Result of FASTA (omim) for
pFN21AB5324
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5324, 460 aa
1>>>pF1KB5324 460 - 460 aa - 460 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.7000+/-0.000327; mu= 14.1284+/- 0.021
mean_var=170.7631+/-37.123, 0's: 0 Z-trim(121.1): 447 B-trim: 3597 in 2/55
Lambda= 0.098147
statistics sampled from 36565 (37259) to 36565 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.77), E-opt: 0.2 (0.437), width: 16
Scan time: 10.110
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_011543044 (OMIM: 118510) PREDICTED: muscarinic ( 460) 3121 453.8 4.4e-127
NP_000729 (OMIM: 118510) muscarinic acetylcholine ( 460) 3121 453.8 4.4e-127
XP_011542348 (OMIM: 100100,118494) PREDICTED: musc ( 590) 1117 170.2 1.4e-41
XP_011542345 (OMIM: 100100,118494) PREDICTED: musc ( 590) 1117 170.2 1.4e-41
XP_016855650 (OMIM: 100100,118494) PREDICTED: musc ( 590) 1117 170.2 1.4e-41
XP_016855651 (OMIM: 100100,118494) PREDICTED: musc ( 590) 1117 170.2 1.4e-41
XP_011542347 (OMIM: 100100,118494) PREDICTED: musc ( 590) 1117 170.2 1.4e-41
XP_005273089 (OMIM: 100100,118494) PREDICTED: musc ( 590) 1117 170.2 1.4e-41
NP_000731 (OMIM: 100100,118494) muscarinic acetylc ( 590) 1117 170.2 1.4e-41
XP_016855648 (OMIM: 100100,118494) PREDICTED: musc ( 590) 1117 170.2 1.4e-41
XP_011542349 (OMIM: 100100,118494) PREDICTED: musc ( 590) 1117 170.2 1.4e-41
XP_016855642 (OMIM: 100100,118494) PREDICTED: musc ( 590) 1117 170.2 1.4e-41
XP_016855646 (OMIM: 100100,118494) PREDICTED: musc ( 590) 1117 170.2 1.4e-41
XP_016855641 (OMIM: 100100,118494) PREDICTED: musc ( 590) 1117 170.2 1.4e-41
XP_011542346 (OMIM: 100100,118494) PREDICTED: musc ( 590) 1117 170.2 1.4e-41
XP_011542343 (OMIM: 100100,118494) PREDICTED: musc ( 590) 1117 170.2 1.4e-41
XP_016855645 (OMIM: 100100,118494) PREDICTED: musc ( 590) 1117 170.2 1.4e-41
XP_016855647 (OMIM: 100100,118494) PREDICTED: musc ( 590) 1117 170.2 1.4e-41
XP_016855644 (OMIM: 100100,118494) PREDICTED: musc ( 590) 1117 170.2 1.4e-41
XP_016855643 (OMIM: 100100,118494) PREDICTED: musc ( 590) 1117 170.2 1.4e-41
XP_016855649 (OMIM: 100100,118494) PREDICTED: musc ( 590) 1117 170.2 1.4e-41
XP_016855652 (OMIM: 100100,118494) PREDICTED: musc ( 590) 1117 170.2 1.4e-41
NP_036257 (OMIM: 118496) muscarinic acetylcholine ( 532) 1093 166.7 1.3e-40
NP_001307846 (OMIM: 118496) muscarinic acetylcholi ( 532) 1093 166.7 1.3e-40
NP_000732 (OMIM: 118495) muscarinic acetylcholine ( 479) 935 144.3 6.8e-34
NP_001006628 (OMIM: 118493) muscarinic acetylcholi ( 466) 919 142.0 3.2e-33
XP_011514071 (OMIM: 118493) PREDICTED: muscarinic ( 466) 919 142.0 3.2e-33
NP_001006631 (OMIM: 118493) muscarinic acetylcholi ( 466) 919 142.0 3.2e-33
NP_001006633 (OMIM: 118493) muscarinic acetylcholi ( 466) 919 142.0 3.2e-33
NP_001006632 (OMIM: 118493) muscarinic acetylcholi ( 466) 919 142.0 3.2e-33
NP_001006630 (OMIM: 118493) muscarinic acetylcholi ( 466) 919 142.0 3.2e-33
NP_001006627 (OMIM: 118493) muscarinic acetylcholi ( 466) 919 142.0 3.2e-33
NP_000730 (OMIM: 118493) muscarinic acetylcholine ( 466) 919 142.0 3.2e-33
NP_001006629 (OMIM: 118493) muscarinic acetylcholi ( 466) 919 142.0 3.2e-33
NP_000672 (OMIM: 104210) alpha-2A adrenergic recep ( 465) 595 96.2 2.1e-19
NP_000674 (OMIM: 104250) alpha-2C adrenergic recep ( 462) 522 85.8 2.7e-16
NP_009163 (OMIM: 604525) histamine H3 receptor [Ho ( 445) 518 85.2 3.8e-16
XP_005260323 (OMIM: 604525) PREDICTED: histamine H ( 453) 518 85.2 3.9e-16
XP_016872785 (OMIM: 126450,159900) PREDICTED: D(2) ( 443) 514 84.7 5.7e-16
NP_000786 (OMIM: 126450,159900) D(2) dopamine rece ( 443) 514 84.7 5.7e-16
NP_000854 (OMIM: 182131) 5-hydroxytryptamine recep ( 390) 465 77.7 6.4e-14
NP_000016 (OMIM: 109691,601665) beta-3 adrenergic ( 408) 458 76.7 1.3e-13
NP_000515 (OMIM: 109760,614674) 5-hydroxytryptamin ( 422) 448 75.3 3.6e-13
NP_000852 (OMIM: 600167) histamine H1 receptor [Ho ( 487) 443 74.7 6.4e-13
XP_011531954 (OMIM: 600167) PREDICTED: histamine H ( 487) 443 74.7 6.4e-13
XP_011531955 (OMIM: 600167) PREDICTED: histamine H ( 487) 443 74.7 6.4e-13
NP_001091681 (OMIM: 600167) histamine H1 receptor ( 487) 443 74.7 6.4e-13
NP_001091683 (OMIM: 600167) histamine H1 receptor ( 487) 443 74.7 6.4e-13
XP_016861773 (OMIM: 600167) PREDICTED: histamine H ( 487) 443 74.7 6.4e-13
NP_001091682 (OMIM: 600167) histamine H1 receptor ( 487) 443 74.7 6.4e-13
>>XP_011543044 (OMIM: 118510) PREDICTED: muscarinic acet (460 aa)
initn: 3121 init1: 3121 opt: 3121 Z-score: 2402.6 bits: 453.8 E(85289): 4.4e-127
Smith-Waterman score: 3121; 100.0% identity (100.0% similar) in 460 aa overlap (1-460:1-460)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MNTSAPPAVSPNITVLAPGKGPWQVAFIGITTGLLSLATVTGNLLVLISFKVNTELKTVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MNTSAPPAVSPNITVLAPGKGPWQVAFIGITTGLLSLATVTGNLLVLISFKVNTELKTVN
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 NYFLLSLACADLIIGTFSMNLYTTYLLMGHWALGTLACDLWLALDYVASNASVMNLLLIS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 NYFLLSLACADLIIGTFSMNLYTTYLLMGHWALGTLACDLWLALDYVASNASVMNLLLIS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 FDRYFSVTRPLSYRAKRTPRRAALMIGLAWLVSFVLWAPAILFWQYLVGERTVLAGQCYI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 FDRYFSVTRPLSYRAKRTPRRAALMIGLAWLVSFVLWAPAILFWQYLVGERTVLAGQCYI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 QFLSQPIITFGTAMAAFYLPVTVMCTLYWRIYRETENRARELAALQGSETPGKGGGSSSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 QFLSQPIITFGTAMAAFYLPVTVMCTLYWRIYRETENRARELAALQGSETPGKGGGSSSS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 SERSQPGAEGSPETPPGRCCRCCRAPRLLQAYSWKEEEEEDEGSMESLTSSEGEEPGSEV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SERSQPGAEGSPETPPGRCCRCCRAPRLLQAYSWKEEEEEDEGSMESLTSSEGEEPGSEV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 VIKMPMVDPEAQAPTKQPPRSSPNTVKRPTKKGRDRAGKGQKPRGKEQLAKRKTFSLVKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VIKMPMVDPEAQAPTKQPPRSSPNTVKRPTKKGRDRAGKGQKPRGKEQLAKRKTFSLVKE
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 KKAARTLSAILLAFILTWTPYNIMVLVSTFCKDCVPETLWELGYWLCYVNSTINPMCYAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KKAARTLSAILLAFILTWTPYNIMVLVSTFCKDCVPETLWELGYWLCYVNSTINPMCYAL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460
pF1KB5 CNKAFRDTFRLLLLCRWDKRRWRKIPKRPGSVHRTPSRQC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 CNKAFRDTFRLLLLCRWDKRRWRKIPKRPGSVHRTPSRQC
430 440 450 460
>>NP_000729 (OMIM: 118510) muscarinic acetylcholine rece (460 aa)
initn: 3121 init1: 3121 opt: 3121 Z-score: 2402.6 bits: 453.8 E(85289): 4.4e-127
Smith-Waterman score: 3121; 100.0% identity (100.0% similar) in 460 aa overlap (1-460:1-460)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MNTSAPPAVSPNITVLAPGKGPWQVAFIGITTGLLSLATVTGNLLVLISFKVNTELKTVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 MNTSAPPAVSPNITVLAPGKGPWQVAFIGITTGLLSLATVTGNLLVLISFKVNTELKTVN
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 NYFLLSLACADLIIGTFSMNLYTTYLLMGHWALGTLACDLWLALDYVASNASVMNLLLIS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 NYFLLSLACADLIIGTFSMNLYTTYLLMGHWALGTLACDLWLALDYVASNASVMNLLLIS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 FDRYFSVTRPLSYRAKRTPRRAALMIGLAWLVSFVLWAPAILFWQYLVGERTVLAGQCYI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 FDRYFSVTRPLSYRAKRTPRRAALMIGLAWLVSFVLWAPAILFWQYLVGERTVLAGQCYI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 QFLSQPIITFGTAMAAFYLPVTVMCTLYWRIYRETENRARELAALQGSETPGKGGGSSSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 QFLSQPIITFGTAMAAFYLPVTVMCTLYWRIYRETENRARELAALQGSETPGKGGGSSSS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 SERSQPGAEGSPETPPGRCCRCCRAPRLLQAYSWKEEEEEDEGSMESLTSSEGEEPGSEV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 SERSQPGAEGSPETPPGRCCRCCRAPRLLQAYSWKEEEEEDEGSMESLTSSEGEEPGSEV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 VIKMPMVDPEAQAPTKQPPRSSPNTVKRPTKKGRDRAGKGQKPRGKEQLAKRKTFSLVKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 VIKMPMVDPEAQAPTKQPPRSSPNTVKRPTKKGRDRAGKGQKPRGKEQLAKRKTFSLVKE
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 KKAARTLSAILLAFILTWTPYNIMVLVSTFCKDCVPETLWELGYWLCYVNSTINPMCYAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 KKAARTLSAILLAFILTWTPYNIMVLVSTFCKDCVPETLWELGYWLCYVNSTINPMCYAL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460
pF1KB5 CNKAFRDTFRLLLLCRWDKRRWRKIPKRPGSVHRTPSRQC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 CNKAFRDTFRLLLLCRWDKRRWRKIPKRPGSVHRTPSRQC
430 440 450 460
>>XP_011542348 (OMIM: 100100,118494) PREDICTED: muscarin (590 aa)
initn: 1646 init1: 1094 opt: 1117 Z-score: 867.7 bits: 170.2 E(85289): 1.4e-41
Smith-Waterman score: 1398; 50.9% identity (68.8% similar) in 491 aa overlap (10-409:51-535)
10 20 30
pF1KB5 MNTSAPPAVSPNITVLAP--GKGPWQVAFIGITTGLLSL
::. :. : :. :::.::.. ::.:.:
XP_011 IHSPSDAGLPPGTVTHFGSYNVSRAAGNFSSPDGTTDDPLGGHTVWQVVFIAFLTGILAL
30 40 50 60 70 80
40 50 60 70 80 90
pF1KB5 ATVTGNLLVLISFKVNTELKTVNNYFLLSLACADLIIGTFSMNLYTTYLLMGHWALGTLA
.:. ::.::..::::: .::::::::::::::::::::..::::.:::..:..::::.::
XP_011 VTIIGNILVIVSFKVNKQLKTVNNYFLLSLACADLIIGVISMNLFTTYIIMNRWALGNLA
90 100 110 120 130 140
100 110 120 130 140 150
pF1KB5 CDLWLALDYVASNASVMNLLLISFDRYFSVTRPLSYRAKRTPRRAALMIGLAWLVSFVLW
::::::.:::::::::::::.::::::::.::::.:::::: .::..::::::..:::::
XP_011 CDLWLAIDYVASNASVMNLLVISFDRYFSITRPLTYRAKRTTKRAGVMIGLAWVISFVLW
150 160 170 180 190 200
160 170 180 190 200 210
pF1KB5 APAILFWQYLVGERTVLAGQCYIQFLSQPIITFGTAMAAFYLPVTVMCTLYWRIYRETEN
:::::::::.::.::: :.:.:::::.: ::::::.::::.:::.: ::::::.:::.
XP_011 APAILFWQYFVGKRTVPPGECFIQFLSEPTITFGTAIAAFYMPVTIMTILYWRIYKETEK
210 220 230 240 250 260
220 230 240 250 260
pF1KB5 RARELAALQGSET---------PGKGGGSSSSSERSQPGAEGSPETPPGRCCRCCRAPRL
:..:::.::.: : : .. : :: : .: . . : . :::
XP_011 RTKELAGLQASGTEAETENFVHPTGSSRSCSSYELQQQSMKRSNRRKYGRC------HFW
270 280 290 300 310
270 280 290 300
pF1KB5 LQAYSWK---EEEEEDEGS------------MESLTSSEGEEPGSE------VVIKMP--
. . ::: :. ..:..: .:. .::. :. ::: .:.:.:
XP_011 FTTKSWKPSSEQMDQDHSSSDSWNNNDAAASLENSASSDEEDIGSETRAIYSIVLKLPGH
320 330 340 350 360 370
310 320
pF1KB5 -----------------------MVDPEAQAPTKQPPRSS------PNTVKR-P------
::: : .: : .: :.. .. :
XP_011 STILNSTKLPSSDNLQVPEEELGMVDLERKADKLQAQKSVDDGGSFPKSFSKLPIQLESA
380 390 400 410 420 430
330 340 350 360
pF1KB5 --TKKGRD---RAGKGQK--P--------------RGKEQLAKRKTFSLVKEKKAARTLS
: : : .::. : . . :..::: .:::::::::.:::
XP_011 VDTAKTSDVNSSVGKSTATLPLSFKEATLAKRFALKTRSQITKRKRMSLVKEKKAAQTLS
440 450 460 470 480 490
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 AILLAFILTWTPYNIMVLVSTFCKDCVPETLWELGYWLCYVNSTINPMCYALCNKAFRDT
:::::::.:::::::::::.::: .:.:.:.:.:::::::.
XP_011 AILLAFIITWTPYNIMVLVNTFCDSCIPKTFWNLGYWLCYINSTVNPVCYALCNKTFRTT
500 510 520 530 540 550
430 440 450 460
pF1KB5 FRLLLLCRWDKRRWRKIPKRPGSVHRTPSRQC
XP_011 FKMLLLCQCDKKKRRKQQYQQRQSVIFHKRAPEQAL
560 570 580 590
>>XP_011542345 (OMIM: 100100,118494) PREDICTED: muscarin (590 aa)
initn: 1646 init1: 1094 opt: 1117 Z-score: 867.7 bits: 170.2 E(85289): 1.4e-41
Smith-Waterman score: 1398; 50.9% identity (68.8% similar) in 491 aa overlap (10-409:51-535)
10 20 30
pF1KB5 MNTSAPPAVSPNITVLAP--GKGPWQVAFIGITTGLLSL
::. :. : :. :::.::.. ::.:.:
XP_011 IHSPSDAGLPPGTVTHFGSYNVSRAAGNFSSPDGTTDDPLGGHTVWQVVFIAFLTGILAL
30 40 50 60 70 80
40 50 60 70 80 90
pF1KB5 ATVTGNLLVLISFKVNTELKTVNNYFLLSLACADLIIGTFSMNLYTTYLLMGHWALGTLA
.:. ::.::..::::: .::::::::::::::::::::..::::.:::..:..::::.::
XP_011 VTIIGNILVIVSFKVNKQLKTVNNYFLLSLACADLIIGVISMNLFTTYIIMNRWALGNLA
90 100 110 120 130 140
100 110 120 130 140 150
pF1KB5 CDLWLALDYVASNASVMNLLLISFDRYFSVTRPLSYRAKRTPRRAALMIGLAWLVSFVLW
::::::.:::::::::::::.::::::::.::::.:::::: .::..::::::..:::::
XP_011 CDLWLAIDYVASNASVMNLLVISFDRYFSITRPLTYRAKRTTKRAGVMIGLAWVISFVLW
150 160 170 180 190 200
160 170 180 190 200 210
pF1KB5 APAILFWQYLVGERTVLAGQCYIQFLSQPIITFGTAMAAFYLPVTVMCTLYWRIYRETEN
:::::::::.::.::: :.:.:::::.: ::::::.::::.:::.: ::::::.:::.
XP_011 APAILFWQYFVGKRTVPPGECFIQFLSEPTITFGTAIAAFYMPVTIMTILYWRIYKETEK
210 220 230 240 250 260
220 230 240 250 260
pF1KB5 RARELAALQGSET---------PGKGGGSSSSSERSQPGAEGSPETPPGRCCRCCRAPRL
:..:::.::.: : : .. : :: : .: . . : . :::
XP_011 RTKELAGLQASGTEAETENFVHPTGSSRSCSSYELQQQSMKRSNRRKYGRC------HFW
270 280 290 300 310
270 280 290 300
pF1KB5 LQAYSWK---EEEEEDEGS------------MESLTSSEGEEPGSE------VVIKMP--
. . ::: :. ..:..: .:. .::. :. ::: .:.:.:
XP_011 FTTKSWKPSSEQMDQDHSSSDSWNNNDAAASLENSASSDEEDIGSETRAIYSIVLKLPGH
320 330 340 350 360 370
310 320
pF1KB5 -----------------------MVDPEAQAPTKQPPRSS------PNTVKR-P------
::: : .: : .: :.. .. :
XP_011 STILNSTKLPSSDNLQVPEEELGMVDLERKADKLQAQKSVDDGGSFPKSFSKLPIQLESA
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NP_000 AILLAFIITWTPYNIMVLVNTFCDSCIPKTFWNLGYWLCYINSTVNPVCYALCNKTFRTT
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