Result of FASTA (ccds) for
pFN21AA1625
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA1625, 757 aa
1>>>pF1KA1625 757 - 757 aa - 757 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.3138+/-0.00101; mu= 15.5341+/- 0.060
mean_var=108.5254+/-21.112, 0's: 0 Z-trim(108.0): 98 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.123114
statistics sampled from 9831 (9935) to 9831 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.676), E-opt: 0.2 (0.305), width: 16
Scan time: 3.050
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS34690.1 SMURF1 gene_id:57154|Hs108|chr7 ( 757) 5212 937.2 0
CCDS32707.1 SMURF2 gene_id:64750|Hs108|chr17 ( 748) 3539 640.1 3.9e-183
CCDS34689.1 SMURF1 gene_id:57154|Hs108|chr7 ( 731) 3194 578.8 1.1e-164
CCDS58769.1 ITCH gene_id:83737|Hs108|chr20 ( 752) 1403 260.7 6.3e-69
CCDS13234.1 ITCH gene_id:83737|Hs108|chr20 ( 862) 1403 260.7 7e-69
CCDS58768.1 ITCH gene_id:83737|Hs108|chr20 ( 903) 1403 260.7 7.2e-69
CCDS58477.1 WWP2 gene_id:11060|Hs108|chr16 ( 431) 1375 255.5 1.3e-67
CCDS58476.1 WWP2 gene_id:11060|Hs108|chr16 ( 754) 1375 255.7 2e-67
CCDS10885.1 WWP2 gene_id:11060|Hs108|chr16 ( 870) 1375 255.7 2.2e-67
CCDS6242.1 WWP1 gene_id:11059|Hs108|chr8 ( 922) 1368 254.5 5.5e-67
CCDS45876.1 NEDD4L gene_id:23327|Hs108|chr18 ( 834) 1348 250.9 5.9e-66
CCDS45875.1 NEDD4L gene_id:23327|Hs108|chr18 ( 854) 1348 250.9 6e-66
CCDS58632.1 NEDD4L gene_id:23327|Hs108|chr18 ( 911) 1348 251.0 6.4e-66
CCDS59323.1 NEDD4L gene_id:23327|Hs108|chr18 ( 947) 1348 251.0 6.5e-66
CCDS45873.1 NEDD4L gene_id:23327|Hs108|chr18 ( 955) 1348 251.0 6.6e-66
CCDS45874.1 NEDD4L gene_id:23327|Hs108|chr18 ( 967) 1348 251.0 6.7e-66
CCDS45872.1 NEDD4L gene_id:23327|Hs108|chr18 ( 975) 1348 251.0 6.7e-66
CCDS45265.1 NEDD4 gene_id:4734|Hs108|chr15 ( 900) 1340 249.5 1.7e-65
CCDS10156.1 NEDD4 gene_id:4734|Hs108|chr15 (1247) 1340 249.6 2.2e-65
CCDS61643.1 NEDD4 gene_id:4734|Hs108|chr15 (1303) 1340 249.7 2.2e-65
CCDS61644.1 NEDD4 gene_id:4734|Hs108|chr15 (1319) 1340 249.7 2.3e-65
CCDS77499.1 HECW2 gene_id:57520|Hs108|chr2 (1216) 1236 231.2 7.7e-60
CCDS33354.1 HECW2 gene_id:57520|Hs108|chr2 (1572) 1236 231.2 9.5e-60
CCDS69286.1 HECW1 gene_id:23072|Hs108|chr7 (1572) 1218 228.1 8.7e-59
CCDS5469.2 HECW1 gene_id:23072|Hs108|chr7 (1606) 1218 228.1 8.8e-59
CCDS35301.1 HUWE1 gene_id:10075|Hs108|chrX (4374) 1112 209.6 8.9e-53
CCDS5050.1 HACE1 gene_id:57531|Hs108|chr6 ( 909) 932 177.1 1.1e-43
CCDS32177.1 UBE3A gene_id:7337|Hs108|chr15 ( 852) 696 135.1 4.4e-31
CCDS45191.1 UBE3A gene_id:7337|Hs108|chr15 ( 872) 696 135.1 4.5e-31
CCDS45192.1 UBE3A gene_id:7337|Hs108|chr15 ( 875) 696 135.1 4.5e-31
CCDS34789.1 UBE3C gene_id:9690|Hs108|chr7 (1083) 634 124.2 1.1e-27
CCDS7274.1 HERC4 gene_id:26091|Hs108|chr10 (1049) 530 105.7 3.9e-22
CCDS41533.1 HERC4 gene_id:26091|Hs108|chr10 (1057) 530 105.7 3.9e-22
CCDS54777.1 HERC6 gene_id:55008|Hs108|chr4 ( 986) 529 105.5 4.2e-22
CCDS47098.1 HERC6 gene_id:55008|Hs108|chr4 (1022) 527 105.2 5.5e-22
CCDS34028.1 HERC3 gene_id:8916|Hs108|chr4 (1050) 526 105.0 6.3e-22
CCDS41971.1 AREL1 gene_id:9870|Hs108|chr14 ( 823) 500 100.3 1.3e-20
CCDS9129.1 UBE3B gene_id:89910|Hs108|chr12 (1068) 501 100.6 1.4e-20
CCDS3630.1 HERC5 gene_id:51191|Hs108|chr4 (1024) 481 97.0 1.6e-19
CCDS10021.1 HERC2 gene_id:8924|Hs108|chr15 (4834) 448 91.6 3.1e-17
CCDS64946.1 UBR5 gene_id:51366|Hs108|chr8 (2798) 366 76.9 4.9e-13
CCDS34933.1 UBR5 gene_id:51366|Hs108|chr8 (2799) 366 76.9 4.9e-13
CCDS63145.1 TRIP12 gene_id:9320|Hs108|chr2 (1722) 358 75.3 8.9e-13
CCDS33391.1 TRIP12 gene_id:9320|Hs108|chr2 (1992) 358 75.4 1e-12
CCDS63146.1 TRIP12 gene_id:9320|Hs108|chr2 (2040) 358 75.4 1e-12
CCDS45277.1 HERC1 gene_id:8925|Hs108|chr15 (4861) 349 74.1 6.1e-12
>>CCDS34690.1 SMURF1 gene_id:57154|Hs108|chr7 (757 aa)
initn: 5212 init1: 5212 opt: 5212 Z-score: 5007.3 bits: 937.2 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5212; 100.0% identity (100.0% similar) in 757 aa overlap (1-757:1-757)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MSNPGTRRNGSSIKIRLTVLCAKNLAKKDFFRLPDPFAKIVVDGSGQCHSTDTVKNTLDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 MSNPGTRRNGSSIKIRLTVLCAKNLAKKDFFRLPDPFAKIVVDGSGQCHSTDTVKNTLDP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 KWNQHYDLYVGKTDSITISVWNHKKIHKKQGAGFLGCVRLLSNAISRLKDTGYQRLDLCK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 KWNQHYDLYVGKTDSITISVWNHKKIHKKQGAGFLGCVRLLSNAISRLKDTGYQRLDLCK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA1 LNPSDTDAVRGQIVVSLQTRDRIGTGGSVVDCRGLLENEGTVYEDSGPGRPLSCFMEEPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 LNPSDTDAVRGQIVVSLQTRDRIGTGGSVVDCRGLLENEGTVYEDSGPGRPLSCFMEEPA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA1 PYTDSTGAAAGGGNCRFVESPSQDQRLQAQRLRNPDVRGSLQTPQNRPHGHQSPELPEGY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 PYTDSTGAAAGGGNCRFVESPSQDQRLQAQRLRNPDVRGSLQTPQNRPHGHQSPELPEGY
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA1 EQRTTVQGQVYFLHTQTGVSTWHDPRIPSPSGTIPGGDAAFLYEFLLQGHTSEPRDLNSV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 EQRTTVQGQVYFLHTQTGVSTWHDPRIPSPSGTIPGGDAAFLYEFLLQGHTSEPRDLNSV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA1 NCDELGPLPPGWEVRSTVSGRIYFVDHNNRTTQFTDPRLHHIMNHQCQLKEPSQPLPLPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 NCDELGPLPPGWEVRSTVSGRIYFVDHNNRTTQFTDPRLHHIMNHQCQLKEPSQPLPLPS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA1 EGSLEDEELPAQRYERDLVQKLKVLRHELSLQQPQAGHCRIEVSREEIFEESYRQIMKMR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 EGSLEDEELPAQRYERDLVQKLKVLRHELSLQQPQAGHCRIEVSREEIFEESYRQIMKMR
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA1 PKDLKKRLMVKFRGEEGLDYGGVAREWLYLLCHEMLNPYYGLFQYSTDNIYMLQINPDSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 PKDLKKRLMVKFRGEEGLDYGGVAREWLYLLCHEMLNPYYGLFQYSTDNIYMLQINPDSS
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA1 INPDHLSYFHFVGRIMGLAVFHGHYINGGFTVPFYKQLLGKPIQLSDLESVDPELHKSLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 INPDHLSYFHFVGRIMGLAVFHGHYINGGFTVPFYKQLLGKPIQLSDLESVDPELHKSLV
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA1 WILENDITPVLDHTFCVEHNAFGRILQHELKPNGRNVPVTEENKKEYVRLYVNWRFMRGI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 WILENDITPVLDHTFCVEHNAFGRILQHELKPNGRNVPVTEENKKEYVRLYVNWRFMRGI
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KA1 EAQFLALQKGFNELIPQHLLKPFDQKELELIIGGLDKIDLNDWKSNTRLKHCVADSNIVR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 EAQFLALQKGFNELIPQHLLKPFDQKELELIIGGLDKIDLNDWKSNTRLKHCVADSNIVR
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KA1 WFWQAVETFDEERRARLLQFVTGSTRVPLQGFKALQGSTGAAGPRLFTIHLIDANTDNLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 WFWQAVETFDEERRARLLQFVTGSTRVPLQGFKALQGSTGAAGPRLFTIHLIDANTDNLP
670 680 690 700 710 720
730 740 750
pF1KA1 KAHTCFNRIDIPPYESYEKLYEKLLTAVEETCGFAVE
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 KAHTCFNRIDIPPYESYEKLYEKLLTAVEETCGFAVE
730 740 750
>>CCDS32707.1 SMURF2 gene_id:64750|Hs108|chr17 (748 aa)
initn: 3320 init1: 1983 opt: 3539 Z-score: 3401.4 bits: 640.1 E(32554): 3.9e-183
Smith-Waterman score: 3813; 72.3% identity (83.1% similar) in 792 aa overlap (1-757:1-748)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MSNPGTRRNGSSIKIRLTVLCAKNLAKKDFFRLPDPFAKIVVDGSGQCHSTDTVKNTLDP
::::: :::: .:.::::::::::.:::::::::::::.::::::::::::::::::::
CCDS32 MSNPGGRRNGP-VKLRLTVLCAKNLVKKDFFRLPDPFAKVVVDGSGQCHSTDTVKNTLDP
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 KWNQHYDLYVGKTDSITISVWNHKKIHKKQGAGFLGCVRLLSNAISRLKDTGYQRLDLCK
:::::::::.::.::.:::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::
CCDS32 KWNQHYDLYIGKSDSVTISVWNHKKIHKKQGAGFLGCVRLLSNAINRLKDTGYQRLDLCK
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160
pF1KA1 LNPSDTDAVRGQIVVSLQTRDRIGTGGSVVDCRGLLENE------------GTVY-----
:.:.:.:.::::::::::.::::::::.:::: :..:. : .
CCDS32 LGPNDNDTVRGQIVVSLQSRDRIGTGGQVVDCSRLFDNDLPDGWEERRTASGRIQYLNHI
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200
pF1KA1 --------------EDSGPGRPLSCFMEEPAPYTDSTGAAAGGGNCRFVESPSQDQRLQA
: :.::::::::..: .: . ..::. : :.: ::
CCDS32 TRTTQWERPTRPASEYSSPGRPLSCFVDENTPISGTNGATCG---------QSSDPRLAE
180 190 200 210 220 230
210 220 230 240 250 260
pF1KA1 QRLRNPDVRGSLQTPQNRPHGHQSPELPEGYEQRTTVQGQVYFLHTQTGVSTWHDPRIPS
.:.:. :. . .: : : :.:::::::::: ::::::::::::::::::::.:
CCDS32 RRVRSQRHRNYM----SRTHLHTPPDLPEGYEQRTTQQGQVYFLHTQTGVSTWHDPRVP-
240 250 260 270 280
270 280 290 300 310 320
pF1KA1 PSGTIPGGDAAFLYEFLLQGHTSEPRDLNSVNCDELGPLPPGWEVRSTVSGRIYFVDHNN
:::...::.::::::::::.:.:..::.:::::::
CCDS32 -------------------------RDLSNINCEELGPLPPGWEIRNTATGRVYFVDHNN
290 300 310 320
330 340 350 360 370 380
pF1KA1 RTTQFTDPRL----HHIMNHQCQLKEPSQPLPLPSEGSLEDEELPAQRYERDLVQKLKVL
:::::::::: : ..:.: :::. .: . : . : : . ::.::::::::.:
CCDS32 RTTQFTDPRLSANLHLVLNRQNQLKDQQQQ-QVVSLCPDDTECLTVPRYKRDLVQKLKIL
330 340 350 360 370
390 400 410 420 430 440
pF1KA1 RHELSLQQPQAGHCRIEVSREEIFEESYRQIMKMRPKDLKKRLMVKFRGEEGLDYGGVAR
:.::: ::::::::::::::::::::::::.:::::::: ::::.:::::::::::::::
CCDS32 RQELSQQQPQAGHCRIEVSREEIFEESYRQVMKMRPKDLWKRLMIKFRGEEGLDYGGVAR
380 390 400 410 420 430
450 460 470 480 490 500
pF1KA1 EWLYLLCHEMLNPYYGLFQYSTDNIYMLQINPDSSINPDHLSYFHFVGRIMGLAVFHGHY
:::::: :::::::::::::: :.:: :::::::..::.:::::::::::::.:::::::
CCDS32 EWLYLLSHEMLNPYYGLFQYSRDDIYTLQINPDSAVNPEHLSYFHFVGRIMGMAVFHGHY
440 450 460 470 480 490
510 520 530 540 550 560
pF1KA1 INGGFTVPFYKQLLGKPIQLSDLESVDPELHKSLVWILENDITPVLDHTFCVEHNAFGRI
:.::::.::::::::: : :.:.: :::.::.::::::::::: ::::::::::::.:.:
CCDS32 IDGGFTLPFYKQLLGKSITLDDMELVDPDLHNSLVWILENDITGVLDHTFCVEHNAYGEI
500 510 520 530 540 550
570 580 590 600 610 620
pF1KA1 LQHELKPNGRNVPVTEENKKEYVRLYVNWRFMRGIEAQFLALQKGFNELIPQHLLKPFDQ
.::::::::...::.::::::::::::::::.::::::::::::::::.::::::: ::.
CCDS32 IQHELKPNGKSIPVNEENKKEYVRLYVNWRFLRGIEAQFLALQKGFNEVIPQHLLKTFDE
560 570 580 590 600 610
630 640 650 660 670 680
pF1KA1 KELELIIGGLDKIDLNDWKSNTRLKHCVADSNIVRWFWQAVETFDEERRARLLQFVTGST
::::::: :: :::.:::: :::::::. :::::.:::.::: ::::::::::::::::.
CCDS32 KELELIICGLGKIDVNDWKVNTRLKHCTPDSNIVKWFWKAVEFFDEERRARLLQFVTGSS
620 630 640 650 660 670
690 700 710 720 730 740
pF1KA1 RVPLQGFKALQGSTGAAGPRLFTIHLIDANTDNLPKAHTCFNRIDIPPYESYEKLYEKLL
:::::::::::: :::::::::: ::: :.::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 RVPLQGFKALQG---AAGPRLFTIHQIDACTNNLPKAHTCFNRIDIPPYESYEKLYEKLL
680 690 700 710 720 730
750
pF1KA1 TAVEETCGFAVE
::.:::::::::
CCDS32 TAIEETCGFAVE
740
>>CCDS34689.1 SMURF1 gene_id:57154|Hs108|chr7 (731 aa)
initn: 3194 init1: 3194 opt: 3194 Z-score: 3070.4 bits: 578.8 E(32554): 1.1e-164
Smith-Waterman score: 4972; 96.6% identity (96.6% similar) in 757 aa overlap (1-757:1-731)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MSNPGTRRNGSSIKIRLTVLCAKNLAKKDFFRLPDPFAKIVVDGSGQCHSTDTVKNTLDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 MSNPGTRRNGSSIKIRLTVLCAKNLAKKDFFRLPDPFAKIVVDGSGQCHSTDTVKNTLDP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 KWNQHYDLYVGKTDSITISVWNHKKIHKKQGAGFLGCVRLLSNAISRLKDTGYQRLDLCK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 KWNQHYDLYVGKTDSITISVWNHKKIHKKQGAGFLGCVRLLSNAISRLKDTGYQRLDLCK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA1 LNPSDTDAVRGQIVVSLQTRDRIGTGGSVVDCRGLLENEGTVYEDSGPGRPLSCFMEEPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 LNPSDTDAVRGQIVVSLQTRDRIGTGGSVVDCRGLLENEGTVYEDSGPGRPLSCFMEEPA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA1 PYTDSTGAAAGGGNCRFVESPSQDQRLQAQRLRNPDVRGSLQTPQNRPHGHQSPELPEGY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 PYTDSTGAAAGGGNCRFVESPSQDQRLQAQRLRNPDVRGSLQTPQNRPHGHQSPELPEGY
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA1 EQRTTVQGQVYFLHTQTGVSTWHDPRIPSPSGTIPGGDAAFLYEFLLQGHTSEPRDLNSV
:::::::::::::::::::::::::::: ::::::
CCDS34 EQRTTVQGQVYFLHTQTGVSTWHDPRIP--------------------------RDLNSV
250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KA1 NCDELGPLPPGWEVRSTVSGRIYFVDHNNRTTQFTDPRLHHIMNHQCQLKEPSQPLPLPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 NCDELGPLPPGWEVRSTVSGRIYFVDHNNRTTQFTDPRLHHIMNHQCQLKEPSQPLPLPS
280 290 300 310 320 330
370 380 390 400 410 420
pF1KA1 EGSLEDEELPAQRYERDLVQKLKVLRHELSLQQPQAGHCRIEVSREEIFEESYRQIMKMR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 EGSLEDEELPAQRYERDLVQKLKVLRHELSLQQPQAGHCRIEVSREEIFEESYRQIMKMR
340 350 360 370 380 390
430 440 450 460 470 480
pF1KA1 PKDLKKRLMVKFRGEEGLDYGGVAREWLYLLCHEMLNPYYGLFQYSTDNIYMLQINPDSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 PKDLKKRLMVKFRGEEGLDYGGVAREWLYLLCHEMLNPYYGLFQYSTDNIYMLQINPDSS
400 410 420 430 440 450
490 500 510 520 530 540
pF1KA1 INPDHLSYFHFVGRIMGLAVFHGHYINGGFTVPFYKQLLGKPIQLSDLESVDPELHKSLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 INPDHLSYFHFVGRIMGLAVFHGHYINGGFTVPFYKQLLGKPIQLSDLESVDPELHKSLV
460 470 480 490 500 510
550 560 570 580 590 600
pF1KA1 WILENDITPVLDHTFCVEHNAFGRILQHELKPNGRNVPVTEENKKEYVRLYVNWRFMRGI
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CCDS58 MLNKRPTLKDLESIDPEFYNSIVWIKENNLEECGLELYFIQDMEILGKVTTHELKEGGES
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CCDS58 IRVTEENKEEYIMLLTDWRFTRGVEEQTKAFLDGFNEVAPLEWLRYFDEKELELMLCGMQ
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CCDS58 EIDMSDWQKSTIYRHYTKNSKQIQWFWQVVKEMDNEKRIRLLQFVTGTCRLPVGGFAELI
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CCDS58 GSNG---PQKFCIDKVGKET-WLPRSHTCFNRLDLPPYKSYEQLREKLLYAIEETEGFGQ
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pF1KA1 E
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CCDS58 E
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CCDS58 SRHRQPVKNSGHSGLANGTVNDEPTTATDPEEPSVVGVTSPPAAPLSV---TPNPNTTSL
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CCDS58 PAPATPAEGEE-PSTSGTQQLPAAA-QAPDALPAGWEQRELPNGRVYYVDHNTKTTTWER
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CCDS58 PLPPGWEKRTDPRGRFYYVDHNTRTTTWQRPTAEYVRNYEQWQSQRNQLQGAMQHFSQRF
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CCDS58 LYQSSSA------STDHDPLGPLPPGWEKRQD-NGRVYYVNHNTRTTQWEDPRTQGMIQE
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