Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB3965
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3965, 764 aa
1>>>pF1KB3965 764 - 764 aa - 764 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.6929+/-0.00131; mu= 13.5689+/- 0.077
mean_var=217.3273+/-74.223, 0's: 0 Z-trim(103.4): 196 B-trim: 435 in 1/46
Lambda= 0.087000
statistics sampled from 7146 (7380) to 7146 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.576), E-opt: 0.2 (0.227), width: 16
Scan time: 3.710
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS9872.1 TSHR gene_id:7253|Hs108|chr14 ( 764) 5083 652.8 5.7e-187
CCDS1842.1 LHCGR gene_id:3973|Hs108|chr2 ( 699) 1586 213.9 7.3e-55
CCDS1843.1 FSHR gene_id:2492|Hs108|chr2 ( 695) 1563 211.0 5.4e-54
CCDS1844.2 FSHR gene_id:2492|Hs108|chr2 ( 669) 1544 208.6 2.7e-53
CCDS32131.1 TSHR gene_id:7253|Hs108|chr14 ( 253) 1528 206.0 6.3e-53
CCDS55935.1 TSHR gene_id:7253|Hs108|chr14 ( 274) 1528 206.0 6.6e-53
CCDS31449.1 LGR4 gene_id:55366|Hs108|chr11 ( 951) 685 101.0 9.6e-21
CCDS61195.1 LGR5 gene_id:8549|Hs108|chr12 ( 835) 564 85.7 3.3e-16
CCDS61194.1 LGR5 gene_id:8549|Hs108|chr12 ( 883) 564 85.7 3.4e-16
CCDS9000.1 LGR5 gene_id:8549|Hs108|chr12 ( 907) 564 85.7 3.5e-16
CCDS30972.1 LGR6 gene_id:59352|Hs108|chr1 ( 828) 466 73.4 1.7e-12
CCDS1424.1 LGR6 gene_id:59352|Hs108|chr1 ( 915) 466 73.4 1.8e-12
CCDS30971.1 LGR6 gene_id:59352|Hs108|chr1 ( 967) 466 73.5 1.8e-12
CCDS75205.1 RXFP1 gene_id:59350|Hs108|chr4 ( 626) 451 71.3 5.2e-12
CCDS58930.1 RXFP1 gene_id:59350|Hs108|chr4 ( 724) 447 70.9 8.1e-12
CCDS43276.1 RXFP1 gene_id:59350|Hs108|chr4 ( 757) 447 70.9 8.3e-12
CCDS75204.1 RXFP1 gene_id:59350|Hs108|chr4 ( 784) 447 71.0 8.4e-12
CCDS75206.1 RXFP1 gene_id:59350|Hs108|chr4 ( 601) 435 69.3 2.1e-11
>>CCDS9872.1 TSHR gene_id:7253|Hs108|chr14 (764 aa)
initn: 5083 init1: 5083 opt: 5083 Z-score: 3470.2 bits: 652.8 E(32554): 5.7e-187
Smith-Waterman score: 5083; 99.9% identity (100.0% similar) in 764 aa overlap (1-764:1-764)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MRPADLLQLVLLLDLPRDLGGMGCSSPPCECHQEEDFRVTCKDIQRIPSLPPSTQTLKLI
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CCDS98 MRPADLLQLVLLLDLPRDLGGMGCSSPPCECHQEEDFRVTCKDIQRIPSLPPSTQTLKLI
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 ETHLRTIPSHAFSNLPNISRIYVSIDVTLQQLESHSFYNLSKVTHIEIRNTRNLTYIDPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 ETHLRTIPSHAFSNLPNISRIYVSIDVTLQQLESHSFYNLSKVTHIEIRNTRNLTYIDPD
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 ALKELPLLKFLGIFNTGLKMFPDLTKVYSTDIFFILEITDNPYMTSIPVNAFQGLCNETL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 ALKELPLLKFLGIFNTGLKMFPDLTKVYSTDIFFILEITDNPYMTSIPVNAFQGLCNETL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 TLKLYNNGFTSVQGYAFNGTKLDAVYLNKNKYLTVIDKDAFGGVYSGPSLLDVSQTSVTA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 TLKLYNNGFTSVQGYAFNGTKLDAVYLNKNKYLTVIDKDAFGGVYSGPSLLDVSQTSVTA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 LPSKGLEHLKELIARNTWTLKKLPLSLSFLHLTRADLSYPSHCCAFKNQKKIRGILESLM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 LPSKGLEHLKELIARNTWTLKKLPLSLSFLHLTRADLSYPSHCCAFKNQKKIRGILESLM
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 CNESSMQSLRQRKSVNALNSPLHQEYEENLGDSIVGYKEKSKFQDTHNNAHYYVFFEEQE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 CNESSMQSLRQRKSVNALNSPLHQEYEENLGDSIVGYKEKSKFQDTHNNAHYYVFFEEQE
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 DEIIGFGQELKNPQEETLQAFDSHYDYTICGDSEDMVCTPKSDEFNPCEDIMGYKFLRIV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 DEIIGFGQELKNPQEETLQAFDSHYDYTICGDSEDMVCTPKSDEFNPCEDIMGYKFLRIV
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 VWFVSLLALLGNVFVLLILLTSHYKLNVPRFLMCNLAFADFCMGMYLLLIASVDLYTHSE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 VWFVSLLALLGNVFVLLILLTSHYKLNVPRFLMCNLAFADFCMGMYLLLIASVDLYTHSE
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 YYNHAIDWQTGPGCNTAGFFTVFASELSVYTLTVITLERWYAITFAMRLDRKIRLRHACA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 YYNHAIDWQTGPGCNTAGFFTVFASELSVYTLTVITLERWYAITFAMRLDRKIRLRHACA
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 IMVGGWVCCFLLALLPLVGISSYAKVSICLPMDTETPLALAYIVFVLTLNIVAFVIVCCC
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CCDS98 IMVGGWVCCFLLALLPLVGISSYAKVSICLPMDTETPLALAYIVFVLTLNIVAFVIVCCC
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 YVKIYITVRNPQYNPGDKDTKIAKRMAVLIFTDFICMAPISFYALSAILNKPLITVSNSK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 YVKIYITVRNPQYNPGDKDTKIAKRMAVLIFTDFICMAPISFYALSAILNKPLITVSNSK
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB3 ILLVLFYPLNSCANPFLYAIFTKAFQRDVFILLSKFGICKRQAQAYRGQRVPPKNSTDIQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 ILLVLFYPLNSCANPFLYAIFTKAFQRDVFILLSKFGICKRQAQAYRGQRVPPKNSTDIQ
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760
pF1KB3 VQKVTHDMRQGLHNMEDVYELIENSHLTPKKQGQISEEYMQTVL
::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 VQKVTHEMRQGLHNMEDVYELIENSHLTPKKQGQISEEYMQTVL
730 740 750 760
>>CCDS1842.1 LHCGR gene_id:3973|Hs108|chr2 (699 aa)
initn: 2057 init1: 1574 opt: 1586 Z-score: 1098.5 bits: 213.9 E(32554): 7.3e-55
Smith-Waterman score: 2270; 52.2% identity (75.6% similar) in 705 aa overlap (6-707:10-652)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MRPADLLQLVLLLD--LPRDLGGMGCSSPPCECHQEEDFRVTCKDIQRIPSLPPST
::.:.:::. ::: : : : :.: . .: : :. .
CCDS18 MKQRFSALQLLKLLLLLQPPLPRALREALCPEP-CNCVPDGALR--C------PGPTAGL
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 QTLKLIETHLRTIPSHAFSNLPNISRIYVS-IDVTLQQLESHSFYNLSKVTHIEIRNTRN
:.: ...:::.:: .: .. .: .: :: .:...:...: :: ....: :.::.:
CCDS18 TRLSLAYLPVKVIPSQAFRGLNEVIKIEISQID-SLERIEANAFDNLLNLSEILIQNTKN
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 LTYIDPDALKELPLLKFLGIFNTGLKMFPDLTKVYSTDIFFILEITDNPYMTSIPVNAFQ
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CCDS18 LRYIEPGAFINLPRLKYLSICNTGIRKFPDVTKVFSSESNFILEICDNLHITTIPGNAFQ
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 GLCNETLTLKLYNNGFTSVQGYAFNGTKLDAVYLNKNKYLTVIDKDAFGGVYSGPSLLDV
:. ::..:::::.::: ::..::::: : .. :..: .: . . :: :. .::. ::.
CCDS18 GMNNESVTLKLYGNGFEEVQSHAFNGTTLTSLELKENVHLEKMHNGAFRGA-TGPKTLDI
180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 SQTSVTALPSKGLEHLKELIARNTWTLKKLPLSLSFLHLTRADLSYPSHCCAFKNQKKIR
:.:.. :::: ::: ...::: ....::::: .:..: .: :.::::::::.:
CCDS18 SSTKLQALPSYGLESIQRLIATSSYSLKKLPSRETFVNLLEATLTYPSHCCAFRN-----
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 GILESLMCNESSMQSLRQRKSVNALNSPLHQEYEENLGDSIVGYKEKSKFQDTHNNAHYY
: .:.... .:.. ::.. . .: . ..:.. :
CCDS18 -----LPTKEQNFS-----HSIS-----------ENFSK-----QCESTVRKVNNKTLYS
290 300 310
360 370 380 390 400 410
pF1KB3 VFFEEQEDEIIGFGQELKNPQEETLQAFDSHYDYTICGDSEDMVCTPKSDEFNPCEDIMG
.. :.: :...: :.: .: . :.:. : :::::::::
CCDS18 SMLAESE-----------------LSGWD--YEYGFCLPKTPR-CAPEPDAFNPCEDIMG
320 330 340 350
420 430 440 450 460 470
pF1KB3 YKFLRIVVWFVSLLALLGNVFVLLILLTSHYKLNVPRFLMCNLAFADFCMGMYLLLIASV
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CCDS18 YDFLRVLIWLINILAIMGNMTVLFVLLTSRYKLTVPRFLMCNLSFADFCMGLYLLLIASV
360 370 380 390 400 410
480 490 500 510 520 530
pF1KB3 DLYTHSEYYNHAIDWQTGPGCNTAGFFTVFASELSVYTLTVITLERWYAITFAMRLDRKI
: :...::::::::::: ::.:::::::::::::::::::::::::..::.:..::.:.
CCDS18 DSQTKGQYYNHAIDWQTGSGCSTAGFFTVFASELSVYTLTVITLERWHTITYAIHLDQKL
420 430 440 450 460 470
540 550 560 570 580 590
pF1KB3 RLRHACAIMVGGWVCCFLLALLPLVGISSYAKVSICLPMDTETPLALAYIVFVLTLNIVA
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CCDS18 RLRHAILIMLGGWLFSSLIAMLPLVGVSNYMKVSICFPMDVETTLSQVYILTILILNVVA
480 490 500 510 520 530
600 610 620 630 640 650
pF1KB3 FVIVCCCYVKIYITVRNPQYNPGDKDTKIAKRMAVLIFTDFICMAPISFYALSAILNKPL
: :.: ::.:::..::::. .:::::::.::.:::::: :::::::.:.:: .. ::
CCDS18 FFIICACYIKIYFAVRNPELMATNKDTKIAKKMAILIFTDFTCMAPISFFAISAAFKVPL
540 550 560 570 580 590
660 670 680 690 700 710
pF1KB3 ITVSNSKILLVLFYPLNSCANPFLYAIFTKAFQRDVFILLSKFGICKRQAQAYRGQRVPP
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CCDS18 ITVTNSKVLLVLFYPINSCANPFLYAIFTKTFQRDFFLLLSKFGCCKRRAELYRRKDFSA
600 610 620 630 640 650
720 730 740 750 760
pF1KB3 KNSTDIQVQKVTHDMRQGLHNMEDVYELIENSHLTPKKQGQISEEYMQTVL
CCDS18 YTSNCKNGFTGSNKPSQSTLKLSTLHCQGTALLDKTRYTEC
660 670 680 690
>>CCDS1843.1 FSHR gene_id:2492|Hs108|chr2 (695 aa)
initn: 2216 init1: 1540 opt: 1563 Z-score: 1082.9 bits: 211.0 E(32554): 5.4e-54
Smith-Waterman score: 2120; 48.6% identity (74.2% similar) in 706 aa overlap (6-707:5-655)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MRPADLLQLVLLLDLPRDLGGMGCSSPPCECHQEEDFRV-TCKD--IQRIPS-LPPSTQT
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CCDS18 MALLLVSLLAFLSL-----GSGCHHRICHCSN----RVFLCQESKVTEIPSDLPRNAIE
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 LKLIETHLRTIPSHAFSNLPNISRIYVSIDVTLQQLESHSFYNLSKVTHIEIRNTRNLTY
:... :.::.: . :::.. .. .: .: . .:. .:. : :: :. .:.:... :: :
CCDS18 LRFVLTKLRVIQKGAFSGFGDLEKIEISQNDVLEVIEADVFSNLPKLHEIRIEKANNLLY
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 IDPDALKELPLLKFLGIFNTGLKMFPDLTKVYSTDIFFILEITDNPYMTSIPVNAFQGLC
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CCDS18 INPEAFQNLPNLQYLLISNTGIKHLPDVHKIHSLQKV-LLDIQDNINIHTIERNSFVGLS
120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 NETLTLKLYNNGFTSVQGYAFNGTKLDAVYLNKNKYLTVIDKDAFGGVYSGPSLLDVSQT
:.. : : .::. ... :::::.:: . :. :. : . .:.: :. ::: .::.:.:
CCDS18 FESVILWLNKNGIQEIHNCAFNGTQLDELNLSDNNNLEELPNDVFHGA-SGPVILDISRT
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 SVTALPSKGLEHLKELIARNTWTLKKLPLSLSFLHLTRADLSYPSHCCAFKNQKKIRGIL
. .::: :::.::.: ::.:..::::: ... : .:.:.:::::::: : .. . :
CCDS18 RIHSLPSYGLENLKKLRARSTYNLKKLPTLEKLVALMEASLTYPSHCCAFANWRRQISEL
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 ESLMCNESSMQSLRQRKSVNALNSPLHQEYEENLGDSIVGYKEKSKFQDTHNNAHYYVFF
. . ::.: . :. :. ... : .:.. . .....
CCDS18 HPI-CNKSIL-----RQEVDYMTQARGQ---------------RSSLAEDNESSYSR---
290 300 310 320
360 370 380 390 400 410
pF1KB3 EEQEDEIIGFGQELKNPQEETLQAFDSHYDYTICGDSEDMVCTPKSDEFNPCEDIMGYKF
:: . ...:: .:.. :..:.:: : ::::::::::..
CCDS18 --------GFDMTY------------TEFDYDLCNEVVDVTCSPKPDAFNPCEDIMGYNI
330 340 350 360
420 430 440 450 460 470
pF1KB3 LRIVVWFVSLLALLGNVFVLLILLTSHYKLNVPRFLMCNLAFADFCMGMYLLLIASVDLY
::...::.:.::. ::..::.:: ::.:::.:::::::::::::.:.:.:::::::::..
CCDS18 LRVLIWFISILAITGNIIVLVILTTSQYKLTVPRFLMCNLAFADLCIGIYLLLIASVDIH
370 380 390 400 410 420
480 490 500 510 520 530
pF1KB3 THSEYYNHAIDWQTGPGCNTAGFFTVFASELSVYTLTVITLERWYAITFAMRLDRKIRLR
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CCDS18 TKSQYHNYAIDWQTGAGCDAAGFFTVFASELSVYTLTAITLERWHTITHAMQLDCKVQLR
430 440 450 460 470 480
540 550 560 570 580 590
pF1KB3 HACAIMVGGWVCCFLLALLPLVGISSYAKVSICLPMDTETPLALAYIVFVLTLNIVAFVI
:: ..:: ::. : ::.:. ::::: ::::::::: ..::. :.. .:.::..:::.
CCDS18 HAASVMVMGWIFAFAAALFPIFGISSYMKVSICLPMDIDSPLSQLYVMSLLVLNVLAFVV
490 500 510 520 530 540
600 610 620 630 640 650
pF1KB3 VCCCYVKIYITVRNPQYNPGDKDTKIAKRMAVLIFTDFICMAPISFYALSAILNKPLITV
.: ::..::.:::::. ...::.::::::.::::::.:::::::.:.:: :. :::::
CCDS18 ICGCYIHIYLTVRNPNIVSSSSDTRIAKRMAMLIFTDFLCMAPISFFAISASLKVPLITV
550 560 570 580 590 600
660 670 680 690 700 710
pF1KB3 SNSKILLVLFYPLNSCANPFLYAIFTKAFQRDVFILLSKFGICKRQAQAYRGQRVPPKNS
:..:::::::.:.:::::::::::::: :.:: :::::: : . ::: ::
CCDS18 SKAKILLVLFHPINSCANPFLYAIFTKNFRRDFFILLSKCGCYEMQAQIYRTETSSTVHN
610 620 630 640 650 660
720 730 740 750 760
pF1KB3 TDIQVQKVTHDMRQGLHNMEDVYELIENSHLTPKKQGQISEEYMQTVL
CCDS18 THPRNGHCSSAPRVTSGSTYILVPLSHLAQN
670 680 690
>>CCDS1844.2 FSHR gene_id:2492|Hs108|chr2 (669 aa)
initn: 2169 init1: 1540 opt: 1544 Z-score: 1070.2 bits: 208.6 E(32554): 2.7e-53
Smith-Waterman score: 2018; 47.2% identity (72.0% similar) in 706 aa overlap (6-707:5-629)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MRPADLLQLVLLLDLPRDLGGMGCSSPPCECHQEEDFRV-TCKD--IQRIPS-LPPSTQT
:..:. .:.: : :: :.: . :: :.. . .::: :: ..
CCDS18 MALLLVSLLAFLSL-----GSGCHHRICHCSN----RVFLCQESKVTEIPSDLPRNAIE
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 LKLIETHLRTIPSHAFSNLPNISRIYVSIDVTLQQLESHSFYNLSKVTHIEIRNTRNLTY
:... :.::.: . :::.. .. .: .: . .:. .:. : :: :. .:.:... :: :
CCDS18 LRFVLTKLRVIQKGAFSGFGDLEKIEISQNDVLEVIEADVFSNLPKLHEIRIEKANNLLY
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 IDPDALKELPLLKFLGIFNTGLKMFPDLTKVYSTDIFFILEITDNPYMTSIPVNAFQGLC
:.:.:...:: :..: : :::.: .::. :..:
CCDS18 INPEAFQNLPNLQYLLISNTGIKHLPDVHKIHSL--------------------------
120 130 140
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 NETLTLKLYNNGFTSVQGYAFNGTKLDAVYLNKNKYLTVIDKDAFGGVYSGPSLLDVSQT
. . : : .::. ... :::::.:: . :. :. : . .:.: :. ::: .::.:.:
CCDS18 -QKVLLWLNKNGIQEIHNCAFNGTQLDELNLSDNNNLEELPNDVFHGA-SGPVILDISRT
150 160 170 180 190 200
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 SVTALPSKGLEHLKELIARNTWTLKKLPLSLSFLHLTRADLSYPSHCCAFKNQKKIRGIL
. .::: :::.::.: ::.:..::::: ... : .:.:.:::::::: : .. . :
CCDS18 RIHSLPSYGLENLKKLRARSTYNLKKLPTLEKLVALMEASLTYPSHCCAFANWRRQISEL
210 220 230 240 250 260
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 ESLMCNESSMQSLRQRKSVNALNSPLHQEYEENLGDSIVGYKEKSKFQDTHNNAHYYVFF
. . ::.: . :. :. ... : .:.. . .....
CCDS18 HPI-CNKSIL-----RQEVDYMTQARGQ---------------RSSLAEDNESSYSR---
270 280 290
360 370 380 390 400 410
pF1KB3 EEQEDEIIGFGQELKNPQEETLQAFDSHYDYTICGDSEDMVCTPKSDEFNPCEDIMGYKF
:: . ...:: .:.. :..:.:: : ::::::::::..
CCDS18 --------GFDMTY------------TEFDYDLCNEVVDVTCSPKPDAFNPCEDIMGYNI
300 310 320 330
420 430 440 450 460 470
pF1KB3 LRIVVWFVSLLALLGNVFVLLILLTSHYKLNVPRFLMCNLAFADFCMGMYLLLIASVDLY
::...::.:.::. ::..::.:: ::.:::.:::::::::::::.:.:.:::::::::..
CCDS18 LRVLIWFISILAITGNIIVLVILTTSQYKLTVPRFLMCNLAFADLCIGIYLLLIASVDIH
340 350 360 370 380 390
480 490 500 510 520 530
pF1KB3 THSEYYNHAIDWQTGPGCNTAGFFTVFASELSVYTLTVITLERWYAITFAMRLDRKIRLR
:.:.:.:.::::::: ::..:::::::::::::::::.::::::..:: ::.:: :..::
CCDS18 TKSQYHNYAIDWQTGAGCDAAGFFTVFASELSVYTLTAITLERWHTITHAMQLDCKVQLR
400 410 420 430 440 450
540 550 560 570 580 590
pF1KB3 HACAIMVGGWVCCFLLALLPLVGISSYAKVSICLPMDTETPLALAYIVFVLTLNIVAFVI
:: ..:: ::. : ::.:. ::::: ::::::::: ..::. :.. .:.::..:::.
CCDS18 HAASVMVMGWIFAFAAALFPIFGISSYMKVSICLPMDIDSPLSQLYVMSLLVLNVLAFVV
460 470 480 490 500 510
600 610 620 630 640 650
pF1KB3 VCCCYVKIYITVRNPQYNPGDKDTKIAKRMAVLIFTDFICMAPISFYALSAILNKPLITV
.: ::..::.:::::. ...::.::::::.::::::.:::::::.:.:: :. :::::
CCDS18 ICGCYIHIYLTVRNPNIVSSSSDTRIAKRMAMLIFTDFLCMAPISFFAISASLKVPLITV
520 530 540 550 560 570
660 670 680 690 700 710
pF1KB3 SNSKILLVLFYPLNSCANPFLYAIFTKAFQRDVFILLSKFGICKRQAQAYRGQRVPPKNS
:..:::::::.:.:::::::::::::: :.:: :::::: : . ::: ::
CCDS18 SKAKILLVLFHPINSCANPFLYAIFTKNFRRDFFILLSKCGCYEMQAQIYRTETSSTVHN
580 590 600 610 620 630
720 730 740 750 760
pF1KB3 TDIQVQKVTHDMRQGLHNMEDVYELIENSHLTPKKQGQISEEYMQTVL
CCDS18 THPRNGHCSSAPRVTSGSTYILVPLSHLAQN
640 650 660
>>CCDS32131.1 TSHR gene_id:7253|Hs108|chr14 (253 aa)
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Smith-Waterman score: 1528; 100.0% identity (100.0% similar) in 231 aa overlap (1-231:1-231)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MRPADLLQLVLLLDLPRDLGGMGCSSPPCECHQEEDFRVTCKDIQRIPSLPPSTQTLKLI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 MRPADLLQLVLLLDLPRDLGGMGCSSPPCECHQEEDFRVTCKDIQRIPSLPPSTQTLKLI
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 ETHLRTIPSHAFSNLPNISRIYVSIDVTLQQLESHSFYNLSKVTHIEIRNTRNLTYIDPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 ETHLRTIPSHAFSNLPNISRIYVSIDVTLQQLESHSFYNLSKVTHIEIRNTRNLTYIDPD
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 ALKELPLLKFLGIFNTGLKMFPDLTKVYSTDIFFILEITDNPYMTSIPVNAFQGLCNETL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 ALKELPLLKFLGIFNTGLKMFPDLTKVYSTDIFFILEITDNPYMTSIPVNAFQGLCNETL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 TLKLYNNGFTSVQGYAFNGTKLDAVYLNKNKYLTVIDKDAFGGVYSGPSLLDVSQTSVTA
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 TLKLYNNGFTSVQGYAFNGTKLDAVYLNKNKYLTVIDKDAFGGVYSGPSLLLPLGRKSLS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 LPSKGLEHLKELIARNTWTLKKLPLSLSFLHLTRADLSYPSHCCAFKNQKKIRGILESLM
CCDS32 FETQKAPRSSMPS
250
>>CCDS55935.1 TSHR gene_id:7253|Hs108|chr14 (274 aa)
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Smith-Waterman score: 1547; 87.7% identity (91.2% similar) in 284 aa overlap (1-281:1-274)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MRPADLLQLVLLLDLPRDLGGMGCSSPPCECHQEEDFRVTCKDIQRIPSLPPSTQTLKLI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 MRPADLLQLVLLLDLPRDLGGMGCSSPPCECHQEEDFRVTCKDIQRIPSLPPSTQTLKLI
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 ETHLRTIPSHAFSNLPNISRIYVSIDVTLQQLESHSFYNLSKVTHIEIRNTRNLTYIDPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 ETHLRTIPSHAFSNLPNISRIYVSIDVTLQQLESHSFYNLSKVTHIEIRNTRNLTYIDPD
70 80 90 100 110 120
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pF1KB3 ALKELPLLKFLGIFNTGLKMFPDLTKVYSTDIFFILEITDNPYMTSIPVNAFQGLCNETL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 ALKELPLLKFLGIFNTGLKMFPDLTKVYSTDIFFILEITDNPYMTSIPVNAFQGLCNETL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 TLKLYNNGFTSVQGYAFNGTKLDAVYLNKNKYLTVIDKDAFGGVYSGPSLLDVSQTSVTA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: : ...:..
CCDS55 TLKLYNNGFTSVQGYAFNGTKLDAVYLNKNKYLTVIDKDAFGGVYSGPSLL-VENVAVSG
190 200 210 220 230
250 260 270 280 290
pF1KB3 LPSKGLEHLKELIARNTWTLKKLPL---SLSFLHLTRADLSYPSHCCAFKNQKKIRGILE
::. : :. .: : .::: :::: :.::
CCDS55 ---KGF--CKSLF---SW-LYRLPLGRKSLSFETQKAPRSSMPS
240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 SLMCNESSMQSLRQRKSVNALNSPLHQEYEENLGDSIVGYKEKSKFQDTHNNAHYYVFFE
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Smith-Waterman score: 685; 25.8% identity (60.7% similar) in 670 aa overlap (44-688:165-811)
20 30 40 50 60
pF1KB3 DLPRDLGGMGCSSPPCECHQEEDFRVTCKDIQRIPSLP----PSTQTLKLIETHLRTIPS
. ..: : :. :.: : ... .::.
CCDS31 RLDANHITSVPEDSFEGLVQLRHLWLDDNSLTEVPVHPLSNLPTLQALTLALNKISSIPD
140 150 160 170 180 190
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 HAFSNLPNISRIYVSIDVTLQQLESHSFYNLSKVTHIEIRNTRNLTYIDPDALKELPLLK
::.:: .. ... . ...: .: : .:... ... : :: . :.:.: :: ::
CCDS31 FAFTNLSSLVVLHLH-NNKIRSLSQHCFDGLDNLETLDL-NYNNLGEF-PQAIKALPSLK
200 210 220 230 240 250
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 FLGIFNTGLKMFPDLTKVYSTDIFFILEITDNPYMTSIPVNAFQGLCN-ETLTLKLYNNG
::. .......:: .. .. ... ::: .. . .::..: . ..:... :
CCDS31 ELGFHSNSISVIPD-GAFDGNPLLRTIHLYDNP-LSFVGNSAFHNLSDLHSLVIR----G
260 270 280 290 300
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 FTSVQGYA-FNGT-KLDAVYLNKNKYLTVIDKDAFGGVYSGPSLLDVSQTSVTALPS-KG
. :: . ..:: .:... :. .: .. . . . ::.: ... ::: .:
CCDS31 ASMVQQFPNLTGTVHLESLTLTGTKISSI--PNNLCQEQKMLRTLDLSYNNIRDLPSFNG
310 320 330 340 350 360
250 260 270 280 290
pF1KB3 LEHLKEL-IARNT-WTLKKLP----LSLSFLHLTRADLSYPSHCCAFKNQKKIRGILESL
. :.:. . :: . .:. .:: .: :.: .: . : :: . : .. :.
CCDS31 CHALEEISLQRNQIYQIKEGTFQGLISLRILDLSR-NLIHEIHSRAFATLGPITNLDVSF
370 380 390 400 410 420
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 MCNES----SMQSLRQRKSVNA--LNSPLHQEYEENLGDSIVGYKEKS-KFQDTHNNAHY
: ....: : : :. :. : . :: . : : . : . :.
CCDS31 NELTSFPTEGLNGLNQLKLVGNFKLKEALAAKDFVNLRSLSVPYAYQCCAFWGCDSYANL
430 440 450 460 470 480
360 370 380 390 400
pF1KB3 YVFFEEQEDEIIGFGQELKNPQEETLQAFDSHYDYTICGDSEDMV---CTPKSDEFNPCE
. ::. . :. . ::. : .. :. .. .... :::.. :.:::
CCDS31 -----NTEDNSL---QDHSVAQEKGT-ADAANVTSTLENEEHSQIIIHCTPSTGAFKPCE
490 500 510 520 530
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pF1KB3 DIMGYKFLRIVVWFVSLLALLGNVFVLLILLTSHYKLNVPRFLMCNLAFADFCMGMYLLL
..: ..:..:::. :.::. :..:.: ..: .: .... .. ... ::.: .
CCDS31 YLLGSWMIRLTVWFIFLVALFFNLLVILTTFASCTSLPSSKLFIGLISVSNLFMGIYTGI
540 550 560 570 580 590
470 480 490 500 510 520
pF1KB3 IASVDLYTHSEYYNHAIDWQTGPGCNTAGFFTVFASELSVYTLTVITLERWYAITFAMRL
.. .: . ... . .: :.:: ::..:::..::.:: ... : . :.:: . :.
CCDS31 LTFLDAVSWGRFAEFGIWWETGSGCKVAGFLAVFSSESAIFLLMLATVERSLSAKDIMKN
600 610 620 630 640 650
530 540 550 560 570 580
pF1KB3 DRKIRLRHACAIMVGGWVCCFLLALLPLVGISSYAKVSICLPMDT-ETPLALAYIVFVLT
.. .:.. . . ... . . .:: . :. .:::. : ::: .:.. : ..
CCDS31 GKSNHLKQFRVAALLAFLGATVAGCFPLFHRGEYSASPLCLPFPTGETP-SLGFTVTLVL
660 670 680 690 700 710
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pF1KB3 LNIVAFVIVCCCYVKIYITVRNPQYNPGDKDTKIAKRMAVLIFTDFICMAPISFYALSAI
:: .::... :.:.: .... . . ..... : :..: ::::. : . :..:.... .
CCDS31 LNSLAFLLMAVIYTKLYCNLEKEDLSENSQSSMI-KHVAWLIFTNCIFFCPVAFFSFAPL
720 730 740 750 760 770
650 660 670 680 690 700
pF1KB3 LNKPLITVSNSKILLVLFYPLNSCANPFLYAIFTKAFQRDVFILLSKFGICKRQAQAYRG
.. :. : . ..:.:: .: :: ::..:. :..:
CCDS31 ITAISISPEIMKSVTLIFFPLPACLNPVLYVFFNPKFKEDWKLLKRRVTKKSGSVSVSIS
780 790 800 810 820 830
710 720 730 740 750 760
pF1KB3 QRVPPKNSTDIQVQKVTHDMRQGLHNMEDVYELIENSHLTPKKQGQISEEYMQTVL
CCDS31 SQGGCLEQDFYYDCGMYSHLQGNLTVCDCCESFLLTKPVSCKHLIKSHSCPALAVASCQR
840 850 860 870 880 890
>>CCDS61195.1 LGR5 gene_id:8549|Hs108|chr12 (835 aa)
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pF1KB3 RPADLLQLVLLLDLPRDLGGMGCSSPPCECHQEEDFRVTCKDIQRIPSLPPSTQTLKLIE
:. : . .. ......:. . ..:: .
CCDS61 EALQNLRSLQSLHLHNNRIHSLGKKCFDGLHSLETLDLNYNNLDEFPTAIRTLSNLKELG
140 150 160 170 180 190
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pF1KB3 TH---LRTIPSHAFSNLPNISRIYVSIDVTLQQLESHSFYNLSKVTHIEIRNTRNLTYID
: .:.:: .:: . :.. :. : .: . .: .: .. . . .. ..: .
CCDS61 FHSNNIRSIPEKAFVGNPSLITIHF-YDNPIQFVGRSAFQHLPELRTLTLNGASQITEF-
200 210 220 230 240
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pF1KB3 PDALKELPLLKFLGIFNTGLKMFPDLTKVYSTDIFFILEITDNPYMTSIPVNAFQGLCNE
:: : :. : . .. .. .:. : . . .:... : . ..: .:. .:..
CCDS61 PD-LTGTANLESLTLTGAQISSLPQ-TVCNQLPNLQVLDLSYN-LLEDLP--SFS-VCQK
250 260 270 280 290 300
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 TLTLKLYNNGFTSVQGYAFNGT-KLDAVYLNKNKYLTVIDKDAFGGVYSGPSL--LDVSQ
. : .: . .. .:. .: .. : :: ...: .::. . ::: ::.:.
CCDS61 LQKIDLRHNEIYEIKVDTFQQLLSLRSLNLAWNK-IAIIHPNAFSTL---PSLIKLDLSS
310 320 330 340 350
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 TSVTALPSKGLEHLKELIARNTWTLKKLPLSLSFLHLTRADLSYPSHCCAFKNQKKIRGI
. ....: ::. : .: .. .:..: : .: .: .. : .:::: :.
CCDS61 NLLSSFPITGLHGLTHLKLTGNHALQSLISSENFPELKVIEMPYAYQCCAF-------GV
360 370 380 390 400 410
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 LESLMCNESSMQSLRQRKSVNALNSPLHQEYEENLGDSIVGYKEKSKFQDTHNNAHYYVF
:... : . :. :. . ::. :. . :: .
CCDS61 -----CENAYKISNQWNKGDNSSMDDLHK-------------KDAGMFQAQDE-------
420 430 440
360 370 380 390 400 410
pF1KB3 FEEQEDEIIGFGQELKNPQEETLQAFDSHYDYTICGDSEDMVCTPKSDEFNPCEDIMGYK
.. :: .. : :: :.:. : . :.:. :.::: ..
CCDS61 -RDLEDFLLDF--------EEDLKALHS------------VQCSPSPGPFKPCEHLLDGW
450 460 470 480
420 430 440 450 460 470
pF1KB3 FLRIVVWFVSLLALLGNVFVLLILLTSHYKLNVPRFLMCNLAFADFCMGMYLLLIASVDL
..:: :: ...::: :..: .. : .. ..:. .: ... :. ..:.::
CCDS61 LIRIGVWTIAVLALTCNALVTSTVFRSPLYISPIKLLIGVIAAVNMLTGVSSAVLAGVDA
490 500 510 520 530 540
480 490 500 510 520 530
pF1KB3 YTHSEYYNHAIDWQTGPGCNTAGFFTVFASELSVYTLTVITLERWYAITFAMRLDRKIRL
.: . . :. :..: ::.. ::...:::: ::. ::. .::: ... .. ... : .
CCDS61 FTFGSFARHGAWWENGVGCHVIGFLSIFASESSVFLLTLAALERGFSVKYSAKFETKAPF
550 560 570 580 590 600
540 550 560 570 580 590
pF1KB3 RHACAIMVGGWVCCFLLALLPLVGISSYAKVSICLPMDTETPLALAYIVFVLTLNIVAFV
.:.. . . .: .::.: :.:. .:::. : ...:.: .. :: . :.
CCDS61 SSLKVIILLCALLALTMAAVPLLGGSKYGASPLCLPLPFGEPSTMGYMVALILLNSLCFL
610 620 630 640 650 660
600 610 620 630 640 650
pF1KB3 IVCCCYVKIYITVRNPQYNPGDKDTKIAKRMAVLIFTDFICMAPISFYALSAILNKPLIT
.. :.:.: .. . . . . : ...:..:.:.::. : :..: ..:...: .:.
CCDS61 MMTIAYTKLYCNLDKGDLE-NIWDCSMVKHIALLLFTNCILNCPVAFLSFSSLINLTFIS
670 680 690 700 710 720
660 670 680 690 700 710
pF1KB3 VSNSKILLVLFYPLNSCANPFLYAIFTKAFQRDVFILLSKFGICKRQAQAYRGQRVPPKN
:..:.. :: .: ::.:: .:. :..:. : ..:. .. .. :
CCDS61 PEVIKFILLVVVPLPACLNPLLYILFNPHFKEDLVSL-------RKQTYVWTRSKHPSLM
730 740 750 760 770
720 730 740 750 760
pF1KB3 STDIQ-VQKVTHDMRQGLHNMEDVYELIENSHLTPKKQGQISEEYMQTVL
: . . :.: . : :.:
CCDS61 SINSDDVEKQSCDSTQALVTFTSSSITYDLPPSSVPSPAYPVTESCHLSSVAFVPCL
780 790 800 810 820 830
>>CCDS61194.1 LGR5 gene_id:8549|Hs108|chr12 (883 aa)
initn: 594 init1: 410 opt: 564 Z-score: 404.2 bits: 85.7 E(32554): 3.4e-16
Smith-Waterman score: 664; 24.7% identity (57.0% similar) in 684 aa overlap (53-732:235-844)
30 40 50 60 70 80
pF1KB3 GCSSPPCECHQEEDFRVTCKDIQRIPSLPPSTQTLKLIETHLRTIPSHAFSNLPNISRIY
: .:: : ..: .:. :. .: :.....
CCDS61 AFGNLSSLVVLHLHNNRIHSLGKKCFDGLHSLETLDLNYNNLDEFPT-AIRTLSNLKELH
210 220 230 240 250 260
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pF1KB3 VSIDVTLQQLESHSFYNLSKVTHIEIRNTRNLTYIDPDALKELPLLKFLGIFNTGLKMFP
: .: . .: .: .. . . .. ..: . :: : :. : . .. .. .:
CCDS61 F-YDNPIQFVGRSAFQHLPELRTLTLNGASQITEF-PD-LTGTANLESLTLTGAQISSLP
270 280 290 300 310 320
150 160 170 180 190 200
pF1KB3 DLTKVYSTDIFFILEITDNPYMTSIPVNAFQGLCNETLTLKLYNNGFTSVQGYAFNGT-K
. : . . .:... : . ..: .:. .:.. . : .: . .. .:. .
CCDS61 Q-TVCNQLPNLQVLDLSYN-LLEDLP--SFS-VCQKLQKIDLRHNEIYEIKVDTFQQLLS
330 340 350 360 370
210 220 230 240 250
pF1KB3 LDAVYLNKNKYLTVIDKDAFGGVYSGPSL--LDVSQTSVTALPSKGLEHLKELIARNTWT
: .. : :: ...: .::. . ::: ::.:.. ....: ::. : .: .. .
CCDS61 LRSLNLAWNK-IAIIHPNAFSTL---PSLIKLDLSSNLLSSFPITGLHGLTHLKLTGNHA
380 390 400 410 420 430
260 270 280 290 300 310
pF1KB3 LKKLPLSLSFLHLTRADLSYPSHCCAFKNQKKIRGILESLMCNESSMQSLRQRKSVNALN
:..: : .: .: .. : .:::: :. :... : . :. :.
CCDS61 LQSLISSENFPELKVIEMPYAYQCCAF-------GV-----CENAYKISNQWNKGDNSSM
440 450 460 470
320 330 340 350 360 370
pF1KB3 SPLHQEYEENLGDSIVGYKEKSKFQDTHNNAHYYVFFEEQEDEIIGFGQELKNPQEETLQ
. ::. :. . :: . .. :: .. : :: :.
CCDS61 DDLHK-------------KDAGMFQAQDE--------RDLEDFLLDF--------EEDLK
480 490 500 510
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pF1KB3 AFDSHYDYTICGDSEDMVCTPKSDEFNPCEDIMGYKFLRIVVWFVSLLALLGNVFVLLIL
:. : . :.:. :.::: .. ..:: :: ...::: :..: .
CCDS61 ALHS------------VQCSPSPGPFKPCEHLLDGWLIRIGVWTIAVLALTCNALVTSTV
520 530 540 550
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pF1KB3 LTSHYKLNVPRFLMCNLAFADFCMGMYLLLIASVDLYTHSEYYNHAIDWQTGPGCNTAGF
. : .. ..:. .: ... :. ..:.:: .: . . :. :..: ::.. ::
CCDS61 FRSPLYISPIKLLIGVIAAVNMLTGVSSAVLAGVDAFTFGSFARHGAWWENGVGCHVIGF
560 570 580 590 600 610
500 510 520 530 540 550
pF1KB3 FTVFASELSVYTLTVITLERWYAITFAMRLDRKIRLRHACAIMVGGWVCCFLLALLPLVG
...:::: ::. ::. .::: ... .. ... : . .:.. . . .: .::.:
CCDS61 LSIFASESSVFLLTLAALERGFSVKYSAKFETKAPFSSLKVIILLCALLALTMAAVPLLG
620 630 640 650 660 670
560 570 580 590 600 610
pF1KB3 ISSYAKVSICLPMDTETPLALAYIVFVLTLNIVAFVIVCCCYVKIYITVRNPQYNPGDKD
:.:. .:::. : ...:.: .. :: . :... :.:.: .. . . . . :
CCDS61 GSKYGASPLCLPLPFGEPSTMGYMVALILLNSLCFLMMTIAYTKLYCNLDKGDLE-NIWD
680 690 700 710 720 730
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