Result of FASTA (ccds) for pFN21AB5633
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB5633, 522 aa
  1>>>pF1KB5633 522 - 522 aa - 522 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.0654+/-0.00122; mu= 6.0638+/- 0.072
 mean_var=213.0769+/-47.458, 0's: 0 Z-trim(107.6): 86  B-trim: 0 in 0/50
 Lambda= 0.087863
 statistics sampled from 9635 (9690) to 9635 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.657), E-opt: 0.2 (0.298), width:  16
 Scan time:  3.080

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS7901.1 TRAF6 gene_id:7189|Hs108|chr11          ( 522) 3654 476.6 2.9e-134
CCDS11243.1 TRAF4 gene_id:9618|Hs108|chr17         ( 470)  641 94.7 2.5e-19
CCDS55946.1 TRAF3 gene_id:7187|Hs108|chr14         ( 485)  625 92.7 1.1e-18
CCDS9975.1 TRAF3 gene_id:7187|Hs108|chr14          ( 568)  504 77.4 4.9e-14
CCDS1497.1 TRAF5 gene_id:7188|Hs108|chr1           ( 557)  498 76.6 8.1e-14


>>CCDS7901.1 TRAF6 gene_id:7189|Hs108|chr11               (522 aa)
 initn: 3654 init1: 3654 opt: 3654  Z-score: 2523.9  bits: 476.6 E(32554): 2.9e-134
Smith-Waterman score: 3654; 100.0% identity (100.0% similar) in 522 aa overlap (1-522:1-522)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MSLLNCENSCGSSQSESDCCVAMASSCSAVTKDDSVGGTASTGNLSSSFMEEIQGYDVEF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 MSLLNCENSCGSSQSESDCCVAMASSCSAVTKDDSVGGTASTGNLSSSFMEEIQGYDVEF
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 DPPLESKYECPICLMALREAVQTPCGHRFCKACIIKSIRDAGHKCPVDNEILLENQLFPD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 DPPLESKYECPICLMALREAVQTPCGHRFCKACIIKSIRDAGHKCPVDNEILLENQLFPD
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB5 NFAKREILSLMVKCPNEGCLHKMELRHLEDHQAHCEFALMDCPQCQRPFQKFHINIHILK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 NFAKREILSLMVKCPNEGCLHKMELRHLEDHQAHCEFALMDCPQCQRPFQKFHINIHILK
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB5 DCPRRQVSCDNCAASMAFEDKEIHDQNCPLANVICEYCNTILIREQMPNHYDLDCPTAPI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 DCPRRQVSCDNCAASMAFEDKEIHDQNCPLANVICEYCNTILIREQMPNHYDLDCPTAPI
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB5 PCTFSTFGCHEKMQRNHLARHLQENTQSHMRMLAQAVHSLSVIPDSGYISEVRNFQETIH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 PCTFSTFGCHEKMQRNHLARHLQENTQSHMRMLAQAVHSLSVIPDSGYISEVRNFQETIH
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB5 QLEGRLVRQDHQIRELTAKMETQSMYVSELKRTIRTLEDKVAEIEAQQCNGIYIWKIGNF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 QLEGRLVRQDHQIRELTAKMETQSMYVSELKRTIRTLEDKVAEIEAQQCNGIYIWKIGNF
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB5 GMHLKCQEEEKPVVIHSPGFYTGKPGYKLCMRLHLQLPTAQRCANYISLFVHTMQGEYDS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 GMHLKCQEEEKPVVIHSPGFYTGKPGYKLCMRLHLQLPTAQRCANYISLFVHTMQGEYDS
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB5 HLPWPFQGTIRLTILDQSEAPVRQNHEEIMDAKPELLAFQRPTIPRNPKGFGYVTFMHLE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 HLPWPFQGTIRLTILDQSEAPVRQNHEEIMDAKPELLAFQRPTIPRNPKGFGYVTFMHLE
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520  
pF1KB5 ALRQRTFIKDDTLLVRCEVSTRFDMGSLRREGFQPRSTDAGV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 ALRQRTFIKDDTLLVRCEVSTRFDMGSLRREGFQPRSTDAGV
              490       500       510       520  

>>CCDS11243.1 TRAF4 gene_id:9618|Hs108|chr17              (470 aa)
 initn: 749 init1: 143 opt: 641  Z-score: 460.4  bits: 94.7 E(32554): 2.5e-19
Smith-Waterman score: 746; 26.7% identity (57.8% similar) in 469 aa overlap (53-499:1-462)

             30        40        50        60        70        80  
pF1KB5 MASSCSAVTKDDSVGGTASTGNLSSSFMEEIQGYDVEFDPPLESKYECPICLMALREAVQ
                                     . :.: .:    . .  ::.:   .:: ::
CCDS11                               MPGFDYKFLEKPKRRLLCPLCGKPMREPVQ
                                             10        20        30

              90       100       110       120       130           
pF1KB5 -TPCGHRFCKACIIKSIRDAGHKCPVDNEILLENQLFPDNFAKREILSLMVKC--PNEGC
        . :::::: .:. . . ..  ::: :.  :   ...::   . ..:.: ..:   .:::
CCDS11 VSTCGHRFCDTCLQEFLSEGVFKCPEDQLPLDYAKIYPDPELEVQVLGLPIRCIHSEEGC
               40        50        60        70        80        90

     140       150       160        170       180       190        
pF1KB5 LHKMELRHLEDHQAHCEFALMDCP-QCQRPFQKFHINIHILKDCPRRQVSCDNCAASMAF
         .  ::::. :   : : .. :: .:   ...  .  :. .:::.:...:. :. ... 
CCDS11 RWSGPLRHLQGHLNTCSFNVIPCPNRCPMKLSRRDLPAHLQHDCPKRRLKCEFCGCDFSG
              100       110       120       130       140       150

      200       210        220       230       240       250       
pF1KB5 EDKEIHDQNCPLANVICEY-CNTILIREQMPNHYDLDCPTAPIPCTFSTFGCHEKMQRNH
       :  : :.  ::  .: ::  :.. ..:. . .:   .::    :::.    : ...  . 
CCDS11 EAYESHEGMCPQESVYCENKCGARMMRRLLAQHATSECPKRTQPCTY----CTKEFVFDT
              160       170       180       190           200      

       260       270        280       290                300       
pF1KB5 LARHLQENTQSHMRMLAQ-AVHSLSVIPDSGYISEVRN-------FQET--IHQLEGRLV
       .  :  .  .  .    : .: ...     :....  :       :...   :.   .:.
CCDS11 IQSHQYQCPRLPVACPNQCGVGTVAREDLPGHLKDSCNTALVLCPFKDSGCKHRCP-KLA
        210       220       230       240       250       260      

       310       320       330       340       350       360       
pF1KB5 RQDHQIRELTAKMETQSMYVSELKRTIRTLEDKVAEIEAQQCNGIYIWKIGNFGMHLKCQ
          :  . .  ..  .   ::. .. .. :. .. :. . . .:. :::::..: .:.  
CCDS11 MARHVEESVKPHLAMMCALVSRQRQELQELRRELEELSVGS-DGVLIWKIGSYGRRLQEA
         270       280       290       300        310       320    

       370       380       390       400       410       420       
pF1KB5 EEEKPVVIHSPGFYTGKPGYKLCMRLHLQLPTAQRCANYISLFVHTMQGEYDSHLPWPFQ
       . .  .   ::.::: : :::: .   :.  ...  ....::..... : .:. : ::: 
CCDS11 KAKPNLECFSPAFYTHKYGYKLQVSAFLN-GNGSGEGTHLSLYIRVLPGAFDNLLEWPFA
          330       340       350        360       370       380   

       430       440         450       460            470       480
pF1KB5 GTIRLTILDQSEAPVR--QNHEEIMDAKPELLAFQRP-----TIPRNPKGFGYVTFMHLE
         . ...::::.  .   :.  : .   :.   ::.:     .. ..  ::::  :.  .
CCDS11 RRVTFSLLDQSDPGLAKPQHVTETFHPDPNWKNFQKPGTWRGSLDESSLGFGYPKFISHQ
           390       400       410       420       430       440   

              490       500       510       520  
pF1KB5 ALRQRTFIKDDTLLVRCEVSTRFDMGSLRREGFQPRSTDAGV
        .:.:....::....:  :                       
CCDS11 DIRKRNYVRDDAVFIRAAVELPRKILS               
           450       460       470               

>>CCDS55946.1 TRAF3 gene_id:7187|Hs108|chr14              (485 aa)
 initn: 506 init1: 242 opt: 625  Z-score: 449.3  bits: 92.7 E(32554): 1.1e-18
Smith-Waterman score: 645; 28.7% identity (58.7% similar) in 470 aa overlap (49-501:32-479)

       20        30        40        50        60        70        
pF1KB5 CCVAMASSCSAVTKDDSVGGTASTGNLSSSFMEEIQGYDVEFDPPLESKYECPICLMALR
                                     :. :  ::  .:   .:.::.:  : ..: 
CCDS55 ESSKKMDSPGALQTNPPLKLHTDRSAGTPVFVPEQGGYKEKFVKTVEDKYKCEKCHLVLC
              10        20        30        40        50        60 

       80        90       100       110       120       130        
pF1KB5 EAVQTPCGHRFCKACIIKSIRDAGHKCPVDNEILLENQLFPDNFAKREILSLMVKCPNE-
          :: ::::::..:.   . ... :: . .: ......: ::  :::::.:.. : :: 
CCDS55 SPKQTECGHRFCESCMAALLSSSSPKCTACQESIVKDKVFKDNCCKREILALQIYCRNES
              70        80        90       100       110       120 

        140       150        160         170       180       190   
pF1KB5 -GCLHKMELRHLEDH-QAHCEFALMDC--PQCQRPFQKFHINIHILKDCPRRQVSCDNCA
        :: ... : ::  : .  :.:  . :  :.:..   .  .  :. : :  :...:..: 
CCDS55 RGCAEQLMLGHLLVHLKNDCHFEELPCVRPDCKEKVLRKDLRDHVEKACKYREATCSHCK
             130       140       150       160       170       180 

           200       210       220       230       240       250   
pF1KB5 ASMAFEDKEIHDQNCPLANVICEYCNTILIREQMPNHYDLDCPTAPIPCTFSTFGCHEK-
       ... .    :  :   : :   :  ..:   ... :.           :.:     ..: 
CCDS55 SQVPM----IALQVSLLQNESVEKNKSI---QSLHNQI----------CSFEIEIERQKE
                 190       200          210                 220    

            260            270       280         290       300     
pF1KB5 MQRNHLAR--HLQENTQSH---MRMLAQAVHSLSVIPD--SGYISEVRNFQETIHQLEGR
       : ::. ..  :::.  .:.   .. : . .. .    .  ... : :...:. . .::. 
CCDS55 MLRNNESKILHLQRVIDSQAEKLKELDKEIRPFRQNWEEADSMKSSVESLQNRVTELES-
          230       240       250       260       270       280    

         310       320        330          340       350       360 
pF1KB5 LVRQDHQIRELTAKMETQ-SMYVSELK-RTIRT--LEDKVAEIEAQQCNGIYIWKIGNFG
       . ..  :. . :. .:.: : . . :. . ::   .. .   .:. . ::. :::: .. 
CCDS55 VDKSAGQVARNTGLLESQLSRHDQMLSVHDIRLADMDLRFQVLETASYNGVLIWKIRDYK
           290       300       310       320       330       340   

             370       380       390       400       410       420 
pF1KB5 MHLKCQEEEKPVVIHSPGFYTGKPGYKLCMRLHLQLPTAQRCANYISLFVHTMQGEYDSH
        . .     : . ..:  ::::  :::.: :..:.     . ....:::   :.::::. 
CCDS55 RRKQEAVMGKTLSLYSQPFYTGYFGYKMCARVYLNGDGMGK-GTHLSLFFVIMRGEYDAL
           350       360       370       380        390       400  

             430       440       450       460       470       480 
pF1KB5 LPWPFQGTIRLTILDQSEAPVRQNHEEIMDAKPELLAFQRPTIPRNPKGFGYVTFMHLEA
       :::::.  . : ..::. .  :..  . .   :.  .:..::   :  . :  .:.   .
CCDS55 LPWPFKQKVTLMLMDQGSS--RRHLGDAFKPDPNSSSFKKPTGEMNIAS-GCPVFVAQTV
            410       420         430       440        450         

             490       500       510       520  
pF1KB5 LRQRTFIKDDTLLVRCEVSTRFDMGSLRREGFQPRSTDAGV
       :.. :.:::::....  :.:                     
CCDS55 LENGTYIKDDTIFIKVIVDTSDLPDP               
     460       470       480                    

>>CCDS9975.1 TRAF3 gene_id:7187|Hs108|chr14               (568 aa)
 initn: 506 init1: 242 opt: 504  Z-score: 365.5  bits: 77.4 E(32554): 4.9e-14
Smith-Waterman score: 638; 26.3% identity (54.2% similar) in 498 aa overlap (49-463:32-525)

       20        30        40        50        60        70        
pF1KB5 CCVAMASSCSAVTKDDSVGGTASTGNLSSSFMEEIQGYDVEFDPPLESKYECPICLMALR
                                     :. :  ::  .:   .:.::.:  : ..: 
CCDS99 ESSKKMDSPGALQTNPPLKLHTDRSAGTPVFVPEQGGYKEKFVKTVEDKYKCEKCHLVLC
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