Result of FASTA (omim) for
pFN21AB3017
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3017, 798 aa
1>>>pF1KB3017 798 - 798 aa - 798 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.9452+/-0.000522; mu= 8.0610+/- 0.032
mean_var=230.8990+/-44.450, 0's: 0 Z-trim(116.1): 276 B-trim: 101 in 1/49
Lambda= 0.084404
statistics sampled from 26582 (26942) to 26582 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.671), E-opt: 0.2 (0.316), width: 16
Scan time: 13.030
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_005268909 (OMIM: 147559) PREDICTED: integrin be ( 798) 5618 698.4 3.1e-200
XP_005268908 (OMIM: 147559) PREDICTED: integrin be ( 798) 5618 698.4 3.1e-200
NP_000880 (OMIM: 147559) integrin beta-7 precursor ( 798) 5618 698.4 3.1e-200
XP_006719439 (OMIM: 147559) PREDICTED: integrin be ( 782) 5451 678.1 4e-194
NP_001120963 (OMIM: 116920,600065) integrin beta-2 ( 769) 2524 321.7 7.8e-87
NP_000202 (OMIM: 116920,600065) integrin beta-2 is ( 769) 2524 321.7 7.8e-87
NP_001290167 (OMIM: 116920,600065) integrin beta-2 ( 700) 2365 302.3 4.9e-81
XP_006724064 (OMIM: 116920,600065) PREDICTED: inte ( 700) 2365 302.3 4.9e-81
XP_016883830 (OMIM: 116920,600065) PREDICTED: inte ( 700) 2365 302.3 4.9e-81
NP_002202 (OMIM: 135630) integrin beta-1 isoform 1 ( 798) 2226 285.4 6.7e-76
NP_596867 (OMIM: 135630) integrin beta-1 isoform 1 ( 798) 2226 285.4 6.7e-76
NP_391988 (OMIM: 135630) integrin beta-1 isoform 1 ( 801) 2226 285.4 6.7e-76
NP_000203 (OMIM: 173470,187800,273800,608446) inte ( 788) 2065 265.8 5.3e-70
NP_000879 (OMIM: 147558,616221) integrin beta-6 is ( 788) 2054 264.4 1.3e-69
NP_001269282 (OMIM: 147558,616221) integrin beta-6 ( 788) 2054 264.4 1.3e-69
NP_002204 (OMIM: 147561) integrin beta-5 precursor ( 799) 2043 263.1 3.4e-69
NP_001269317 (OMIM: 147558,616221) integrin beta-6 ( 746) 1946 251.3 1.2e-65
XP_016861841 (OMIM: 147561) PREDICTED: integrin be ( 691) 1851 239.7 3.4e-62
XP_016861842 (OMIM: 147561) PREDICTED: integrin be ( 691) 1851 239.7 3.4e-62
XP_016861840 (OMIM: 147561) PREDICTED: integrin be ( 691) 1851 239.7 3.4e-62
NP_001269318 (OMIM: 147558,616221) integrin beta-6 ( 715) 1792 232.5 5e-60
NP_001269283 (OMIM: 147558,616221) integrin beta-6 ( 693) 1786 231.7 8.2e-60
NP_001269319 (OMIM: 147558,616221) integrin beta-6 ( 650) 1700 221.2 1.1e-56
NP_001269284 (OMIM: 147558,616221) integrin beta-6 ( 681) 1568 205.2 7.9e-52
NP_001308052 (OMIM: 131800,147557,226650,226730) i (1752) 1376 182.3 1.6e-44
NP_001005731 (OMIM: 131800,147557,226650,226730) i (1752) 1376 182.3 1.6e-44
XP_006721933 (OMIM: 131800,147557,226650,226730) P (1787) 1376 182.3 1.6e-44
NP_001005619 (OMIM: 131800,147557,226650,226730) i (1805) 1376 182.3 1.7e-44
XP_011523053 (OMIM: 131800,147557,226650,226730) P (1807) 1376 182.3 1.7e-44
NP_000204 (OMIM: 131800,147557,226650,226730) inte (1822) 1376 182.3 1.7e-44
XP_006721931 (OMIM: 131800,147557,226650,226730) P (1840) 1376 182.3 1.7e-44
XP_006721930 (OMIM: 131800,147557,226650,226730) P (1857) 1376 182.3 1.7e-44
XP_005257366 (OMIM: 131800,147557,226650,226730) P (1875) 1376 182.3 1.7e-44
XP_005257368 (OMIM: 131800,147557,226650,226730) P (1875) 1376 182.3 1.7e-44
XP_006721929 (OMIM: 131800,147557,226650,226730) P (1910) 1376 182.3 1.7e-44
XP_011513696 (OMIM: 604160) PREDICTED: integrin be ( 758) 1347 178.3 1.1e-43
XP_011513695 (OMIM: 604160) PREDICTED: integrin be ( 761) 1347 178.3 1.1e-43
XP_016867668 (OMIM: 604160) PREDICTED: integrin be ( 769) 1339 177.4 2.1e-43
NP_002205 (OMIM: 604160) integrin beta-8 precursor ( 769) 1339 177.4 2.1e-43
XP_016867667 (OMIM: 604160) PREDICTED: integrin be ( 769) 1339 177.4 2.1e-43
XP_006713693 (OMIM: 147561) PREDICTED: integrin be ( 754) 1300 172.6 5.6e-42
XP_016867672 (OMIM: 604160) PREDICTED: integrin be ( 634) 1246 165.9 4.8e-40
XP_016867670 (OMIM: 604160) PREDICTED: integrin be ( 634) 1246 165.9 4.8e-40
XP_016867671 (OMIM: 604160) PREDICTED: integrin be ( 634) 1246 165.9 4.8e-40
XP_016867669 (OMIM: 604160) PREDICTED: integrin be ( 634) 1246 165.9 4.8e-40
XP_011513698 (OMIM: 604160) PREDICTED: integrin be ( 634) 1246 165.9 4.8e-40
XP_005247493 (OMIM: 147561) PREDICTED: integrin be ( 769) 1051 142.3 7.7e-33
XP_016861844 (OMIM: 147561) PREDICTED: integrin be ( 661) 859 118.8 7.6e-26
XP_016861843 (OMIM: 147561) PREDICTED: integrin be ( 683) 693 98.6 9.4e-20
NP_001258683 (OMIM: 604234) integrin beta-like pro ( 353) 398 62.4 3.9e-09
>>XP_005268909 (OMIM: 147559) PREDICTED: integrin beta-7 (798 aa)
initn: 5618 init1: 5618 opt: 5618 Z-score: 3715.9 bits: 698.4 E(85289): 3.1e-200
Smith-Waterman score: 5618; 100.0% identity (100.0% similar) in 798 aa overlap (1-798:1-798)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MVALPMVLVLLLVLSRGESELDAKIPSTGDATEWRNPHLSMLGSCQPAPSCQKCILSHPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 MVALPMVLVLLLVLSRGESELDAKIPSTGDATEWRNPHLSMLGSCQPAPSCQKCILSHPS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 CAWCKQLNFTASGEAEARRCARREELLARGCPLEELEEPRGQQEVLQDQPLSQGARGEGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 CAWCKQLNFTASGEAEARRCARREELLARGCPLEELEEPRGQQEVLQDQPLSQGARGEGA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 TQLAPQRVRVTLRPGEPQQLQVRFLRAEGYPVDLYYLMDLSYSMKDDLERVRQLGHALLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 TQLAPQRVRVTLRPGEPQQLQVRFLRAEGYPVDLYYLMDLSYSMKDDLERVRQLGHALLV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 RLQEVTHSVRIGFGSFVDKTVLPFVSTVPSKLRHPCPTRLERCQSPFSFHHVLSLTGDAQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 RLQEVTHSVRIGFGSFVDKTVLPFVSTVPSKLRHPCPTRLERCQSPFSFHHVLSLTGDAQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 AFEREVGRQSVSGNLDSPEGGFDAILQAALCQEQIGWRNVSRLLVFTSDDTFHTAGDGKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 AFEREVGRQSVSGNLDSPEGGFDAILQAALCQEQIGWRNVSRLLVFTSDDTFHTAGDGKL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 GGIFMPSDGHCHLDSNGLYSRSTEFDYPSVGQVAQALSAANIQPIFAVTSAALPVYQELS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 GGIFMPSDGHCHLDSNGLYSRSTEFDYPSVGQVAQALSAANIQPIFAVTSAALPVYQELS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 KLIPKSAVGELSEDSSNVVQLIMDAYNSLSSTVTLEHSSLPPGVHISYESQCEGPEKREG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 KLIPKSAVGELSEDSSNVVQLIMDAYNSLSSTVTLEHSSLPPGVHISYESQCEGPEKREG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 KAEDRGQCNHVRINQTVTFWVSLQATHCLPEPHLLRLRALGFSEELIVELHTLCDCNCSD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 KAEDRGQCNHVRINQTVTFWVSLQATHCLPEPHLLRLRALGFSEELIVELHTLCDCNCSD
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 TQPQAPHCSDGQGHLQCGVCSCAPGRLGRLCECSVAELSSPDLESGCRAPNGTGPLCSGK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 TQPQAPHCSDGQGHLQCGVCSCAPGRLGRLCECSVAELSSPDLESGCRAPNGTGPLCSGK
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 GHCQCGRCSCSGQSSGHLCECDDASCERHEGILCGGFGRCQCGVCHCHANRTGRACECSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 GHCQCGRCSCSGQSSGHLCECDDASCERHEGILCGGFGRCQCGVCHCHANRTGRACECSG
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 DMDSCISPEGGLCSGHGRCKCNRCQCLDGYYGALCDQCPGCKTPCERHRDCAECGAFRTG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 DMDSCISPEGGLCSGHGRCKCNRCQCLDGYYGALCDQCPGCKTPCERHRDCAECGAFRTG
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB3 PLATNCSTACAHTNVTLALAPILDDGWCKERTLDNQLFFFLVEDDARGTVVLRVRPQEKG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 PLATNCSTACAHTNVTLALAPILDDGWCKERTLDNQLFFFLVEDDARGTVVLRVRPQEKG
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB3 ADHTQAIVLGCVGGIVAVGLGLVLAYRLSVEIYDRREYSRFEKEQQQLNWKQDSNPLYKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 ADHTQAIVLGCVGGIVAVGLGLVLAYRLSVEIYDRREYSRFEKEQQQLNWKQDSNPLYKS
730 740 750 760 770 780
790
pF1KB3 AITTTINPRFQEADSPTL
::::::::::::::::::
XP_005 AITTTINPRFQEADSPTL
790
>>XP_005268908 (OMIM: 147559) PREDICTED: integrin beta-7 (798 aa)
initn: 5618 init1: 5618 opt: 5618 Z-score: 3715.9 bits: 698.4 E(85289): 3.1e-200
Smith-Waterman score: 5618; 100.0% identity (100.0% similar) in 798 aa overlap (1-798:1-798)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MVALPMVLVLLLVLSRGESELDAKIPSTGDATEWRNPHLSMLGSCQPAPSCQKCILSHPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 MVALPMVLVLLLVLSRGESELDAKIPSTGDATEWRNPHLSMLGSCQPAPSCQKCILSHPS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 CAWCKQLNFTASGEAEARRCARREELLARGCPLEELEEPRGQQEVLQDQPLSQGARGEGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 CAWCKQLNFTASGEAEARRCARREELLARGCPLEELEEPRGQQEVLQDQPLSQGARGEGA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 TQLAPQRVRVTLRPGEPQQLQVRFLRAEGYPVDLYYLMDLSYSMKDDLERVRQLGHALLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 TQLAPQRVRVTLRPGEPQQLQVRFLRAEGYPVDLYYLMDLSYSMKDDLERVRQLGHALLV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 RLQEVTHSVRIGFGSFVDKTVLPFVSTVPSKLRHPCPTRLERCQSPFSFHHVLSLTGDAQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 RLQEVTHSVRIGFGSFVDKTVLPFVSTVPSKLRHPCPTRLERCQSPFSFHHVLSLTGDAQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 AFEREVGRQSVSGNLDSPEGGFDAILQAALCQEQIGWRNVSRLLVFTSDDTFHTAGDGKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 AFEREVGRQSVSGNLDSPEGGFDAILQAALCQEQIGWRNVSRLLVFTSDDTFHTAGDGKL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 GGIFMPSDGHCHLDSNGLYSRSTEFDYPSVGQVAQALSAANIQPIFAVTSAALPVYQELS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 GGIFMPSDGHCHLDSNGLYSRSTEFDYPSVGQVAQALSAANIQPIFAVTSAALPVYQELS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 KLIPKSAVGELSEDSSNVVQLIMDAYNSLSSTVTLEHSSLPPGVHISYESQCEGPEKREG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 KLIPKSAVGELSEDSSNVVQLIMDAYNSLSSTVTLEHSSLPPGVHISYESQCEGPEKREG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 KAEDRGQCNHVRINQTVTFWVSLQATHCLPEPHLLRLRALGFSEELIVELHTLCDCNCSD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 KAEDRGQCNHVRINQTVTFWVSLQATHCLPEPHLLRLRALGFSEELIVELHTLCDCNCSD
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 TQPQAPHCSDGQGHLQCGVCSCAPGRLGRLCECSVAELSSPDLESGCRAPNGTGPLCSGK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 TQPQAPHCSDGQGHLQCGVCSCAPGRLGRLCECSVAELSSPDLESGCRAPNGTGPLCSGK
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 GHCQCGRCSCSGQSSGHLCECDDASCERHEGILCGGFGRCQCGVCHCHANRTGRACECSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 GHCQCGRCSCSGQSSGHLCECDDASCERHEGILCGGFGRCQCGVCHCHANRTGRACECSG
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 DMDSCISPEGGLCSGHGRCKCNRCQCLDGYYGALCDQCPGCKTPCERHRDCAECGAFRTG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 DMDSCISPEGGLCSGHGRCKCNRCQCLDGYYGALCDQCPGCKTPCERHRDCAECGAFRTG
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB3 PLATNCSTACAHTNVTLALAPILDDGWCKERTLDNQLFFFLVEDDARGTVVLRVRPQEKG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 PLATNCSTACAHTNVTLALAPILDDGWCKERTLDNQLFFFLVEDDARGTVVLRVRPQEKG
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB3 ADHTQAIVLGCVGGIVAVGLGLVLAYRLSVEIYDRREYSRFEKEQQQLNWKQDSNPLYKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 ADHTQAIVLGCVGGIVAVGLGLVLAYRLSVEIYDRREYSRFEKEQQQLNWKQDSNPLYKS
730 740 750 760 770 780
790
pF1KB3 AITTTINPRFQEADSPTL
::::::::::::::::::
XP_005 AITTTINPRFQEADSPTL
790
>>NP_000880 (OMIM: 147559) integrin beta-7 precursor [Ho (798 aa)
initn: 5618 init1: 5618 opt: 5618 Z-score: 3715.9 bits: 698.4 E(85289): 3.1e-200
Smith-Waterman score: 5618; 100.0% identity (100.0% similar) in 798 aa overlap (1-798:1-798)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MVALPMVLVLLLVLSRGESELDAKIPSTGDATEWRNPHLSMLGSCQPAPSCQKCILSHPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 MVALPMVLVLLLVLSRGESELDAKIPSTGDATEWRNPHLSMLGSCQPAPSCQKCILSHPS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 CAWCKQLNFTASGEAEARRCARREELLARGCPLEELEEPRGQQEVLQDQPLSQGARGEGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 CAWCKQLNFTASGEAEARRCARREELLARGCPLEELEEPRGQQEVLQDQPLSQGARGEGA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 TQLAPQRVRVTLRPGEPQQLQVRFLRAEGYPVDLYYLMDLSYSMKDDLERVRQLGHALLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 TQLAPQRVRVTLRPGEPQQLQVRFLRAEGYPVDLYYLMDLSYSMKDDLERVRQLGHALLV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 RLQEVTHSVRIGFGSFVDKTVLPFVSTVPSKLRHPCPTRLERCQSPFSFHHVLSLTGDAQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 RLQEVTHSVRIGFGSFVDKTVLPFVSTVPSKLRHPCPTRLERCQSPFSFHHVLSLTGDAQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 AFEREVGRQSVSGNLDSPEGGFDAILQAALCQEQIGWRNVSRLLVFTSDDTFHTAGDGKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 AFEREVGRQSVSGNLDSPEGGFDAILQAALCQEQIGWRNVSRLLVFTSDDTFHTAGDGKL
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310 320 330 340 350 360
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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NP_000 AITTTINPRFQEADSPTL
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.::.:::::::::.:. :. :::::::::: . .:..:...:::::::::::::::::
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.:: .:::.::: : :.:..:: ....:.: : .: .:. . ::.:. :.:: .:
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.: : : .:. :::.. :: .::..:: :.. .::: : : ::.: : ..
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:::.:::.:: :.: .:: ::..:::: .:: .. .:::: :. ::.. :::.::
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.. :. :. :::: .. . . : ..:. .. : ... .. . ::
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..: : ::.:::.:::::::::::: :::. :..:: :: :.:.:.: ::::::::::
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pF1KB3 TVLPFVSTVPSKLRHPCPTRLERCQSPFSFHHVLSLTGDAQAFEREVGRQSVSGNLDSPE
::::::.: :.:::.:::.. ..:: ::.:.:::.::.... :. :::.: .:::::.::
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::.::..:.: : :.::::::.:::::..:: :: :::::::.:. :.::.:::..: ::
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.::.:::::::::.:. :. :::::::::: . .:..:...:::::::::::::::::
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.:: .:::.::: : :.:..:: ....:.: : .: .:. . ::.:. :.:: .:
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:::.:::.:: :.: .:: ::..:::: .:: .. .:::: :. ::.. :::.::
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.. :. :. :::: .. . . : ..:. .. : ... .. . ::
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pF1KB3 PRFQEADSPTL
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NP_000 PKFAES
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pF1KB3 GATQLAPQRVRVTLRPGEPQQLQVRFLRAEGYPVDLYYLMDLSYSMKDDLERVRQLGHAL
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NP_001 GQKQLSPQKVTLYLRPGQAAAFNVTFRRAKGYPIDLYYLMDLSYSMLDDLRNVKKLGGDL
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pF1KB3 LVRLQEVTHSVRIGFGSFVDKTVLPFVSTVPSKLRHPCPTRLERCQSPFSFHHVLSLTGD
: :.:.:.: ::::::::::::::::.: :.:::.:::.. ..:: ::.:.:::.::..
NP_001 LRALNEITESGRIGFGSFVDKTVLPFVNTHPDKLRNPCPNKEKECQPPFAFRHVLKLTNN
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pF1KB3 AQAFEREVGRQSVSGNLDSPEGGFDAILQAALCQEQIGWRNVSRLLVFTSDDTFHTAGDG
.. :. :::.: .:::::.::::.::..:.: : :.::::::.:::::..:: :: ::::
NP_001 SNQFQTEVGKQLISGNLDAPEGGLDAMMQVAACPEEIGWRNVTRLLVFATDDGFHFAGDG
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:::.:. :.::.:::..: ::.::.:::::::::.:. :. :::::::::: . .:..
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60827320 residues in 85289 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]