Manual PowerGet PowerFT MainWorkFlow MSMSPreparation

2013年1月17日 (木) 02:30時点における版

MS/MSデータの対応付け

PowerFTの入力データフォーマットでは、得られたMS/MSスキャンのデータが、どのFullMSスキャンのどのイオンに由来したものであるかが記載されていません。その対応付けを行います。

対応付けの方法

MS/MS Preparationツールの起動

メイン画面Analysisから、MS/MS Preparationを選択してください。MS/MS Viewウィンドウがひらきます。

ファイルの選択

ツールのFileメニューSelect Full MS Fileで、Full MSファイルを選択します。同様に、FileメニューSelect MS2 Fileで、MS/MSデータのファイルを選択します。

Full MSファイルとMS/MSファイルは、同じフォルダ（ホームディレクトリ）に入れておいてください。

対応付けの実行

ツールのRunメニューからStart Processing Nowを選択すると、対応付けの処理が始まります。

処理が終わると、ツール画面左のリストに数字が表示されます。また、もとのFull MSファイルあったフォルダに、MSMS.txtという名前の新たなファイルが作成されています。

データの確認

リスト中の表示は、次のことを示しています。

Full MSのスキャン番号 - MS/MSのスキャン番号 - 溶出時間(min)

リストの行をクリックすると、右のグラフにデータが表示されます。いくつか行をクリックしてみて、期待通りのデータであるかをご確認ください。

対応付けしたデータ

Full MS、MS/MSファイルと同じフォルダに、MSMS.txtというファイルが作成されています。このデータが、解析ステップ４で使用するデータです。

その他のツール機能

作成したMSMS.txtデータを開く

一度作成したMSMS.txtデータを開いて閲覧できます。操作手順としては新規作成と大差ありませんが、MSMS.txtファイルが上書きされないという利点はあります。

操作は少し変則的です。まず、ツールのFileメニューのSelect Full MS Fileから、Full MSデータを選択してください。この後、FileメニューのOpen MS/MS Fileで、MSMS.txtファイルを選択してください。データが読み込まれます。

MS/MSデータを閲覧する

対応づけがうまくゆかない場合

データのクロップなどを行っている場合などは、Full MSファイルとMS/MSファイルでスキャン番号の対応がつかず、うまく処理できないことがあります。MS/MSの対応付けは、なるべくクロップしないデータを用いて行ってください。

PowerFTの入力フォーマットでは、FullMSスキャンに続くMS/MSスキャンは連続番号になるように定義されています。このため、たとえば1回のFull MSスキャンの次に3回のMS/MSスキャンがあるとすると、以下のようなスキャン番号付けになります。

1 - 2
1 - 3
1 - 4
5 - 6
5 - 7
...

「何かおかしいな」と思ったら、リストを見て対応付けが正しく行われているかどうかご確認ください。