Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB3797
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3797, 474 aa
1>>>pF1KB3797 474 - 474 aa - 474 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9172+/-0.00123; mu= 13.9070+/- 0.073
mean_var=66.1114+/-13.027, 0's: 0 Z-trim(100.9): 73 B-trim: 8 in 1/48
Lambda= 0.157738
statistics sampled from 6230 (6305) to 6230 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.549), E-opt: 0.2 (0.194), width: 16
Scan time: 2.450
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS4354.1 GABRB2 gene_id:2561|Hs108|chr5 ( 474) 3136 723.2 1.5e-208
CCDS10019.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 ( 473) 2552 590.3 1.5e-168
CCDS3474.1 GABRB1 gene_id:2560|Hs108|chr4 ( 474) 2518 582.5 3.2e-166
CCDS10018.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 ( 473) 2485 575.0 5.8e-164
CCDS4355.1 GABRB2 gene_id:2561|Hs108|chr5 ( 512) 2382 551.6 7.1e-157
CCDS53921.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 ( 402) 2146 497.9 8.3e-141
CCDS53920.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 ( 388) 2115 490.8 1.1e-138
CCDS14707.1 GABRQ gene_id:55879|Hs108|chrX ( 632) 1227 288.8 1.1e-77
CCDS36.1 GABRD gene_id:2563|Hs108|chr1 ( 452) 1090 257.6 2e-68
CCDS59029.1 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6 ( 462) 1031 244.1 2.3e-64
CCDS5019.2 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6 ( 479) 1031 244.1 2.4e-64
CCDS59028.1 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6 ( 392) 1021 241.8 9.5e-64
CCDS5020.3 GABRR2 gene_id:2570|Hs108|chr6 ( 465) 1003 237.8 1.9e-62
CCDS54617.1 GABRR3 gene_id:200959|Hs108|chr3 ( 467) 999 236.9 3.6e-62
CCDS4375.1 GABRP gene_id:2568|Hs108|chr5 ( 440) 998 236.6 4e-62
CCDS14160.1 GLRA2 gene_id:2742|Hs108|chrX ( 452) 947 225.0 1.3e-58
CCDS48085.1 GLRA2 gene_id:2742|Hs108|chrX ( 452) 945 224.6 1.7e-58
CCDS4320.1 GLRA1 gene_id:2741|Hs108|chr5 ( 449) 943 224.1 2.4e-58
CCDS43283.1 GLRA3 gene_id:8001|Hs108|chr4 ( 449) 940 223.4 3.8e-58
CCDS54942.1 GLRA1 gene_id:2741|Hs108|chr5 ( 457) 940 223.4 3.9e-58
CCDS3822.1 GLRA3 gene_id:8001|Hs108|chr4 ( 464) 940 223.4 3.9e-58
CCDS43980.2 GLRA4 gene_id:441509|Hs108|chrX ( 417) 937 222.7 5.7e-58
CCDS4358.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5 ( 467) 933 221.8 1.2e-57
CCDS4359.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5 ( 475) 933 221.8 1.2e-57
CCDS3470.1 GABRG1 gene_id:2565|Hs108|chr4 ( 465) 896 213.4 4.1e-55
CCDS82921.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4 ( 511) 896 213.4 4.5e-55
CCDS45195.1 GABRG3 gene_id:2567|Hs108|chr15 ( 467) 895 213.2 4.8e-55
CCDS3796.1 GLRB gene_id:2743|Hs108|chr4 ( 497) 894 213.0 6e-55
CCDS3471.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4 ( 451) 886 211.1 1.9e-54
CCDS45194.1 GABRA5 gene_id:2558|Hs108|chr15 ( 462) 860 205.2 1.2e-52
CCDS4357.1 GABRA1 gene_id:2554|Hs108|chr5 ( 456) 853 203.6 3.5e-52
CCDS14706.1 GABRA3 gene_id:2556|Hs108|chrX ( 492) 852 203.4 4.4e-52
CCDS3473.1 GABRA4 gene_id:2557|Hs108|chr4 ( 554) 849 202.7 8e-52
CCDS14703.1 GABRE gene_id:2564|Hs108|chrX ( 506) 839 200.5 3.5e-51
CCDS75368.1 GABRP gene_id:2568|Hs108|chr5 ( 289) 833 199.0 5.4e-51
CCDS4356.1 GABRA6 gene_id:2559|Hs108|chr5 ( 453) 828 197.9 1.8e-50
CCDS55371.1 GLRA2 gene_id:2742|Hs108|chrX ( 363) 819 195.9 6.1e-50
CCDS54813.1 GLRB gene_id:2743|Hs108|chr4 ( 303) 657 159.0 6.5e-39
CCDS47333.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5 ( 515) 488 120.6 4e-27
CCDS59251.1 GABRG3 gene_id:2567|Hs108|chr15 ( 253) 479 118.5 8.5e-27
CCDS8365.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 484) 342 87.3 3.8e-17
CCDS3459.1 CHRNA9 gene_id:55584|Hs108|chr4 ( 479) 339 86.7 6e-17
CCDS53710.1 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 463) 333 85.3 1.5e-16
CCDS6135.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8 ( 494) 310 80.1 6e-15
CCDS53964.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15 ( 489) 300 77.8 2.9e-14
CCDS10305.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15 ( 505) 300 77.8 3e-14
CCDS10306.1 CHRNB4 gene_id:1143|Hs108|chr15 ( 498) 299 77.6 3.4e-14
CCDS8366.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 516) 296 76.9 5.7e-14
CCDS6059.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8 ( 529) 296 76.9 5.8e-14
CCDS6134.1 CHRNB3 gene_id:1142|Hs108|chr8 ( 458) 288 75.1 1.8e-13
>>CCDS4354.1 GABRB2 gene_id:2561|Hs108|chr5 (474 aa)
initn: 3136 init1: 3136 opt: 3136 Z-score: 3857.8 bits: 723.2 E(32554): 1.5e-208
Smith-Waterman score: 3136; 100.0% identity (100.0% similar) in 474 aa overlap (1-474:1-474)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MWRVRKRGYFGIWSFPLIIAAVCAQSVNDPSNMSLVKETVDRLLKGYDIRLRPDFGGPPV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 MWRVRKRGYFGIWSFPLIIAAVCAQSVNDPSNMSLVKETVDRLLKGYDIRLRPDFGGPPV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 AVGMNIDIASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQAWRDKRLSYNVIPLNLTLDNRVADQLWVPDT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 AVGMNIDIASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQAWRDKRLSYNVIPLNLTLDNRVADQLWVPDT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 YFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNCTLEIES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 YFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNCTLEIES
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 YGYTTDDIEFYWRGDDNAVTGVTKIELPQFSIVDYKLITKKVVFSTGSYPRLSLSFKLKR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 YGYTTDDIEFYWRGDDNAVTGVTKIELPQFSIVDYKLITKKVVFSTGSYPRLSLSFKLKR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 NIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTINTHLRETLPKIP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 NIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTINTHLRETLPKIP
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 YVKAIDMYLMGCFVFVFMALLEYALVNYIFFGRGPQRQKKAAEKAASANNEKMRLDVNKM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 YVKAIDMYLMGCFVFVFMALLEYALVNYIFFGRGPQRQKKAAEKAASANNEKMRLDVNKM
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 DPHENILLSTLEIKNEMATSEAVMGLGDPRSTMLAYDASSIQYRKAGLPRHSFGRNALER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 DPHENILLSTLEIKNEMATSEAVMGLGDPRSTMLAYDASSIQYRKAGLPRHSFGRNALER
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470
pF1KB3 HVAQKKSRLRRRASQLKITIPDLTDVNAIDRWSRIFFPVVFSFFNIVYWLYYVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 HVAQKKSRLRRRASQLKITIPDLTDVNAIDRWSRIFFPVVFSFFNIVYWLYYVN
430 440 450 460 470
>>CCDS10019.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 (473 aa)
initn: 2120 init1: 2120 opt: 2552 Z-score: 3139.5 bits: 590.3 E(32554): 1.5e-168
Smith-Waterman score: 2552; 79.8% identity (92.4% similar) in 475 aa overlap (1-474:1-473)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MWRVRKRGYFGIWSFPLIIAAVC-AQSVNDPSNMSLVKETVDRLLKGYDIRLRPDFGGPP
:: . :::.: :...:.:: :::::::.:::.::::::.:::::::::::::::::
CCDS10 MWGLAGGRLFGIFSAPVLVAVVCCAQSVNDPGNMSFVKETVDKLLKGYDIRLRPDFGGPP
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 VAVGMNIDIASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQAWRDKRLSYNVIPLNLTLDNRVADQLWVPD
: :::::::::::::::::::::::::::: ::::::.:. :::::::::::::::::::
CCDS10 VCVGMNIDIASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQYWRDKRLAYSGIPLNLTLDNRVADQLWVPD
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 TYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNCTLEIE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 TYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNCTLEIE
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 SYGYTTDDIEFYWRGDDNAVTGVTKIELPQFSIVDYKLITKKVVFSTGSYPRLSLSFKLK
::::::::::::::: :.::::: .:::::::::...:....:::.::.::::::::.::
CCDS10 SYGYTTDDIEFYWRGGDKAVTGVERIELPQFSIVEHRLVSRNVVFATGAYPRLSLSFRLK
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 RNIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTINTHLRETLPKI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 RNIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTINTHLRETLPKI
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 PYVKAIDMYLMGCFVFVFMALLEYALVNYIFFGRGPQRQKKAAEKAASANNEKMRLDVNK
::::::::::::::::::.::::::.::::::::::::::: :::.:.:.:.. . . :.
CCDS10 PYVKAIDMYLMGCFVFVFLALLEYAFVNYIFFGRGPQRQKKLAEKTAKAKNDRSKSESNR
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KB3 MDPHENILLSTLEIKNEMATSEAVMGLGDPRSTMLAYDASSIQYRKAGLPRHSFGRNALE
.: : ::::..::..::: .:. :.:: :.. ...: :.::::: ..::.. :: .
CCDS10 VDAHGNILLTSLEVHNEM--NEVSGGIGDTRNSAISFDNSGIQYRKQSMPREGHGRFLGD
370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB3 RHVAQKKSRLRRRASQLKITIPDLTDVNAIDRWSRIFFPVVFSFFNIVYWLYYVN
: . .::..::::.::::: :::::::::::::::: :: .::.::.::::::::
CCDS10 RSLPHKKTHLRRRSSQLKIKIPDLTDVNAIDRWSRIVFPFTFSLFNLVYWLYYVN
420 430 440 450 460 470
>>CCDS3474.1 GABRB1 gene_id:2560|Hs108|chr4 (474 aa)
initn: 2446 init1: 2152 opt: 2518 Z-score: 3097.7 bits: 582.5 E(32554): 3.2e-166
Smith-Waterman score: 2518; 78.8% identity (92.2% similar) in 477 aa overlap (1-474:1-474)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MWRVRKRGYFGIWSFPLIIAAVC-AQSVNDPSNMSLVKETVDRLLKGYDIRLRPDFGGPP
:: :..: .:. :::..:. :: :.:.:.::::: ::::::::::::::::::::::::
CCDS34 MWTVQNRESLGLLSFPVMITMVCCAHSTNEPSNMSYVKETVDRLLKGYDIRLRPDFGGPP
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 VAVGMNIDIASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQAWRDKRLSYNVIPLNLTLDNRVADQLWVPD
: ::: ::.:::::::::::::::::::::.:.::::::. :::::::::::::::::::
CCDS34 VDVGMRIDVASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQSWKDKRLSYSGIPLNLTLDNRVADQLWVPD
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 TYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNCTLEIE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 TYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNCTLEIE
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 SYGYTTDDIEFYWRGDDNAVTGVTKIELPQFSIVDYKLITKKVVFSTGSYPRLSLSFKLK
::::::::::::: : ..:::::.:::::::::::::...::: :.::.::::::::.::
CCDS34 SYGYTTDDIEFYWNGGEGAVTGVNKIELPQFSIVDYKMVSKKVEFTTGAYPRLSLSFRLK
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 RNIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTINTHLRETLPKI
:::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::
CCDS34 RNIGYFILQTYMPSTLITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTISTHLRETLPKI
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 PYVKAIDMYLMGCFVFVFMALLEYALVNYIFFGRGPQRQKKAAEKAASANNEKMRLDVNK
:::::::.::::::::::.::::::.:::::::.::: ::.: : .. ::: .:..::
CCDS34 PYVKAIDIYLMGCFVFVFLALLEYAFVNYIFFGKGPQ--KKGASKQDQSANEKNKLEMNK
310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB3 M--DPHENILLSTLEIKNEMATSEAVMGLGDPRSTMLAYDASSIQYRKAGLPRHSFGRNA
. : : :::::::::.:: . ::.. ...::..:: .::..:::::: :...:: :
CCDS34 VQVDAHGNILLSTLEIRNETSGSEVLTSVSDPKATMYSYDSASIQYRKPLSSREAYGR-A
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB3 LERHVAQKKSRLRRRASQLKITIPDLTDVNAIDRWSRIFFPVVFSFFNIVYWLYYVN
:.:: . .:.:.::::::::. ::::::::.::.:::.:::..::.::.:::::::.
CCDS34 LDRHGVPSKGRIRRRASQLKVKIPDLTDVNSIDKWSRMFFPITFSLFNVVYWLYYVH
420 430 440 450 460 470
>>CCDS10018.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 (473 aa)
initn: 2089 init1: 2089 opt: 2485 Z-score: 3057.1 bits: 575.0 E(32554): 5.8e-164
Smith-Waterman score: 2485; 80.0% identity (92.2% similar) in 464 aa overlap (12-474:12-473)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MWRVRKRGYFGIW-SFPLIIAAVCAQSVNDPSNMSLVKETVDRLLKGYDIRLRPDFGGPP
:: :. : . .:::::.:::.::::::.:::::::::::::::::
CCDS10 MCSGLLELLLPIWLSWTLGTRGSEPRSVNDPGNMSFVKETVDKLLKGYDIRLRPDFGGPP
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 VAVGMNIDIASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQAWRDKRLSYNVIPLNLTLDNRVADQLWVPD
: :::::::::::::::::::::::::::: ::::::.:. :::::::::::::::::::
CCDS10 VCVGMNIDIASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQYWRDKRLAYSGIPLNLTLDNRVADQLWVPD
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 TYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNCTLEIE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 TYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNCTLEIE
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 SYGYTTDDIEFYWRGDDNAVTGVTKIELPQFSIVDYKLITKKVVFSTGSYPRLSLSFKLK
::::::::::::::: :.::::: .:::::::::...:....:::.::.::::::::.::
CCDS10 SYGYTTDDIEFYWRGGDKAVTGVERIELPQFSIVEHRLVSRNVVFATGAYPRLSLSFRLK
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 RNIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTINTHLRETLPKI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 RNIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTINTHLRETLPKI
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 PYVKAIDMYLMGCFVFVFMALLEYALVNYIFFGRGPQRQKKAAEKAASANNEKMRLDVNK
::::::::::::::::::.::::::.::::::::::::::: :::.:.:.:.. . . :.
CCDS10 PYVKAIDMYLMGCFVFVFLALLEYAFVNYIFFGRGPQRQKKLAEKTAKAKNDRSKSESNR
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KB3 MDPHENILLSTLEIKNEMATSEAVMGLGDPRSTMLAYDASSIQYRKAGLPRHSFGRNALE
.: : ::::..::..::: .:. :.:: :.. ...: :.::::: ..::.. :: .
CCDS10 VDAHGNILLTSLEVHNEM--NEVSGGIGDTRNSAISFDNSGIQYRKQSMPREGHGRFLGD
370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB3 RHVAQKKSRLRRRASQLKITIPDLTDVNAIDRWSRIFFPVVFSFFNIVYWLYYVN
: . .::..::::.::::: :::::::::::::::: :: .::.::.::::::::
CCDS10 RSLPHKKTHLRRRSSQLKIKIPDLTDVNAIDRWSRIVFPFTFSLFNLVYWLYYVN
420 430 440 450 460 470
>>CCDS4355.1 GABRB2 gene_id:2561|Hs108|chr5 (512 aa)
initn: 3124 init1: 2382 opt: 2382 Z-score: 2929.9 bits: 551.6 E(32554): 7.1e-157
Smith-Waterman score: 3002; 92.5% identity (92.5% similar) in 506 aa overlap (1-468:1-506)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MWRVRKRGYFGIWSFPLIIAAVCAQSVNDPSNMSLVKETVDRLLKGYDIRLRPDFGGPPV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 MWRVRKRGYFGIWSFPLIIAAVCAQSVNDPSNMSLVKETVDRLLKGYDIRLRPDFGGPPV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 AVGMNIDIASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQAWRDKRLSYNVIPLNLTLDNRVADQLWVPDT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 AVGMNIDIASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQAWRDKRLSYNVIPLNLTLDNRVADQLWVPDT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 YFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNCTLEIES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 YFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNCTLEIES
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 YGYTTDDIEFYWRGDDNAVTGVTKIELPQFSIVDYKLITKKVVFSTGSYPRLSLSFKLKR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 YGYTTDDIEFYWRGDDNAVTGVTKIELPQFSIVDYKLITKKVVFSTGSYPRLSLSFKLKR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 NIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTINTHLRETLPKIP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 NIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTINTHLRETLPKIP
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350
pF1KB3 YVKAIDMYLMGCFVFVFMALLEYALVNYIFFGRGPQRQKKAAEKAASANNEKMRLDVNK-
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 YVKAIDMYLMGCFVFVFMALLEYALVNYIFFGRGPQRQKKAAEKAASANNEKMRLDVNKI
310 320 330 340 350 360
360 370 380
pF1KB3 -------------------------------------MDPHENILLSTLEIKNEMATSEA
:::::::::::::::::::::::
CCDS43 FYKDIKQNGTQYRSLWDPTGNLSPTRRTTNYDFSLYTMDPHENILLSTLEIKNEMATSEA
370 380 390 400 410 420
390 400 410 420 430 440
pF1KB3 VMGLGDPRSTMLAYDASSIQYRKAGLPRHSFGRNALERHVAQKKSRLRRRASQLKITIPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 VMGLGDPRSTMLAYDASSIQYRKAGLPRHSFGRNALERHVAQKKSRLRRRASQLKITIPD
430 440 450 460 470 480
450 460 470
pF1KB3 LTDVNAIDRWSRIFFPVVFSFFNIVYWLYYVN
::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 LTDVNAIDRWSRIFFPVVFSFFNIVYWLYYVN
490 500 510
>>CCDS53921.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 (402 aa)
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Smith-Waterman score: 2146; 80.3% identity (93.2% similar) in 395 aa overlap (80-474:10-402)
50 60 70 80 90 100
pF1KB3 RLRPDFGGPPVAVGMNIDIASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQAWRDKRLSYNVIPLNLTLDN
:::::::::: ::::::.:. :::::::::
CCDS53 MWATYQTEEDYTLTMYFQQYWRDKRLAYSGIPLNLTLDN
10 20 30
110 120 130 140 150 160
pF1KB3 RVADQLWVPDTYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 RVADQLWVPDTYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPL
40 50 60 70 80 90
170 180 190 200 210 220
pF1KB3 DEQNCTLEIESYGYTTDDIEFYWRGDDNAVTGVTKIELPQFSIVDYKLITKKVVFSTGSY
::::::::::::::::::::::::: :.::::: .:::::::::...:....:::.::.:
CCDS53 DEQNCTLEIESYGYTTDDIEFYWRGGDKAVTGVERIELPQFSIVEHRLVSRNVVFATGAY
100 110 120 130 140 150
230 240 250 260 270 280
pF1KB3 PRLSLSFKLKRNIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTIN
:::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 PRLSLSFRLKRNIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTIN
160 170 180 190 200 210
290 300 310 320 330 340
pF1KB3 THLRETLPKIPYVKAIDMYLMGCFVFVFMALLEYALVNYIFFGRGPQRQKKAAEKAASAN
::::::::::::::::::::::::::::.::::::.::::::::::::::: :::.:.:.
CCDS53 THLRETLPKIPYVKAIDMYLMGCFVFVFLALLEYAFVNYIFFGRGPQRQKKLAEKTAKAK
220 230 240 250 260 270
350 360 370 380 390 400
pF1KB3 NEKMRLDVNKMDPHENILLSTLEIKNEMATSEAVMGLGDPRSTMLAYDASSIQYRKAGLP
:.. . . :..: : ::::..::..::: .:. :.:: :.. ...: :.::::: ..:
CCDS53 NDRSKSESNRVDAHGNILLTSLEVHNEM--NEVSGGIGDTRNSAISFDNSGIQYRKQSMP
280 290 300 310 320 330
410 420 430 440 450 460
pF1KB3 RHSFGRNALERHVAQKKSRLRRRASQLKITIPDLTDVNAIDRWSRIFFPVVFSFFNIVYW
:.. :: .: . .::..::::.::::: :::::::::::::::: :: .::.::.:::
CCDS53 REGHGRFLGDRSLPHKKTHLRRRSSQLKIKIPDLTDVNAIDRWSRIVFPFTFSLFNLVYW
340 350 360 370 380 390
470
pF1KB3 LYYVN
:::::
CCDS53 LYYVN
400
>>CCDS53920.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 (388 aa)
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Smith-Waterman score: 2115; 80.0% identity (93.1% similar) in 390 aa overlap (85-474:1-388)
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 FGGPPVAVGMNIDIASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQAWRDKRLSYNVIPLNLTLDNRVADQ
::::: ::::::.:. ::::::::::::::
CCDS53 MYFQQYWRDKRLAYSGIPLNLTLDNRVADQ
10 20 30
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 LWVPDTYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 LWVPDTYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNC
40 50 60 70 80 90
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 TLEIESYGYTTDDIEFYWRGDDNAVTGVTKIELPQFSIVDYKLITKKVVFSTGSYPRLSL
:::::::::::::::::::: :.::::: .:::::::::...:....:::.::.::::::
CCDS53 TLEIESYGYTTDDIEFYWRGGDKAVTGVERIELPQFSIVEHRLVSRNVVFATGAYPRLSL
100 110 120 130 140 150
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 SFKLKRNIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTINTHLRE
::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 SFRLKRNIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTINTHLRE
160 170 180 190 200 210
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 TLPKIPYVKAIDMYLMGCFVFVFMALLEYALVNYIFFGRGPQRQKKAAEKAASANNEKMR
:::::::::::::::::::::::.::::::.::::::::::::::: :::.:.:.:.. .
CCDS53 TLPKIPYVKAIDMYLMGCFVFVFLALLEYAFVNYIFFGRGPQRQKKLAEKTAKAKNDRSK
220 230 240 250 260 270
360 370 380 390 400 410
pF1KB3 LDVNKMDPHENILLSTLEIKNEMATSEAVMGLGDPRSTMLAYDASSIQYRKAGLPRHSFG
. :..: : ::::..::..::: .:. :.:: :.. ...: :.::::: ..::.. :
CCDS53 SESNRVDAHGNILLTSLEVHNEM--NEVSGGIGDTRNSAISFDNSGIQYRKQSMPREGHG
280 290 300 310 320
420 430 440 450 460 470
pF1KB3 RNALERHVAQKKSRLRRRASQLKITIPDLTDVNAIDRWSRIFFPVVFSFFNIVYWLYYVN
: .: . .::..::::.::::: :::::::::::::::: :: .::.::.::::::::
CCDS53 RFLGDRSLPHKKTHLRRRSSQLKIKIPDLTDVNAIDRWSRIVFPFTFSLFNLVYWLYYVN
330 340 350 360 370 380
>>CCDS14707.1 GABRQ gene_id:55879|Hs108|chrX (632 aa)
initn: 1313 init1: 1211 opt: 1227 Z-score: 1507.8 bits: 288.8 E(32554): 1.1e-77
Smith-Waterman score: 1227; 52.3% identity (84.8% similar) in 310 aa overlap (31-340:54-363)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MWRVRKRGYFGIWSFPLIIAAVCAQSVNDPSNMSLVKETVDRLLKGYDIRLRPDFGGPPV
.: ..:.. .::.:. ::.::::.::: ::
CCDS14 NYPSPIPKFHFEFSSAVPEVVLNLFNCKNCANEAVVQKILDRVLSRYDVRLRPNFGGAPV
30 40 50 60 70 80
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 AVGMNIDIASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQAWRDKRLSYNVIPLNLTLDNRVADQLWVPDT
: ..: ..::...::.:::::.::.:.:.:.:.::.: :::::: :. ..:::::
CCDS14 PVRISIYVTSIEQISEMNMDYTITMFFHQTWKDSRLAYYETTLNLTLDYRMHEKLWVPDC
90 100 110 120 130 140
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 YFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNCTLEIES
::::.: .::: :::.::...::::::: ::.:.:::::: .::...:.:.: :.: .::
CCDS14 YFLNSKDAFVHDVTVENRVFQLHPDGTVRYGIRLTTTAACSLDLHKFPMDKQACNLVVES
150 160 170 180 190 200
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 YGYTTDDIEFYWRGDDNAVTGVTKIELPQFSIVDYKLITKKVVFSTGSYPRLSLSFKLKR
::::..:: ..: . ::. . ....:::... . .:.: : :::: :: :.:...:
CCDS14 YGYTVEDIILFWDDNGNAIHMTEELHIPQFTFLGRTITSKEVYFYTGSYIRLILKFQVQR
210 220 230 240 250 260
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 NIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTINTHLRETLPKIP
... ...:.: :..: :: ::.:::.:::.:::::..:.:..: .:::..:::. ::.:
CCDS14 EVNSYLVQVYWPTVLTTITSWISFWMNYDSSAARVTIGLTSMLILTTIDSHLRDKLPNIS
270 280 290 300 310 320
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 YVKAIDMYLMGCFVFVFMALLEYALVNYIFFGRGPQRQKKAAEKAASANNEKMRLDVNKM
.::::.:.. :. :::..::::. .::.:..:::.:: .
CCDS14 CIKAIDIYILVCLFFVFLSLLEYVYINYLFYSRGPRRQPRRHRRPRRVIARYRYQQVVVG
330 340 350 360 370 380
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 DPHENILLSTLEIKNEMATSEAVMGLGDPRSTMLAYDASSIQYRKAGLPRHSFGRNALER
CCDS14 NVQDGLINVEDGVSSLPITPAQAPLASPESLGSLTSTSEQAQLATSESLSPLTSLSGQAP
390 400 410 420 430 440
>>CCDS36.1 GABRD gene_id:2563|Hs108|chr1 (452 aa)
initn: 1135 init1: 691 opt: 1090 Z-score: 1341.8 bits: 257.6 E(32554): 2e-68
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10 20 30 40
pF1KB3 MWRVRKRGYFGIWSFPLIIAAVCAQSVNDPSNMSLVKETV------------DRLLKGYD
::.. .:::.. :. . . : : :. ::
CCDS36 MDAPARLLAPLLL--LCAQQLRGTRAMNDIGDYVGSNLEISWLPNLDGLIAGYA
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KB3 IRLRPDFGGPPVAVGMNIDIASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQAWRDKRLSYNVIPLNLTLD
.:: .::::: :.. ...:::: .::.::.::.:....:.:::.::::: .: ::
CCDS36 RNFRPGIGGPPVNVALALEVASIDHISEANMEYTMTVFLHQSWRDSRLSYNHTNETLGLD
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB3 NRVADQLWVPDTYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYP
.: .:.::.:::...: :... : :::.:..:::.:::..::..:::.:.:: ::: .::
CCDS36 SRFVDKLWLPDTFIVNAKSAWFHDVTVENKLIRLQPDGVILYSIRITSTVACDMDLAKYP
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB3 LDEQNCTLEIESYGYTTDDIEFYWRGDDNAVTGVTKIELPQFSIVDYKLITKKVVF-STG
.:::.: :..:::::...:: .:: ... . :. :..: ::.:..:.. :. . : :.:
CCDS36 MDEQECMLDLESYGYSSEDIVYYWSESQEHIHGLDKLQLAQFTITSYRFTTELMNFKSAG
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB3 SYPRLSLSFKLKRNIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTT
..::::: :.:.:: : .:.:.::::.:.. .:::::::. : :::.:::::::::::
CCDS36 QFPRLSLHFHLRRNRGVYIIQSYMPSVLLVAMSWVSFWISQAAVPARVSLGITTVLTMTT
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB3 INTHLRETLPKIPYVKAIDMYLMGCFVFVFMALLEYALVNYIFFGRGPQRQKKAAEKAAS
. . : .::. .::.:.:. :.:::: ::.:::... :. ....:: :..
CCDS36 LMVSARSSLPRASAIKALDVYFWICYVFVFAALVEYAFAH---FNADYRKKQKAKVKVSR
300 310 320 330 340
350 360 370 380 390 400
pF1KB3 ANNEKMRLDVNKMDPHENILLSTLE---IKNEMATSEAVMGLGDPRSTMLAYDASSIQYR
: :: .. :.: .: . .:.: :. . : . : .: :
CCDS36 PRAE--------MDVRNAIVLFSLSAAGVTQELAISRRQRRV--PGNLMGSY-------R
350 360 370 380 390
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pF1KB3 KAGLPRHSFGRNALERHVAQKKSRLRRRASQLKITIPDLTDVNAIDRWSRIFFPVVFSFF
..:. ... : .: : : : : :...:: ..: ::..:.
CCDS36 SVGVETGETKKEGAARSGGQGGIRARLR--------P--IDADTIDIYARAVFPAAFAAV
400 410 420 430 440
470
pF1KB3 NIVYWLYYVN
:..:: :
CCDS36 NVIYWAAYAM
450
>>CCDS59029.1 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6 (462 aa)
initn: 769 init1: 432 opt: 1031 Z-score: 1269.0 bits: 244.1 E(32554): 2.3e-64
Smith-Waterman score: 1086; 40.0% identity (69.5% similar) in 433 aa overlap (41-469:59-458)
20 30 40 50 60
pF1KB3 GIWSFPLIIAAVCAQSVNDPSNMSLVKETVDRLLK--GYDIRLRPDFGGPPVAVGMNIDI
..::. .:. .:: :::: . ::.....
CCDS59 PGREVHEMSKKGSPILRRSPDITKSPLTKSEQLLRIDDHDFSMRPGFGGPAIPVGVDVQV
30 40 50 60 70 80
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 ASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQAWRDKRLSY-NVIPLNLTLDNRVADQLWVPDTYFLNDKK
:.: .:::.::.:.:.:... :.:.:::. .. :..:.:.:.. ..:::: .:...:.
CCDS59 ESLDSISEVDMDFTMTLYLRHYWKDERLSFPSTNNLSMTFDGRLVKKIWVPDMFFVHSKR
90 100 110 120 130 140
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 SFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNCTLEIESYGYTTDD
::.: .:. : :.:..::: :::.::.:.:: : ::. :.::: :.:.::::::.:: ::
CCDS59 SFIHDTTTDNVMLRVQPDGKVLYSLRVTVTAMCNMDFSRFPLDTQTCSLEIESYAYTEDD
150 160 170 180 190 200
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 IEFYWRGDDNAVTGVTKIELPQFSIVDYKLITKKVVFS-TGSYPRLSLSFKLKRNIGYFI
. .::. .... .: : :: : ... :: . .: :: : :: ..: :.:.: .:.
CCDS59 LMLYWKKGNDSLKTDERISLSQFLIQEFHTTTKLAFYSSTGWYNRLYINFTLRRHIFFFL
210 220 230 240 250 260
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 LQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTINTHLRETLPKIPYVKAID
::::.:. :...::::::::. : ::: :::::::::.:: : . ..:.. :.::.:
CCDS59 LQTYFPATLMVMLSWVSFWIDRRAVPARVPLGITTVLTMSTIITGVNASMPRVSYIKAVD
270 280 290 300 310 320
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 MYLMGCFVFVFMALLEYALVNYIFFGRGPQRQKKAAEKAASANNEKMRLDVNKMDPHENI
.:: :::::...:::: :::. . ....: :: ... . : ..
CCDS59 IYLWVSFVFVFLSVLEYAAVNYLTTVQ-ERKEQKLREKLPCTSG---------LPPPRTA
330 340 350 360 370
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 LLSTLEIKNEMATSEAVMGLGDPRSTMLAYDASSIQYRKAGLPRHSFGRNALERHVAQKK
.:. .:. . : . . : .: :. :: :.:
CCDS59 MLDGNYSDGEVNDLDNYMPENGEKP-----DRMMVQLTLAS-----------ERSSPQRK
380 390 400 410 420
430 440 450 460 470
pF1KB3 SRLRRRASQLKITIPDLTDVNAIDRWSRIFFPVVFSFFNIVYWLYYVN
:. :.: ... : :..:::..:::.::... .::..::
CCDS59 SQ---RSSYVSMRI----DTHAIDKYSRIIFPAAYILFNLIYWSIFS
430 440 450 460
474 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 13:58:20 2016 done: Thu Nov 3 13:58:20 2016
Total Scan time: 2.450 Total Display time: 0.070
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]