Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB3109
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3109, 1786 aa
1>>>pF1KB3109 1786 - 1786 aa - 1786 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.0953+/-0.00172; mu= 8.7080+/- 0.102
mean_var=384.7412+/-76.487, 0's: 0 Z-trim(107.8): 161 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.065387
statistics sampled from 9659 (9798) to 9659 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.634), E-opt: 0.2 (0.301), width: 16
Scan time: 4.710
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS5750.1 LAMB1 gene_id:3912|Hs108|chr7 (1786) 12583 1203.9 0
CCDS2789.1 LAMB2 gene_id:3913|Hs108|chr3 (1798) 6774 655.9 3.6e-187
CCDS34732.1 LAMB4 gene_id:22798|Hs108|chr7 (1761) 4457 437.4 2.2e-121
CCDS83218.1 LAMB4 gene_id:22798|Hs108|chr7 ( 772) 2428 245.5 5.7e-64
CCDS9054.1 NTN4 gene_id:59277|Hs108|chr12 ( 628) 1284 137.4 1.5e-31
CCDS1351.1 LAMC1 gene_id:3915|Hs108|chr1 (1609) 1210 131.0 3.4e-29
CCDS6938.1 LAMC3 gene_id:10319|Hs108|chr9 (1575) 1143 124.7 2.7e-27
CCDS1487.1 LAMB3 gene_id:3914|Hs108|chr1 (1172) 1119 122.2 1.1e-26
CCDS5138.1 LAMA2 gene_id:3908|Hs108|chr6 (3122) 1054 116.7 1.4e-24
CCDS32787.1 LAMA1 gene_id:284217|Hs108|chr18 (3075) 1004 112.0 3.6e-23
CCDS1516.1 USH2A gene_id:7399|Hs108|chr1 (1546) 833 95.4 1.7e-18
CCDS11148.1 NTN1 gene_id:9423|Hs108|chr17 ( 604) 816 93.3 2.9e-18
CCDS31025.1 USH2A gene_id:7399|Hs108|chr1 (5202) 833 96.1 3.5e-18
CCDS10213.2 MEGF11 gene_id:84465|Hs108|chr15 (1044) 660 78.9 1.1e-13
CCDS44285.1 LAMC2 gene_id:3918|Hs108|chr1 (1111) 638 76.8 4.8e-13
CCDS1352.1 LAMC2 gene_id:3918|Hs108|chr1 (1193) 638 76.9 5e-13
CCDS4142.1 MEGF10 gene_id:84466|Hs108|chr5 (1140) 627 75.8 1e-12
CCDS43491.1 LAMA4 gene_id:3910|Hs108|chr6 (1823) 609 74.4 4.3e-12
CCDS48010.2 MEGF9 gene_id:1955|Hs108|chr9 ( 602) 595 72.4 5.6e-12
CCDS34514.1 LAMA4 gene_id:3910|Hs108|chr6 (1816) 597 73.3 9.4e-12
CCDS30625.1 HSPG2 gene_id:3339|Hs108|chr1 (4391) 588 72.9 2.9e-11
CCDS78055.1 MEGF10 gene_id:84466|Hs108|chr5 ( 567) 566 69.6 3.6e-11
>>CCDS5750.1 LAMB1 gene_id:3912|Hs108|chr7 (1786 aa)
initn: 12583 init1: 12583 opt: 12583 Z-score: 6435.2 bits: 1203.9 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 12583; 99.9% identity (100.0% similar) in 1786 aa overlap (1-1786:1-1786)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MGLLQLLAFSFLALCRARVRAQEPEFSYGCAEGSCYPATGDLLIGRAQKLSVTSTCGLHK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 MGLLQLLAFSFLALCRARVRAQEPEFSYGCAEGSCYPATGDLLIGRAQKLSVTSTCGLHK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 PEPYCIVSHLQEDKKCFICNSQDPYHETLNPDSHLIENVVTTFAPNRLKIWWQSENGVEN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 PEPYCIVSHLQEDKKCFICNSQDPYHETLNPDSHLIENVVTTFAPNRLKIWWQSENGVEN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 VTIQLDLEAEFHFTHLIMTFKTFRPAAMLIERSSDFGKTWGVYRYFAYDCEASFPGISTG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 VTIQLDLEAEFHFTHLIMTFKTFRPAAMLIERSSDFGKTWGVYRYFAYDCEASFPGISTG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 PMKKVDDIICDSRYSDIEPSTEGEVIFRALDPAFKIEDPYSPRIQNLLKITNLRIKFVKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 PMKKVDDIICDSRYSDIEPSTEGEVIFRALDPAFKIEDPYSPRIQNLLKITNLRIKFVKL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 HTLGDNLLDSRMEIREKYYYAVYDMVVRGNCFCYGHASECAPVDGFNEEVEGMVHGHCMC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 HTLGDNLLDSRMEIREKYYYAVYDMVVRGNCFCYGHASECAPVDGFNEEVEGMVHGHCMC
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 RHNTKGLNCELCMDFYHDLPWRPAEGRNSNACKKCNCNEHSISCHFDMAVYLATGNVSGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 RHNTKGLNCELCMDFYHDLPWRPAEGRNSNACKKCNCNEHSISCHFDMAVYLATGNVSGG
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 VCDDCQHNTMGRNCEQCKPFYYQHPERDIRDPNFCERCTCDPAGSQNEGICDSYTDFSTG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 VCDDCQHNTMGRNCEQCKPFYYQHPERDIRDPNFCERCTCDPAGSQNEGICDSYTDFSTG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 LIAGQCRCKLNVEGEHCDVCKEGFYDLSSEDPFGCKSCACNPLGTIPGGNPCDSETGHCY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 LIAGQCRCKLNVEGEHCDVCKEGFYDLSSEDPFGCKSCACNPLGTIPGGNPCDSETGHCY
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 CKRLVTGQHCDQCLPEHWGLSNDLDGCRPCDCDLGGALNNSCFAESGQCSCRPHMIGRQC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 CKRLVTGQHCDQCLPEHWGLSNDLDGCRPCDCDLGGALNNSCFAESGQCSCRPHMIGRQC
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 NEVEPGYYFATLDHYLYEAEEANLGPGVSIVERQYIQDRIPSWTGAGFVRVPEGAYLEFF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 NEVEPGYYFATLDHYLYEAEEANLGPGVSIVERQYIQDRIPSWTGAGFVRVPEGAYLEFF
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 IDNIPYSMEYDILIRYEPQLPDHWEKAVITVQRPGRIPTSSRCGNTIPDDDNQVVSLSPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 IDNIPYSMEYDILIRYEPQLPDHWEKAVITVQRPGRIPTSSRCGNTIPDDDNQVVSLSPG
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB3 SRYVVLPRPVCFEKGTNYTVRLELPQYTSSDSDVESPYTLIDSLVLMPYCKSLDIFTVGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 SRYVVLPRPVCFEKGTNYTVRLELPQYTSSDSDVESPYTLIDSLVLMPYCKSLDIFTVGG
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB3 SGDGVVTNSAWETFQRYRCLENSRSVVKTPMTDVCRNIIFSISALLHQTGLACECDPQGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 SGDGVVTNSAWETFQRYRCLENSRSVVKTPMTDVCRNIIFSISALLHQTGLACECDPQGS
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB3 LSSVCDPNGGQCQCRPNVVGRTCNRCAPGTFGFGPSGCKPCECHLQGSVNAFCNPVTGQC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 LSSVCDPNGGQCQCRPNVVGRTCNRCAPGTFGFGPSGCKPCECHLQGSVNAFCNPVTGQC
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB3 HCFQGVYARQCDRCLPGHWGFPSCQPCQCNGHADDCDPVTGECLNCQDYTMGHNCERCLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 HCFQGVYARQCDRCLPGHWGFPSCQPCQCNGHADDCDPVTGECLNCQDYTMGHNCERCLA
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KB3 GYYGDPIIGSGDHCRPCPCPDGPDSGRQFARSCYQDPVTLQLACVCDPGYIGSRCDDCAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 GYYGDPIIGSGDHCRPCPCPDGPDSGRQFARSCYQDPVTLQLACVCDPGYIGSRCDDCAS
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KB3 GYFGNPSEVGGSCQPCQCHNNIDTTDPEACDKETGRCLKCLYHTEGEHCQFCRFGYYGDA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 GYFGNPSEVGGSCQPCQCHNNIDTTDPEACDKETGRCLKCLYHTEGEHCQFCRFGYYGDA
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KB3 LRQDCRKCVCNYLGTVQEHCNGSDCQCDKATGQCLCLPNVIGQNCDRCAPNTWQLASGTG
:.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 LQQDCRKCVCNYLGTVQEHCNGSDCQCDKATGQCLCLPNVIGQNCDRCAPNTWQLASGTG
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KB3 CDPCNCNAAHSFGPSCNEFTGQCQCMPGFGGRTCSECQELFWGDPDVECRACDCDPRGIE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 CDPCNCNAAHSFGPSCNEFTGQCQCMPGFGGRTCSECQELFWGDPDVECRACDCDPRGIE
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KB3 TPQCDQSTGQCVCVEGVEGPRCDKCTRGYSGVFPDCTPCHQCFALWDVIIAELTNRTHRF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 TPQCDQSTGQCVCVEGVEGPRCDKCTRGYSGVFPDCTPCHQCFALWDVIIAELTNRTHRF
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KB3 LEKAKALKISGVIGPYRETVDSVERKVSEIKDILAQSPAAEPLKNIGNLFEEAEKLIKDV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 LEKAKALKISGVIGPYRETVDSVERKVSEIKDILAQSPAAEPLKNIGNLFEEAEKLIKDV
1210 1220 1230 1240 1250 1260
1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KB3 TEMMAQVEVKLSDTTSQSNSTAKELDSLQTEAESLDNTVKELAEQLEFIKNSDIRGALDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 TEMMAQVEVKLSDTTSQSNSTAKELDSLQTEAESLDNTVKELAEQLEFIKNSDIRGALDS
1270 1280 1290 1300 1310 1320
1330 1340 1350 1360 1370 1380
pF1KB3 ITKYFQMSLEAEERVNASTTEPNSTVEQSALMRDRVEDVMMERESQFKEKQEEQARLLDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 ITKYFQMSLEAEERVNASTTEPNSTVEQSALMRDRVEDVMMERESQFKEKQEEQARLLDE
1330 1340 1350 1360 1370 1380
1390 1400 1410 1420 1430 1440
pF1KB3 LAGKLQSLDLSAAAEMTCGTPPGASCSETECGGPNCRTDEGERKCGGPGCGGLVTVAHNA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 LAGKLQSLDLSAAAEMTCGTPPGASCSETECGGPNCRTDEGERKCGGPGCGGLVTVAHNA
1390 1400 1410 1420 1430 1440
1450 1460 1470 1480 1490 1500
pF1KB3 WQKAMDLDQDVLSALAEVEQLSKMVSEAKLRADEAKQSAEDILLKTNATKEKMDKSNEEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 WQKAMDLDQDVLSALAEVEQLSKMVSEAKLRADEAKQSAEDILLKTNATKEKMDKSNEEL
1450 1460 1470 1480 1490 1500
1510 1520 1530 1540 1550 1560
pF1KB3 RNLIKQIRNFLTQDSADLDSIEAVANEVLKMEMPSTPQQLQNLTEDIRERVESLSQVEVI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 RNLIKQIRNFLTQDSADLDSIEAVANEVLKMEMPSTPQQLQNLTEDIRERVESLSQVEVI
1510 1520 1530 1540 1550 1560
1570 1580 1590 1600 1610 1620
pF1KB3 LQHSAADIARAEMLLEEAKRASKSATDVKVTADMVKEALEEAEKAQVAAEKAIKQADEDI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 LQHSAADIARAEMLLEEAKRASKSATDVKVTADMVKEALEEAEKAQVAAEKAIKQADEDI
1570 1580 1590 1600 1610 1620
1630 1640 1650 1660 1670 1680
pF1KB3 QGTQNLLTSIESETAASEETLFNASQRISELERNVEELKRKAAQNSGEAEYIEKVVYTVK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 QGTQNLLTSIESETAASEETLFNASQRISELERNVEELKRKAAQNSGEAEYIEKVVYTVK
1630 1640 1650 1660 1670 1680
1690 1700 1710 1720 1730 1740
pF1KB3 QSAEDVKKTLDGELDEKYKKVENLIAKKTEESADARRKAEMLQNEAKTLLAQANSKLQLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 QSAEDVKKTLDGELDEKYKKVENLIAKKTEESADARRKAEMLQNEAKTLLAQANSKLQLL
1690 1700 1710 1720 1730 1740
1750 1760 1770 1780
pF1KB3 KDLERKYEDNQRYLEDKAQELARLEGEVRSLLKDISQKVAVYSTCL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 KDLERKYEDNQRYLEDKAQELARLEGEVRSLLKDISQKVAVYSTCL
1750 1760 1770 1780
>>CCDS2789.1 LAMB2 gene_id:3913|Hs108|chr3 (1798 aa)
initn: 3037 init1: 3037 opt: 6774 Z-score: 3473.7 bits: 655.9 E(32554): 3.6e-187
Smith-Waterman score: 6774; 50.5% identity (77.6% similar) in 1785 aa overlap (7-1785:22-1797)
10 20 30 40
pF1KB3 MGLLQLLAFSFLALCRARVRAQEPEFSYGCAEGSCYPATGDLLIG
: .: :: : .: :. ::..:::::::::::.:
CCDS27 MELTSRERGRGQPLPWELRLGLLLSVLAATLA--QAPAPDVP-GCSRGSCYPATGDLLVG
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KB3 RAQKLSVTSTCGLHKPEPYCIVSHLQEDKKCFICNSQDPYHETLNPDSHLIENVVTTFAP
::..:...:::::. :.:::::::::..::::.:.:. :. :: :: :.::::.:::
CCDS27 RADRLTASSTCGLNGPQPYCIVSHLQDEKKCFLCDSRRPFSARDNPHSHRIQNVVTSFAP
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB3 NRLKIWWQSENGVENVTIQLDLEAEFHFTHLIMTFKTFRPAAMLIERSSDFGKTWGVYRY
.: :::::::. :::::::::::::::::::::::::::::.:::.:::.:: ::::
CCDS27 QRRAAWWQSENGIPAVTIQLDLEAEFHFTHLIMTFKTFRPAAMLVERSADFGRTWHVYRY
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB3 FAYDCEASFPGISTGPMKKVDDIICDSRYSDIEPSTEGEVIFRALDPAFKIEDPYSPRIQ
:.::: :.:::. .: .. ::..:.::::.::::::::::.:.::::. : :::: :::
CCDS27 FSYDCGADFPGVPLAPPRHWDDVVCESRYSEIEPSTEGEVIYRVLDPAIPIPDPYSSRIQ
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB3 NLLKITNLRIKFVKLHTLGDNLLDSRMEIREKYYYAVYDMVVRGNCFCYGHASECAPVDG
:::::::::.....:::::::::: : :::::::::.:..:::::::::::::::::. :
CCDS27 NLLKITNLRVNLTRLHTLGDNLLDPRREIREKYYYALYELVVRGNCFCYGHASECAPAPG
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB3 FNEEVEGMVHGHCMCRHNTKGLNCELCMDFYHDLPWRPAEGRNSNACKKCNCNEHSISCH
..:::::: :.:.:::.::::: :.:::.:::::::: .:.::.::.:. :. :::
CCDS27 APAHAEGMVHGACICKHNTRGLNCEQCQDFYRDLPWRPAEDGHSHACRKCECHGHTHSCH
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KB3 FDMAVYLATGNVSGGVCDDCQHNTMGRNCEQCKPFYYQHPERDIRDPNFCERCTCDPAGS
::::::::.::::::::: ::::: ::.:: :.::.:. : .:.::: :. : ::: ::
CCDS27 FDMAVYLASGNVSGGVCDGCQHNTAGRHCELCRPFFYRDPTKDLRDPAVCRSCDCDPMGS
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450 460
pF1KB3 QNEGICDSYTDFSTGLIAGQCRCKLNVEGEHCDVCKEGFYDLSSEDPFGCKSCACNPLGT
:. : :::. : . ::..:::::: .: : .:. :..::. :: : .::. : :: ::
CCDS27 QDGGRCDSHDDPALGLVSGQCRCKEHVVGTRCQQCRDGFFGLSISDRLGCRRCQCNARGT
420 430 440 450 460 470
470 480 490 500 510 520
pF1KB3 IPGGNPCDSETGHCYCKRLVTGQHCDQCLPEHWGLSNDLDGCRPCDCDLGGALNNSCFAE
.::..::: ..: :::::::::. ::.::: :::::.:: ::::::::.::::. .:
CCDS27 VPGSTPCDPNSGSCYCKRLVTGRGCDRCLPGHWGLSHDLLGCRPCDCDVGGALDPQCDEG
480 490 500 510 520 530
530 540 550 560 570 580
pF1KB3 SGQCSCRPHMIGRQCNEVEPGYYFATLDHYLYEAEEANLGPGVSIVERQYIQDRIPSWTG
.::: :: ::.::.:..:.:::. ::: ..:::.. : ...::: . :::::
CCDS27 TGQCHCRQHMVGRRCEQVQPGYFRPFLDHLIWEAEDTR-GQVLDVVERLVTPGETPSWTG
540 550 560 570 580 590
590 600 610 620 630 640
pF1KB3 AGFVRVPEGAYLEFFIDNIPYSMEYDILIRYEPQLPDHWEKAVITVQRPGRIPTSSRCGN
.::::. :: :::.. ..: .:.::.:.: :::.:..: . . ::::: .:. : ::.
CCDS27 SGFVRLQEGQTLEFLVASVPKAMDYDLLLRLEPQVPEQWAELELIVQRPGPVPAHSLCGH
600 610 620 630 640 650
650 660 670 680 690 700
pF1KB3 TIPDDDNQVVSLSPGSRYVVLPRPVCFEKGTNYTVRLELPQYTSSDSDVESPYT----LI
.: :: .:.: .::...: :::.: : .: ..:.: . :..... :.::. ::
CCDS27 LVPKDDRIQGTLQPHARYLIFPNPVCLEPGISYKLHLKLVR-TGGSAQPETPYSGPGLLI
660 670 680 690 700 710
710 720 730 740 750 760
pF1KB3 DSLVLMPYCKSLDIFTVGGSGDGVVTNSAWETFQRYRCLENSRSVVKTPMTDVCRNIIFS
:::::.: :..:. .::... . ::.::.: :.. :: ...: ...:
CCDS27 DSLVLLPRVLVLEMFS---GGDAAALERQ-ATFERYQCHEEGLVPSKTSPSEACAPLLIS
720 730 740 750 760 770
770 780 790 800 810 820
pF1KB3 ISALLHQTGLACECDPQGSLSSVCDPNGGQCQCRPNVVGRTCNRCAPGTFGFGPSGCKPC
.:.:... .: :.:.::::::: :.:.:::: :.:.:::: :. :::: .::::.::. :
CCDS27 LSTLIYNGALPCQCNPQGSLSSECNPHGGQCLCKPGVVGRRCDLCAPGYYGFGPTGCQAC
780 790 800 810 820 830
830 840 850 860 870 880
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.: .:.....:. ..::: : :... .:::: :.::::::.:: ::::::.:. ::
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CCDS13 RKAKNSVTSLLSIINDLLEQLGQLDTVDLNKLNEIEGTLNKAKDEMKVSDLDRKVSDLEN
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CCDS13 EAKK---QEAAIMDYNRDIEEIMKDI-RNLEDIRKTLPSGCFNTPSIEKP
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