Manual PowerGet PowerMatch PeakAlignment
ピークのアラインメント
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複数のサンプル間で、同じ化合物に由来すると考えられるピークを対応づけることを、ここでは「ピークのアラインメントをする」と呼んでいます。
同一の化合物かどうかの判断は、クロマトグラフィーの保持時間、検出されたm/z値、MS/MSが取られているピークの場合はMS/MSフラグメントパターンの類似性を考慮して行われます。したがってアラインメントをする複数のサンプルは、溶出時間を比較可能な同一のクロマトグラフィー条件で分析されていることが前提となっています。
PowerMatchのアラインメント機能には次のような特徴があります。
- MS/MSの類似性を考慮する
- PowerFTでイオン化状態を推定しているため、m/zではなく元の分子の分子量で比較することが可能。このため、ポジティブモードとネガティブモードのデータを一緒にアラインメントすることも可能です。
アラインメント条件の設定
PowerMatchを起動しホームディレクトリを選択した後、サンプルセットが作成されているものとします。サンプルセットが作成されていない場合は、前項を参照して作成してください。
メイン画面のメニューから、を選択すると、Alignment Settingsウィンドウが開きます。ここでパラメーターを設定した後、ボタンを押してください。
アラインメントパラメーター
溶出時間の許容範囲
Alignment Conditions: 欄の「R.T. margin」に、数値（単位は分）を入力します。比較する二つのピークの溶出時間が設定値を超えた場合は、同一化合物と見なされません。
質量値の許容範囲
Alignment Conditions: 欄の「m/z margin」に、数値を入力し、その単位を「ppm」または「m/z」から選択します。比較するふたつのピークの質量値が設定値を超えた場合は、同一の化合物とみなされません。
比較する質量値は「Mass Compare Mode」で以下から選択します。
- by Actual Mass
- 推定された付加イオンを除去した分子の分子量
- by Detected Mass
- 検出されたm/z
- by Both
- 上記二つともが一致していなければ、同一化合物とはみなさない
Enable MS/MS comparison
チェックを入れると、MS/MSが取られているピーク同士はMS/MSの類似性を考慮した比較が行われます。この比較は、サンプルセット作成時に「MS/MS Group Index」に同一の値を入力したサンプル間だけで行われます。
MS/MS類似性の評価
検出されたMS/MSフラグメントのうち、比較に用いるフラグメント
MS/MS類似性の評価
MS/MS matching: で設定します。
PowerMatchでは、MS/MSフラグメントパターン
