Result of FASTA (omim) for
pFN21ASDA1369
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1369, 630 aa
1>>>pF1KSDA1369 630 - 630 aa - 630 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.6151+/-0.00066; mu= -10.3937+/- 0.040
mean_var=634.1654+/-143.823, 0's: 0 Z-trim(114.8): 48 B-trim: 1537 in 2/55
Lambda= 0.050930
statistics sampled from 24779 (24817) to 24779 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.643), E-opt: 0.2 (0.291), width: 16
Scan time: 11.790
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_055228 (OMIM: 613635) eukaryotic translation in ( 630) 4138 320.5 1.1e-86
NP_001127807 (OMIM: 613635) eukaryotic translation ( 629) 4121 319.3 2.6e-86
XP_016860865 (OMIM: 226980,604032) PREDICTED: euka ( 888) 405 46.4 0.0005
NP_001300844 (OMIM: 226980,604032) eukaryotic tran ( 965) 405 46.5 0.00053
NP_004827 (OMIM: 226980,604032) eukaryotic transla (1116) 405 46.6 0.00057
>>NP_055228 (OMIM: 613635) eukaryotic translation initia (630 aa)
initn: 4138 init1: 4138 opt: 4138 Z-score: 1677.2 bits: 320.5 E(85289): 1.1e-86
Smith-Waterman score: 4138; 100.0% identity (100.0% similar) in 630 aa overlap (1-630:1-630)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MQGGNSGVRKREEEGDGAGAVAAPPAIDFPAEGPDPEYDESDVPAEIQVLKEPLQQPTFP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 MQGGNSGVRKREEEGDGAGAVAAPPAIDFPAEGPDPEYDESDVPAEIQVLKEPLQQPTFP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD FAVANQLLLVSLLEHLSHVHEPNPLRSRQVFKLLCQTFIKMGLLSSFTCSDEFSSLRLHH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 FAVANQLLLVSLLEHLSHVHEPNPLRSRQVFKLLCQTFIKMGLLSSFTCSDEFSSLRLHH
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD NRAITHLMRSAKERVRQDPCEDISRIQKIRSREVALEAQTSRYLNEFEELAILGKGGYGR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 NRAITHLMRSAKERVRQDPCEDISRIQKIRSREVALEAQTSRYLNEFEELAILGKGGYGR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD VYKVRNKLDGQYYAIKKILIKGATKTVCMKVLREVKVLAGLQHPNIVGYHTAWIEHVHVI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 VYKVRNKLDGQYYAIKKILIKGATKTVCMKVLREVKVLAGLQHPNIVGYHTAWIEHVHVI
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD QPRADRAAIELPSLEVLSDQEEDREQCGVKNDESSSSSIIFAEPTPEKEKRFGESDTENQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 QPRADRAAIELPSLEVLSDQEEDREQCGVKNDESSSSSIIFAEPTPEKEKRFGESDTENQ
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD NNKSVKYTTNLVIRESGELESTLELQENGLAGLSASSIVEQQLPLRRNSHLEESFTSTEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 NNKSVKYTTNLVIRESGELESTLELQENGLAGLSASSIVEQQLPLRRNSHLEESFTSTEE
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD SSEENVNFLGQTEAQYHLMLHIQMQLCELSLWDWIVERNKRGREYVDESACPYVMANVAT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 SSEENVNFLGQTEAQYHLMLHIQMQLCELSLWDWIVERNKRGREYVDESACPYVMANVAT
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD KIFQELVEGVFYIHNMGIVHRDLKPRNIFLHGPDQQVKIGDFGLACTDILQKNTDWTNRN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 KIFQELVEGVFYIHNMGIVHRDLKPRNIFLHGPDQQVKIGDFGLACTDILQKNTDWTNRN
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD GKRTPTHTSRVGTCLYASPEQLEGSEYDAKSDMYSLGVVLLELFQPFGTEMERAEVLTGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 GKRTPTHTSRVGTCLYASPEQLEGSEYDAKSDMYSLGVVLLELFQPFGTEMERAEVLTGL
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD RTGQLPESLRKRCPVQAKYIQHLTRRNSSQRPSAIQLLQSELFQNSGNVNLTLQMKIIEQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 RTGQLPESLRKRCPVQAKYIQHLTRRNSSQRPSAIQLLQSELFQNSGNVNLTLQMKIIEQ
550 560 570 580 590 600
610 620 630
pF1KSD EKEIAELKKQLNLLSQDKGVRDDGKDGGVG
::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 EKEIAELKKQLNLLSQDKGVRDDGKDGGVG
610 620 630
>>NP_001127807 (OMIM: 613635) eukaryotic translation ini (629 aa)
initn: 4119 init1: 2519 opt: 4121 Z-score: 1670.5 bits: 319.3 E(85289): 2.6e-86
Smith-Waterman score: 4121; 99.8% identity (99.8% similar) in 630 aa overlap (1-630:1-629)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MQGGNSGVRKREEEGDGAGAVAAPPAIDFPAEGPDPEYDESDVPAEIQVLKEPLQQPTFP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MQGGNSGVRKREEEGDGAGAVAAPPAIDFPAEGPDPEYDESDVPAEIQVLKEPLQQPTFP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD FAVANQLLLVSLLEHLSHVHEPNPLRSRQVFKLLCQTFIKMGLLSSFTCSDEFSSLRLHH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FAVANQLLLVSLLEHLSHVHEPNPLRSRQVFKLLCQTFIKMGLLSSFTCSDEFSSLRLHH
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD NRAITHLMRSAKERVRQDPCEDISRIQKIRSREVALEAQTSRYLNEFEELAILGKGGYGR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NRAITHLMRSAKERVRQDPCEDISRIQKIRSREVALEAQTSRYLNEFEELAILGKGGYGR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD VYKVRNKLDGQYYAIKKILIKGATKTVCMKVLREVKVLAGLQHPNIVGYHTAWIEHVHVI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VYKVRNKLDGQYYAIKKILIKGATKTVCMKVLREVKVLAGLQHPNIVGYHTAWIEHVHVI
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD QPRADRAAIELPSLEVLSDQEEDREQCGVKNDESSSSSIIFAEPTPEKEKRFGESDTENQ
::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QPR-DRAAIELPSLEVLSDQEEDREQCGVKNDESSSSSIIFAEPTPEKEKRFGESDTENQ
250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KSD NNKSVKYTTNLVIRESGELESTLELQENGLAGLSASSIVEQQLPLRRNSHLEESFTSTEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NNKSVKYTTNLVIRESGELESTLELQENGLAGLSASSIVEQQLPLRRNSHLEESFTSTEE
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KSD SSEENVNFLGQTEAQYHLMLHIQMQLCELSLWDWIVERNKRGREYVDESACPYVMANVAT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SSEENVNFLGQTEAQYHLMLHIQMQLCELSLWDWIVERNKRGREYVDESACPYVMANVAT
360 370 380 390 400 410
430 440 450 460 470 480
pF1KSD KIFQELVEGVFYIHNMGIVHRDLKPRNIFLHGPDQQVKIGDFGLACTDILQKNTDWTNRN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KIFQELVEGVFYIHNMGIVHRDLKPRNIFLHGPDQQVKIGDFGLACTDILQKNTDWTNRN
420 430 440 450 460 470
490 500 510 520 530 540
pF1KSD GKRTPTHTSRVGTCLYASPEQLEGSEYDAKSDMYSLGVVLLELFQPFGTEMERAEVLTGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GKRTPTHTSRVGTCLYASPEQLEGSEYDAKSDMYSLGVVLLELFQPFGTEMERAEVLTGL
480 490 500 510 520 530
550 560 570 580 590 600
pF1KSD RTGQLPESLRKRCPVQAKYIQHLTRRNSSQRPSAIQLLQSELFQNSGNVNLTLQMKIIEQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RTGQLPESLRKRCPVQAKYIQHLTRRNSSQRPSAIQLLQSELFQNSGNVNLTLQMKIIEQ
540 550 560 570 580 590
610 620 630
pF1KSD EKEIAELKKQLNLLSQDKGVRDDGKDGGVG
::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EKEIAELKKQLNLLSQDKGVRDDGKDGGVG
600 610 620
>>XP_016860865 (OMIM: 226980,604032) PREDICTED: eukaryot (888 aa)
initn: 661 init1: 294 opt: 405 Z-score: 193.3 bits: 46.4 E(85289): 0.0005
Smith-Waterman score: 578; 27.9% identity (55.5% similar) in 598 aa overlap (83-585:275-851)
60 70 80 90 100
pF1KSD PLQQPTFPFAVANQLLLVSLLEHLSHVHEPNPLRSRQVFK---LLCQTFIKMGLLSSFTC
:: .... : .: . : . . . :
XP_016 QYPYDNGYYLPYYKRERNKRSTQITVRFLDNPHYNKNIRKKDPVLLLHWWKEIVATILFC
250 260 270 280 290 300
110 120 130 140 150 160
pF1KSD --SDEFSSLRLHHNRAITHLMRSAKERVRQDPCEDISRIQKIRSR-------EVALEAQT
. : :: : : :. :: : :. .. ... .. .. .
XP_016 IIATTFIVRRLFH----PHPHRQRKESETQ--CQTENKYDSVSGEANDSSWNDIKNSGYI
310 320 330 340 350
170 180 190 200 210 220
pF1KSD SRYLNEFEELAILGKGGYGRVYKVRNKLDGQYYAIKKILIKGATKTVCMKVLREVKVLAG
::::..:: . ::.::.: :....::.: ::::.: . . . . ::.::::.::
XP_016 SRYLTDFEPIQCLGRGGFGVVFEAKNKVDDCNYAIKRIRLPN-RELAREKVMREVKALAK
360 370 380 390 400 410
230 240 250
pF1KSD LQHPNIVGYHTAWIE--------HVHVIQ--------PRADRAAIELPS-----------
:.::.:: : .::.: .. : : .. . .. ::
XP_016 LEHPGIVRYFNAWLEAPPEKWQEKMDEIWLKDESTDWPLSSPSPMDAPSVKIRRMDPFAT
420 430 440 450 460 470
260 270 280 290
pF1KSD ---LEVL--SDQEEDREQCGVKNDESSSSSIIFA--EPTPEKEKRFGES-----------
.:.. : :. . :.. :..::: :. : . .. ..::
XP_016 KEHIEIIAPSPQRSRSFSVGISCDQTSSSESQFSPLEFSGMDHEDISESVDAAYNLQDSC
480 490 500 510 520 530
300 310 320 330 340
pF1KSD ----DTE------NQNNKSVKYTTNLV---IRESGELESTLELQENGLAGLSASSIVEQQ
:.: :....: . . . .: . :.. ....: .::: : .
XP_016 LTDCDVEDGTMDGNDEGHSFELCPSEASPYVRSRERTSSSIVFEDSGCD--NASSKEEPK
540 550 560 570 580 590
350 360 370
pF1KSD LP-LRRNSHLEESFT-----STEESSEENVNF---------LGQTE--------AQYHLM
:. ..: ...: :.. ::: .... : :. .. ...
XP_016 TNRLHIGNHCANKLTAFKPTSSKSSSEATLSISPPRPTTLSLDLTKNTTEKLQPSSPKVY
600 610 620 630 640 650
380 390 400 410 420 430
pF1KSD LHIQMQLC-ELSLWDWIVERNKRGREYVDESACPYVMANVATKIFQELVEGVFYIHNMGI
:.:::::: . .: ::. :: ..: .: .:: ...:.: ..:. :.
XP_016 LYIQMQLCRKENLKDWM-----NGRCTIEERE-----RSVCLHIFLQIAEAVEFLHSKGL
660 670 680 690 700
440 450 460 470 480 490
pF1KSD VHRDLKPRNIFLHGPDQQVKIGDFGLACTDILQKNTDWTNRNGKRT-PTHTSRVGTCLYA
.:::::: :::. :. ::.:::::. : . : . . : . . ::..::: ::
XP_016 MHRDLKPSNIFFTM-DDVVKVGDFGLV-TAMDQDEEEQTVLTPMPAYARHTGQVGTKLYM
710 720 730 740 750 760
500 510 520 530 540 550
pF1KSD SPEQLEGSEYDAKSDMYSLGVVLLELFQPFGTEMERAEVLTGLRTGQLPESLRKRCPVQA
::::..:. :. : :..:::..:.::. ::.:.:::...:: .:. ..: . .. : .
XP_016 SPEQIHGNSYSHKVDIFSLGLILFELLYPFSTQMERVRTLTDVRNLKFPPLFTQKYPCEY
770 780 790 800 810 820
560 570 580 590 600 610
pF1KSD KYIQHLTRRNSSQRPSAIQLLQSELFQNSGNVNLTLQMKIIEQEKEIAELKKQLNLLSQD
..: . . .:: ::..... .:..
XP_016 VMVQDMLSPSPMERPEAINIIENAVFEDLDFPGKTVLRQRSRSLSSSGTKHSRQSNNSHS
830 840 850 860 870 880
>>NP_001300844 (OMIM: 226980,604032) eukaryotic translat (965 aa)
initn: 661 init1: 294 opt: 405 Z-score: 192.9 bits: 46.5 E(85289): 0.00053
Smith-Waterman score: 578; 27.9% identity (55.5% similar) in 598 aa overlap (83-585:352-928)
60 70 80 90 100
pF1KSD PLQQPTFPFAVANQLLLVSLLEHLSHVHEPNPLRSRQVFK---LLCQTFIKMGLLSSFTC
:: .... : .: . : . . . :
NP_001 QYPYDNGYYLPYYKRERNKRSTQITVRFLDNPHYNKNIRKKDPVLLLHWWKEIVATILFC
330 340 350 360 370 380
110 120 130 140 150 160
pF1KSD --SDEFSSLRLHHNRAITHLMRSAKERVRQDPCEDISRIQKIRSR-------EVALEAQT
. : :: : : :. :: : :. .. ... .. .. .
NP_001 IIATTFIVRRLFH----PHPHRQRKESETQ--CQTENKYDSVSGEANDSSWNDIKNSGYI
390 400 410 420 430
170 180 190 200 210 220
pF1KSD SRYLNEFEELAILGKGGYGRVYKVRNKLDGQYYAIKKILIKGATKTVCMKVLREVKVLAG
::::..:: . ::.::.: :....::.: ::::.: . . . . ::.::::.::
NP_001 SRYLTDFEPIQCLGRGGFGVVFEAKNKVDDCNYAIKRIRLPN-RELAREKVMREVKALAK
440 450 460 470 480 490
230 240 250
pF1KSD LQHPNIVGYHTAWIE--------HVHVIQ--------PRADRAAIELPS-----------
:.::.:: : .::.: .. : : .. . .. ::
NP_001 LEHPGIVRYFNAWLEAPPEKWQEKMDEIWLKDESTDWPLSSPSPMDAPSVKIRRMDPFAT
500 510 520 530 540 550
260 270 280 290
pF1KSD ---LEVL--SDQEEDREQCGVKNDESSSSSIIFA--EPTPEKEKRFGES-----------
.:.. : :. . :.. :..::: :. : . .. ..::
NP_001 KEHIEIIAPSPQRSRSFSVGISCDQTSSSESQFSPLEFSGMDHEDISESVDAAYNLQDSC
560 570 580 590 600 610
300 310 320 330 340
pF1KSD ----DTE------NQNNKSVKYTTNLV---IRESGELESTLELQENGLAGLSASSIVEQQ
:.: :....: . . . .: . :.. ....: .::: : .
NP_001 LTDCDVEDGTMDGNDEGHSFELCPSEASPYVRSRERTSSSIVFEDSGCD--NASSKEEPK
620 630 640 650 660 670
350 360 370
pF1KSD LP-LRRNSHLEESFT-----STEESSEENVNF---------LGQTE--------AQYHLM
:. ..: ...: :.. ::: .... : :. .. ...
NP_001 TNRLHIGNHCANKLTAFKPTSSKSSSEATLSISPPRPTTLSLDLTKNTTEKLQPSSPKVY
680 690 700 710 720 730
380 390 400 410 420 430
pF1KSD LHIQMQLC-ELSLWDWIVERNKRGREYVDESACPYVMANVATKIFQELVEGVFYIHNMGI
:.:::::: . .: ::. :: ..: .: .:: ...:.: ..:. :.
NP_001 LYIQMQLCRKENLKDWM-----NGRCTIEERE-----RSVCLHIFLQIAEAVEFLHSKGL
740 750 760 770 780
440 450 460 470 480 490
pF1KSD VHRDLKPRNIFLHGPDQQVKIGDFGLACTDILQKNTDWTNRNGKRT-PTHTSRVGTCLYA
.:::::: :::. :. ::.:::::. : . : . . : . . ::..::: ::
NP_001 MHRDLKPSNIFFTM-DDVVKVGDFGLV-TAMDQDEEEQTVLTPMPAYARHTGQVGTKLYM
790 800 810 820 830 840
500 510 520 530 540 550
pF1KSD SPEQLEGSEYDAKSDMYSLGVVLLELFQPFGTEMERAEVLTGLRTGQLPESLRKRCPVQA
::::..:. :. : :..:::..:.::. ::.:.:::...:: .:. ..: . .. : .
NP_001 SPEQIHGNSYSHKVDIFSLGLILFELLYPFSTQMERVRTLTDVRNLKFPPLFTQKYPCEY
850 860 870 880 890 900
560 570 580 590 600 610
pF1KSD KYIQHLTRRNSSQRPSAIQLLQSELFQNSGNVNLTLQMKIIEQEKEIAELKKQLNLLSQD
..: . . .:: ::..... .:..
NP_001 VMVQDMLSPSPMERPEAINIIENAVFEDLDFPGKTVLRQRSRSLSSSGTKHSRQSNNSHS
910 920 930 940 950 960
>>NP_004827 (OMIM: 226980,604032) eukaryotic translation (1116 aa)
initn: 661 init1: 294 opt: 405 Z-score: 192.2 bits: 46.6 E(85289): 0.00057
Smith-Waterman score: 578; 27.9% identity (55.5% similar) in 598 aa overlap (83-585:503-1079)
60 70 80 90 100
pF1KSD PLQQPTFPFAVANQLLLVSLLEHLSHVHEPNPLRSRQVFK---LLCQTFIKMGLLSSFTC
:: .... : .: . : . . . :
NP_004 QYPYDNGYYLPYYKRERNKRSTQITVRFLDNPHYNKNIRKKDPVLLLHWWKEIVATILFC
480 490 500 510 520 530
110 120 130 140 150 160
pF1KSD --SDEFSSLRLHHNRAITHLMRSAKERVRQDPCEDISRIQKIRSR-------EVALEAQT
. : :: : : :. :: : :. .. ... .. .. .
NP_004 IIATTFIVRRLFH----PHPHRQRKESETQ--CQTENKYDSVSGEANDSSWNDIKNSGYI
540 550 560 570 580
170 180 190 200 210 220
pF1KSD SRYLNEFEELAILGKGGYGRVYKVRNKLDGQYYAIKKILIKGATKTVCMKVLREVKVLAG
::::..:: . ::.::.: :....::.: ::::.: . . . . ::.::::.::
NP_004 SRYLTDFEPIQCLGRGGFGVVFEAKNKVDDCNYAIKRIRLPN-RELAREKVMREVKALAK
590 600 610 620 630 640
230 240 250
pF1KSD LQHPNIVGYHTAWIE--------HVHVIQ--------PRADRAAIELPS-----------
:.::.:: : .::.: .. : : .. . .. ::
NP_004 LEHPGIVRYFNAWLEAPPEKWQEKMDEIWLKDESTDWPLSSPSPMDAPSVKIRRMDPFAT
650 660 670 680 690 700
260 270 280 290
pF1KSD ---LEVL--SDQEEDREQCGVKNDESSSSSIIFA--EPTPEKEKRFGES-----------
.:.. : :. . :.. :..::: :. : . .. ..::
NP_004 KEHIEIIAPSPQRSRSFSVGISCDQTSSSESQFSPLEFSGMDHEDISESVDAAYNLQDSC
710 720 730 740 750 760
300 310 320 330 340
pF1KSD ----DTE------NQNNKSVKYTTNLV---IRESGELESTLELQENGLAGLSASSIVEQQ
:.: :....: . . . .: . :.. ....: .::: : .
NP_004 LTDCDVEDGTMDGNDEGHSFELCPSEASPYVRSRERTSSSIVFEDSGCD--NASSKEEPK
770 780 790 800 810 820
350 360 370
pF1KSD LP-LRRNSHLEESFT-----STEESSEENVNF---------LGQTE--------AQYHLM
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