Result of FASTA (omim) for
pFN21AB5101
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5101, 1049 aa
1>>>pF1KB5101 1049 - 1049 aa - 1049 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0255+/-0.000379; mu= 19.3204+/- 0.024
mean_var=100.9018+/-21.067, 0's: 0 Z-trim(115.6): 96 B-trim: 1421 in 1/54
Lambda= 0.127681
statistics sampled from 26111 (26213) to 26111 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.664), E-opt: 0.2 (0.307), width: 16
Scan time: 14.060
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_002196 (OMIM: 135620) integrin alpha-5 precurso (1049) 7138 1326.2 0
NP_003629 (OMIM: 191830,604063) integrin alpha-8 I (1063) 2840 534.5 1.2e-150
XP_011518054 (OMIM: 191830,604063) PREDICTED: inte ( 799) 2596 489.4 3.3e-137
NP_001138471 (OMIM: 193210) integrin alpha-V isofo (1002) 2581 486.7 2.7e-136
NP_002201 (OMIM: 193210) integrin alpha-V isoform (1048) 2581 486.8 2.8e-136
NP_001138472 (OMIM: 193210) integrin alpha-V isofo (1012) 2132 404.0 2.1e-111
NP_000410 (OMIM: 187800,273800,607759) integrin al (1039) 2058 390.4 2.8e-107
XP_011523052 (OMIM: 187800,273800,607759) PREDICTE (1000) 1934 367.6 2e-100
NP_001278423 (OMIM: 191830,604063) integrin alpha- (1048) 1931 367.0 3.1e-100
XP_011523051 (OMIM: 187800,273800,607759) PREDICTE (1005) 1856 353.2 4.3e-96
NP_000876 (OMIM: 192975) integrin alpha-4 isoform (1032) 837 165.5 1.4e-39
NP_002198 (OMIM: 603963) integrin alpha-9 precurso (1035) 716 143.2 7.2e-33
NP_002195 (OMIM: 605025,614748) integrin alpha-3 p (1051) 669 134.6 2.9e-30
XP_011544138 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al (1189) 592 120.4 6e-26
XP_011544137 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al (1190) 587 119.5 1.1e-25
XP_011544140 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al (1179) 583 118.8 1.9e-25
NP_001107852 (OMIM: 153370) integrin alpha-L isofo (1086) 576 117.4 4.3e-25
XP_005255370 (OMIM: 153370) PREDICTED: integrin al (1169) 576 117.5 4.6e-25
XP_011544151 (OMIM: 153370) PREDICTED: integrin al (1074) 574 117.1 5.5e-25
XP_006721107 (OMIM: 153370) PREDICTED: integrin al (1087) 574 117.1 5.6e-25
NP_002200 (OMIM: 153370) integrin alpha-L isoform (1170) 574 117.1 5.9e-25
XP_011544141 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al (1173) 567 115.8 1.4e-24
XP_011544145 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al (1028) 566 115.6 1.5e-24
XP_005254285 (OMIM: 604789) PREDICTED: integrin al (1086) 566 115.6 1.5e-24
XP_011519665 (OMIM: 604789) PREDICTED: integrin al (1119) 566 115.6 1.6e-24
XP_016878704 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al (1164) 566 115.6 1.6e-24
NP_001004439 (OMIM: 604789) integrin alpha-11 prec (1188) 566 115.6 1.7e-24
XP_011544139 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al (1189) 565 115.4 1.9e-24
NP_005344 (OMIM: 602453) integrin alpha-D isoform (1161) 564 115.3 2.1e-24
NP_001305114 (OMIM: 602453) integrin alpha-D isofo (1162) 563 115.1 2.4e-24
XP_011544143 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al (1160) 556 113.8 5.8e-24
XP_011544144 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al (1103) 530 109.0 1.6e-22
NP_000623 (OMIM: 120980,609939) integrin alpha-M i (1152) 526 108.2 2.7e-22
XP_011544152 (OMIM: 120980,609939) PREDICTED: inte (1091) 525 108.0 2.9e-22
NP_001139280 (OMIM: 120980,609939) integrin alpha- (1153) 525 108.1 3e-22
XP_016878705 (OMIM: 120980,609939) PREDICTED: inte ( 917) 522 107.4 3.7e-22
NP_000878 (OMIM: 151510) integrin alpha-X isoform (1163) 519 107.0 6.6e-22
NP_001273304 (OMIM: 151510) integrin alpha-X isofo (1169) 519 107.0 6.6e-22
NP_002199 (OMIM: 604682) integrin alpha-E precurso (1179) 506 104.6 3.5e-21
XP_011522127 (OMIM: 604682) PREDICTED: integrin al (1185) 506 104.6 3.5e-21
XP_016880075 (OMIM: 604682) PREDICTED: integrin al (1191) 506 104.6 3.5e-21
XP_011522125 (OMIM: 604682) PREDICTED: integrin al (1217) 506 104.6 3.6e-21
XP_011522130 (OMIM: 604682) PREDICTED: integrin al (1137) 502 103.8 5.7e-21
XP_011522129 (OMIM: 604682) PREDICTED: integrin al (1163) 502 103.8 5.8e-21
XP_011544148 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al ( 790) 491 101.7 1.7e-20
XP_016858117 (OMIM: 604042) PREDICTED: integrin al ( 796) 491 101.7 1.8e-20
XP_016858116 (OMIM: 604042) PREDICTED: integrin al ( 835) 491 101.7 1.8e-20
XP_011508385 (OMIM: 604042) PREDICTED: integrin al (1002) 491 101.8 2.1e-20
NP_001289970 (OMIM: 604042) integrin alpha-10 isof (1024) 491 101.8 2.1e-20
NP_001289969 (OMIM: 604042) integrin alpha-10 isof (1036) 491 101.8 2.2e-20
>>NP_002196 (OMIM: 135620) integrin alpha-5 precursor [H (1049 aa)
initn: 7138 init1: 7138 opt: 7138 Z-score: 7104.3 bits: 1326.2 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 7138; 100.0% identity (100.0% similar) in 1049 aa overlap (1-1049:1-1049)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MGSRTPESPLHAVQLRWGPRRRPPLLPLLLLLLPPPPRVGGFNLDAEAPAVLSGPPGSFF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 MGSRTPESPLHAVQLRWGPRRRPPLLPLLLLLLPPPPRVGGFNLDAEAPAVLSGPPGSFF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 GFSVEFYRPGTDGVSVLVGAPKANTSQPGVLQGGAVYLCPWGASPTQCTPIEFDSKGSRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 GFSVEFYRPGTDGVSVLVGAPKANTSQPGVLQGGAVYLCPWGASPTQCTPIEFDSKGSRL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 LESSLSSSEGEEPVEYKSLQWFGATVRAHGSSILACAPLYSWRTEKEPLSDPVGTCYLST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 LESSLSSSEGEEPVEYKSLQWFGATVRAHGSSILACAPLYSWRTEKEPLSDPVGTCYLST
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 DNFTRILEYAPCRSDFSWAAGQGYCQGGFSAEFTKTGRVVLGGPGSYFWQGQILSATQEQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 DNFTRILEYAPCRSDFSWAAGQGYCQGGFSAEFTKTGRVVLGGPGSYFWQGQILSATQEQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 IAESYYPEYLINLVQGQLQTRQASSIYDDSYLGYSVAVGEFSGDDTEDFVAGVPKGNLTY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 IAESYYPEYLINLVQGQLQTRQASSIYDDSYLGYSVAVGEFSGDDTEDFVAGVPKGNLTY
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 GYVTILNGSDIRSLYNFSGEQMASYFGYAVAATDVNGDGLDDLLVGAPLLMDRTPDGRPQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 GYVTILNGSDIRSLYNFSGEQMASYFGYAVAATDVNGDGLDDLLVGAPLLMDRTPDGRPQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 EVGRVYVYLQHPAGIEPTPTLTLTGHDEFGRFGSSLTPLGDLDQDGYNDVAIGAPFGGET
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 EVGRVYVYLQHPAGIEPTPTLTLTGHDEFGRFGSSLTPLGDLDQDGYNDVAIGAPFGGET
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 QQGVVFVFPGGPGGLGSKPSQVLQPLWAASHTPDFFGSALRGGRDLDGNGYPDLIVGSFG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 QQGVVFVFPGGPGGLGSKPSQVLQPLWAASHTPDFFGSALRGGRDLDGNGYPDLIVGSFG
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 VDKAVVYRGRPIVSASASLTIFPAMFNPEERSCSLEGNPVACINLSFCLNASGKHVADSI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 VDKAVVYRGRPIVSASASLTIFPAMFNPEERSCSLEGNPVACINLSFCLNASGKHVADSI
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB5 GFTVELQLDWQKQKGGVRRALFLASRQATLTQTLLIQNGAREDCREMKIYLRNESEFRDK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 GFTVELQLDWQKQKGGVRRALFLASRQATLTQTLLIQNGAREDCREMKIYLRNESEFRDK
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB5 LSPIHIALNFSLDPQAPVDSHGLRPALHYQSKSRIEDKAQILLDCGEDNICVPDLQLEVF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 LSPIHIALNFSLDPQAPVDSHGLRPALHYQSKSRIEDKAQILLDCGEDNICVPDLQLEVF
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB5 GEQNHVYLGDKNALNLTFHAQNVGEGGAYEAELRVTAPPEAEYSGLVRHPGNFSSLSCDY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 GEQNHVYLGDKNALNLTFHAQNVGEGGAYEAELRVTAPPEAEYSGLVRHPGNFSSLSCDY
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB5 FAVNQSRLLVCDLGNPMKAGASLWGGLRFTVPHLRDTKKTIQFDFQILSKNLNNSQSDVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 FAVNQSRLLVCDLGNPMKAGASLWGGLRFTVPHLRDTKKTIQFDFQILSKNLNNSQSDVV
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB5 SFRLSVEAQAQVTLNGVSKPEAVLFPVSDWHPRDQPQKEEDLGPAVHHVYELINQGPSSI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 SFRLSVEAQAQVTLNGVSKPEAVLFPVSDWHPRDQPQKEEDLGPAVHHVYELINQGPSSI
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB5 SQGVLELSCPQALEGQQLLYVTRVTGLNCTTNHPINPKGLELDPEGSLHHQQKREAPSRS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 SQGVLELSCPQALEGQQLLYVTRVTGLNCTTNHPINPKGLELDPEGSLHHQQKREAPSRS
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KB5 SASSGPQILKCPEAECFRLRCELGPLHQQESQSLQLHFRVWAKTFLQREHQPFSLQCEAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 SASSGPQILKCPEAECFRLRCELGPLHQQESQSLQLHFRVWAKTFLQREHQPFSLQCEAV
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KB5 YKALKMPYRILPRQLPQKERQVATAVQWTKAEGSYGVPLWIIILAILFGLLLLGLLIYIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 YKALKMPYRILPRQLPQKERQVATAVQWTKAEGSYGVPLWIIILAILFGLLLLGLLIYIL
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040
pF1KB5 YKLGFFKRSLPYGTAMEKAQLKPPATSDA
:::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 YKLGFFKRSLPYGTAMEKAQLKPPATSDA
1030 1040
>>NP_003629 (OMIM: 191830,604063) integrin alpha-8 Isofo (1063 aa)
initn: 2256 init1: 986 opt: 2840 Z-score: 2825.4 bits: 534.5 E(85289): 1.2e-150
Smith-Waterman score: 3187; 45.5% identity (73.7% similar) in 1062 aa overlap (18-1049:8-1063)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MGSRTPESPLHAVQLRWGPR-RRPPLL-PLL-----LLLLPPPPRVGGFNLDAEAPAVLS
::: . ::. :: : .: : .::::.: .: :
NP_003 MSPGASRGPRGSQAPLIAPLCCAAAALGMLLWSPACQAFNLDVEKLTVYS
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 GPPGSFFGFSVEFYRPGTDGVSVLVGAPKANTSQPGVLQGGAVYLCPWGASPT-QCTPIE
:: ::.::..:.:. : . .:::::::::::::: ...::::: ::: : . :: :
NP_003 GPKGSYFGYAVDFHIPDARTASVLVGAPKANTSQPDIVEGGAVYYCPWPAEGSAQCRQIP
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 FDSKGSRLLESSLSSSEGEEPVEYKSLQWFGATVRAHGSSILACAPLYSWRTEKE-PLSD
::. ..: .. . . .::.:.:: :::::::.:: ....:::::: ::: : : .:
NP_003 FDTTNNRKIRVNGT----KEPIEFKSNQWFGATVKAHKGKVVACAPLYHWRTLKPTPEKD
120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 PVGTCYLSTDNFTRILEYAPCRSDFSWAAGQGYCQGGFSAEFTKTGRVVLGGPGSYFWQG
::::::.. .::. :..:::.. . ::::::.::: .: :.: ...:::::..:::
NP_003 PVGTCYVAIQNFSAYAEFSPCRNSNADPEGQGYCQAGFSLDFYKNGDLIVGGPGSFYWQG
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 QILSATQEQIAESYYPEYLINLVQGQLQTRQASSIYDDSYLGYSVAVGEFSGDDTEDFVA
:...:. .: .: . .. . :. ::. : . :::::::::::.:::.::. ...::
NP_003 QVITASVADIIANYSFKDILRKLAGEKQTEVAPASYDDSYLGYSVAAGEFTGDSQQELVA
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 GVPKGNLTYGYVTILNGSDIRSLYNFSGEQMASYFGYAVAATDVNGDGLDDLLVGAPLLM
:.:.: ..:::.:.:..:. . ::.::::::::::.:...:::.:::::.::::::.:
NP_003 GIPRGAQNFGYVSIINSTDMTFIQNFTGEQMASYFGYTVVVSDVNSDGLDDVLVGAPLFM
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 DRTPDGRPQEVGRVYVYLQHPAGIEPTPTLTLTGHDEFGRFGSSLTPLGDLDQDGYNDVA
.: .. :.:::..:.::: . . : . ::: . ::::::... ::::.::::::.:
NP_003 EREFESNPREVGQIYLYLQVSSLLFRDPQI-LTGTETFGRFGSAMAHLGDLNQDGYNDIA
350 360 370 380 390 400
420 430 440 450 460 470
pF1KB5 IGAPFGGETQQGVVFVFPGGPGGLGSKPSQVLQPLWAASHTPDFFGSALRGGRDLDGNGY
::.::.:. :.: :... :. ::..::::::: .::. .:. :: .::: :.: : :
NP_003 IGVPFAGKDQRGKVLIYNGNKDGLNTKPSQVLQGVWASHAVPSGFGFTLRGDSDIDKNDY
410 420 430 440 450 460
480 490 500 510 520
pF1KB5 PDLIVGSFGVDKAVVYRGRPIVSASASLTIFPAMFNPEERSCSLEGN--PVACINLSFCL
::::::.::. :..:::.::.:...:.: . : ..: :...:.. . .::..: :
NP_003 PDLIVGAFGTGKVAVYRARPVVTVDAQLLLHPMIINLENKTCQVPDSMTSAACFSLRVCA
470 480 490 500 510 520
530 540 550 560 570 580
pF1KB5 NASGKHVADSIGFTVELQLDWQKQKGGVRRALFLASRQATLTQTLLIQNGAREDCREMKI
...:. .:..: . .:.::: ::::...:.::: ..:: . :.:. ..:... .
NP_003 SVTGQSIANTIVLMAEVQLDSLKQKGAIKRTLFLDNHQAHRVFPLVIKRQKSHQCQDFIV
530 540 550 560 570 580
590 600 610 620 630 640
pF1KB5 YLRNESEFRDKLSPIHIALNFSLDPQAPVDSHGLRPALHYQSKSRIEDKAQILLDCGEDN
:::.:.:::::::::.:.::.::: .. .. ..: :.: .. . ..:.::.::::::
NP_003 YLRDETEFRDKLSPINISLNYSLDESTFKEGLEVKPILNYYRENIVSEQAHILVDCGEDN
590 600 610 620 630 640
650 660 670 680 690 700
pF1KB5 ICVPDLQLEVFGEQNHVYLGDKNALNLTFHAQNVGEGGAYEAELRVTAPPEAEYSGLVRH
.:::::.: . ....: .::.: : : ..:.: ::: :::::: : : ::.: :. :.
NP_003 LCVPDLKLSARPDKHQVIIGDENHLMLIINARNEGEG-AYEAELFVMIPEEADYVGIERN
650 660 670 680 690 700
710 720 730 740 750 760
pF1KB5 PGNFSSLSCDYFAVNQSRLLVCDLGNPMKAGASLWGGLRFTVPHLRDTKKTIQFDFQILS
.: :::.: : .:..:::::::: .:.. ::::.::.:. :. .:.::.:: :
NP_003 NKGFRPLSCEYKMENVTRMVVCDLGNPMVSGTNYSLGLRFAVPRLEKTNMSINFDLQIRS
710 720 730 740 750 760
770 780 790 800 810 820
pF1KB5 KNLNNSQSDVVSFRLSVEAQAQVTLNGVSKPEAVLFPVSDWHPRDQPQKEEDLGPAVHHV
.: .: .:. ::..... : ::: . :::.: ...:. .:.:...:.:::..:: :.:.
NP_003 SNKDNPDSNFVSLQINITAVAQVEIRGVSHPPQIVLPIHNWEPEEEPHKEEEVGPLVEHI
770 780 790 800 810 820
830 840 850 860 870 880
pF1KB5 YELINQGPSSISQGVLELSCPQALEGQQLLYVTRVTGLN---CTTNHPINPKGL------
::: : :::.::. .::.. : . . . :::. .. :. : : :::. .
NP_003 YELHNIGPSTISDTILEVGWPFSARDEFLLYIFHIQTLGPLQCQPNPNINPQDIKPAASP
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