.:::: ..::::::: :.:::::::: : :.: .:...::::. :: : . :.: ::
CCDS12 RKDNCVTVPNSGQEDVDRDGIGDACDPDADGDGVPNEKDNCPLVRNPDQRNTDEDKWGDA
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CCDS72 FRRQLLQGRV
940
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CCDS10 AVVDPLDVCPESAEVTLTDFRAYQTVVLDPEGDAQIDPNWVVLNQGMEIVQTMNSDPGLA
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CCDS10 QPGLQLKAVTSVSGPGEHLRNALWHTGHTPDQVRLLWTDPRNVGWRDKTSYRWQLLHRPQ
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CCDS10 VGYIRVKLYEGPQLVADSGVIIDTSMRGGRLGVFCFSQENIIWSNLQYRCNDTVPEDFEP
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CCDS10 FRRQLLQGRV
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CCDS78 AKSNKQVCTDIDECRNGA--CVPNSICVNTLGSYRCGPCKPGYTGDQIRGCKAERNCRNP
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CCDS78 ELNPCSVNAQCIEERQGDVTCVCGVGWAGDGYICGKDVDIDSYPDEELPCSA---RNCKK
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CCDS78 NCLSVLNNDQKDTDGDGRGDACDDDMDGDGIKNILDNCPKFPNRDQRDKDGDGVGDACDS
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]