Manual PowerGet PowerFT MainWorkFlow MSMSPreparation

2013年1月17日 (木) 02:56時点における版

MS/MSデータの対応付け

PowerFTの入力データフォーマットでは、得られたMS/MSスキャンのデータが、どのFullMSスキャンのどのイオンに由来したものであるかが記載されていません。その対応付けを行います。

対応付けの方法

MS/MS Preparationツールの起動

メイン画面Analysisから、MS/MS Preparationを選択してください。MS/MS Viewウィンドウがひらきます。

ファイルの選択

ツールのFileメニューSelect Full MS Fileで、Full MSファイルを選択します。同様に、FileメニューSelect MS2 Fileで、MS/MSデータのファイルを選択します。

Full MSファイルとMS/MSファイルは、同じフォルダ（ホームディレクトリ）に入れておいてください。

対応付けの実行

ツールのRunメニューからStart Processing Nowを選択すると、対応付けの処理が始まります。

処理が終わると、ツール画面左のリストに数字が表示されます。また、もとのFull MSファイルあったフォルダに、MSMS.txtという名前の新たなファイルが作成されています。

データの確認

リスト中の表示は、次のことを示しています。

Full MSのスキャン番号 - MS/MSのスキャン番号 - 溶出時間(min)

リストの行をクリックすると、右のグラフにデータが表示されます。いくつか行をクリックしてみて、期待通りのデータであるかをご確認ください。

対応付けしたデータ

Full MS、MS/MSファイルと同じフォルダに、MSMS.txtというファイルが作成されています。このデータが、解析ステップ４で使用するデータです。

その他のツール機能

作成したMSMS.txtデータを開く

一度作成したMSMS.txtデータを開いて閲覧できます。操作手順としては新規作成と大差ありませんが、MSMS.txtファイルが上書きされないという利点はあります。

操作は少し変則的です。まず、ツールのFileメニューのSelect Full MS Fileから、Full MSデータを選択してください。この後、FileメニューのOpen MS/MS Fileで、MSMS.txtファイルを選択してください。データが読み込まれます。

MS/MSデータを閲覧する

ツール画面右側にある、MS/MSデータの閲覧パネルについて解説します。ツール左にあるリストをクリックするとデータが表示されます。

表示の意味

デフォルトでは、Full MSとMS/MSが同時に描かれています。描画色は以下を示しています。

※強度の強いフラグメントは、フラグメント強度分布の信頼区間ｘ％以上のものとして定義しており、ｘは、パネル下部Conf. Int.のテキスト入力欄で指定できます。

グラフ中、緑色の四角（■）で示したものは、Full MSスキャンのイオンのうち、MS/MSデータにも強い強度で出現するイオンを示しています。これは、Full MSスキャン時のオートフラグメンテーション（スキャン時に分解したもの）と考えられます。

表示の切り替え

Full MSの表示、オートフラグメンテーションの候補は、パネル上部のチェックボックスで表示・非表示を切り替えられます。

Fullボタンを押すと、Full MSを含めた全体像が表示されます。リストをクリックした後はこの表示になります。

Now ボタンを押すと、MS/MSの質量範囲だけが表示されます。

現在見ている質量範囲を固定したい場合は、Fix current axisにチェックをつけます。

パネル操作

1 - 2
1 - 3
1 - 4
5 - 6
5 - 7
...