Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB3761
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3761, 1068 aa
1>>>pF1KB3761 1068 - 1068 aa - 1068 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.7820+/-0.00107; mu= 13.8528+/- 0.064
mean_var=79.8799+/-16.248, 0's: 0 Z-trim(104.2): 24 B-trim: 223 in 1/50
Lambda= 0.143501
statistics sampled from 7755 (7761) to 7755 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.593), E-opt: 0.2 (0.238), width: 16
Scan time: 4.710
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS13289.1 RBL1 gene_id:5933|Hs108|chr20 (1068) 7085 1477.2 0
CCDS13290.1 RBL1 gene_id:5933|Hs108|chr20 (1014) 6727 1403.0 0
CCDS10748.1 RBL2 gene_id:5934|Hs108|chr16 (1139) 2568 542.0 2.7e-153
CCDS31973.1 RB1 gene_id:5925|Hs108|chr13 ( 928) 346 82.0 6.7e-15
>>CCDS13289.1 RBL1 gene_id:5933|Hs108|chr20 (1068 aa)
initn: 7085 init1: 7085 opt: 7085 Z-score: 7920.0 bits: 1477.2 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 7085; 100.0% identity (100.0% similar) in 1068 aa overlap (1-1068:1-1068)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MFEDKPHAEGAAVVAAAGEALQALCQELNLDEGSAAEALDDFTAIRGNYSLEGEVTHWLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MFEDKPHAEGAAVVAAAGEALQALCQELNLDEGSAAEALDDFTAIRGNYSLEGEVTHWLA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 CSLYVACRKSIIPTVGKGIMEGNCVSLTRILRSAKLSLIQFFSKMKKWMDMSNLPQEFRE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 CSLYVACRKSIIPTVGKGIMEGNCVSLTRILRSAKLSLIQFFSKMKKWMDMSNLPQEFRE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 RIERLERNFEVSTVIFKKYEPIFLDIFQNPYEEPPKLPRSRKQRRIPCSVKDLFNFCWTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 RIERLERNFEVSTVIFKKYEPIFLDIFQNPYEEPPKLPRSRKQRRIPCSVKDLFNFCWTL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 FVYTKGNFRMIGDDLVNSYHLLLCCLDLIFANAIMCPNRQDLLNPSFKGLPSDFHTADFT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 FVYTKGNFRMIGDDLVNSYHLLLCCLDLIFANAIMCPNRQDLLNPSFKGLPSDFHTADFT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 ASEEPPCIIAVLCELHDGLLVEAKGIKEHYFKPYISKLFDRKILKGECLLDLSSFTDNSK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 ASEEPPCIIAVLCELHDGLLVEAKGIKEHYFKPYISKLFDRKILKGECLLDLSSFTDNSK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 AVNKEYEEYVLTVGDFDERIFLGADAEEEIGTPRKFTRDTPLGKLTAQANVEYNLQQHFE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 AVNKEYEEYVLTVGDFDERIFLGADAEEEIGTPRKFTRDTPLGKLTAQANVEYNLQQHFE
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 KKRSFAPSTPLTGRRYLREKEAVITPVASATQSVSRLQSIVAGLKNAPSDQLINIFESCV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 KKRSFAPSTPLTGRRYLREKEAVITPVASATQSVSRLQSIVAGLKNAPSDQLINIFESCV
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 RNPVENIMKILKGIGETFCQHYTQSTDEQPGSHIDFAVNRLKLAEILYYKILETVMVQET
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 RNPVENIMKILKGIGETFCQHYTQSTDEQPGSHIDFAVNRLKLAEILYYKILETVMVQET
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 RRLHGMDMSVLLEQDIFHRSLMACCLEIVLFAYSSPRTFPWIIEVLNLQPFYFYKVIEVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 RRLHGMDMSVLLEQDIFHRSLMACCLEIVLFAYSSPRTFPWIIEVLNLQPFYFYKVIEVV
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 IRSEEGLSRDMVKHLNSIEEQILESLAWSHDSALWEALQVSANKVPTCEEVIFPNNFETG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 IRSEEGLSRDMVKHLNSIEEQILESLAWSHDSALWEALQVSANKVPTCEEVIFPNNFETG
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 NGGNVQGHLPLMPMSPLMHPRVKEVRTDSGSLRRDMQPLSPISVHERYSSPTAGSAKRRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 NGGNVQGHLPLMPMSPLMHPRVKEVRTDSGSLRRDMQPLSPISVHERYSSPTAGSAKRRL
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB3 FGEDPPKEMLMDKIITEGTKLKIAPSSSITAENVSILPGQTLLTMATAPVTGTTGHKVTI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 FGEDPPKEMLMDKIITEGTKLKIAPSSSITAENVSILPGQTLLTMATAPVTGTTGHKVTI
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB3 PLHGVANDAGEITLIPLSMNTNQESKVKSPVSLTAHSLIGASPKQTNLTKAQEVHSTGIN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 PLHGVANDAGEITLIPLSMNTNQESKVKSPVSLTAHSLIGASPKQTNLTKAQEVHSTGIN
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB3 RPKRTGSLALFYRKVYHLASVRLRDLCLKLDVSNELRRKIWTCFEFTLVHCPDLMKDRHL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 RPKRTGSLALFYRKVYHLASVRLRDLCLKLDVSNELRRKIWTCFEFTLVHCPDLMKDRHL
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB3 DQLLLCAFYIMAKVTKEERTFQEIMKSYRNQPQANSHVYRSVLLKSIPREVVAYNKNIND
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 DQLLLCAFYIMAKVTKEERTFQEIMKSYRNQPQANSHVYRSVLLKSIPREVVAYNKNIND
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KB3 DFEMIDCDLEDATKTPDCSSGPVKEERGDLIKFYNTIYVGRVKSFALKYDLANQDHMMDA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 DFEMIDCDLEDATKTPDCSSGPVKEERGDLIKFYNTIYVGRVKSFALKYDLANQDHMMDA
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KB3 PPLSPFPHIKQQPGSPRRISQQHSIYISPHKNGSGLTPRSALLYKFNGSPSKSLKDINNM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 PPLSPFPHIKQQPGSPRRISQQHSIYISPHKNGSGLTPRSALLYKFNGSPSKSLKDINNM
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060
pF1KB3 IRQGEQRTKKRVIAIDSDAESPAKRVCQENDDVLLKRLQDVVSERANH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 IRQGEQRTKKRVIAIDSDAESPAKRVCQENDDVLLKRLQDVVSERANH
1030 1040 1050 1060
>>CCDS13290.1 RBL1 gene_id:5933|Hs108|chr20 (1014 aa)
initn: 6727 init1: 6727 opt: 6727 Z-score: 7519.8 bits: 1403.0 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 6727; 100.0% identity (100.0% similar) in 1012 aa overlap (1-1012:1-1012)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MFEDKPHAEGAAVVAAAGEALQALCQELNLDEGSAAEALDDFTAIRGNYSLEGEVTHWLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MFEDKPHAEGAAVVAAAGEALQALCQELNLDEGSAAEALDDFTAIRGNYSLEGEVTHWLA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 CSLYVACRKSIIPTVGKGIMEGNCVSLTRILRSAKLSLIQFFSKMKKWMDMSNLPQEFRE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 CSLYVACRKSIIPTVGKGIMEGNCVSLTRILRSAKLSLIQFFSKMKKWMDMSNLPQEFRE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 RIERLERNFEVSTVIFKKYEPIFLDIFQNPYEEPPKLPRSRKQRRIPCSVKDLFNFCWTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 RIERLERNFEVSTVIFKKYEPIFLDIFQNPYEEPPKLPRSRKQRRIPCSVKDLFNFCWTL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 FVYTKGNFRMIGDDLVNSYHLLLCCLDLIFANAIMCPNRQDLLNPSFKGLPSDFHTADFT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 FVYTKGNFRMIGDDLVNSYHLLLCCLDLIFANAIMCPNRQDLLNPSFKGLPSDFHTADFT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 ASEEPPCIIAVLCELHDGLLVEAKGIKEHYFKPYISKLFDRKILKGECLLDLSSFTDNSK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 ASEEPPCIIAVLCELHDGLLVEAKGIKEHYFKPYISKLFDRKILKGECLLDLSSFTDNSK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 AVNKEYEEYVLTVGDFDERIFLGADAEEEIGTPRKFTRDTPLGKLTAQANVEYNLQQHFE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 AVNKEYEEYVLTVGDFDERIFLGADAEEEIGTPRKFTRDTPLGKLTAQANVEYNLQQHFE
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 KKRSFAPSTPLTGRRYLREKEAVITPVASATQSVSRLQSIVAGLKNAPSDQLINIFESCV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 KKRSFAPSTPLTGRRYLREKEAVITPVASATQSVSRLQSIVAGLKNAPSDQLINIFESCV
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 RNPVENIMKILKGIGETFCQHYTQSTDEQPGSHIDFAVNRLKLAEILYYKILETVMVQET
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 RNPVENIMKILKGIGETFCQHYTQSTDEQPGSHIDFAVNRLKLAEILYYKILETVMVQET
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 RRLHGMDMSVLLEQDIFHRSLMACCLEIVLFAYSSPRTFPWIIEVLNLQPFYFYKVIEVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 RRLHGMDMSVLLEQDIFHRSLMACCLEIVLFAYSSPRTFPWIIEVLNLQPFYFYKVIEVV
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 IRSEEGLSRDMVKHLNSIEEQILESLAWSHDSALWEALQVSANKVPTCEEVIFPNNFETG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 IRSEEGLSRDMVKHLNSIEEQILESLAWSHDSALWEALQVSANKVPTCEEVIFPNNFETG
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 NGGNVQGHLPLMPMSPLMHPRVKEVRTDSGSLRRDMQPLSPISVHERYSSPTAGSAKRRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 NGGNVQGHLPLMPMSPLMHPRVKEVRTDSGSLRRDMQPLSPISVHERYSSPTAGSAKRRL
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB3 FGEDPPKEMLMDKIITEGTKLKIAPSSSITAENVSILPGQTLLTMATAPVTGTTGHKVTI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 FGEDPPKEMLMDKIITEGTKLKIAPSSSITAENVSILPGQTLLTMATAPVTGTTGHKVTI
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB3 PLHGVANDAGEITLIPLSMNTNQESKVKSPVSLTAHSLIGASPKQTNLTKAQEVHSTGIN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 PLHGVANDAGEITLIPLSMNTNQESKVKSPVSLTAHSLIGASPKQTNLTKAQEVHSTGIN
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB3 RPKRTGSLALFYRKVYHLASVRLRDLCLKLDVSNELRRKIWTCFEFTLVHCPDLMKDRHL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 RPKRTGSLALFYRKVYHLASVRLRDLCLKLDVSNELRRKIWTCFEFTLVHCPDLMKDRHL
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB3 DQLLLCAFYIMAKVTKEERTFQEIMKSYRNQPQANSHVYRSVLLKSIPREVVAYNKNIND
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 DQLLLCAFYIMAKVTKEERTFQEIMKSYRNQPQANSHVYRSVLLKSIPREVVAYNKNIND
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KB3 DFEMIDCDLEDATKTPDCSSGPVKEERGDLIKFYNTIYVGRVKSFALKYDLANQDHMMDA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 DFEMIDCDLEDATKTPDCSSGPVKEERGDLIKFYNTIYVGRVKSFALKYDLANQDHMMDA
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KB3 PPLSPFPHIKQQPGSPRRISQQHSIYISPHKNGSGLTPRSALLYKFNGSPSKSLKDINNM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 PPLSPFPHIKQQPGSPRRISQQHSIYISPHKNGSGLTPRSALLYKFNGSPSKVR
970 980 990 1000 1010
1030 1040 1050 1060
pF1KB3 IRQGEQRTKKRVIAIDSDAESPAKRVCQENDDVLLKRLQDVVSERANH
>>CCDS10748.1 RBL2 gene_id:5934|Hs108|chr16 (1139 aa)
initn: 3457 init1: 1045 opt: 2568 Z-score: 2865.5 bits: 542.0 E(32554): 2.7e-153
Smith-Waterman score: 3545; 50.6% identity (75.3% similar) in 1121 aa overlap (3-1056:26-1127)
10 20 30
pF1KB3 MFEDKPHAEGAAVVAAAG-----EALQALCQELNLDE
:: .:: :: : . . .. ::..::.::
CCDS10 MPSGGDQSPPPPPPPPAAAASDEEEEDDGEAEDAAPPAESPTPQIQQRFDELCSRLNMDE
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KB3 GSAAEALDDFTAIRGNYSLEGEVTHWLACSLYVACRKSIIPTVGKGIMEGNCVSLTRILR
.. ::: :.. .. .:.:::. :::::.::::::::. :::.:: .::: :::::::.
CCDS10 AARAEAWDSYRSMSESYTLEGNDLHWLACALYVACRKSV-PTVSKGTVEGNYVSLTRILK
70 80 90 100 110
100 110 120 130 140 150
pF1KB3 SAKLSLIQFFSKMKKWMDMSNLPQEFRERIERLERNFEVSTVIFKKYEPIFLDIFQNPYE
.. :::.::.::::: ::.::: .:::: ::::::: ::.:::::::::: :::. : :
CCDS10 CSEQSLIEFFNKMKKWEDMANLPPHFRERTERLERNFTVSAVIFKKYEPIFQDIFKYPQE
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KB3 EPPKLPRSRKQRRIPCSVKDLFNFCWTLFVYTKGNFRMIGDDLVNSYHLLLCCLDLIFAN
: :. :.::::: ::.:...:.:::.::.:.:::: ::.:::::::::::: :::...:
CCDS10 EQPRQQRGRKQRRQPCTVSEIFHFCWVLFIYAKGNFPMISDDLVNSYHLLLCALDLVYGN
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KB3 AIMCPNRQDLLNPSFKGLPSDFHTADFTASEEPPCIIAVLCELHDGLLVEAKGIKEHYFK
:..: ::..:.::.:::: :::. : : .::::: :: :::::..::::::::..:
CCDS10 ALQCSNRKELVNPNFKGLSEDFHAKDSKPSSDPPCIIEKLCSLHDGLVLEAKGIKEHFWK
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320
pF1KB3 PYISKLFDRKILKG--ECL---LDLSSFTDNSKAVNKEYEEYVLTVGDFDERIFLGADAE
::: ::...:.::: : : :. ..: .. ::.:: ::::::.::..::::::: :::
CCDS10 PYIRKLYEKKLLKGKEENLTGFLEPGNFGESFKAINKAYEEYVLSVGNLDERIFLGEDAE
300 310 320 330 340 350
330 340 350 360 370 380
pF1KB3 EEIGTPRKFTRDTPLGKLTAQ-ANVEYNLQQHFEKKRSFAPSTPLTGRRYLREKEAVITP
::::: . .. : ::. .... :::::.:.... :::::: ::..:. .::
CCDS10 EEIGTLSRCL-NAGSGTETAERVQMKNILQQHFDKSKALRISTPLTGVRYIKENSPCVTP
360 370 380 390 400 410
390 400 410 420 430 440
pF1KB3 VASATQSVSRLQSIVAGLKNAPSDQLINIFESCVRNPVENIMKILKGIGETFCQHYTQST
:..::.:.:::.....::.::::..: .:...: :.:.. : . :: . : . ::. :
CCDS10 VSTATHSLSRLHTMLTGLRNAPSEKLEQILRTCSRDPTQAIANRLKEMFEIYSQHF-QPD
420 430 440 450 460 470
450 460 470 480 490 500
pF1KB3 DEQPGSHIDFAVNRLKLAEILYYKILETVMVQETRRLHGMDMSVLLEQDIFHRSLMACCL
.. . ..: .....::.::::.::.:. :: .:: ::.: .:::: :::::.::::
CCDS10 EDFSNCAKEIASKHFRFAEMLYYKVLESVIEQEQKRLGDMDLSGILEQDAFHRSLLACCL
480 490 500 510 520 530
510 520 530 540 550 560
pF1KB3 EIVLFAYSSPRTFPWIIEVLNLQPFYFYKVIEVVIRSEEGLSRDMVKHLNSIEEQILESL
:.: :.:. : .::.: :.... ..::::::: ::.:.:: :..:::::.::::::. :
CCDS10 EVVTFSYKPPGNFPFITEIFDVPLYHFYKVIEVFIRAEDGLCREVVKHLNQIEEQILDHL
540 550 560 570 580 590
570 580 590 600 610 620
pF1KB3 AWSHDSALWEALQVSANKVPTCEEVIFPNNFETGNGGNVQGHLPLMPMSPLMHPRVKEVR
::. .: ::: .. . :.:::::::. :.:.: .. . : ::: :: :::
CCDS10 AWKPESPLWEKIRDNENRVPTCEEVMPPQNLERADEICIAG-------SPLTPRRVTEVR
600 610 620 630 640 650
630 640 650 660 670 680
pF1KB3 TDSGSLRRDMQPLSPISVHERYSSPTAGSAKRRLFGE-DPPKEMLMDKIITEGTKLKIAP
.:.:.: :.. :: ....::::: :....:::: : : :.. . .. .:
CCDS10 ADTGGLGRSIT--SPTTLYDRYSSPPASTTRRRLFVENDSPSDGGTPGRMPPQPLVNAVP
660 670 680 690 700
690 700 710 720 730 740
pF1KB3 SSSITAENVSI--LPGQTLLTMATAPVTGTTGHKVTIPLHGVANDAGEITLIPLSMNTN-
.....:.::. .:::::.::::: ::...:. ::::..:.::. : ::..:...:..
CCDS10 VQNVSGETVSVTPVPGQTLVTMATATVTANNGQTVTIPVQGIANENGGITFFPVQVNVGG
710 720 730 740 750 760
750 760 770
pF1KB3 QESKVKSPVS-LTAHSLIGA----------------------SPKQTNLTKAQEVHSTGI
: . : . .. :.:..: :. :: . ..: : :..
CCDS10 QAQAVTGSIQPLSAQALAGSLSSQQVTGTTLQVPGQVAIQQISPGGQQQKQGQSVTSSS-
770 780 790 800 810 820
780 790 800 810 820 830
pF1KB3 NRPKRTGSLALFYRKVYHLASVRLRDLCLKLDVSNELRRKIWTCFEFTLVHCPDLMKDRH
:::..:.::.::.:::::::.::::::: :::.:.:::.::::::::....::.:: :::
CCDS10 NRPRKTSSLSLFFRKVYHLAAVRLRDLCAKLDISDELRKKIWTCFEFSIIQCPELMMDRH
830 840 850 860 870 880
840 850 860 870 880
pF1KB3 LDQLLLCAFYIMAKVTKEERTFQEIMKSYRNQPQANSHVYRSVLLK----------SIPR
:::::.::.:.:::::::...::.::. ::.:::: :.::::::.: : :
CCDS10 LDQLLMCAIYVMAKVTKEDKSFQNIMRCYRTQPQARSQVYRSVLIKGKRKRRNSGSSDSR
890 900 910 920 930 940
890 900 910 920 930
pF1KB3 EVVAYNKNINDDFEMIDCD-LEDATKT---PDCSSGPV-------------KEERGDLIK
..: : : . . ...: :. ::.: .:::::::.
CCDS10 SHQNSPTELNKDRTSRDSSPVMRSSSTLPVPQPSSAPPTPTRLTGANSDMEEEERGDLIQ
950 960 970 980 990 1000
940 950 960 970 980 990
pF1KB3 FYNTIYVGRVKSFALKYDLANQDHMMDAPPLSPFPHIKQQPGSPRRI--SQQHSIYISPH
:::.::. ..:.::.::. :: ::::::::.: .. :::::: ::.: .:::::
CCDS10 FYNNIYIKQIKTFAMKYSQAN----MDAPPLSPYPFVRT--GSPRRIQLSQNHPVYISPH
1010 1020 1030 1040 1050 1060
1000 1010 1020 1030 1040 1050
pF1KB3 KNGSGLTPRSALLYKFNGSPSKSLKDINNMIRQGEQRTKKRVIAIDSDAESPAKRVCQEN
:: . :.:: ..: :..:::: :..::.::: :: :::: : ... .::::::.: ::
CCDS10 KNETMLSPREKIFYYFSNSPSKRLREINSMIRTGETPTKKRGILLEDGSESPAKRICPEN
1070 1080 1090 1100 1110 1120
1060
pF1KB3 DDVLLKRLQDVVSERANH
..::.
CCDS10 HSALLRRLQDVANDRGSH
1130
>>CCDS31973.1 RB1 gene_id:5925|Hs108|chr13 (928 aa)
initn: 935 init1: 237 opt: 346 Z-score: 381.0 bits: 82.0 E(32554): 6.7e-15
Smith-Waterman score: 764; 25.4% identity (50.6% similar) in 1069 aa overlap (23-1046:59-875)
10 20 30 40
pF1KB3 MFEDKPHAEGAAVVAAAGEALQALCQELNLDEGSAAEA------LDDFTAIR
::::.:.. . .: ... ..
CCDS31 PEEDPEQDSGPEDLPLVRLEFEETEEPDFTALCQKLKIPDHVRERAWLTWEKVSSVDGVL
30 40 50 60 70 80
50 60 70 80 90 100
pF1KB3 GNYSLEGEVTHWLACSLYVACRKSIIPTVGKGIMEGNCVSLTRILRSAKLSLIQFFSKMK
:.: .. . : : ...: .. ..:.. .. ..:. .::. .:
CCDS31 GGY-IQKKKELWGIC-IFIAAVD----------LDEMSFTFTELQKNIEISVHKFFNLLK
90 100 110 120 130
110 120 130 140 150 160
pF1KB3 KWMDMSNLPQEFRERIERLERNFEVSTVIFKKYEPIFLDIFQNPYEEPPKLPRSRKQRRI
. .: :. . . . :: ....: ..:.: : :. . : : . .:
CCDS31 E-IDTST---KVDNAMSRLLKKYDVLFALFSKLERTCELIYLTQ-------PSSSISTEI
140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KB3 PCSVKDLFNFCWTLFVYTKGNFRMIGDDLVNSYHLLLCCLDLIFANA---IMCPNRQDLL
.. ... : :. .::. .. :::: :..:.:: :: .. . .. . .
CCDS31 NSAL--VLKVSWITFLLAKGEVLQMEDDLVISFQLMLCVLDYFIKLSPPMLLKEPYKTAV
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270
pF1KB3 NPSFKGLPSDFHTADFTAS------EEPPCIIAVLCELHDGLLVEAKGIKEHYFKPYISK
: ..: : . .. .. :. :: :::. :. . :.:.. . : :....
CCDS31 IP-INGSPRTPRRGQNRSARIAKQLENDTRIIEVLCKEHECNIDEVKNVYFKNFIPFMNS
250 260 270 280 290 300
280 290 300 310 320 330
pF1KB3 LFDRKILKGECLLDLSSFTDNSKAVNKEYEEYVLTVGDFDERIFLGADAEEEIGTPRKF-
: : : :. . . ..:.::: : :.: :.:: : . . .:
CCDS31 L-------G---LVTSNGLPEVENLSKRYEEIYLKNKDLDARLFLDHDKTLQTDSIDSFE
310 320 330 340 350
340 350 360 370 380 390
pF1KB3 TRDTPL-GKLTAQANVEYNLQQHFEKKRSFAPSTPLTGRRYLREKEAVITPVASATQSVS
:. :: ..: ..:: . : ::: .. ....
CCDS31 TQRTPRKSNLDEEVNV---IPPH--------------------------TPVRTVMNTIQ
360 370 380
400 410 420 430 440 450
pF1KB3 RLQSIVAGLKNAPSDQLINIFESCVRNPVENIMKILKGIGETFCQHYTQSTDEQPGSHID
.:. :. . .. ::..::. :..:. :: :.:.: .: :: : ....... . : ..
CCDS31 QLMMILNSASDQPSENLISYFNNCTVNPKESILKRVKDIGYIFKEKFAKAVGQ--GC-VE
390 400 410 420 430 440
460 470 480 490 500 510
pF1KB3 FAVNRLKLAEILYYKILETVMVQETRRLHGMDMSVLLEQDIFHRSLMACCLEIVLFAYS-
.. .: ::. :::...:... .: .:: ...: ::...::: ::.:: ::.:. .::
CCDS31 IGSQRYKLGVRLYYRVMESMLKSEEERLSIQNFSKLLNDNIFHMSLLACALEVVMATYSR
450 460 470 480 490 500
520 530 540 550 560
pF1KB3 ---------SPRTFPWIIEVLNLQPFYFYKVIEVVIRSEEGLSRDMVKHLNSIEEQILES
. .::::..::::. : :::::: :..: .:.:.:.:::. :..:.::
CCDS31 STSQNLDSGTDLSFPWILNVLNLKAFDFYKVIESFIKAEGNLTREMIKHLERCEHRIMES
510 520 530 540 550 560
570 580 590 600 610 620
pF1KB3 LAWSHDSALWEALQVSANKVPTCEEVIFPNNFETGNGGNVQGHLPL-MPMSPLMHPRVKE
::: :: :.. .. : .. : .... :: .:..
CCDS31 LAWLSDSPLFDLIKQSKDR--------------EGPTDHLESACPLNLPLQ---------
570 580 590
630 640 650 660 670 680
pF1KB3 VRTDSGSLRRDMQPLSPISVHERYSSPTAGSAKRRLFGEDPPKEMLMDKIITEGTKLKIA
.. :: :::. ..: :. :. ..
CCDS31 ----NNHTAADMY-LSPV--------------------RSPKKK---------GSTTRV-
600 610 620
690 700 710 720 730 740
pF1KB3 PSSSITAENVSILPGQTLLTMATAPVTGTTGHKVTIPLHGVANDAGEITLIPLSMNTNQE
.:. .:: :.::
CCDS31 -NSTANAE-----------TQAT-------------------------------------
630
750 760 770 780 790 800
pF1KB3 SKVKSPVSLTAHSLIGASPKQTNLTKAQEVHSTGINRPKRTGSLALFYRKVYHLASVRLR
: ::. .: .. ::.:::.:::.:: .::
CCDS31 -----------------SAFQTQ-------------KPLKSTSLSLFYKKVYRLAYLRLN
640 650 660
810 820 830 840 850 860
pF1KB3 DLCLKLDVSN-ELRRKIWTCFEFTLVHCPDLMKDRHLDQLLLCAFYIMAKVTKEERTFQE
:: .: . ::.. ::: :. :: . .::.::::::...:..: . :: . . :.
CCDS31 TLCERLLSEHPELEHIIWTLFQHTLQNEYELMRDRHLDQIMMCSMYGICKVKNIDLKFKI
670 680 690 700 710 720
870 880 890 900 910 920
pF1KB3 IMKSYRNQPQANSHVYRSVLLKSIPREVVAYNKNINDDFEMIDCDLEDATKTPDCSSGPV
:. .:.. :.: ..... ::.:
CCDS31 IVTAYKDLPHAVQETFKRVLIK--------------------------------------
730 740
930 940 950 960 970
pF1KB3 KEERGDLIKFYNTIYVGRVKSFALKYDLANQDHMMDAPPLSPFPHIKQQP----GSPRRI
.:: ..: :::.... :.:. :.: . : :::.::: ..: .:: ::
CCDS31 EEEYDSIIVFYNSVFMQRLKTNILQYASTRP------PTLSPIPHIPRSPYKFPSSPLRI
750 760 770 780 790
980 990 1000 1010 1020
pF1KB3 SQQHSIYISP----HKNGSGL------TPRSALLYKFNGS--PSKSLKDINNMIRQGEQR
. ::::: .: . :: :::: .: ... : :.... ::.:. ... :
CCDS31 PGGN-IYISPLKSPYKISEGLPTPTKMTPRSRILVSIGESFGTSEKFQKINQMVCNSD-R
800 810 820 830 840 850
1030 1040 1050 1060
pF1KB3 TKKRVIAIDSDAESPAKRVCQENDDVLLKRLQDVVSERANH
. :: : :. .: :..
CCDS31 VLKRS-AEGSNPPKPLKKLRFDIEGSDEADGSKHLPGESKFQQKLAEMTSTRTRMQKQKM
860 870 880 890 900 910
1068 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 13:53:29 2016 done: Thu Nov 3 13:53:30 2016
Total Scan time: 4.710 Total Display time: 0.210
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]