Manual PowerGet PowerFT MainWorkFlow PeakSelection
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+ | Peak Selectionでは、ピーク形状のパラメーターやピーク強度などの情報をもとに、以降の解析に用いるピークを選別します。依然存在するゴミのようなピークを極力除くことが望ましいですが、反面、13Cピーク群の形成や付加体バリエーションの評価などには、小さなピークも残しておいた方がよいという側面もあります。小さなピークを不採用にすることは、後の解析でも可能ですので、ここでは、絶対に不要なピークだけを無効ピークにするようにした方がよいでしょう。 | ||
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+ | ホームディレクトリが選択された状態で、PowerFTメイン画面のAnalysisメニューPeak Selectionを選択します。 | ||
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+ | ツールのFileメニュー、Open Analysisで、Peak Detectionで作成した解析名(Analysis Name)を選択し、OKボタンを押してください。読み込まれたデータがPeak Selection画面の表に表示されます。各行は、Peak Detectionで検出されたReal Peakを表しています。 | ||
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+ | == 有効・無効の記録の仕方 == | ||
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+ | ここでは、以降の解析に用いるピークを有効ピーク、それ以外を無効ピークと呼ぶことにします。表の一番右のSelection列にあるチェックボックスがチェックされていれば有効、チェックされていなければ無効となります。 | ||
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+ | Selectionのチェック状態は、以下の方法で切り替えることができます。 | ||
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+ | チェック状態を変更したら、FileメニューのSave Analysisを選択し、編集内容を保存します。表示される進捗ウィンドウが消えれば、保存は完了です。 | ||
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+ | WindowメニューからPeak Filterを選択すると、Peak Selection Filter画面が表示されます。Setボタンを押すと、設定した条件に合致するピークのみが、ツール画面の表に表示されるようになります。 | ||
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+ | ピーク形状パラメータやピーク強度などをもとに表示を切り替え、Select Thisボタン、Reset Thisボタンと組み合わせることで、有効・無効状態を一気に変更するときに役立ちます。 | ||
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+ | 設定できるパラメーターは、Real Peakに含まれるイオン数、強度(ピーク面積)、ピーク形状の指標となる相関係数とそのP-value、および溶出時間範囲とm/zの範囲です。 | ||
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+ | ピーク形状の指標に関しては、Peak Detectionの解説をご覧ください。 | ||
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+ | Show Allボタンを押すと全件表示に戻ります。 | ||
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+ | Windowメニューから2D Viewを選択すると、クロマトグラム全体を二次元で表示したウィンドウが現れます。 | ||
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+ | All Peaks(全ピーク表示:デフォルト)から、Only Checked Peaksにチェックを変更すると、有効としたピークだけが表示されるので、パラメーターで絞ったピークが妥当かどうかの判断材料となります。 | ||
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+ | ツール画面でピークの有効・無効状態を変更したら、ツール画面上のDrawボタンを押してください。2D View画面の表示に反映されます。 | ||
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+ | ※範囲選択モードでは、ドラッグの始点と現在のマウスポインタ位置との間での、溶出時間とm/z値の差分が、パネル右上にそれぞれ表示されます(dRTとdMass)。 | ||
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+ | == ピーク形状の確認 == | ||
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+ | WindowメニューのPeak Viewを選択すると、ツール画面の表でクリックしたピークの形状を表示するウィンドウが現れます。ピークの実際の形とピーク形状の指標であるCorrelation、p-valueとの関係をつかむのに役に立つかもしれません。 | ||
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+ | Viewのチェックを外すと、ベースライン補正する前の実際のイオンシグナルのピークが表示されなくなります。 | ||
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+ | ※画面左上のズームイン・アウトボタンも、現在効きません。 |
2013年1月17日 (木) 09:15時点における最新版
解析ステップ2)Peak Selection - ピークの選別
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Peak Selectionでは、ピーク形状のパラメーターやピーク強度などの情報をもとに、以降の解析に用いるピークを選別します。依然存在するゴミのようなピークを極力除くことが望ましいですが、反面、13Cピーク群の形成や付加体バリエーションの評価などには、小さなピークも残しておいた方がよいという側面もあります。小さなピークを不採用にすることは、後の解析でも可能ですので、ここでは、絶対に不要なピークだけを無効ピークにするようにした方がよいでしょう。
ツールの起動
ホームディレクトリが選択された状態で、PowerFTメイン画面のAnalysisメニューPeak Selectionを選択します。
ツールのFileメニュー、Open Analysisで、Peak Detectionで作成した解析名(Analysis Name)を選択し、OKボタンを押してください。読み込まれたデータがPeak Selection画面の表に表示されます。各行は、Peak Detectionで検出されたReal Peakを表しています。
有効・無効の記録の仕方
ここでは、以降の解析に用いるピークを有効ピーク、それ以外を無効ピークと呼ぶことにします。表の一番右のSelection列にあるチェックボックスがチェックされていれば有効、チェックされていなければ無効となります。
チェック状態の変更
Selectionのチェック状態は、以下の方法で切り替えることができます。
1)Selection列のチェックボックスをクリックすると、有効・無効の状態が切り替わります。
2)Select Allボタンを押すと、全件がチェックされます。また、Reset Allで全件が非チェック状態になります。
3)Select Thisをクリックすると、表の中に現在表示されているピークだけが、すべてチェック状態になります。Reset Thisは逆に、現在表示中のピークがすべて非チェック状態になります。表へ表示するピークは、後で説明するPeak Selection Filterにより絞り込むことができます。
データの保存
チェック状態を変更したら、FileメニューのSave Analysisを選択し、編集内容を保存します。表示される進捗ウィンドウが消えれば、保存は完了です。
表に表示するピークのフィルタリング
WindowメニューからPeak Filterを選択すると、Peak Selection Filter画面が表示されます。Setボタンを押すと、設定した条件に合致するピークのみが、ツール画面の表に表示されるようになります。
ピーク形状パラメータやピーク強度などをもとに表示を切り替え、Select Thisボタン、Reset Thisボタンと組み合わせることで、有効・無効状態を一気に変更するときに役立ちます。
設定できるパラメーターは、Real Peakに含まれるイオン数、強度(ピーク面積)、ピーク形状の指標となる相関係数とそのP-value、および溶出時間範囲とm/zの範囲です。
ピーク形状の指標に関しては、Peak Detectionの解説をご覧ください。
Show Allボタンを押すと全件表示に戻ります。
有効・無効状態の確認 (2D View)
Windowメニューから2D Viewを選択すると、クロマトグラム全体を二次元で表示したウィンドウが現れます。
All Peaks(全ピーク表示:デフォルト)から、Only Checked Peaksにチェックを変更すると、有効としたピークだけが表示されるので、パラメーターで絞ったピークが妥当かどうかの判断材料となります。
ツール画面でピークの有効・無効状態を変更したら、ツール画面上のDrawボタンを押してください。2D View画面の表示に反映されます。
2D Viewでの表示は以下になります。
表示シンボル | 説明 | 表示の変更 |
---|---|---|
赤線 | イオン | All Ions: 表示・非表示 Gradation: 強度による濃淡 Color Str:Gradationのときの濃度(数字が高いほど濃くなる) |
青点 | Real Peakを形成するイオン | Peak Ions: 表示・非表示 |
緑線 | ピーク幅 | Peak Width: 表示・非表示 |
青の四角 | ピークトップ | Peak Top: 表示・非表示 |
パネル上でのマウス操作は以下になります。
操作 | 説明 |
---|---|
左クリック | クリック位置でセンタリング |
左ドラッグ | 範囲選択をしてズームイン※ |
右クリック | クリック位置でズームアウト |
右ドラッグ | 範囲選択のみ※ |
※範囲選択モードでは、ドラッグの始点と現在のマウスポインタ位置との間での、溶出時間とm/z値の差分が、パネル右上にそれぞれ表示されます(dRTとdMass)。
ピーク形状の確認
WindowメニューのPeak Viewを選択すると、ツール画面の表でクリックしたピークの形状を表示するウィンドウが現れます。ピークの実際の形とピーク形状の指標であるCorrelation、p-valueとの関係をつかむのに役に立つかもしれません。
Viewのチェックを外すと、ベースライン補正する前の実際のイオンシグナルのピークが表示されなくなります。
※画面左上のズームイン・アウトボタンも、現在効きません。