Result of FASTA (ccds) for
pFN21AA0829
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA0829, 1230 aa
1>>>pF1KA0829 1230 - 1230 aa - 1230 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8921+/-0.00126; mu= 20.4267+/- 0.076
mean_var=86.8738+/-16.851, 0's: 0 Z-trim(102.3): 48 B-trim: 21 in 1/49
Lambda= 0.137604
statistics sampled from 6856 (6872) to 6856 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.558), E-opt: 0.2 (0.211), width: 16
Scan time: 5.120
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS8977.1 CAND1 gene_id:55832|Hs108|chr12 (1230) 7917 1582.9 0
CCDS54554.1 CAND2 gene_id:23066|Hs108|chr3 (1236) 5192 1041.9 0
CCDS43053.1 CAND2 gene_id:23066|Hs108|chr3 (1119) 3141 634.8 3.7e-181
>>CCDS8977.1 CAND1 gene_id:55832|Hs108|chr12 (1230 aa)
initn: 7917 init1: 7917 opt: 7917 Z-score: 8489.3 bits: 1582.9 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 7917; 100.0% identity (100.0% similar) in 1230 aa overlap (1-1230:1-1230)
10 20 30 40 50 60
pF1KA0 MASASYHISNLLEKMTSSDKDFRFMATNDLMTELQKDSIKLDDDSERKVVKMILKLLEDK
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CCDS89 MASASYHISNLLEKMTSSDKDFRFMATNDLMTELQKDSIKLDDDSERKVVKMILKLLEDK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA0 NGEVQNLAVKCLGPLVSKVKEYQVETIVDTLCTNMLSDKEQLRDISSIGLKTVIGELPPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 NGEVQNLAVKCLGPLVSKVKEYQVETIVDTLCTNMLSDKEQLRDISSIGLKTVIGELPPA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA0 SSGSALAANVCKKITGRLTSAIAKQEDVSVQLEALDIMADMLSRQGGLLVNFHPSILTCL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 SSGSALAANVCKKITGRLTSAIAKQEDVSVQLEALDIMADMLSRQGGLLVNFHPSILTCL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA0 LPQLTSPRLAVRKRTIIALGHLVMSCGNIVFVDLIEHLLSELSKNDSMSTTRTYIQCIAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 LPQLTSPRLAVRKRTIIALGHLVMSCGNIVFVDLIEHLLSELSKNDSMSTTRTYIQCIAA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA0 ISRQAGHRIGEYLEKIIPLVVKFCNVDDDELREYCIQAFESFVRRCPKEVYPHVSTIINI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 ISRQAGHRIGEYLEKIIPLVVKFCNVDDDELREYCIQAFESFVRRCPKEVYPHVSTIINI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA0 CLKYLTYDPNYNYDDEDEDENAMDADGGDDDDQGSDDEYSDDDDMSWKVRRAAAKCLDAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 CLKYLTYDPNYNYDDEDEDENAMDADGGDDDDQGSDDEYSDDDDMSWKVRRAAAKCLDAV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA0 VSTRHEMLPEFYKTVSPALISRFKEREENVKADVFHAYLSLLKQTRPVQSWLCDPDAMEQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 VSTRHEMLPEFYKTVSPALISRFKEREENVKADVFHAYLSLLKQTRPVQSWLCDPDAMEQ
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA0 GETPLTMLQSQVPNIVKALHKQMKEKSVKTRQCCFNMLTELVNVLPGALTQHIPVLVPGI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 GETPLTMLQSQVPNIVKALHKQMKEKSVKTRQCCFNMLTELVNVLPGALTQHIPVLVPGI
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA0 IFSLNDKSSSSNLKIDALSCLYVILCNHSPQVFHPHVQALVPPVVACVGDPFYKITSEAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 IFSLNDKSSSSNLKIDALSCLYVILCNHSPQVFHPHVQALVPPVVACVGDPFYKITSEAL
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA0 LVTQQLVKVIRPLDQPSSFDATPYIKDLFTCTIKRLKAADIDQEVKERAISCMGQIICNL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 LVTQQLVKVIRPLDQPSSFDATPYIKDLFTCTIKRLKAADIDQEVKERAISCMGQIICNL
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KA0 GDNLGSDLPNTLQIFLERLKNEITRLTTVKALTLIAGSPLKIDLRPVLGEGVPILASFLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 GDNLGSDLPNTLQIFLERLKNEITRLTTVKALTLIAGSPLKIDLRPVLGEGVPILASFLR
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KA0 KNQRALKLGTLSALDILIKNYSDSLTAAMIDAVLDELPPLISESDMHVSQMAISFLTTLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 KNQRALKLGTLSALDILIKNYSDSLTAAMIDAVLDELPPLISESDMHVSQMAISFLTTLA
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KA0 KVYPSSLSKISGSILNELIGLVRSPLLQGGALSAMLDFFQALVVTGTNNLGYMDLLRMLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 KVYPSSLSKISGSILNELIGLVRSPLLQGGALSAMLDFFQALVVTGTNNLGYMDLLRMLT
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KA0 GPVYSQSTALTHKQSYYSIAKCVAALTRACPKEGPAVVGQFIQDVKNSRSTDSIRLLALL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 GPVYSQSTALTHKQSYYSIAKCVAALTRACPKEGPAVVGQFIQDVKNSRSTDSIRLLALL
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KA0 SLGEVGHHIDLSGQLELKSVILEAFSSPSEEVKSAASYALGSISVGNLPEYLPFVLQEIT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 SLGEVGHHIDLSGQLELKSVILEAFSSPSEEVKSAASYALGSISVGNLPEYLPFVLQEIT
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KA0 SQPKRQYLLLHSLKEIISSASVVGLKPYVENIWALLLKHCECAEEGTRNVVAECLGKLTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 SQPKRQYLLLHSLKEIISSASVVGLKPYVENIWALLLKHCECAEEGTRNVVAECLGKLTL
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KA0 IDPETLLPRLKGYLISGSSYARSSVVTAVKFTISDHPQPIDPLLKNCIGDFLKTLEDPDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 IDPETLLPRLKGYLISGSSYARSSVVTAVKFTISDHPQPIDPLLKNCIGDFLKTLEDPDL
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KA0 NVRRVALVTFNSAAHNKPSLIRDLLDTVLPHLYNETKVRKELIREVEMGPFKHTVDDGLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 NVRRVALVTFNSAAHNKPSLIRDLLDTVLPHLYNETKVRKELIREVEMGPFKHTVDDGLD
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KA0 IRKAAFECMYTLLDSCLDRLDIFEFLNHVEDGLKDHYDIKMLTFLMLVRLSTLCPSAVLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 IRKAAFECMYTLLDSCLDRLDIFEFLNHVEDGLKDHYDIKMLTFLMLVRLSTLCPSAVLQ
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KA0 RLDRLVEPLRATCTTKVKANSVKQEFEKQDELKRSAMRAVAALLTIPEAEKSPLMSEFQS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 RLDRLVEPLRATCTTKVKANSVKQEFEKQDELKRSAMRAVAALLTIPEAEKSPLMSEFQS
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230
pF1KA0 QISSNPELAAIFESIQKDSSSTNLESMDTS
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 QISSNPELAAIFESIQKDSSSTNLESMDTS
1210 1220 1230
>>CCDS54554.1 CAND2 gene_id:23066|Hs108|chr3 (1236 aa)
initn: 4800 init1: 1985 opt: 5192 Z-score: 5565.7 bits: 1041.9 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5192; 62.4% identity (87.4% similar) in 1237 aa overlap (1-1230:1-1236)
10 20 30 40 50 60
pF1KA0 MASASYHISNLLEKMTSSDKDFRFMATNDLMTELQKDSIKLDDDSERKVVKMILKLLEDK
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CCDS54 MSTAAFHISSLLEKMTSSDKDFRFMATSDLMSELQKDSIQLDEDSERKVVKMLLRLLEDK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA0 NGEVQNLAVKCLGPLVSKVKEYQVETIVDTLCTNMLSDKEQLRDISSIGLKTVIGELPPA
:::::::::::::::: :::::::::::::::::: :::::::::..::::::..:::::
CCDS54 NGEVQNLAVKCLGPLVVKVKEYQVETIVDTLCTNMRSDKEQLRDIAGIGLKTVLSELPPA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA0 SSGSALAANVCKKITGRLTSAIAKQEDVSVQLEALDIMADMLSRQGGLLVNFHPSILTCL
..::.::.:::.::::.::::::.::::.::::::::..::::: : : :: :.: ::
CCDS54 ATGSGLATNVCRKITGQLTSAIAQQEDVAVQLEALDILSDMLSRLGVPLGAFHASLLHCL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230
pF1KA0 LPQLTSPRLAVRKRTIIALGHLVMSCGNIVFVDLIEHLLSELSKN---DSMSTTRTYIQC
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CCDS54 LPQLSSPRLAVRKRAVGALGHLAAACSTDLFVELADHLLDRLPGPRVPTSPTAIRTLIQC
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KA0 IAAISRQAGHRIGEYLEKIIPLVVKFCNVDDDELREYCIQAFESFVRRCPKEVYPHVSTI
.....::::::.: .:....::: :::.::::::: :.::::.:.:.::::. ::: ..
CCDS54 LGSVGRQAGHRLGAHLDRLVPLVEDFCNLDDDELRESCLQAFEAFLRKCPKEMGPHVPNV
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KA0 INICLKYLTYDPNYNYDDEDEDENAMDADGGDDDDQGSDDEYSDDDDMSWKVRRAAAKCL
..::.:. .:::::::. ::::. :... .. ..: :.::::::::::::::::::::.
CCDS54 TSLCLQYIKHDPNYNYDS-DEDEEQMETEDSEFSEQESEDEYSDDDDMSWKVRRAAAKCI
310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KA0 DAVVSTRHEMLPEFYKTVSPALISRFKEREENVKADVFHAYLSLLKQTRPVQSWLCDPDA
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CCDS54 AALISSRPDLLPDFHCTLAPVLIRRFKEREENVKADVFTAYIVLLRQTQPPKGWLEAMEE
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KA0 MEQGETPLTMLQSQVPNIVKALHKQMKEKSVKTRQCCFNMLTELVNVLPGALTQHIPVLV
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CCDS54 PTQTGSNLHMLRGQVPLVVKALQRQLKDRSVRARQGCFSLLTELAGVLPGSLAEHMPVLV
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KA0 PGIIFSLNDKSSSSNLKIDALSCLYVILCNHSPQVFHPHVQALVPPVVACVGDPFYKITS
:::::: :.::::....:::. : .: .. ..::::. :.:::.:::.: ::::..
CCDS54 SGIIFSLADRSSSSTIRMDALAFLQGLLGTEPAEAFHPHLPILLPPVMACVADSFYKIAA
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
pF1KA0 EALLVTQQLVKVIRPLDQPSSFDATPYIKDLFTCTIKRLKAADIDQEVKERAISCMGQII
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CCDS54 EALVVLQELVRALWPLHRPRMLDPEPYVGEMSAVTLARLRATDLDQEVKERAISCMGHLV
540 550 560 570 580 590
600 610 620 630 640 650
pF1KA0 CNLGDNLGSDLPNTLQIFLERLKNEITRLTTVKALTLIAGSPLKIDLRPVLGEGVPILAS
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CCDS54 GHLGDRLGDDLEPTLLLLLDRLRNEITRLPAIKALTLVAVSPLQLDLQPILAEALHILAS
600 610 620 630 640 650
660 670 680 690 700 710
pF1KA0 FLRKNQRALKLGTLSALDILIKNYSDSLTAAMIDAVLDELPPLISESDMHVSQMAISFLT
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CCDS54 FLRKNQRALRLATLAALDALAQSQGLSLPPSAVQAVLAELPALVNESDMHVAQLAVDFLA
660 670 680 690 700 710
720 730 740 750 760 770
pF1KA0 TLAKVYPSSLSKISGSILNELIGLVRSPLLQGGALSAMLDFFQALVVTGTNNLGYMDLLR
:.... :.:: ..:: .:.::. :.::::: .:.:.: :.:::: : . : :.
CCDS54 TVTQAQPASLVEVSGPVLSELLRLLRSPLLPAGVLAAAEGFLQALVGTRPPCVDYAKLIS
720 730 740 750 760 770
780 790 800 810 820 830
pF1KA0 MLTGPVYSQST---ALTHKQSYYSIAKCVAALTRACPKEGPAVVGQFIQDVKNSRSTDSI
.::.::: :.. ::: ..:.:.:::::. :::.:. ....... :... .:. ..
CCDS54 LLTAPVYEQAVDGGPGLHKQVFHSLARCVAALSAACPQEAASTASRLVCDARSPHSSTGV
780 790 800 810 820 830
840 850 860 870 880 890
pF1KA0 RLLALLSLGEVGHHIDLSGQLELKSVILEAFSSPSEEVKSAASYALGSISVGNLPEYLPF
..::.:::.:::. . : :::.:.:::..::::.:..::::::: ...:.::..:::
CCDS54 KVLAFLSLAEVGQVAGPGHQRELKAVLLEALGSPSEDVRAAASYALGRVGAGSLPDFLPF
840 850 860 870 880 890
900 910 920 930 940 950
pF1KA0 VLQEITSQPKRQYLLLHSLKEIISSASVVGLKPYVENIWALLLKHCECAEEGTRNVVAEC
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CCDS54 LLEQIEAEPRRQYLLLHSLREALGAAQPDSLKPYAEDIWALLFQRCEGAEEGTRGVVAEC
900 910 920 930 940 950
960 970 980 990 1000 1010
pF1KA0 LGKLTLIDPETLLPRLKGYLISGSSYARSSVVTAVKFTISDHPQPIDPLLKNCIGDFLKT
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CCDS54 IGKLVLVNPSFLLPRLRKQLAAGRPHTRSTVITAVKFLISDQPHPIDPLLKSFIGEFMES
960 970 980 990 1000 1010
1020 1030 1040 1050 1060 1070
pF1KA0 LEDPDLNVRRVALVTFNSAAHNKPSLIRDLLDTVLPHLYNETKVRKELIREVEMGPFKHT
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CCDS54 LQDPDLNVRRATLAFFNSAVHNKPSLVRDLLDDILPLLYQETKIRRDLIREVEMGPFKHT
1020 1030 1040 1050 1060 1070
1080 1090 1100 1110 1120 1130
pF1KA0 VDDGLDIRKAAFECMYTLLDSCLDRLDIFEFLNHVEDGLKDHYDIKMLTFLMLVRLSTLC
::::::.:::::::::.::.::: .::: ::::::::::::::::.::::.:..::.:::
CCDS54 VDDGLDVRKAAFECMYSLLESCLGQLDICEFLNHVEDGLKDHYDIRMLTFIMVARLATLC
1080 1090 1100 1110 1120 1130
1140 1150 1160 1170 1180 1190
pF1KA0 PSAVLQRLDRLVEPLRATCTTKVKANSVKQEFEKQDELKRSAMRAVAALLTIPEAEKSPL
:. ::::.:::.::::::::.::::.::::::::::::::::::::::::::::. :::.
CCDS54 PAPVLQRVDRLIEPLRATCTAKVKAGSVKQEFEKQDELKRSAMRAVAALLTIPEVGKSPI
1140 1150 1160 1170 1180 1190
1200 1210 1220 1230
pF1KA0 MSEFQSQISSNPELAAIFESIQKDSSST-NLESMDTS
:..:.::: :::::::.::::::::.:. . .::. :
CCDS54 MADFSSQIRSNPELAALFESIQKDSASAPSTDSMELS
1200 1210 1220 1230
>>CCDS43053.1 CAND2 gene_id:23066|Hs108|chr3 (1119 aa)
initn: 4161 init1: 1735 opt: 3141 Z-score: 3365.8 bits: 634.8 E(32554): 3.7e-181
Smith-Waterman score: 4333; 55.1% identity (78.3% similar) in 1237 aa overlap (1-1230:1-1119)
10 20 30 40 50 60
pF1KA0 MASASYHISNLLEKMTSSDKDFRFMATNDLMTELQKDSIKLDDDSERKVVKMILKLLEDK
:..:..:::.:::::::::::::::::.:::.:::::::.::.:::::::::.:.:::::
CCDS43 MSTAAFHISSLLEKMTSSDKDFRFMATSDLMSELQKDSIQLDEDSERKVVKMLLRLLEDK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA0 NGEVQNLAVKCLGPLVSKVKEYQVETIVDTLCTNMLSDKEQLRDISSIGLKTVIGELPPA
:::::::::: ::
CCDS43 NGEVQNLAVKWLG-----------------------------------------------
70
130 140 150 160 170 180
pF1KA0 SSGSALAANVCKKITGRLTSAIAKQEDVSVQLEALDIMADMLSRQGGLLVNFHPSILTCL
: : : :: :.: ::
CCDS43 -----------------------------VPLGA-----------------FHASLLHCL
80
190 200 210 220 230
pF1KA0 LPQLTSPRLAVRKRTIIALGHLVMSCGNIVFVDLIEHLLSELSKN---DSMSTTRTYIQC
::::.:::::::::.. :::::. .:.. .::.: .:::..: : .. :: :::
CCDS43 LPQLSSPRLAVRKRAVGALGHLAAACSTDLFVELADHLLDRLPGPRVPTSPTAIRTLIQC
90 100 110 120 130 140
240 250 260 270 280 290
pF1KA0 IAAISRQAGHRIGEYLEKIIPLVVKFCNVDDDELREYCIQAFESFVRRCPKEVYPHVSTI
.....::::::.: .:....::: :::.::::::: :.::::.:.:.::::. ::: ..
CCDS43 LGSVGRQAGHRLGAHLDRLVPLVEDFCNLDDDELRESCLQAFEAFLRKCPKEMGPHVPNV
150 160 170 180 190 200
300 310 320 330 340 350
pF1KA0 INICLKYLTYDPNYNYDDEDEDENAMDADGGDDDDQGSDDEYSDDDDMSWKVRRAAAKCL
..::.:. .:::::::. ::::. :... .. ..: :.::::::::::::::::::::.
CCDS43 TSLCLQYIKHDPNYNYDS-DEDEEQMETEDSEFSEQESEDEYSDDDDMSWKVRRAAAKCI
210 220 230 240 250 260
360 370 380 390 400 410
pF1KA0 DAVVSTRHEMLPEFYKTVSPALISRFKEREENVKADVFHAYLSLLKQTRPVQSWLCDPDA
:..:.: ..::.:. :..:.:: :::::::::::::: ::. ::.::.: ..:: .
CCDS43 AALISSRPDLLPDFHCTLAPVLIRRFKEREENVKADVFTAYIVLLRQTQPPKGWLEAMEE
270 280 290 300 310 320
420 430 440 450 460 470
pF1KA0 MEQGETPLTMLQSQVPNIVKALHKQMKEKSVKTRQCCFNMLTELVNVLPGALTQHIPVLV
: . : ::..::: .::::..:.:..::..:: ::..::::..::::.:..:.::::
CCDS43 PTQTGSNLHMLRGQVPLVVKALQRQLKDRSVRARQGCFSLLTELAGVLPGSLAEHMPVLV
330 340 350 360 370 380
480 490 500 510 520 530
pF1KA0 PGIIFSLNDKSSSSNLKIDALSCLYVILCNHSPQVFHPHVQALVPPVVACVGDPFYKITS
:::::: :.::::....:::. : .: .. ..::::. :.:::.:::.: ::::..
CCDS43 SGIIFSLADRSSSSTIRMDALAFLQGLLGTEPAEAFHPHLPILLPPVMACVADSFYKIAA
390 400 410 420 430 440
540 550 560 570 580 590
pF1KA0 EALLVTQQLVKVIRPLDQPSSFDATPYIKDLFTCTIKRLKAADIDQEVKERAISCMGQII
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]