Multiple alignment for pF1KA0868
Check alignment(s).
#  0    Query: pF1KA0868, 1331 aa
#  1    CCDS5889.1 CNTNAP2 gene_id:26047|Hs108|chr7    (1331 aa)
#  2    CCDS46401.1 CNTNAP5 gene_id:129684|Hs108|chr2    (1306 aa)
#  3    CCDS73915.1 CNTNAP4 gene_id:85445|Hs108|chr16    (1308 aa)
#  4    CCDS6616.1 CNTNAP3 gene_id:79937|Hs108|chr9    (1288 aa)
#  5    CCDS75836.1 CNTNAP3B gene_id:728577|Hs108|chr9    (1288 aa)

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        exp       sw-scr    id%      from      to
   1    0           9171  100.0         1    1331
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   3    0           4411   48.4         6    1307
   4    3.2e-217    4214   47.0         2    1287
   5    1.2e-215    4174   46.9         2    1287

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   0  (    1)    MQAAPRAGCGAALLLWIVSSCL----CRAWT--APSTSQKCDEPLVSGLPHVAFSSSSSI
   1  (    1)    MQAAPRAGCGAALLLWIVSSCL----CRAWT--APSTSQKCDEPLVSGLPHVAFSSSSSI
   2  (   25)    ...................................ATNYNCDDPLASLLSPMAFSSSSDL
   3  (    6)    .........GAVLKTLLLLSTQ----NWNRV--EAGNSYDCDDPLVSALPQASFSSSSEL
   4  (    2)    ...........ASVAWAVLKVLLLLPTQTWSPVGAGNPPDCDAPLASALPRSSFSSSSEL
   5  (    2)    ...........ASVAWAVLKVLLLLPTQTWSPVGAGNPPDCDSPLASALPRSSFSSSSEL

//
                                                                             
   0  (   55)    SGSYSPGYAKINKRGGAGGWSPSDSDHYQWLQVDFGNRKQISAIATQGRYSSSDWVTQYR
   1  (   55)    SGSYSPGYAKINKRGGAGGWSPSDSDHYQWLQVDFGNRKQISAIATQGRYSSSDWVTQYR
   2  (   50)    TGTHSP--AQLNWRVGTGGWSPADSNAQQWLQMDLGNRVEITAVATQGRYGSSDWVTSYS
   3  (   51)    SSSHGPGFARLNRRDGAGGWSPLVSNKYQWLQIDLGERMEVTAVATQGGYGSSNWVTSYL
   4  (   51)    SSSHGPGFSRLNRRDGAGGWTPLVSNKYQWLQIDLGERMEVTAVATQGGYGSSDWVTSYL
   5  (   51)    SSSHGPGFSRLNRRDGAGGWTPLVSNKYQWLQIDLGERMEVTAVATQGGYGSSDWVTSYL

//
                                                                             
   0  (  115)    MLYSDTGRNWKPYHQDGNIWAFPGNINSDGVVRHELQHPIIARYVRIVPLDWNGEGRIGL
   1  (  115)    MLYSDTGRNWKPYHQDGNIWAFPGNINSDGVVRHELQHPIIARYVRIVPLDWNGEGRIGL
   2  (  108)    LMFSDTGRNWKQYKQEDSIWTFAGNMNADSVVHHKLLHSVRARFVRFVPLEWNPSGKIGM
   3  (  111)    LMFSDSGWNWKQYRQEDSIWGFSGNANADSVVYYRLQPSIKARFLRFIPLEWNPKGRIGM
   4  (  111)    LMFSDGGRNWKQYRREESIWGFPGNTNADSVVHYRLQPPFEARFLRFLPLAWNPRGRIGM
   5  (  111)    LMFSDGGRNWKQYRREESIWGFPGNTNADSVVHYRLQPPFEARFLRFLPLAWNPRGRIGM

//
                                                                             
   0  (  175)    RIEVYGCSYWADVINFDGHVVLPYRFRNKKMKTLKDVIALNFKTSESEGVILHGEGQQGD
   1  (  175)    RIEVYGCSYWADVINFDGHVVLPYRFRNKKMKTLKDVIALNFKTSESEGVILHGEGQQGD
   2  (  168)    RVEVYGCSYKSDVADFDGRSSLLYRFNQKLMSTLKDVISLKFKSMQGDGVLFHGEGQRGD
   3  (  171)    RIEVFGCAYRSEVVDLDGKSSLLYRFDQKSLSPIKDIISLKFKTMQSDGILLHREGPNGD
   4  (  171)    RIEVYGCAYKSEVVYFDGQSALLYRLDKKPLKPIRDVISLKFKAMQSNGILLHREGQHGN
   5  (  171)    RIEVYGCAYKSEVVYFDGQSALLYTLDKKPLKPIRDVISLKFKAMQSNGILLHREGQHGN

//
                                                                             
   0  (  235)    YITLELKKAKLVLSLNLGSNQLGPIYGHTSVMTGSLLDDHHWHSVVIERQGRSINLTLDR
   1  (  235)    YITLELKKAKLVLSLNLGSNQLGPIYGHTSVMTGSLLDDHHWHSVVIERQGRSINLTLDR
   2  (  228)    HITLELQKGRLALHLNLGDSKARLSSSLPSATLGSLLDDQHWHSVLIERVGKQVNFTVDK
   3  (  231)    HITLQLRRARLFLLINSGEAKLPSTSTLVNLTLGSLLDDQHWHSVLIQRLGKQVNFTVDE
   4  (  231)    HITLELIKGKLVFFLNSGNAKLPSTIAPVTLTLGSLLDDQHWHSVLIELLDTQVNFTVDK
   5  (  231)    HITLELIKGKLVFFLNSGNAKLPSTIAPVTLTLGSLLDDQHWHSVLIELLDTQVNFTVDK

//
                                                                             
   0  (  295)    SMQHFRTNGEFDYLDLDYEITFGGIPFSGKPSSSSRKNFKGCMESINYNGVNITDLARRK
   1  (  295)    SMQHFRTNGEFDYLDLDYEITFGGIPFSGKPSSSSRKNFKGCMESINYNGVNITDLARRK
   2  (  288)    HTQHFRTKGETDALDIDYELSFGGIPVPGKPGTFLKKNFHGCIENLYYNGVNIIDLAKRR
   3  (  291)    HRHHFHARGEFNLMNLDYEISFGGIPAPGKSVSFPHRNFHGCLENLYYNGVDIIDLAKQQ
   4  (  291)    HTHHFQAKGDSSYLDLNFEISFGGIPTPGRSRAFRRKSFHGCLENLYYNGVDVTELAKKH
   5  (  291)    HTHHFQAKGDSSNLDLNFEISFGGILSPGRSRAFTRKSFHGCLENLYYNGVDVTELAKKH

//
                                                                             
   0  (  355)    KLEPSNVGNLSFSCVEPYTVPV-FFNAT-SYLEVPGRLNQDLFSVSFQFRTWNPNGLLVF
   1  (  355)    KLEPSNVGNLSFSCVEPYTVPV-FFNAT-SYLEVPGRLNQDLFSVSFQFRTWNPNGLLVF
   2  (  348)    KHQIYT-GNVTFSCSEPQIVPITFVNSSGSYLLLPGTPQIDGLSVSFQFRTWNKDGLLLS
   3  (  351)    KPQIIAMGNVSFSCSQPQSMPVTFLSSR-SYLALPDFSGEEEVSATFQFRTWNKAGLLLF
   4  (  351)    KPQILMMGNVSFSCPQPQTVPVTFLSSR-SYLALPGNSGEDKVSVTFQFRTWNRAGHLLF
   5  (  351)    KPQILMMGNVSFSCPQPQTVPVTFLSSR-SYLALPGNSGEDKVSVTFQFRTWNRAGHLLF

//
                                                                             
   0  (  413)    SHFADNLGNVEIDLTESKVGVHINITQTKMSQ--IDISSGSGLNDGQWHEVRFLAKENFA
   1  (  413)    SHFADNLGNVEIDLTESKVGVHINITQTKMSQ--IDISSGSGLNDGQWHEVRFLAKENFA
   2  (  407)    TELSEGSGTLLLSL---EGGI-LRLVIQKMTERVAEILTGSNLNDGLWHSVSINARRNRI
   3  (  410)    SELQLISGGILLFLSDGKL--KSNLYQPGKLP--SDITAGVELNDGQWHSVSLSAKKNHL
   4  (  410)    GELRRGSGSFVLFLKDGK--LKLSLFQPGQSP--RNVTAGAGLNDGQWHSVSFSAKWSHM
   5  (  410)    GELQRGSGSFVLFLKDGK--LKLSLFQAGQSP--RNVTAGAGLNDGQWHSVSFSAKWSHM

//
                                                                             
   0  (  471)    ILTIDGDEASAVRTNSPLQVKTGEKYFFGGFLNQMNNSSHSVLQP--SFQGCMQLIQVDD
   1  (  471)    ILTIDGDEASAVRTNSPLQVKTGEKYFFGGFLNQMNNSSHSVLQP--SFQGCMQLIQVDD
   2  (  463)    TLTLDDEAAPPAPDSTWVQIYSGNSYYFGGCPDNLTDSQ--CLNPIKAFQGCMRLIFIDN
   3  (  466)    SVAVDGQMASAAPLLGPEQIYSGGTYYFGGCPDKSFGSKCKSPLG--GFQGCMRLISISG
   4  (  466)    NVVVDDD--TAVQPLVAVLIDSGDTYYFGGCLDNSSGSGCKSPLG--GFQGCLRLITIGD
   5  (  466)    NVVVDDD--TAVQPLVAVLIDSGDTYYFGGCLGNSSGSGCKSPLG--GFQGCLRLITIGD

//
                                                                             
   0  (  529)    QLVNLYEVAQRKPGSFANVSIDMCAIIDRCVPNHCEHGGKCSQTWDSFKCTCDETGYSGA
   1  (  529)    QLVNLYEVAQRKPGSFANVSIDMCAIIDRCVPNHCEHGGKCSQTWDSFKCTCDETGYSGA
   2  (  521)    QPKDLISVQQGSLGNFSDLHIDLCSIKDRCLPNYCEHGGSCSQSWTTFYCNCSDTSYTGA
   3  (  524)    KVVDLISVQQGSLGNFSDLQIDSCGISDRCLPNYCEHGGECSQSWSTFHCNCTNTGYRGA
   4  (  522)    KAVDPILVQQGALGSFRDLQIDSCGITDRCLPSYCEHGGECSQSWDTFSCDCLGTGYTGE
   5  (  522)    KAVDPILVQQGALGSFRDLQIDSCGITDRCLPSYCEHGGECSQSWDTFSCDCLGTGYTGE

//
                                                                             
   0  (  589)    TCHNSIYEPSCEAYKHLGQTSNYYWIDPDGSGPLGPLKVYCNMTEDKVWTIVSHDLQMQT
   1  (  589)    TCHNSIYEPSCEAYKHLGQTSNYYWIDPDGSGPLGPLKVYCNMTEDKVWTIVSHDLQMQT
   2  (  581)    TCHNSIYEQSCEVYRHQGNTAGFFYIDSDGSGPLGPLQVYCNITEDKIWTSVQHNNTELT
   3  (  584)    TCHNSIYEQSCEAYKHRGNTSGFYYIDSDGSGPLEPFLLYCNMTET-AWTIIQHNGSDLT
   4  (  582)    TCHSSLYEQSCEAHKHRGNPSGLYYIDADGSGPLGPFLVYCNMTADAAWTVVQHGGPDAV
   5  (  582)    TCHSSLYEQSCEAHKHRGNPSGLYYIDADGSGPLGPFLVYCNMTADSAWTVVRHGGPDAV

//
                                                                             
   0  (  649)    PVVGY-NPEKYSVTQLVYSASMDQISAITDSAEYCEQYVSYFCKMSRLLNTPDGSPYTWW
   1  (  649)    PVVGY-NPEKYSVTQLVYSASMDQISAITDSAEYCEQYVSYFCKMSRLLNTPDGSPYTWW
   2  (  641)    RVRGA-NPEKPYAMALDYGGSMEQLEAVIDGSEHCEQEVAYHCRRSRLLNTPDGTPFTWW
   3  (  643)    RVRNT-NPENPYAGFFEYVASMEQLQATINRAEHCEQEFTYYCKKSRLVNKQDGTPLSWW
   4  (  642)    TLRGAPSGHPRSAVSFAYAAGAGQLRSAVNLAERCEQRLALRCGTARRPDSRDGTPLSWW
   5  (  642)    TLRGAPSGHPLSAVSFAYAAGAGQLRAAVNLAERCEQRLALRCGTARRPDSRDGTPLSWW

//
                                                                             
   0  (  708)    VGKANEKHYYWGGSGPGIQKCACGIERNCTDPKYYCNCDADYKQWRKDAGFLSYKDHLPV
   1  (  708)    VGKANEKHYYWGGSGPGIQKCACGIERNCTDPKYYCNCDADYKQWRKDAGFLSYKDHLPV
   2  (  700)    IGRSNERHPYWGGSPPGVQQCECGLDESCLDIQHFCNCDADKDEWTNDTGFLSFKDHLPV
   3  (  702)    VGRTNETQTYWGGSSPDLQKCTCGLEGNCIDSQYYCNCDADRNEWTNDTGLLAYKEHLPV
   4  (  702)    VGRTNETHTSWGGSLPDAQKCTCGLEGNCIDSQYYCNCDAGRNEWTSDTIVLSQKEHLPV
   5  (  702)    VGRTNETHTSWGGSLPDAQKCTCGLEGNCIDSQYYCNCDAGQNEWTSDTIVLSQKEHLPV

//
                                                                             
   0  (  768)    SQVVVGDTDRQGSEAKLSVGPLRCQGDRNYWNAASFPNPSSYLHFSTFQGETSADISFYF
   1  (  768)    SQVVVGDTDRQGSEAKLSVGPLRCQGDRNYWNAASFPNPSSYLHFSTFQGETSADISFYF
   2  (  760)    TQIVITDTDRSNSEAAWRIGPLRCYGDRRFWNAVSFYTEASYLHFPTFHAEFSADISFFF
   3  (  762)    TKIVITDTGRLHSEAAYKLGPLLCQGDRSFWNSASFDTEASYLHFPTFHGELSADVSFFF
   4  (  762)    TQIVMTDAGRPHSEAAYTLGPLLCRGDQSFWNSASFNTETSYLHFPAFHGELTADVCFFF
   5  (  762)    TQIVMTDTGQPHSEADYTLGPLLCRGDKSFWNSASFNTETSYLHFPAFHGELTADVCFFF

//
                                                                             
   0  (  828)    KTLTPWGVFLENMGKEDFIKLELKSATEVSFSFDVGNGPVEIVVRSPTPLNDDQWHRVTA
   1  (  828)    KTLTPWGVFLENMGKEDFIKLELKSATEVSFSFDVGNGPVEIVVRSPTPLNDDQWHRVTA
   2  (  820)    KTTALSGVFLENLGIKDFIRLEISSPSEITFAIDVGNGPVELVVQSPSLLNDNQWHYVRA
   3  (  822)    KTTASSGVFLENLGIADFIRIELRSPTVVTFSFDVGNGPFEISVQSPTHFNDNQWHHVRV
   4  (  822)    KTTVSSGVFMENLGITDFIRIELRAPTEVTFSFDVGNGPCEVTVQSPTPFNDNQWHHVRA
   5  (  822)    KTTVSSGVFMENLGITDFIRIELRAPTEVTFSFDVGNGPCEVTVQSPTPFNDNQWHHVRA

//
                                                                             
   0  (  888)    ERNVKQASLQVDRLPQQIRKAPTEGHTRLELYSQLFVGG-AGG-QQGFLGCIRSLRMNGV
   1  (  888)    ERNVKQASLQVDRLPQQIRKAPTEGHTRLELYSQLFVGG-AGG-QQGFLGCIRSLRMNGV
   2  (  880)    ERNLKETSLQVDNLPRSTRETSEEGHFRLQLNSQLFVGG-TSSRQKGFLGCIRSLHLNGQ
   3  (  882)    ERNMKEASLQVDQLTPKTQPAPADGHVLLQLNSQLFVGGTATR-QRGFLGCIRSLQLNGM
   4  (  882)    ERNVKGASLQVDQLPQKMQPAPADGHVRLQLNSQLFIGGTATR-QRGFLGCIRSLQLNGV
   5  (  882)    ERNVKGASLQVDQLPQKMQPAPADGHVRLQLNSQLFIGGTATR-QRGFLGCIRSLQLNGV

//
                                                                             
   0  (  946)    TLDLEERAKVTSGFISGCSGHCTSYGTNCENGGKCLERYHGYSCDCSNTAYDGTFCNKDV
   1  (  946)    TLDLEERAKVTSGFISGCSGHCTSYGTNCENGGKCLERYHGYSCDCSNTAYDGTFCNKDV
   2  (  939)    KMDLEERAKVTSGVRPGCPGHCSSYGSICHNGGKCVEKHNGYLCDCTNSPYEGPFCKKEV
   3  (  941)    TLDLEERAQVTPEVQPGCRGHCSSYGKLCRNGGKCRERPIGFFCDCTFSAYTGPFCSNEI
   4  (  941)    ALDLEERATVTPGVEPGCAGHCSTYGHLCRNGGRCREKRRGVTCDCAFSAYDGPFCSNEI
   5  (  941)    ALDLEERATVTPGVEPGCAGHCSTYGHLCRNGGRCREKRRGVTCDCAFSAYDGPFCSNEI

//
                                                                             
   0  ( 1006)    GAFFEEGMWLRYNFQAP---ATNARDSSSRV--DNAPDQQNSHPD--LAQEEIRFSFSTT
   1  ( 1006)    GAFFEEGMWLRYNFQAP---ATNARDSSSRV--DNAPDQQNSHPD--LAQEEIRFSFSTT
   2  (  999)    SAVFEAGTSVTYMFQEPYPVTKNISLSSSAIYTDSAPSKEN-----------IALSFVTT
   3  ( 1001)    SAYFGSGSSVIYNFQEN---YLLSKNSSSHA--------ASFHGDMKLSREMIKFSFRTT
   4  ( 1001)    SAYFATGSSMTYHFQEH---YTLSENSSSLV--SSL------HRDVTLTREMITLSFRTT
   5  ( 1001)    SAYFATGSSMTYHFQEH---YTLSENSSSLV--SSL------HRDVTLTREMITLSFRTT

//
                                                                             
   0  ( 1059)    KAPCILLYISSFTTDFLAVLVKPTGSLQIRYNLGGTREPYNIDVDHRNMANGQPHSVNIT
   1  ( 1059)    KAPCILLYISSFTTDFLAVLVKPTGSLQIRYNLGGTREPYNIDVDHRNMANGQPHSVNIT
   2  ( 1048)    QAPSLLLFINSSSQDFVVVLLCKNGSLQVRYHLN-KEETHVFTIDADNFANRRMHHLKIN
   3  ( 1050)    RTPSLLLFVSSFYKEYLSVIIAKNGSLQIRYKLNKYQEPDVVNFDFKNMADGQLHHIMIN
   4  ( 1050)    RTPSLLLYVSSFYEEYLSVILANNGSLQIRYKLDRHQNPDAFTFDFKNMADGQLHQVKIN
   5  ( 1050)    RTPSLLLYVSSFYEEYLSVILANNGSLQIRYKLDRHQNPDAFTFDFKNMADGQLHQVKIN

//
                                                                             
   0  ( 1119)    RHEKTIFLKLDHYPSVSYHLPSSSDTLFNSPKSLFLGKVIETGKIDQEIHKYNTPGFTGC
   1  ( 1119)    RHEKTIFLKLDHYPSVSYHLPSSSDTLFNSPKSLFLGKVIETGKIDQEIHKYNTPGFTGC
   2  ( 1107)    REGRELTIQMDQQLRLSYNF--SPEVEFRVIRSLTLGKVTENLGLDSEVAKANAMGFAGC
   3  ( 1110)    REEGVVFIEIDDNRRRQVHL--SSGTEFSAVKSLVLGRILEHSDVDQDTALAGAQGFTGC
   4  ( 1110)    REEAVVMVEVNQ--STKKQVILSSGTEFNAVKSLILGKVLEAAGADPDTRRAATSGFTGC
   5  ( 1110)    REEAVVMVEVNQ--SAKKQVILSSGTEFNAVKSLILGKVLEAAGADPDTRRAATSGFTGC

//
                                                                             
   0  ( 1179)    LSRVQFNQIAPLKAALRQTNASAHVHIQGELVE-SNCGASPLTLSPMSSATDPWHLDHLD
   1  ( 1179)    LSRVQFNQIAPLKAALRQTNASAHVHIQGELVE-SNCGASPLTLSPMSSATDPWHLDHLD
   2  ( 1165)    MSSVQYNHIAPLKAALRHATV-APVTVHGTLTE-SSCGF--MVDSDVNAVTT------VH
   3  ( 1168)    LSAVQLSHVAPLKAALHPSHPDP-VTVTGHVTE-SSCMAQPGTDATSRERTHSFA-DH--
   4  ( 1168)    LSAVRFGRAAPLKAALRPSGPS-RVTVRGHVAPMARCAAGAASGSPARELAPRLAGGAGR
   5  ( 1168)    LSAVRFGCAAPLKAALRPSGPS-RVTVRGHVAPMARCAAGAASGSP-ARELAP-RLA--G

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   0  ( 1238)    SASADFPYNPGQGQAIRNGVNRNSAIIGGVIAVVIFTILCTLVFLIRYMFRHKGTYHTNE
   1  ( 1238)    SASADFPYNPGQGQAIRNGVNRNSAIIGGVIAVVIFTILCTLVFLIRYMFRHKGTYHTNE
   2  ( 1215)    SSSDPFG-KTDEREPLTNAVRSDSAVIGGVIAVVIFIIFCIIGIMTRFLYQHKQSHRTSQ
   3  ( 1223)    SGTID-DREP-----LANAIKSDSAVIGGLIAVVIFILLCITAIAVR-IYQQKRLYKRSE
   4  ( 1227)    SGPAD------EGEPLVNADRRDSAVIGGVIAVVIFILLCITAIAIR-IYQQRKLRKENE
   5  ( 1223)    GAGRSGPVD--EGEPLVNADRRDSAVIGGVIAVEIFILLCITAIAIR-IYQQRKLRKENE

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   0  ( 1298)    AKGAESAESADAAIMNNDPNFTETIDESKKEWLI
   1  ( 1298)    AKGAESAESADAAIMNNDPNFTETIDESKKEWLI
   2  ( 1274)    MKEKEYPENLDSSF-RNEIDLQNTVSECKREYFI
   3  ( 1276)    AKRSENVDSAEA-VLKSELNIQNAVNENQKEYF.
   4  ( 1280)    SKVSKKEE..........................
   5  ( 1280)    SKVSKKEE..........................

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