Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB5062
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5062, 655 aa
1>>>pF1KB5062 655 - 655 aa - 655 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1001+/-0.00123; mu= 15.0737+/- 0.074
mean_var=72.8619+/-14.425, 0's: 0 Z-trim(101.4): 75 B-trim: 0 in 0/49
Lambda= 0.150253
statistics sampled from 6418 (6493) to 6418 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.548), E-opt: 0.2 (0.199), width: 16
Scan time: 3.230
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS3628.1 ABCG2 gene_id:9429|Hs108|chr4 ( 655) 4250 931.3 0
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CCDS13682.1 ABCG1 gene_id:9619|Hs108|chr21 ( 678) 945 214.9 3e-55
CCDS1815.1 ABCG8 gene_id:64241|Hs108|chr2 ( 673) 850 194.3 4.7e-49
CCDS1814.1 ABCG5 gene_id:64240|Hs108|chr2 ( 651) 670 155.3 2.5e-37
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CCDS42938.1 ABCG1 gene_id:9619|Hs108|chr21 ( 666) 620 144.4 4.7e-34
CCDS42937.1 ABCG1 gene_id:9619|Hs108|chr21 ( 668) 620 144.4 4.8e-34
CCDS13683.1 ABCG1 gene_id:9619|Hs108|chr21 ( 677) 620 144.4 4.8e-34
CCDS8415.1 ABCG4 gene_id:64137|Hs108|chr11 ( 646) 613 142.9 1.3e-33
CCDS11681.1 ABCA9 gene_id:10350|Hs108|chr17 (1624) 317 78.9 6.3e-14
CCDS74138.1 ABCA8 gene_id:10351|Hs108|chr17 (1616) 304 76.0 4.5e-13
CCDS74139.1 ABCA8 gene_id:10351|Hs108|chr17 (1621) 304 76.0 4.5e-13
CCDS43909.1 ABCA2 gene_id:20|Hs108|chr9 (2436) 288 72.6 7.2e-12
CCDS11684.1 ABCA10 gene_id:10349|Hs108|chr17 (1543) 280 70.8 1.6e-11
CCDS12055.1 ABCA7 gene_id:10347|Hs108|chr19 (2146) 281 71.1 1.8e-11
CCDS64798.1 ABCB8 gene_id:11194|Hs108|chr7 ( 630) 271 68.8 2.7e-11
CCDS5913.1 ABCB8 gene_id:11194|Hs108|chr7 ( 718) 271 68.8 3e-11
CCDS64799.1 ABCB8 gene_id:11194|Hs108|chr7 ( 735) 271 68.8 3.1e-11
CCDS11683.1 ABCA6 gene_id:23460|Hs108|chr17 (1617) 274 69.5 4e-11
>>CCDS3628.1 ABCG2 gene_id:9429|Hs108|chr4 (655 aa)
initn: 4250 init1: 4250 opt: 4250 Z-score: 4977.5 bits: 931.3 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4250; 100.0% identity (100.0% similar) in 655 aa overlap (1-655:1-655)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MSSSNVEVFIPVSQGNTNGFPATASNDLKAFTEGAVLSFHNICYRVKLKSGFLPCRKPVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 MSSSNVEVFIPVSQGNTNGFPATASNDLKAFTEGAVLSFHNICYRVKLKSGFLPCRKPVE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 KEILSNINGIMKPGLNAILGPTGGGKSSLLDVLAARKDPSGLSGDVLINGAPRPANFKCN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 KEILSNINGIMKPGLNAILGPTGGGKSSLLDVLAARKDPSGLSGDVLINGAPRPANFKCN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 SGYVVQDDVVMGTLTVRENLQFSAALRLATTMTNHEKNERINRVIQELGLDKVADSKVGT
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190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 QFIRGVSGGERKRTSIGMELITDPSILFLDEPTTGLDSSTANAVLLLLKRMSKQGRTIIF
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 SIHQPRYSIFKLFDSLTLLASGRLMFHGPAQEALGYFESAGYHCEAYNNPADFFLDIING
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 SIHQPRYSIFKLFDSLTLLASGRLMFHGPAQEALGYFESAGYHCEAYNNPADFFLDIING
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 DSTAVALNREEDFKATEIIEPSKQDKPLIEKLAEIYVNSSFYKETKAELHQLSGGEKKKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 DSTAVALNREEDFKATEIIEPSKQDKPLIEKLAEIYVNSSFYKETKAELHQLSGGEKKKK
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 ITVFKEISYTTSFCHQLRWVSKRSFKNLLGNPQASIAQIIVTVVLGLVIGAIYFGLKNDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 ITVFKEISYTTSFCHQLRWVSKRSFKNLLGNPQASIAQIIVTVVLGLVIGAIYFGLKNDS
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 TGIQNRAGVLFFLTTNQCFSSVSAVELFVVEKKLFIHEYISGYYRVSSYFLGKLLSDLLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 TGIQNRAGVLFFLTTNQCFSSVSAVELFVVEKKLFIHEYISGYYRVSSYFLGKLLSDLLP
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 MRMLPSIIFTCIVYFMLGLKPKADAFFVMMFTLMMVAYSASSMALAIAAGQSVVSVATLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 MRMLPSIIFTCIVYFMLGLKPKADAFFVMMFTLMMVAYSASSMALAIAAGQSVVSVATLL
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB5 MTICFVFMMIFSGLLVNLTTIASWLSWLQYFSIPRYGFTALQHNEFLGQNFCPGLNATGN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 MTICFVFMMIFSGLLVNLTTIASWLSWLQYFSIPRYGFTALQHNEFLGQNFCPGLNATGN
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650
pF1KB5 NPCNYATCTGEEYLVKQGIDLSPWGLWKNHVALACMIVIFLTIAYLKLLFLKKYS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 NPCNYATCTGEEYLVKQGIDLSPWGLWKNHVALACMIVIFLTIAYLKLLFLKKYS
610 620 630 640 650
>>CCDS58910.1 ABCG2 gene_id:9429|Hs108|chr4 (611 aa)
initn: 3520 init1: 3520 opt: 3520 Z-score: 4122.8 bits: 773.0 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 3520; 99.8% identity (100.0% similar) in 550 aa overlap (1-550:1-550)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MSSSNVEVFIPVSQGNTNGFPATASNDLKAFTEGAVLSFHNICYRVKLKSGFLPCRKPVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 MSSSNVEVFIPVSQGNTNGFPATASNDLKAFTEGAVLSFHNICYRVKLKSGFLPCRKPVE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 KEILSNINGIMKPGLNAILGPTGGGKSSLLDVLAARKDPSGLSGDVLINGAPRPANFKCN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 KEILSNINGIMKPGLNAILGPTGGGKSSLLDVLAARKDPSGLSGDVLINGAPRPANFKCN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 SGYVVQDDVVMGTLTVRENLQFSAALRLATTMTNHEKNERINRVIQELGLDKVADSKVGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 SGYVVQDDVVMGTLTVRENLQFSAALRLATTMTNHEKNERINRVIQELGLDKVADSKVGT
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 QFIRGVSGGERKRTSIGMELITDPSILFLDEPTTGLDSSTANAVLLLLKRMSKQGRTIIF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 QFIRGVSGGERKRTSIGMELITDPSILFLDEPTTGLDSSTANAVLLLLKRMSKQGRTIIF
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 SIHQPRYSIFKLFDSLTLLASGRLMFHGPAQEALGYFESAGYHCEAYNNPADFFLDIING
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 SIHQPRYSIFKLFDSLTLLASGRLMFHGPAQEALGYFESAGYHCEAYNNPADFFLDIING
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 DSTAVALNREEDFKATEIIEPSKQDKPLIEKLAEIYVNSSFYKETKAELHQLSGGEKKKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 DSTAVALNREEDFKATEIIEPSKQDKPLIEKLAEIYVNSSFYKETKAELHQLSGGEKKKK
310 320 330 340 350 360
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pF1KB5 ITVFKEISYTTSFCHQLRWVSKRSFKNLLGNPQASIAQIIVTVVLGLVIGAIYFGLKNDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 ITVFKEISYTTSFCHQLRWVSKRSFKNLLGNPQASIAQIIVTVVLGLVIGAIYFGLKNDS
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 TGIQNRAGVLFFLTTNQCFSSVSAVELFVVEKKLFIHEYISGYYRVSSYFLGKLLSDLLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 TGIQNRAGVLFFLTTNQCFSSVSAVELFVVEKKLFIHEYISGYYRVSSYFLGKLLSDLLP
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pF1KB5 MRMLPSIIFTCIVYFMLGLKPKADAFFVMMFTLMMVAYSASSMALAIAAGQSVVSVATLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 MRMLPSIIFTCIVYFMLGLKPKADAFFVMMFTLMMVAYSASSMALAIAAGQSVVSVATLL
490 500 510 520 530 540
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pF1KB5 MTICFVFMMIFSGLLVNLTTIASWLSWLQYFSIPRYGFTALQHNEFLGQNFCPGLNATGN
:::::::::.
CCDS58 MTICFVFMMVCWSISQPLHLGCHGFSTSAFHDMDLRLCSIMNFWDKTSAQDSMQQETILV
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>>CCDS13682.1 ABCG1 gene_id:9619|Hs108|chr21 (678 aa)
initn: 740 init1: 369 opt: 945 Z-score: 1105.4 bits: 214.9 E(32554): 3e-55
Smith-Waterman score: 954; 29.2% identity (66.8% similar) in 602 aa overlap (56-650:93-672)
30 40 50 60 70 80
pF1KB5 NDLKAFTEGAVLSFHNICYRVKLKSGFLPCRKPVEKEILSNINGIMKPG-LNAILGPTGG
:: : .:..:.: .. : : ::.::.:.
CCDS13 AQRFSSLPRRAAVNIEFRDLSYSVPEGPWWRKKGYKTLLKGISGKFNSGELVAIMGPSGA
70 80 90 100 110 120
90 100 110 120 130 140
pF1KB5 GKSSLLDVLAARKDPSGLSGDVLINGAPRPAN-FKCNSGYVVQDDVVMGTLTVRENLQFS
:::.:...::. .. .:..: ::::: :: :. : :..:::... :::.: .. :
CCDS13 GKSTLMNILAGYRE-TGMKGAVLINGLPRDLRCFRKVSCYIMQDDMLLPHLTVQEAMMVS
130 140 150 160 170 180
150 160 170 180 190 200
pF1KB5 AALRLATTMTNHEKNERINRVIQELGLDKVADSKVGTQFIRGVSGGERKRTSIGMELITD
: :.: .. . : ..... ::: . :....:. .:::.::: .:..::...
CCDS13 AHLKLQEK--DEGRREMVKEILTALGLLSCANTRTGS-----LSGGQRKRLAIALELVNN
190 200 210 220 230
210 220 230 240 250 260
pF1KB5 PSILFLDEPTTGLDSSTANAVLLLLKRMSKQGRTIIFSIHQPRYSIFKLFDSLTLLASGR
: ..:.::::.::::.. :. :.: ... ::.:: .:::: ..:.:::.: .:..:.
CCDS13 PPVMFFDEPTSGLDSASCFQVVSLMKGLAQGGRSIICTIHQPSAKLFELFDQLYVLSQGQ
240 250 260 270 280 290
270 280 290 300 310 320
pF1KB5 LMFHGPAQEALGYFESAGYHCEAYNNPADFFLDIINGDSTAVALNREEDFKATEIIEPSK
...: . . . :... : .: .:.::::: ... .:. ... . .. .. .
CCDS13 CVYRGKVCNLVPYLRDLGLNCPTYHNPADFVMEVASGEYG------DQNSRLVRAVREGM
300 310 320 330 340
330 340 350 360 370 380
pF1KB5 QDKPLIEKLA-EIYVNSSFYKETKAELHQLS--GGEKKKKITVFKEISYTTSFCHQLRWV
:. . :. . :: .... . :..: . : .: . .. :...: :. .
CCDS13 CDSDHKRDLGGDAEVNPFLWHRPSEEVKQTKRLKGLRKDSSSMEGCHSFSASCLTQFCIL
350 360 370 380 390 400
390 400 410 420 430 440
pF1KB5 SKRSFKNLLGNPQASIAQIIVTVVLGLVIGAIYFGLKNDSTGIQNRAGVLFFLTTNQCFS
::.: ... . . .: . .::.:: .:.:. :.. . . .: ::: :.
CCDS13 FKRTFLSIMRDSVLTHLRITSHIGIGLLIGLLYLGIGNEAKKVLSNSGFLFFSMLFLMFA
410 420 430 440 450 460
450 460 470 480 490
pF1KB5 SV-SAVELFVVEKKLFIHEYISGYYRVSSYFLGKLLSDLLPMRMLPSIIFTCIVYFMLGL
.. .: : .: .:..:... .: ...:.:.: ..:. :.... . . :::.: .
CCDS13 ALMPTVLTFPLEMGVFLREHLNYWYSLKAYYLAKTMADV-PFQIMFPVAYCSIVYWMTS-
470 480 490 500 510 520
500 510 520 530 540 550
pF1KB5 KPKADAFFVMMFTL-MMVAYSASSMALAIAAGQSVVSVATLLMTICFVFMMIFSGLLVNL
.:. . ::.. .: :.. :.:..: :.:... ..:::.. . . ...:::..:..
CCDS13 QPSDAVRFVLFAALGTMTSLVAQSLGLLIGAASTSLQVATFVGPVTAIPVLLFSGFFVSF
530 540 550 560 570 580
560 570 580 590 600 610
pF1KB5 TTIASWLSWLQYFSIPRYGFTALQHNEFLGQNFCPGLNATGNNPCNYATCTGEEYLVKQG
:: ..:.:..:.: :::: .. . . : . :. .. :.. : ....
CCDS13 DTIPTYLQWMSYISYVRYGFEGVILSIY-GLDR-EDLHCDIDETCHFQKS---EAILRE-
590 600 610 620 630 640
620 630 640 650
pF1KB5 IDLSPWGLWKNHVALACMIVIFLTIAYLKLLFLKKYS
.:. :. . ..:. ... . :::. : .
CCDS13 LDVENAKLYLDFIVLGIFFISLRLIAYFVLRYKIRAER
650 660 670
>>CCDS1815.1 ABCG8 gene_id:64241|Hs108|chr2 (673 aa)
initn: 771 init1: 567 opt: 850 Z-score: 994.2 bits: 194.3 E(32554): 4.7e-49
Smith-Waterman score: 866; 28.5% identity (64.4% similar) in 607 aa overlap (55-653:80-667)
30 40 50 60 70 80
pF1KB5 SNDLKAFTEGAVLSFHNICYRVKLKSGFLPCRKPVEKEILSNINGIMKPG-LNAILGPTG
:.. : : .:.. .. : . ::.: .:
CCDS18 RDLNYQVDLASQVPWFEQLAQFKMPWTSPSCQNSCELGI-QNLSFKVRSGQMLAIIGSSG
50 60 70 80 90 100
90 100 110 120 130 140
pF1KB5 GGKSSLLDVLAARKDPSGL-SGDVLINGAPRPANF--KCNSGYVVQDDVVMGTLTVRENL
:..:::::...: . . ::.. ::: : .. :: ..: : . .. .:::::.:
CCDS18 CGRASLLDVITGRGHGGKIKSGQIWINGQPSSPQLVRKC-VAHVRQHNQLLPNLTVRETL
110 120 130 140 150 160
150 160 170 180 190 200
pF1KB5 QFSAALRLATTMTNHEKNERINRVIQELGLDKVADSKVGTQFIRGVSGGERKRTSIGMEL
: : .:: :... ....:.. :: :: : . ::..::....::.:::::.:.:::..:
CCDS18 AFIAQMRLPRTFSQAQRDKRVEDVIAELRLRQCADTRVGNMYVRGLSGGERRRVSIGVQL
170 180 190 200 210 220
210 220 230 240 250 260
pF1KB5 ITDPSILFLDEPTTGLDSSTANAVLLLLKRMSKQGRTIIFSIHQPRYSIFKLFDSLTLLA
. .:.::.:::::.:::: ::. .. :.:..: .: ...:.:::: .::.::: . :..
CCDS18 LWNPGILILDEPTSGLDSFTAHNLVKTLSRLAKGNRLVLISLHQPRSDIFRLFDLVLLMT
230 240 250 260 270 280
270 280 290 300 310 320
pF1KB5 SGRLMFHGPAQEALGYFESAGYHCEAYNNPADFFLDIINGDSTAVALNREEDFKATEIIE
:: .. : ::. . :: . :: : :.:::::..:. . : . ::... . : .
CCDS18 SGTPIYLGAAQHMVQYFTAIGYPCPRYSNPADFYVDLTSIDRRS----REQELATRE--K
290 300 310 320 330 340
330 340 350 360 370
pF1KB5 PSKQDKPLIEKLAEIYVNSSFYKETKAELHQLSGGEKKKKITVFKEISYTTSF---CHQL
.. ..::. .. .. ..: .: . . :.. . . :.. .:.
CCDS18 AQSLAALFLEKVRDL--DDFLWKAETKDLDEDTCVESSVTPLDTNCLPSPTKMPGAVQQF
350 360 370 380 390
380 390 400 410 420 430
pF1KB5 RWVSKRSFKNLLGNPQASIAQIIVTVVLGLVIGAIYFGLKNDSTGIQNRAGVLFFLTTNQ
. .:...: . . . . . . .....:: .::: . . .... :..::.. .
CCDS18 TTLIRRQISNDFRDLPTLLIHGAEACLMSMTIGFLYFGHGSIQLSFMDTAALLFMIGALI
400 410 420 430 440 450
440 450 460 470 480 490
pF1KB5 CFSSV-SAVELFVVEKKLFIHEYISGYYRVSSYFLGKLLSDLLPMRMLPSIIFTCIVYFM
:. . ... :. .. .: .: : .. ::..:.:..: : . ::. .:..
CCDS18 PFNVILDVISKCYSERAMLYYELEDGLYTTGPYFFAKILGEL-PEHCAYIIIYGMPTYWL
460 470 480 490 500 510
500 510 520 530 540 550
pF1KB5 LGLKPKADAFFVMMFTLMMVAYSASSMALAIAAGQSVVSVATLLMTICFVFMMIFSGLLV
.:.: . :.. .. . .:.. :::: :: . .:... . . ... .:...
CCDS18 ANLRPGLQPFLLHFLLVWLVVFCCRIMALAAAALLPTFHMASFFSNALYNSFYLAGGFMI
520 530 540 550 560 570
560 570 580 590 600 610
pF1KB5 NLTTIASWLSWLQYFSIPRYGFTALQHNEFLGQNFCPGLNATGNNPCNYATCTGEEYLVK
::... . .:.. :. :. : .:.. .: ... : :: . .:.. :
CCDS18 NLSSLWTVPAWISKVSFLRWCFEGLMKIQFSRRTYKMPL---GNLT---IAVSGDKILSV
580 590 600 610 620 630
620 630 640 650
pF1KB5 QGIDLSPWGLWKNHVALACMIVIFLTIAYLKLLFLKKYS
. .: : :. .. . . :... :..: :.:.
CCDS18 MELDSYP--LYAIYLIVIGLSGGFMVLYYVSLRFIKQKPSQDW
640 650 660 670
>>CCDS1814.1 ABCG5 gene_id:64240|Hs108|chr2 (651 aa)
initn: 788 init1: 447 opt: 670 Z-score: 783.5 bits: 155.3 E(32554): 2.5e-37
Smith-Waterman score: 893; 29.8% identity (64.5% similar) in 611 aa overlap (13-605:21-602)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MSSSNVEVFIPVSQGNTNGFPATASNDLKAFTEGAVLSFHNICYRVKLKSGF
::.. .: :::: . . : . . ... .::. .
CCDS18 MGDLSSLTPGGSMGLQVNRGSQSSLEGAPATAP---EPHSLGILHASYSVSHRVRPWWDI
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