Result of FASTA (omim) for
pFN21ASDA0111
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0111, 411 aa
1>>>pF1KSDA0111 411 - 411 aa - 411 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4933+/-0.000492; mu= 15.8441+/- 0.031
mean_var=67.6369+/-14.019, 0's: 0 Z-trim(107.4): 177 B-trim: 93 in 1/49
Lambda= 0.155949
statistics sampled from 15316 (15499) to 15316 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.531), E-opt: 0.2 (0.182), width: 16
Scan time: 6.120
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_055555 (OMIM: 268305,608546) eukaryotic initiat ( 411) 2659 607.9 1.5e-173
XP_011523824 (OMIM: 268305,608546) PREDICTED: euka ( 390) 1899 436.9 4.1e-122
NP_001958 (OMIM: 601102) eukaryotic initiation fac ( 407) 1801 414.9 1.9e-115
NP_001407 (OMIM: 602641) eukaryotic initiation fac ( 406) 1791 412.6 8.8e-115
NP_001191439 (OMIM: 602641) eukaryotic initiation ( 347) 1422 329.6 7.6e-90
XP_005271474 (OMIM: 600326) PREDICTED: probable AT ( 483) 948 223.0 1.3e-57
NP_004388 (OMIM: 600326) probable ATP-dependent RN ( 483) 948 223.0 1.3e-57
NP_001244120 (OMIM: 600326) probable ATP-dependent ( 483) 948 223.0 1.3e-57
XP_011541093 (OMIM: 607663) PREDICTED: ATP-depende ( 482) 907 213.8 7.6e-55
NP_037396 (OMIM: 607663) ATP-dependent RNA helicas ( 483) 907 213.8 7.6e-55
XP_011541092 (OMIM: 607663) PREDICTED: ATP-depende ( 486) 907 213.8 7.7e-55
NP_004631 (OMIM: 142560) spliceosome RNA helicase ( 428) 884 208.6 2.5e-53
NP_542165 (OMIM: 142560) spliceosome RNA helicase ( 428) 884 208.6 2.5e-53
NP_009173 (OMIM: 605812) ATP-dependent RNA helicas ( 479) 865 204.3 5.3e-52
XP_011521136 (OMIM: 605812) PREDICTED: ATP-depende ( 484) 865 204.3 5.3e-52
XP_011521134 (OMIM: 605812) PREDICTED: ATP-depende ( 539) 865 204.3 5.9e-52
NP_001317367 (OMIM: 607663) ATP-dependent RNA heli ( 369) 838 198.2 2.9e-50
NP_001014449 (OMIM: 605812) ATP-dependent RNA heli ( 370) 811 192.1 1.9e-48
NP_001244103 (OMIM: 605812) ATP-dependent RNA heli ( 370) 811 192.1 1.9e-48
XP_016878379 (OMIM: 605812) PREDICTED: ATP-depende ( 370) 811 192.1 1.9e-48
NP_001244102 (OMIM: 605812) ATP-dependent RNA heli ( 370) 811 192.1 1.9e-48
XP_006721190 (OMIM: 605812) PREDICTED: ATP-depende ( 370) 811 192.1 1.9e-48
NP_009135 (OMIM: 606168) probable ATP-dependent RN ( 824) 798 189.3 2.9e-47
NP_001014451 (OMIM: 605812) ATP-dependent RNA heli ( 448) 774 183.8 7.3e-46
NP_001244101 (OMIM: 605812) ATP-dependent RNA heli ( 453) 774 183.8 7.4e-46
XP_011521135 (OMIM: 605812) PREDICTED: ATP-depende ( 508) 774 183.8 8.1e-46
NP_057439 (OMIM: 615428) probable ATP-dependent RN ( 455) 762 181.1 4.8e-45
XP_016866492 (OMIM: 606286) PREDICTED: probable AT ( 439) 731 174.1 5.9e-43
XP_011534230 (OMIM: 606286) PREDICTED: probable AT ( 529) 731 174.2 6.9e-43
XP_011534229 (OMIM: 606286) PREDICTED: probable AT ( 529) 731 174.2 6.9e-43
XP_011534228 (OMIM: 606286) PREDICTED: probable AT ( 604) 731 174.2 7.7e-43
NP_061135 (OMIM: 606286) probable ATP-dependent RN ( 648) 731 174.2 8.2e-43
XP_016857921 (OMIM: 174300,615464) PREDICTED: prob ( 619) 725 172.9 2e-42
XP_011508337 (OMIM: 174300,615464) PREDICTED: prob ( 619) 725 172.9 2e-42
NP_001026895 (OMIM: 174300,615464) probable ATP-de ( 619) 725 172.9 2e-42
XP_016857920 (OMIM: 174300,615464) PREDICTED: prob ( 619) 725 172.9 2e-42
NP_060365 (OMIM: 616621) probable ATP-dependent RN ( 796) 710 169.5 2.6e-41
NP_076977 (OMIM: 611665) ATP-dependent RNA helicas ( 881) 704 168.2 7.2e-41
NP_001104792 (OMIM: 611665) ATP-dependent RNA heli ( 882) 704 168.2 7.2e-41
NP_001244104 (OMIM: 605812) ATP-dependent RNA heli ( 328) 691 165.1 2.3e-40
NP_006377 (OMIM: 608469) probable ATP-dependent RN ( 729) 688 164.6 7.4e-40
NP_001091974 (OMIM: 608469) probable ATP-dependent ( 731) 688 164.6 7.4e-40
NP_001307526 (OMIM: 180630) probable ATP-dependent ( 614) 678 162.3 3e-39
NP_004387 (OMIM: 180630) probable ATP-dependent RN ( 614) 678 162.3 3e-39
NP_001307524 (OMIM: 180630) probable ATP-dependent ( 614) 678 162.3 3e-39
NP_001307525 (OMIM: 180630) probable ATP-dependent ( 614) 678 162.3 3e-39
XP_011540947 (OMIM: 600326) PREDICTED: probable AT ( 434) 659 157.9 4.4e-38
XP_016879601 (OMIM: 613369) PREDICTED: ATP-depende ( 775) 662 158.7 4.5e-38
NP_031398 (OMIM: 613369) ATP-dependent RNA helicas ( 938) 662 158.8 5.3e-38
NP_987095 (OMIM: 613369) ATP-dependent RNA helicas ( 938) 662 158.8 5.3e-38
>>NP_055555 (OMIM: 268305,608546) eukaryotic initiation (411 aa)
initn: 2659 init1: 2659 opt: 2659 Z-score: 3237.0 bits: 607.9 E(85289): 1.5e-173
Smith-Waterman score: 2659; 100.0% identity (100.0% similar) in 411 aa overlap (1-411:1-411)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MATTATMATSGSARKRLLKEEDMTKVEFETSEEVDVTPTFDTMGLREDLLRGIYAYGFEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 MATTATMATSGSARKRLLKEEDMTKVEFETSEEVDVTPTFDTMGLREDLLRGIYAYGFEK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD PSAIQQRAIKQIIKGRDVIAQSQSGTGKTATFSISVLQCLDIQVRETQALILAPTRELAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 PSAIQQRAIKQIIKGRDVIAQSQSGTGKTATFSISVLQCLDIQVRETQALILAPTRELAV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD QIQKGLLALGDYMNVQCHACIGGTNVGEDIRKLDYGQHVVAGTPGRVFDMIRRRSLRTRA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 QIQKGLLALGDYMNVQCHACIGGTNVGEDIRKLDYGQHVVAGTPGRVFDMIRRRSLRTRA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD IKMLVLDEADEMLNKGFKEQIYDVYRYLPPATQVVLISATLPHEILEMTNKFMTDPIRIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 IKMLVLDEADEMLNKGFKEQIYDVYRYLPPATQVVLISATLPHEILEMTNKFMTDPIRIL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD VKRDELTLEGIKQFFVAVEREEWKFDTLCDLYDTLTITQAVIFCNTKRKVDWLTEKMREA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 VKRDELTLEGIKQFFVAVEREEWKFDTLCDLYDTLTITQAVIFCNTKRKVDWLTEKMREA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD NFTVSSMHGDMPQKERESIMKEFRSGASRVLISTDVWARGLDVPQVSLIINYDLPNNREL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 NFTVSSMHGDMPQKERESIMKEFRSGASRVLISTDVWARGLDVPQVSLIINYDLPNNREL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410
pF1KSD YIHRIGRSGRYGRKGVAINFVKNDDIRILRDIEQYYSTQIDEMPMNVADLI
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 YIHRIGRSGRYGRKGVAINFVKNDDIRILRDIEQYYSTQIDEMPMNVADLI
370 380 390 400 410
>>XP_011523824 (OMIM: 268305,608546) PREDICTED: eukaryot (390 aa)
initn: 1899 init1: 1899 opt: 1899 Z-score: 2313.2 bits: 436.9 E(85289): 4.1e-122
Smith-Waterman score: 2484; 94.9% identity (94.9% similar) in 411 aa overlap (1-411:1-390)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MATTATMATSGSARKRLLKEEDMTKVEFETSEEVDVTPTFDTMGLREDLLRGIYAYGFEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MATTATMATSGSARKRLLKEEDMTKVEFETSEEVDVTPTFDTMGLREDLLRGIYAYGFEK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD PSAIQQRAIKQIIKGRDVIAQSQSGTGKTATFSISVLQCLDIQVRETQALILAPTRELAV
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PSAIQQRAIKQIIKGRDVIAQSQSGTGKTATFSISVLQCLDIQ-----------------
70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KSD QIQKGLLALGDYMNVQCHACIGGTNVGEDIRKLDYGQHVVAGTPGRVFDMIRRRSLRTRA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ----GLLALGDYMNVQCHACIGGTNVGEDIRKLDYGQHVVAGTPGRVFDMIRRRSLRTRA
110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KSD IKMLVLDEADEMLNKGFKEQIYDVYRYLPPATQVVLISATLPHEILEMTNKFMTDPIRIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 IKMLVLDEADEMLNKGFKEQIYDVYRYLPPATQVVLISATLPHEILEMTNKFMTDPIRIL
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KSD VKRDELTLEGIKQFFVAVEREEWKFDTLCDLYDTLTITQAVIFCNTKRKVDWLTEKMREA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VKRDELTLEGIKQFFVAVEREEWKFDTLCDLYDTLTITQAVIFCNTKRKVDWLTEKMREA
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KSD NFTVSSMHGDMPQKERESIMKEFRSGASRVLISTDVWARGLDVPQVSLIINYDLPNNREL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 NFTVSSMHGDMPQKERESIMKEFRSGASRVLISTDVWARGLDVPQVSLIINYDLPNNREL
280 290 300 310 320 330
370 380 390 400 410
pF1KSD YIHRIGRSGRYGRKGVAINFVKNDDIRILRDIEQYYSTQIDEMPMNVADLI
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 YIHRIGRSGRYGRKGVAINFVKNDDIRILRDIEQYYSTQIDEMPMNVADLI
340 350 360 370 380 390
>>NP_001958 (OMIM: 601102) eukaryotic initiation factor (407 aa)
initn: 1802 init1: 1258 opt: 1801 Z-score: 2193.8 bits: 414.9 E(85289): 1.9e-115
Smith-Waterman score: 1801; 71.4% identity (89.7% similar) in 378 aa overlap (35-411:30-407)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD ATMATSGSARKRLLKEEDMTKVEFETSEEVDVTPTFDTMGLREDLLRGIYAYGFEKPSAI
... .:: :.:.:.::::::::::::::::
NP_001 MSGGSADYNREHGGPEGMDPDGVIESNWNEIVDNFDDMNLKESLLRGIYAYGFEKPSAI
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KSD QQRAIKQIIKGRDVIAQSQSGTGKTATFSISVLQCLDIQVRETQALILAPTRELAVQIQK
::::: ::: :::::.::::::::::.::.:: :.:. .:::::.:::::::: ::::
NP_001 QQRAIIPCIKGYDVIAQAQSGTGKTATFAISILQQLEIEFKETQALVLAPTRELAQQIQK
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KSD GLLALGDYMNVQCHACIGGTNVGEDIRKLDY-GQHVVAGTPGRVFDMIRRRSLRTRAIKM
.:::::::.. :::::::::: ....::. . :.:.:::::::::. :: : . :::
NP_001 VILALGDYMGATCHACIGGTNVRNEMQKLQAEAPHIVVGTPGRVFDMLNRRYLSPKWIKM
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KSD LVLDEADEMLNKGFKEQIYDVYRYLPPATQVVLISATLPHEILEMTNKFMTDPIRILVKR
.:::::::::..:::.:::.... : . ::::.:::.: ..::.:.::: ::::::::.
NP_001 FVLDEADEMLSRGFKDQIYEIFQKLNTSIQVVLLSATMPTDVLEVTKKFMRDPIRILVKK
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KSD DELTLEGIKQFFVAVEREEWKFDTLCDLYDTLTITQAVIFCNTKRKVDWLTEKMREANFT
.::::::::::.. :::::::.:::::::.:::::::::: ::.::::::::::. .::
NP_001 EELTLEGIKQFYINVEREEWKLDTLCDLYETLTITQAVIFLNTRRKVDWLTEKMHARDFT
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KSD VSSMHGDMPQKERESIMKEFRSGASRVLISTDVWARGLDVPQVSLIINYDLPNNRELYIH
::..:::: ::::. ::.:::::.:::::.::. :::.:: ::::.::::::.::: :::
NP_001 VSALHGDMDQKERDVIMREFRSGSSRVLITTDLLARGIDVQQVSLVINYDLPTNRENYIH
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410
pF1KSD RIGRSGRYGRKGVAINFVKNDDIRILRDIEQYYSTQIDEMPMNVADLI
::::.::.:::::::::: ..: ::::::: .:.: ..::::::::::
NP_001 RIGRGGRFGRKGVAINFVTEEDKRILRDIETFYNTTVEEMPMNVADLI
360 370 380 390 400
>>NP_001407 (OMIM: 602641) eukaryotic initiation factor (406 aa)
initn: 1782 init1: 1254 opt: 1791 Z-score: 2181.6 bits: 412.6 E(85289): 8.8e-115
Smith-Waterman score: 1791; 66.7% identity (86.7% similar) in 406 aa overlap (7-411:1-406)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MATTATMATSGSARKRLLKEEDMTKVEFETSEEVDVTPTFDTMGLREDLLRGIYAYGFEK
:..: ..:.: . : :. ... .:: :.: :.::::::::::::
NP_001 MSASQDSRSRDNGPDGMEPEGVIESNWNEIVDSFDDMNLSESLLRGIYAYGFEK
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KSD PSAIQQRAIKQIIKGRDVIAQSQSGTGKTATFSISVLQCLDIQVRETQALILAPTRELAV
::::::::: ::: :::::.::::::::::.::.:: ...... ::::.::::::::
NP_001 PSAIQQRAILPCIKGYDVIAQAQSGTGKTATFAISILQQIELDLKATQALVLAPTRELAQ
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170
pF1KSD QIQKGLLALGDYMNVQCHACIGGTNVGEDIRKLDY-GQHVVAGTPGRVFDMIRRRSLRTR
:::: ..::::::...:::::::::: ...::.. . :...:::::::::. :: : .
NP_001 QIQKVVMALGDYMGASCHACIGGTNVRAEVQKLQMEAPHIIVGTPGRVFDMLNRRYLSPK
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD AIKMLVLDEADEMLNKGFKEQIYDVYRYLPPATQVVLISATLPHEILEMTNKFMTDPIRI
:::.:::::::::..:::.::::... : :::::.:::.: ..::.:.::: :::::
NP_001 YIKMFVLDEADEMLSRGFKDQIYDIFQKLNSNTQVVLLSATMPSDVLEVTKKFMRDPIRI
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KSD LVKRDELTLEGIKQFFVAVEREEWKFDTLCDLYDTLTITQAVIFCNTKRKVDWLTEKMRE
:::..:::::::.::.. :::::::.:::::::.:::::::::: ::.::::::::::.
NP_001 LVKKEELTLEGIRQFYINVEREEWKLDTLCDLYETLTITQAVIFINTRRKVDWLTEKMHA
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KSD ANFTVSSMHGDMPQKERESIMKEFRSGASRVLISTDVWARGLDVPQVSLIINYDLPNNRE
.::::.::::: ::::. ::.:::::.:::::.::. :::.:: ::::.::::::.:::
NP_001 RDFTVSAMHGDMDQKERDVIMREFRSGSSRVLITTDLLARGIDVQQVSLVINYDLPTNRE
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KSD LYIHRIGRSGRYGRKGVAINFVKNDDIRILRDIEQYYSTQIDEMPMNVADLI
:::::::.::.::::::::.: ..: : ::::: .:.:.:.:::.::::::
NP_001 NYIHRIGRGGRFGRKGVAINMVTEEDKRTLRDIETFYNTSIEEMPLNVADLI
360 370 380 390 400
>>NP_001191439 (OMIM: 602641) eukaryotic initiation fact (347 aa)
initn: 1395 init1: 867 opt: 1422 Z-score: 1734.0 bits: 329.6 E(85289): 7.6e-90
Smith-Waterman score: 1422; 64.7% identity (85.6% similar) in 334 aa overlap (7-339:1-334)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MATTATMATSGSARKRLLKEEDMTKVEFETSEEVDVTPTFDTMGLREDLLRGIYAYGFEK
:..: ..:.: . : :. ... .:: :.: :.::::::::::::
NP_001 MSASQDSRSRDNGPDGMEPEGVIESNWNEIVDSFDDMNLSESLLRGIYAYGFEK
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KSD PSAIQQRAIKQIIKGRDVIAQSQSGTGKTATFSISVLQCLDIQVRETQALILAPTRELAV
::::::::: ::: :::::.::::::::::.::.:: ...... ::::.::::::::
NP_001 PSAIQQRAILPCIKGYDVIAQAQSGTGKTATFAISILQQIELDLKATQALVLAPTRELAQ
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170
pF1KSD QIQKGLLALGDYMNVQCHACIGGTNVGEDIRKLDY-GQHVVAGTPGRVFDMIRRRSLRTR
:::: ..::::::...:::::::::: ...::.. . :...:::::::::. :: : .
NP_001 QIQKVVMALGDYMGASCHACIGGTNVRAEVQKLQMEAPHIIVGTPGRVFDMLNRRYLSPK
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD AIKMLVLDEADEMLNKGFKEQIYDVYRYLPPATQVVLISATLPHEILEMTNKFMTDPIRI
:::.:::::::::..:::.::::... : :::::.:::.: ..::.:.::: :::::
NP_001 YIKMFVLDEADEMLSRGFKDQIYDIFQKLNSNTQVVLLSATMPSDVLEVTKKFMRDPIRI
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KSD LVKRDELTLEGIKQFFVAVEREEWKFDTLCDLYDTLTITQAVIFCNTKRKVDWLTEKMRE
:::..:::::::.::.. :::::::.:::::::.:::::::::: ::.::::::::::.
NP_001 LVKKEELTLEGIRQFYINVEREEWKLDTLCDLYETLTITQAVIFINTRRKVDWLTEKMHA
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KSD ANFTVSSMHGDMPQKERESIMKEFRSGASRVLISTDVWARGLDVPQVSLIINYDLPNNRE
.::::.::::: ::::. ::.:::::.:::::.::. ..
NP_001 RDFTVSAMHGDMDQKERDVIMREFRSGSSRVLITTDLLGKLYPQNRSRWTVWP
300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KSD LYIHRIGRSGRYGRKGVAINFVKNDDIRILRDIEQYYSTQIDEMPMNVADLI
>>XP_005271474 (OMIM: 600326) PREDICTED: probable ATP-de (483 aa)
initn: 865 init1: 372 opt: 948 Z-score: 1155.5 bits: 223.0 E(85289): 1.3e-57
Smith-Waterman score: 948; 36.8% identity (71.7% similar) in 410 aa overlap (4-407:63-464)
10 20 30
pF1KSD MATTATMATSGSARKRL-LKEEDMTKVEFETSE
:.:. . . .: : : .:. ...::
XP_005 GGGTQTQQQMNQLKNTNTINNGTQQQAQSMTTTIKPGDDWKKTLKLPPKDL---RIKTS-
40 50 60 70 80
40 50 60 70 80
pF1KSD EVDVTPT----FDTMGLREDLLRGIYAYGFEKPSAIQQRAIKQIIKGRDVIAQSQSGTGK
::: : :. . :...:: ::. .:.:::: ::...: ..:::..:....::::
XP_005 --DVTSTKGNEFEDYCLKRELLMGIFEMGWEKPSPIQEESIPIALSGRDILARAKNGTGK
90 100 110 120 130 140
90 100 110 120 130 140
pF1KSD TATFSISVLQCLDIQVRETQALILAPTRELAVQIQKGLLALGDYMN-VQCHACIGGTNVG
.... : .:. ::.. . ::....::::::.:... . .. .:. .. : ::::.
XP_005 SGAYLIPLLERLDLKKDNIQAMVIVPTRELALQVSQICIQVSKHMGGAKVMATTGGTNLR
150 160 170 180 190 200
150 160 170 180 190 200
pF1KSD EDIRKLDYGQHVVAGTPGRVFDMIRRRSLRTRAIKMLVLDEADEMLNKGFKEQIYDVYRY
.:: .:: ::: .::::..:.:.. .. ..:.::::::..:.. : . . :.
XP_005 DDIMRLDDTVHVVIATPGRILDLIKKGVAKVDHVQMIVLDEADKLLSQDFVQIMEDIILT
210 220 230 240 250 260
210 220 230 240 250 260
pF1KSD LPPATQVVLISATLPHEILEMTNKFMTDPIRILVKRDELTLEGIKQFFVAVEREEWKFDT
:: :..: :::.: . .. :. . : .: . .::::.:. :... : :. :
XP_005 LPKNRQILLYSATFPLSVQKFMNSHLQKPYEINLM-EELTLKGVTQYYAYVT-ERQKVHC
270 280 290 300 310 320
270 280 290 300 310 320
pF1KSD LCDLYDTLTITQAVIFCNTKRKVDWLTEKMREANFTVSSMHGDMPQKERESIMKEFRSGA
: :.. : :.:..::::....:. :..:. . ... .:. : :..:. ....::.:
XP_005 LNTLFSRLQINQSIIFCNSSQRVELLAKKISQLGYSCFYIHAKMRQEHRNRVFHDFRNGL
330 340 350 360 370 380
330 340 350 360 370 380
pF1KSD SRVLISTDVWARGLDVPQVSLIINYDLPNNRELYIHRIGRSGRYGRKGVAINFVKNDDIR
: :. ::...::.:. :...::.:.:. : :.::::::::.:. :.:::.. ::
XP_005 CRNLVCTDLFTRGIDIQAVNVVINFDFPKLAETYLHRIGRSGRFGHLGLAINLITYDDRF
390 400 410 420 430 440
390 400 410
pF1KSD ILRDIEQYYSTQIDEMPMNVADLI
:..::. .:.: .: :.
XP_005 NLKSIEEQLGTEIKPIPSNIDKSLYVAEYHSEPVEDEKP
450 460 470 480
>>NP_004388 (OMIM: 600326) probable ATP-dependent RNA he (483 aa)
initn: 865 init1: 372 opt: 948 Z-score: 1155.5 bits: 223.0 E(85289): 1.3e-57
Smith-Waterman score: 948; 36.8% identity (71.7% similar) in 410 aa overlap (4-407:63-464)
10 20 30
pF1KSD MATTATMATSGSARKRL-LKEEDMTKVEFETSE
:.:. . . .: : : .:. ...::
NP_004 GGGTQTQQQMNQLKNTNTINNGTQQQAQSMTTTIKPGDDWKKTLKLPPKDL---RIKTS-
40 50 60 70 80
40 50 60 70 80
pF1KSD EVDVTPT----FDTMGLREDLLRGIYAYGFEKPSAIQQRAIKQIIKGRDVIAQSQSGTGK
::: : :. . :...:: ::. .:.:::: ::...: ..:::..:....::::
NP_004 --DVTSTKGNEFEDYCLKRELLMGIFEMGWEKPSPIQEESIPIALSGRDILARAKNGTGK
90 100 110 120 130 140
90 100 110 120 130 140
pF1KSD TATFSISVLQCLDIQVRETQALILAPTRELAVQIQKGLLALGDYMN-VQCHACIGGTNVG
.... : .:. ::.. . ::....::::::.:... . .. .:. .. : ::::.
NP_004 SGAYLIPLLERLDLKKDNIQAMVIVPTRELALQVSQICIQVSKHMGGAKVMATTGGTNLR
150 160 170 180 190 200
150 160 170 180 190 200
pF1KSD EDIRKLDYGQHVVAGTPGRVFDMIRRRSLRTRAIKMLVLDEADEMLNKGFKEQIYDVYRY
.:: .:: ::: .::::..:.:.. .. ..:.::::::..:.. : . . :.
NP_004 DDIMRLDDTVHVVIATPGRILDLIKKGVAKVDHVQMIVLDEADKLLSQDFVQIMEDIILT
210 220 230 240 250 260
210 220 230 240 250 260
pF1KSD LPPATQVVLISATLPHEILEMTNKFMTDPIRILVKRDELTLEGIKQFFVAVEREEWKFDT
:: :..: :::.: . .. :. . : .: . .::::.:. :... : :. :
NP_004 LPKNRQILLYSATFPLSVQKFMNSHLQKPYEINLM-EELTLKGVTQYYAYVT-ERQKVHC
270 280 290 300 310 320
270 280 290 300 310 320
pF1KSD LCDLYDTLTITQAVIFCNTKRKVDWLTEKMREANFTVSSMHGDMPQKERESIMKEFRSGA
: :.. : :.:..::::....:. :..:. . ... .:. : :..:. ....::.:
NP_004 LNTLFSRLQINQSIIFCNSSQRVELLAKKISQLGYSCFYIHAKMRQEHRNRVFHDFRNGL
330 340 350 360 370 380
330 340 350 360 370 380
pF1KSD SRVLISTDVWARGLDVPQVSLIINYDLPNNRELYIHRIGRSGRYGRKGVAINFVKNDDIR
: :. ::...::.:. :...::.:.:. : :.::::::::.:. :.:::.. ::
NP_004 CRNLVCTDLFTRGIDIQAVNVVINFDFPKLAETYLHRIGRSGRFGHLGLAINLITYDDRF
390 400 410 420 430 440
390 400 410
pF1KSD ILRDIEQYYSTQIDEMPMNVADLI
:..::. .:.: .: :.
NP_004 NLKSIEEQLGTEIKPIPSNIDKSLYVAEYHSEPVEDEKP
450 460 470 480
>>NP_001244120 (OMIM: 600326) probable ATP-dependent RNA (483 aa)
initn: 865 init1: 372 opt: 948 Z-score: 1155.5 bits: 223.0 E(85289): 1.3e-57
Smith-Waterman score: 948; 36.8% identity (71.7% similar) in 410 aa overlap (4-407:63-464)
10 20 30
pF1KSD MATTATMATSGSARKRL-LKEEDMTKVEFETSE
:.:. . . .: : : .:. ...::
NP_001 GGGTQTQQQMNQLKNTNTINNGTQQQAQSMTTTIKPGDDWKKTLKLPPKDL---RIKTS-
40 50 60 70 80
40 50 60 70 80
pF1KSD EVDVTPT----FDTMGLREDLLRGIYAYGFEKPSAIQQRAIKQIIKGRDVIAQSQSGTGK
::: : :. . :...:: ::. .:.:::: ::...: ..:::..:....::::
NP_001 --DVTSTKGNEFEDYCLKRELLMGIFEMGWEKPSPIQEESIPIALSGRDILARAKNGTGK
90 100 110 120 130 140
90 100 110 120 130 140
pF1KSD TATFSISVLQCLDIQVRETQALILAPTRELAVQIQKGLLALGDYMN-VQCHACIGGTNVG
.... : .:. ::.. . ::....::::::.:... . .. .:. .. : ::::.
NP_001 SGAYLIPLLERLDLKKDNIQAMVIVPTRELALQVSQICIQVSKHMGGAKVMATTGGTNLR
150 160 170 180 190 200
150 160 170 180 190 200
pF1KSD EDIRKLDYGQHVVAGTPGRVFDMIRRRSLRTRAIKMLVLDEADEMLNKGFKEQIYDVYRY
.:: .:: ::: .::::..:.:.. .. ..:.::::::..:.. : . . :.
NP_001 DDIMRLDDTVHVVIATPGRILDLIKKGVAKVDHVQMIVLDEADKLLSQDFVQIMEDIILT
210 220 230 240 250 260
210 220 230 240 250 260
pF1KSD LPPATQVVLISATLPHEILEMTNKFMTDPIRILVKRDELTLEGIKQFFVAVEREEWKFDT
:: :..: :::.: . .. :. . : .: . .::::.:. :... : :. :
NP_001 LPKNRQILLYSATFPLSVQKFMNSHLQKPYEINLM-EELTLKGVTQYYAYVT-ERQKVHC
270 280 290 300 310 320
270 280 290 300 310 320
pF1KSD LCDLYDTLTITQAVIFCNTKRKVDWLTEKMREANFTVSSMHGDMPQKERESIMKEFRSGA
: :.. : :.:..::::....:. :..:. . ... .:. : :..:. ....::.:
NP_001 LNTLFSRLQINQSIIFCNSSQRVELLAKKISQLGYSCFYIHAKMRQEHRNRVFHDFRNGL
330 340 350 360 370 380
330 340 350 360 370 380
pF1KSD SRVLISTDVWARGLDVPQVSLIINYDLPNNRELYIHRIGRSGRYGRKGVAINFVKNDDIR
: :. ::...::.:. :...::.:.:. : :.::::::::.:. :.:::.. ::
NP_001 CRNLVCTDLFTRGIDIQAVNVVINFDFPKLAETYLHRIGRSGRFGHLGLAINLITYDDRF
390 400 410 420 430 440
390 400 410
pF1KSD ILRDIEQYYSTQIDEMPMNVADLI
:..::. .:.: .: :.
NP_001 NLKSIEEQLGTEIKPIPSNIDKSLYVAEYHSEPVEDEKP
450 460 470 480
>>XP_011541093 (OMIM: 607663) PREDICTED: ATP-dependent R (482 aa)
initn: 589 init1: 493 opt: 907 Z-score: 1105.6 bits: 213.8 E(85289): 7.6e-55
Smith-Waterman score: 907; 37.9% identity (72.1% similar) in 383 aa overlap (39-410:97-474)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD TSGSARKRLLKEEDMTKVEFETSEEVDVTPTFDTMGLREDLLRGIYAYGFEKPSAIQQRA
::. . :.:.::.::::.::..:: ::. :
XP_011 NKLIHQSLVESSHRVEVLQKDPSSPLYSVKTFEELRLKEELLKGIYAMGFNRPSKIQEMA
70 80 90 100 110 120
70 80 90 100 110 120
pF1KSD IKQIIKG--RDVIAQSQSGTGKTATFSISVLQCLDIQVRETQALILAPTRELAVQIQKGL
. ... ...::::::::::::.: ...:. .. : : :::: :::.: . .
XP_011 LPMMLAHPPQNLIAQSQSGTGKTAAFVLAMLSRVNALELFPQCLCLAPTYELALQTGRVV
130 140 150 160 170 180
130 140 150 160 170 180
pF1KSD LALGDY-MNVQCHACIGGTNVGEDIRKLDYGQHVVAGTPGRVFDM-IRRRSLRTRAIKML
.: . ..:: : :. . : : .... :::: :.: .. . . :...
XP_011 EQMGKFCVDVQVMYAIRGNRIP---RGTDITKQIIIGTPGTVLDWCFKLKLIDLTKIRVF
190 200 210 220 230 240
190 200 210 220 230 240
pF1KSD VLDEADEMLN-KGFKEQIYDVYRYLPPATQVVLISATLPHEILEMTNKFMTDPIRILVKR
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XP_011 VLDEADVMIDTQGFSDHSIRIQRALPSECQMLLFSATFEDSVWHFAERIIPDPNVIKLRK
250 260 270 280 290 300
250 260 270 280 290 300
pF1KSD DELTLEGIKQFFVAVEREEWKFDTLCDLYDTLTITQAVIFCNTKRKVDWLTEKMREANFT
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XP_011 EELTLNNIRQYYVLCEHRKDKYQALCNIYGSITIGQAIIFCQTRRNAKWLTVEMIQDGHQ
310 320 330 340 350 360
310 320 330 340 350
pF1KSD VSSMHGDMPQKERESIMKEFRSGASRVLISTDVWARGLDVPQVSLIINYDLP------NN
:: . :.. ..: ::...::.: .:::.:.: :::.:: ::....:.::: .
XP_011 VSLLSGELTVEQRASIIQRFRDGKEKVLITTNVCARGIDVKQVTIVVNFDLPVKQGEEPD
370 380 390 400 410 420
360 370 380 390 400 410
pF1KSD RELYIHRIGRSGRYGRKGVAINFVKNDDIRILRDIEQYYSTQIDEMPMNVADLI
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XP_011 YETYLHRIGRTGRFGKKGLAFNMIEVDELPSLMKIQDHFNSSIKQ--LNAEDMDEIEKID
430 440 450 460 470 480
XP_011 Y
>>NP_037396 (OMIM: 607663) ATP-dependent RNA helicase DD (483 aa)
initn: 589 init1: 493 opt: 907 Z-score: 1105.6 bits: 213.8 E(85289): 7.6e-55
Smith-Waterman score: 907; 37.9% identity (72.1% similar) in 383 aa overlap (39-410:98-475)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD TSGSARKRLLKEEDMTKVEFETSEEVDVTPTFDTMGLREDLLRGIYAYGFEKPSAIQQRA
::. . :.:.::.::::.::..:: ::. :
NP_037 NKLIHQSLVESSHRVEVLQKDPSSPLYSVKTFEELRLKEELLKGIYAMGFNRPSKIQEMA
70 80 90 100 110 120
70 80 90 100 110 120
pF1KSD IKQIIKG--RDVIAQSQSGTGKTATFSISVLQCLDIQVRETQALILAPTRELAVQIQKGL
. ... ...::::::::::::.: ...:. .. : : :::: :::.: . .
NP_037 LPMMLAHPPQNLIAQSQSGTGKTAAFVLAMLSRVNALELFPQCLCLAPTYELALQTGRVV
130 140 150 160 170 180
130 140 150 160 170 180
pF1KSD LALGDY-MNVQCHACIGGTNVGEDIRKLDYGQHVVAGTPGRVFDM-IRRRSLRTRAIKML
.: . ..:: : :. . : : .... :::: :.: .. . . :...
NP_037 EQMGKFCVDVQVMYAIRGNRIP---RGTDITKQIIIGTPGTVLDWCFKLKLIDLTKIRVF
190 200 210 220 230 240
190 200 210 220 230 240
pF1KSD VLDEADEMLN-KGFKEQIYDVYRYLPPATQVVLISATLPHEILEMTNKFMTDPIRILVKR
:::::: :.. .::... . : :: :..:.:::. . ....... :: : ...
NP_037 VLDEADVMIDTQGFSDHSIRIQRALPSECQMLLFSATFEDSVWHFAERIIPDPNVIKLRK
250 260 270 280 290 300
250 260 270 280 290 300
pF1KSD DELTLEGIKQFFVAVEREEWKFDTLCDLYDTLTITQAVIFCNTKRKVDWLTEKMREANFT
.::::..:.:..: :... :...::..: ..:: ::.:::.:.:.. ::: .: . .
NP_037 EELTLNNIRQYYVLCEHRKDKYQALCNIYGSITIGQAIIFCQTRRNAKWLTVEMIQDGHQ
310 320 330 340 350 360
310 320 330 340 350
pF1KSD VSSMHGDMPQKERESIMKEFRSGASRVLISTDVWARGLDVPQVSLIINYDLP------NN
:: . :.. ..: ::...::.: .:::.:.: :::.:: ::....:.::: .
NP_037 VSLLSGELTVEQRASIIQRFRDGKEKVLITTNVCARGIDVKQVTIVVNFDLPVKQGEEPD
370 380 390 400 410 420
360 370 380 390 400 410
pF1KSD RELYIHRIGRSGRYGRKGVAINFVKNDDIRILRDIEQYYSTQIDEMPMNVADLI
: :.:::::.::.:.::.:.:... :.. : :.......: . .:. :.
NP_037 YETYLHRIGRTGRFGKKGLAFNMIEVDELPSLMKIQDHFNSSIKQ--LNAEDMDEIEKID
430 440 450 460 470 480
NP_037 Y
411 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 00:01:55 2016 done: Thu Nov 3 00:01:56 2016
Total Scan time: 6.120 Total Display time: 0.040
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]