SSEARCH searches a sequence database
 using the Smith-Waterman algorithm
 version 2.0u54, July. 1996
Please cite:
 T. F. Smith and M. S. Waterman, (1981) J. Mol. Biol. 147:195-197; 
 W.R. Pearson (1991) Genomics 11:635-650

 >MYH9.11 (Universal genetic code) : 536 aa
 vs  library
 searching sp:P48420:CP78_MAIZE library

    547 residues in     1 sequences
The best scores are:                              s-w
sp|P48420|CP78_MAIZE                               (547)2057

>>sp|P48420|CP78_MAIZE                               (547 aa)
Smith-Waterman score: 2057;   58.621% identity in 551 aa overlap

               10             20          30        40        50   
MYH9.1 MELMNLASKETS-----YWMIALPAGFGSQNL--HDVSTLGYLFLAVVFLSIVTWALAGG
          : .::   :     .:. :::: .::..:  : .   : .:::.: .....:: . :
sp|P48    MAMASAACSCTDGTWWVYALPALLGSDTLCAHPALLAGLIFLATVSVALLAWATSPG
                  10        20        30        40        50       

            60          70         80          90          100     
MYH9.1 GGVAWKNGRNRLGRVA--IP-GPRGIPVFGSLFTLSR--GLAH---RTLAAMAWSRANTE
       :  :: :::   :  :  .   :   :   :  . ::  : :    :  .     ::. :
sp|P48 GP-AWTNGR---GASASLLSWDPVVCPC--SAAS-SRCPGAAAPRPRRDGPRRRPRAK-E
         60           70        80           90       100          

         110       120       130       140       150       160     
MYH9.1 IMAFSLGSTPVIVASEPNIAREILMSPHFADRPVKQSAKSLMFSRAIGFAPNGTYWRMLR
       .::::.:.::..:.: :  :::.:  : :::::::.::. :::.::::::::: ::: ::
sp|P48 LMAFSVGDTPAVVSSCPATAREVLAHPSFADRPVKRSARELMFARAIGFAPNGEYWRRLR
     110       120       130       140       150       160         

         170       180       190        200       210       220    
MYH9.1 RIASTHLFAPRRILAHEAGRQLDCAE-MVKAVSVEQNGAGSVVLRKHLQLAALNNIMGSV
       :.::::::.:::. .:: ::: : :: :......::...:.:.:: ::: ::::::::::
sp|P48 RVASTHLFSPRRVASHEPGRQGD-AEAMLRSIAAEQSASGAVALRPHLQAAALNNIMGSV
     170       180       190        200       210       220        

          230         240       250       260       270       280  
MYH9.1 FGRRYDPL--AQKEDLDELTSMVREGFELLGAFNWSDYLPWLGYFYDSIRLNQRCSDLVP
       :: :::    :   . ..: :::::::::::::::::.::::...::   ...::. :::
sp|P48 FGTRYDVTSGAGAAEAEHLKSMVREGFELLGAFNWSDHLPWLAHLYDPSNVTRRCAALVP
      230       240       250       260       270       280        

            290         300       310       320       330       340
MYH9.1 RIRTLVKKIIDEHRV--SNSEKKRDIGDFVDVLLSLDGDEKLQEDDMIAVLWEMIFRGTD
       :..:.:. .:::::   .::    : .:::::::::.::::: .:::.:.::::.:::::
sp|P48 RVQTFVRGVIDEHRRRRQNSAALNDNADFVDVLLSLEGDEKLGDDDMVAILWEMVFRGTD
      290       300       310       320       330       340        

              350       360       370       380       390       400
MYH9.1 TTALLTEWTMAELVLNPNVQTKLRDEILTAVGDGADGDVADADLAKLPYLNAVVKETLRL
       :::::::: ::::: .: ::...: :. .::: :  :  .:::.:..:::.:::::::: 
sp|P48 TTALLTEWCMAELVRHPAVQARVRAEVDAAVGAG--GCPTDADVARMPYLQAVVKETLRA
      350       360       370       380         390       400      

              410       420       430       440       450          
MYH9.1 HPPGPLLSWARLSTSDVQLSNGMVIPKGTTAMVNMWAITHDQTVWSDPLKFDPERFT---
       ::::::::::::.:.:: : ::::.: :::::::::::::: .::.::  : ::::    
sp|P48 HPPGPLLSWARLATADVPLCNGMVVPAGTTAMVNMWAITHDAAVWADPDAFAPERFLPSE
        410       420       430       440       450       460      

       460       470       480       490       500        510      
MYH9.1 GNADMDIRGGDLRLAPFGAGRRVCPGKNMGLATVTRWVAELVRRFEWG-QDQTEPVDLGE
       :.::.:.:: ::::::::::::::::::.::.::  :::.::. :.:.  : .  : : :
sp|P48 GGADVDVRGVDLRLAPFGAGRRVCPGKNLGLTTVGLWVARLVHAFQWALPDGAAAVCLDE
        470       480       490       500       510       520      

        520       530       
MYH9.1 VLKLSCEMEHPLRAVVTEIF 
       ::::: ::. :: :.      
sp|P48 VLKLSLEMKTPLVAAAIPRTA
        530       540       

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