KOMICS

The Kazusa Metabolomics Portal

 

MassChroViewer

LC-MSデータを2次元のクロマトグラムとして表示するビューワーです。Googleマップと同様の操作で、拡大・縮小・濃さ調節が可能です。化合物のマニュアルアノテーションにも利用できます。

質量分析器の質量精度が向上し、化合物推定のアルゴリズム等も進展きていますが、得られたLC-MSのデータや、ピーク情報の抽出結果などが、十分な品質であるかどうかは、意外にも評価されずに済まされていることが多いものです。多くのベンダーソフトに付属しているエリューションプロファイルやマススペクトルの確認ツールでは、断片的な情報しか確認できないことが、この大きな要因と言えます。クロマトグラム全体を、溶出時間とm/z値を軸にした二次元で表す表現は、一覧性が高く、取得したデータの品質を確認するのに適しており、2D表示ができるフリーのツールもいくつか存在します。しかし、十分な質量精度がでるようにチューニングされているかどうか、キャリーオーバーがないかどうか、ピークが取りこぼしなく抽出できているかどうか、アダクトが正しく判定されているかどうか、MS/MSスペクトルが多くのピークについて十分な品質で取得できているかどうかなど、メタボロームで必要とされる品質を確認できるようなツールはありません。MassChroViewerは、このような基礎的な確認を簡便な操作で行えることで、より品質の高いメタボロームデータの生産に貢献することを目指したツールです。生データから直接得たm/zから、化合物データベースを検索するMFSearcher機能や、候補化合物の構造式を表示して、選択した部分構造の質量値を確認するFragment Calculator機能、そのピークのMS/MSフラグメントをすぐに閲覧できるMS2Viewer機能などと連携しているため、手作業によるアノテーションツールとしても使うことができます。

入力ファイルとして、ProteoWizardソフトなどでmzXML形式またはmzML形式に変換した、各LC-MSベンダーの生データを開くことができます。ピークリストとしては、PowerGetなど別のデータ解析ソフトウェアなどを用いて作成された、質量電荷比(m/z)と溶出時間(RT)が記載されたテキストファイルを読み込むことができます。

※MassChroViewerには、ピーク検出機能はついておりません。また、大量のデータのクオリティーコントロールを自動的に行うためのツールではありません。

 

URL表記:

MassChroViewerのURLを論文等に記載する際は、必ず下記のURLをご利用ください。

OK: http://www.kazusa.or.jp/komics/software/MassChroViewer

今ご覧のページのURL(例:下記)は、将来変更される可能性がありますので、ご使用にならないでください。

NG: http://www.kazusa.or.jp/komics/ja/tool-ja/223-masschroviewer-2.html

動作環境:

Java実行環境(JRE 64 bit, version 1.7 or later)がインストールされたPC (64 bit, > RAM 4GB以上推奨)が必要です。Javaのインストールについては、オラクルのウェブサイト をご覧下さい。

以下の環境で動作テストをしています:
Windows10, MacOSX 10.9.5 and CentOS7.2 Linux

ダウンロード:

MassChroViewer_1.5.1.zip (zip compressed: 27.1 MB, 2017年12月2日アップデート)

マニュアル:

MassChroViewer_manual_en.pdf (English 2.25 MB)

MassChroViewer_manual_ja.pdf (Japanese 2.45 MB)

サンプルデータ:

クロマトグラムとピークリストのサンプルデータです。サンプルの詳細情報は、Metabolonoteウェブサイトでご覧になれます。ベンダーソフトが出力した生データ(バイナリーデータ)はMassBaseデータベースで入手できます。

NameDescriptionMetabolonote IDMassBase IDダウンロード
S1_Cont_HRes_DX_ms2.zip パセリ地上部、LC-FT-ICR-MS、ESI positive分析、高分解能 (100,000)、Dynamic Exclusion設定あり。MS2を網羅的に取得することを目的とした分析。 SE61_S21_M011 MDLC1_48041 ダウンロード (35.4 MB)
S2_Cont_LRes_DX_ms2-3.zip パセリ地上部、LC-FT-ICR-MS、ESI positive分析、低分解能 (125,000)、Dynamic Exclusion設定あり。MS2とMS3を網羅的に取得することを目的とした分析。 SE61_S21_M015 MDLC1_47225 ダウンロード (16.0 MB)
S3_15N_HRes_noDX_ms2.zip 15N標識したパセリ地上部、LC-FT-ICR-MS、ESI positive分析、高分解能 (100,000)、Dynamic Exclusion設定あり。MS2を網羅的に取得することを目的とした分析。 SE61_S22_M014 MDLC1_48043 ダウンロード (37.4 MB)
S4_mock_HRes_DX_ms2.zip サンプルを入れずにS1_Cont_HRes_DX_ms2と同様の操作・分析を行ったMockコントロール。 SE61_S02_M01 MDLC1_47219 ダウンロード (25.3 MB)
S1_peakLists.zip ピークリストのサンプル。S1_Cont_HRes_DX_ms2のデータを使い、PowerGetソフトでピーク検出を行った結果が、MassChroViewerで読み込める3つの形式で保存してあります。 SE61_S21_M011_D1   ダウンロード (1.02 MB)

JChemPaintMs.jar Library:

Fragment Calculator機能使われている、JChemPaintMs.jarライブラリーはthe GNU Lesser General Public License, Version 2.1でライセンスされているオープンソースソフトウェアです。このライブラリーには、JChemPaint (http://svn.code.sf.net/p/cdk/svn/jchempaint/, revision 15623で入手可能) のソースコードが利用されています。JChemPaintMs.jarのソースコードはjarファイル中に含まれています。

JChemPaintMs_0.2.1.zip (zip compressed: 18.7 MB)

flavonoidsearch.jar Library:

FlavonoidSearch GUIツールで使われている、flavonoidsearch.jarライブラリーはthe GNU Lesser General Public License, Version 2.1でライセンスされているオープンソースソフトウェアです。

論文公開:

MassChroViewer: A two-dimensional data viewer for quality checking of liquid chromatography mass spectrometry.
Sakurai N, Ara T, Ikeda C, Suda K, Sato M, Akimoto N, Yamada M, Narise T
submitted.

ライセンス:

MassChroViewerは、学術目的でフリーにご利用になれます。