Result of FASTA (omim) for
pFN21AB4700
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4700, 906 aa
1>>>pF1KB4700 906 - 906 aa - 906 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1152+/-0.000398; mu= 17.4703+/- 0.025
mean_var=93.8751+/-18.792, 0's: 0 Z-trim(113.5): 422 B-trim: 287 in 1/53
Lambda= 0.132373
statistics sampled from 22476 (22902) to 22476 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.625), E-opt: 0.2 (0.269), width: 16
Scan time: 13.250
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001783 (OMIM: 114020) cadherin-2 isoform 1 prep ( 906) 6041 1164.8 0
NP_001295105 (OMIM: 114020) cadherin-2 isoform 2 [ ( 875) 5686 1097.0 0
XP_016881003 (OMIM: 114020) PREDICTED: cadherin-2 ( 848) 5573 1075.4 0
XP_011524090 (OMIM: 114020) PREDICTED: cadherin-2 ( 821) 5486 1058.7 0
NP_001239268 (OMIM: 603006) cadherin-4 isoform 3 [ ( 842) 3883 752.6 1.8e-216
NP_001239267 (OMIM: 603006) cadherin-4 isoform 2 [ ( 879) 3883 752.6 1.9e-216
NP_001785 (OMIM: 603006) cadherin-4 isoform 1 prep ( 916) 3883 752.6 1.9e-216
NP_004924 (OMIM: 114019,612580) cadherin-15 prepro ( 814) 2061 404.7 9.7e-112
NP_004351 (OMIM: 114480,137215,167000,176807,19209 ( 882) 1804 355.6 6.1e-97
XP_011521106 (OMIM: 601364) PREDICTED: cadherin-13 ( 612) 1692 334.1 1.3e-90
NP_001248 (OMIM: 601364) cadherin-13 isoform 1 pre ( 713) 1685 332.8 3.6e-90
NP_001207417 (OMIM: 601364) cadherin-13 isoform 2 ( 760) 1685 332.8 3.8e-90
NP_001207418 (OMIM: 601364) cadherin-13 isoform 3 ( 674) 1588 314.3 1.3e-84
NP_001304125 (OMIM: 114021,225280,601553) cadherin ( 774) 1495 296.6 3.2e-79
NP_001304124 (OMIM: 114021,225280,601553) cadherin ( 784) 1495 296.6 3.2e-79
XP_011521102 (OMIM: 114021,225280,601553) PREDICTE ( 808) 1495 296.6 3.3e-79
NP_001784 (OMIM: 114021,225280,601553) cadherin-3 ( 829) 1495 296.6 3.4e-79
XP_005255818 (OMIM: 600023) PREDICTED: cadherin-11 ( 796) 1401 278.6 8.3e-74
XP_011521105 (OMIM: 600023) PREDICTED: cadherin-11 ( 796) 1401 278.6 8.3e-74
NP_001788 (OMIM: 600023) cadherin-11 isoform 1 pre ( 796) 1401 278.6 8.3e-74
XP_005255819 (OMIM: 600023) PREDICTED: cadherin-11 ( 796) 1401 278.6 8.3e-74
XP_005255820 (OMIM: 600023) PREDICTED: cadherin-11 ( 796) 1401 278.6 8.3e-74
NP_114097 (OMIM: 605807) cadherin-20 preproprotein ( 801) 1344 267.7 1.6e-70
NP_004940 (OMIM: 125645,610476) desmocollin-2 isof ( 847) 1344 267.7 1.7e-70
NP_077740 (OMIM: 125645,610476) desmocollin-2 isof ( 901) 1344 267.8 1.7e-70
NP_077741 (OMIM: 600271) desmocollin-3 isoform Dsc ( 839) 1340 267.0 2.8e-70
NP_001932 (OMIM: 600271) desmocollin-3 isoform Dsc ( 896) 1340 267.0 2.9e-70
NP_001207419 (OMIM: 601364) cadherin-13 isoform 4 ( 459) 1333 265.5 4.3e-70
NP_001317505 (OMIM: 600023) cadherin-11 isoform 3 ( 670) 1322 263.5 2.5e-69
NP_004939 (OMIM: 125643) desmocollin-1 isoform Dsc ( 840) 1300 259.3 5.6e-68
NP_077739 (OMIM: 125643) desmocollin-1 isoform Dsc ( 894) 1300 259.4 5.8e-68
XP_005258263 (OMIM: 125645,610476) PREDICTED: desm ( 758) 1298 258.9 6.7e-68
XP_011521103 (OMIM: 601120) PREDICTED: cadherin-5 ( 793) 1293 258.0 1.3e-67
NP_001934 (OMIM: 125671,610193,612877) desmoglein- (1118) 1177 235.9 8.3e-61
NP_004352 (OMIM: 605806) cadherin-7 isoform 1 prep ( 785) 1169 234.3 1.8e-60
NP_387450 (OMIM: 605806) cadherin-7 isoform 1 prep ( 785) 1169 234.3 1.8e-60
XP_016881012 (OMIM: 605806) PREDICTED: cadherin-7 ( 785) 1169 234.3 1.8e-60
XP_016878318 (OMIM: 603008) PREDICTED: cadherin-8 ( 621) 1153 231.2 1.2e-59
NP_001787 (OMIM: 603008) cadherin-8 preproprotein ( 799) 1153 231.2 1.5e-59
XP_005255817 (OMIM: 603008) PREDICTED: cadherin-8 ( 711) 1151 230.8 1.8e-59
NP_004923 (OMIM: 603007) cadherin-6 preproprotein ( 790) 1123 225.5 7.9e-58
XP_016864399 (OMIM: 603007) PREDICTED: cadherin-6 ( 790) 1123 225.5 7.9e-58
XP_011512223 (OMIM: 603007) PREDICTED: cadherin-6 ( 790) 1123 225.5 7.9e-58
XP_011512229 (OMIM: 600562) PREDICTED: cadherin-12 ( 794) 1123 225.5 8e-58
XP_016864410 (OMIM: 600562) PREDICTED: cadherin-12 ( 794) 1123 225.5 8e-58
NP_004052 (OMIM: 600562) cadherin-12 isoform 1 pre ( 794) 1123 225.5 8e-58
NP_001304156 (OMIM: 600562) cadherin-12 isoform 1 ( 794) 1123 225.5 8e-58
XP_016864409 (OMIM: 600562) PREDICTED: cadherin-12 ( 794) 1123 225.5 8e-58
NP_057363 (OMIM: 609974) cadherin-9 preproprotein ( 789) 1108 222.6 5.8e-57
NP_001304157 (OMIM: 600562) cadherin-12 isoform 2 ( 754) 1106 222.3 7.2e-57
>>NP_001783 (OMIM: 114020) cadherin-2 isoform 1 prepropr (906 aa)
initn: 6041 init1: 6041 opt: 6041 Z-score: 6234.2 bits: 1164.8 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 6041; 100.0% identity (100.0% similar) in 906 aa overlap (1-906:1-906)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MCRIAGALRTLLPLLAALLQASVEASGEIALCKTGFPEDVYSAVLSKDVHEGQPLLNVKF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MCRIAGALRTLLPLLAALLQASVEASGEIALCKTGFPEDVYSAVLSKDVHEGQPLLNVKF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 SNCNGKRKVQYESSEPADFKVDEDGMVYAVRSFPLSSEHAKFLIYAQDKETQEKWQVAVK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SNCNGKRKVQYESSEPADFKVDEDGMVYAVRSFPLSSEHAKFLIYAQDKETQEKWQVAVK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 LSLKPTLTEESVKESAEVEEIVFPRQFSKHSGHLQRQKRDWVIPPINLPENSRGPFPQEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LSLKPTLTEESVKESAEVEEIVFPRQFSKHSGHLQRQKRDWVIPPINLPENSRGPFPQEL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 VRIRSDRDKNLSLRYSVTGPGADQPPTGIFIINPISGQLSVTKPLDREQIARFHLRAHAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VRIRSDRDKNLSLRYSVTGPGADQPPTGIFIINPISGQLSVTKPLDREQIARFHLRAHAV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 DINGNQVENPIDIVINVIDMNDNRPEFLHQVWNGTVPEGSKPGTYVMTVTAIDADDPNAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DINGNQVENPIDIVINVIDMNDNRPEFLHQVWNGTVPEGSKPGTYVMTVTAIDADDPNAL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 NGMLRYRIVSQAPSTPSPNMFTINNETGDIITVAAGLDREKVQQYTLIIQATDMEGNPTY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NGMLRYRIVSQAPSTPSPNMFTINNETGDIITVAAGLDREKVQQYTLIIQATDMEGNPTY
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 GLSNTATAVITVTDVNDNPPEFTAMTFYGEVPENRVDIIVANLTVTDKDQPHTPAWNAVY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GLSNTATAVITVTDVNDNPPEFTAMTFYGEVPENRVDIIVANLTVTDKDQPHTPAWNAVY
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 RISGGDPTGRFAIQTDPNSNDGLVTVVKPIDFETNRMFVLTVAAENQVPLAKGIQHPPQS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RISGGDPTGRFAIQTDPNSNDGLVTVVKPIDFETNRMFVLTVAAENQVPLAKGIQHPPQS
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB4 TATVSVTVIDVNENPYFAPNPKIIRQEEGLHAGTMLTTFTAQDPDRYMQQNIRYTKLSDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TATVSVTVIDVNENPYFAPNPKIIRQEEGLHAGTMLTTFTAQDPDRYMQQNIRYTKLSDP
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB4 ANWLKIDPVNGQITTIAVLDRESPNVKNNIYNATFLASDNGIPPMSGTGTLQIYLLDIND
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ANWLKIDPVNGQITTIAVLDRESPNVKNNIYNATFLASDNGIPPMSGTGTLQIYLLDIND
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB4 NAPQVLPQEAETCETPDPNSINITALDYDIDPNAGPFAFDLPLSPVTIKRNWTITRLNGD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NAPQVLPQEAETCETPDPNSINITALDYDIDPNAGPFAFDLPLSPVTIKRNWTITRLNGD
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB4 FAQLNLKIKFLEAGIYEVPIIITDSGNPPKSNISILRVKVCQCDSNGDCTDVDRIVGAGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FAQLNLKIKFLEAGIYEVPIIITDSGNPPKSNISILRVKVCQCDSNGDCTDVDRIVGAGL
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB4 GTGAIIAILLCIIILLILVLMFVVWMKRRDKERQAKQLLIDPEDDVRDNILKYDEEGGGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GTGAIIAILLCIIILLILVLMFVVWMKRRDKERQAKQLLIDPEDDVRDNILKYDEEGGGE
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB4 EDQDYDLSQLQQPDTVEPDAIKPVGIRRMDERPIHAEPQYPVRSAAPHPGDIGDFINEGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EDQDYDLSQLQQPDTVEPDAIKPVGIRRMDERPIHAEPQYPVRSAAPHPGDIGDFINEGL
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB4 KAADNDPTAPPYDSLLVFDYEGSGSTAGSLSSLNSSSSGGEQDYDYLNDWGPRFKKLADM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KAADNDPTAPPYDSLLVFDYEGSGSTAGSLSSLNSSSSGGEQDYDYLNDWGPRFKKLADM
850 860 870 880 890 900
pF1KB4 YGGGDD
::::::
NP_001 YGGGDD
>>NP_001295105 (OMIM: 114020) cadherin-2 isoform 2 [Homo (875 aa)
initn: 5685 init1: 5685 opt: 5686 Z-score: 5868.0 bits: 1097.0 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5686; 99.1% identity (99.4% similar) in 860 aa overlap (47-906:16-875)
20 30 40 50 60 70
pF1KB4 ALLQASVEASGEIALCKTGFPEDVYSAVLSKDVHEGQPLLNVKFSNCNGKRKVQYESSEP
:. : .:.:::::::::::::::::::
NP_001 MFLLRRYVCIFTEKLKNQAELYVFLSVKFSNCNGKRKVQYESSEP
10 20 30 40
80 90 100 110 120 130
pF1KB4 ADFKVDEDGMVYAVRSFPLSSEHAKFLIYAQDKETQEKWQVAVKLSLKPTLTEESVKESA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ADFKVDEDGMVYAVRSFPLSSEHAKFLIYAQDKETQEKWQVAVKLSLKPTLTEESVKESA
50 60 70 80 90 100
140 150 160 170 180 190
pF1KB4 EVEEIVFPRQFSKHSGHLQRQKRDWVIPPINLPENSRGPFPQELVRIRSDRDKNLSLRYS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EVEEIVFPRQFSKHSGHLQRQKRDWVIPPINLPENSRGPFPQELVRIRSDRDKNLSLRYS
110 120 130 140 150 160
200 210 220 230 240 250
pF1KB4 VTGPGADQPPTGIFIINPISGQLSVTKPLDREQIARFHLRAHAVDINGNQVENPIDIVIN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VTGPGADQPPTGIFIINPISGQLSVTKPLDREQIARFHLRAHAVDINGNQVENPIDIVIN
170 180 190 200 210 220
260 270 280 290 300 310
pF1KB4 VIDMNDNRPEFLHQVWNGTVPEGSKPGTYVMTVTAIDADDPNALNGMLRYRIVSQAPSTP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VIDMNDNRPEFLHQVWNGTVPEGSKPGTYVMTVTAIDADDPNALNGMLRYRIVSQAPSTP
230 240 250 260 270 280
320 330 340 350 360 370
pF1KB4 SPNMFTINNETGDIITVAAGLDREKVQQYTLIIQATDMEGNPTYGLSNTATAVITVTDVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SPNMFTINNETGDIITVAAGLDREKVQQYTLIIQATDMEGNPTYGLSNTATAVITVTDVN
290 300 310 320 330 340
380 390 400 410 420 430
pF1KB4 DNPPEFTAMTFYGEVPENRVDIIVANLTVTDKDQPHTPAWNAVYRISGGDPTGRFAIQTD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DNPPEFTAMTFYGEVPENRVDIIVANLTVTDKDQPHTPAWNAVYRISGGDPTGRFAIQTD
350 360 370 380 390 400
440 450 460 470 480 490
pF1KB4 PNSNDGLVTVVKPIDFETNRMFVLTVAAENQVPLAKGIQHPPQSTATVSVTVIDVNENPY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PNSNDGLVTVVKPIDFETNRMFVLTVAAENQVPLAKGIQHPPQSTATVSVTVIDVNENPY
410 420 430 440 450 460
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pF1KB4 FAPNPKIIRQEEGLHAGTMLTTFTAQDPDRYMQQNIRYTKLSDPANWLKIDPVNGQITTI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FAPNPKIIRQEEGLHAGTMLTTFTAQDPDRYMQQNIRYTKLSDPANWLKIDPVNGQITTI
470 480 490 500 510 520
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pF1KB4 AVLDRESPNVKNNIYNATFLASDNGIPPMSGTGTLQIYLLDINDNAPQVLPQEAETCETP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AVLDRESPNVKNNIYNATFLASDNGIPPMSGTGTLQIYLLDINDNAPQVLPQEAETCETP
530 540 550 560 570 580
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pF1KB4 DPNSINITALDYDIDPNAGPFAFDLPLSPVTIKRNWTITRLNGDFAQLNLKIKFLEAGIY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DPNSINITALDYDIDPNAGPFAFDLPLSPVTIKRNWTITRLNGDFAQLNLKIKFLEAGIY
590 600 610 620 630 640
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pF1KB4 EVPIIITDSGNPPKSNISILRVKVCQCDSNGDCTDVDRIVGAGLGTGAIIAILLCIIILL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EVPIIITDSGNPPKSNISILRVKVCQCDSNGDCTDVDRIVGAGLGTGAIIAILLCIIILL
650 660 670 680 690 700
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pF1KB4 ILVLMFVVWMKRRDKERQAKQLLIDPEDDVRDNILKYDEEGGGEEDQDYDLSQLQQPDTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ILVLMFVVWMKRRDKERQAKQLLIDPEDDVRDNILKYDEEGGGEEDQDYDLSQLQQPDTV
710 720 730 740 750 760
800 810 820 830 840 850
pF1KB4 EPDAIKPVGIRRMDERPIHAEPQYPVRSAAPHPGDIGDFINEGLKAADNDPTAPPYDSLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EPDAIKPVGIRRMDERPIHAEPQYPVRSAAPHPGDIGDFINEGLKAADNDPTAPPYDSLL
770 780 790 800 810 820
860 870 880 890 900
pF1KB4 VFDYEGSGSTAGSLSSLNSSSSGGEQDYDYLNDWGPRFKKLADMYGGGDD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VFDYEGSGSTAGSLSSLNSSSSGGEQDYDYLNDWGPRFKKLADMYGGGDD
830 840 850 860 870
>>XP_016881003 (OMIM: 114020) PREDICTED: cadherin-2 isof (848 aa)
initn: 5573 init1: 5573 opt: 5573 Z-score: 5751.6 bits: 1075.4 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5573; 100.0% identity (100.0% similar) in 838 aa overlap (1-838:1-838)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MCRIAGALRTLLPLLAALLQASVEASGEIALCKTGFPEDVYSAVLSKDVHEGQPLLNVKF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MCRIAGALRTLLPLLAALLQASVEASGEIALCKTGFPEDVYSAVLSKDVHEGQPLLNVKF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 SNCNGKRKVQYESSEPADFKVDEDGMVYAVRSFPLSSEHAKFLIYAQDKETQEKWQVAVK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SNCNGKRKVQYESSEPADFKVDEDGMVYAVRSFPLSSEHAKFLIYAQDKETQEKWQVAVK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 LSLKPTLTEESVKESAEVEEIVFPRQFSKHSGHLQRQKRDWVIPPINLPENSRGPFPQEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LSLKPTLTEESVKESAEVEEIVFPRQFSKHSGHLQRQKRDWVIPPINLPENSRGPFPQEL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 VRIRSDRDKNLSLRYSVTGPGADQPPTGIFIINPISGQLSVTKPLDREQIARFHLRAHAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 VRIRSDRDKNLSLRYSVTGPGADQPPTGIFIINPISGQLSVTKPLDREQIARFHLRAHAV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 DINGNQVENPIDIVINVIDMNDNRPEFLHQVWNGTVPEGSKPGTYVMTVTAIDADDPNAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 DINGNQVENPIDIVINVIDMNDNRPEFLHQVWNGTVPEGSKPGTYVMTVTAIDADDPNAL
250 260 270 280 290 300
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 NGMLRYRIVSQAPSTPSPNMFTINNETGDIITVAAGLDREKVQQYTLIIQATDMEGNPTY
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 GLSNTATAVITVTDVNDNPPEFTAMTFYGEVPENRVDIIVANLTVTDKDQPHTPAWNAVY
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 RISGGDPTGRFAIQTDPNSNDGLVTVVKPIDFETNRMFVLTVAAENQVPLAKGIQHPPQS
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 TATVSVTVIDVNENPYFAPNPKIIRQEEGLHAGTMLTTFTAQDPDRYMQQNIRYTKLSDP
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 ANWLKIDPVNGQITTIAVLDRESPNVKNNIYNATFLASDNGIPPMSGTGTLQIYLLDIND
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 NAPQVLPQEAETCETPDPNSINITALDYDIDPNAGPFAFDLPLSPVTIKRNWTITRLNGD
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 FAQLNLKIKFLEAGIYEVPIIITDSGNPPKSNISILRVKVCQCDSNGDCTDVDRIVGAGL
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 GTGAIIAILLCIIILLILVLMFVVWMKRRDKERQAKQLLIDPEDDVRDNILKYDEEGGGE
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 EDQDYDLSQLQQPDTVEPDAIKPVGIRRMDERPIHAEPQYPVRSAAPHPGDIGDFINEKT
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XP_016 WPIESLHL
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Smith-Waterman score: 5486; 100.0% identity (100.0% similar) in 821 aa overlap (86-906:1-821)
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pF1KB4 LNVKFSNCNGKRKVQYESSEPADFKVDEDGMVYAVRSFPLSSEHAKFLIYAQDKETQEKW
::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 QVAVKLSLKPTLTEESVKESAEVEEIVFPRQFSKHSGHLQRQKRDWVIPPINLPENSRGP
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 FPQELVRIRSDRDKNLSLRYSVTGPGADQPPTGIFIINPISGQLSVTKPLDREQIARFHL
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 DPNALNGMLRYRIVSQAPSTPSPNMFTINNETGDIITVAAGLDREKVQQYTLIIQATDME
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GNPTYGLSNTATAVITVTDVNDNPPEFTAMTFYGEVPENRVDIIVANLTVTDKDQPHTPA
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 WNAVYRISGGDPTGRFAIQTDPNSNDGLVTVVKPIDFETNRMFVLTVAAENQVPLAKGIQ
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 HPPQSTATVSVTVIDVNENPYFAPNPKIIRQEEGLHAGTMLTTFTAQDPDRYMQQNIRYT
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KLSDPANWLKIDPVNGQITTIAVLDRESPNVKNNIYNATFLASDNGIPPMSGTGTLQIYL
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LDINDNAPQVLPQEAETCETPDPNSINITALDYDIDPNAGPFAFDLPLSPVTIKRNWTIT
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 RLNGDFAQLNLKIKFLEAGIYEVPIIITDSGNPPKSNISILRVKVCQCDSNGDCTDVDRI
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pF1KB4 VGAGLGTGAIIAILLCIIILLILVLMFVVWMKRRDKERQAKQLLIDPEDDVRDNILKYDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VGAGLGTGAIIAILLCIIILLILVLMFVVWMKRRDKERQAKQLLIDPEDDVRDNILKYDE
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pF1KB4 EGGGEEDQDYDLSQLQQPDTVEPDAIKPVGIRRMDERPIHAEPQYPVRSAAPHPGDIGDF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 EGGGEEDQDYDLSQLQQPDTVEPDAIKPVGIRRMDERPIHAEPQYPVRSAAPHPGDIGDF
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 INEGLKAADNDPTAPPYDSLLVFDYEGSGSTAGSLSSLNSSSSGGEQDYDYLNDWGPRFK
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900
pF1KB4 KLADMYGGGDD
:::::::::::
XP_011 KLADMYGGGDD
820
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pF1KB4 DVHEGQPLLNVKFSNCNGKRKVQYESSEPADFKVDEDGMVYAVRSFPLSSEHAKFLIYAQ
:::: :: :.:.: . . ::.. : . :
NP_001 MDFKVGADGTVFATRELQVPSEQVAFTVTAW
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110 120 130 140 150
pF1KB4 DKETQEKWQVAVKLSLKPTLTEESVKESAEVEEIV------------FPRQFSKHSGHLQ
:..: :::...:.: . : . .: .. . ...: .: .... :.
NP_001 DSQTAEKWDAVVRLLVAQTSSPHSGHKPQKGKKVVALDPSPPPKDTLLPWPQHQNANGLR
40 50 60 70 80 90
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pF1KB4 RQKRDWVIPPINLPENSRGPFPQELVRIRSDRDKNLSLRYSVTGPGADQPPTGIFIINPI
:.::::::::::.::::::::::.:::::::.:... .:::.:: :::::: .: :. .
NP_001 RRKRDWVIPPINVPENSRGPFPQQLVRIRSDKDNDIPIRYSITGVGADQPPMEVFSIDSM
100 110 120 130 140 150
220 230 240 250 260 270
pF1KB4 SGQLSVTKPLDREQIARFHLRAHAVDINGNQVENPIDIVINVIDMNDNRPEFLHQVWNGT
::.. ::.:.:::. : .::::::::.:::.::::::. : :::::::::::..::.::.
NP_001 SGRMYVTRPMDREEHASYHLRAHAVDMNGNKVENPIDLYIYVIDMNDNRPEFINQVYNGS
160 170 180 190 200 210
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pF1KB4 VPEGSKPGTYVMTVTAIDADDPNALNGMLRYRIVSQAPSTPSPNMFTINNETGDIITVAA
: :::::::::::::: :::: .. :::.:::::.:.:..:: ::::::.:::::.::::
NP_001 VDEGSKPGTYVMTVTANDADDSTTANGMVRYRIVTQTPQSPSQNMFTINSETGDIVTVAA
220 230 240 250 260 270
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pF1KB4 GLDREKVQQYTLIIQATDMEGNPTYGLSNTATAVITVTDVNDNPPEFTAMTFYGEVPENR
:::::::::::.:.:::::::: .:::::::::.::::::::::::::: :: :::::::
NP_001 GLDREKVQQYTVIVQATDMEGNLNYGLSNTATAIITVTDVNDNPPEFTASTFAGEVPENR
280 290 300 310 320 330
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pF1KB4 VDIIVANLTVTDKDQPHTPAWNAVYRISGGDPTGRFAIQTDPNSNDGLVTVVKPIDFETN
:. .:::::: :.::::.: ::::::: .:::.:.:...::: .:.:.::::: .:.: :
NP_001 VETVVANLTVMDRDQPHSPNWNAVYRIISGDPSGHFSVRTDPVTNEGMVTVVKAVDYELN
340 350 360 370 380 390
460 470 480 490 500 510
pF1KB4 RMFVLTVAAENQVPLAKGIQHPPQSTATVSVTVIDVNENPYFAPNPKIIRQEEGLHAGTM
: :.::: . ::.:::.::: :::: :.....:.:: ::: : :.:: :::. ::.
NP_001 RAFMLTVMVSNQAPLASGIQMSFQSTAGVTISIMDINEAPYFPSNHKLIRLEEGVPPGTV
400 410 420 430 440 450
520 530 540 550 560 570
pF1KB4 LTTFTAQDPDRYMQQNIRYTKLSDPANWLKIDPVNGQITTIAVLDRESPNVKNNIYNATF
::::.: ::::.::: .::.::::::.::.:. .:::::: ::::::: .:::.:.:::
NP_001 LTTFSAVDPDRFMQQAVRYSKLSDPASWLHINATNGQITTAAVLDRESLYTKNNVYEATF
460 470 480 490 500 510
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pF1KB4 LASDNGIPPMSGTGTLQIYLLDINDNAPQVLPQEAETCETPDPNSINITALDYDIDPNAG
::.:::::: ::::::::::.:::::::..::.::. :: :. :.::::: : :.::: :
NP_001 LAADNGIPPASGTGTLQIYLIDINDNAPELLPKEAQICEKPNLNAINITAADADVDPNIG
520 530 540 550 560 570
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pF1KB4 PFAFDLPLSPVTIKRNWTITRLNGDFAQLNLKIKFLEAGIYEVPIIITDSGNPPKSNISI
:..:.::. :.....::::::::::.:::.:.: .::::.:.::::.::::::: :: ::
NP_001 PYVFELPFVPAAVRKNWTITRLNGDYAQLSLRILYLEAGMYDVPIIVTDSGNPPLSNTSI
580 590 600 610 620 630
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pF1KB4 LRVKVCQCDSNGDCTDVDRIVGAGLGTGAIIAILLCIIILLILVLMFVVWMKRRDKERQA
..:::: ::.::::: . ...::::::::.:::.::.::: .::.::.:::::.:::..
NP_001 IKVKVCPCDDNGDCTTIGAVAAAGLGTGAIVAILICILILLTMVLLFVMWMKRREKERHT
640 650 660 670 680 690
760 770 780 790 800 810
pF1KB4 KQLLIDPEDDVRDNILKYDEEGGGEEDQDYDLSQLQQPDTVEPDAIKPVGIRRMDERPIH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::... : :.::.::::.
NP_001 KQLLIDPEDDVRDNILKYDEEGGGEEDQDYDLSQLQQPEAMGHVPSKAPGVRRVDERPVG
700 710 720 730 740 750
820 830 840 850 860 870
pF1KB4 AEPQYPVRSAAPHPGDIGDFINEGLKAADNDPTAPPYDSLLVFDYEGSGSTAGSLSSLNS
::::::.: .::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::.:::::
NP_001 AEPQYPIRPMVPHPGDIGDFINEGLRAADNDPTAPPYDSLLVFDYEGSGSTAGSVSSLNS
760 770 780 790 800 810
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pF1KB4 SSSGGEQDYDYLNDWGPRFKKLADMYGGGDD
:::: .:::::::::::::::::::::::..
NP_001 SSSG-DQDYDYLNDWGPRFKKLADMYGGGEED
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>>NP_001239267 (OMIM: 603006) cadherin-4 isoform 2 [Homo (879 aa)
initn: 4028 init1: 3709 opt: 3883 Z-score: 4007.1 bits: 752.6 E(85289): 1.9e-216
Smith-Waterman score: 4044; 67.5% identity (86.5% similar) in 861 aa overlap (58-906:20-878)
30 40 50 60 70 80
pF1KB4 EIALCKTGFPEDVYSAVLSKDVHEGQPLLNVKFSNCNGKRKVQYESSEPADFKVDEDGMV
::::.: : . .:::.. :::: :: :
NP_001 MNGSCDFILSASFLPCFKEVKFSSCVGTKGTQYETNS-MDFKVGADGTV
10 20 30 40
90 100 110 120 130 140
pF1KB4 YAVRSFPLSSEHAKFLIYAQDKETQEKWQVAVKLSLKPTLTEESVKESAEVEEIV-----
.:.: . . ::.. : . : :..: :::...:.: . : . .: .. . ...:
NP_001 FATRELQVPSEQVAFTVTAWDSQTAEKWDAVVRLLVAQTSSPHSGHKPQKGKKVVALDPS
50 60 70 80 90 100
150 160 170 180 190
pF1KB4 -------FPRQFSKHSGHLQRQKRDWVIPPINLPENSRGPFPQELVRIRSDRDKNLSLRY
.: .... :.:.::::::::::.::::::::::.:::::::.:... .::
NP_001 PPPKDTLLPWPQHQNANGLRRRKRDWVIPPINVPENSRGPFPQQLVRIRSDKDNDIPIRY
110 120 130 140 150 160
200 210 220 230 240 250
pF1KB4 SVTGPGADQPPTGIFIINPISGQLSVTKPLDREQIARFHLRAHAVDINGNQVENPIDIVI
:.:: :::::: .: :. .::.. ::.:.:::. : .::::::::.:::.::::::. :
NP_001 SITGVGADQPPMEVFSIDSMSGRMYVTRPMDREEHASYHLRAHAVDMNGNKVENPIDLYI
170 180 190 200 210 220
260 270 280 290 300 310
pF1KB4 NVIDMNDNRPEFLHQVWNGTVPEGSKPGTYVMTVTAIDADDPNALNGMLRYRIVSQAPST
:::::::::::..::.::.: :::::::::::::: :::: .. :::.:::::.:.:..
NP_001 YVIDMNDNRPEFINQVYNGSVDEGSKPGTYVMTVTANDADDSTTANGMVRYRIVTQTPQS
230 240 250 260 270 280
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pF1KB4 PSPNMFTINNETGDIITVAAGLDREKVQQYTLIIQATDMEGNPTYGLSNTATAVITVTDV
:: ::::::.:::::.:::::::::::::::.:.:::::::: .:::::::::.::::::
NP_001 PSQNMFTINSETGDIVTVAAGLDREKVQQYTVIVQATDMEGNLNYGLSNTATAIITVTDV
290 300 310 320 330 340
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pF1KB4 NDNPPEFTAMTFYGEVPENRVDIIVANLTVTDKDQPHTPAWNAVYRISGGDPTGRFAIQT
::::::::: :: ::::::::. .:::::: :.::::.: ::::::: .:::.:.:...:
NP_001 NDNPPEFTASTFAGEVPENRVETVVANLTVMDRDQPHSPNWNAVYRIISGDPSGHFSVRT
350 360 370 380 390 400
440 450 460 470 480 490
pF1KB4 DPNSNDGLVTVVKPIDFETNRMFVLTVAAENQVPLAKGIQHPPQSTATVSVTVIDVNENP
:: .:.:.::::: .:.: :: :.::: . ::.:::.::: :::: :.....:.:: :
NP_001 DPVTNEGMVTVVKAVDYELNRAFMLTVMVSNQAPLASGIQMSFQSTAGVTISIMDINEAP
410 420 430 440 450 460
500 510 520 530 540 550
pF1KB4 YFAPNPKIIRQEEGLHAGTMLTTFTAQDPDRYMQQNIRYTKLSDPANWLKIDPVNGQITT
:: : :.:: :::. ::.::::.: ::::.::: .::.::::::.::.:. .::::::
NP_001 YFPSNHKLIRLEEGVPPGTVLTTFSAVDPDRFMQQAVRYSKLSDPASWLHINATNGQITT
470 480 490 500 510 520
560 570 580 590 600 610
pF1KB4 IAVLDRESPNVKNNIYNATFLASDNGIPPMSGTGTLQIYLLDINDNAPQVLPQEAETCET
::::::: .:::.:.:::::.:::::: ::::::::::.:::::::..::.::. ::
NP_001 AAVLDRESLYTKNNVYEATFLAADNGIPPASGTGTLQIYLIDINDNAPELLPKEAQICEK
530 540 550 560 570 580
620 630 640 650 660 670
pF1KB4 PDPNSINITALDYDIDPNAGPFAFDLPLSPVTIKRNWTITRLNGDFAQLNLKIKFLEAGI
:. :.::::: : :.::: ::..:.::. :.....::::::::::.:::.:.: .::::.
NP_001 PNLNAINITAADADVDPNIGPYVFELPFVPAAVRKNWTITRLNGDYAQLSLRILYLEAGM
590 600 610 620 630 640
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pF1KB4 YEVPIIITDSGNPPKSNISILRVKVCQCDSNGDCTDVDRIVGAGLGTGAIIAILLCIIIL
:.::::.::::::: :: ::..:::: ::.::::: . ...::::::::.:::.::.::
NP_001 YDVPIIVTDSGNPPLSNTSIIKVKVCPCDDNGDCTTIGAVAAAGLGTGAIVAILICILIL
650 660 670 680 690 700
740 750 760 770 780 790
pF1KB4 LILVLMFVVWMKRRDKERQAKQLLIDPEDDVRDNILKYDEEGGGEEDQDYDLSQLQQPDT
: .::.::.:::::.:::..::::::::::::::::::::::::::::::::::::::..
NP_001 LTMVLLFVMWMKRREKERHTKQLLIDPEDDVRDNILKYDEEGGGEEDQDYDLSQLQQPEA
710 720 730 740 750 760
800 810 820 830 840 850
pF1KB4 VEPDAIKPVGIRRMDERPIHAEPQYPVRSAAPHPGDIGDFINEGLKAADNDPTAPPYDSL
. : :.::.::::. ::::::.: .::::::::::::::.::::::::::::::
NP_001 MGHVPSKAPGVRRVDERPVGAEPQYPIRPMVPHPGDIGDFINEGLRAADNDPTAPPYDSL
770 780 790 800 810 820
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pF1KB4 LVFDYEGSGSTAGSLSSLNSSSSGGEQDYDYLNDWGPRFKKLADMYGGGDD
::::::::::::::.::::::::: .:::::::::::::::::::::::..
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