Result of FASTA (omim) for
pFN21AB5244
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5244, 356 aa
1>>>pF1KB5244 356 - 356 aa - 356 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.6729+/-0.000357; mu= 5.0189+/- 0.023
mean_var=303.0724+/-60.326, 0's: 0 Z-trim(123.6): 27 B-trim: 0 in 0/62
Lambda= 0.073672
statistics sampled from 43792 (43821) to 43792 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.813), E-opt: 0.2 (0.514), width: 16
Scan time: 9.000
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_002491 (OMIM: 125853,601724,606394) neurogenic ( 356) 2437 271.8 1.6e-72
NP_067014 (OMIM: 611635) neurogenic differentiatio ( 331) 1102 129.9 8e-30
NP_006151 (OMIM: 601725) neurogenic differentiatio ( 382) 1092 128.9 1.8e-29
NP_073565 (OMIM: 611513) neurogenic differentiatio ( 337) 1011 120.2 6.6e-27
NP_076924 (OMIM: 606624) neurogenin-2 [Homo sapien ( 272) 297 44.2 0.0004
NP_006152 (OMIM: 601726) neurogenin-1 [Homo sapien ( 237) 292 43.6 0.00053
NP_066279 (OMIM: 604882,610370) neurogenin-3 [Homo ( 214) 277 42.0 0.0015
XP_016871769 (OMIM: 604882,610370) PREDICTED: neur ( 214) 277 42.0 0.0015
>>NP_002491 (OMIM: 125853,601724,606394) neurogenic diff (356 aa)
initn: 2437 init1: 2437 opt: 2437 Z-score: 1422.9 bits: 271.8 E(85289): 1.6e-72
Smith-Waterman score: 2437; 100.0% identity (100.0% similar) in 356 aa overlap (1-356:1-356)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MTKSYSESGLMGEPQPQGPPSWTDECLSSQDEEHEADKKEDDLEAMNAEEDSLRNGGEEE
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NP_002 MTKSYSESGLMGEPQPQGPPSWTDECLSSQDEEHEADKKEDDLEAMNAEEDSLRNGGEEE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 DEDEDLEEEEEEEEEDDDQKPKRRGPKKKKMTKARLERFKLRRMKANARERNRMHGLNAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 DEDEDLEEEEEEEEEDDDQKPKRRGPKKKKMTKARLERFKLRRMKANARERNRMHGLNAA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 LDNLRKVVPCYSKTQKLSKIETLRLAKNYIWALSEILRSGKSPDLVSFVQTLCKGLSQPT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 LDNLRKVVPCYSKTQKLSKIETLRLAKNYIWALSEILRSGKSPDLVSFVQTLCKGLSQPT
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 TNLVAGCLQLNPRTFLPEQNQDMPPHLPTASASFPVHPYSYQSPGLPSPPYGTMDSSHVF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 TNLVAGCLQLNPRTFLPEQNQDMPPHLPTASASFPVHPYSYQSPGLPSPPYGTMDSSHVF
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 HVKPPPHAYSAALEPFFESPLTDCTSPSFDGPLSPPLSINGNFSFKHEPSAEFEKNYAFT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 HVKPPPHAYSAALEPFFESPLTDCTSPSFDGPLSPPLSINGNFSFKHEPSAEFEKNYAFT
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350
pF1KB5 MHYPAATLAGAQSHGSIFSGTAAPRCEIPIDNIMSFDSHSHHERVMSAQLNAIFHD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 MHYPAATLAGAQSHGSIFSGTAAPRCEIPIDNIMSFDSHSHHERVMSAQLNAIFHD
310 320 330 340 350
>>NP_067014 (OMIM: 611635) neurogenic differentiation fa (331 aa)
initn: 1187 init1: 714 opt: 1102 Z-score: 656.4 bits: 129.9 E(85289): 8e-30
Smith-Waterman score: 1207; 52.9% identity (77.9% similar) in 357 aa overlap (1-354:1-329)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MTKSYSESGLMGEPQPQGPPSWTDECLSSQDEEHEADKKEDD---LEAMNAEEDSLRNGG
:.:.. .: ::: . ::: :. :.::.: .: ... : ... :.::.
NP_067 MSKTFVKSKEMGEL--VNTPSWMDKGLGSQNEVKEEESRPGTYGMLSSLTEEHDSI----
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 EEEDEDEDLEEEEEEEEEDDDQKPKRRGPKKKKMTKARLERFKLRRMKANARERNRMHGL
:::::::.: .::::::::::::::::::::. ::.:::::::.:::::
NP_067 -----------EEEEEEEEDGEKPKRRGPKKKKMTKARLERFRARRVKANARERTRMHGL
60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 NAALDNLRKVVPCYSKTQKLSKIETLRLAKNYIWALSEILRSGKSPDLVSFVQTLCKGLS
: ::::::.:.::::::::::::::::::.::::::::.:..:..:. .::. ::::::
NP_067 NDALDNLRRVMPCYSKTQKLSKIETLRLARNYIWALSEVLETGQTPEGKGFVEMLCKGLS
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 QPTTNLVAGCLQLNPRTFLPEQNQDMPPHLPTASASFPVHPYSYQSPGLPSPPYGTMDSS
:::.:::::::::.:.. : :...: : .: . :: ..:::::::::::: :..
NP_067 QPTSNLVAGCLQLGPQSVLLEKHEDKSPICDSA---ISVHNFNYQSPGLPSPPYGHMET-
170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 HVFHVKPPPHAYSAALEPFFESPLTDCTSPSFDGPLSPPLSINGNFSFKHEPSAEFEKNY
:..:.: :..... : : : : ::..: ..:::.:::::.::::.:.. : ..::.:
NP_067 HLLHLK--PQVFKSLGESSFGSHLPDCSTPPYEGPLTPPLSISGNFSLKQDGSPDLEKSY
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 AFTMHYPAATLAGAQSHGSIFSGTAAPRCEIPIDNIMSFDSHSHHERVMSAQLNAIFHD
.: :::...:.... :.. :.. ..:: ..::: ::.::. :: ...:::..:
NP_067 SFMPHYPSSSLSSGHVHSTPFQA-GTPRYDVPID--MSYDSYPHHG--IGTQLNTVFTE
280 290 300 310 320 330
>>NP_006151 (OMIM: 601725) neurogenic differentiation fa (382 aa)
initn: 1075 init1: 811 opt: 1092 Z-score: 650.0 bits: 128.9 E(85289): 1.8e-29
Smith-Waterman score: 1092; 51.5% identity (69.5% similar) in 361 aa overlap (6-356:31-382)
10 20 30
pF1KB5 MTKSYSESGLMGEPQPQGP-PSWTDECLSSQDEEH
:..: : : .: :. ...
NP_006 MLTRLFSEPGLLSDVPKFASWGDGEDDEPRSDKGDAPPPPPPAPGPGAPGPARAAKPVPL
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KB5 EADKKEDDLEAMNAEEDSLRNGGEEEDEDEDLEEEEEEEEEDDDQKPKRRGPKKKKMTKA
.... . : :: : :::::.: ::::: .: . ..::.:::::.:::::
NP_006 RGEEGTEATLAEVKEEGEL--GGEEEEE----EEEEEGLDEAEGERPKKRGPKKRKMTKA
70 80 90 100 110
100 110 120 130 140 150
pF1KB5 RLERFKLRRMKANARERNRMHGLNAALDNLRKVVPCYSKTQKLSKIETLRLAKNYIWALS
:::: ::::.::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 RLERSKLRRQKANARERNRMHDLNAALDNLRKVVPCYSKTQKLSKIETLRLAKNYIWALS
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KB5 EILRSGKSPDLVSFVQTLCKGLSQPTTNLVAGCLQLNPRTFLPEQNQDMPPHLPTASASF
::::::: :::::.::::::::::::::::::::::: :.:: ::. : .. ... :
NP_006 EILRSGKRPDLVSYVQTLCKGLSQPTTNLVAGCLQLNSRNFLTEQGADGAGRFHGSGGPF
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KB5 PVHPYSYQSP---GLPSPPYGTMDSSHVFHVKPPPHAYSAALEPFFESPLTDCTSPSFD-
.::: : : : . .. . .. :.: :: : .. . .::...
NP_006 AMHPYPYPCSRLAGAQCQAAGGLGGGAAHALRT--HGYCAAYETLYAAAGGGGASPDYNS
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320
pF1KB5 ----GPLSPPLSINGNFSFKHEPSAEFEKNYAFTMHYPAATLAGAQSHGSIFSGTAAPRC
::::::: .:::::.:.. : . ::.: ..::: : . .:: .: :..: :
NP_006 SEYEGPLSPPLCLNGNFSLKQDSSPDHEKSYHYSMHYSALPGSRPTGHGLVF-GSSAVRG
300 310 320 330 340 350
330 340 350
pF1KB5 EIPIDNIMSFDSHSHHER-VMSAQLNAIFHD
. .:..:.: : ::.: : .:::.::.
NP_006 GVHSENLLSYDMHLHHDRGPMYEELNAFFHN
360 370 380
>>NP_073565 (OMIM: 611513) neurogenic differentiation fa (337 aa)
initn: 941 init1: 724 opt: 1011 Z-score: 604.0 bits: 120.2 E(85289): 6.6e-27
Smith-Waterman score: 1053; 49.9% identity (71.9% similar) in 359 aa overlap (1-356:2-337)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MTKSYSESGLMGEPQPQGPPSWTDECLSSQDEEHEADKKEDDLEAMNAEEDSLRNGGEE
.: ..:: .: :. : ... :: ..... : :. . . . :.. . :
NP_073 MLTLPFDESVVM--PESQMCRKFSREC----EDQKQIKKPESFSKQIVLRGKSIKRAPGE
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 EDEDEDLEEEEEEEEEDDDQKPKRRGPKKKKMTKARLERFKLRRMKANARERNRMHGLNA
: : : ::::..::::.. :.::: .::: :: :::: :.::..:::::::::::::
NP_073 ETEKE--EEEEDREEEDENGLPRRRGLRKKKTTKLRLERVKFRRQEANARERNRMHGLND
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 ALDNLRKVVPCYSKTQKLSKIETLRLAKNYIWALSEILRSGKSPDLVSFVQTLCKGLSQP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :: :::..:::.::::::::
NP_073 ALDNLRKVVPCYSKTQKLSKIETLRLAKNYIWALSEILRIGKRPDLLTFVQNLCKGLSQP
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 TTNLVAGCLQLNPRTFLPEQNQDMPPHLPTASASFPVHPYSYQSPGLPSPP-YGTMDSSH
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NP_073 TTNLVAGCLQLNARSFLMGQGGEAAHHTRSPYSTF--YP-PYHSPELTTPPGHGTLDNSK
180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 VFHVKPPPHAYSAALEPFFESPLTDCTSPSFDGPLSPP-LSINGNFSFKHEPSAEFEKNY
.. :. : .: : :.:: .:.::.:.:::::: .. :: ::.:.: . .. :::
NP_073 SMK----PYNYCSAYESFYESTSPECASPQFEGPLSPPPINYNGIFSLKQEETLDYGKNY
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 AFTMHYPAATLAGAQSHGSIFSGTAAPRCEIPIDNIMSFDSHSHHERV-MSAQLNAIFHD
. ::: :. : ..:..: ..: :. . .: : . . . :. .:::.::.
NP_073 NYGMHYCAVPPRGPLGQGAMF--------RLPTDSHFPYDLHLRSQSLTMQDELNAVFHN
290 300 310 320 330
>>NP_076924 (OMIM: 606624) neurogenin-2 [Homo sapiens] (272 aa)
initn: 326 init1: 271 opt: 297 Z-score: 195.0 bits: 44.2 E(85289): 0.0004
Smith-Waterman score: 297; 37.8% identity (58.0% similar) in 193 aa overlap (76-253:85-265)
50 60 70 80 90 100
pF1KB5 MNAEEDSLRNGGEEEDEDEDLEEEEEEEEEDDDQKPKR-RGPKKKKMTKARLERFK-LRR
: ..:.: :. .. : ..:.: ::
NP_076 RGAEAGQGARGGVAAGAEGCRPARLLGLVHDCKRRPSRARAVSRGAKTAETVQRIKKTRR
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150
pF1KB5 MKANARERNRMHGLNAALDNLRKVVPCYSKTQKLSKIETLRLAKNYIWALSEILR-----
.::: :::::::.:::::: ::.:.: . . ::.::::::.:.::::::.: ::
NP_076 LKANNRERNRMHNLNAALDALREVLPTFPEDAKLTKIETLRFAHNYIWALTETLRLADHC
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KB5 ---SGKSPD-LVSFVQTLCKGLSQPTTNLVAGCLQLNPRTFLPEQNQDMPPHLPTASASF
.: : : : . : : . .. : .. . .: . :. : .. .:
NP_076 GGGGGGLPGALFSEAVLLSPGGA--SAALSSSGDSPSPASTWSCTNSPAPS---SSVSSN
180 190 200 210 220
220 230 240 250 260 270
pF1KB5 PVHPYSYQ-SPGLPSPPYGTMDSSHVFHVKPPP---HAYSAALEPFFESPLTDCTSPSFD
. ::: ::. :: . :: . .::: : :. :
NP_076 STSPYSCTLSPA--SPAGSDMD-----YWQPPPPDKHRYAPHLPIARDCI
230 240 250 260 270
280 290 300 310 320 330
pF1KB5 GPLSPPLSINGNFSFKHEPSAEFEKNYAFTMHYPAATLAGAQSHGSIFSGTAAPRCEIPI
>>NP_006152 (OMIM: 601726) neurogenin-1 [Homo sapiens] (237 aa)
initn: 336 init1: 278 opt: 292 Z-score: 192.8 bits: 43.6 E(85289): 0.00053
Smith-Waterman score: 292; 55.3% identity (77.6% similar) in 85 aa overlap (75-158:65-149)
50 60 70 80 90 100
pF1KB5 AMNAEEDSLRNGGEEEDEDEDLEEEEEEEEEDDDQKPKRRGPKKKKMTKARLERFKL-RR
.::.:. .:: . . ..: :. .. ::
NP_006 LQQAASASGPPAPARRGAPNISRASEVPGAQDDEQERRRRRGRTRVRSEALLHSLRRSRR
40 50 60 70 80 90
110 120 130 140 150 160
pF1KB5 MKANARERNRMHGLNAALDNLRKVVPCYSKTQKLSKIETLRLAKNYIWALSEILRSGKSP
.::: :::::::.:::::: ::.:.: . ::.::::::.: ::::::.: ::
NP_006 VKANDRERNRMHNLNAALDALRSVLPSFPDDTKLTKIETLRFAYNYIWALAETLRLADQG
100 110 120 130 140 150
170 180 190 200 210 220
pF1KB5 DLVSFVQTLCKGLSQPTTNLVAGCLQLNPRTFLPEQNQDMPPHLPTASASFPVHPYSYQS
NP_006 LPGGGARERLLPPQCVPCLPGPPSPASDAESWGSGAAAASPLSDPSSPAASEDFTYRPGD
160 170 180 190 200 210
>>NP_066279 (OMIM: 604882,610370) neurogenin-3 [Homo sap (214 aa)
initn: 279 init1: 247 opt: 277 Z-score: 184.7 bits: 42.0 E(85289): 0.0015
Smith-Waterman score: 277; 38.5% identity (60.1% similar) in 148 aa overlap (14-158:3-140)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MTKSYSESGLMGEPQPQGPPSWTDECLSSQDEEHEADKKEDDLEA-MNAEEDSLRNGGEE
:::.: :. .. . :. .::.. .: . :. :
NP_066 MTPQPSGAPTVQ---VTRETERSFPRASEDEVTCPTSAPPSPTRTRG--
10 20 30 40
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 EDEDEDLEEEEEEEEEDDDQKPK-RRGPKKKKMTKARLER-FKLRRMKANARERNRMHGL
. : :: . .: . ::: ... .. : . . :: ::: :::::::.:
NP_066 -----NCAEAEEGGCRGAPRKLRARRGGRSRPKSELALSKQRRSRRKKANDRERNRMHNL
50 60 70 80 90
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 NAALDNLRKVVPCYSKTQKLSKIETLRLAKNYIWALSEILRSGKSPDLVSFVQTLCKGLS
:.::: :: :.: . ::.::::::.:.::::::.. ::
NP_066 NSALDALRGVLPTFPDDAKLTKIETLRFAHNYIWALTQTLRIADHSLYALEPPAPHCGEL
100 110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 QPTTNLVAGCLQLNPRTFLPEQNQDMPPHLPTASASFPVHPYSYQSPGLPSPPYGTMDSS
NP_066 GSPGGSPGDWGSLYSPVSQAGSLSPAASLEERPGLLGATFSACLSPGSLAFSDFL
160 170 180 190 200 210
>>XP_016871769 (OMIM: 604882,610370) PREDICTED: neurogen (214 aa)
initn: 279 init1: 247 opt: 277 Z-score: 184.7 bits: 42.0 E(85289): 0.0015
Smith-Waterman score: 277; 38.5% identity (60.1% similar) in 148 aa overlap (14-158:3-140)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MTKSYSESGLMGEPQPQGPPSWTDECLSSQDEEHEADKKEDDLEA-MNAEEDSLRNGGEE
:::.: :. .. . :. .::.. .: . :. :
XP_016 MTPQPSGAPTVQ---VTRETERSFPRASEDEVTCPTSAPPSPTRTRG--
10 20 30 40
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 EDEDEDLEEEEEEEEEDDDQKPK-RRGPKKKKMTKARLER-FKLRRMKANARERNRMHGL
. : :: . .: . ::: ... .. : . . :: ::: :::::::.:
XP_016 -----NCAEAEEGGCRGAPRKLRARRGGRSRPKSELALSKQRRSRRKKANDRERNRMHNL
50 60 70 80 90
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 NAALDNLRKVVPCYSKTQKLSKIETLRLAKNYIWALSEILRSGKSPDLVSFVQTLCKGLS
:.::: :: :.: . ::.::::::.:.::::::.. ::
XP_016 NSALDALRGVLPTFPDDAKLTKIETLRFAHNYIWALTQTLRIADHSLYALEPPAPHCGEL
100 110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 QPTTNLVAGCLQLNPRTFLPEQNQDMPPHLPTASASFPVHPYSYQSPGLPSPPYGTMDSS
XP_016 GSPGGSPGDWGSLYSPVSQAGSLSPAASLEERPGLLGATFSACLSPGSLAFSDFL
160 170 180 190 200 210
356 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 16:25:59 2016 done: Thu Nov 3 16:26:01 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]