Result of FASTA (omim) for
pFN21AB1488
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB1488, 1744 aa
1>>>pF1KB1488 1744 - 1744 aa - 1744 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8719+/-0.000432; mu= 22.1938+/- 0.027
mean_var=91.0596+/-18.704, 0's: 0 Z-trim(112.2): 50 B-trim: 28 in 1/52
Lambda= 0.134404
statistics sampled from 20926 (20976) to 20926 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.594), E-opt: 0.2 (0.246), width: 16
Scan time: 16.810
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_009224 (OMIM: 120810,614374,614380) complement (1744) 11570 2255.1 0
XP_016885778 (OMIM: 120810,614374,614380) PREDICTE (1744) 11567 2254.5 0
NP_001002029 (OMIM: 120820,614379) complement C4-B (1744) 11511 2243.6 0
NP_001239133 (OMIM: 120810,614374,614380) compleme (1698) 9628 1878.5 0
XP_016870592 (OMIM: 120900,609536,615749) PREDICTE (1560) 1306 264.8 4.5e-69
NP_001726 (OMIM: 120900,609536,615749) complement (1676) 1306 264.8 4.8e-69
XP_011517282 (OMIM: 120900,609536,615749) PREDICTE (1681) 1306 264.8 4.8e-69
XP_016870591 (OMIM: 120900,609536,615749) PREDICTE (1681) 1306 264.8 4.8e-69
NP_001304092 (OMIM: 120900,609536,615749) compleme (1682) 1306 264.8 4.8e-69
XP_016870593 (OMIM: 120900,609536,615749) PREDICTE (1171) 1220 248.0 3.8e-64
NP_001304093 (OMIM: 120900,609536,615749) compleme ( 902) 1093 223.3 7.9e-57
NP_000055 (OMIM: 120700,611378,612925,613779) comp (1663) 1057 216.5 1.6e-54
NP_002855 (OMIM: 176420) pregnancy zone protein pr (1482) 568 121.7 5.2e-26
XP_016875253 (OMIM: 176420) PREDICTED: pregnancy z (1488) 568 121.7 5.2e-26
XP_011519107 (OMIM: 176420) PREDICTED: pregnancy z (1499) 568 121.7 5.2e-26
XP_011519106 (OMIM: 176420) PREDICTED: pregnancy z (1500) 568 121.7 5.2e-26
XP_016875252 (OMIM: 176420) PREDICTED: pregnancy z (1500) 568 121.7 5.2e-26
XP_016865772 (OMIM: 608859) PREDICTED: CD109 antig (1205) 545 117.2 9.7e-25
NP_001153060 (OMIM: 608859) CD109 antigen isoform (1368) 545 117.2 1.1e-24
NP_001153059 (OMIM: 608859) CD109 antigen isoform (1428) 545 117.2 1.1e-24
XP_011533775 (OMIM: 608859) PREDICTED: CD109 antig (1432) 545 117.2 1.1e-24
XP_005248716 (OMIM: 608859) PREDICTED: CD109 antig (1445) 545 117.2 1.1e-24
NP_598000 (OMIM: 608859) CD109 antigen isoform 1 p (1445) 545 117.2 1.1e-24
NP_000005 (OMIM: 103950,104300,614036) alpha-2-mac (1474) 539 116.1 2.5e-24
XP_006719119 (OMIM: 103950,104300,614036) PREDICTE (1512) 539 116.1 2.6e-24
XP_016874357 (OMIM: 610627) PREDICTED: alpha-2-mac (1466) 490 106.6 1.8e-21
XP_016874358 (OMIM: 610627) PREDICTED: alpha-2-mac (1466) 490 106.6 1.8e-21
NP_001269353 (OMIM: 610627) alpha-2-macroglobulin- ( 963) 484 105.3 2.9e-21
XP_016874359 (OMIM: 610627) PREDICTED: alpha-2-mac (1454) 485 105.6 3.6e-21
XP_011518868 (OMIM: 610627) PREDICTED: alpha-2-mac (1467) 485 105.6 3.6e-21
XP_011518869 (OMIM: 610627) PREDICTED: alpha-2-mac (1467) 485 105.6 3.6e-21
NP_653271 (OMIM: 610627) alpha-2-macroglobulin-lik (1454) 484 105.4 4.1e-21
XP_011526227 (OMIM: 608841) PREDICTED: C3 and PZP- (1189) 434 95.6 2.9e-18
XP_011526223 (OMIM: 608841) PREDICTED: C3 and PZP- (1815) 434 95.8 4e-18
XP_011526225 (OMIM: 608841) PREDICTED: C3 and PZP- (1815) 434 95.8 4e-18
XP_011526224 (OMIM: 608841) PREDICTED: C3 and PZP- (1815) 434 95.8 4e-18
XP_011526226 (OMIM: 608841) PREDICTED: C3 and PZP- (1815) 434 95.8 4e-18
XP_016882083 (OMIM: 608841) PREDICTED: C3 and PZP- (1817) 434 95.8 4e-18
XP_011526222 (OMIM: 608841) PREDICTED: C3 and PZP- (1858) 434 95.8 4.1e-18
XP_011526221 (OMIM: 608841) PREDICTED: C3 and PZP- (1862) 434 95.8 4.1e-18
XP_011526220 (OMIM: 608841) PREDICTED: C3 and PZP- (1887) 434 95.8 4.2e-18
XP_011526219 (OMIM: 608841) PREDICTED: C3 and PZP- (1920) 434 95.8 4.2e-18
NP_056507 (OMIM: 608841) C3 and PZP-like alpha-2-m (1932) 434 95.8 4.2e-18
XP_011519108 (OMIM: 176420) PREDICTED: pregnancy z (1045) 429 94.6 5.1e-18
XP_011519109 (OMIM: 176420) PREDICTED: pregnancy z ( 831) 280 65.7 2.1e-09
XP_016875254 (OMIM: 176420) PREDICTED: pregnancy z (1417) 280 65.8 3.2e-09
XP_016875256 (OMIM: 176420) PREDICTED: pregnancy z ( 939) 275 64.7 4.6e-09
XP_016875255 (OMIM: 176420) PREDICTED: pregnancy z (1268) 220 54.2 9.4e-06
>>NP_009224 (OMIM: 120810,614374,614380) complement C4-A (1744 aa)
initn: 11570 init1: 11570 opt: 11570 Z-score: 12116.4 bits: 2255.1 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 11570; 99.9% identity (100.0% similar) in 1744 aa overlap (1-1744:1-1744)
10 20 30 40 50 60
pF1KB1 MRLLWGLIWASSFFTLSLQKPRLLLFSPSVVHLGVPLSVGVQLQDVPRGQVVKGSVFLRN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 MRLLWGLIWASSFFTLSLQKPRLLLFSPSVVHLGVPLSVGVQLQDVPRGQVVKGSVFLRN
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB1 PSRNNVPCSPKVDFTLSSERDFALLSLQVPLKDAKSCGLHQLLRGPEVQLVAHSPWLKDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 PSRNNVPCSPKVDFTLSSERDFALLSLQVPLKDAKSCGLHQLLRGPEVQLVAHSPWLKDS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB1 LSRTTNIQGINLLFSSRRGHLFLQTDQPIYNPGQRVRYRVFALDQKMRPSTDTITVMVEN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 LSRTTNIQGINLLFSSRRGHLFLQTDQPIYNPGQRVRYRVFALDQKMRPSTDTITVMVEN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB1 SHGLRVRKKEVYMPSSIFQDDFVIPDISEPGTWKISARFSDGLESNSSTQFEVKKYVLPN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 SHGLRVRKKEVYMPSSIFQDDFVIPDISEPGTWKISARFSDGLESNSSTQFEVKKYVLPN
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB1 FEVKITPGKPYILTVPGHLDEMQLDIQARYIYGKPVQGVAYVRFGLLDEDGKKTFFRGLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 FEVKITPGKPYILTVPGHLDEMQLDIQARYIYGKPVQGVAYVRFGLLDEDGKKTFFRGLE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB1 SQTKLVNGQSHISLSKAEFQDALEKLNMGITDLQGLRLYVAAAIIESPGGEMEEAELTSW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 SQTKLVNGQSHISLSKAEFQDALEKLNMGITDLQGLRLYVAAAIIESPGGEMEEAELTSW
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pF1KB1 YFVSSPFSLDLSKTKRHLVPGAPFLLQALVREMSGSPASGIPVKVSATVSSPGSVPEVQD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 YFVSSPFSLDLSKTKRHLVPGAPFLLQALVREMSGSPASGIPVKVSATVSSPGSVPEVQD
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pF1KB1 IQQNTDGSGQVSIPIIIPQTISELQLSVSAGSPHPAIARLTVAAPPSGGPGFLSIERPDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 IQQNTDGSGQVSIPIIIPQTISELQLSVSAGSPHPAIARLTVAAPPSGGPGFLSIERPDS
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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pF1KB1 FYFVAFYYHGDHPVANSLRVDVQAGACEGKLELSVDGAKQYRNGESVKLHLETDSLALVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 FYFVAFYYHGDHPVANSLRVDVQAGACEGKLELSVDGAKQYRNGESVKLHLETDSLALVA
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pF1KB1 LGALDTALYAAGSKSHKPLNMGKVFEAMNSYDLGCGPGGGDSALQVFQAAGLAFSDGDQW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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pF1KB1 TLSRKRLSCPKEKTTRKKRNVNFQKAINEKLGQYASPTAKRCCQDGVTRLPMMRSCEQRA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 TLSRKRLSCPKEKTTRKKRNVNFQKAINEKLGQYASPTAKRCCQDGVTRLPMMRSCEQRA
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pF1KB1 ARVQQPDCREPFLSCCQFAESLRKKSRDKGQAGLQRALEILQEEDLIDEDDIPVRSFFPE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 ARVQQPDCREPFLSCCQFAESLRKKSRDKGQAGLQRALEILQEEDLIDEDDIPVRSFFPE
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pF1KB1 NWLWRVETVDRFQILTLWLPDSLTTWEIHGLSLSKTKGLCVATPVQLRVFREFHLHLRLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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pF1KB1 MSVRRFEQLELRPVLYNYLDKNLTVSVHVSPVEGLCLAGGGGLAQQVLVPAGSARPVAFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 MSVRRFEQLELRPVLYNYLDKNLTVSVHVSPVEGLCLAGGGGLAQQVLVPAGSARPVAFS
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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pF1KB1 TLAASRYLDKTEQWSTLPPETKDHAVDLIQKGYMRIQQFRKADGSYAAWLSRDSSTWLTA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 TLAASRYLDKTEQWSTLPPETKDHAVDLIQKGYMRIQQFRKADGSYAAWLSRDSSTWLTA
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pF1KB1 FVLKVLSLAQEQVGGSPEKLQETSNWLLSQQQADGSFQDPCPVLDRSMQGGLVGNDETVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 FVLKVLSLAQEQVGGSPEKLQETSNWLLSQQQADGSFQDPCPVLDRSMQGGLVGNDETVA
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:::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::
NP_009 LTAFVTIALHHGLAVFQDEGAEPLKQRVEASISKANSFLGEKASAGLLGAHAAAITAYAL
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pF1KB1 TLTKAPVDLLGVAHNNLMAMAQETGDNLYWGSVTGSQSNAVSPTPAPRNPSDPMPQAPAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 TLTKAPVDLLGVAHNNLMAMAQETGDNLYWGSVTGSQSNAVSPTPAPRNPSDPMPQAPAL
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pF1KB1 WIETTAYALLHLLLHEGKAEMADQAAAWLTRQGSFQGGFRSTQDTVIALDALSAYWIASH
:::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 WIETTAYALLHLLLHEGKAEMADQASAWLTRQGSFQGGFRSTQDTVIALDALSAYWIASH
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 TTEERGLNVTLSSTGRNGFKSHALQLNNRQIRGLEEELQFSLGSKINVKVGGNSKGTLKV
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 LRTYNVLDMKNTTCQDLQIEVTVKGHVEYTMEANEDYEDYEYDELPAKDDPDAPLQPVTP
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pF1KB1 LQLFEGRRNRRRREAPKVVEEQESRVHYTVCIWRNGKVGLSGMAIADVTLLSGFHALRAD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 LQLFEGRRNRRRREAPKVVEEQESRVHYTVCIWRNGKVGLSGMAIADVTLLSGFHALRAD
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pF1KB1 LEKLTSLSDRYVSHFETEGPHVLLYFDSVPTSRECVGFEAVQEVPVGLVQPASATLYDYY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 LEKLTSLSDRYVSHFETEGPHVLLYFDSVPTSRECVGFEAVQEVPVGLVQPASATLYDYY
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pF1KB1 NPERRCSVFYGAPSKSRLLATLCSAEVCQCAEGKCPRQRRALERGLQDEDGYRMKFACYY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 NPERRCSVFYGAPSKSRLLATLCSAEVCQCAEGKCPRQRRALERGLQDEDGYRMKFACYY
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pF1KB1 PRVEYGFQVKVLREDSRAAFRLFETKITQVLHFTKDVKAAANQMRNFLVRASCRLRLEPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 PRVEYGFQVKVLREDSRAAFRLFETKITQVLHFTKDVKAAANQMRNFLVRASCRLRLEPG
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pF1KB1 KEYLIMGLDGATYDLEGHPQYLLDSNSWIEEMPSERLCRSTRQRAACAQLNDFLQEYGTQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 KEYLIMGLDGATYDLEGHPQYLLDSNSWIEEMPSERLCRSTRQRAACAQLNDFLQEYGTQ
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pF1KB1 GCQV
::::
NP_009 GCQV
>>XP_016885778 (OMIM: 120810,614374,614380) PREDICTED: c (1744 aa)
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Smith-Waterman score: 11567; 99.9% identity (99.9% similar) in 1744 aa overlap (1-1744:1-1744)
10 20 30 40 50 60
pF1KB1 MRLLWGLIWASSFFTLSLQKPRLLLFSPSVVHLGVPLSVGVQLQDVPRGQVVKGSVFLRN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MRLLWGLIWASSFFTLSLQKPRLLLFSPSVVHLGVPLSVGVQLQDVPRGQVVKGSVFLRN
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB1 PSRNNVPCSPKVDFTLSSERDFALLSLQVPLKDAKSCGLHQLLRGPEVQLVAHSPWLKDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PSRNNVPCSPKVDFTLSSERDFALLSLQVPLKDAKSCGLHQLLRGPEVQLVAHSPWLKDS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB1 LSRTTNIQGINLLFSSRRGHLFLQTDQPIYNPGQRVRYRVFALDQKMRPSTDTITVMVEN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LSRTTNIQGINLLFSSRRGHLFLQTDQPIYNPGQRVRYRVFALDQKMRPSTDTITVMVEN
130 140 150 160 170 180
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pF1KB1 SHGLRVRKKEVYMPSSIFQDDFVIPDISEPGTWKISARFSDGLESNSSTQFEVKKYVLPN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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