Manual PowerGet PowerMatch DataPreparation
データの準備
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PowerMatchでの解析には、PowerFTでステップ4:Peak Assigmentまで解析したデータを使用します。
PowerFTで解析したデータファイルは、以下のようなフォルダ構成になっています。
/ホームディレクトリ |- SAMPLE01_(FTMS_+_c_ESI_Full_ms_[100.00-1500.00]).txt (フルマススキャンデータの例) |- SAMPLE01_(ITMS_+_c_ESI_d_Full_ms2).txt (MS/MSスキャンデータの例) |-/Analysis |-/ NewAnalysis ※ (解析フォルダの例) | |- _files | |- _setting.txt | |- ... | |-/ Analysis2 ※ (複数の解析フォルダを作成した場合の例) 図1 PowerFTホームディレクトリとPowerFT解析フォルダの構成
PowerMatchでは、解析するPowerFTデータを設定する際に、上記※で示した解析フォルダを指定します。
データのバックアップ
PowerMatchでは、PowerFTの解析フォルダを直接利用して解析を行うことができます。ただし、PowerFTデータのアノテーション情報を編集するなど、PowerMatch上でPowerFTに変更を加えた場合、解析フォルダ中のデータが直接上書きされてしまいます。
通常はこれで問題がありませんが、ごく稀に、もとのデータが書き換わったことによって、PowerMatchからもPowerFTからも、解析データが開けない状況になる例が報告されています。このような状況を防ぐために、PowerMatchで解析を始める際は、必ずPowerFTデータのバックアップ(コピー)を作成し、PowerMatchで使用するものとは別に保管してください。
またPowerMatchの解析中でも、できるだけ定期的に、PowerMatchとPowerFT双方のホームディレクトリをバックアップすることをお勧めします。
サンプルセットの作成
PowerGetを起動した後、PowerMatchボタンを押すと、PowerMatchのメイン画面が表示されます。
メニューから を選択します。
ディレクトリを選択するダイアログが表示されるので、適当なディレクトリを選択した後
ボタンを押します。このディレクトリが、PowerMatchのホームディレクトリとなります。右図のようなSample Settingウィンドウが現れます。
Title欄(必須)に、適当なセット名を記入します。(Descriptionは空欄で構いません。)
その後以下の要領で、ひとつずつPowerFT解析データを登録してゆきます。
- 1)Analysis Dir欄のフォルダアイコンをクリックして、PowerFT解析ディレクトリ(上述の※)を選択します。
- 2)Title Label欄に、このデータにつける名前を入力します。この名前は、解析テーブルの列名や、出力データのファイル名などとしても使用されるので、比較するデータを判別しやすい名前にしてください。
- 3)MS/MS Group Index欄に、「0」を記入します。
- 4) ボタンを押します。
上記の操作を行うと、Samples欄の各行に、使いしたデータが表示されます。
1)~4)の要領で必要なデータを追加してください。
データの追加が終わったら、 ボタンを押してウィンドウを閉じます。メイン画面にサンプルセットの情報が表示されます。
指定するPowerFT解析ディレクトリについて
PowerFT解析ディレクトリはPowerFTのホームディレクトリの配下にあります(図1)。 通常PowerMatchのサンプルセットを作成する際は、PowerFTのホームディレクトリごとバックアップ(コピー)をとって、その中の解析ディレクトリを指定します。
一方、下記の機能制限はありますが、PowerFTホームディレクトリのコピーは作らず、PowerFTの解析ディレクトリだけコピーを作り、それを使用することも可能です。
Powerホームディレクトリには、PowerFTで解析したマスクロマトグラムの巨大なデータが存在するため(図1)、多数のサンプルをアラインメントする場合には、比較的容量の少ない解析ディレクトリだけをコピーした方が、扱いやすいかも知れません。
機能制限
PowerMatchにはPowerFTで検出したピークの周辺のマスクロマトグラムを表示する機能があります。PowerFT解析ディレクトリがPowerFTホームディレクトリの配下に存在しない場合、この機能が無効になります。
サンプルセットの再編集
Sample Setが選択された状態で、
メニュー を選択すると、Sample Settingウィンドウが開きます。途中でサンプルデータを追加したい場合などは、必要に応じて以下のように編集を行ってください。サンプルデータの追加
サンプルセットを新規に作成したときと同様に、PowerFT解析ディレクトリの選択、ラベルの記入、MS/MS Group Indexに0を記入し、
ボタンを押してください。既存サンプルデータの編集
- 1)編集したいサンプルデータの行を選択し、PowerFT解析ディレクトリの選択や、ラベル等を変更します。
- 2) ボタンを押して確定します。
ボタンを押さないと、編集内容が保存されませんので、ご注意ください。
既存サンプルデータの編集
- 1)編集したいサンプルデータの行を選択します。
- 2) ボタンを押します。
その他
アラインメントに使用しないデータ
サンプルセットには登録したけれども、アラインメントに使用しないサンプルデータは、Samples欄のValidの列をクリックしてチェックを外すことにより、その後のアラインメントから一時的に除外することができます。
MS/MS Group Indexについて
PowerMatchではピークのアラインメントを行う際、MS/MSのフラグメントパターンが一致してるかどうかを考慮することができます。この評価は、MS/MS Group Indexに同一の数字が記入されているサンプルデータ間で行われます。
たとえば、ポジティブモードで取得したデータ群とネガティブモードで取得したデータ群では、MS/MSのパターンも異なってくる可能性があります。このような場合、ポジティブモードのデータには0、ネガティブモードのデータには1を設定することで、ポジティブとネガティブの間でのMS/MSパターンの一致は評価せず、ポジティブデータ内、ネガティブデータ内だけでそれぞれ評価が行われます。
MS/MS Group Indexを変更するには、以下のいずれかの操作を行ってください。
- 個々のデータ行を選択してMS/MS Group Index欄に数値を記入し、 ボタンを押す。
- あるいは、
- Ctrlボタンを押しながらSamples欄の複数の行を選択し、Set MS/MS Group Index for selected samples as:の欄に数値を入力した後、 ボタンを押す。