Result of FASTA (omim) for
pFN21AB5670
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5670, 925 aa
1>>>pF1KB5670 925 - 925 aa - 925 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.2252+/-0.000476; mu= 16.8568+/- 0.030
mean_var=97.8519+/-20.125, 0's: 0 Z-trim(110.7): 88 B-trim: 227 in 1/49
Lambda= 0.129655
statistics sampled from 19034 (19122) to 19034 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.584), E-opt: 0.2 (0.224), width: 16
Scan time: 10.310
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_055129 (OMIM: 609631,616298) probable ATP-depen ( 925) 6171 1165.9 0
NP_077024 (OMIM: 608588) probable ATP-dependent RN ( 678) 436 93.1 5.2e-18
XP_016880548 (OMIM: 608588) PREDICTED: probable AT ( 678) 436 93.1 5.2e-18
XP_016880549 (OMIM: 608588) PREDICTED: probable AT ( 678) 436 93.1 5.2e-18
NP_001295063 (OMIM: 189960,609644,614087) Fanconi ( 669) 363 79.4 6.6e-14
XP_016877012 (OMIM: 189960,609644,614087) PREDICTE (1801) 363 79.7 1.5e-13
NP_065988 (OMIM: 189960,609644,614087) Fanconi ane (2048) 363 79.7 1.6e-13
XP_011535336 (OMIM: 189960,609644,614087) PREDICTE (2053) 363 79.7 1.6e-13
NP_071451 (OMIM: 182250,606951,615846) interferon- (1025) 313 70.2 6.1e-11
NP_001295062 (OMIM: 189960,609644,614087) Fanconi (2022) 247 58.0 5.5e-07
XP_011535337 (OMIM: 189960,609644,614087) PREDICTE (2027) 247 58.0 5.5e-07
XP_016876611 (OMIM: 138800,180295,601200,606241) P (1787) 205 50.1 0.00012
XP_016876612 (OMIM: 138800,180295,601200,606241) P (1787) 205 50.1 0.00012
XP_011534906 (OMIM: 138800,180295,601200,606241) P (1787) 205 50.1 0.00012
NP_001182502 (OMIM: 138800,180295,601200,606241) e (1829) 205 50.1 0.00012
NP_001258211 (OMIM: 138800,180295,601200,606241) e (1922) 205 50.1 0.00012
XP_011534902 (OMIM: 138800,180295,601200,606241) P (1922) 205 50.1 0.00012
XP_016876609 (OMIM: 138800,180295,601200,606241) P (1922) 205 50.1 0.00012
XP_011534904 (OMIM: 138800,180295,601200,606241) P (1922) 205 50.1 0.00012
NP_085124 (OMIM: 138800,180295,601200,606241) endo (1922) 205 50.1 0.00012
XP_011534903 (OMIM: 138800,180295,601200,606241) P (1922) 205 50.1 0.00012
XP_016876610 (OMIM: 138800,180295,601200,606241) P (1922) 205 50.1 0.00012
NP_803187 (OMIM: 138800,180295,601200,606241) endo (1922) 205 50.1 0.00012
XP_011534901 (OMIM: 138800,180295,601200,606241) P (1922) 205 50.1 0.00012
NP_001278557 (OMIM: 138800,180295,601200,606241) e (1922) 205 50.1 0.00012
XP_011534228 (OMIM: 606286) PREDICTED: probable AT ( 604) 191 47.2 0.00029
XP_011534229 (OMIM: 606286) PREDICTED: probable AT ( 529) 165 42.3 0.0077
XP_011534230 (OMIM: 606286) PREDICTED: probable AT ( 529) 165 42.3 0.0077
NP_061135 (OMIM: 606286) probable ATP-dependent RN ( 648) 165 42.4 0.0091
>>NP_055129 (OMIM: 609631,616298) probable ATP-dependent (925 aa)
initn: 6171 init1: 6171 opt: 6171 Z-score: 6240.0 bits: 1165.9 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 6171; 100.0% identity (100.0% similar) in 925 aa overlap (1-925:1-925)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MTTEQRRSLQAFQDYIRKTLDPTYILSYMAPWFREEEVQYIQAEKNNKGPMEAATLFLKF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 MTTEQRRSLQAFQDYIRKTLDPTYILSYMAPWFREEEVQYIQAEKNNKGPMEAATLFLKF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 LLELQEEGWFRGFLDALDHAGYSGLYEAIESWDFKKIEKLEEYRLLLKRLQPEFKTRIIP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 LLELQEEGWFRGFLDALDHAGYSGLYEAIESWDFKKIEKLEEYRLLLKRLQPEFKTRIIP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 TDIISDLSECLINQECEEILQICSTKGMMAGAEKLVECLLRSDKENWPKTLKLALEKERN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 TDIISDLSECLINQECEEILQICSTKGMMAGAEKLVECLLRSDKENWPKTLKLALEKERN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 KFSELWIVEKGIKDVETEDLEDKMETSDIQIFYQEDPECQNLSENSCPPSEVSDTNLYSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 KFSELWIVEKGIKDVETEDLEDKMETSDIQIFYQEDPECQNLSENSCPPSEVSDTNLYSP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 FKPRNYQLELALPAMKGKNTIICAPTGCGKTFVSLLICEHHLKKFPQGQKGKVVFFANQI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 FKPRNYQLELALPAMKGKNTIICAPTGCGKTFVSLLICEHHLKKFPQGQKGKVVFFANQI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 PVYEQQKSVFSKYFERHGYRVTGISGATAENVPVEQIVENNDIIILTPQILVNNLKKGTI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 PVYEQQKSVFSKYFERHGYRVTGISGATAENVPVEQIVENNDIIILTPQILVNNLKKGTI
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 PSLSIFTLMIFDECHNTSKQHPYNMIMFNYLDQKLGGSSGPLPQVIGLTASVGVGDAKNT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 PSLSIFTLMIFDECHNTSKQHPYNMIMFNYLDQKLGGSSGPLPQVIGLTASVGVGDAKNT
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 DEALDYICKLCASLDASVIATVKHNLEELEQVVYKPQKFFRKVESRISDKFKYIIAQLMR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 DEALDYICKLCASLDASVIATVKHNLEELEQVVYKPQKFFRKVESRISDKFKYIIAQLMR
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 DTESLAKRICKDLENLSQIQNREFGTQKYEQWIVTVQKACMVFQMPDKDEESRICKALFL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 DTESLAKRICKDLENLSQIQNREFGTQKYEQWIVTVQKACMVFQMPDKDEESRICKALFL
490 500 510 520 530 540
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pF1KB5 YTSHLRKYNDALIISEHARMKDALDYLKDFFSNVRAAGFDEIEQDLTQRFEEKLQELESV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 YTSHLRKYNDALIISEHARMKDALDYLKDFFSNVRAAGFDEIEQDLTQRFEEKLQELESV
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB5 SRDPSNENPKLEDLCFILQEEYHLNPETITILFVKTRALVDALKNWIEGNPKLSFLKPGI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 SRDPSNENPKLEDLCFILQEEYHLNPETITILFVKTRALVDALKNWIEGNPKLSFLKPGI
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB5 LTGRGKTNQNTGMTLPAQKCILDAFKASGDHNILIATSVADEGIDIAQCNLVILYEYVGN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 LTGRGKTNQNTGMTLPAQKCILDAFKASGDHNILIATSVADEGIDIAQCNLVILYEYVGN
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB5 VIKMIQTRGRGRARGSKCFLLTSNAGVIEKEQINMYKEKMMNDSILRLQTWDEAVFREKI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 VIKMIQTRGRGRARGSKCFLLTSNAGVIEKEQINMYKEKMMNDSILRLQTWDEAVFREKI
730 740 750 760 770 780
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pF1KB5 LHIQTHEKFIRDSQEKPKPVPDKENKKLLCRKCKALACYTADVRVIEECHYTVLGDAFKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 LHIQTHEKFIRDSQEKPKPVPDKENKKLLCRKCKALACYTADVRVIEECHYTVLGDAFKE
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pF1KB5 CFVSRPHPKPKQFSSFEKRAKIFCARQNCSHDWGIHVKYKTFEIPVIKIESFVVEDIATG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 CFVSRPHPKPKQFSSFEKRAKIFCARQNCSHDWGIHVKYKTFEIPVIKIESFVVEDIATG
850 860 870 880 890 900
910 920
pF1KB5 VQTLYSKWKDFHFEKIPFDPAEMSK
:::::::::::::::::::::::::
NP_055 VQTLYSKWKDFHFEKIPFDPAEMSK
910 920
>>NP_077024 (OMIM: 608588) probable ATP-dependent RNA he (678 aa)
initn: 820 init1: 180 opt: 436 Z-score: 444.4 bits: 93.1 E(85289): 5.2e-18
Smith-Waterman score: 1072; 32.2% identity (61.9% similar) in 693 aa overlap (244-919:4-663)
220 230 240 250 260 270
pF1KB5 QEDPECQNLSENSCPPSEVSDTNLYSPFKPRNYQLELALPAMKGKNTIICAPTGCGKTFV
:.:: :. .::..::: :: ::: ::: .
NP_077 MELRSYQWEVIMPALEGKNIIIWLPTGAGKTRA
10 20 30
280 290 300 310 320 330
pF1KB5 SLLICEHHLKKFPQGQKGKVVFFANQIPVYEQQKSVFSKYFERHGYRVTGISGATAENVP
. . ..::. .: .::: ..:.. . :. : .... . . :: .:: . .
NP_077 AAYVAKRHLETV-DG--AKVVVLVNRVHLVTQHGEEFRRMLDGR-WTVTTLSGDMGPRAG
40 50 60 70 80
340 350 360 370 380 390
pF1KB5 VEQIVENNDIIILTPQILVNNLKKGTIPS---LSIFTLMIFDECHNTSKQHPYNMIMFNY
.... .:..: : ..: : . :..:.:.. ::::.: :. ::.:: .:
NP_077 FGHLARCHDLLICTAELLQMALTSPEEEEHVELTVFSLIVVDECHHTHKDTVYNVIMSQY
90 100 110 120 130 140
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pF1KB5 LDQKLGGSSGPLPQVIGLTASVGVGDAKNTDEALDYICKLCASLDASVIATVKHNLEELE
:. :: . :::::.::::: :.: :.. : :.... .:::.::. : . .. .:.
NP_077 LELKLQ-RAQPLPQVLGLTASPGTGGASKLDGAINHVLQLCANLDTWCIMSPQNCCPQLQ
150 160 170 180 190 200
460 470 480 490 500 510
pF1KB5 QVVYKPQKFFRKVESRISDKFKYIIAQLMRDTESLAKRICKDLENLSQIQNREFGTQKYE
. .: : . . : .: : .. .:: .: :: . .. .:.:::: ::
NP_077 EHSQQPCKQYNLCHRRSQDPFGDLLKKLM-------DQIHDHLE-MPEL-SRKFGTQMYE
210 220 230 240 250
520 530 540 550 560 570
pF1KB5 QWIVTVQKACMVFQMPDKDEESRICKALFLYTSHLRKYNDALIISEHARMKDALDYLKDF
: .: ...: . . .:.:. :. :::.:::::.: . .: ::: :.::
NP_077 QQVVKLSEAAALAGL----QEQRV------YALHLRRYNDALLIHDTVRAVDALAALQDF
260 270 280 290 300
580 590 600 610 620
pF1KB5 FS--NVRAAGFDEIEQDLTQRFEEKLQELESVSRDPSNENPKLEDLCFILQEEYHLNPET
. .: . . :. : :... .:: .. . :::::: : :::... .
NP_077 YHREHVTKTQILCAERRLLALFDDRKNELAHLATH-GPENPKLEMLEKILQRQFSSSNSP
310 320 330 340 350 360
630 640 650 660 670 680
pF1KB5 ITILFVKTRALVDALKNWIEGNPKLSF--LKPGILTGRGKTNQNTGMTLPAQKCILDAFK
:.:..:: . .: :.. . :. .. .: : :...:.: :: :. ... :.
NP_077 RGIIFTRTRQSAHSLLLWLQQQQGLQTVDIRAQLLIGAGNSSQSTHMTQRDQQEVIQKFQ
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pF1KB5 ASGDHNILIATSVADEGIDIAQCNLVILYEYVGNVIKMIQTRGRGRARGS-KCFLLTSNA
.: :.:.:::::.::.:: .::.:. : . : :.:.:.:::.:: : :. : ..
NP_077 -DGTLNLLVATSVAEEGLDIPHCNVVVRYGLLTNEISMVQARGRARADQSVYAFVATEGS
430 440 450 460 470 480
750 760 770 780 790
pF1KB5 GVIEKEQINMYKEKMMNDSILRLQTWDEAVFREKILHIQ-------THEKFIRDSQEKPK
...: :: : .:.... .: :.: .. :: .: . . :..:..
NP_077 RELKRELINEALETLMEQAVAAVQKMDQAEYQAKIRDLQQAALTKRAAQAAQRENQRQQF
490 500 510 520 530 540
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pF1KB5 PVPDKENKKLLCRKCKALACYTADVRVIEECHYTVLGDAFKECF-VSR-PHPKPKQFSSF
:: :. .::: .: . . . .:.: .: :.. .. :.. . ::: : : :...
NP_077 PV---EHVQLLCINCMVAVGHGSDLRKVEGTHHVNVNPNFSNYYNVSRDPVVINKVFKDW
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pF1KB5 EKRAKIFCARQNCSHDWGIHVKYKTFEIPVIKIESFVVEDIATGVQTLYSKWKDFHFEKI
. . : : .::.. ::... ::. ..::.:..:...: .:. .::. :
NP_077 KPGGVISC--RNCGEVWGLQMIYKSVKLPVLKVRSMLLETPQGRIQA--KKWSRVPFSVP
610 620 630 640 650 660
920
pF1KB5 PFDPAEMSK
::
NP_077 DFDFLQHCAENLSDLSLD
670
>>XP_016880548 (OMIM: 608588) PREDICTED: probable ATP-de (678 aa)
initn: 820 init1: 180 opt: 436 Z-score: 444.4 bits: 93.1 E(85289): 5.2e-18
Smith-Waterman score: 1072; 32.2% identity (61.9% similar) in 693 aa overlap (244-919:4-663)
220 230 240 250 260 270
pF1KB5 QEDPECQNLSENSCPPSEVSDTNLYSPFKPRNYQLELALPAMKGKNTIICAPTGCGKTFV
:.:: :. .::..::: :: ::: ::: .
XP_016 MELRSYQWEVIMPALEGKNIIIWLPTGAGKTRA
10 20 30
280 290 300 310 320 330
pF1KB5 SLLICEHHLKKFPQGQKGKVVFFANQIPVYEQQKSVFSKYFERHGYRVTGISGATAENVP
. . ..::. .: .::: ..:.. . :. : .... . . :: .:: . .
XP_016 AAYVAKRHLETV-DG--AKVVVLVNRVHLVTQHGEEFRRMLDGR-WTVTTLSGDMGPRAG
40 50 60 70 80
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pF1KB5 VEQIVENNDIIILTPQILVNNLKKGTIPS---LSIFTLMIFDECHNTSKQHPYNMIMFNY
.... .:..: : ..: : . :..:.:.. ::::.: :. ::.:: .:
XP_016 FGHLARCHDLLICTAELLQMALTSPEEEEHVELTVFSLIVVDECHHTHKDTVYNVIMSQY
90 100 110 120 130 140
400 410 420 430 440 450
pF1KB5 LDQKLGGSSGPLPQVIGLTASVGVGDAKNTDEALDYICKLCASLDASVIATVKHNLEELE
:. :: . :::::.::::: :.: :.. : :.... .:::.::. : . .. .:.
XP_016 LELKLQ-RAQPLPQVLGLTASPGTGGASKLDGAINHVLQLCANLDTWCIMSPQNCCPQLQ
150 160 170 180 190 200
460 470 480 490 500 510
pF1KB5 QVVYKPQKFFRKVESRISDKFKYIIAQLMRDTESLAKRICKDLENLSQIQNREFGTQKYE
. .: : . . : .: : .. .:: .: :: . .. .:.:::: ::
XP_016 EHSQQPCKQYNLCHRRSQDPFGDLLKKLM-------DQIHDHLE-MPEL-SRKFGTQMYE
210 220 230 240 250
520 530 540 550 560 570
pF1KB5 QWIVTVQKACMVFQMPDKDEESRICKALFLYTSHLRKYNDALIISEHARMKDALDYLKDF
: .: ...: . . .:.:. :. :::.:::::.: . .: ::: :.::
XP_016 QQVVKLSEAAALAGL----QEQRV------YALHLRRYNDALLIHDTVRAVDALAALQDF
260 270 280 290 300
580 590 600 610 620
pF1KB5 FS--NVRAAGFDEIEQDLTQRFEEKLQELESVSRDPSNENPKLEDLCFILQEEYHLNPET
. .: . . :. : :... .:: .. . :::::: : :::... .
XP_016 YHREHVTKTQILCAERRLLALFDDRKNELAHLATH-GPENPKLEMLEKILQRQFSSSNSP
310 320 330 340 350 360
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pF1KB5 ITILFVKTRALVDALKNWIEGNPKLSF--LKPGILTGRGKTNQNTGMTLPAQKCILDAFK
:.:..:: . .: :.. . :. .. .: : :...:.: :: :. ... :.
XP_016 RGIIFTRTRQSAHSLLLWLQQQQGLQTVDIRAQLLIGAGNSSQSTHMTQRDQQEVIQKFQ
370 380 390 400 410 420
690 700 710 720 730 740
pF1KB5 ASGDHNILIATSVADEGIDIAQCNLVILYEYVGNVIKMIQTRGRGRARGS-KCFLLTSNA
.: :.:.:::::.::.:: .::.:. : . : :.:.:.:::.:: : :. : ..
XP_016 -DGTLNLLVATSVAEEGLDIPHCNVVVRYGLLTNEISMVQARGRARADQSVYAFVATEGS
430 440 450 460 470 480
750 760 770 780 790
pF1KB5 GVIEKEQINMYKEKMMNDSILRLQTWDEAVFREKILHIQ-------THEKFIRDSQEKPK
...: :: : .:.... .: :.: .. :: .: . . :..:..
XP_016 RELKRELINEALETLMEQAVAAVQKMDQAEYQAKIRDLQQAALTKRAAQAAQRENQRQQF
490 500 510 520 530 540
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pF1KB5 PVPDKENKKLLCRKCKALACYTADVRVIEECHYTVLGDAFKECF-VSR-PHPKPKQFSSF
:: :. .::: .: . . . .:.: .: :.. .. :.. . ::: : : :...
XP_016 PV---EHVQLLCINCMVAVGHGSDLRKVEGTHHVNVNPNFSNYYNVSRDPVVINKVFKDW
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