Manual PowerGet PowerFT Menu Main

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== File ==
 
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=== MS Correction by IS ===
 
=== MS Correction by IS ===
  
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ポストカラムインジェクションにより導入された内部標準（IS）のピークを用いて、<span class="km_glossary">[[Manual_PowerGet_Glossary#ScanPoint|スキャンポイント]]</span>ごとにのm/zの補正を行います。補正の必要がないデータは、この処理をする必要はありません。
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ポストカラムインジェクションにより導入された内部標準（IS）のピークを用いて、<span class="km_glossary">[[Manual_PowerGet_Glossary#ScanPoint|スキャンポイント]]</span>ごとにm/zの補正を行います。補正の必要がないデータは、この処理をする必要はありません。
  
 
ここで作成したデータは、Peak Assignment機能で使用します。
 
ここで作成したデータは、Peak Assignment機能で使用します。
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溶出時間が近くピーク形状が似ているピークを探し、<span class="km_glossary">[[Manual_PowerGet_Glossary#Deconvolution|デコンボリューション]]</span>を行います。その後、<span class="km_glossary">[[Manual_PowerGet_Glossary#13CIsotopePeak|13Cアイソトープピーク]]</span>の検出、<span class="km_glossary">[[Manual_PowerGet_Glossary#IonAdducts|イオン付加体]]</span>の推定、<span class="km_glossary">[[Manual_PowerGet_Glossary#MultivalentPeak|多価体ピーク]]</span>や<span class="km_glossary">[[Manual_PowerGet_Glossary#GhostPeak|ゴーストピーク]]</span>の推定などを行います。
 
溶出時間が近くピーク形状が似ているピークを探し、<span class="km_glossary">[[Manual_PowerGet_Glossary#Deconvolution|デコンボリューション]]</span>を行います。その後、<span class="km_glossary">[[Manual_PowerGet_Glossary#13CIsotopePeak|13Cアイソトープピーク]]</span>の検出、<span class="km_glossary">[[Manual_PowerGet_Glossary#IonAdducts|イオン付加体]]</span>の推定、<span class="km_glossary">[[Manual_PowerGet_Glossary#MultivalentPeak|多価体ピーク]]</span>や<span class="km_glossary">[[Manual_PowerGet_Glossary#GhostPeak|ゴーストピーク]]</span>の推定などを行います。
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=== Peak Assignment ===
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全ピークについて、精密質量の算出、13C/12C比の算出、代表MS/MSデータの付加を行います。また、全ピークに対し、組成式演算やデータベース検索を行いながら、ピークのアノテーション作業を行うことができます。
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<p class="km_tips_area"><span class="km_tips_title">TIPS</span> 繰り返し分析やコントロールとの比較データが存在する場合は、ここで単独の分析データごとにアノテーションをするよりも、PowerMatchでアラインメントをした後にアノテーションすることをお勧めします。ピークの再現性などをみることで、どのピークに注目したら良いかがわかりやすく、作業がしやすいためです。</p>
  
 
== Setting ==
 
== Setting ==
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13Cアイソトープピークやイオン付加体の種類を判別するための設定を行います。
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<p class="km_warn_area"><span class="km_warn_title">注意！</span>
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このSettingメニューで設定した内容は、新規解析データに使用されるデフォルトの設定として、<span class="km_strong_red">PowerGet起動ファイルと同フォルダにある「config」フォルダ中の「ionizationMode.ini」に保存されます</span>。
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PowerFTで解析を開始すると、このデフォルト設定ファイルが、それぞれの解析ホームディレクトリ中にコピーされ、その解析独自の設定として使用されます。特定の解析データに対してだけ設定値を変更したい場合は、このSettingメニューからではなく、Peak Characterizationのステップでの設定画面から編集するようにしてください。また、一度設定値を用いてキャラクター付けを行った後には、設定値の変更は行わないようにしてください。設定変更した場合は、Peak Characterizationからやり直す必要があります。
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<span id="IonizationModeSetting"></span>
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=== Ionization Modes ===
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イオン付加体の種類とその質量値を設定します。データベース検索に使用するマス値（Search mass, 正味のマス値）が、検出されたマス値からどのように算出されるかを定義します。
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例えば[M + H]+イオンの場合、正味のマス値は検出されたm/zよりもHが一つ少なく、e（電子）が一つ多いものとして定義します。また右の図では[M + NH4]+の例を示しています。
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設定を変更した場合は、必ずSaveボタンを押してください。また、この設定を用いてAdduct Ionsの設定を行う場合は、PowerFTを再起動してください。
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<span id="AdductIonSetting"></span>
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=== Adduct Ions ===
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13Cアイソトープピークの検出やイオン付加体の推定は、溶出時間が近くピーク形状が似ているピーク間での、m/zの差分から判断されます。この設定画面では、そのm/zの差分値と判断条件を設定します。
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Detection conditions（判断条件）の欄では、ピーク強度やm/zの大小で、親（Base）となるピークと、子（Target）となるピークが一意に決まる条件を設定します。
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Definition of the ionization modes（イオン化モードの定義）の欄では、BaseとTargetそれぞれで、そのイオン化モード（イオン付加体の種類）を設定します。
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As Defaultは、Peak Assignmentの行程で設定するデフォルトのイオン化モードを指します。また、Never Searchは現在意味を持たず、As Defaultと同じ動作となります。
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設定の変更を行った場合は必ずSaveボタンを押して設定を確定してください。またこの設定を用いて解析を行う際は、必ずPowerFTを再起動してください。
  
 
== Tool ==
 
== Tool ==
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分析するデータファイルの前処理や、単独で使えるデータ閲覧ツール、計算ツールなどが収められています。
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=== File Converter ===
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ReAdWツールを使って、Xcaliburの.rawファイルから変換された.mzXML形式のファイルがあれば、これをPowerFT入力用のテキストファイルに変換することができます。
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=== Crop Data ===
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溶出時間の範囲やシグナルの最小値を設定して、データを足切りするツールです。
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=== Remove Noise ===
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ホワイトノイズ（ランダムに出現するシグナル）や、溶出時間中にずっと検出されるノイズ（IS like Noiseと呼んでいます）を除去するツールです。
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=== View Chromat. ===
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PowerGet入力ファイル（Full MSファイル）を開き、二次元のクロマトグラムを表示するツールです。出現ピークの全体像を見るときに使います。
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=== Ion Distribution ===
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PowerGet入力ファイルの全イオンを対象に、シグナル強度の頻度分布や平均値などを集計するツールです。どの程度の足切り値が妥当かを考える参考などに。
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=== MF Searcher ===
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質量値から組成式を高速に推定したり、各種化合物データベースに質量値での検索をしたりすることができるツールです。PowerFT、PowerMatchでのアノテーションの段階で使われますが、質量値を手で入力することで、単体ツールとしても使えます。
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=== Centroidization ===
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現在使えません。
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=== UV Viewer ===
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MSGetでテキスト出力したPDA（Photo Diode Array）のデータを閲覧するためのツールです。
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=== Formula Calculator ===
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組成式を入力して、各種イオン化状態の質量値を計算したり、同位体イオンの質量値と存在比を確認したりできます。
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PowerGetでは、International Union of Pure and Applied Chemistry (IUPAC) (De Laeter et al., 2003)で公開されている質量値、同位体イオン存在比をもとに、全ての質量値計算を行っています。
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=== Simple MS/MS Analyzer ===
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MS/MSデータと、親イオンの検出質量、イオン付加体の種類を入力して、MS/MSフラグメントの差分やニュートラルロスの値から、フラグメントの由来を解析するための簡易ツールです。PowerMatchのアノテーションで使われるツールを、単体で動作するようにしたものです。
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=== MS/MS Dif. Counter ===
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MS/MSデータに含まれる指定した強度以上のフラグメントを対象にして、親マスからのニュートラルロスの差分の組み合わせを計算し、その頻度を集計するツールです。例えば配糖体の多い植物サンプルでは、162のニュートラルロスが多く出現することが分かります。
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<p class="km_warn_area"><span class="km_warn_title">注意！</span> 3.3.5までの集計方法には誤りがありました。</p>
  
 
== Help ==
 
== Help ==
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=== Host Setting ===
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通常は「webs2 [selected]」の状態から変更しないでください。
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また、この設定を変更しても、MFSearcherツールによるデータベース検索では、常にwebs2サーバーが参照されます。
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PowerFT, PowerMatchのPeak Detailsを表示する際に、かずさDNA研究所のwebs2サーバー上のKomicMarketデータベースに接続し、そこに設定された化合物情報等を取得します（オフラインでは、ローカルPC上にキャッシュしたデータが代わりに使用されます）。
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このデータ取得処理が一部の大学等でうまくいかないことがあり、その対策のため、参照先のサーバーを変更できる機能を設けたものです。
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=== About PowerFT ===
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2013年11月13日 (水) 04:55時点における最新版

メイン  > PowerGetマニュアル  > PowerFT

メニューの詳細 - メイン画面

目次


File

Open Home Directory

解析データがあるトップ階層のフォルダ（ホームディレクトリ）を選択して、新たな解析をスタートしたり、既存の解析データを開きます。

Exit

PowerFTを終了します。

Recently Opened Directory

最近使ったホームディレクトリを選択できます。

Analysis

PowerFTの解析の中心となる機能が、順番に沿って並べてられています。

MS Correction by IS

ポストカラムインジェクションにより導入された内部標準（IS）のピークを用いて、スキャンポイントごとにm/zの補正を行います。補正の必要がないデータは、この処理をする必要はありません。

ここで作成したデータは、Peak Assignment機能で使用します。

MSMS Preparation

Full MSファイルとMS/MSファイルを用いて、親イオンと娘イオンとの対応関係のデータを作成します。MS/MSファイルが存在しないデータでは実行する必要はありません。

ここで作成したデータは、Peak Assignment機能で使用します。

Full MSファイルとして、必ず内標補正をしていないファイルを使用してください。

Peak Detection

独自のピーク形状評価アルゴリズムを用いてピークを検出します。

Full MSファイルとして、必ず内標補正をしていないファイルを使用してください。

Peak Selection

ピークの形状や強度をもとに、有効ピークを選別します。

Peak Characterization

溶出時間が近くピーク形状が似ているピークを探し、デコンボリューションを行います。その後、13Cアイソトープピークの検出、イオン付加体の推定、多価体ピークやゴーストピークの推定などを行います。

Peak Assignment

全ピークについて、精密質量の算出、13C/12C比の算出、代表MS/MSデータの付加を行います。また、全ピークに対し、組成式演算やデータベース検索を行いながら、ピークのアノテーション作業を行うことができます。

TIPS 繰り返し分析やコントロールとの比較データが存在する場合は、ここで単独の分析データごとにアノテーションをするよりも、PowerMatchでアラインメントをした後にアノテーションすることをお勧めします。ピークの再現性などをみることで、どのピークに注目したら良いかがわかりやすく、作業がしやすいためです。

Setting

13Cアイソトープピークやイオン付加体の種類を判別するための設定を行います。

注意！ このSettingメニューで設定した内容は、新規解析データに使用されるデフォルトの設定として、PowerGet起動ファイルと同フォルダにある「config」フォルダ中の「ionizationMode.ini」に保存されます。 PowerFTで解析を開始すると、このデフォルト設定ファイルが、それぞれの解析ホームディレクトリ中にコピーされ、その解析独自の設定として使用されます。特定の解析データに対してだけ設定値を変更したい場合は、このSettingメニューからではなく、Peak Characterizationのステップでの設定画面から編集するようにしてください。また、一度設定値を用いてキャラクター付けを行った後には、設定値の変更は行わないようにしてください。設定変更した場合は、Peak Characterizationからやり直す必要があります。


Ionization Modes

イオン付加体の種類とその質量値を設定します。データベース検索に使用するマス値（Search mass, 正味のマス値）が、検出されたマス値からどのように算出されるかを定義します。

例えば[M + H]+イオンの場合、正味のマス値は検出されたm/zよりもHが一つ少なく、e（電子）が一つ多いものとして定義します。また右の図では[M + NH4]+の例を示しています。

設定を変更した場合は、必ずSaveボタンを押してください。また、この設定を用いてAdduct Ionsの設定を行う場合は、PowerFTを再起動してください。

Adduct Ions

13Cアイソトープピークの検出やイオン付加体の推定は、溶出時間が近くピーク形状が似ているピーク間での、m/zの差分から判断されます。この設定画面では、そのm/zの差分値と判断条件を設定します。

Detection conditions（判断条件）の欄では、ピーク強度やm/zの大小で、親（Base）となるピークと、子（Target）となるピークが一意に決まる条件を設定します。

Definition of the ionization modes（イオン化モードの定義）の欄では、BaseとTargetそれぞれで、そのイオン化モード（イオン付加体の種類）を設定します。 As Defaultは、Peak Assignmentの行程で設定するデフォルトのイオン化モードを指します。また、Never Searchは現在意味を持たず、As Defaultと同じ動作となります。


設定の変更を行った場合は必ずSaveボタンを押して設定を確定してください。またこの設定を用いて解析を行う際は、必ずPowerFTを再起動してください。

Tool

分析するデータファイルの前処理や、単独で使えるデータ閲覧ツール、計算ツールなどが収められています。

File Converter

ReAdWツールを使って、Xcaliburの.rawファイルから変換された.mzXML形式のファイルがあれば、これをPowerFT入力用のテキストファイルに変換することができます。

Crop Data

溶出時間の範囲やシグナルの最小値を設定して、データを足切りするツールです。

Remove Noise

ホワイトノイズ（ランダムに出現するシグナル）や、溶出時間中にずっと検出されるノイズ（IS like Noiseと呼んでいます）を除去するツールです。

View Chromat.

PowerGet入力ファイル（Full MSファイル）を開き、二次元のクロマトグラムを表示するツールです。出現ピークの全体像を見るときに使います。

Ion Distribution

PowerGet入力ファイルの全イオンを対象に、シグナル強度の頻度分布や平均値などを集計するツールです。どの程度の足切り値が妥当かを考える参考などに。

MF Searcher

質量値から組成式を高速に推定したり、各種化合物データベースに質量値での検索をしたりすることができるツールです。PowerFT、PowerMatchでのアノテーションの段階で使われますが、質量値を手で入力することで、単体ツールとしても使えます。

Centroidization

現在使えません。

UV Viewer

MSGetでテキスト出力したPDA（Photo Diode Array）のデータを閲覧するためのツールです。

Formula Calculator

組成式を入力して、各種イオン化状態の質量値を計算したり、同位体イオンの質量値と存在比を確認したりできます。

PowerGetでは、International Union of Pure and Applied Chemistry (IUPAC) (De Laeter et al., 2003)で公開されている質量値、同位体イオン存在比をもとに、全ての質量値計算を行っています。

Simple MS/MS Analyzer

MS/MSデータと、親イオンの検出質量、イオン付加体の種類を入力して、MS/MSフラグメントの差分やニュートラルロスの値から、フラグメントの由来を解析するための簡易ツールです。PowerMatchのアノテーションで使われるツールを、単体で動作するようにしたものです。

MS/MS Dif. Counter

MS/MSデータに含まれる指定した強度以上のフラグメントを対象にして、親マスからのニュートラルロスの差分の組み合わせを計算し、その頻度を集計するツールです。例えば配糖体の多い植物サンプルでは、162のニュートラルロスが多く出現することが分かります。

注意！ 3.3.5までの集計方法には誤りがありました。

Help

Host Setting

通常は「webs2 [selected]」の状態から変更しないでください。

また、この設定を変更しても、MFSearcherツールによるデータベース検索では、常にwebs2サーバーが参照されます。


PowerFT, PowerMatchのPeak Detailsを表示する際に、かずさDNA研究所のwebs2サーバー上のKomicMarketデータベースに接続し、そこに設定された化合物情報等を取得します（オフラインでは、ローカルPC上にキャッシュしたデータが代わりに使用されます）。

このデータ取得処理が一部の大学等でうまくいかないことがあり、その対策のため、参照先のサーバーを変更できる機能を設けたものです。

About PowerFT


「http://www.kazusa.or.jp/komics/wiki/ja/index.php?title=Manual_PowerGet_PowerFT_Menu_Main&oldid=713」より作成
個人用ツール
名前空間
変種
操作
案内
ツールボックス