SSEARCH searches a sequence database
 using the Smith-Waterman algorithm
 version 2.0u54, July. 1996
Please cite:
 T. F. Smith and M. S. Waterman, (1981) J. Mol. Biol. 147:195-197; 
 W.R. Pearson (1991) Genomics 11:635-650

 >MYH9.9 (Universal genetic code) : 701 aa
 vs  library
 searching gnl:PID:d1018543 library

    574 residues in     1 sequences
The best scores are:                              s-w
gnl|PID|d1018543                                   (574)1933

>>gnl|PID|d1018543                                   (574 aa)
Smith-Waterman score: 1933;   51.387% identity in 613 aa overlap

               10        20        30        40        50        60
MYH9.9 MVLTTNLYSLNLRSTFFFTNTITCPTLFTFKLSSVSNPRRVFPNIRAHVSAASSNSELES

               70        80        90        100       110         
MYH9.9 LLSTDRKLISKQSNNGASSISSGVRLENISKSYE-GITVLKDVTWEVKKGEKVGLIGVNG
                              .:::.: : :  :  :::::.::::  :.:::.::::
gnl|PI                       MLRLEHIRKIYPTG-EVLKDVNWEVKPEERVGLVGVNG
                                     10         20        30       

     120       130       140        150       160       170        
MYH9.9 AGKTTQLRIITGQEEPDSGNVIWAKPN-LKVAFLSQEFEVSMGKTVKEEFMCTFKEEMEI
       :::.:::.:: :. :  .:..:  .:  ::.: :.:::.:. ..:..::.  .: :  ..
gnl|PI AGKSTQLKIIMGEVEATAGEII--RPAALKIAHLTQEFDVTPSRTLREEMWTVFTEANQV
        40        50          60        70        80        90     

      180       190          200       210       220       230     
MYH9.9 ARKLENLQKAIEEAVD-D-LE-LMGKLLDEFDLLQRRAQEVDLDSIHAKISKLMSELGFV
          ...... .: : : : :: :. :: :.   :::. . .:   ....: ... :.:: 
gnl|PI QDAMHHVHQEMEVA-DPDTLENLIHKL-DK---LQRQFEGLDGYRLESQIERILPEIGFE
         100        110       120           130       140       150

         240       250       260       270       280       290     
MYH9.9 SEDADRLVASFSSGWQMRMSLGKILLQNPDLLLLDEPTNHLDLDTIEWLEGYLIKQDVPM
        ::.::::.:::.:::::.::::::::.:::::::::::::::.:::::: ::    .::
gnl|PI PEDGDRLVSSFSGGWQMRISLGKILLQEPDLLLLDEPTNHLDLETIEWLETYLKGLKTPM
              160       170       180       190       200       210

         300       310       320       330       340       350     
MYH9.9 VIISHDRAFLDQLCTKIVETEMGVSRTFDGNYSQYVISKAELVEAQYAAWEKQQKEIEAT
       ::::::: :::.::::::::: :.: :. ::::.:...: :   :  .:.:.::: .   
gnl|PI VIISHDREFLDRLCTKIVETERGISTTYLGNYSSYLVQKEEGNLALASAYEHQQKALAKQ
              220       230       240       250       260       270

         360       370       380       390       400       410     
MYH9.9 KDLISRLSAGANSGRASSAEKVLTSTYEAENMYETYLNLCLYKQKLEKLQEEELIEKPFQ
       . .....       ::: : .   :: .:..  :        :: :::.   : .: :  
gnl|PI QAFVDKF-------RAS-ATR---ST-QAKS-RE--------KQ-LEKI---ERVEAPVG
                     280             290                   300     

          420       430       440       450       460       470    
MYH9.9 R-KQMKIRFPECGLSGRSVVTVKNLVFGFDDKMLFNKANLAIERGEKVAIIGPNGCGKST
         . .:..::    :::.:. ....  .:.::.::  ::: ::::...:..:::::::::
gnl|PI GVRTLKFHFPPAPRSGRQVALIEDISHSFNDKLLFLGANLEIERGDRIAFLGPNGCGKST
         310       320       330       340       350       360     

          480       490       500       510       520       530    
MYH9.9 LLKLIMGLEKPMRGEVILGEHNVLPNYFEQNQAEAQDLDKTVIETVVEAAVDWRIDDIKA
       ::..:::.: : .:.. :::::.::.::::::::: ::.:::.::. . . ::. .....
gnl|PI LLRMIMGMELPDEGQIKLGEHNILPGYFEQNQAEALDLEKTVMETIHDEVPDWKNEEVRT
         370       380       390       400       410       420     

          540       550       560       570       580       590    
MYH9.9 LLGRCNFKADMLDRKVSLLSGGEKARLAFCKFMVKPSTLLVLDEPTNHLDIPSKEMLEEA
       ::::  :... . .::. ::::::::::. :... :...:.:::::::::::.:::::::
gnl|PI LLGRFLFSGETVFKKVAALSGGEKARLALAKMLLTPANFLILDEPTNHLDIPAKEMLEEA
         430       440       450       460       470       480     

          600       610       620       630       640        650   
MYH9.9 INEYKGTVITVSHDRYFIKQIVNRVIEVRDGGLMDYAGDYNYFLEK-NVEARARELEREA
       ..::.:::. ::::::::....:...::::: :. :.:::.:.::: .:: .:.: .: :
gnl|PI LQEYEGTVVLVSHDRYFISRVANKIVEVRDGELVAYSGDYHYYLEKLEVE-KAEEKRRLA
         490       500       510       520       530        540    

           660       670       680       690       700 
MYH9.9 ELEEKAPKVKAKSKMSKAEREARKKQKMKAFQASKKKSKSSKNAKRWN
          :.:    :: :  .::..:..  : :: : :::            
gnl|PI --AEQA----AK-K--QAEKRAKQAAK-KAEQKSKKVIAP        
                550          560        570            

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