Result of FASTA (omim) for
pFN21AA0706
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA0706, 1103 aa
1>>>pF1KA0706 1103 - 1103 aa - 1103 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.7091+/-0.000381; mu= 5.1719+/- 0.024
mean_var=345.0730+/-70.226, 0's: 0 Z-trim(123.0): 308 B-trim: 0 in 0/61
Lambda= 0.069043
statistics sampled from 41768 (42084) to 41768 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.771), E-opt: 0.2 (0.493), width: 16
Scan time: 18.560
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_006603 (OMIM: 603060,611302) kinesin-like prote (1103) 7445 756.4 2.1e-217
XP_005256481 (OMIM: 603060,611302) PREDICTED: kine (1103) 7445 756.4 2.1e-217
NP_001307634 (OMIM: 201300,601255,610357,614213,61 (1699) 3298 343.5 6.4e-93
NP_001317218 (OMIM: 201300,601255,610357,614213,61 (1708) 3298 343.5 6.4e-93
NP_001230937 (OMIM: 201300,601255,610357,614213,61 (1791) 3298 343.5 6.6e-93
XP_016859880 (OMIM: 201300,601255,610357,614213,61 (1799) 3298 343.5 6.6e-93
XP_005247079 (OMIM: 201300,601255,610357,614213,61 (1800) 3298 343.5 6.6e-93
XP_011509666 (OMIM: 201300,601255,610357,614213,61 (1800) 3298 343.5 6.6e-93
NP_004312 (OMIM: 201300,601255,610357,614213,61425 (1690) 3279 341.6 2.4e-92
XP_005247084 (OMIM: 201300,601255,610357,614213,61 (1698) 3279 341.6 2.4e-92
XP_016859879 (OMIM: 201300,601255,610357,614213,61 (1699) 3279 341.6 2.4e-92
XP_006712668 (OMIM: 201300,601255,610357,614213,61 (1782) 3279 341.6 2.4e-92
XP_005247081 (OMIM: 201300,601255,610357,614213,61 (1791) 3279 341.6 2.4e-92
NP_904325 (OMIM: 118210,171300,256700,605995) kine (1153) 2109 224.9 2.2e-57
NP_055889 (OMIM: 118210,171300,256700,605995) kine (1770) 2109 225.1 2.9e-57
NP_001317219 (OMIM: 201300,601255,610357,614213,61 (1724) 2089 223.1 1.1e-56
XP_016859877 (OMIM: 201300,601255,610357,614213,61 (1732) 2089 223.1 1.2e-56
XP_016859876 (OMIM: 201300,601255,610357,614213,61 (1733) 2089 223.1 1.2e-56
XP_016859875 (OMIM: 201300,601255,610357,614213,61 (1816) 2089 223.1 1.2e-56
XP_016859874 (OMIM: 201300,601255,610357,614213,61 (1824) 2089 223.1 1.2e-56
XP_016859873 (OMIM: 201300,601255,610357,614213,61 (1825) 2089 223.1 1.2e-56
XP_016859872 (OMIM: 201300,601255,610357,614213,61 (1825) 2089 223.1 1.2e-56
NP_001099038 (OMIM: 605433) kinesin-like protein K (1749) 1512 165.6 2.3e-39
NP_001099037 (OMIM: 605433) kinesin-like protein K (1757) 1512 165.6 2.3e-39
XP_016866681 (OMIM: 605433) PREDICTED: kinesin-lik (1762) 1512 165.6 2.3e-39
NP_001099036 (OMIM: 605433) kinesin-like protein K (1770) 1512 165.6 2.3e-39
XP_016866679 (OMIM: 605433) PREDICTED: kinesin-lik (1784) 1512 165.6 2.3e-39
XP_016866678 (OMIM: 605433) PREDICTED: kinesin-lik (1792) 1512 165.6 2.4e-39
XP_016866677 (OMIM: 605433) PREDICTED: kinesin-lik (1797) 1512 165.6 2.4e-39
NP_071396 (OMIM: 605433) kinesin-like protein KIF1 (1805) 1512 165.6 2.4e-39
XP_016868746 (OMIM: 607350) PREDICTED: kinesin-lik (1490) 1469 161.2 4.1e-38
XP_005273515 (OMIM: 607350) PREDICTED: kinesin-lik (1805) 1469 161.3 4.6e-38
XP_011542760 (OMIM: 607350) PREDICTED: kinesin-lik (1826) 1469 161.3 4.6e-38
NP_056069 (OMIM: 607350) kinesin-like protein KIF1 (1826) 1469 161.3 4.6e-38
XP_011542759 (OMIM: 607350) PREDICTED: kinesin-lik (1847) 1469 161.3 4.7e-38
XP_016866680 (OMIM: 605433) PREDICTED: kinesin-lik (1771) 1377 152.2 2.6e-35
XP_011542762 (OMIM: 607350) PREDICTED: kinesin-lik (1783) 1309 145.4 2.9e-33
XP_011542761 (OMIM: 607350) PREDICTED: kinesin-lik (1783) 1309 145.4 2.9e-33
XP_011542763 (OMIM: 607350) PREDICTED: kinesin-lik (1783) 1309 145.4 2.9e-33
XP_011509669 (OMIM: 201300,601255,610357,614213,61 (1465) 1233 137.7 4.8e-31
XP_011509668 (OMIM: 201300,601255,610357,614213,61 (1465) 1233 137.7 4.8e-31
XP_016858496 (OMIM: 611279,616258) PREDICTED: kine (1459) 1217 136.1 1.4e-30
XP_011508537 (OMIM: 611279,616258) PREDICTED: kine (1524) 1217 136.2 1.5e-30
XP_016858495 (OMIM: 611279,616258) PREDICTED: kine (1605) 1217 136.2 1.5e-30
XP_011508535 (OMIM: 611279,616258) PREDICTED: kine (1620) 1217 136.2 1.5e-30
NP_055690 (OMIM: 611279,616258) kinesin-like prote (1648) 1217 136.2 1.6e-30
XP_016858494 (OMIM: 611279,616258) PREDICTED: kine (1648) 1217 136.2 1.6e-30
XP_011508534 (OMIM: 611279,616258) PREDICTED: kine (1648) 1217 136.2 1.6e-30
XP_011508533 (OMIM: 611279,616258) PREDICTED: kine (1648) 1217 136.2 1.6e-30
XP_016866682 (OMIM: 605433) PREDICTED: kinesin-lik (1694) 1151 129.6 1.5e-28
>>NP_006603 (OMIM: 603060,611302) kinesin-like protein K (1103 aa)
initn: 7445 init1: 7445 opt: 7445 Z-score: 4023.9 bits: 756.4 E(85289): 2.1e-217
Smith-Waterman score: 7445; 100.0% identity (100.0% similar) in 1103 aa overlap (1-1103:1-1103)
10 20 30 40 50 60
pF1KA0 MAGASVKVAVRVRPFNARETSQDAKCVVSMQGNTTSIINPKQSKDAPKSFTFDYSYWSHT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 MAGASVKVAVRVRPFNARETSQDAKCVVSMQGNTTSIINPKQSKDAPKSFTFDYSYWSHT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA0 STEDPQFASQQQVYRDIGEEMLLHAFEGYNVCIFAYGQTGAGKSYTMMGRQEPGQQGIVP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 STEDPQFASQQQVYRDIGEEMLLHAFEGYNVCIFAYGQTGAGKSYTMMGRQEPGQQGIVP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA0 QLCEDLFSRVSENQSAQLSYSVEVSYMEIYCERVRDLLNPKSRGSLRVREHPILGPYVQD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 QLCEDLFSRVSENQSAQLSYSVEVSYMEIYCERVRDLLNPKSRGSLRVREHPILGPYVQD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA0 LSKLAVTSYADIADLMDCGNKARTVAATNMNETSSRSHAVFTIVFTQRCHDQLTGLDSEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 LSKLAVTSYADIADLMDCGNKARTVAATNMNETSSRSHAVFTIVFTQRCHDQLTGLDSEK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA0 VSKISLVDLAGSERADSSGARGMRLKEGANINKSLTTLGKVISALADMQSKKRKSDFIPY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 VSKISLVDLAGSERADSSGARGMRLKEGANINKSLTTLGKVISALADMQSKKRKSDFIPY
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA0 RDSVLTWLLKENLGGNSRTAMIAALSPADINYEETLSTLRYADRTKQIRCNAIINEDPNA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 RDSVLTWLLKENLGGNSRTAMIAALSPADINYEETLSTLRYADRTKQIRCNAIINEDPNA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA0 RLIRELQEEVARLRELLMAQGLSASALEGLKTEEGSVRGALPAVSSPPAPVSPSSPTTHN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 RLIRELQEEVARLRELLMAQGLSASALEGLKTEEGSVRGALPAVSSPPAPVSPSSPTTHN
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA0 GELEPSFSPNTESQIGPEEAMERLQETEKIIAELNETWEEKLRKTEALRMEREALLAEMG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 GELEPSFSPNTESQIGPEEAMERLQETEKIIAELNETWEEKLRKTEALRMEREALLAEMG
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA0 VAVREDGGTVGVFSPKKTPHLVNLNEDPLMSECLLYHIKDGVTRVGQVDMDIKLTGQFIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 VAVREDGGTVGVFSPKKTPHLVNLNEDPLMSECLLYHIKDGVTRVGQVDMDIKLTGQFIR
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA0 EQHCLFRSIPQPDGEVVVTLEPCEGAETYVNGKLVTEPLVLKSGNRIVMGKNHVFRFNHP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 EQHCLFRSIPQPDGEVVVTLEPCEGAETYVNGKLVTEPLVLKSGNRIVMGKNHVFRFNHP
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KA0 EQARLERERGVPPPPGPPSEPVDWNFAQKELLEQQGIDIKLEMEKRLQDLENQYRKEKEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 EQARLERERGVPPPPGPPSEPVDWNFAQKELLEQQGIDIKLEMEKRLQDLENQYRKEKEE
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KA0 ADLLLEQQRLYADSDSGDDSDKRSCEESWRLISSLREQLPPTTVQTIVKRCGLPSSGKRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 ADLLLEQQRLYADSDSGDDSDKRSCEESWRLISSLREQLPPTTVQTIVKRCGLPSSGKRR
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KA0 APRRVYQIPQRRRLQGKDPRWATMADLKMQAVKEICYEVALADFRHGRAEIEALAALKMR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 APRRVYQIPQRRRLQGKDPRWATMADLKMQAVKEICYEVALADFRHGRAEIEALAALKMR
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KA0 ELCRTYGKPDGPGDAWRAVARDVWDTVGEEEGGGAGSGGGSEEGARGAEVEDLRAHIDKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 ELCRTYGKPDGPGDAWRAVARDVWDTVGEEEGGGAGSGGGSEEGARGAEVEDLRAHIDKL
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KA0 TGILQEVKLQNSSKDRELQALRDRMLRMERVIPLAQDHEDENEEGGEVPWAPPEGSEAAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 TGILQEVKLQNSSKDRELQALRDRMLRMERVIPLAQDHEDENEEGGEVPWAPPEGSEAAE
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KA0 EAAPSDRMPSARPPSPPLSSWERVSRLMEEDPAFRRGRLRWLKQEQLRLQGLQGSGGRGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 EAAPSDRMPSARPPSPPLSSWERVSRLMEEDPAFRRGRLRWLKQEQLRLQGLQGSGGRGG
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KA0 GLRRPPARFVPPHDCKLRFPFKSNPQHRESWPGMGSGEAPTPLQPPEEVTPHPATPARRP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 GLRRPPARFVPPHDCKLRFPFKSNPQHRESWPGMGSGEAPTPLQPPEEVTPHPATPARRP
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KA0 PSPRRSHHPRRNSLDGGGRSRGAGSAQPEPQHFQPKKHNSYPQPPQPYPAQRPPGPRYPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 PSPRRSHHPRRNSLDGGGRSRGAGSAQPEPQHFQPKKHNSYPQPPQPYPAQRPPGPRYPP
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100
pF1KA0 YTTPPRMRRQRSAPDLKESGAAV
:::::::::::::::::::::::
NP_006 YTTPPRMRRQRSAPDLKESGAAV
1090 1100
>>XP_005256481 (OMIM: 603060,611302) PREDICTED: kinesin- (1103 aa)
initn: 7445 init1: 7445 opt: 7445 Z-score: 4023.9 bits: 756.4 E(85289): 2.1e-217
Smith-Waterman score: 7445; 100.0% identity (100.0% similar) in 1103 aa overlap (1-1103:1-1103)
10 20 30 40 50 60
pF1KA0 MAGASVKVAVRVRPFNARETSQDAKCVVSMQGNTTSIINPKQSKDAPKSFTFDYSYWSHT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 MAGASVKVAVRVRPFNARETSQDAKCVVSMQGNTTSIINPKQSKDAPKSFTFDYSYWSHT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA0 STEDPQFASQQQVYRDIGEEMLLHAFEGYNVCIFAYGQTGAGKSYTMMGRQEPGQQGIVP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 STEDPQFASQQQVYRDIGEEMLLHAFEGYNVCIFAYGQTGAGKSYTMMGRQEPGQQGIVP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA0 QLCEDLFSRVSENQSAQLSYSVEVSYMEIYCERVRDLLNPKSRGSLRVREHPILGPYVQD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 QLCEDLFSRVSENQSAQLSYSVEVSYMEIYCERVRDLLNPKSRGSLRVREHPILGPYVQD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA0 LSKLAVTSYADIADLMDCGNKARTVAATNMNETSSRSHAVFTIVFTQRCHDQLTGLDSEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 LSKLAVTSYADIADLMDCGNKARTVAATNMNETSSRSHAVFTIVFTQRCHDQLTGLDSEK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA0 VSKISLVDLAGSERADSSGARGMRLKEGANINKSLTTLGKVISALADMQSKKRKSDFIPY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 VSKISLVDLAGSERADSSGARGMRLKEGANINKSLTTLGKVISALADMQSKKRKSDFIPY
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA0 RDSVLTWLLKENLGGNSRTAMIAALSPADINYEETLSTLRYADRTKQIRCNAIINEDPNA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 RDSVLTWLLKENLGGNSRTAMIAALSPADINYEETLSTLRYADRTKQIRCNAIINEDPNA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA0 RLIRELQEEVARLRELLMAQGLSASALEGLKTEEGSVRGALPAVSSPPAPVSPSSPTTHN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 RLIRELQEEVARLRELLMAQGLSASALEGLKTEEGSVRGALPAVSSPPAPVSPSSPTTHN
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA0 GELEPSFSPNTESQIGPEEAMERLQETEKIIAELNETWEEKLRKTEALRMEREALLAEMG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 GELEPSFSPNTESQIGPEEAMERLQETEKIIAELNETWEEKLRKTEALRMEREALLAEMG
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA0 VAVREDGGTVGVFSPKKTPHLVNLNEDPLMSECLLYHIKDGVTRVGQVDMDIKLTGQFIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 VAVREDGGTVGVFSPKKTPHLVNLNEDPLMSECLLYHIKDGVTRVGQVDMDIKLTGQFIR
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA0 EQHCLFRSIPQPDGEVVVTLEPCEGAETYVNGKLVTEPLVLKSGNRIVMGKNHVFRFNHP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 EQHCLFRSIPQPDGEVVVTLEPCEGAETYVNGKLVTEPLVLKSGNRIVMGKNHVFRFNHP
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KA0 EQARLERERGVPPPPGPPSEPVDWNFAQKELLEQQGIDIKLEMEKRLQDLENQYRKEKEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 EQARLERERGVPPPPGPPSEPVDWNFAQKELLEQQGIDIKLEMEKRLQDLENQYRKEKEE
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KA0 ADLLLEQQRLYADSDSGDDSDKRSCEESWRLISSLREQLPPTTVQTIVKRCGLPSSGKRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 ADLLLEQQRLYADSDSGDDSDKRSCEESWRLISSLREQLPPTTVQTIVKRCGLPSSGKRR
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KA0 APRRVYQIPQRRRLQGKDPRWATMADLKMQAVKEICYEVALADFRHGRAEIEALAALKMR
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XP_005 APRRVYQIPQRRRLQGKDPRWATMADLKMQAVKEICYEVALADFRHGRAEIEALAALKMR
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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NP_001 ERECELALWAFRK--WKWYQFTSLRDLLWGNAIFLKEANAISVELKKKVQFQFVLLTDTL
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pF1KA0 MAGASVKVAVRVRPFNARETSQDAKCVVSMQGNTTSIINPKQSKDAPKSFTFDYSYWSHT
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pF1KA0 NEDPNARLIRELQEEVARLRELLMAQGLSASALEGLKTEEGSVRGALPAVSSPPAPVSPS
::::: .:::::..::.:::.::.:::: : :. ..: :. : ... . .:::
XP_016 NEDPNNKLIRELKDEVTRLRDLLYAQGL------GDITDTNTVPGG-PKLTNALVGMSPS
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pF1KA0 SPTTHNGELEPSFSPNTESQI---GPEEAMERLQETEKIIAELNETWEEKLRKTEALRME
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XP_005 NEDPNNKLIRELKDEVTRLRDLLYAQGLGDITDMTNALVGM-----SPSSSLSALSSRAA
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pF1KA0 PVSPSSPTTHNGELEPSFSPNTESQIGPEEAMERLQETEKIIAELNETWEEKLRKTEALR
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XP_005 SVS----SLHERIL---FAP------GSEEAIERLKETEKIIAELNETWEEKLRRTEAIR
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