Manual PowerGet PowerMatch AlignmentTable

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= アラインメントテーブル =
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アラインメントテーブルは、アラインメントした結果を表形式で表示します。このテーブルを通じて、ピークやアラインメントのアノテーションをしたり、ピークを探したり、サンプル間でのさらなる比較解析や多変量解析のためにピーク情報を出力したりします。さらに、自動的にアラインメントされた結果が気に入らない場合、手作業でそれを修正することまでできます。
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ここでは、アラインメントテーブルの見方を解説します。
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== アラインメントテーブルの表示方法 ==
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アライメントテーブルは、以下の方法で表示することができます。
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=== 新規にアラインメントする ===
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{{Link|Manual_PowerGet_PowerMatch_PeakAlignment|ピークのアラインメント}}に従って{{Menu|Analysis}}メニューの{{Menu|Do Alignment}}を実行すると、新規にアラインメントが行われ、アラインメント結果が表示されます。
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=== アラインメント結果を呼び出す ===
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アラインメントテーブルの{{Menu|File}}メニューで{{Menu|Save Alignment}}を行うと、アラインメントおよびその編集結果が保存されます。一度保存したデータは以下の方法で呼び出すことができます。
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PowerMatchメインウィンドウでホームディレクトリを選択した後、{{Menu|Analysis}}メニューの{{Menu|Load Alignment}}を選択します。
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※ここで誤って{{Menu|Do Alignment}}を選択してしまうと再度アラインメントが開始されてしまい、これまでの編集内容が失われてしまいますので、十分にご注意ください。
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== 列の構成 ==
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アラインメントテーブルの左側には、アラインメントの集計結果（ピーク強度の平均値など）を表示する列がいくつかあります。それに続けて右側には、各サンプルのピーク情報を表示する列がサンプルの数だけ存在します。サンプルのピーク情報を表示する列の各セルには、数字が２段で記載されており、緑、青、赤の小さな四角が描かれています。
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=== 表のソート ===
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各列のヘッダーをクリックするとヘッダー部分に「▲」マークが現れ、セルの内容が昇順にソートされます。もう一度クリックすると「▼」になり降順にソートされます。さらにもう一度クリックすると元に戻ります。
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=== 表示する列の選択 ===
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{{Menu|Setting}}メニューの{{Menu|Table Columns...}}を選択すると、右図の様な画面が表示されます。Validのチェックをオン・オフすることで、アラインメントテーブル上での列の表示をオン・オフできます。
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また、行を選択して{{Button|▲}}または{{Button|▼}}ボタンを押すと、その行が上下に移動します。アラインメントテーブルでは、この順番で左側から列が表示されることになります。
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※ただし「No.」の列はValid以外選択できず、表示順の変更もできません。必ず先頭（表の左端）に表示されます。
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{{Button|Apply}}ボタンをクリックすると設定内容が表に反映されます。
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==== 列の意味 ====
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{| class="wikitable"
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! No.
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| アラインメント番号。現在表示されているアラインメントの順を表すものなので、フィルターをかけると変わることにご注意ください。
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! RT. Ave. (min)
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|溶出時間の平均値(min)
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!（準備中）
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== サンプル列のセル（ピーク） ==
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各サンプルのピークを表すセルは、右図のように表示されています。
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2段になっている下の数字は検出されたピークのm/z値、上の数字はイオン化状態を考慮して予測される化合物の分子量を示しています。
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小さな四角の意味は以下です。
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{| class="wikitable"
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!青
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|MS/MSが取れているピーク
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!赤
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|13C同位体ピークが見つかったピーク
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!緑
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|PowerFTのPeak Selectionでinvalidだとしたピーク
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|}
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セル全体は、赤または緑で色分けされています。赤はvalidピーク、緑はinvalidピークで、その濃さはピークの強度（Base Peak Intensity:モノアイソトピックイオンの強度）を意味しています。
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セルをダブルクリックするとセル全体が青くなります。この機能はアラインメントを修正する際や、MS/MSフラグメントのパターンを比較する際に使用します。青いセルをもう一度ダブルクリックすると、元に戻ります。
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=== セルの表示内容の設定 ===
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{{Menu|Setting}}メニューの{{Menu|Display Options}}で、セルの表示内容を変更できます。
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チェックされている項目が、セル内に順に表示されます。セルの高さは、Row Heightで行数として設定できます。行数を1に設定すると、セルの色づけは行われません。
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Color Strengthは、セルの色強度を表しており、各サンプルの最強強度のピークを基準に、以下のように計算されます。
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強度[0～255 の256階調] = 255 *(ピーク強度 / (最強強度 / Color Strength設定値))
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※結果が255を超える場合は255に。
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この結果、「最強強度ピークのColor Strength分の１」以上の値を持つピークが、最強の色強度255で表されることになります。
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{{Button|OK}}を押すと設定が反映されます。
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== ピーク/アラインメント情報の閲覧 ==
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各ツールを使ってピークやアラインメントの様々な詳細情報を見ることができます。多くのツールは、ツールを起動した後にアラインメントテーブル内をクリックすることで、クリックしたピークやアラインメントの結果をツール内に表示します。１）テーブルの行を「アラインメント列の上で」クリックするとアラインメントの結果が表示され、２）サンプル列の上でピークをクリックするとピークの情報が表示されます。
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以下の解説では、１）の動作は「アラインメントをクリックする」、２）の動作は「ピークをクリックする」と表記します。
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実際にはクリックするだけでなく、アラインメントテーブル上でカーソルキーにより選択セルを移動した場合も、ツール上にそのセルに応じた情報が表示されます。
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ほとんどのツールには、Stay on topというチェックボックスがついています。これをチェックすると、画面の最前部に常に表示されるようになります。
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=== Peak Details: ピーク/アラインメントの詳細情報表示 ===
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{{Menu|Window}}メニューの{{Menu|Peak Details}}をクリックするとツールが起動します。その後、アラインメントまたはピークをクリックしてください。
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精密質量、溶出時間、イオン化状態、13C/12C比、データベース検索結果、アノテーション情報など、詳細情報が表示されます。
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アラインメントをクリックした場合、数値についてはアラインメントされたピークの平均値が表示されます。
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=== MS/MS View: MS/MSフラグメントの表示 ===
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{{Menu|Window}}メニューの{{Menu|MS/MS View}}の{{Menu|Selected Peak and Alignment}}をクリックするとツールが起動します。その後、アラインメントまたはピークをクリックしてください。
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縦軸は強度、横軸はm/z値を表しています。デフォルトでは、強度は最大強度のイオンピークを1000とした相対値で示されています。
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下部のチェックボックスは以下を意味しています。
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{| class="wikitable"
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|-
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!Selected Peak
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|（赤線）クリックしたピークのMS/MS。アラインメントをクリックしたときは表示されない。
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|-
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!Alignment
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|（オレンジ線）アラインメントされたピークの平均化されたMS/MS。
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|-
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!All peaks
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|アラインメントされたその他のピークのMS/MS全部。ピークごとに異なる配色で描かれる。
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|}
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また、画面上の緑色の点線は、MS/MSでたたかれた親イオンのm/zを示しています。
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==== 表示設定 ====
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（準備中）
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==== フラグメントの推定 ====
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（準備中）
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==== ニュートラルロスからのフラグメント生成の推定 ====
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（準備中）
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==== MassBankへの検索 ====
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（準備中）

2013年4月27日 (土) 08:29時点における最新版

メイン  > PowerGetマニュアル  > PowerMatch

アラインメントテーブル

目次


アラインメントテーブルは、アラインメントした結果を表形式で表示します。このテーブルを通じて、ピークやアラインメントのアノテーションをしたり、ピークを探したり、サンプル間でのさらなる比較解析や多変量解析のためにピーク情報を出力したりします。さらに、自動的にアラインメントされた結果が気に入らない場合、手作業でそれを修正することまでできます。


ここでは、アラインメントテーブルの見方を解説します。

アラインメントテーブルの表示方法

アライメントテーブルは、以下の方法で表示することができます。

新規にアラインメントする

ピークのアラインメントに従ってAnalysisメニューのDo Alignmentを実行すると、新規にアラインメントが行われ、アラインメント結果が表示されます。

アラインメント結果を呼び出す

アラインメントテーブルのFileメニューでSave Alignmentを行うと、アラインメントおよびその編集結果が保存されます。一度保存したデータは以下の方法で呼び出すことができます。

PowerMatchメインウィンドウでホームディレクトリを選択した後、AnalysisメニューのLoad Alignmentを選択します。


※ここで誤ってDo Alignmentを選択してしまうと再度アラインメントが開始されてしまい、これまでの編集内容が失われてしまいますので、十分にご注意ください。

列の構成

アラインメントテーブルの左側には、アラインメントの集計結果（ピーク強度の平均値など）を表示する列がいくつかあります。それに続けて右側には、各サンプルのピーク情報を表示する列がサンプルの数だけ存在します。サンプルのピーク情報を表示する列の各セルには、数字が２段で記載されており、緑、青、赤の小さな四角が描かれています。

表のソート

各列のヘッダーをクリックするとヘッダー部分に「▲」マークが現れ、セルの内容が昇順にソートされます。もう一度クリックすると「▼」になり降順にソートされます。さらにもう一度クリックすると元に戻ります。

表示する列の選択

SettingメニューのTable Columns...を選択すると、右図の様な画面が表示されます。Validのチェックをオン・オフすることで、アラインメントテーブル上での列の表示をオン・オフできます。

また、行を選択して▲または▼ボタンを押すと、その行が上下に移動します。アラインメントテーブルでは、この順番で左側から列が表示されることになります。

※ただし「No.」の列はValid以外選択できず、表示順の変更もできません。必ず先頭（表の左端）に表示されます。

Applyボタンをクリックすると設定内容が表に反映されます。

列の意味

No. アラインメント番号。現在表示されているアラインメントの順を表すものなので、フィルターをかけると変わることにご注意ください。
RT. Ave. (min) 溶出時間の平均値(min)
（準備中）

サンプル列のセル（ピーク）

各サンプルのピークを表すセルは、右図のように表示されています。

2段になっている下の数字は検出されたピークのm/z値、上の数字はイオン化状態を考慮して予測される化合物の分子量を示しています。

小さな四角の意味は以下です。

青 MS/MSが取れているピーク
赤 13C同位体ピークが見つかったピーク
緑 PowerFTのPeak Selectionでinvalidだとしたピーク

セル全体は、赤または緑で色分けされています。赤はvalidピーク、緑はinvalidピークで、その濃さはピークの強度（Base Peak Intensity:モノアイソトピックイオンの強度）を意味しています。


セルをダブルクリックするとセル全体が青くなります。この機能はアラインメントを修正する際や、MS/MSフラグメントのパターンを比較する際に使用します。青いセルをもう一度ダブルクリックすると、元に戻ります。


セルの表示内容の設定

SettingメニューのDisplay Optionsで、セルの表示内容を変更できます。

チェックされている項目が、セル内に順に表示されます。セルの高さは、Row Heightで行数として設定できます。行数を1に設定すると、セルの色づけは行われません。


Color Strengthは、セルの色強度を表しており、各サンプルの最強強度のピークを基準に、以下のように計算されます。

強度[0～255 の256階調] = 255 *(ピーク強度 / (最強強度 / Color Strength設定値)) ※結果が255を超える場合は255に。

この結果、「最強強度ピークのColor Strength分の１」以上の値を持つピークが、最強の色強度255で表されることになります。

OKを押すと設定が反映されます。

ピーク/アラインメント情報の閲覧

各ツールを使ってピークやアラインメントの様々な詳細情報を見ることができます。多くのツールは、ツールを起動した後にアラインメントテーブル内をクリックすることで、クリックしたピークやアラインメントの結果をツール内に表示します。１）テーブルの行を「アラインメント列の上で」クリックするとアラインメントの結果が表示され、２）サンプル列の上でピークをクリックするとピークの情報が表示されます。

以下の解説では、１）の動作は「アラインメントをクリックする」、２）の動作は「ピークをクリックする」と表記します。

実際にはクリックするだけでなく、アラインメントテーブル上でカーソルキーにより選択セルを移動した場合も、ツール上にそのセルに応じた情報が表示されます。

ほとんどのツールには、Stay on topというチェックボックスがついています。これをチェックすると、画面の最前部に常に表示されるようになります。

Peak Details: ピーク/アラインメントの詳細情報表示

WindowメニューのPeak Detailsをクリックするとツールが起動します。その後、アラインメントまたはピークをクリックしてください。

精密質量、溶出時間、イオン化状態、13C/12C比、データベース検索結果、アノテーション情報など、詳細情報が表示されます。

アラインメントをクリックした場合、数値についてはアラインメントされたピークの平均値が表示されます。

MS/MS View: MS/MSフラグメントの表示

WindowメニューのMS/MS ViewのSelected Peak and Alignmentをクリックするとツールが起動します。その後、アラインメントまたはピークをクリックしてください。

縦軸は強度、横軸はm/z値を表しています。デフォルトでは、強度は最大強度のイオンピークを1000とした相対値で示されています。


下部のチェックボックスは以下を意味しています。

Selected Peak （赤線）クリックしたピークのMS/MS。アラインメントをクリックしたときは表示されない。
Alignment （オレンジ線）アラインメントされたピークの平均化されたMS/MS。
All peaks アラインメントされたその他のピークのMS/MS全部。ピークごとに異なる配色で描かれる。

また、画面上の緑色の点線は、MS/MSでたたかれた親イオンのm/zを示しています。

表示設定

（準備中）

フラグメントの推定

（準備中）

ニュートラルロスからのフラグメント生成の推定

（準備中）

MassBankへの検索

（準備中）

「http://www.kazusa.or.jp/komics/wiki/ja/index.php?title=Manual_PowerGet_PowerMatch_AlignmentTable&oldid=708」より作成
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