Result of FASTA (omim) for
pFN21AB6008
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6008, 2813 aa
1>>>pF1KB6008 2813 - 2813 aa - 2813 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1229+/-0.000505; mu= 24.5776+/- 0.031
mean_var=179.1961+/-35.235, 0's: 0 Z-trim(114.7): 285 B-trim: 94 in 1/54
Lambda= 0.095810
statistics sampled from 24423 (24763) to 24423 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.615), E-opt: 0.2 (0.29), width: 16
Scan time: 22.050
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_000543 (OMIM: 193400,277480,613160,613554) von (2813) 20133 2798.3 0
NP_002448 (OMIM: 158370) mucin-2 precursor [Homo s (5289) 2061 300.7 3.9e-79
NP_005952 (OMIM: 158374) mucin-6 precursor [Homo s (2439) 1968 287.4 1.8e-75
NP_001278992 (OMIM: 604487,614945) otogelin isofor (2913) 1808 265.3 9.3e-69
NP_001264198 (OMIM: 604487,614945) otogelin isofor (2925) 1808 265.3 9.3e-69
NP_001291288 (OMIM: 158373) mucin-5AC precursor [H (5654) 1573 233.3 8.2e-59
XP_011536494 (OMIM: 614925,614944) PREDICTED: otog (2310) 1523 225.8 5.9e-57
NP_775862 (OMIM: 614925,614944) otogelin-like prot (2344) 1523 225.8 5.9e-57
XP_005268859 (OMIM: 614925,614944) PREDICTED: otog (2361) 1523 225.8 5.9e-57
XP_011536493 (OMIM: 614925,614944) PREDICTED: otog (2361) 1523 225.8 5.9e-57
XP_011536495 (OMIM: 614925,614944) PREDICTED: otog (2239) 1521 225.5 7e-57
NP_002449 (OMIM: 178500,600770) mucin-5B precursor (5762) 1516 225.4 2e-56
NP_775871 (OMIM: 612170) mucin-19 precursor [Homo (8384) 1024 157.6 7.2e-36
XP_016867681 (OMIM: 609344) PREDICTED: kielin/chor (1347) 707 112.7 3.8e-23
XP_016867680 (OMIM: 609344) PREDICTED: kielin/chor (1347) 707 112.7 3.8e-23
XP_016867673 (OMIM: 609344) PREDICTED: kielin/chor (1633) 707 112.8 4.3e-23
NP_001129386 (OMIM: 609344) kielin/chordin-like pr (1503) 694 111.0 1.4e-22
XP_016867674 (OMIM: 609344) PREDICTED: kielin/chor (1628) 685 109.8 3.5e-22
XP_016867675 (OMIM: 609344) PREDICTED: kielin/chor (1615) 662 106.6 3.2e-21
XP_016867676 (OMIM: 609344) PREDICTED: kielin/chor (1615) 662 106.6 3.2e-21
XP_016868070 (OMIM: 602372) PREDICTED: zonadhesin (1870) 642 103.9 2.4e-20
XP_011514857 (OMIM: 602372) PREDICTED: zonadhesin (2498) 642 104.1 2.8e-20
NP_775082 (OMIM: 602372) zonadhesin isoform 6 prec (2721) 642 104.1 2.9e-20
NP_003377 (OMIM: 602372) zonadhesin isoform 3 prec (2812) 642 104.2 3e-20
XP_016867289 (OMIM: 608022,608699) PREDICTED: BMP- ( 467) 587 95.5 2e-18
NP_597725 (OMIM: 608022,608699) BMP-binding endoth ( 685) 587 95.7 2.5e-18
NP_476507 (OMIM: 120250,158810,254090,616411) coll (2570) 509 85.7 9.7e-15
XP_005246122 (OMIM: 120250,158810,254090,616411) P (2977) 509 85.8 1.1e-14
NP_005413 (OMIM: 601543,602574,603629) alpha-tecto (2155) 506 85.2 1.2e-14
XP_016867290 (OMIM: 608022,608699) PREDICTED: BMP- ( 357) 464 78.3 2.3e-13
XP_005249690 (OMIM: 608022,608699) PREDICTED: BMP- ( 575) 464 78.6 3e-13
NP_476505 (OMIM: 120250,158810,254090,616411) coll (1036) 465 79.1 3.9e-13
NP_476506 (OMIM: 120250,158810,254090,616411) coll (1237) 465 79.2 4.3e-13
XP_005246123 (OMIM: 120250,158810,254090,616411) P (2770) 465 79.7 6.9e-13
XP_016858792 (OMIM: 120250,158810,254090,616411) P (2971) 465 79.7 7.2e-13
NP_476508 (OMIM: 120250,158810,254090,616411) coll (2971) 465 79.7 7.2e-13
XP_006712316 (OMIM: 120250,158810,254090,616411) P (3010) 465 79.7 7.2e-13
XP_011508876 (OMIM: 120250,158810,254090,616411) P (3176) 465 79.8 7.4e-13
NP_004360 (OMIM: 120250,158810,254090,616411) coll (3177) 465 79.8 7.4e-13
XP_016867678 (OMIM: 609344) PREDICTED: kielin/chor (1526) 437 75.5 7.1e-12
XP_016867677 (OMIM: 609344) PREDICTED: kielin/chor (1555) 437 75.5 7.2e-12
XP_016867679 (OMIM: 609344) PREDICTED: kielin/chor (1466) 435 75.2 8.4e-12
XP_011510734 (OMIM: 616613) PREDICTED: collagen al (1680) 338 61.8 9.9e-08
XP_016861205 (OMIM: 616613) PREDICTED: collagen al (1721) 338 61.8 1e-07
XP_011510733 (OMIM: 616613) PREDICTED: collagen al (1763) 338 61.9 1e-07
XP_016861204 (OMIM: 616613) PREDICTED: collagen al (2263) 338 62.0 1.2e-07
XP_016861200 (OMIM: 616613) PREDICTED: collagen al (2263) 338 62.0 1.2e-07
XP_016861202 (OMIM: 616613) PREDICTED: collagen al (2263) 338 62.0 1.2e-07
XP_011510728 (OMIM: 616613) PREDICTED: collagen al (2263) 338 62.0 1.2e-07
XP_011510727 (OMIM: 616613) PREDICTED: collagen al (2263) 338 62.0 1.2e-07
>>NP_000543 (OMIM: 193400,277480,613160,613554) von Will (2813 aa)
initn: 20133 init1: 20133 opt: 20133 Z-score: 15044.8 bits: 2798.3 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 20133; 99.9% identity (100.0% similar) in 2813 aa overlap (1-2813:1-2813)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MIPARFAGVLLALALILPGTLCAEGTRGRSSTARCSLFGSDFVNTFDGSMYSFAGYCSYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 MIPARFAGVLLALALILPGTLCAEGTRGRSSTARCSLFGSDFVNTFDGSMYSFAGYCSYL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 LAGGCQKRSFSIIGDFQNGKRVSLSVYLGEFFDIHLFVNGTVTQGDQRVSMPYASKGLYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 LAGGCQKRSFSIIGDFQNGKRVSLSVYLGEFFDIHLFVNGTVTQGDQRVSMPYASKGLYL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 ETEAGYYKLSGEAYGFVARIDGSGNFQVLLSDRYFNKTCGLCGNFNIFAEDDFMTQEGTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 ETEAGYYKLSGEAYGFVARIDGSGNFQVLLSDRYFNKTCGLCGNFNIFAEDDFMTQEGTL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 TSDPYDFANSWALSSGEQWCERASPPSSSCNISSGEMQKGLWEQCQLLKSTSVFARCHPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 TSDPYDFANSWALSSGEQWCERASPPSSSCNISSGEMQKGLWEQCQLLKSTSVFARCHPL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 VDPEPFVALCEKTLCECAGGLECACPALLEYARTCAQEGMVLYGWTDHSACSPVCPAGME
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 VDPEPFVALCEKTLCECAGGLECACPALLEYARTCAQEGMVLYGWTDHSACSPVCPAGME
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 YRQCVSPCARTCQSLHINEMCQERCVDGCSCPEGQLLDEGLCVESTECPCVHSGKRYPPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 YRQCVSPCARTCQSLHINEMCQERCVDGCSCPEGQLLDEGLCVESTECPCVHSGKRYPPG
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 TSLSRDCNTCICRNSQWICSNEECPGECLVTGQSHFKSFDNRYFTFSGICQYLLARDCQD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 TSLSRDCNTCICRNSQWICSNEECPGECLVTGQSHFKSFDNRYFTFSGICQYLLARDCQD
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB6 HSFSIVIETVQCADDRDAVCTRSVTVRLPGLHNSLVKLKHGAGVAMDGQDVQLPLLKGDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 HSFSIVIETVQCADDRDAVCTRSVTVRLPGLHNSLVKLKHGAGVAMDGQDVQLPLLKGDL
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB6 RIQRTVTASVRLSYGEDLQMDWDGRGRLLVKLSPVYAGKTCGLCGNYNGNQGDDFLTPSG
:::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 RIQHTVTASVRLSYGEDLQMDWDGRGRLLVKLSPVYAGKTCGLCGNYNGNQGDDFLTPSG
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB6 LAEPRVEDFGNAWKLHGDCQDLQKQHSDPCALNPRMTRFSEEACAVLTSPTFEACHRAVS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 LAEPRVEDFGNAWKLHGDCQDLQKQHSDPCALNPRMTRFSEEACAVLTSPTFEACHRAVS
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB6 PLPYLRNCRYDVCSCSDGRECLCGALASYAAACAGRGVRVAWREPGRCELNCPKGQVYLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 PLPYLRNCRYDVCSCSDGRECLCGALASYAAACAGRGVRVAWREPGRCELNCPKGQVYLQ
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pF1KB6 CGTPCNLTCRSLSYPDEECNEACLEGCFCPPGLYMDERGDCVPKAQCPCYYDGEIFQPED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 CGTPCNLTCRSLSYPDEECNEACLEGCFCPPGLYMDERGDCVPKAQCPCYYDGEIFQPED
670 680 690 700 710 720
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pF1KB6 IFSDHHTMCYCEDGFMHCTMSGVPGSLLPDAVLSSPLSHRSKRSLSCRPPMVKLVCPADN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 IFSDHHTMCYCEDGFMHCTMSGVPGSLLPDAVLSSPLSHRSKRSLSCRPPMVKLVCPADN
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pF1KB6 LRAEGLECTKTCQNYDLECMSMGCVSGCLCPPGMVRHENRCVALERCPCFHQGKEYAPGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 LRAEGLECTKTCQNYDLECMSMGCVSGCLCPPGMVRHENRCVALERCPCFHQGKEYAPGE
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pF1KB6 TVKIGCNTCVCRDRKWNCTDHVCDATCSTIGMAHYLTFDGLKYLFPGECQYVLVQDYCGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 TVKIGCNTCVCRDRKWNCTDHVCDATCSTIGMAHYLTFDGLKYLFPGECQYVLVQDYCGS
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pF1KB6 NPGTFRILVGNKGCSHPSVKCKKRVTILVEGGEIELFDGEVNVKRPMKDETHFEVVESGR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 NPGTFRILVGNKGCSHPSVKCKKRVTILVEGGEIELFDGEVNVKRPMKDETHFEVVESGR
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pF1KB6 YIILLLGKALSVVWDRHLSISVVLKQTYQEKVCGLCGNFDGIQNNDLTSSNLQVEEDPVD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 YIILLLGKALSVVWDRHLSISVVLKQTYQEKVCGLCGNFDGIQNNDLTSSNLQVEEDPVD
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1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KB6 FGNSWKVSSQCADTRKVPLDSSPATCHNNIMKQTMVDSSCRILTSDVFQDCNKLVDPEPY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 FGNSWKVSSQCADTRKVPLDSSPATCHNNIMKQTMVDSSCRILTSDVFQDCNKLVDPEPY
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 LDVCIYDTCSCESIGDCACFCDTIAAYAHVCAQHGKVVTWRTATLCPQSCEERNLRENGY
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pF1KB6 ECEWRYNSCAPACQVTCQHPEPLACPVQCVEGCHAHCPPGKILDELLQTCVDPEDCPVCE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 ECEWRYNSCAPACQVTCQHPEPLACPVQCVEGCHAHCPPGKILDELLQTCVDPEDCPVCE
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pF1KB6 VAGRRFASGKKVTLNPSDPEHCQICHCDVVNLTCEACQEPGGLVVPPTDAPVSPTTLYVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 VAGRRFASGKKVTLNPSDPEHCQICHCDVVNLTCEACQEPGGLVVPPTDAPVSPTTLYVE
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 DISEPPLHDFYCSRLLDLVFLLDGSSRLSEAEFEVLKAFVVDMMERLRISQKWVRVAVVE
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 YHDGSHAYIGLKDRKRPSELRRIASQVKYAGSQVASTSEVLKYTLFQIFSKIDRPEASRI
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pF1KB6 ALLLMASQEPQRMSRNFVRYVQGLKKKKVIVIPVGIGPHANLKQIRLIEKQAPENKAFVL
.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 TLLLMASQEPQRMSRNFVRYVQGLKKKKVIVIPVGIGPHANLKQIRLIEKQAPENKAFVL
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pF1KB6 SSVDELEQQRDEIVSYLCDLAPEAPPPTLPPHMAQVTVGPGLLGVSTLGPKRNSMVLDVA
::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 SSVDELEQQRDEIVSYLCDLAPEAPPPTLPPDMAQVTVGPGLLGVSTLGPKRNSMVLDVA
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pF1KB6 FVLEGSDKIGEADFNRSKEFMEEVIQRMDVGQDSIHVTVLQYSYMVTVEYPFSEAQSKGD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 FVLEGSDKIGEADFNRSKEFMEEVIQRMDVGQDSIHVTVLQYSYMVTVEYPFSEAQSKGD
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pF1KB6 ILQRVREIRYQGGNRTNTGLALRYLSDHSFLVSQGDREQAPNLVYMVTGNPASDEIKRLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 ILQRVREIRYQGGNRTNTGLALRYLSDHSFLVSQGDREQAPNLVYMVTGNPASDEIKRLP
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pF1KB6 GDIQVVPIGVGPNANVQELERIGWPNAPILIQDFETLPREAPDLVLQRCCSGEGLQIPTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 GDIQVVPIGVGPNANVQELERIGWPNAPILIQDFETLPREAPDLVLQRCCSGEGLQIPTL
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1690 1700 1710 1720 1730 1740
pF1KB6 SPAPDCSQPLDVILLLDGSSSFPASYFDEMKSFAKAFISKANIGPRLTQVSVLQYGSITT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 SPAPDCSQPLDVILLLDGSSSFPASYFDEMKSFAKAFISKANIGPRLTQVSVLQYGSITT
1690 1700 1710 1720 1730 1740
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pF1KB6 IDVPWNVVPEKAHLLSLVDVMQREGGPSQIGDALGFAVRYLTSEMHGARPGASKAVVILV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 IDVPWNVVPEKAHLLSLVDVMQREGGPSQIGDALGFAVRYLTSEMHGARPGASKAVVILV
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 TDVSVDSVDAAADAARSNRVTVFPIGIGDRYDAAQLRILAGPAGDSNVVKLQRIEDLPTM
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pF1KB6 VTLGNSFLHKLCSGFVRICMDEDGNEKRPGDVWTLPDQCHTVTCQPDGQTLLKSHRVNCD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 VTLGNSFLHKLCSGFVRICMDEDGNEKRPGDVWTLPDQCHTVTCQPDGQTLLKSHRVNCD
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pF1KB6 RGLRPSCPNSQSPVKVEETCGCRWTCPCVCTGSSTRHIVTFDGQNFKLTGSCSYVLFQNK
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. ... . . : : : :::: .. : : . . :. :.::: : : :
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