# 0 Query: pF1KE1305, 1360 aa
# 1 CCDS1836.1 MSH6 gene_id:2956|Hs108|chr2 (1360 aa)
# 2 CCDS62906.1 MSH6 gene_id:2956|Hs108|chr2 (1230 aa)
# 3 CCDS62907.1 MSH6 gene_id:2956|Hs108|chr2 (1058 aa)
# 4 CCDS34195.1 MSH3 gene_id:4437|Hs108|chr5 (1137 aa)
# 5 CCDS58709.1 MSH2 gene_id:4436|Hs108|chr2 (868 aa)
//
exp sw-scr id% from to
1 0 9062 100.0 1 1360
2 0 7874 90.4 1 1230
3 0 7032 100.0 1 1058
4 3.3e-20 1053 26.9 85 1101
5 8e-20 833 27.8 63 787
//
0 ( 1) MSRQSTLYSFFPKSPALSDANKASARASREGGRAAAAPGASPSPGGDAAWSEAGPGPRPL
1 ( 1) MSRQSTLYSFFPKSPALSDANKASARASREGGRAAAAPGASPSPGGDAAWSEAGPGPRPL
2 ( 1) MSRQSTLYSFFPKSPALSDANKASARASREGGRAAAAPGASPSPGGDAAWSEAGPGPRPL
3 ( -) ............................................................
4 ( -) ............................................................
5 ( -) ............................................................
//
0 ( 61) ARSASPPKAKNLNGGLRRSVAPAAPTSCDFSPGDLVWAKMEGYPWWPCLVYNHPFDGTFI
1 ( 61) ARSASPPKAKNLNGGLRRSVAPAAPTSCDFSPGDLVWAKMEGYPWWPCLVYNHPFDGTFI
2 ( 61) ARSASPPKAKNLNGGLRRSV----------------------------------------
3 ( -) ............................................................
4 ( -) ............................................................
5 ( -) ............................................................
//
0 ( 121) REKGKSVRVHVQFFDDSPTRGWVSKRLLKPYTGSKSKEAQKGGHFYSAKPEILRAMQRAD
1 ( 121) REKGKSVRVHVQFFDDSPTRGWVSKRLLKPYTGSKSKEAQKGGHFYSAKPEILRAMQRAD
2 ( -) ------------------------------------------------------------
3 ( -) ............................................................
4 ( -) ............................................................
5 ( -) ............................................................
//
0 ( 181) EALNKDKIKRLELAVCDEPSEPEEEEEMEVGTTYVTDKSEEDNEIESEEEVQPKTQGSRR
1 ( 181) EALNKDKIKRLELAVCDEPSEPEEEEEMEVGTTYVTDKSEEDNEIESEEEVQPKTQGSRR
2 ( 81) ------------------------------GTTYVTDKSEEDNEIESEEEVQPKTQGSRR
3 ( -) ............................................................
4 ( -) ............................................................
5 ( -) ............................................................
//
0 ( 241) SSRQIKKRRVISDSESDIGGSDVEFKPDTKEEGSSDEISSGVGDSESEGLNSPVKVARKR
1 ( 241) SSRQIKKRRVISDSESDIGGSDVEFKPDTKEEGSSDEISSGVGDSESEGLNSPVKVARKR
2 ( 111) SSRQIKKRRVISDSESDIGGSDVEFKPDTKEEGSSDEISSGVGDSESEGLNSPVKVARKR
3 ( -) ............................................................
4 ( 85) .......RRKKRPLEND-GPVKKKVKKVQQKEGGSDLGMSG--NSE------PKKCLRTR
5 ( -) ............................................................
//
0 ( 301) KRMVTGNGSLKRKSSRKETPSATKQATSISSETKNTLRAFSAPQNSESQAHVSGGGDDSS
1 ( 301) KRMVTGNGSLKRKSSRKETPSATKQATSISSETKNTLRAFSAPQNSESQAHVSGGGDDSS
2 ( 171) KRMVTGNGSLKRKSSRKETPSATKQATSISSETKNTLRAFSAPQNSESQAHVSGGGDDSS
3 ( 1) ..MVTGNGSLKRKSSRKETPSATKQATSISSETKNTLRAFSAPQNSESQAHVSGGGDDSS
4 ( 129) N-VSKSLEKLKEFCCDSALPQSRVQTESLQERFAVLPKCTDFDDISLLHAKNAVSSEDSK
5 ( -) ............................................................
//
0 ( 361) RPTVWYHETLEWLKEEKRRDEHRRRPDHPDFDASTLYVPEDFLNSC-TPGMRKWWQIKSQ
1 ( 361) RPTVWYHETLEWLKEEKRRDEHRRRPDHPDFDASTLYVPEDFLNSC-TPGMRKWWQIKSQ
2 ( 231) RPTVWYHETLEWLKEEKRRDEHRRRPDHPDFDASTLYVPEDFLNSC-TPGMRKWWQIKSQ
3 ( 59) RPTVWYHETLEWLKEEKRRDEHRRRPDHPDFDASTLYVPEDFLNSC-TPGMRKWWQIKSQ
4 ( 188) RQINQKDTTLFDLSQFGSSNT-----SHENLQKTASKSANKRSKSIYTPLELQYIEMKQQ
5 ( -) ............................................................
//
0 ( 420) NFDLVICYKVGKFYELYHMDALIGVSELGLV-FMKGNWAHSGFPEIAFGRYSDSLVQKGY
1 ( 420) NFDLVICYKVGKFYELYHMDALIGVSELGLV-FMKGNWAHSGFPEIAFGRYSDSLVQKGY
2 ( 290) NFDLVICYKVGKFYELYHMDALIGVSELGLV-FMKGNWAHSGFPEIAFGRYSDSLVQKGY
3 ( 118) NFDLVICYKVGKFYELYHMDALIGVSELGLV-FMKGNWAHSGFPEIAFGRYSDSLVQKGY
4 ( 243) HKDAVLCVECGYKYRFFGEDAEIAARELNIYCHLDHNFMTASIPTHRLFVHVRRLVAKGY
5 ( -) ............................................................
//
0 ( 479) KVARVEQTETPEMM---EARC----RKMAHISKYDRVVRREICRIITKGTQTYSVLEGDP
1 ( 479) KVARVEQTETPEMM---EARC----RKMAHISKYDRVVRREICRIITKGTQTYSVLEGDP
2 ( 349) KVARVEQTETPEMM---EARC----RKMAHISKYDRVVRREICRIITKGTQTYSVLEGDP
3 ( 177) KVARVEQTETPEMM---EARC----RKMAHISKYDRVVRREICRIITKGTQTYSVLEGDP
4 ( 303) KVGVVKQTETAALKAIGDNRSSLFSRKLTALYTKSTLIGEDVNPLI-KLDDAVNVDEI-M
5 ( 63) .................................................SQFEDILFGNN
//
0 ( 532) SENYSKYLLSLKEKEEDSSGHTRA---YGVCFVDTSLGKFFIGQFSDDRHCSRFRTLVAH
1 ( 532) SENYSKYLLSLKEKEEDSSGHTRA---YGVCFVDTSLGKFFIGQFSDDRHCSRFRTLVAH
2 ( 402) SENYSKYLLSLKEKEEDSSGHTRA---YGVCFVDTSLGKFFIGQFSDDRHCSRFRTLVAH
3 ( 230) SENYSKYLLSLKEKEEDSSGHTRA---YGVCFVDTSLGKFFIGQFSDDRHCSRFRTLVAH
4 ( 361) TDTSTSYLLCISENKENVRDKKKGNIFIGIVGVQPATGEVVFDSFQDSASRSELETRMSS
5 ( 74) DMSASIGVVGVKMSAVDGQ---RQ---VGVGYVDSIQRKLGLCEFPDNDQFSNLEALLIQ
//
0 ( 589) YPPVQVLFEKGNLSKETKTILKSSLSCSLQEGLIP----GSQFWDASKTLRTLLEEEYFR
1 ( 589) YPPVQVLFEKGNLSKETKTILKSSLSCSLQEGLIP----GSQFWDASKTLRTLLEEEYFR
2 ( 459) YPPVQVLFEKGNLSKETKTILKSSLSCSLQEGLIP----GSQFWDASKTLRTLLEEEYFR
3 ( 287) YPPVQVLFEKGNLSKETKTILKSSLSCSLQEGLIP----GSQFWDASKTLRTLLEEEYFR
4 ( 421) LQPVELLLPSA-LSEQTEALIHRATSVSVQDDRIRVERMDNIYFEYSHAFQAVTE---FY
5 ( 128) IGPKECVLPGGETAGDM-----GKLRQIIQRGGIL----ITERKKADFSTKDIYQD----
//
0 ( 645) EKLSDGIGVMLPQVLKGMTSESDSIGLTPGEKSELALSALGGCVFYLKKCLIDQELLSM-
1 ( 645) EKLSDGIGVMLPQVLKGMTSESDSIGLTPGEKSELALSALGGCVFYLKKCLIDQELLSM-
2 ( 515) EKLSDGIGVMLPQVLKGMTSESDSIGLTPGEKSELALSALGGCVFYLKKCLIDQELLSM-
3 ( 343) EKLSDGIGVMLPQVLKGMTSESDSIGLTPGEKSELALSALGGCVFYLKKCLIDQELLSM-
4 ( 477) AK--DTVDIKGSQIISGI------VNL---EKP--VICSLAAIIKYLKEFNLEKMLSKP-
5 ( 175) ----------LNRLLKGKKGEQMNSAVLPEMENQVAVSSLSAVIKFL-------ELLSDD
//
0 ( 704) ANFEEYIPLDSDTVSTTRSGAIFTKAYQRMVLDAVTLNNLEIFLNGTNGSTEGT--LLER
1 ( 704) ANFEEYIPLDSDTVSTTRSGAIFTKAYQRMVLDAVTLNNLEIFLNGTNGSTEGT--LLER
2 ( 574) ANFEEYIPLDSDTVSTTRSGAIFTKAYQRMVLDAVTLNNLEIFLNGTNGSTEGT--LLER
3 ( 402) ANFEEYIPLDSDTVSTTRSGAIFTKAYQRMVLDAVTLNNLEIFLNGTNGSTEGT--LLER
4 ( 523) ENFKQ-----------------LSSKMEFMTINGTTLRNLEILQNQTDMKTKGS--LLWV
5 ( 218) SNFGQFELTTFD----------FS---QYMKLDIAAVRALNLF-QGSVEDTTGSQSLAAL
//
0 ( 762) VDTCHTPFGKRLLKQWLCAPLCNHYAINDRLDAIEDLMVVPDKI-SEVVE--LLKKLPDL
1 ( 762) VDTCHTPFGKRLLKQWLCAPLCNHYAINDRLDAIEDLMVVPDKI-SEVVE--LLKKLPDL
2 ( 632) VDTCHTPFGKRLLKQWLCAPLCNHYAINDRLDAIEDLMVVPDKI-SEVVE--LLKKLPDL
3 ( 460) VDTCHTPFGKRLLKQWLCAPLCNHYAINDRLDAIEDLMVVPDKI-SEVVE--LLKKLPDL
4 ( 564) LDHTKTSFGRRKLKKWVTQPLLKLREINARLDAVSEVLHSESSVFGQIEN--HLRKLPDI
5 ( 264) LNKCKTPQGQRLVNQWIKQPLMDKNRIEERLNLVEAF-VEDAEL-RQTLQEDLLRRFPDL
//
0 ( 819) ERLLSKIHNVGSPLKS--------QNHPDS-RAIMYEETTYSKKKIIDFLSALEGFKV-M
1 ( 819) ERLLSKIHNVGSPLKS--------QNHPDS-RAIMYEETTYSKKKIIDFLSALEGFKV-M
2 ( 689) ERLLSKIHNVGSPLKS--------QNHPDS-RAIMYEETTYSKKKIIDFLSALEGFKV-M
3 ( 517) ERLLSKIHNVGSPLKS--------QNHPDS-RAIMYEETTYSKKKIIDFLSALEGFKV-M
4 ( 622) ERGLCSIYH--KKCST--------QEF------FLIVKTLYHLKS--EFQA---------
5 ( 322) NRLAKKFQRQAANLQDCYRLYQGINQLPNVIQALEKHEGKHQKLLLAVFVTPLTDLRSDF
//
0 ( 869) CKIIGIMEEVADGFKSKILKQVISLQTKNPEGRFPDLTVELNRWDTAFDHEKARKTGLIT
1 ( 869) CKIIGIMEEVADGFKSKILKQVISLQTKNPEGRFPDLTVELNRWDTAFDHEKARKTGLIT
2 ( 739) CKIIGIMEEVADGFKSKILKQVISLQTKNPEGRFPDLTVELNRWDTAFDHEKARKTGLIT
3 ( 567) CKIIGIMEEVADGFKSKILKQVISLQTKNPEGRFPDLTVELNRWDTAFDHEKARKTGLIT
4 ( 655) -----IIPAVNSHIQSDLLRTVI-LE-------IPELLSPVEHYLKILN-EQAAKVGDKT
5 ( 382) SKFQEMIETTLD------MDQVENHEFLVKPSFDPNLS-ELR--EIMNDLEKKMQSTLIS
//
0 ( 929) PKAGFDSDYDQALADIRENE-QSLLE----YLEKQRNRIGCRTIVYWGIGRNRYQLEIPE
1 ( 929) PKAGFDSDYDQALADIRENE-QSLLE----YLEKQRNRIGCRTIVYWGIGRNRYQLEIPE
2 ( 799) PKAGFDSDYDQALADIRENE-QSLLE----YLEKQRNRIGCRTIVYWGIGRNRYQLEIPE
3 ( 627) PKAGFDSDYDQALADIRENE-QSLLE----YLEKQRNRIGCRTIVYWGIGRNRYQLEIPE
4 ( 701) EL--FKDLSDFPLIKKRKDEIQGVIDEIRMHLQEIRKILKNPSAQYVTVSGQEFMIEI-K
5 ( 433) --AARDLGLDPG-KQIKLDS-SAQFG----YYF----RVTCKE---EKVLRNN------K
//
0 ( 984) NFTTRNLPEEYELKSTKKGCKRYWTKTIEKKLANLINAEERRDVSLKDCMRR---LFYNF
1 ( 984) NFTTRNLPEEYELKSTKKGCKRYWTKTIEKKLANLINAEERRDVSLKDCMRR---LFYNF
2 ( 854) NFTTRNLPEEYELKSTKKGCKRYWTKTIEKKLANLINAEERRDVSLKDCMRR---LFYNF
3 ( 682) NFTTRNLPEEYELKSTKKGCKRYWTKTIEKKLANLINAEERRDVSLKDCMRR---LFYNF
4 ( 758) NSAVSCIPTDWVKVGSTKAVSRFHSPFI---VENYRHLNQLREQLVLDCSAEWLDFLEKF
5 ( 472) NFSTVDIQ-----KNGVKFTNSKLTSLNEEYTKNKTEYEEAQDAIVKEIV--------NI
//
0 ( 1041) DKNY-KDWQSAVECIAVLDVLLCLANYSRGGDGPMCRPVILLPEDTPPFLELKGSRHPCI
1 ( 1041) DKNY-KDWQSAVECIAVLDVLLCLANYSRGGDGPMCRPVILLPEDTPPFLELKGSRHPCI
2 ( 911) DKNY-KDWQSAVECIAVLDVLLCLANYSRGGDGPMCRPVILLPEDTPPFLELKGSRHPCI
3 ( 739) DKNY-KDWQSAVECIAVLDVLLCLANYSRGGDGPMCRPVILLPEDTPPFLELKGSRHPCI
4 ( 815) SEHY-HSLCKAVHHLATVDCIFSLAKVAKQGD--YCRPTV--QEERK--IVIKNGRHPVI
5 ( 519) SSGYVEPMQTLNDVLAQLDAVVSFAHVSNGAPVPYVRPAIL--EKGQGRIILKASRHACV
//
0 ( 1100) TKTFFG--DD--FIPNDILIGCEEEEQENGKAYCVLVTGPNMGGKSTLMRQAGLLAVMAQ
1 ( 1100) TKTFFG--DD--FIPNDILIGCEEEEQENGKAYCVLVTGPNMGGKSTLMRQAGLLAVMAQ
2 ( 970) TKTFFG--DD--FIPNDILIGCEEEEQENGKAYCVLVTGPNMGGKSTLMRQAGLLAVMAQ
3 ( 798) TKTFFG--DD--FIPNDILIGCEEEEQENGKAYCVLVTGPNMGGKSTLMRQAGLLAVMAQ
4 ( 868) D-VLLGEQDQ--YVPNNTDLS-EDSER------VMIITGPNMGGKSSYIKQVALITIMAQ
5 ( 577) E---VQ--DEIAFIPNDVYF-------EKDKQMFHIITGPNMGGKSTYIRQTGVIVLMAQ
//
0 ( 1156) MGCYVPAEVCRLTPIDRVFTRLGASDRIMSGESTFFVELSETASILMHATAHSLVLVDEL
1 ( 1156) MGCYVPAEVCRLTPIDRVFTRLGASDRIMSGESTFFVELSETASILMHATAHSLVLVDEL
2 ( 1026) MGCYVPAEVCRLTPIDRVFTRLGASDRIMSGESTFFVELSETASILMHATAHSLVLVDEL
3 ( 854) MGCYVPAEVCRLTPIDRVFTRLGASDRIMSGESTFFVELSETASILMHATAHSLVLVDEL
4 ( 918) IGSYVPAEEATIGIVDGIFTRMGAADNIYKGQSTFMEELTDTAEIIRKATSQSLVILDEL
5 ( 625) IGCFVPCESAEVSIVDCILARVGAGDSQLKGVSTFMAEMLETASILRSATKDSLIIIDEL
//
0 ( 1216) GRGTATFDGTAIANAVVKELAETIKCRTLFSTHYHSLVE---DYSQNVAVRLGHMACMV-
1 ( 1216) GRGTATFDGTAIANAVVKELAETIKCRTLFSTHYHSLVE---DYSQNVAVRLGHMACMV-
2 ( 1086) GRGTATFDGTAIANAVVKELAETIKCRTLFSTHYHSLVE---DYSQNVAVRLGHMACMV-
3 ( 914) GRGTATFDGTAIANAVVKELAETIKCRTLFSTHYHSLVE---DYSQNVAVRLGHMACMV-
4 ( 978) GRGTSTHDGIAIAYATLEYFIRDVKSLTLFVTHYPPVCELEKNYSHQVGNY--HMGFLVS
5 ( 685) GRGTSTYDGFGLAWAISEYIATKIGAFCMFATHFHELTA---LANQIPTVNNLHVTALT-
//
0 ( 1272) ENECE-DPSQ-----ETITFLYKFIKGACPKSYGFNAARLANLPEEVIQKGHRKAREFEK
1 ( 1272) ENECE-DPSQ-----ETITFLYKFIKGACPKSYGFNAARLANLPEEVIQKGHRKAREFEK
2 ( 1142) ENECE-DPSQ-----ETITFLYKFIKGACPKSYGFNAARLANLPEEVIQKGHRKAREFEK
3 ( 970) ENECE-DPSQ-----ETITFLYKFIKGACPKSYGFNAARLANLPEEVIQKGHRKAREFEK
4 ( 1036) EDESKLDPGAAEQVPDFVTFLYQITRGIAARSYGLNVAKLADVPGEILKKAAHKSKELEG
5 ( 741) --------TE-----ETLTMLYQVKKGVCDQSFGIHVAELANFPKHVIECAKQKALELEE
//
0 ( 1326) MNQSLRLFREVCLASERSTVDAEAVHKLLTLIKEL
1 ( 1326) MNQSLRLFREVCLASERSTVDAEAVHKLLTLIKEL
2 ( 1196) MNQSLRLFREVCLASERSTVDAEAVHKLLTLIKEL
3 ( 1024) MNQSLRLFREVCLASERSTVDAEAVHKLLTLIKEL
4 ( 1096) LINTKR.............................
5 ( -) ...................................
//