Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB3294
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3294, 950 aa
1>>>pF1KB3294 950 - 950 aa - 950 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.2972+/-0.00097; mu= 12.3669+/- 0.058
mean_var=128.8973+/-25.077, 0's: 0 Z-trim(108.1): 196 B-trim: 0 in 0/53
Lambda= 0.112967
statistics sampled from 9795 (9996) to 9795 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.645), E-opt: 0.2 (0.307), width: 16
Scan time: 4.760
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS54913.1 PCDHA1 gene_id:56147|Hs108|chr5 ( 950) 6178 1019.0 0
CCDS54914.1 PCDHA2 gene_id:56146|Hs108|chr5 ( 948) 5111 845.1 0
CCDS54915.1 PCDHA3 gene_id:56145|Hs108|chr5 ( 950) 5078 839.7 0
CCDS54919.1 PCDHA8 gene_id:56140|Hs108|chr5 ( 950) 5066 837.8 0
CCDS54916.1 PCDHA4 gene_id:56144|Hs108|chr5 ( 947) 5033 832.4 0
CCDS47281.1 PCDHA6 gene_id:56142|Hs108|chr5 ( 950) 5033 832.4 0
CCDS4240.1 PCDHA13 gene_id:56136|Hs108|chr5 ( 950) 5009 828.5 0
CCDS54920.1 PCDHA9 gene_id:9752|Hs108|chr5 ( 950) 5006 828.0 0
CCDS47284.1 PCDHA11 gene_id:56138|Hs108|chr5 ( 949) 5000 827.0 0
CCDS54921.1 PCDHA10 gene_id:56139|Hs108|chr5 ( 948) 4878 807.2 0
CCDS54917.1 PCDHA5 gene_id:56143|Hs108|chr5 ( 936) 4094 679.4 8.9e-195
CCDS64269.1 PCDHA2 gene_id:56146|Hs108|chr5 ( 808) 4073 675.9 8.5e-194
CCDS54918.1 PCDHA7 gene_id:56141|Hs108|chr5 ( 937) 3991 662.6 1e-189
CCDS75326.1 PCDHA11 gene_id:56138|Hs108|chr5 ( 810) 3956 656.8 4.7e-188
CCDS47285.1 PCDHA12 gene_id:56137|Hs108|chr5 ( 941) 3867 642.4 1.2e-183
CCDS75325.1 PCDHA10 gene_id:56139|Hs108|chr5 ( 844) 3839 637.8 2.6e-182
CCDS75327.1 PCDHA12 gene_id:56137|Hs108|chr5 ( 792) 3836 637.3 3.5e-182
CCDS54912.1 PCDHA1 gene_id:56147|Hs108|chr5 ( 686) 3443 573.2 6e-163
CCDS47282.1 PCDHA6 gene_id:56142|Hs108|chr5 ( 686) 2577 432.1 1.8e-120
CCDS34255.1 PCDHA10 gene_id:56139|Hs108|chr5 ( 685) 2563 429.8 8.9e-120
CCDS4261.1 PCDHGC3 gene_id:5098|Hs108|chr5 ( 934) 2023 341.8 3.6e-93
CCDS75348.1 PCDHGC3 gene_id:5098|Hs108|chr5 ( 863) 1985 335.6 2.5e-91
CCDS75346.1 PCDHGA12 gene_id:26025|Hs108|chr5 ( 820) 1925 325.8 2.1e-88
CCDS4260.1 PCDHGA12 gene_id:26025|Hs108|chr5 ( 932) 1925 325.9 2.3e-88
CCDS47292.1 PCDHGA10 gene_id:56106|Hs108|chr5 ( 936) 1918 324.7 5.1e-88
CCDS75343.1 PCDHGA10 gene_id:56106|Hs108|chr5 ( 850) 1917 324.5 5.3e-88
CCDS54928.1 PCDHGB4 gene_id:8641|Hs108|chr5 ( 923) 1911 323.6 1.1e-87
CCDS58980.1 PCDHGB3 gene_id:56102|Hs108|chr5 ( 929) 1908 323.1 1.6e-87
CCDS75336.1 PCDHGA7 gene_id:56108|Hs108|chr5 ( 817) 1904 322.4 2.2e-87
CCDS54927.1 PCDHGA7 gene_id:56108|Hs108|chr5 ( 932) 1904 322.5 2.5e-87
CCDS4257.1 PCDHB15 gene_id:56121|Hs108|chr5 ( 787) 1892 320.5 8.3e-87
CCDS75345.1 PCDHGA11 gene_id:56105|Hs108|chr5 ( 837) 1891 320.3 9.8e-87
CCDS47289.1 PCDHGA2 gene_id:56113|Hs108|chr5 ( 932) 1891 320.3 1.1e-86
CCDS47294.1 PCDHGA11 gene_id:56105|Hs108|chr5 ( 935) 1891 320.3 1.1e-86
CCDS47291.1 PCDHGA8 gene_id:9708|Hs108|chr5 ( 932) 1881 318.7 3.3e-86
CCDS75338.1 PCDHGA8 gene_id:9708|Hs108|chr5 ( 820) 1876 317.9 5.2e-86
CCDS58981.1 PCDHGA9 gene_id:56107|Hs108|chr5 ( 932) 1870 316.9 1.1e-85
CCDS75341.1 PCDHGA9 gene_id:56107|Hs108|chr5 ( 828) 1868 316.6 1.3e-85
CCDS47293.1 PCDHGB7 gene_id:56099|Hs108|chr5 ( 929) 1862 315.6 2.8e-85
CCDS75334.1 PCDHGB3 gene_id:56102|Hs108|chr5 ( 814) 1860 315.2 3.2e-85
CCDS54923.1 PCDHGB1 gene_id:56104|Hs108|chr5 ( 927) 1860 315.3 3.5e-85
CCDS75330.1 PCDHGB1 gene_id:56104|Hs108|chr5 ( 810) 1857 314.8 4.4e-85
CCDS75350.1 PCDHGC5 gene_id:56097|Hs108|chr5 ( 878) 1853 314.1 7.5e-85
CCDS4263.1 PCDHGC5 gene_id:56097|Hs108|chr5 ( 944) 1853 314.1 7.9e-85
CCDS75329.1 PCDHGA3 gene_id:56112|Hs108|chr5 ( 829) 1847 313.1 1.4e-84
CCDS47290.1 PCDHGA3 gene_id:56112|Hs108|chr5 ( 932) 1847 313.2 1.5e-84
CCDS54925.1 PCDHGA5 gene_id:56110|Hs108|chr5 ( 931) 1845 312.8 1.9e-84
CCDS75333.1 PCDHGA5 gene_id:56110|Hs108|chr5 ( 813) 1843 312.5 2.2e-84
CCDS75335.1 PCDHGA6 gene_id:56109|Hs108|chr5 ( 818) 1843 312.5 2.2e-84
CCDS54926.1 PCDHGA6 gene_id:56109|Hs108|chr5 ( 932) 1843 312.5 2.4e-84
>>CCDS54913.1 PCDHA1 gene_id:56147|Hs108|chr5 (950 aa)
initn: 6178 init1: 6178 opt: 6178 Z-score: 5445.8 bits: 1019.0 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 6178; 100.0% identity (100.0% similar) in 950 aa overlap (1-950:1-950)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MVFSRRGGLGARDLLLWLLLLAAWEVGSGQLHYSIPEEAKHGTFVGRVAQDLGLELAELV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 MVFSRRGGLGARDLLLWLLLLAAWEVGSGQLHYSIPEEAKHGTFVGRVAQDLGLELAELV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 PRLFRVASKTHRDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCQWSAECSIHLELIADRPLQVFHVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 PRLFRVASKTHRDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCQWSAECSIHLELIADRPLQVFHVE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 VKVKDINDNPPVFRGREQIIFIPESRLLNSRFPIEGAADADIGANALLTYTLSPSDYFSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 VKVKDINDNPPVFRGREQIIFIPESRLLNSRFPIEGAADADIGANALLTYTLSPSDYFSL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 DVEASDELSKSLWLELRKYLDREETPELHLLLTATDGGKPELQGTVELLITVLDVNDNAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 DVEASDELSKSLWLELRKYLDREETPELHLLLTATDGGKPELQGTVELLITVLDVNDNAP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 LFDQAVYRVHLLETTANGTLVTTLNASDADEGVNGEVVFSFDSGISRDIQEKFKVDSSSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 LFDQAVYRVHLLETTANGTLVTTLNASDADEGVNGEVVFSFDSGISRDIQEKFKVDSSSG
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 EIRLIDKLDYEETKSYEIQVKAVDKGSPPMSNHCKVLVKVLDVNDNAPELAVTSLYLPIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 EIRLIDKLDYEETKSYEIQVKAVDKGSPPMSNHCKVLVKVLDVNDNAPELAVTSLYLPIR
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 EDAPLSTVIALITVSDRDSGANGQVTCSLMPHVPFKLVSTFKNYYSLVLDSALDRESLSV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 EDAPLSTVIALITVSDRDSGANGQVTCSLMPHVPFKLVSTFKNYYSLVLDSALDRESLSV
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 YELVVTARDGGSPSLWATARVSVEVADVNDNAPAFAQPEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 YELVVTARDGGSPSLWATARVSVEVADVNDNAPAFAQPEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAR
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 DADAQENALVSYSLVERRVGERALSNYVSVHAESGKVYALQPLDHEELELLQFQVSARDA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 DADAQENALVSYSLVERRVGERALSNYVSVHAESGKVYALQPLDHEELELLQFQVSARDA
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 GVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLAPRVGGTIGAVSELVPRLVGAGHVVAKVRAVDAD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 GVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLAPRVGGTIGAVSELVPRLVGAGHVVAKVRAVDAD
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 SGYNAWLSYELQPAAGGARIPFRVGLYTGEISTTRVLDEADLSRYRLLVLVKDHGEPALT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 SGYNAWLSYELQPAAGGARIPFRVGLYTGEISTTRVLDEADLSRYRLLVLVKDHGEPALT
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB3 ATATVLVSLVESGQAPKASSRASVGVAGPEAALVDVNVYLIIAICAVSSLLVLTLLLYTA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 ATATVLVSLVESGQAPKASSRASVGVAGPEAALVDVNVYLIIAICAVSSLLVLTLLLYTA
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB3 LRCSVPPTEGAYVPGKPTLVCSSALGSWSNSQQRRQRVCSSEGPPKTDLMAFSPGLSPSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 LRCSVPPTEGAYVPGKPTLVCSSALGSWSNSQQRRQRVCSSEGPPKTDLMAFSPGLSPSL
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB3 NTSERNEQPEANLDLSGNPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 NTSERNEQPEANLDLSGNPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWP
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB3 TVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 TVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISIR
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950
pF1KB3 QEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDNSDQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 QEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDNSDQ
910 920 930 940 950
>>CCDS54914.1 PCDHA2 gene_id:56146|Hs108|chr5 (948 aa)
initn: 5112 init1: 4073 opt: 5111 Z-score: 4506.0 bits: 845.1 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5111; 83.3% identity (92.2% similar) in 950 aa overlap (1-950:1-948)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MVFSRRGGLGARDLLLWLLLLAAWEVGSGQLHYSIPEEAKHGTFVGRVAQDLGLELAELV
:. : : : :: :: ::::::::::::::.::.::::::::::::.:::::::: :::
CCDS54 MASSIRRGRGAWTRLLSLLLLAAWEVGSGQLRYSVPEEAKHGTFVGRIAQDLGLELEELV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 PRLFRVASKTHRDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCQWSAECSIHLELIADRPLQVFHVE
::::::::: : :::::::::::::::::::::::: :::::::.:.:.::::::::::
CCDS54 PRLFRVASKRHGDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCGRSAECSIHVEVIVDRPLQVFHVE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 VKVKDINDNPPVFRGREQIIFIPESRLLNSRFPIEGAADADIGANALLTYTLSPSDYFSL
:.:::::::::.: . : .::::::.::::.:::.:::::.::::.: :: :..: :
CCDS54 VEVKDINDNPPIFPMTVKTIRFPESRLLDSRFPLEGASDADIGVNALLSYKLSSSEFFFL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 DVEASDELSKSLWLELRKYLDREETPELHLLLTATDGGKPELQGTVELLITVLDVNDNAP
:..:.::::.:: : : : :::::: :..:::.::::::::: :::..:: ::::::: :
CCDS54 DIQANDELSESLSLVLGKSLDREETAEVNLLLVATDGGKPELTGTVQILIKVLDVNDNEP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 LFDQAVYRVHLLETTANGTLVTTLNASDADEGVNGEVVFSFDSGISRDIQEKFKVDSSSG
: :.::.:.:::.:::::::. ::::::::: :.:.:.:. : .: :: :: .: ::
CCDS54 TFAQSVYKVKLLENTANGTLVVKLNASDADEGPNSEIVYSLGSDVSSTIQTKFTIDPISG
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 EIRLIDKLDYEETKSYEIQVKAVDKGSPPMSNHCKVLVKVLDVNDNAPELAVTSLYLPIR
::: ::::::.::::::: :.:::.: ::.:::. .:..:.:::.::...::: :::
CCDS54 EIRTKGKLDYEEAKSYEIQVTATDKGTPSMSGHCKISLKLVDINDNTPEVSITSLSLPIS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 EDAPLSTVIALITVSDRDSGANGQVTCSLMPHVPFKLVSTFKNYYSLVLDSALDRESLSV
:.: :.::::::::::::::.::.::::: :::::::::::::::::::::::::::.:.
CCDS54 ENASLGTVIALITVSDRDSGTNGHVTCSLTPHVPFKLVSTFKNYYSLVLDSALDRESVSA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 YELVVTARDGGSPSLWATARVSVEVADVNDNAPAFAQPEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAR
::::::::::::::::::. ::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 YELVVTARDGGSPSLWATTSVSIEVADVNDNAPAFAQPEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAW
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 DADAQENALVSYSLVERRVGERALSNYVSVHAESGKVYALQPLDHEELELLQFQVSARDA
:::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::.::::::::::::
CCDS54 DADAQENALVSYSLVERRVGERALSSYVSVHAESGKVYALQPLDHEEVELLQFQVSARDA
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 GVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLAPRVGGTIGAVSELVPRLVGAGHVVAKVRAVDAD
:::::::::::::::::::::::::::::.: . :::::::: ::::::::::::::::
CCDS54 GVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLAPRAGTAAGAVSELVPWSVGAGHVVAKVRAVDAD
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 SGYNAWLSYELQPAAGGARIPFRVGLYTGEISTTRVLDEADLSRYRLLVLVKDHGEPALT
:::::::::::: ..:.::::::::::::::::::.::::: :.:::::::::::::::
CCDS54 SGYNAWLSYELQLGTGSARIPFRVGLYTGEISTTRALDEADSPRHRLLVLVKDHGEPALT
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB3 ATATVLVSLVESGQAPKASSRASVGVAGPEAALVDVNVYLIIAICAVSSLLVLTLLLYTA
:::::::::::::::::::::: ::.:: ::.::::::::::::::::::::::.:::::
CCDS54 ATATVLVSLVESGQAPKASSRAWVGAAGSEATLVDVNVYLIIAICAVSSLLVLTVLLYTA
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB3 LRCSVPPTEGAYVPGKPTLVCSSALGSWSNSQQRRQRVCSSEGPPKTDLMAFSPGLSPSL
::::::::::: .:::::::::::.:::: ::::::::::.: :::::::::::.:: .
CCDS54 LRCSVPPTEGARAPGKPTLVCSSAVGSWSYSQQRRQRVCSGEDPPKTDLMAFSPSLSQGP
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB3 NTSERNEQPEANLDLSGNPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWP
...:... :. . :.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 DSAEEKQLSES--EYVGKPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWP
790 800 810 820 830
850 860 870 880 890 900
pF1KB3 TVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 TVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISIR
840 850 860 870 880 890
910 920 930 940 950
pF1KB3 QEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDNSDQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 QEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDNSDQ
900 910 920 930 940
>>CCDS54915.1 PCDHA3 gene_id:56145|Hs108|chr5 (950 aa)
initn: 5078 init1: 5078 opt: 5078 Z-score: 4477.0 bits: 839.7 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5078; 81.8% identity (92.5% similar) in 950 aa overlap (1-950:1-950)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MVFSRRGGLGARDLLLWLLLLAAWEVGSGQLHYSIPEEAKHGTFVGRVAQDLGLELAELV
:.:: : ::. ::: :::::: ::::::::::. :::::::::::.::::::::::::
CCDS54 MLFSWREDPGAQCLLLSLLLLAASEVGSGQLHYSVSEEAKHGTFVGRIAQDLGLELAELV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 PRLFRVASKTHRDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCQWSAECSIHLELIADRPLQVFHVE
::::::::: : :::::::::::::::::::::::: :::::::::.:.::::::::::
CCDS54 PRLFRVASKRHGDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCGRSAECSIHLEVIVDRPLQVFHVE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 VKVKDINDNPPVFRGREQIIFIPESRLLNSRFPIEGAADADIGANALLTYTLSPSDYFSL
:.::::::: ::: . .:: ::: .::: .:::.:::::.:.::::.:. ..::.:
CCDS54 VEVKDINDNAPVFPMAVKNLFISESRQPGSRFSLEGASDADIGTNSLLTYSLDSTEYFTL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 DVEASDELSKSLWLELRKYLDREETPELHLLLTATDGGKPELQGTVELLITVLDVNDNAP
::. .:: ::: : :.: :.::.::. .::.:: ::::::: ::..: :::::::::::
CCDS54 DVKRNDEEIKSLGLVLKKNLNREDTPKHYLLITAIDGGKPELTGTTQLKITVLDVNDNAP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 LFDQAVYRVHLLETTANGTLVTTLNASDADEGVNGEVVFSFDSGISRDIQEKFKVDSSSG
:....:.:.:::.. :::::.:.::.: ::::: ....::.. .: :: ::..: .:
CCDS54 AFERTIYKVRLLENAPNGTLVVTVNATDLDEGVNKDIAYSFNTDMSADILSKFHLDPVNG
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 EIRLIDKLDYEETKSYEIQVKAVDKGSPPMSNHCKVLVKVLDVNDNAPELAVTSLYLPIR
.: . ..:.::.:::::::.:.:::.::::.:: ::....:.:::.:::.. :: ::.
CCDS54 QISVKGNIDFEESKSYEIQVEATDKGNPPMSDHCTVLLEIVDINDNVPELVIQSLSLPVL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 EDAPLSTVIALITVSDRDSGANGQVTCSLMPHVPFKLVSTFKNYYSLVLDSALDRESLSV
::.:::::::::.:::::::.:::::::: ::::::::::::::::::::: :::::.:.
CCDS54 EDSPLSTVIALISVSDRDSGVNGQVTCSLTPHVPFKLVSTFKNYYSLVLDSPLDRESVSA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 YELVVTARDGGSPSLWATARVSVEVADVNDNAPAFAQPEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAR
::::::::::::::::::: :::::::::::::::.: ::::::::::::::::::::::
CCDS54 YELVVTARDGGSPSLWATASVSVEVADVNDNAPAFSQSEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAR
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 DADAQENALVSYSLVERRVGERALSNYVSVHAESGKVYALQPLDHEELELLQFQVSARDA
:::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 DADAQENALVSYSLVERRVGERALSSYVSVHAESGKVYALQPLDHEELELLQFQVSARDA
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 GVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLAPRVGGTIGAVSELVPRLVGAGHVVAKVRAVDAD
:::::::::::::::::::::::::: ::::: ::::::::: ::::::::::::::::
CCDS54 GVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLMPRVGGIGGAVSELVPRSVGAGHVVAKVRAVDAD
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 SGYNAWLSYELQPAAGGARIPFRVGLYTGEISTTRVLDEADLSRYRLLVLVKDHGEPALT
:::::::::::::..::::::::::::::::::::.:::.: :.::::::::::::.::
CCDS54 SGYNAWLSYELQPGTGGARIPFRVGLYTGEISTTRALDEVDAPRHRLLVLVKDHGEPSLT
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB3 ATATVLVSLVESGQAPKASSRASVGVAGPEAALVDVNVYLIIAICAVSSLLVLTLLLYTA
::::::::::::::::::::.::.:..::::::::::::::.::::::::::::::::::
CCDS54 ATATVLVSLVESGQAPKASSQASAGATGPEAALVDVNVYLIVAICAVSSLLVLTLLLYTA
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pF1KB3 LRCSVPPTEGAYVPGKPTLVCSSALGSWSNSQQRRQRVCSSEGPPKTDLMAFSPGLSPSL
::::.::::: :::::::::::.:::: ::::.:::::.:: ::::::::::.: :
CCDS54 LRCSAPPTEGDCGPGKPTLVCSSAVGSWSYSQQRQQRVCSGEGLPKTDLMAFSPSLPPCP
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB3 NTSERNEQPEANLDLSGNPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWP
. .:.:. ....:::..::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 ISRDREEKQDVDVDLSAKPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWP
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB3 TVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 TVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISIR
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910 920 930 940 950
pF1KB3 QEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDNSDQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 QEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDNSDQ
910 920 930 940 950
>>CCDS54919.1 PCDHA8 gene_id:56140|Hs108|chr5 (950 aa)
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pF1KB3 MVFSRRGGLGARDLLLWLLLLAAWEVGSGQLHYSIPEEAKHGTFVGRVAQDLGLELAELV
: . :: ::. ::: :::::::.:::::::::.::::::::::::.::::::::::::
CCDS54 MDYHWRGELGSWRLLLLLLLLAAWKVGSGQLHYSVPEEAKHGTFVGRIAQDLGLELAELV
10 20 30 40 50 60
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pF1KB3 PRLFRVASKTHRDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCQWSAECSIHLELIADRPLQVFHVE
::::::::: :::::::.:::::::::::::::::: :::::::::.:.:::::::::.
CCDS54 PRLFRVASKRHRDLLEVSLQNGILFVNSRIDREELCGRSAECSIHLEVIVDRPLQVFHVD
70 80 90 100 110 120
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pF1KB3 VKVKDINDNPPVFRGREQIIFIPESRLLNSRFPIEGAADADIGANALLTYTLSPSDYFSL
:.:::.:::::::: ..: .:. :::. .::::.:::.:::.:::..::: :: ::: :
CCDS54 VEVKDVNDNPPVFRVKDQKLFVSESRMPDSRFPLEGASDADVGANSVLTYRLSSHDYFML
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pF1KB3 DVEASDELSKSLWLELRKYLDREETPELHLLLTATDGGKPELQGTVELLITVLDVNDNAP
::..... .: . : ::: ::::..: ::.::::::::::: :::.::.::::::::::
CCDS54 DVNSKNDENKLVELVLRKSLDREDAPAHHLFLTATDGGKPELTGTVQLLVTVLDVNDNAP
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pF1KB3 LFDQAVYRVHLLETTANGTLVTTLNASDADEGVNGEVVFSFDSGISRDIQEKFKVDSSSG
:.:. :.:...:.. ::: : ::::: :::.:: . .::.: . . ..:..: ..:
CCDS54 TFEQSEYEVRIFENADNGTTVIKLNASDPDEGANGAISYSFNSLVETMVIDHFSIDRNTG
250 260 270 280 290 300
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pF1KB3 EIRLIDKLDYEETKSYEIQVKAVDKGSPPMSNHCKVLVKVLDVNDNAPELAVTSLYLPIR
:: . .::.:. . :.: . :.::: :::..:: :::..:: :::.::.:.::: ::.:
CCDS54 EIVIRGNLDFEQENLYKILIDATDKGHPPMAGHCTVLVRILDKNDNVPEIALTSLSLPVR
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pF1KB3 EDAPLSTVIALITVSDRDSGANGQVTCSLMPHVPFKLVSTFKNYYSLVLDSALDRESLSV
::: ..::::::.:.: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: .:.
CCDS54 EDAQFGTVIALISVNDLDSGANGQVTCSLMPHVPFKLVSTFKNYYSLVLDSALDRERVSA
370 380 390 400 410 420
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pF1KB3 YELVVTARDGGSPSLWATARVSVEVADVNDNAPAFAQPEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAR
::::::::::::::::::: .:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 YELVVTARDGGSPSLWATASLSVEVADVNDNAPAFAQPEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAR
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pF1KB3 DADAQENALVSYSLVERRVGERALSNYVSVHAESGKVYALQPLDHEELELLQFQVSARDA
::::::::::::::::::::::.::.:.:::.::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 DADAQENALVSYSLVERRVGERSLSSYISVHTESGKVYALQPLDHEELELLQFQVSARDA
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pF1KB3 GVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLAPRVGGTIGAVSELVPRLVGAGHVVAKVRAVDAD
:::::::::::::::::::::::::: :::::: ::.:.:::: ::::::::::::::::
CCDS54 GVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLEPRVGGTGGAASKLVPRSVGAGHVVAKVRAVDAD
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pF1KB3 SGYNAWLSYELQPAAGGARIPFRVGLYTGEISTTRVLDEADLSRYRLLVLVKDHGEPALT
:::::::::::::::.. ::::::::::::::::::::::: :.:::::::::::::::
CCDS54 SGYNAWLSYELQPAASSPRIPFRVGLYTGEISTTRVLDEADSPRHRLLVLVKDHGEPALT
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pF1KB3 ATATVLVSLVESGQAPKASSRASVGVAGPEAALVDVNVYLIIAICAVSSLLVLTLLLYTA
::::::::::::::::::::: :.:: :::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 ATATVLVSLVESGQAPKASSRQSAGVLGPEAALVDVNVYLIIAICAVSSLLVLTLLLYTA
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pF1KB3 LRCSVPPTEGAYVPGKPTLVCSSALGSWSNSQQRRQRVCSSEGPPKTDLMAFSPGLSPSL
::::. ::::. ::::::::::.:::: :::. :::::.::::::::::::: : :.:
CCDS54 LRCSALPTEGGCRAGKPTLVCSSAVGSWSYSQQQPQRVCSGEGPPKTDLMAFSPCLPPDL
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pF1KB3 NTSERNEQPEANLDLSGNPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWP
.. . .:. . :.: . .::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 GSVDVGEEQDLNVDHGLKPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWP
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pF1KB3 TVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 TVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISIR
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pF1KB3 QEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDNSDQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 QEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDNSDQ
910 920 930 940 950
>>CCDS54916.1 PCDHA4 gene_id:56144|Hs108|chr5 (947 aa)
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pF1KB3 MVFSRRGGLGARDLLLWLLLLAAWEVGSGQLHYSIPEEAKHGTFVGRVAQDLGLELAELV
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CCDS54 MEFSWGSGQESRRLLLLLLLLAAWEAGNGQLHYSVSEEAKHGTFVGRIAQDLGLELAELV
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pF1KB3 PRLFRVASKTHRDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCQWSAECSIHLELIADRPLQVFHVE
::::::::: . :::::::::::::::::::::::. :::::::::.:.:::::::::.
CCDS54 PRLFRVASKGRGGLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCRRSAECSIHLEVIVDRPLQVFHVD
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pF1KB3 VKVKDINDNPPVFRGREQIIFIPESRLLNSRFPIEGAADADIGANALLTYTLSPSDYFSL
:.:.::::::::: . .. . : ::: :.::::.:::.::::: :::::: :::..::::
CCDS54 VEVRDINDNPPVFPATQKNLSIAESRPLDSRFPLEGASDADIGENALLTYRLSPNEYFSL
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pF1KB3 DVEASDELSKSLWLELRKYLDREETPELHLLLTATDGGKPELQGTVELLITVLDVNDNAP
. .::: :.: : ::: :::::.::. :.::::::::::: :::.:::::::.:::::
CCDS54 EKPPDDELVKGLGLILRKSLDREEAPEIFLVLTATDGGKPELTGTVQLLITVLDANDNAP
190 200 210 220 230 240
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pF1KB3 LFDQAVYRVHLLETTANGTLVTTLNASDADEGVNGEVVFSFDSGISRDIQEKFKVDSSSG
::...:.:.:::.. ::::: ::::: :::.::..:.::.. :: ... ::..: .:
CCDS54 AFDRTIYKVRLLENVPNGTLVIKLNASDLDEGLNGDIVYSFSNDISPNVKSKFHIDPITG
250 260 270 280 290 300
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pF1KB3 EIRLIDKLDYEETKSYEIQVKAVDKGSPPMSNHCKVLVKVLDVNDNAPELAVTSLYLPIR
.: . .:.::.::::: :...:::. :.:.::.:.:.: : :::.:.: :: ::::
CCDS54 QIIVKGYIDFEESKSYEIIVEGIDKGQLPLSGHCRVIVEVEDNNDNVPDLEFKSLSLPIR
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pF1KB3 EDAPLSTVIALITVSDRDSGANGQVTCSLMPHVPFKLVSTFKNYYSLVLDSALDRESLSV
:::::.::::::.:::.: :.:: ::::: ::::::::::::::::::::::::::.:.
CCDS54 EDAPLGTVIALISVSDKDMGVNGLVTCSLTSHVPFKLVSTFKNYYSLVLDSALDRESVSA
370 380 390 400 410 420
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pF1KB3 YELVVTARDGGSPSLWATARVSVEVADVNDNAPAFAQPEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAR
::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 YELVVTARDGGSPSLWATASVSVEVADVNDNAPAFAQPEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAW
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pF1KB3 DADAQENALVSYSLVERRVGERALSNYVSVHAESGKVYALQPLDHEELELLQFQVSARDA
:::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::.::::
CCDS54 DADAQENALVSYSLVERRVGERALSSYVSVHAESGKVYALQPLDHEELELLQFQVTARDA
490 500 510 520 530 540
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pF1KB3 GVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLAPRVGGTIGAVSELVPRLVGAGHVVAKVRAVDAD
:::::::::::::::::::::::::::::.::: :::::::: ::.:::::::::::::
CCDS54 GVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLAPRAGGTGGAVSELVPWSVGVGHVVAKVRAVDAD
550 560 570 580 590 600
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pF1KB3 SGYNAWLSYELQPAAGGARIPFRVGLYTGEISTTRVLDEADLSRYRLLVLVKDHGEPALT
:::::::::::::..::::::::::::::::::::.:::.: :.:::::::::::::::
CCDS54 SGYNAWLSYELQPGTGGARIPFRVGLYTGEISTTRALDETDAPRHRLLVLVKDHGEPALT
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pF1KB3 ATATVLVSLVESGQAPKASSRASVGVAGPEAALVDVNVYLIIAICAVSSLLVLTLLLYTA
:::::::::::::::::::::: ::..::.::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 ATATVLVSLVESGQAPKASSRALVGAVGPDAALVDVNVYLIIAICAVSSLLVLTLLLYTA
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB3 LRCSVPPTEGAYVPGKPTLVCSSALGSWSNSQQRRQRVCSSEGPPKTDLMAFSPGLSPSL
::::. ::::: .:::::::::::.:::: ::::: ::::.:::::::::::::.: :
CCDS54 LRCSALPTEGACAPGKPTLVCSSAVGSWSYSQQRRPRVCSGEGPPKTDLMAFSPSL-P--
730 740 750 760 770
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pF1KB3 NTSERNEQPEANLDLSGNPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWP
.. .:..: ... . ..::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 DSRDREDQLQTTEESFAKPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWP
780 790 800 810 820 830
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pF1KB3 TVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 TVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISIR
840 850 860 870 880 890
910 920 930 940 950
pF1KB3 QEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDNSDQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 QEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDNSDQ
900 910 920 930 940
>>CCDS47281.1 PCDHA6 gene_id:56142|Hs108|chr5 (950 aa)
initn: 5033 init1: 5033 opt: 5033 Z-score: 4437.3 bits: 832.4 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5033; 80.9% identity (92.1% similar) in 950 aa overlap (1-950:1-950)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MVFSRRGGLGARDLLLWLLLLAAWEVGSGQLHYSIPEEAKHGTFVGRVAQDLGLELAELV
:::. . :: . ::: :::::::.:::::::::.::::::::::::.::::::::::::
CCDS47 MVFTPEDRLGKQCLLLPLLLLAAWKVGSGQLHYSVPEEAKHGTFVGRIAQDLGLELAELV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 PRLFRVASKTHRDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCQWSAECSIHLELIADRPLQVFHVE
:::::.::: ..:::::::::::::::::::::::: :::::::::.:.:::::::::.
CCDS47 PRLFRMASKDREDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCGRSAECSIHLEVIVDRPLQVFHVD
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 VKVKDINDNPPVFRGREQIIFIPESRLLNSRFPIEGAADADIGANALLTYTLSPSDYFSL
:.:.:::::::.: .:: ..: :::: .: ::.:::.:::.:.:..::: :: :.::.:
CCDS47 VEVRDINDNPPLFPVEEQRVLIYESRLPDSVFPLEGASDADVGSNSILTYKLSSSEYFGL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 DVEASDELSKSLWLELRKYLDREETPELHLLLTATDGGKPELQGTVELLITVLDVNDNAP
::. ... .:.. : :.: :::::.: .:.::::::::::: :::.::.::::::::::
CCDS47 DVKINSDDNKQIGLLLKKSLDREEAPAHNLFLTATDGGKPELTGTVQLLVTVLDVNDNAP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 LFDQAVYRVHLLETTANGTLVTTLNASDADEGVNGEVVFSFDSGISRDIQEKFKVDSSSG
:.:. :.:...:.. ::: : ::::: :::.:: . .::.: .. . ..:..: ..:
CCDS47 TFEQSEYEVRIFENADNGTTVIRLNASDRDEGANGAISYSFNSLVAAMVIDHFSIDRNTG
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 EIRLIDKLDYEETKSYEIQVKAVDKGSPPMSNHCKVLVKVLDVNDNAPELAVTSLYLPIR
:: . .::.:. . :.: . :.::: :::..:: :::..:: :::.::.:.::: ::.:
CCDS47 EIVIRGNLDFEQENLYKILIDATDKGHPPMAGHCTVLVRILDKNDNVPEIALTSLSLPVR
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 EDAPLSTVIALITVSDRDSGANGQVTCSLMPHVPFKLVSTFKNYYSLVLDSALDRESLSV
::: ..::::::.:.: ::::::::.::: :::::::::::::::::::::::::::.:.
CCDS47 EDAQFGTVIALISVNDLDSGANGQVNCSLTPHVPFKLVSTFKNYYSLVLDSALDRESVSA
370 380 390 400 410 420
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pF1KB3 YELVVTARDGGSPSLWATARVSVEVADVNDNAPAFAQPEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAR
::::::::::::::::::: .::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 YELVVTARDGGSPSLWATASLSVEVADMNDNAPAFAQPEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAR
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 DADAQENALVSYSLVERRVGERALSNYVSVHAESGKVYALQPLDHEELELLQFQVSARDA
:::::::::::::::::::::::::.:.::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 DADAQENALVSYSLVERRVGERALSSYISVHAESGKVYALQPLDHEELELLQFQVSARDA
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 GVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLAPRVGGTIGAVSELVPRLVGAGHVVAKVRAVDAD
::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::: .:::.:::::::::::
CCDS47 GVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLAPRVGGTGGAVSELVPRSLGAGQVVAKVRAVDAD
550 560 570 580 590 600
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pF1KB3 SGYNAWLSYELQPAAGGARIPFRVGLYTGEISTTRVLDEADLSRYRLLVLVKDHGEPALT
::::::::::::: :..::.::::::::::::::::::::: :.:::::::::::::::
CCDS47 SGYNAWLSYELQPPASSARFPFRVGLYTGEISTTRVLDEADSPRHRLLVLVKDHGEPALT
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
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:::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 ATATVLVSLVESGQAPKASSRASVGAAGPEAALVDVNVYLIIAICAVSSLLVLTLLLYTA
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pF1KB3 LRCSVPPTEGAYVPGKPTLVCSSALGSWSNSQQRRQRVCSSEGPPKTDLMAFSPGLSPSL
::::.:::::: . :::::::::.:::: ::::::::::.::::: :::::::.:::
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730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB3 NTSERNEQPEANLDLSGNPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWP
. :. . : : ...::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 IMMGKAENQDLNEDHDAKPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWP
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850 860 870 880 890 900
pF1KB3 TVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 TVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISIR
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910 920 930 940 950
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 QEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDNSDQ
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>>CCDS4240.1 PCDHA13 gene_id:56136|Hs108|chr5 (950 aa)
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:. : .:: :.::::::.:::::.::::::::.::::::::::::.::::::::::::
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::::::::: : :::::::::::::::::::::::: :::::::::.:.::::::::::
CCDS42 PRLFRVASKRHGDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCGRSAECSIHLEVIVDRPLQVFHVE
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pF1KB3 VKVKDINDNPPVFRGREQIIFIPESRLLNSRFPIEGAADADIGANALLTYTLSPSDYFSL
:::.:::::::.: .. :.: ::: ..:::..::.:::::.:. ::: :.:.:::.:
CCDS42 VKVRDINDNPPIFPESKKRIIIAESRPPETRFPLDGASDADIGVNSALTYRLDPNDYFTL
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pF1KB3 DVEASDELSKSLWLELRKYLDREETPELHLLLTATDGGKPELQGTVELLITVLDVNDNAP
:.. : : .:: : ::: ::::: : :::::.::::::: :::.::::.::::::::
CCDS42 DAQNSLEQMSSLSLVLRKTLDREEIQEHSLLLTASDGGKPELTGTVQLLITILDVNDNAP
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pF1KB3 LFDQAVYRVHLLETTANGTLVTTLNASDADEGVNGEVVFSFDSGISRDIQEKFKVDSSSG
: :.::.: .::.. ::::: :::.: :.:.::..:.:: . . : .. ..:
CCDS42 EFYQSVYKVTVLENAFNGTLVIKLNATDPDDGTNGDIVYSFRRPVWPAVVYAFTINPNNG
250 260 270 280 290 300
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pF1KB3 EIRLIDKLDYEETKSYEIQVKAVDKGSPPMSNHCKVLVKVLDVNDNAPELAVTSLYLPIR
::: :::.:: : :::.:.:::::. ::..:: .::.::::::::::...::: ::::
CCDS42 EIRTKGKLDFEEKKLYEISVEAVDKGNIPMAGHCTLLVEVLDVNDNAPEVTITSLSLPIR
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pF1KB3 EDAPLSTVIALITVSDRDSGANGQVTCSLMPHVPFKLVSTFKNYYSLVLDSALDRESLSV
::. :..::::.:::::::.::::::.: ::::::::::.::::::::::::::::.:.
CCDS42 EDTQPSAIIALISVSDRDSGSNGQVTCTLTPHVPFKLVSTYKNYYSLVLDSALDRESVSA
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::::::::::::::::::: ::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::.
CCDS42 YELVVTARDGGSPSLWATASVSVGVADVNDNAPAFAQPEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAQ
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:::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::.
CCDS42 DADAQENALVSYSLVERRVGERALSSYVSVHAESGKVYALQPLDHEELELLQFQVSARDS
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pF1KB3 GVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLAPRVGGTIGAVSELVPRLVGAGHVVAKVRAVDAD
::::::::::::::::::::::::::.: .:.. :.::::.:: ::::::::::::::::
CCDS42 GVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLTPGAGSAGGTVSELMPRSVGAGHVVAKVRAVDAD
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pF1KB3 SGYNAWLSYELQPAAGGARIPFRVGLYTGEISTTRVLDEADLSRYRLLVLVKDHGEPALT
:::::::::::: :: ::::::::::::::::::: :::.: ..:::::::::::::::
CCDS42 SGYNAWLSYELQLAAVGARIPFRVGLYTGEISTTRPLDEVDAPHHRLLVLVKDHGEPALT
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pF1KB3 ATATVLVSLVESGQAPKASSRASVGVAGPEAALVDVNVYLIIAICAVSSLLVLTLLLYTA
::::::.:::::::::.::::::.:..:::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 ATATVLLSLVESGQAPQASSRASAGAVGPEAALVDVNVYLIIAICAVSSLLVLTLLLYTA
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pF1KB3 LRCSVPPTEGAYVPGKPTLVCSSALGSWSNSQQRRQRVCSSEGPPKTDLMAFSPGLSPSL
::::.:::::: .::::::::::: :::: ::::: ::::.::: :::::::::.: : :
CCDS42 LRCSAPPTEGACAPGKPTLVCSSAAGSWSYSQQRRPRVCSGEGPHKTDLMAFSPSLPPCL
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pF1KB3 NTSERNEQPEANLDLSGNPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWP
...: . : : . . .::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 GSAEGTGQREEDSECLKEPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWP
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pF1KB3 TVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 TVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISIR
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 QEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDNSDQ
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pF1KB3 MVFSRRGGLGARDLLLWLLLLAAWEVGSGQLHYSIPEEAKHGTFVGRVAQDLGLELAELV
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::::.. :: . :::::::::::::::::::::::: :::::::::.:.:::::::::.
CCDS54 PRLFQLDSKGRGDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCGRSAECSIHLEVIVDRPLQVFHVD
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pF1KB3 VKVKDINDNPPVFRGREQIIFIPESRLLNSRFPIEGAADADIGANALLTYTLSPSDYFSL
:.::::::::::: . .. .:: ::: :.::::.:::.::::: :::::: :::..:: :
CCDS54 VEVKDINDNPPVFPATQKNLFIAESRPLDSRFPLEGASDADIGENALLTYRLSPNEYFFL
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pF1KB3 DVEASDELSKSLWLELRKYLDREETPELHLLLTATDGGKPELQGTVELLITVLDVNDNAP
:: .:.. : : : ::: ::::::::::::::::::::::: :::.::::::: :::::
CCDS54 DVPTSNQQVKPLGLVLRKLLDREETPELHLLLTATDGGKPELTGTVQLLITVLDNNDNAP
190 200 210 220 230 240
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pF1KB3 LFDQAVYRVHLLETTANGTLVTTLNASDADEGVNGEVVFSFDSGISRDIQEKFKVDSSSG
.::...: :.: :... :::: :::: :::.::....::.: .: ::. ::..: ::
CCDS54 VFDRTLYTVKLPENVSIGTLVIHPNASDLDEGLNGDIIYSFSSDVSPDIKSKFHMDPLSG
250 260 270 280 290 300
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pF1KB3 EIRLIDKLDYEETKSYEIQVKAVDKGSPPMSNHCKVLVKVLDVNDNAPELAVTSLYLPIR
: .: ..:.::.....: :.::::: ::...:: .::.:.:::::::.:.. .: .:..
CCDS54 AITVIGHMDFEESRAHKIPVEAVDKGFPPLAGHCTLLVEVVDVNDNAPQLTIKTLSVPVK
310 320 330 340 350 360
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pF1KB3 EDAPLSTVIALITVSDRDSGANGQVTCSLMPHVPFKLVSTFKNYYSLVLDSALDRESLSV
::: :.::::::.: : :. ::::::::: ::::::::::.::::::::: ::::::.:.
CCDS54 EDAQLGTVIALISVIDLDADANGQVTCSLTPHVPFKLVSTYKNYYSLVLDRALDRESVSA
370 380 390 400 410 420
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pF1KB3 YELVVTARDGGSPSLWATARVSVEVADVNDNAPAFAQPEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::
CCDS54 YELVVTARDGGSPSLWATARVSVEVADVNDNAPAFAQSEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAR
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pF1KB3 DADAQENALVSYSLVERRVGERALSNYVSVHAESGKVYALQPLDHEELELLQFQVSARDA
::::::::::::::::::.:::.::.::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 DADAQENALVSYSLVERRLGERSLSSYVSVHAESGKVYALQPLDHEELELLQFQVSARDA
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 GVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLAPRVGGTIGAVSELVPRLVGAGHVVAKVRAVDAD
::::::::::::::::::::::::::.::. :: :::::.: : :::: ::.::::::::
CCDS54 GVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLTPRMRGTDGAVSEMVLRSVGAGVVVGKVRAVDAD
550 560 570 580 590 600
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pF1KB3 SGYNAWLSYELQPAAGGARIPFRVGLYTGEISTTRVLDEADLSRYRLLVLVKDHGEPALT
::::::::::::: ...: ::::::::::::::::.:::.: : :::::::::::::::
CCDS54 SGYNAWLSYELQPETASASIPFRVGLYTGEISTTRALDETDAPRQRLLVLVKDHGEPALT
610 620 630 640 650 660
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pF1KB3 ATATVLVSLVESGQAPKASSRASVGVAGPEAALVDVNVYLIIAICAVSSLLVLTLLLYTA
:::::::::::::::::.:::::::..:::..:::::::::::::::::::::::::::.
CCDS54 ATATVLVSLVESGQAPKSSSRASVGATGPEVTLVDVNVYLIIAICAVSSLLVLTLLLYTV
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pF1KB3 LRCSVPPTEGAYVPGKPTLVCSSALGSWSNSQQRRQRVCSSEGPPKTDLMAFSPGLSPSL
::::. :::: .:::::::::::.:::: ::::::::::.:: :::::::::::::
CCDS54 LRCSAMPTEGECAPGKPTLVCSSAVGSWSYSQQRRQRVCSGEGKQKTDLMAFSPGLSPCA
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pF1KB3 NTSERNEQPEANLDLSGNPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWP
...::. .: :. : .:.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 GSTERTGEPSASSDSTGKPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWP
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pF1KB3 TVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 TVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISIR
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950
pF1KB3 QEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDNSDQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 QEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDNSDQ
910 920 930 940 950
>>CCDS47284.1 PCDHA11 gene_id:56138|Hs108|chr5 (949 aa)
initn: 4995 init1: 3729 opt: 5000 Z-score: 4408.3 bits: 827.0 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5000; 81.9% identity (91.7% similar) in 948 aa overlap (3-950:4-949)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MVFSRRGGLGARDLLLWLLLLAAWEVGSGQLHYSIPEEAKHGTFVGRVAQDLGLELAEL
:.::: ::. : :::::: :::::::::::. :::::::::::.:::::::::::
CCDS47 MFGFQRRG-LGTPRLQLWLLLLEFWEVGSGQLHYSVSEEAKHGTFVGRIAQDLGLELAEL
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pF1KB3 VPRLFRVASKTHRDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCQWSAECSIHLELIADRPLQVFHV
: :::::::::: :::::::::::::::::::::::: :::::::::.:.:::::::::
CCDS47 VQRLFRVASKTHGDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCGQSAECSIHLEVIVDRPLQVFHV
60 70 80 90 100 110
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pF1KB3 EVKVKDINDNPPVFRGREQIIFIPESRLLNSRFPIEGAADADIGANALLTYTLSPSDYFS
.:.::::::::::: ::: ..: ::. .::::.:::.:::: :::::: :: ..:::
CCDS47 NVEVKDINDNPPVFSLREQKLLIAESKQSDSRFPLEGASDADIEENALLTYRLSKNEYFS
120 130 140 150 160 170
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pF1KB3 LDVEASDELSKSLWLELRKYLDREETPELHLLLTATDGGKPELQGTVELLITVLDVNDNA
:: .. . : : : :.: ::::.::::.::::::::::::: :::.::. :::::::
CCDS47 LDSPTNGKQIKRLSLILKKSLDREKTPELNLLLTATDGGKPELTGTVRLLVQVLDVNDND
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 PLFDQAVYRVHLLETTANGTLVTTLNASDADEGVNGEVVFSFDSGISRDIQEKFKVDSSS
: ::.. :.: :.:..:. ::: :::.: ::::::::..:. : :. . .. : .:...
CCDS47 PEFDKSEYKVSLMENAAKETLVLKLNATDRDEGVNGEVTYSLMS-IKPNGRHLFTLDQNN
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 GEIRLIDKLDYEETKSYEIQVKAVDKGSPPMSNHCKVLVKVLDVNDNAPELAVTSLYLPI
::.:. :::::.: :.:.:.:.:::.:::..:: : :..::.:::.::.::::: ::.
CCDS47 GEVRVNGTLDYEENKFYKIEVQATDKGTPPMAGHCTVWVEILDTNDNSPEVAVTSLSLPV
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB3 REDAPLSTVIALITVSDRDSGANGQVTCSLMPHVPFKLVSTFKNYYSLVLDSALDRESLS
:::: :::::::.:::::::.:::::::: ::::::::::::::::::::::::::..
CCDS47 REDAQPSTVIALISVSDRDSGVNGQVTCSLTPHVPFKLVSTFKNYYSLVLDSALDRENVW
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB3 VYELVVTARDGGSPSLWATARVSVEVADVNDNAPAFAQPEYTVFVKENNPPGCHIFTVSA
.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 AYELVVTARDGGSPSLWATARVSVEVADVNDNAPAFAQPEYTVFVKENNPPGCHIFTVSA
420 430 440 450 460 470
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pF1KB3 RDADAQENALVSYSLVERRVGERALSNYVSVHAESGKVYALQPLDHEELELLQFQVSARD
:::::::::::::::::::.:.::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 RDADAQENALVSYSLVERRLGDRALSSYVSVHAESGKVYALQPLDHEELELLQFQVSARD
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
pF1KB3 AGVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLAPRVGGTIGAVSELVPRLVGAGHVVAKVRAVDA
::::::.::::::::::::::::::::: ..:.. :::..:::: :::::::::::::::
CCDS47 AGVPPLSSNVTLQVFVLDENDNAPALLATQAGSAGGAVNKLVPRSVGAGHVVAKVRAVDA
540 550 560 570 580 590
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pF1KB3 DSGYNAWLSYELQPAAGGARIPFRVGLYTGEISTTRVLDEADLSRYRLLVLVKDHGEPAL
::::::::::::::::::.:::::::::::::::::.::::: :.::::::::::::::
CCDS47 DSGYNAWLSYELQPAAGGSRIPFRVGLYTGEISTTRALDEADSPRHRLLVLVKDHGEPAL
600 610 620 630 640 650
660 670 680 690 700 710
pF1KB3 TATATVLVSLVESGQAPKASSRASVGVAGPEAALVDVNVYLIIAICAVSSLLVLTLLLYT
::::::::::::::::::::::. .:.:.:::::::::::::::::.:::::::::::::
CCDS47 TATATVLVSLVESGQAPKASSRTLAGAASPEAALVDVNVYLIIAICVVSSLLVLTLLLYT
660 670 680 690 700 710
720 730 740 750 760 770
pF1KB3 ALRCSVPPTEGAYVPGKPTLVCSSALGSWSNSQQRRQRVCSSEGPPKTDLMAFSPGLSPS
:: :. ::::: .::::::::: :.:::: :::::::::: :::::::::::::.: .
CCDS47 ALWWSATPTEGACAPGKPTLVCSRAVGSWSYSQQRRQRVCSEEGPPKTDLMAFSPSLPLG
720 730 740 750 760 770
780 790 800 810 820 830
pF1KB3 LNTSERNEQPEANLDLSGNPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQW
:: :..:. : . . :.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 LNKEEEGERQEPGSNHPGQPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQW
780 790 800 810 820 830
840 850 860 870 880 890
pF1KB3 PTVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 PTVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISI
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]