KOMICS

The Kazusa Metabolomics Portal

かずさDNA研究所では、メタボロミクス(網羅的な代謝産物・化合物検出)の技術開発と、その生物学・医薬学・食品分野などへの応用研究、分析受託を通じた産業界への貢献に取り組んでいます。KOMICS (Kazusa Metabolomics Portal) は、メタボロミクスに関してかずさDNA研究所で開発されたデータベースや解析ソフトウェアを取りまとめたポータルサイトです。

MassChroViewerを公開しました

MassChroViewer

LC-MSの生データを閲覧するためのビューワー、MassChroViewerを公開しました。解析ソフトで抽出されたピーク情報を、生のマスクロマトグラムに照らし合わせて見ることで、データのクオリティーを確認できます。化合物データベース検索や、化合物の部分構造をMS/MSデータと照らし合わせる機能など、アノテーションに役立つ機能も統合されています。お手持ちのメタボロームデータを最大限に有効活用できるツールとなるかもしれません。

 

N2DをUC2に改名しました

化合物データベースを効率よく検索するN2Dデータベースの名前を、UC2(Unique Connectivity of UnCharged compound Database)に改名しました。検索ツールなどは、MFSearcherのウェブサイトから入手できます。

MFSearcherにN2Dデータベースを搭載しました

化合物データベース中には、チャージを持ったまま描かれているものや、塩として描かれているものが、一定数含まれており、これらは、質量値から化合物を検索した際に、多くの偽陽性ヒットを生む原因となっています。N2Dデータベース(Neutralized and two-dimensional database)は、化合物データベース上のエントリーを、水素の加減で強制的に中性化し、さらに、元素のつながりが同じものまとめ上げたデータベースです。これにより、上記の偽陽性をおさえ、データベース間で重複するエントリーを除去した結果を得ることができます。

N2Dデータベースへの検索は、MFSearcherウェブサービスで行えます。検索専用のJava GUIツールも提供しています。