Result of FASTA (ccds) for
pFN21AA1677
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA1677, 604 aa
1>>>pF1KA1677 604 - 604 aa - 604 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7172+/-0.00117; mu= 16.6186+/- 0.069
mean_var=80.0104+/-17.158, 0's: 0 Z-trim(102.6): 164 B-trim: 346 in 2/50
Lambda= 0.143384
statistics sampled from 6829 (7015) to 6829 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.576), E-opt: 0.2 (0.215), width: 16
Scan time: 2.410
The best scores are: opt bits E(32554)
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CCDS55480.1 KLHL13 gene_id:90293|Hs108|chrX ( 658) 907 198.2 2.9e-50
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CCDS32813.1 KLHL14 gene_id:57565|Hs108|chr18 ( 628) 551 124.5 4.1e-28
CCDS3245.2 KLHL6 gene_id:89857|Hs108|chr3 ( 621) 538 121.8 2.6e-27
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CCDS34094.1 KLHL2 gene_id:11275|Hs108|chr4 ( 593) 522 118.5 2.5e-26
CCDS54815.1 KLHL2 gene_id:11275|Hs108|chr4 ( 597) 522 118.5 2.5e-26
CCDS9445.1 KLHL1 gene_id:57626|Hs108|chr13 ( 748) 520 118.1 4e-26
CCDS76909.1 KLHL36 gene_id:79786|Hs108|chr16 ( 553) 515 117.0 6.4e-26
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CCDS58970.1 KLHL3 gene_id:26249|Hs108|chr5 ( 555) 506 115.2 2.3e-25
CCDS73582.1 KLHL1 gene_id:57626|Hs108|chr13 ( 687) 500 114.0 6.6e-25
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CCDS14457.1 KLHL4 gene_id:56062|Hs108|chrX ( 718) 482 110.3 9.1e-24
CCDS14456.1 KLHL4 gene_id:56062|Hs108|chrX ( 720) 482 110.3 9.1e-24
CCDS3449.1 KLHL5 gene_id:51088|Hs108|chr4 ( 694) 480 109.8 1.2e-23
CCDS14199.1 KLHL34 gene_id:257240|Hs108|chrX ( 644) 457 105.1 3e-22
CCDS34614.1 KBTBD2 gene_id:25948|Hs108|chr7 ( 623) 432 99.9 1e-20
CCDS43766.1 KLHL38 gene_id:340359|Hs108|chr8 ( 581) 422 97.8 4.1e-20
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CCDS34609.1 KLHL7 gene_id:55975|Hs108|chr7 ( 586) 343 81.5 3.5e-15
>>CCDS35217.1 KLHL15 gene_id:80311|Hs108|chrX (604 aa)
initn: 4119 init1: 4119 opt: 4119 Z-score: 4607.3 bits: 862.6 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4119; 100.0% identity (100.0% similar) in 604 aa overlap (1-604:1-604)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MAGDVEGFCSSIHDTSVSAGFRALYEEGLLLDVTLVIEDHQFQAHKALLATQSDYFRIMF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 MAGDVEGFCSSIHDTSVSAGFRALYEEGLLLDVTLVIEDHQFQAHKALLATQSDYFRIMF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 TADMRERDQDKIHLKGLTATGFSHVLQFMYYGTIELSMNTVHEILQAAMYVQLIEVVKFC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 TADMRERDQDKIHLKGLTATGFSHVLQFMYYGTIELSMNTVHEILQAAMYVQLIEVVKFC
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA1 CSFLLAKICLENCAEIMRLLDDFGVNIEGVREKLDTFLLDNFVPLMSRPDFLSYLSFEKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 CSFLLAKICLENCAEIMRLLDDFGVNIEGVREKLDTFLLDNFVPLMSRPDFLSYLSFEKL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 MSYLDNDHLSRFPEIELYEAVQSWLRHDRRRWRHTDTIIQNIRFCLMTPTSVFEKVKTSE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 FYRYSRQLRYEVDQALNYFQNVHQQPLLDMKSSRIRSAKPQTTVFRGMIGHSMVNSKILL
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 LKKPRVWWELEGPQVPLRPDCLAIVNNFVFLLGGEELGPDGEFHASSKVFRYDPRQNSWL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 QMADMSVPRSEFAVGVIGKFIYAVAGRTRDETFYSTERYDITNDKWEFVDPYPVNKYGHE
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pF1KA1 GTVLNNKLFITGGITSSSTSKQVCVFDPSKEGTIEQRTRRTQVVTNCWENKSKMNYARCF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 GTVLNNKLFITGGITSSSTSKQVCVFDPSKEGTIEQRTRRTQVVTNCWENKSKMNYARCF
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pF1KA1 HKMISYNGKLYVFGGVCVILRASFESQGCPSTEVYNPETDQWTILASMPIGRSGHGVTVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 HKMISYNGKLYVFGGVCVILRASFESQGCPSTEVYNPETDQWTILASMPIGRSGHGVTVL
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550 560 570 580 590 600
pF1KA1 DKQIMVLGGLCYNGHYSDSILTFDPDENKWKEDEYPRMPCKLDGLQVCNLHFPDYVLDEV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 DKQIMVLGGLCYNGHYSDSILTFDPDENKWKEDEYPRMPCKLDGLQVCNLHFPDYVLDEV
550 560 570 580 590 600
pF1KA1 RRCN
::::
CCDS35 RRCN
>>CCDS55479.1 KLHL13 gene_id:90293|Hs108|chrX (613 aa)
initn: 987 init1: 285 opt: 907 Z-score: 1016.4 bits: 198.1 E(32554): 2.7e-50
Smith-Waterman score: 1109; 32.2% identity (65.3% similar) in 599 aa overlap (2-593:21-596)
10 20 30
pF1KA1 MAGDVEGFCSSIHDTSVSAGFRALYEEGLLLDVTLVI--ED
:: .. : :. :.. : :: : :::: ::::. :
CCDS55 MKLSLGGSEMGLSSHLQSSKAGPTRIFTSNTHSSVVLQGFDQLRLEGLLCDVTLMPGDTD
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KA1 HQFQAHKALLATQSDYFRIMFTADMRERDQDKIHLKGLTATGFSHVLQFMYYGTIELSMN
: .:....:. ::::. :::. :.:.: :.:.:.. .:. ....:.: . . :.:.
CCDS55 DAFPVHRVMMASASDYFKAMFTGGMKEQDLMCIKLHGVSKVGLRKIIDFIYTAKLSLNMD
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100 110 120 130 140 150
pF1KA1 TVHEILQAAMYVQLIEVVKFCCSFLLAKICLENCAEIMRLLDDFGVNIEGVREKLDTFLL
.... :.:: ..:.. :. :: ::.. . :.::.:. :. . . :. : . ...:.:
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160 170 180 190 200 210
pF1KA1 DNFVPLMSRPDFLSYLSFEKLMSYLDNDHLSRFPEIELYEAVQSWLRHDRRRWRHTDTII
:: :.: .::. : ::.: :... :.. :.::..:. ::: .. : . ..
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220 230 240 250 260 270
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.:::: :::: ... :.: .:.: . . .: :: . ..::... . :::
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280 290 300 310 320 330
pF1KA1 PQTTVFRGMIGHSMVNSKILLL--KKPRVWWELEGPQVPLRPDCLAIVNNFVFLLGGE-E
. ... :.. ...: :: : . .: . : : ..: .:...::....::. .
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340 350 360 370 380 390
pF1KA1 LGPDGEFHASSKVFRYDPRQNSWLQMADMSVPRSEFAVGVIGKFIYAVAGRTRDETFYST
:. : . :::.::: :.:.:.:... :. : .... ..:::.::. . ..
CCDS55 YDTKGKT-AVDTVFRFDPRYNKWMQVASLNEKRTFFHLSALKGYLYAVGGRNAAGELPTV
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pF1KA1 ERYDITNDKWEFVDPYPVNKYGHEGTVLNNKLFITGGITSSSTSKQVCVFDPSKEGTIEQ
: :. ...: .: . .::: ::: .. ..:.:::: .. .:.. :::.
CCDS55 ECYNPRTNEWTYVAKMSEPHYGHAGTVYGGVMYISGGITHDTFQKELMCFDPD-------
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pF1KA1 RTRRTQVVTNCWENKSKMNYARCFHKMISYNGKLYVFGGVCVILRASFESQGCPSTEVYN
:. : .:. :. .: .: : . . .:::.:: .:.. . . : : :.
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pF1KA1 PETDQWTILASMPIGRSGHGVTVLDKQIMVLGGLCYNGH-YSDSILTFDPDENKWKEDEY
: :::: .:.: :.: ::.:....:.:.:: .:.. . . . .:::...:..
CCDS55 PILDQWTPIAAMLRGQSDVGVAVFENKIYVVGGYSWNNRCMVEIVQKYDPDKDEWHK--V
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pF1KA1 PRMPCKLDGLQVCNLH-FPDYVLDEVRRCN
.: .: :...:.: ::
CCDS55 FDLPESLGGIRACTLTVFPPEETTPSPSRESPLSAP
580 590 600 610
>>CCDS55481.1 KLHL13 gene_id:90293|Hs108|chrX (639 aa)
initn: 987 init1: 285 opt: 907 Z-score: 1016.1 bits: 198.1 E(32554): 2.8e-50
Smith-Waterman score: 1109; 32.2% identity (65.3% similar) in 599 aa overlap (2-593:47-622)
10 20 30
pF1KA1 MAGDVEGFCSSIHDTSVSAGFRALYEEGLLL
:: .. : :. :.. : :: : ::::
CCDS55 RSLVEEEDQHMKLSLGGSEMGLSSHLQSSKAGPTRIFTSNTHSSVVLQGFDQLRLEGLLC
20 30 40 50 60 70
40 50 60 70 80
pF1KA1 DVTLVI--EDHQFQAHKALLATQSDYFRIMFTADMRERDQDKIHLKGLTATGFSHVLQFM
::::. : : .:....:. ::::. :::. :.:.: :.:.:.. .:. ....:.
CCDS55 DVTLMPGDTDDAFPVHRVMMASASDYFKAMFTGGMKEQDLMCIKLHGVSKVGLRKIIDFI
80 90 100 110 120 130
90 100 110 120 130 140
pF1KA1 YYGTIELSMNTVHEILQAAMYVQLIEVVKFCCSFLLAKICLENCAEIMRLLDDFGVNIEG
: . . :.:..... :.:: ..:.. :. :: ::.. . :.::.:. :. . . :.
CCDS55 YTAKLSLNMDNLQDTLEAASFLQILPVLDFCKVFLISGVTLDNCVEVGRIANTY--NLTE
140 150 160 170 180 190
150 160 170 180 190 200
pF1KA1 VREKLDTFLLDNFVPLMSRPDFLSYLSFEKLMSYLDNDHLSRFPEIELYEAVQSWLRHDR
: . ...:.: :: :.: .::. : ::.: :... :.. :.::..:. ::: ..
CCDS55 VDKYVNSFVLKNFPALLSTGEFLK-LPFERLAFVLSSNSLKHCTELELFKATCRWLRLEE
200 210 220 230 240 250
210 220 230 240 250 260
pF1KA1 RRWRHTDTIIQNIRFCLMTPTSVFEKVKTSEFYRYSRQLRYEVDQALNYFQNVHQQPLLD
: . ...:::: :::: ... :.: .:.: . . .: :: . ..::...
CCDS55 PRMDFAAKLMKNIRFPLMTPQELINYVQTVDFMRTDNTCVNLLLEASNYQMMPYMQPVMQ
260 270 280 290 300 310
270 280 290 300 310 320
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. ::: . ... :.. ...: :: : . .: . : : ..: .:...:
CCDS55 SDRTAIRSDTTHLVTLGGVLRQQLVVSKELRMYDEKAHEWKSLAPMDAPRYQHGIAVIGN
320 330 340 350 360 370
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pF1KA1 FVFLLGGE-ELGPDGEFHASSKVFRYDPRQNSWLQMADMSVPRSEFAVGVIGKFIYAVAG
:....::. . :. : . :::.::: :.:.:.:... :. : .... ..:::.:
CCDS55 FLYVVGGQSNYDTKGKT-AVDTVFRFDPRYNKWMQVASLNEKRTFFHLSALKGYLYAVGG
380 390 400 410 420 430
390 400 410 420 430 440
pF1KA1 RTRDETFYSTERYDITNDKWEFVDPYPVNKYGHEGTVLNNKLFITGGITSSSTSKQVCVF
:. . ..: :. ...: .: . .::: ::: .. ..:.:::: .. .:.. :
CCDS55 RNAAGELPTVECYNPRTNEWTYVAKMSEPHYGHAGTVYGGVMYISGGITHDTFQKELMCF
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450 460 470 480 490 500
pF1KA1 DPSKEGTIEQRTRRTQVVTNCWENKSKMNYARCFHKMISYNGKLYVFGGVCVILRASFES
::. :. : .:. :. .: .: : . . .:::.:: .:.. .
CCDS55 DPD---------------TDKWIQKAPMTTVRGLHCMCTVGERLYVIGGNH--FRGTSDY
500 510 520 530
510 520 530 540 550 560
pF1KA1 QGCPSTEVYNPETDQWTILASMPIGRSGHGVTVLDKQIMVLGGLCYNGH-YSDSILTFDP
. : : :.: :::: .:.: :.: ::.:....:.:.:: .:.. . . . .::
CCDS55 DDVLSCEYYSPILDQWTPIAAMLRGQSDVGVAVFENKIYVVGGYSWNNRCMVEIVQKYDP
540 550 560 570 580 590
570 580 590 600
pF1KA1 DENKWKEDEYPRMPCKLDGLQVCNLH-FPDYVLDEVRRCN
:...:.. .: .: :...:.: ::
CCDS55 DKDEWHK--VFDLPESLGGIRACTLTVFPPEETTPSPSRESPLSAP
600 610 620 630
>>CCDS14571.1 KLHL13 gene_id:90293|Hs108|chrX (655 aa)
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CCDS65 KNIRFPLMTPQDLINYVQTVDFMRTDNTCVNLLLEASNYQMMPYMQPVMQSDRTAIRSDS
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CCDS65 FDLPESLGGIRACTLTVFPPEENPGSPSRESPLSAPSDHS
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pF1KA1 MAGDVEGFCSSIHDTSVSAGFRALYEEGLLLDVTLVI
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CCDS12 GAGGGGAFGAGPGPERPNSTADKNGALKCTFSAPSHSTSLLQGLATLRAQGQLLDVVLTI
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CCDS12 NREAFPAHKVVLAACSDYFRAMFTGGMREASQDVIELKGVSARGLRHIIDFAYSAEVTLD
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CCDS12 VLCHIRFPLMQSSELVDSVQTLDIMVEDVLCRQYLLEAFNYQVLPFRQHEMQSPRTAVRS
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CCDS12 DVPSLVTFGGTPYTDSDRSVSSKVYQLPEPGARHFRELTEMEVGCSHTCVAVLDNFVYVA
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CCDS12 GGQHLQYRSGEGAVDACYRYDPHLNRWLRLQAMQESRIQFQLNVLCGMVYATGGRNRAGS
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CCDS12 LASVERYCPRRNEWGYACSLKRRTWGHAGAASGGRLYISGGYGISVEDKKALHC-YDP--
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pF1KA1 EGTIEQRTRRTQVVTNCWENKSKMNYARCFHKMISYNGKLYVFGGVCVILRASFESQGCP
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CCDS12 -------------VADQWEFKAPMSEPRVLHAMVGAGGRIYALGGRMDHVDRCFDVL---
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CCDS12 AVEYYVPETDQWTSVSPMRAGQSEAGCCLLERKIYIVGGYNWRLNNVTGIVQVYNTDTDE
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CCDS12 WERDLH--FPESFAGIACAPVLLPRAGTRR
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pF1KA1 MAGDVEGFCSSIHDTSVSAGFRALYEEGLLLDVTLVIEDHQ
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CCDS13 MAEEQEFTQLCKLPAQPSHPHCVNNTYRSAQHSQALLRGLLALRDSGILFDVVLVVEGRH
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CCDS13 IEAHRILLAASCDYFRGMFAGGLKEMEQEEVLIHGVSYNAMCQILHFIYTSELELSLSNV
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CCDS13 QETLVAACQLQIPEIIHFCCDFLMSWVDEENILDVYRLAELF--DLSRLTEQLDTYILKN
130 140 150 160 170
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pF1KA1 FVPLMSRPDFLSYLSFEKLMSYLDNDHLSRFPEIELYEAVQSW------LRHDRRRWRHT
:: . :: : : .::..: :....: : :.::.. . .. :. ..
CCDS13 FVAF-SRTDKYRQLPLEKVYSLLSSNRLEVSCETEVYEGALLYHYSLEQVQADQISLHEP
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pF1KA1 DTIIQNIRFCLMTPTSVFEKVKTSEFYRYSRQLRYEVDQALNYFQNVHQQPLLDMKSSRI
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CCDS13 PKLLETVRFPLME-AEVLQRLHDKL---DPSPLRDTVASALMYHRNESLQPSLQSPQTEL
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pF1KA1 RSAKPQTTVFRGMIGHSMVNSKILLLKK---PRV--WWELEGPQVP-LRPDCLAIVNNFV
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CCDS13 RSDFQCVVGFGGI--HSTPSTVLSDQAKYLNPLLGEWKHFTASLAPRMSNQGIAVLNNFV
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CCDS13 YLIGGDN-NVQG-FRAESRCWRYDPRHNRWFQIQSLQQEHADLSVCVVGRYIYAVAGRDY
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CCDS13 HNDLNAVERYDPATNSWAYVAPLKREVYAHAGATLEGKMYITCGRRGEDYLKETHCYDPG
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CCDS13 FDNSSED
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]