Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB3476
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3476, 723 aa
1>>>pF1KB3476 723 - 723 aa - 723 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6999+/-0.000916; mu= 17.9461+/- 0.055
mean_var=70.3557+/-13.778, 0's: 0 Z-trim(105.3): 16 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.152906
statistics sampled from 8339 (8352) to 8339 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.626), E-opt: 0.2 (0.257), width: 16
Scan time: 3.060
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS3899.1 TARS gene_id:6897|Hs108|chr5 ( 723) 4949 1101.3 0
CCDS58943.1 TARS gene_id:6897|Hs108|chr5 ( 756) 4209 938.1 0
CCDS10394.1 TARSL2 gene_id:123283|Hs108|chr15 ( 802) 3639 812.3 0
CCDS60252.1 TARS2 gene_id:80222|Hs108|chr1 ( 588) 1416 321.9 1.8e-87
CCDS60251.1 TARS2 gene_id:80222|Hs108|chr1 ( 636) 1416 321.9 1.9e-87
CCDS952.1 TARS2 gene_id:80222|Hs108|chr1 ( 718) 1416 321.9 2.1e-87
>>CCDS3899.1 TARS gene_id:6897|Hs108|chr5 (723 aa)
initn: 4949 init1: 4949 opt: 4949 Z-score: 5894.7 bits: 1101.3 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4949; 100.0% identity (100.0% similar) in 723 aa overlap (1-723:1-723)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MFEEKASSPSGKMGGEEKPIGAGEEKQKEGGKKKNKEGSGDGGRAELNPWPEYIYTRLEM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS38 MFEEKASSPSGKMGGEEKPIGAGEEKQKEGGKKKNKEGSGDGGRAELNPWPEYIYTRLEM
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 YNILKAEHDSILAEKAEKDSKPIKVTLPDGKQVDAESWKTTPYQIACGISQGLADNTVIA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS38 YNILKAEHDSILAEKAEKDSKPIKVTLPDGKQVDAESWKTTPYQIACGISQGLADNTVIA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 KVNNVVWDLDRPLEEDCTLELLKFEDEEAQAVYWHSSAHIMGEAMERVYGGCLCYGPPIE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS38 KVNNVVWDLDRPLEEDCTLELLKFEDEEAQAVYWHSSAHIMGEAMERVYGGCLCYGPPIE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 NGFYYDMYLEEGGVSSNDFSSLEALCKKIIKEKQAFERLEVKKETLLAMFKYNKFKCRIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS38 NGFYYDMYLEEGGVSSNDFSSLEALCKKIIKEKQAFERLEVKKETLLAMFKYNKFKCRIL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 NEKVNTPTTTVYRCGPLIDLCRGPHVRHTGKIKALKIHKNSSTYWEGKADMETLQRIYGI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS38 NEKVNTPTTTVYRCGPLIDLCRGPHVRHTGKIKALKIHKNSSTYWEGKADMETLQRIYGI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 SFPDPKMLKEWEKFQEEAKNRDHRKIGRDQELYFFHELSPGSCFFLPKGAYIYNALIEFI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS38 SFPDPKMLKEWEKFQEEAKNRDHRKIGRDQELYFFHELSPGSCFFLPKGAYIYNALIEFI
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 RSEYRKRGFQEVVTPNIFNSRLWMTSGHWQHYSENMFSFEVEKELFALKPMNCPGHCLMF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS38 RSEYRKRGFQEVVTPNIFNSRLWMTSGHWQHYSENMFSFEVEKELFALKPMNCPGHCLMF
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 DHRPRSWRELPLRLADFGVLHRNELSGALTGLTRVRRFQQDDAHIFCAMEQIEDEIKGCL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS38 DHRPRSWRELPLRLADFGVLHRNELSGALTGLTRVRRFQQDDAHIFCAMEQIEDEIKGCL
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 DFLRTVYSVFGFSFKLNLSTRPEKFLGDIEVWDQAEKQLENSLNEFGEKWELNSGDGAFY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS38 DFLRTVYSVFGFSFKLNLSTRPEKFLGDIEVWDQAEKQLENSLNEFGEKWELNSGDGAFY
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 GPKIDIQIKDAIGRYHQCATIQLDFQLPIRFNLTYVSHDGDDKKRPVIVHRAILGSVERM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS38 GPKIDIQIKDAIGRYHQCATIQLDFQLPIRFNLTYVSHDGDDKKRPVIVHRAILGSVERM
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 IAILTENYGGKWPFWLSPRQVMVVPVGPTCDEYAQKVRQQFHDAKFMADIDLDPGCTLNK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS38 IAILTENYGGKWPFWLSPRQVMVVPVGPTCDEYAQKVRQQFHDAKFMADIDLDPGCTLNK
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB3 KIRNAQLAQYNFILVVGEKEKISGTVNIRTRDNKVHGERTISETIERLQQLKEFRSKQAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS38 KIRNAQLAQYNFILVVGEKEKISGTVNIRTRDNKVHGERTISETIERLQQLKEFRSKQAE
670 680 690 700 710 720
pF1KB3 EEF
:::
CCDS38 EEF
>>CCDS58943.1 TARS gene_id:6897|Hs108|chr5 (756 aa)
initn: 4209 init1: 4209 opt: 4209 Z-score: 5012.2 bits: 938.1 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4866; 95.6% identity (95.6% similar) in 755 aa overlap (2-723:2-756)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MFEEKASSPSGKMGGEEKPIGAGEEKQKEGGKKKNKEGSGDGGRAELNPWPEYIYTRLEM
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 MFEEKASSPSGKMGGEEKPIGAGEEKQKEGGKKKNKEGSGDGGRAELNPWPEYIYTRLEM
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KB3 YNILKAEHDSILAEKAEKDSKPIKVTLPDGKQVDAESWKTTPYQIACGIS----------
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 YNILKAEHDSILAEKAEKDSKPIKVTLPDGKQVDAESWKTTPYQIACGISHTASCKNLSS
70 80 90 100 110 120
120 130 140
pF1KB3 -----------------------QGLADNTVIAKVNNVVWDLDRPLEEDCTLELLKFEDE
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 LASLLASVAIPSSGMPWPPLFFLQGLADNTVIAKVNNVVWDLDRPLEEDCTLELLKFEDE
130 140 150 160 170 180
150 160 170 180 190 200
pF1KB3 EAQAVYWHSSAHIMGEAMERVYGGCLCYGPPIENGFYYDMYLEEGGVSSNDFSSLEALCK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 EAQAVYWHSSAHIMGEAMERVYGGCLCYGPPIENGFYYDMYLEEGGVSSNDFSSLEALCK
190 200 210 220 230 240
210 220 230 240 250 260
pF1KB3 KIIKEKQAFERLEVKKETLLAMFKYNKFKCRILNEKVNTPTTTVYRCGPLIDLCRGPHVR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 KIIKEKQAFERLEVKKETLLAMFKYNKFKCRILNEKVNTPTTTVYRCGPLIDLCRGPHVR
250 260 270 280 290 300
270 280 290 300 310 320
pF1KB3 HTGKIKALKIHKNSSTYWEGKADMETLQRIYGISFPDPKMLKEWEKFQEEAKNRDHRKIG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 HTGKIKALKIHKNSSTYWEGKADMETLQRIYGISFPDPKMLKEWEKFQEEAKNRDHRKIG
310 320 330 340 350 360
330 340 350 360 370 380
pF1KB3 RDQELYFFHELSPGSCFFLPKGAYIYNALIEFIRSEYRKRGFQEVVTPNIFNSRLWMTSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 RDQELYFFHELSPGSCFFLPKGAYIYNALIEFIRSEYRKRGFQEVVTPNIFNSRLWMTSG
370 380 390 400 410 420
390 400 410 420 430 440
pF1KB3 HWQHYSENMFSFEVEKELFALKPMNCPGHCLMFDHRPRSWRELPLRLADFGVLHRNELSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 HWQHYSENMFSFEVEKELFALKPMNCPGHCLMFDHRPRSWRELPLRLADFGVLHRNELSG
430 440 450 460 470 480
450 460 470 480 490 500
pF1KB3 ALTGLTRVRRFQQDDAHIFCAMEQIEDEIKGCLDFLRTVYSVFGFSFKLNLSTRPEKFLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 ALTGLTRVRRFQQDDAHIFCAMEQIEDEIKGCLDFLRTVYSVFGFSFKLNLSTRPEKFLG
490 500 510 520 530 540
510 520 530 540 550 560
pF1KB3 DIEVWDQAEKQLENSLNEFGEKWELNSGDGAFYGPKIDIQIKDAIGRYHQCATIQLDFQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 DIEVWDQAEKQLENSLNEFGEKWELNSGDGAFYGPKIDIQIKDAIGRYHQCATIQLDFQL
550 560 570 580 590 600
570 580 590 600 610 620
pF1KB3 PIRFNLTYVSHDGDDKKRPVIVHRAILGSVERMIAILTENYGGKWPFWLSPRQVMVVPVG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 PIRFNLTYVSHDGDDKKRPVIVHRAILGSVERMIAILTENYGGKWPFWLSPRQVMVVPVG
610 620 630 640 650 660
630 640 650 660 670 680
pF1KB3 PTCDEYAQKVRQQFHDAKFMADIDLDPGCTLNKKIRNAQLAQYNFILVVGEKEKISGTVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 PTCDEYAQKVRQQFHDAKFMADIDLDPGCTLNKKIRNAQLAQYNFILVVGEKEKISGTVN
670 680 690 700 710 720
690 700 710 720
pF1KB3 IRTRDNKVHGERTISETIERLQQLKEFRSKQAEEEF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 IRTRDNKVHGERTISETIERLQQLKEFRSKQAEEEF
730 740 750
>>CCDS10394.1 TARSL2 gene_id:123283|Hs108|chr15 (802 aa)
initn: 3632 init1: 3535 opt: 3639 Z-score: 4332.2 bits: 812.3 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 3639; 71.7% identity (89.3% similar) in 722 aa overlap (4-723:86-802)
10 20 30
pF1KB3 MFEEKASSPSGKMGGEEKPIGAGEEKQKEGGKK
:.: ... .: . : .. ..:. ::
CCDS10 QLRAENCDLRHRLCSLRLCLAEERSRQATLESAELEAAQEAGAQPP--PSQSQDKDMKKK
60 70 80 90 100 110
40 50 60 70 80 90
pF1KB3 KNKEGSGDGGRAELNPWPEYIYTRLEMYNILKAEHDSILAEKAEKD--SKPIKVTLPDGK
: ::. .: .:.. : .: ::....::: .:. .:: ..: :. : : . ::.
CCDS10 KMKESEAD---SEVKHQPIFIKERLKLFEILKKDHQLLLAIYGKKGDTSNIITVRVADGQ
120 130 140 150 160 170
100 110 120 130 140 150
pF1KB3 QVDAESWKTTPYQIACGISQGLADNTVIAKVNNVVWDLDRPLEEDCTLELLKFEDEEAQA
:..: :::::::.: ::: ::..:::::::. .:::::::: : .:::: :..:::::
CCDS10 TVQGEVWKTTPYQVAAEISQELAESTVIAKVNGELWDLDRPLEGDSSLELLTFDNEEAQA
180 190 200 210 220 230
160 170 180 190 200 210
pF1KB3 VYWHSSAHIMGEAMERVYGGCLCYGPPIENGFYYDMYLEEGGVSSNDFSSLEALCKKIIK
:::::::::.::::: ::: :::::::::::::::..:. .:::...:.:: .:: :::
CCDS10 VYWHSSAHILGEAMELYYGGHLCYGPPIENGFYYDMFIEDRAVSSTELSALENICKAIIK
240 250 260 270 280 290
220 230 240 250 260 270
pF1KB3 EKQAFERLEVKKETLLAMFKYNKFKCRILNEKVNTPTTTVYRCGPLIDLCRGPHVRHTGK
::: ::::::.:: :: :::::::::::::::::: ::::::::::::::.:::::::::
CCDS10 EKQPFERLEVSKEILLEMFKYNKFKCRILNEKVNTATTTVYRCGPLIDLCKGPHVRHTGK
300 310 320 330 340 350
280 290 300 310 320 330
pF1KB3 IKALKIHKNSSTYWEGKADMETLQRIYGISFPDPKMLKEWEKFQEEAKNRDHRKIGRDQE
::..:: :::::::::. .:::::::::::::: ::...:::::::::::::::::..::
CCDS10 IKTIKIFKNSSTYWEGNPEMETLQRIYGISFPDNKMMRDWEKFQEEAKNRDHRKIGKEQE
360 370 380 390 400 410
340 350 360 370 380 390
pF1KB3 LYFFHELSPGSCFFLPKGAYIYNALIEFIRSEYRKRGFQEVVTPNIFNSRLWMTSGHWQH
:.:::.::::::::::.::.:::.: .::: ::.:: : ::..::..::.:: .::::::
CCDS10 LFFFHDLSPGSCFFLPRGAFIYNTLTDFIREEYHKRDFTEVLSPNMYNSKLWEASGHWQH
420 430 440 450 460 470
400 410 420 430 440 450
pF1KB3 YSENMFSFEVEKELFALKPMNCPGHCLMFDHRPRSWRELPLRLADFGVLHRNELSGALTG
::::::.::.::. ::::::::::::::: ::::::::.:.:.:::::::::::::.:.:
CCDS10 YSENMFTFEIEKDTFALKPMNCPGHCLMFAHRPRSWREMPIRFADFGVLHRNELSGTLSG
480 490 500 510 520 530
460 470 480 490 500 510
pF1KB3 LTRVRRFQQDDAHIFCAMEQIEDEIKGCLDFLRTVYSVFGFSFKLNLSTRPEKFLGDIEV
::::::::::::::::..::::.::::::.::..:::.:::::.::::::::.:::.::.
CCDS10 LTRVRRFQQDDAHIFCTVEQIEEEIKGCLQFLQSVYSTFGFSFQLNLSTRPENFLGEIEM
540 550 560 570 580 590
520 530 540 550 560 570
pF1KB3 WDQAEKQLENSLNEFGEKWELNSGDGAFYGPKIDIQIKDAIGRYHQCATIQLDFQLPIRF
:..:::::.::: .::: :..: ::::::::::::.::::::::::::::::::::::::
CCDS10 WNEAEKQLQNSLMDFGEPWKMNPGDGAFYGPKIDIKIKDAIGRYHQCATIQLDFQLPIRF
600 610 620 630 640 650
580 590 600 610 620 630
pF1KB3 NLTYVSHDGDDKKRPVIVHRAILGSVERMIAILTENYGGKWPFWLSPRQVMVVPVGPTCD
::::::.::::::::::.:::::::::::::::.::::::::::::::::::.::::::.
CCDS10 NLTYVSKDGDDKKRPVIIHRAILGSVERMIAILSENYGGKWPFWLSPRQVMVIPVGPTCE
660 670 680 690 700 710
640 650 660 670 680 690
pF1KB3 EYAQKVRQQFHDAKFMADIDLDPGCTLNKKIRNAQLAQYNFILVVGEKEKISGTVNIRTR
.:: .: ..: . ::::.::: .:::::::::::::::::::::::::::...::.:::
CCDS10 KYALQVSSEFFEEGFMADVDLDHSCTLNKKIRNAQLAQYNFILVVGEKEKIDNAVNVRTR
720 730 740 750 760 770
700 710 720
pF1KB3 DNKVHGERTISETIERLQQLKEFRSKQAEEEF
:::.::: .. .:..:..:.. :. .::: :
CCDS10 DNKIHGEILVTSAIDKLKNLRKTRTLNAEEAF
780 790 800
>>CCDS60252.1 TARS2 gene_id:80222|Hs108|chr1 (588 aa)
initn: 2094 init1: 919 opt: 1416 Z-score: 1684.0 bits: 321.9 E(32554): 1.8e-87
Smith-Waterman score: 1782; 42.8% identity (63.8% similar) in 691 aa overlap (51-723:29-588)
30 40 50 60 70 80
pF1KB3 GAGEEKQKEGGKKKNKEGSGDGGRAELNPWPEYIYTRLEMYNILKAEHDSILAEKAEKDS
:... :: ... : : . . :: :.:.
CCDS60 MALYQRWRCLRLQGLQACRLHTAVVSTPPRWLAERLGLFEELWAAQVKRLASMAQKEP
10 20 30 40 50
90 100 110 120 130 140
pF1KB3 KPIKVTLPDGKQVDAESWKTTPYQIACGISQGLADNTVIAKVNNVVWDLDRPLEEDCTLE
. ::..:: :...:: .:.:::::.: ::. :::..: :.::. .::.:::: : :.
CCDS60 RTIKISLPGGQKIDAVAWNTTPYQLARQISSTLADTAVAAQVNGEPYDLERPLETDSDLR
60 70 80 90 100 110
150 160 170 180 190
pF1KB3 LLKFEDEEAQAVYWHSSAHIMGEAMERVYGGCLCYGPPIENGFYYDMYL-EEGGVSSNDF
.: :.. :..::.::::.:..: : :. :. :: :: : :::.:..: .: . ....
CCDS60 FLTFDSPEGKAVFWHSSTHVLGAAAEQFLGAVLCRGPSTEYGFYHDFFLGKERTIRGSEL
120 130 140 150 160 170
200 210 220 230 240 250
pF1KB3 SSLEALCKKIIKEKQAFERLEVKKETLLAMFKYNKFKCRILNEKVNTPTTTVYRCGPLID
:: .:... . :.:::.... : .::
CCDS60 PVLERICQELTAAARPFRRLEASRDQLRQLFK----------------------------
180 190 200 210
260 270 280 290 300 310
pF1KB3 LCRGPHVRHTGKIKALKIHKNSSTYWEGKADMETLQRIYGISFPDPKMLKEWEKFQEEAK
CCDS60 ------------------------------------------------------------
320 330 340 350 360 370
pF1KB3 NRDHRKIGRDQELYFFHELSPGSCFFLPKGAYIYNALIEFIRSEYRKRGFQEVVTPNIFN
.:: .:::.:: ::..:.
CCDS60 ------------------------------------------AEYAHRGFSEVKTPTLFS
220
380 390 400 410 420
pF1KB3 SRLWMTSGHWQHYSENMFSFEVE-----------------KELFALKPMNCPGHCLMFDH
..:: ::::.::.:.::. . . .::::::::.::::: :
CCDS60 TKLWEQSGHWEHYQEDMFAVQPPGSDRPPSSQSDDSTRHITDTLALKPMNCPAHCLMFAH
230 240 250 260 270 280
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 RPRSWRELPLRLADFGVLHRNELSGALTGLTRVRRFQQDDAHIFCAMEQIEDEIKGCLDF
::::::::::::::::.::: : ::.: ::::.: ::::::::::. .:.: ::..::::
CCDS60 RPRSWRELPLRLADFGALHRAEASGGLGGLTRLRCFQQDDAHIFCTTDQLEAEIQSCLDF
290 300 310 320 330 340
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 LRTVYSVFGFSFKLNLSTRPEKFLGDIEVWDQAEKQLENSLNEFGEKWELNSGDGAFYGP
::.::.:.::::.: ::::: :::: .:::::. :...:.:::: :.:::::::::::
CCDS60 LRSVYAVLGFSFRLALSTRPSGFLGDPCLWDQAEQVLKQALKEFGEPWDLNSGDGAFYGP
350 360 370 380 390 400
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 KIDIQIKDAIGRYHQCATIQLDFQLPIRFNLTYVSHDGDDKKRPVIVHRAILGSVERMIA
:::....::.:: :::.:::::::::.::.: : .. : .:::..:::.::::::...
CCDS60 KIDVHLHDALGRPHQCGTIQLDFQLPLRFDLQYKGQAGA-LERPVLIHRAVLGSVERLLG
410 420 430 440 450 460
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 ILTENYGGKWPFWLSPRQVMVVPVGPTCDEYAQKVRQQFHDAKFMADIDLDPGCTLNKKI
.:.:. :::::.:::: ::.:.::: .:::....:... : ...:.: : : ::...:
CCDS60 VLAESCGGKWPLWLSPFQVVVIPVGSEQEEYAKEAQQSLRAAGLVSDLDADSGLTLSRRI
470 480 490 500 510 520
670 680 690 700 710 720
pF1KB3 RNAQLAQYNFILVVGEKEKISGTVNIRTRDNKVHGERTISETIERLQQLKEFRSKQAEEE
: ::::.::: .:::.::. . :::::::::. :: . :...:: .:.. : .:::
CCDS60 RRAQLAHYNFQFVVGQKEQSKRTVNIRTRDNRRLGEWDLPEAVQRLVELQNTRVPNAEEI
530 540 550 560 570 580
pF1KB3 F
:
CCDS60 F
>>CCDS60251.1 TARS2 gene_id:80222|Hs108|chr1 (636 aa)
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Smith-Waterman score: 2076; 46.7% identity (69.6% similar) in 691 aa overlap (51-723:29-636)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]