Result of FASTA (omim) for
pFN21AB3224
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3224, 747 aa
1>>>pF1KB3224 747 - 747 aa - 747 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.8653+/-0.000416; mu= 12.2870+/- 0.026
mean_var=100.4185+/-20.606, 0's: 0 Z-trim(113.7): 167 B-trim: 509 in 1/50
Lambda= 0.127987
statistics sampled from 22863 (23092) to 22863 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.622), E-opt: 0.2 (0.271), width: 16
Scan time: 11.610
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_073613 (OMIM: 606739) oxysterol-binding protein ( 747) 4990 932.5 0
NP_060254 (OMIM: 606738) oxysterol-binding protein ( 764) 2661 502.5 2.6e-141
XP_005264900 (OMIM: 606738) PREDICTED: oxysterol-b ( 769) 2574 486.4 1.8e-136
XP_016861156 (OMIM: 606738) PREDICTED: oxysterol-b ( 632) 2276 431.4 5.6e-120
XP_011531628 (OMIM: 606738) PREDICTED: oxysterol-b ( 632) 2276 431.4 5.6e-120
XP_016861157 (OMIM: 606738) PREDICTED: oxysterol-b ( 632) 2276 431.4 5.6e-120
NP_001167531 (OMIM: 606738) oxysterol-binding prot ( 700) 2139 406.1 2.5e-112
XP_016861158 (OMIM: 606738) PREDICTED: oxysterol-b ( 596) 2136 405.5 3.2e-112
XP_005264901 (OMIM: 606738) PREDICTED: oxysterol-b ( 705) 2052 390.0 1.7e-107
XP_016861159 (OMIM: 606738) PREDICTED: oxysterol-b ( 551) 2047 389.1 2.7e-107
XP_005264902 (OMIM: 606738) PREDICTED: oxysterol-b ( 428) 1903 362.4 2.1e-99
XP_016855714 (OMIM: 606737) PREDICTED: oxysterol-b ( 521) 955 187.4 1.3e-46
XP_016855711 (OMIM: 606737) PREDICTED: oxysterol-b ( 550) 955 187.4 1.3e-46
XP_016855712 (OMIM: 606737) PREDICTED: oxysterol-b ( 550) 955 187.4 1.3e-46
XP_016855713 (OMIM: 606737) PREDICTED: oxysterol-b ( 550) 955 187.4 1.3e-46
XP_016855710 (OMIM: 606737) PREDICTED: oxysterol-b ( 558) 955 187.4 1.3e-46
XP_016855708 (OMIM: 606737) PREDICTED: oxysterol-b ( 558) 955 187.4 1.3e-46
XP_006710389 (OMIM: 606737) PREDICTED: oxysterol-b ( 558) 955 187.4 1.3e-46
NP_683702 (OMIM: 606737) oxysterol-binding protein ( 558) 955 187.4 1.3e-46
NP_683703 (OMIM: 606737) oxysterol-binding protein ( 558) 955 187.4 1.3e-46
XP_016855709 (OMIM: 606737) PREDICTED: oxysterol-b ( 558) 955 187.4 1.3e-46
XP_006710387 (OMIM: 606737) PREDICTED: oxysterol-b ( 558) 955 187.4 1.3e-46
XP_006710388 (OMIM: 606737) PREDICTED: oxysterol-b ( 558) 955 187.4 1.3e-46
NP_001317509 (OMIM: 606737) oxysterol-binding prot ( 571) 955 187.4 1.4e-46
XP_011538905 (OMIM: 606737) PREDICTED: oxysterol-b ( 571) 955 187.4 1.4e-46
XP_006710386 (OMIM: 606737) PREDICTED: oxysterol-b ( 571) 955 187.4 1.4e-46
XP_011538906 (OMIM: 606737) PREDICTED: oxysterol-b ( 571) 955 187.4 1.4e-46
NP_683705 (OMIM: 606737) oxysterol-binding protein ( 626) 955 187.5 1.5e-46
XP_006710384 (OMIM: 606737) PREDICTED: oxysterol-b ( 629) 955 187.5 1.5e-46
XP_006710383 (OMIM: 606737) PREDICTED: oxysterol-b ( 639) 955 187.5 1.5e-46
XP_011538904 (OMIM: 606737) PREDICTED: oxysterol-b ( 695) 955 187.5 1.6e-46
XP_016855707 (OMIM: 606737) PREDICTED: oxysterol-b ( 713) 955 187.5 1.7e-46
NP_683704 (OMIM: 606737) oxysterol-binding protein ( 719) 955 187.5 1.7e-46
NP_683706 (OMIM: 606737) oxysterol-binding protein ( 723) 955 187.5 1.7e-46
XP_006710381 (OMIM: 606737) PREDICTED: oxysterol-b ( 726) 955 187.5 1.7e-46
NP_078862 (OMIM: 606737) oxysterol-binding protein ( 736) 955 187.5 1.7e-46
XP_011538903 (OMIM: 606737) PREDICTED: oxysterol-b ( 736) 955 187.5 1.7e-46
NP_683707 (OMIM: 606737) oxysterol-binding protein ( 746) 955 187.5 1.7e-46
XP_011538902 (OMIM: 606737) PREDICTED: oxysterol-b ( 749) 955 187.5 1.7e-46
XP_011538901 (OMIM: 606737) PREDICTED: oxysterol-b ( 759) 955 187.5 1.8e-46
NP_001137535 (OMIM: 606733) oxysterol-binding prot ( 811) 511 105.5 8.9e-22
NP_663613 (OMIM: 606733) oxysterol-binding protein ( 811) 511 105.5 8.9e-22
NP_065947 (OMIM: 606733) oxysterol-binding protein ( 879) 511 105.5 9.5e-22
XP_016872652 (OMIM: 606733) PREDICTED: oxysterol-b ( 879) 511 105.5 9.5e-22
XP_011518175 (OMIM: 606733) PREDICTED: oxysterol-b ( 879) 511 105.5 9.5e-22
XP_016872653 (OMIM: 606733) PREDICTED: oxysterol-b ( 509) 506 104.5 1.1e-21
NP_001306581 (OMIM: 606736) oxysterol-binding prot ( 847) 479 99.6 5.5e-20
NP_001003712 (OMIM: 606736) oxysterol-binding prot ( 847) 479 99.6 5.5e-20
XP_006719287 (OMIM: 606736) PREDICTED: oxysterol-b ( 847) 479 99.6 5.5e-20
NP_001306584 (OMIM: 606736) oxysterol-binding prot ( 864) 479 99.6 5.6e-20
>>NP_073613 (OMIM: 606739) oxysterol-binding protein-rel (747 aa)
initn: 4990 init1: 4990 opt: 4990 Z-score: 4982.2 bits: 932.5 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4990; 100.0% identity (100.0% similar) in 747 aa overlap (1-747:1-747)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MQGGEPVSTMKVSESEGKLEGQATAVTPNKNSSCGGGISSSSSSRGGSAKGWQYSDHMEN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_073 MQGGEPVSTMKVSESEGKLEGQATAVTPNKNSSCGGGISSSSSSRGGSAKGWQYSDHMEN
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 VYGYLMKYTNLVTGWQYRFFVLNNEAGLLEYFVNEQSRNQKPRGTLQLAGAVISPSDEDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_073 VYGYLMKYTNLVTGWQYRFFVLNNEAGLLEYFVNEQSRNQKPRGTLQLAGAVISPSDEDS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 HTFTVNAASGEQYKLRATDAKERQHWVSRLQICTQHHTEAIGKNNPPLKSRSFSLASSSN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_073 HTFTVNAASGEQYKLRATDAKERQHWVSRLQICTQHHTEAIGKNNPPLKSRSFSLASSSN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 SPISQRRPSQNAISFFNVGHSKLQSLSKRTNLPPDHLVEVREMMSHAEGQQRDLIRRIEC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_073 SPISQRRPSQNAISFFNVGHSKLQSLSKRTNLPPDHLVEVREMMSHAEGQQRDLIRRIEC
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 LPTSGHLSSLDQDLLMLKATSMATMNCLNDCFHILQLQHASHQKGSLPSGTTIEWLEPKI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_073 LPTSGHLSSLDQDLLMLKATSMATMNCLNDCFHILQLQHASHQKGSLPSGTTIEWLEPKI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 SLSNHYKNGADQPFATDQSKPVAVPEEQPVAESGLLAREPEEINADDEIEDTCDHKEDDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_073 SLSNHYKNGADQPFATDQSKPVAVPEEQPVAESGLLAREPEEINADDEIEDTCDHKEDDL
310 320 330 340 350 360
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pF1KB3 GAVEEQRSVILHLLSQLKLGMDLTRVVLPTFILEKRSLLEMYADFMSHPDLFIAITNGAT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_073 GAVEEQRSVILHLLSQLKLGMDLTRVVLPTFILEKRSLLEMYADFMSHPDLFIAITNGAT
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 AEDRMIRFVEYYLTSFHEGRKGAIAKKPYNPIIGETFHCSWKMPKSEVASSVFSSSSTQG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_073 AEDRMIRFVEYYLTSFHEGRKGAIAKKPYNPIIGETFHCSWKMPKSEVASSVFSSSSTQG
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pF1KB3 VTNHAPLSGESLTQVGSDCYTVRFVAEQVSHHPPVSGFYAECTERKMCVNAHVWTKSKFL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_073 VTNHAPLSGESLTQVGSDCYTVRFVAEQVSHHPPVSGFYAECTERKMCVNAHVWTKSKFL
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pF1KB3 GMSIGVTMVGEGILSLLEHGEEYTFSLPCAYARSILTVPWVELGGKVSVNCAKTGYSASI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_073 GMSIGVTMVGEGILSLLEHGEEYTFSLPCAYARSILTVPWVELGGKVSVNCAKTGYSASI
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 TFHTKPFYGGKLHRVTAEVKHNITNTVVCRVQGEWNSVLEFTYSNGETKYVDLTKLAVTK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_073 TFHTKPFYGGKLHRVTAEVKHNITNTVVCRVQGEWNSVLEFTYSNGETKYVDLTKLAVTK
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670 680 690 700 710 720
pF1KB3 KRVRPLEKQDPFESRRLWKNVTDSLRESEIDKATEHKHTLEERQRTEERHRTETGTPWKT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_073 KRVRPLEKQDPFESRRLWKNVTDSLRESEIDKATEHKHTLEERQRTEERHRTETGTPWKT
670 680 690 700 710 720
730 740
pF1KB3 KYFIKEGDGWVYHKPLWKIIPTTQPAE
:::::::::::::::::::::::::::
NP_073 KYFIKEGDGWVYHKPLWKIIPTTQPAE
730 740
>>NP_060254 (OMIM: 606738) oxysterol-binding protein-rel (764 aa)
initn: 2669 init1: 1262 opt: 2661 Z-score: 2657.9 bits: 502.5 E(85289): 2.6e-141
Smith-Waterman score: 2661; 55.4% identity (77.9% similar) in 734 aa overlap (19-738:35-762)
10 20 30 40
pF1KB3 MQGGEPVSTMKVSESEGKLEGQATAVTPNKNSSCGGGISSSSSSRGGS
: :.... . ::: :: .: ..:
NP_060 VQGTDGGGGSNSSSRSSSRATSAGSSPSCSLAGRGVSSRSAAAGLGGGGSRSSPGSVAAS
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pF1KB3 AKGWQYSDHMENVYGYLMKYTNLVTGWQYRFFVLNNEAGLLEYFVNEQSRNQKPRGTLQL
.: . . : : :::::. ::: :.:::. :::.:.:::::::..:::::.:.:
NP_060 PSGGGGRRREPALEGVLSKYTNLLQGWQNRYFVLDFEAGILQYFVNEQSKHQKPRGVLSL
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110 120 130 140 150 160
pF1KB3 AGAVISPSDEDSHTFTVNAASGEQYKLRATDAKERQHWVSRLQICTQHHTEAIGKNNPPL
.::..: ::: : ..: .:.::..::::.::::.: ::..:. :...: : .:. :
NP_060 SGAIVSLSDEAPHMLVVYSANGEMFKLRAADAKEKQFWVTQLRACAKYHMEMNSKSAPSS
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170 180 190 200 210 220
pF1KB3 KSRSFSL----ASSSNSPISQRRPSQNAISFFNVGHSKLQSLSKRTNLP-PDHLVEVREM
.:::..: . .: :: :::. : .: . .. : : . ..:.. .: :::::
NP_060 RSRSLTLLPHGTPNSASPCSQRHLSVGAPGVVTITHHKSPAAARRAKSQYSGQLHEVREM
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KB3 MSHAEGQQRDLIRRIECLPTSGHLSSLDQDLLMLKATSMATMNCLNDCFHILQLQ-HASH
:...::::..:.. :: :: :: :..::::::.::::: ::..::..:...:: . : .
NP_060 MNQVEGQQKNLVHAIESLPGSGPLTALDQDLLLLKATSAATLSCLGECLNLLQQSVHQAG
250 260 270 280 290 300
290 300 310 320 330
pF1KB3 QKGSLPSGTT--IEWLEPKISLSNHYKNGA--DQPFATDQSKPVAVPEEQPVAESGLLAR
: .. :... . : : ... :::. . : :. . . .:. ...
NP_060 QPSQKPGASENILGWHGSKSHSTEQLKNGTLGSLPSASANITWAILPNSAEDEQTSQPEP
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340 350 360 370 380 390
pF1KB3 EP----EEINADDEIEDTCDHKEDDLGAVEEQRSVILHLLSQLKLGMDLTRVVLPTFILE
:: : . ..:: :. :..: .::..:.:::.::::.::::::::::.:::::::::
NP_060 EPNSGSELVLSEDEKSDNEDKEETELGVMEDQRSIILHLISQLKLGMDLTKVVLPTFILE
370 380 390 400 410 420
400 410 420 430 440 450
pF1KB3 KRSLLEMYADFMSHPDLFIAITNGATAEDRMIRFVEYYLTSFHEGRKGAIAKKPYNPIIG
::::::::::::.::::..::: ::: :.:.: :::::::.::::::::.::::::::::
NP_060 KRSLLEMYADFMAHPDLLLAITAGATPEERVICFVEYYLTAFHEGRKGALAKKPYNPIIG
430 440 450 460 470 480
460 470 480 490 500 510
pF1KB3 ETFHCSWKMPKSEVASSVFSSSSTQGVTNHAPLSGESLTQVGSDCYTVRFVAEQVSHHPP
:::::::..::..: . .: : . .: :.. . : : .::::::::::::
NP_060 ETFHCSWEVPKDRVKPKRTASRSPASCHEH-PMADDP-----SKSYKLRFVAEQVSHHPP
490 500 510 520 530
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pF1KB3 VSGFYAECTERKMCVNAHVWTKSKFLGMSIGVTMVGEGILSLLEHGEEYTFSLPCAYARS
.: :: :: :...:::.::::::::.:::.::.:.:::.: ::::::::.:.:: :::::
NP_060 ISCFYCECEEKRLCVNTHVWTKSKFMGMSVGVSMIGEGVLRLLEHGEEYVFTLPSAYARS
540 550 560 570 580 590
580 590 600 610 620 630
pF1KB3 ILTVPWVELGGKVSVNCAKTGYSASITFHTKPFYGGKLHRVTAEVKHNITNTVVCRVQGE
:::.::::::::::.:::::::::.. ::::::::::.:::::::::: :::.::...::
NP_060 ILTIPWVELGGKVSINCAKTGYSATVIFHTKPFYGGKVHRVTAEVKHNPTNTIVCKAHGE
600 610 620 630 640 650
640 650 660 670 680 690
pF1KB3 WNSVLEFTYSNGETKYVDLTKLAVTKKRVRPLEKQDPFESRRLWKNVTDSLRESEIDKAT
::..:::::.::::: .: : : : :..:::::: :.::: ::..:: :: ..:: ::
NP_060 WNGTLEFTYNNGETKVIDTTTLPVYPKKIRPLEKQGPMESRNLWREVTRYLRLGDIDAAT
660 670 680 690 700 710
700 710 720 730 740
pF1KB3 EHKHTLEERQRTEERHRTETGTPWKTKYFIKEGDGWVYHKPLWKIIPTTQPAE
:.:. :::.::.:::.: . :::: ::::.::::::: .::::
NP_060 EQKRHLEEKQRVEERKRENLRTPWKPKYFIQEGDGWVYFNPLWKAH
720 730 740 750 760
>>XP_005264900 (OMIM: 606738) PREDICTED: oxysterol-bindi (769 aa)
initn: 2582 init1: 1175 opt: 2574 Z-score: 2571.0 bits: 486.4 E(85289): 1.8e-136
Smith-Waterman score: 2574; 55.0% identity (77.7% similar) in 722 aa overlap (19-726:35-750)
10 20 30 40
pF1KB3 MQGGEPVSTMKVSESEGKLEGQATAVTPNKNSSCGGGISSSSSSRGGS
: :.... . ::: :: .: ..:
XP_005 VQGTDGGGGSNSSSRSSSRATSAGSSPSCSLAGRGVSSRSAAAGLGGGGSRSSPGSVAAS
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB3 AKGWQYSDHMENVYGYLMKYTNLVTGWQYRFFVLNNEAGLLEYFVNEQSRNQKPRGTLQL
.: . . : : :::::. ::: :.:::. :::.:.:::::::..:::::.:.:
XP_005 PSGGGGRRREPALEGVLSKYTNLLQGWQNRYFVLDFEAGILQYFVNEQSKHQKPRGVLSL
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KB3 AGAVISPSDEDSHTFTVNAASGEQYKLRATDAKERQHWVSRLQICTQHHTEAIGKNNPPL
.::..: ::: : ..: .:.::..::::.::::.: ::..:. :...: : .:. :
XP_005 SGAIVSLSDEAPHMLVVYSANGEMFKLRAADAKEKQFWVTQLRACAKYHMEMNSKSAPSS
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KB3 KSRSFSL----ASSSNSPISQRRPSQNAISFFNVGHSKLQSLSKRTNLP-PDHLVEVREM
.:::..: . .: :: :::. : .: . .. : : . ..:.. .: :::::
XP_005 RSRSLTLLPHGTPNSASPCSQRHLSVGAPGVVTITHHKSPAAARRAKSQYSGQLHEVREM
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KB3 MSHAEGQQRDLIRRIECLPTSGHLSSLDQDLLMLKATSMATMNCLNDCFHILQLQ-HASH
:...::::..:.. :: :: :: :..::::::.::::: ::..::..:...:: . : .
XP_005 MNQVEGQQKNLVHAIESLPGSGPLTALDQDLLLLKATSAATLSCLGECLNLLQQSVHQAG
250 260 270 280 290 300
290 300 310 320 330
pF1KB3 QKGSLPSGTT--IEWLEPKISLSNHYKNGA--DQPFATDQSKPVAVPEEQPVAESGLLAR
: .. :... . : : ... :::. . : :. . . .:. ...
XP_005 QPSQKPGASENILGWHGSKSHSTEQLKNGTLGSLPSASANITWAILPNSAEDEQTSQPEP
310 320 330 340 350 360
340 350 360 370 380 390
pF1KB3 EP----EEINADDEIEDTCDHKEDDLGAVEEQRSVILHLLSQLKLGMDLTRVVLPTFILE
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pF1KB3 IIPTTQPAE
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pF1KB3 CTQHHTEAIGKNNPPLKSRSFSL----ASSSNSPISQRRPSQNAISFFNVGHSKLQSLSK
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XP_016 ILPNSAEDEQTSQPEPEPNSGSELVLSEDEKSDNEDKEETELGVMEDQRSIILHLISQLK
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pF1KB3 LGMDLTRVVLPTFILEKRSLLEMYADFMSHPDLFIAITNGATAEDRMIRFVEYYLTSFHE
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XP_016 LGMDLTKVVLPTFILEKRSLLEMYADFMAHPDLLLAITAGATPEERVICFVEYYLTAFHE
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pF1KB3 GRKGAIAKKPYNPIIGETFHCSWKMPKSEVASSVFSSSSTQGVTNHAPLSGESLTQVGSD
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XP_016 GRKGALAKKPYNPIIGETFHCSWEVPKDRVKPKRTASRSPASCHEH-PMADDP-----SK
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pF1KB3 CYTVRFVAEQVSHHPPVSGFYAECTERKMCVNAHVWTKSKFLGMSIGVTMVGEGILSLLE
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XP_016 SYKLRFVAEQVSHHPPISCFYCECEEKRLCVNTHVWTKSKFMGMSVGVSMIGEGVLRLLE
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pF1KB3 HGEEYTFSLPCAYARSILTVPWVELGGKVSVNCAKTGYSASITFHTKPFYGGKLHRVTAE
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XP_016 HGEEYVFTLPSAYARSILTIPWVELGGKVSINCAKTGYSATVIFHTKPFYGGKVHRVTAE
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pF1KB3 VKHNITNTVVCRVQGEWNSVLEFTYSNGETKYVDLTKLAVTKKRVRPLEKQDPFESRRLW
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XP_016 VKHNPTNTIVCKAHGEWNGTLEFTYNNGETKVIDTTTLPVYPKKIRPLEKQGPMESRNLW
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pF1KB3 KNVTDSLRESEIDKATEHKHTLEERQRTEERHRTETGTPWKTKYFIKEGDGWVYHKPLWK
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pF1KB3 IIPTTQPAE
XP_016 RELVLRG
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NP_001 SWEVPKDRVKPKRTASRSPASCHEH-PMADDP-----SKSYKLRFVAEQVSHHPPISCFY
430 440 450 460 470
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pF1KB3 AECTERKMCVNAHVWTKSKFLGMSIGVTMVGEGILSLLEHGEEYTFSLPCAYARSILTVP
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NP_001 CECEEKRLCVNTHVWTKSKFMGMSVGVSMIGEGVLRLLEHGEEYVFTLPSAYARSILTIP
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540 550 560 570 580 590
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pF1KB3 EFTYSNGETKYVDLTKLAVTKKRVRPLEKQDPFESRRLWKNVTDSLRESEIDKATEHKHT
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:::: ::::.:
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pF1KB3 IGVTMVGEGILSLLEHGEEYTFSLPCAYARSILTVPWVELGGKVSVNCAKTGYSASITFH
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]