Result of FASTA (omim) for
pFN21AB4393
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4393, 1390 aa
1>>>pF1KB4393 1390 - 1390 aa - 1390 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1914+/-0.000508; mu= 18.9997+/- 0.032
mean_var=78.6317+/-16.314, 0's: 0 Z-trim(108.8): 10 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.144636
statistics sampled from 16943 (16948) to 16943 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.526), E-opt: 0.2 (0.199), width: 16
Scan time: 13.950
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_008986 (OMIM: 607694,614258) DNA-directed RNA p (1390) 9194 1929.2 0
NP_000928 (OMIM: 180660) DNA-directed RNA polymera (1970) 1364 295.4 2.8e-78
NP_056240 (OMIM: 616404,616462) DNA-directed RNA p (1720) 485 112.0 4e-23
>>NP_008986 (OMIM: 607694,614258) DNA-directed RNA polym (1390 aa)
initn: 9194 init1: 9194 opt: 9194 Z-score: 10358.9 bits: 1929.2 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 9194; 100.0% identity (100.0% similar) in 1390 aa overlap (1-1390:1-1390)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MVKEQFRETDVAKKISHICFGMKSPEEMRQQAHIQVVSKNLYSQDNQHAPLLYGVLDHRM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 MVKEQFRETDVAKKISHICFGMKSPEEMRQQAHIQVVSKNLYSQDNQHAPLLYGVLDHRM
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 GTSEKDRPCETCGKNLADCLGHYGYIDLELPCFHVGYFRAVIGILQMICKTCCHIMLSQE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 GTSEKDRPCETCGKNLADCLGHYGYIDLELPCFHVGYFRAVIGILQMICKTCCHIMLSQE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 EKKQFLDYLKRPGLTYLQKRGLKKKISDKCRKKNICHHCGAFNGTVKKCGLLKIIHEKYK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 EKKQFLDYLKRPGLTYLQKRGLKKKISDKCRKKNICHHCGAFNGTVKKCGLLKIIHEKYK
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 TNKKVVDPIVSNFLQSFETAIEHNKEVEPLLGRAQENLNPLVVLNLFKRIPAEDVPLLLM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 TNKKVVDPIVSNFLQSFETAIEHNKEVEPLLGRAQENLNPLVVLNLFKRIPAEDVPLLLM
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 NPEAGKPSDLILTRLLVPPLCIRPSVVSDLKSGTNEDDLTMKLTEIIFLNDVIKKHRISG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 NPEAGKPSDLILTRLLVPPLCIRPSVVSDLKSGTNEDDLTMKLTEIIFLNDVIKKHRISG
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 AKTQMIMEDWDFLQLQCALYINSELSGIPLNMAPKKWTRGFVQRLKGKQGRFRGNLSGKR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 AKTQMIMEDWDFLQLQCALYINSELSGIPLNMAPKKWTRGFVQRLKGKQGRFRGNLSGKR
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 VDFSGRTVISPDPNLRIDEVAVPVHVAKILTFPEKVNKANINFLRKLVQNGPEVHPGANF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 VDFSGRTVISPDPNLRIDEVAVPVHVAKILTFPEKVNKANINFLRKLVQNGPEVHPGANF
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 IQQRHTQMKRFLKYGNREKMAQELKYGDIVERHLIDGDVVLFNRQPSLHKLSIMAHLARV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 IQQRHTQMKRFLKYGNREKMAQELKYGDIVERHLIDGDVVLFNRQPSLHKLSIMAHLARV
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB4 KPHRTFRFNECVCTPYNADFDGDEMNLHLPQTEEAKAEALVLMGTKANLVTPRNGEPLIA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 KPHRTFRFNECVCTPYNADFDGDEMNLHLPQTEEAKAEALVLMGTKANLVTPRNGEPLIA
490 500 510 520 530 540
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pF1KB4 AIQDFLTGAYLLTLKDTFFDRAKACQIIASILVGKDEKIKVRLPPPTILKPVTLWTGKQI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 AIQDFLTGAYLLTLKDTFFDRAKACQIIASILVGKDEKIKVRLPPPTILKPVTLWTGKQI
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB4 FSVILRPSDDNPVRANLRTKGKQYCGKGEDLCANDSYVTIQNSELMSGSMDKGTLGSGSK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 FSVILRPSDDNPVRANLRTKGKQYCGKGEDLCANDSYVTIQNSELMSGSMDKGTLGSGSK
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB4 NNIFYILLRDWGQNEAADAMSRLARLAPVYLSNRGFSIGIGDVTPGQGLLKAKYELLNAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 NNIFYILLRDWGQNEAADAMSRLARLAPVYLSNRGFSIGIGDVTPGQGLLKAKYELLNAG
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB4 YKKCDEYIEALNTGKLQQQPGCTAEETLEALILKELSVIRDHAGSACLRELDKSNSPLTM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 YKKCDEYIEALNTGKLQQQPGCTAEETLEALILKELSVIRDHAGSACLRELDKSNSPLTM
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB4 ALCGSKGSFINISQMIACVGQQAISGSRVPDGFENRSLPHFEKHSKLPAAKGFVANSFYS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 ALCGSKGSFINISQMIACVGQQAISGSRVPDGFENRSLPHFEKHSKLPAAKGFVANSFYS
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB4 GLTPTEFFFHTMAGREGLVDTAVKTAETGYMQRRLVKSLEDLCSQYDLTVRSSTGDIIQF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 GLTPTEFFFHTMAGREGLVDTAVKTAETGYMQRRLVKSLEDLCSQYDLTVRSSTGDIIQF
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KB4 IYGGDGLDPAAMEGKDEPLEFKRVLDNIKAVFPCPSEPALSKNELILTTESIMKKSEFLC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 IYGGDGLDPAAMEGKDEPLEFKRVLDNIKAVFPCPSEPALSKNELILTTESIMKKSEFLC
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KB4 CQDSFLQEIKKFIKGVSEKIKKTRDKYGINDNGTTEPRVLYQLDRITPTQVEKFLETCRD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 CQDSFLQEIKKFIKGVSEKIKKTRDKYGINDNGTTEPRVLYQLDRITPTQVEKFLETCRD
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KB4 KYMRAQMEPGSAVGALCAQSIGEPGTQMTLKTFHFAGVASMNITLGVPRIKEIINASKAI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 KYMRAQMEPGSAVGALCAQSIGEPGTQMTLKTFHFAGVASMNITLGVPRIKEIINASKAI
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KB4 STPIITAQLDKDDDADYARLVKGRIEKTLLGEISEYIEEVFLPDDCFILVKLSLERIRLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 STPIITAQLDKDDDADYARLVKGRIEKTLLGEISEYIEEVFLPDDCFILVKLSLERIRLL
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KB4 RLEVNAETVRYSICTSKLRVKPGDVAVHGEAVVCVTPRENSKSSMYYVLQFLKEDLPKVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 RLEVNAETVRYSICTSKLRVKPGDVAVHGEAVVCVTPRENSKSSMYYVLQFLKEDLPKVV
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KB4 VQGIPEVSRAVIHIDEQSGKEKYKLLVEGDNLRAVMATHGVKGTRTTSNNTYEVEKTLGI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 VQGIPEVSRAVIHIDEQSGKEKYKLLVEGDNLRAVMATHGVKGTRTTSNNTYEVEKTLGI
1210 1220 1230 1240 1250 1260
1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KB4 EAARTTIINEIQYTMVNHGMSIDRRHVMLLSDLMTYKGEVLGITRFGLAKMKESVLMLAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 EAARTTIINEIQYTMVNHGMSIDRRHVMLLSDLMTYKGEVLGITRFGLAKMKESVLMLAS
1270 1280 1290 1300 1310 1320
1330 1340 1350 1360 1370 1380
pF1KB4 FEKTADHLFDAAYFGQKDSVCGVSECIIMGIPMNIGTGLFKLLHKADRDPNPPKRPLIFD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 FEKTADHLFDAAYFGQKDSVCGVSECIIMGIPMNIGTGLFKLLHKADRDPNPPKRPLIFD
1330 1340 1350 1360 1370 1380
1390
pF1KB4 TNEFHIPLVT
::::::::::
NP_008 TNEFHIPLVT
1390
>>NP_000928 (OMIM: 180660) DNA-directed RNA polymerase I (1970 aa)
initn: 2203 init1: 656 opt: 1364 Z-score: 1526.4 bits: 295.4 E(85289): 2.8e-78
Smith-Waterman score: 2339; 34.1% identity (61.7% similar) in 1425 aa overlap (13-1300:16-1411)
10 20 30 40 50
pF1KB4 MVKEQFRETDVAKKISHICFGMKSPEEMRQQAHIQVVSKNLYSQDNQHA-PLLYGVL
. :... ::. ::.:..... . : : . .. . : : :..
NP_000 MHGGGPPSGDSACPLRTIKRVQFGVLSPDELKRMSVTEGGIK--YPETTEGGRPKLGGLM
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 DHRMGTSEKDRPCETCGKNLADCLGHYGYIDLELPCFHVGYFRAVIGILQMICKTCCHIM
: :.:. :. :.::. :...: ::.:.:.: : ::::.. .. .:. .: : ...
NP_000 DPRQGVIERTGRCQTCAGNMTECPGHFGHIELAKPVFHVGFLVKTMKVLRCVCFFCSKLL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB4 LSQEEKKQFLDYL-KRPGLTYLQKRGLKKKISDKCRKKNICHHCGAFN---GTVKKCGLL
..... : . : : : : : . .. : :. ::::. .. :. . :
NP_000 VDSNNPK-IKDILAKSKG----QPKKRLTHVYDLCKGKNICEGGEEMDNKFGVEQPEGDE
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220
pF1KB4 KIIHEKYKTNKKVVDPIVSNFLQSFETAIEHNKEVEPLLGRAQEN---LNPLVVLNLFKR
. .:: . . .: . ....: : . . .::. :.: : ..:::
NP_000 DLTKEKGHGGCGRYQPRIR------RSGLELYAEWKHVNEDSQEKKILLSPERVHEIFKR
180 190 200 210 220
230 240 250 260 270 280
pF1KB4 IPAEDVPLLLMNPEAGKPSDLILTRLLVPPLCIRPSVVSDLKSGTNEDDLTMKLTEIIFL
: :. .: :.:. ..: .:.: : :::: .::.:: . :. :.:::: ::..:. .
NP_000 ISDEECFVLGMEPRYARPEWMIVTVLPVPPLSVRPAVVMQ-GSARNQDDLTHKLADIVKI
230 240 250 260 270 280
290 300 310 320 330 340
pF1KB4 NDVIKKHRISGAKTQMIMEDWDFLQLQCALYINSELSGIPLNMAPK-KWTRGFVQRLKGK
:. ..... .:: ...: :: .::.. : ....:: :.: : . . ... ::::::
NP_000 NNQLRRNEQNGAAAHVIAEDVKLLQFHVATMVDNELPGLPRAMQKSGRPLKSLKQRLKGK
290 300 310 320 330 340
350 360 370 380 390 400
pF1KB4 QGRFRGNLSGKRVDFSGRTVISPDPNLRIDEVAVPVHVAKILTFPEKVNKANINFLRKLV
.:: :::: :::::::.::::.::::: ::.:.:: .: .:: : :. ::. :..::
NP_000 EGRVRGNLMGKRVDFSARTVITPDPNLSIDQVGVPRSIAANMTFAEIVTPFNIDRLQELV
350 360 370 380 390 400
410 420 430 440 450 460
pF1KB4 QNGPEVHPGANFIQQRHTQMKRFLKYGNREKMAQELKYGDIVERHLIDGDVVLFNRQPSL
. : .:::..: : . . :.. . . .:. : ::::. :::.:.:::::.:
NP_000 RRGNSQYPGAKYII-RDNGDRIDLRFHPKPS-DLHLQTGYKVERHMCDGDIVIFNRQPTL
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pF1KB4 HKLSIMAHLARVKPHRTFRFNECVCTPYNADFDGDEMNLHLPQTEEAKAEALVLMGTKAN
::.:.:.: .:. : :::.: : ::::::::::::::::::. :..:: : .
NP_000 HKMSMMGHRVRILPWSTFRLNLSVTTPYNADFDGDEMNLHLPQSLETRAEIQELAMVPRM
470 480 490 500 510 520
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pF1KB4 LVTPRNGEPLIAAIQDFLTGAYLLTLKDTFFDRAKACQIIASILVGKDEKIKVRLPPPTI
.:::....:... .:: ::.. .: .:.:..:... ... .: : :. : :.:
NP_000 IVTPQSNRPVMGIVQDTLTAVRKFTKRDVFLERGEVMNLLM-FLSTWDGKV----PQPAI
530 540 550 560 570
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pF1KB4 LKPVTLWTGKQIFSVILRPSDDNPVRANLRTKGKQYCGKGEDLCANDSYVTIQNSELMSG
::: :::::::::.:. :. : .:.. . : . . .:. :...:.::. :
NP_000 LKPRPLWTGKQIFSLII-PGHINCIRTHSTHPDDEDSGPYKHISPGDTKVVVENGELIMG
580 590 600 610 620 630
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pF1KB4 SMDKGTLGSGSKNNIFYILLRDWGQNEAADAMSRLARLAPVYLSNRGFSIGIGDVTPGQG
. : .::. : ... .: . :.. . .: . . .: .: .::::: .
NP_000 ILCKKSLGT-SAGSLVHISYLEMGHDITRLFYSNIQTVINNWLLIEGHTIGIGDSIADSK
640 650 660 670 680 690
710 720 730 740 750 760
pF1KB4 LLKAKYELLNAGYKKCDEYIEALNTGKLQQQPGCTAEETLEALILKELSVIRDHAGSACL
. . .. . . : :: ....:. :: : ..:.: . . :. ::..::.
NP_000 TYQDIQNTIKKAKQDVIEVIEKAHNNELEPTPGNTLRQTFENQVNRILNDARDKTGSSAQ
700 710 720 730 740 750
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pF1KB4 RELDKSNSPLTMALCGSKGSFINISQMIACVGQQAISGSRVPDGFENRSLPHFEKHSKLP
. :.. :. .:.. :.::: :::::.:: :::: . :.:.: ::..:.:::: : . :
NP_000 KSLSEYNNFKSMVVSGAKGSKINISQVIAVVGQQNVEGKRIPFGFKHRTLPHFIKDDYGP
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pF1KB4 AAKGFVANSFYSGLTPTEFFFHTMAGREGLVDTAVKTAETGYMQRRLVKSLEDLCSQYDL
..::: ::. .::::::::::.:.:::::.:::::::::::.::::.::.:.. .::
NP_000 ESRGFVENSYLAGLTPTEFFFHAMGGREGLIDTAVKTAETGYIQRRLIKSMESVMVKYDA
820 830 840 850 860 870
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pF1KB4 TVRSSTGDIIQFIYGGDGL-------------DPA--AMEGK---------------DEP
:::.: ....:. :: ::: :. :.: : .:
NP_000 TVRNSINQVVQLRYGEDGLAGESVEFQNLATLKPSNKAFEKKFRFDYTNERALRRTLQED
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920 930 940 950
pF1KB4 L----------------EFKRVLDN---IKAVFPC-PSEPALSKN--ELILTTESIMKKS
: ::.:. .. ....:: :. .: : ..: ....:.. .
NP_000 LVKDVLSNAHIQNELEREFERMREDREVLRVIFPTGDSKVVLPCNLLRMIWNAQKIFHIN
940 950 960 970 980 990
960 970 980 990
pF1KB4 EFLCCQDSFLQEIKKFIKGVSEKIKK----------TRDK-------YGINDNGTTEPRV
: : :. :: ..::.: :: .:. ..:. .: :
NP_000 PRL---PSDLHPIK-VVEGVKELSKKLVIVNGDDPLSRQAQENATLLFNIHLRSTLCSRR
1000 1010 1020 1030 1040 1050
1000 1010 1020 1030 1040 1050
pF1KB4 LYQLDRITPTQVEKFLETCRDKYMRAQMEPGSAVGALCAQSIGEPGTQMTLKTFHFAGVA
. . :.. . .: ..:. .: .:: :::: :::.:::.:::::.:::.:::.
NP_000 MAEEFRLSGEAFDWLLGEIESKFNQAIAHPGEMVGALAAQSLGEPATQMTLNTFHYAGVS
1060 1070 1080 1090 1100 1110
1060 1070 1080 1090 1100 1110
pF1KB4 SMNITLGVPRIKEIINASKAISTPIITAQL--DKDDDADYARLVKGRIEKTLLGEIS---
. :.::::::.::.:: :: .:: .:. : .. ::. :. . :.:.: : ...
NP_000 AKNVTLGVPRLKELINISKKPKTPSLTVFLLGQSARDAERAKDILCRLEHTTLRKVTANT
1120 1130 1140 1150 1160 1170
1120 1130 1140 1150
pF1KB4 -----------------EYIEEVF-LPDDCFILVKLS--LERIRLLRLEVNAETVRYSIC
:... . .:: : ....: : :..: : ... . . .
NP_000 AIYYDPNPQSTVVAEDQEWVNVYYEMPD--FDVARISPWLLRVELDRKHMTDRKLTMEQI
1180 1190 1200 1210 1220 1230
1160 1170 1180 1190
pF1KB4 TSKLRVKPGDVAV------HGEAVVC----VTPRENSKSSMYYVLQFLKED---------
. :. . :: ..: .: .. ::. . :.. . .:
NP_000 AEKINAGFGDDLNCIFNDDNAEKLVLRIRIMNSDENKMQEEEEVVDKMDDDVFLRCIESN
1240 1250 1260 1270 1280 1290
1200 1210 1220 1230 1240
pF1KB4 -LPKVVVQGIPEVSRAVIHIDEQSGKEK--------YKLLVE------GDNLRAVMATHG
: ...::: ..:.. .:. . ..:.: .: : : : .: :.. .
NP_000 MLTDMTLQGIEQISKVYMHLPQTDNKKKIIITEDGEFKALQEWILETDGVSLMRVLSEKD
1300 1310 1320 1330 1340 1350
1250 1260 1270 1280 1290 1300
pF1KB4 VKGTRTTSNNTYEVEKTLGIEAARTTIINEIQYTMVNHGMSIDRRHVMLLSDLMTYKGEV
: .:::::. :. .:::::.: .. :. ... : .. ::. :: : :: .:..
NP_000 VDPVRTTSNDIVEIFTVLGIEAVRKALERELYHVISFDGSYVNYRHLALLCDTMTCRGHL
1360 1370 1380 1390 1400 1410
1310 1320 1330 1340 1350 1360
pF1KB4 LGITRFGLAKMKESVLMLASFEKTADHLFDAAYFGQKDSVCGVSECIIMGIPMNIGTGLF
NP_000 MAITRHGVNRQDTGPLMKCSFEETVDVLMEAAAHGESDPMKGVSENIMLGQLAPAGTGCF
1420 1430 1440 1450 1460 1470
>>NP_056240 (OMIM: 616404,616462) DNA-directed RNA polym (1720 aa)
initn: 1527 init1: 459 opt: 485 Z-score: 536.1 bits: 112.0 E(85289): 4e-23
Smith-Waterman score: 1421; 33.6% identity (59.0% similar) in 921 aa overlap (310-1118:391-1298)
280 290 300 310 320 330
pF1KB4 TMKLTEIIFLNDVIKKHRISGAKTQMIMEDWDFLQLQCALYINSELSGIPLNMAPKKWTR
: :: . . ..::.. . .. :
NP_056 DEEKDSLIAIDRSFLSTLPGQSLIDKLYNIWIRLQSHVNIVFDSEMDKLMMDKYP-----
370 380 390 400 410
340 350 360 370 380 390
pF1KB4 GFVQRLKGKQGRFRGNLSGKRVDFSGRTVISPDPNLRIDEVAVPVHVAKILTFPEKVNKA
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