Manual PowerGet PowerFT MainWorkFlow PeakAssignment
解析ステップ４）Peak Assignment
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これまでの解析ステップで処理したデータを統合します。まず内標補正した質量データをとりこみ、質量精度が高い位置でピークの精密質量を決定します。MS/MSデータも統合します。さらに、化合物中の炭素原子の数の絞り込みに役立つ13C/12C比の計算も行います。これらの情報と、推定されたイオン付加体の種類をもとに、組成式の推定と代表的なデータベースに対する検索を、全ピークに対して高速に行います。これらの集計結果はマニュアルでの編集・修正が可能です。
Peak Assignmentまで解析したデータは、PowerMatchで読み込んで他の解析データとアラインメントをとることができます。繰り返し分析やブランクとの比較など、複数の分析データがある場合、データベース検索などのアノテーション作業は、PowerMatchで行うことをお勧めします。PowerMatchではより強力なアノテーション機能が提供されています。
解析の流れ
前ステップまでの解析データを開いたら、まず以下の処理を行います。
- 精密質量の計算
- MS/MSデータの統合
- 13C/12C比の計算
- イオン付加体の推定
これで、アノテーションに必要な情報がすべて統合されます。その後は、データベース検索ツールなどを使って、アノテーションを進めます。
編集したピークのアノテーション情報は、FileメニューのSave Dataを行うことで保存されます。時間をかけて作った大切なアノテーション結果を守るためにも、こまめな保存をお勧めします。
ツールの起動とデータの読み込み
解析ステップ３まで終了した後、PowerFTメイン画面からホームディレクトリを選択して、AnalysisメニューのPeak Assignmentを選択します。右図のようなウィンドウが開きます。
FileメニューOpen Analysisを選択し、解析名を選択したのちにOKボタンを押します。
進捗ウィンドウが表示された後、ツール画面の大きな表にデータが表示されたら、データの読み込み完了です。
はじめに行う処理
最初にPeak Assignmentでの処理を行う時は、データを読み込んだ後、以下の４つの処理をこの順序で行ってください。この操作により、これまでに解析したデータが全て統合され、アノテーションを進めるための準備が整います。
※PCが不安定なときなどは、各処理ごとにセーブをして次に進むと安全です。各処理で早めにクリックや選択をしてしまって出力ファイルが実際にはできていない（または途中までしか処理できていない）場合に、後の処理が途中で止まることがあります。その場合は少し前の処理に戻って再処理を行うとうまくいく場合があります。
精密質量の計算
前準備のステップで作成した、内標補正した質量データを統合します。
AnalysisメニューのAttach Corrected Massを選択すると、右図のような画面が現れます。フォルダアイコンのついたボタンをクリックして、内標補正で作成したISC_~という名前のファイルを選択してください。OKボタンを押してFile Settings画面を閉じます。
※ 内標補正をせずISCファイルが存在しない場合は、このファイル選択手順はスキップしてください。
次に、WindowメニューからExact Mass Calcを選択し、右図の様な画面を表示させてください。このExact Mass Calculation画面が表示されている状態で、AnalysisメニューのCalc. All Exact Massを選択してください。進捗ウィンドウが現れたのち、すぐに消えて処理が終了します。
処理が終了したら、Exact Mass Calculation画面は閉じても結構です。
※ 内標補正をせずISCファイルが存在しない場合も、この操作は行ってください。
上記の操作をすると、全ピークに対して精密質量の計算がされます。
※この段階では、まだピークテーブルのm/z Actual Predictedの列は質量値が0のままです。この列のデータは、イオン付加体の推定のステップが終わった後に表示されるようになります。
Exact Mass Calculation画面の設定項目の詳細はこちらをご覧ください。
MS/MSデータの統合
AnalysisメニューのAttach MS/MS Dataを選択すると、ファイル選択画面が現れます。フォルダアイコンのついたボタンをクリックして、MS/MSの対応付けステップで作成した、MSMS.txtという名前のファイルを選択してください。OKボタンを押してFile Settings画面を閉じます。
※MS/MSデータが存在しない場合は、このステップは省略してください。
ここでは、13C同位体グループ中で、一番m/zの小さいピーク（PowerGet用語でBase Peakと呼びます）についてだけ、MS/MS情報が付加されます。Base Peakのピークトップに一番近いMS/MSデータが、そのピークを代表するMS/MSデータとして採用されます。
13C/12C比の計算
Windowメニューの13C/12C Ratio Calc.を選択し、右図の様な画面が現れます。この13C/12C Ratio Calculation画面が表示されている状態で、AnalysisメニューのCalc. All 13C/12C Ratioを選択してください。 すぐに処理が終了します。
13C/12C Ratio Calculation画面の設定項目の詳細は、こちらで解説します。
イオン化モード（イオン付加体の種類）の推定
SettingメニューからDefault Ionization Modeを選択します。ダイアログボックスが現れるので、質量分析のモード（ポジティブ/ネガティブ）を考慮して、デフォルトのイオン化モードを選択してください。
多くの場合、ポジティブモード分析では[Actual + H]+、ネガティブモード分析では[Actual - H]-が採用されます。
設定したら、OKボタンを押してダイアログを閉じます。
その後、AnalysisメニューのPredict Ionization Modeを選択してください。全ピークについて、イオン化モードの推定が行われます。また、検出されたm/z（m/z Detected）から付加体の質量を加減した、正味の化合物質量（m/z Actual Predicted）が計算され、ピークテーブル中に表示されます。
イオン化モードの修正
解析ステップ３（Peak Characterization）で評価されたイオン化状態と、ここで設定したデフォルトのイオン化モードが矛盾する場合には、ピークテーブル中のIonization Modeの欄は、空欄のままか、複数のイオン化モードが記載されます。この場合、正味の質量の欄は0になります。
m/z Actual Predictedのカラムヘッダーをクリックすると、数値の大小でソートされるので、数値がゼロのものをピークテーブルの上端（あるいは下端）に表示させます。ピークの詳細情報を編集するPeak Group Details画面で、一つずつ、イオン化状態を適切なものに修正してください。
Peak Group Detailsの操作についてはこちらをご覧ください。
