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DESCRIPTION

FlavonoidSearch

フラボノイドは、抗酸化作用やホルモン様作用などの機能性を持つものが多い、植物由来の成分です。茶カテキンや大豆イソフラボンなどが代表的ですが、天然には7000種類くらいが知られています。様々な化学構造が存在するため、これまで限られた成分しか研究対象とされてきませんでした。FlavonoidSearchは、ほとんどのフラボノイドを判別できる、LC-MS用のデータ解析システムです。未知のフラボノイドの発見にも役立てられます。

FlavonoidSearchは、LC-MSで取得したMS/MSあるいはMSnデータを用いて、フラボノイドのアグリコン(非糖部)を推定するシステムです。約7000の既知フラボノイドのアグリコンについて、予測される仮想フラグメントのデータベース(FsDatabase)を、研究者の知識を使い手作業で構築しました。これにより、アグリコンを高確率で予測するとともに、フラボノイドか他の化合物かを判別できるようになりました。検索のためのGUIツールも提供しています(FsTool)。アグリコンに付加している糖などの修飾基パターンを考慮することで、未知のフラボノイドを探索することも可能です。

リンク

本サイトへのリンクは下記のURLをお使いください。
OK: http://www.kazusa.or.jp/komics/software/FlavonoidSearch

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NG: http://www.kazusa.or.jp/komics/ja/tool-ja/228-flavonoidsearch-2.html

公開論文

Akimoto N, Ara T, Nakajima D, Suda K, Ikeda C, Takahashi S, Muneto R, Yamada M, Suzuki H, Shibata D and Sakurai N (2017) FlavonoidSearch: A system for comprehensive flavonoid annotation by mass spectrometry, Scientific Reports 7: 1243 (2017)
[Journal website]

参考データ

上記論文で使用されている生データや、サンプル情報の詳細は、以下で入手できます。サンプルデータとしてお使いください。

サンプルサンプル情報
(Metaboloonte)
生データファイル
(MassBase)
ピーク一覧・MSnデータ
パセリ(温室で栽培) SE61_S11_M014 MDLC1_47222 download (zip 12.3MB)
パセリ(栽培棚で栽培) SE61_S21_M015 MDLC1_47225 download (zip 594KB)
リンゴ(果肉) SE62_S01_M5 MDLC1_47226 download (zip 89KB)
ブロッコリ(可食部) SE62_S02_M5 MDLC1_47227 download (zip 168KB)
ニンジン(根) SE62_S03_M5 MDLC1_47228 download (zip 26KB)
ムラサキニンジン(根) SE62_S04_M5 MDLC1_47229 download (zip 213KB)
ハクサイ(地上部) SE62_S05_M5 MDLC1_47230 download (zip 32KB)
ナス(果実) SE62_S06_M5 MDLC1_47231 download (zip 230KB)
ブドウ(果肉) SE62_S07_M5 MDLC1_47232 download (zip 149KB)
ピーマン(果実) SE62_S08_M5 MDLC1_47233 download (zip 138KB)
パプリカ(果実) SE62_S09_M5 MDLC1_47234 download (zip 115KB)
ミカン(皮を剥いた果実) SE62_S10_M5 MDLC1_47235 download (zip 319KB)
オレンジ(皮を剥いた果実) SE62_S11_M5 MDLC1_47236 download (zip 378KB)
タマネギ(可食部) SE62_S12_M5 MDLC1_47237 download (zip 231KB)
ホウレンソウ(地上部) SE62_S13_M5 MDLC1_47238 download (zip 256KB)
カボチャ(果実) SE62_S14_M5 MDLC1_47239 download (zip 51KB)
イチゴ(果実) SE62_S15_M5 MDLC1_47240 download (zip 416KB)

検索用GUIツール(FsTool)

MSnスペクトルとプリカーサーイオンをもとに、アグリコンを推定するための、GUIツールです。ニュートラルロスから、置換基候補を提示する機能も付いています。サーバー上などで大量にデータ解析をするためのコマンドラインツールとしても使用可能です。
FlavonoidSearch FsTool GUI

動作環境

Java実行環境(JRE 1.6以上)がインストールされたコンピューターが必要です。JavaのインストールはOracleのサイトをご覧下さい。

次のコンピューター環境で動作テストしています:
Windows 10, MacOSX, CentOS 7.2 Linux

ダウンロード

FlavonoidSearch_FsTool ver.1.2.0 (3.53 MB)

チュートリアル

FsTool_tutorial_ja.pdf (日本語, 1.09 MB)

マニュアル

FsTool_manual_ja.pdf (日本語, 685 KB)

ライセンス

FlavonoidSearchは学術目的ではフリーでご使用になれます。本ソフトウェア「FlavonoidSearchTool.jar」には、the GNU Lesser General Public License, Version 2.1 (LGPL 2.1)でライセンスされたオープンソースソフトウェア「flavonoidsearch.jar」が含まれています。flavonoidsearch.jarのソースコードは、jarファイル中に含まれています。